4GFSA

1.8 angstrom crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella typhimurium lt2 with nickel bound at active site
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
publication title 1.8 Angstrom Crystal Structure of the 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Salmonella typhimurium LT2 with Nickel Bound at Active Site
rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
total genus 94
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2012-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4gfsA00
2JGQA 2HS6A 2ABAA 1TTPA 1X8FA 2Q3RA 1TSIA 4RCXA 4AWSA 1THFD 2LLEA 3C2EA 1VYRA 3OHIA 1JULA 2QCNA 3TXZA 3BW2A 3LBMA 3L68A 3C2OA 4GUGA 1OX4A 3VFLA 3G0XA 3IGSA 4WJEA 1Q6LA 1OYBA 4FNPA 3HG4A 3O07A 3R89A 2A7RA 2C15A 2CZDA 5HWNA 1KTBA 1U83A 4EWND 3G8RA 5CSSA 3NEVA 1JRBA 1JR1A 4RXGA 3WK1A 1W0MA 4N6EA 4UFJA 4QIUA 1VYSX 5HR6A 1DORA 2NXIA 3DFOA 3OG3A 1SW0A 3BW3A 3PG8A 3BLIA 4UFMA 4ZL1A 4A22A 3UNDA 5D2VA 2V82A 1W5MA 1X7FA 3ZWSA 3LHYA 4UTUA 1W31A 5TIMA 3P5ZA 1MXSA 3TW7A 2YCEA 3S1XA 1RPXA 4IMEA 3NVTA 3SZ8A 1M5WA 3ANYA 4M7TA 5U4NA 3EWXA 3TE9A 1RVGA 2GOUA 4UTTA 4O53A 3GYEA 3GXNA 4AMAA 5LKYA 3O06A 3W07A 3CPRA 5AHFA 3H55A 2P10A 1W5PA 1L6SA 1TQJA 2RKXA 3IV3A 1JQXA 4R7JA 1ADOA 2DP3A 2F84A 4ALDA 4E2BA 1I2RA 3B05A 1LLZA 4MFEA 3TSBA 5D38A 2CLEA 3LOTA 2A1YA 3GDLA 4Q4KA 1KFKA 4LC6A 5G2HA 3V1PA 2GUUA 3ZWTA 3WJXA 1ZAHA 2OX1A 2P0OA 5D02A 1YXYA 2WJZA 3NOEA 2Y63A 4CCEA 3ZR4A 1IIHA 3ATZA 2A85A 3B06A 1ZAJA 3ELFA 3W7KA 1TREA 1RR2A 4WXZA 1Q6RA 4HNNA 4TMBA 1GWJA 2CLIA 1GYLA 1UCWA 1JCXA 4K8HA 4K8EA 1KM2A 4FEZA 2E68A 4IMCA 1JQVA 1H7NA 3IGXA 6ALDA 3W7RA 3FKKA 3SSJA 3GB6A 2X30A 1G6CA 4Z0SA 2B4GA 3TFXA 2FPTA 4PTNA 1QPQA 3LDVA 5I3GA 5J5DA 1WBJA 2H8ZA 2FPVA 3DHFA 4I7VA 1XBXA 1GPWA 3LBCA 2X1RA 1I2QA 1NAL1 2EF9A 3P8JA 2AGKA 1EEPA 5FEWA 2E6FA 1ML1A 2VFGA 3NQDA 1J5TA 4JX4A 4QITA 3SJ3A 3W1AA 3PUOA 4BWLA 1KLYA 1KBJA 3A23A 2B7NA 3I68A 2HMCA 1AW2A 2ZZ4A 4JS3A 3M43A 3FOKA 1YXDA 2Y70A 1AW1A 2TSYA 3QMRA 4BI7A 3DI0A 1KM0A 3FYOA 5LNRA 3HG3A 1XUZA 2QUTA 3EKZA 3LHVA 4OHQA 4N9EA 2X1TA 4O17A 3M7WA 4XWUA 2YXGA 4OV9A 4MVAA 2V2DA 4PA8A 1TMHA 3PY2A 3PR2A 4IX2A 3NQ8A 1VCFA 1D9EA 3Q58A 4S2CA 3KVMA 1GEQA 1JUKA 1EUNA 1FCQA 1GZGA 5LGZA 4JTHA 3PBVA 4KKXA 2J9XA 4POCA 1F76A 1U5JA 4JNMA 4OGZA 2DZPA 4LV4A 5H2ZA 3B0VC 3EX4A 1Z48A 1SR9A 3MP5A 2JKPA 5IBXC 6TIMA 1PHWA 3W1NA 5AHLA 3IIXA 4PL2A 4DBEA 4LUJA 1T8XA 3DFSA 4MUZA 4X22A 4N4PA 1VRDA 5F4XA 2GPTA 1YTDA 1A53A 4AF0B 4NJKA 1H62A 3TQKA 2RHGA 3TR2A 4PL1A 3FLUA 4JTFA 1G4PA 3TUUA 3P67A 2DU2A 3LCWA 2C0AA 2DZUA 4LVFA 2C1HA 2G95A 1FBAA 4UTWC 2EKCA 3NPXA 3TC6A 4XTIA 3F03K 5A8GA 1O94A 4DO5A 3IRDA 2V0TA 5CPOA 1H63A 2YW4A 3NXFA 1XBYA 1N8FA 2CLLA 5HQEA 2O7SA 4ONVA 1ALDA 5L9FA 3FEMA 3P8IA 1EIXA 3G3DA 1VC4A 1GVQA 4UCGA 5C55A 1O95A 4JTSA 4R33A 2Y7FA 3CWNA 2XN0A 1VJIA 5C6MA 4NXSA 5HR7A 3TQ0A 4ZZ9A 4P61A 3DFNA 2ZYFA 5LNVA 3SW6A 3RLVA 1K7EA 1NFBA 4AH7A 3S1VA 1JCYA 3NQGA 1BWKA 1LP6A 1OFQA 1TRDA 1K7XA 4DF2A 4QNWA 1KM3A 1FCVA 3DFQA 5C54A 3LM7A 1PVNA 1TPH1 3NZRA 1OHLA 1FCBA 3LCHA 3NQCA 4PC8A 3W7PA 3BPWA 5FF2A 1AG1O 3NL6A 3WJSA 4XQ6A 1OFBA 5IBXA 3P7YA 2ZDRA 2NUWA 2PRLA 1TPC1 3W7QA 1EA0A 4ZQMA 3TCEA 3UWWA 4XKYA 2V2CA 1JCMP 4A3UA 2WOQA 3C8FA 2B7PA 4X3ZA 3PBYA 1KA9F 2RFGA 2CU0A 3G24A 4Z08A 4IXHA 3PS7A 2E6DA 2WPBA 3KFTA 2QEZA 4FIQA 1VHNA 1V5XA 3B4UA 1KBIA 1H1YA 5FI8A 3W2KA 1WOAA 2V5LA 2FLIA 1IIGA 2ABBA 4AHQA 1MEIA 2CLKA 1KW1A 1M7OA 3AO0A 4ZQRA 2YPIA 4AEOA 4Y6GA 4CNOA 1YTKA 1YADA 5EMUA 2Y62A 3G1YA 1Q6QA 2NZLA 3BV4A 4EOUA 5TBOA 4C1LA 2CZ5A 3RMJA 4K37A 3O05A 2A0NA 2A6NA 4O13A 1FXPA 5HULA 3HPXA 3BK0A 4KWWA 4DPPA 1ZFJA 5E93A 3QQ1A 1TYGA 1S3HA 2OT1A 2QCDA 4KFPA 3L0KA 2Z0IA 1W54A 4LRTA 3DFTA 1OJXA 1W3IA 1VGAA 2VFIA 4YL2A 1B57A 3HJZA 4EIVA 5AHEA 3MI2A 4NX0A 1LBFA 1JUBA 1T0OA 1I2PA 4DBDA 1QMLA 5EPDA 3C61A 4MYAA 5D32A 1QDSA 3TIMA 3O6YX 2J27A 3QJAA 2BTMA 1PCWA 4CNNA 3Q2DA 2QJIA 2Y6ZA 3EXSA 3W86A 4NNCA 1EPXA 1WV2A 1C29A 2YFNA 2FB3A 3NGJA 1HTIA 3UWYA 3E9AA 1YXCA 2A7NA 1XUUA 3A21A 5CPMA 1LOLA 2CZFA 4WQ6A 5E1QA 4DO6A 2ZZ5A 1I4NA 1OFPA 1TTIA 3EWZA 2ATSA 3CIWA 4UFKA 4HKPA 2VFFA 1AL8A 1F5ZA 1ZJIA 3C0JA 4U4MA 2GQ9A 4JR5A 3W71A 4LVGA 3EX1A 4K36A 2AAMA 3S6DA 2EPHA 2ZBTA 3PUDA 4KFNA 2FQIA 3UPBA 1HO4A 4JY9A 4O54A 4WY0A 1FXQA 1GQNA 3OIXA 3FJ6A 4N4QA 1FY6A 4K6AA 5EY5A 4DXVA 2H6RA 2D73A 4IPIA 4UMBA 3MYOA 4IPJA 2NXHA 2B0MA 3W7DA 3EWYA 2AQWA 2YYUA 3TMQA 3CEPA 2YYTA 4M6QA 4HNUA 1P4CA 4ICNA 3LXBA 2Z2UA 3GKAA 3THQA 5LNSA 1OK4A 3RFAA 3O6CA 3W7CA 3PC0A 2X2GA 4NX5A 2R94A 1TPUA 3P80A 2QAFA 5F4SA 4GC4A 2R8WA 3TSMA 1WOBA 2QCGA 1FX6A 2P1FA 3CC1A 2DZTA 4NNBA 3F4WA 1BEUA 2JBMA 3NQFA 2GVJA 2VXNA 1GVOA 4MFDA 4ORMA 3NR0A 1Q3NA 1WX0A 4JTUA 2JGYA 3P62A 2J6XA 1SPQA 4UUIA 5DBTA 5G1TA 4WXYA 5CZ0A 1FWWA 3NQAA 3M6YA 5DBUA 4TIMA 3LHUA 5E0KA 1XFBA 3PSVA 3G1DA 4HSNA 3CTLA 1NF7A 4QM1A 1W8SA 3C2FA 3SGUA 4DQWA 1HFBA 4BR1A 2PRHA 1PL9A 1K8ZA 5KTLA 3W7GA 4K38A 3S5NA 4GUIA 1H5YA 4RZ5A 5I3FA 2WSYA 3HOJA 1I8JA 3O6DA 2W0UA 2ISWA 2TMDA 3LXAA 4IMFA 1ME9A 2WSRA 2BX7A 1L6YA 1VYPX 3P61A 1TO3A 4RKAA 3DBPA 2NX9A 5U7SA 3MW7A 3UPWA 3USBA 3EWBX 3N9RA 3M5VA 4O18A 3DGRA 4JYFA 4X9SA 4AWTA 2OZ0A 5G4WA 4UFIA 4M19A 4ZQCA 5J5RA 4Q33A 3BLEA 1D3GA 3QSTA 5I3KA 4Y9AA 1VS1A 1JCNA 3INPA 3JR2A 3NA8A 3TROA 3S5YA 1F7BA 3LHZA 4MKNA 2ZZ6A 4IQLA 1YPFA 4YXGA 2H3BA 3H54A 4AWUA 4LVBA 1OFDA 2RDWA 4FXRA 4LT9A 1O5KA 3STEA 1L6WA 3VNDA 1AL7A 3ABQA 3EX6A 2UV8G 2H3DA 5CPLA 4Z1BA 4MY1A 4M7SA 3HF3A 2J24A 3M16A 1B4KA 2RH9A 3THAA 5D33A 5G5IA 3UWQA 3L0GA 2I14A 2FDSA 4M6PA 2Y89A 4I7WA 1RD5A 2R91A 1GYNA 3UWZA 3T7VA 1HG3A 3DENA 2V30A 4WD0A 4WUIA 3PUEA 4GBUA 3A5VA 2A21A 3N73A 4AB4A 5DXXA 1DVJA 1LZOA 4JX6A 5BNKA 2ZA3A 1R30A 3G1VA 2X16A 2JKAA 2WNQA 3HGJA 4TO8A 5K2ZA 4DF1A 4IMDA 5HMSA 3QFEA 1VLWA 3W7OA 3N9SA 4UTLA 1EP2A 3W7LA 1OF8A 4FB7A 1GG1A 1UB3A 1P1XA 2GJNA 3BGJA 1UJPA 4AXKA 3UQNA 4UXDA 3DI1A 1SZNA 1H60A 1B4EA 1LROA 3LGEA 3E49A 4IGHA 2HTMA 3LV6A 2VENA 3UY7A 1XDLA 3LRKA 3KX6A 1OG0A 2QCEA 5AN7A 2Q3OA 3M5ZA 3P5YA 4JIQA 1TV5A 3LERA 1DV7A 5G2WA 3G1AA 1WYIA 1GJPA 3N2XA 3LCGA 5AFDA 3B0PA 3W7EA 2RDTA 1SSDA 4UMCA 4CCDA 4JDBA 3W1XA 4YMZA 2TPSA 4QISA 1OX4B 1WBHA 3S42A 3NDOA 1K02A 2ZRVA 2ATMA 3HGSA 3C3NA 4FX8A 4M5PA 4TR9A 1IF2A 1QPOA 3L21A 1DBTA 3L67A 5K7JA 1BKSA 2VC6A 4UR7A 4O57A 1KV8A 1OFAA 2V5BA 1G4SA 3W1QA 3WK2A 3W2MA 4AF0A 1WQ5A 3HIJA 3RF9A 3EEGA 1FDZA 5GVJA 1H61A 1VPXA 5LSMA 4KWVA 2ZZ3A 3G18A 5DCEA 3V75A 4Z1DA 4O0ZA 1M6JA 3W2UA 3WJZA 1TIMA 4LC8A 1XDMA 3N34A 3N2MA 4DF0A 3NQ6A 2VEPA 1SQ7A 3IIVA 2J9YA 1QO5A 1XM3A 3S1UA 1JVNA 5BMWA 1OYCA 3FKRA 3TAOA 4HHPA 3NPUA 4S1FA 2J9ZA 3HQ1A 3BG5A 3GNNA 4J9JA 5DLCA 2WNZA 4LVDA 3W74A 5G4EA 1TPB1 3OVQA 3WK3A 4WOZA 1A5CA 3MP4A 3STGA 1G4EA 1Q6OA 3QMTA 4UMAA 1ICPA 4A2SA 1TPWA 1PCKA 2YX0A 3W23A 3CEUA 1RV8A 4O10A 4YLWA 4Y90A 1NSJA 2R14A 4LS0A 3MUXA 3LCIA 4MZ1A 1SFJA 1LORA 4OT7A 3S5OA 2CLOA 2QAPA 3P82A 5HUPA 3LCXA 1VR6A 1PIIA 2Y7DA 4O1CA 2A5HA 5AOUA 4MOZA 1TPEA 2DZWA 3L0NA 4JTTA 3QEZA 1XC4A 1I45A 4N02A 4LVAA 3H53A 4QNEA 1W5NA 4O4VA 4DELA 1TPVA 2DJLA 3LXCA 3O16A 4HNVA 4E2DA 2VFDA 5D2TA 3W7HA 1CW2A 3ZFHA 5C5YA 5AYXA 5TQLA 4NVTA 4AHPA 3L5LA 2DZVA 1NEYA 3NNTA 1QO2A 1GTHA 2V2HA 3G0SA 4FO4A 4ML9A 2QDGA 1ONRA 2IQTA 3TH6A 3W2LA 4TU1A 1T99A 1E51A 3MI6A 3UYCA 1S5WA 4NT0A 1J4EA 4C1KA 1SO4A 1H7WA 4U28A 4A29A 3TC7A 5FEPA 1QFEA 4JTJA 1DQXA 3QC3A 1FDJA 3AJXA 2ZA2A 2Y61A 3E12A 4L4MA 4FNSA 4G1KA 3EKLA 3W72A 1MZHA 3BGGA 1UBSA 4IOTA 2E5DA 1DKWA 3FA5A 5FESA 2QJGA 2JKEA 3LHTA 4HPJA 1VCGA 3WJYA 3PF3A 3TK7A 5D05A 3DH7A 2TRSA 4Q32A 3SR7A 2W6RA 1Y0EA 1KM1A 4JDYA 3TX9A 1DJQA 2C18A 2E77A 3NQMA 2B7OA 2ZRYA 5D2WA 3MYPA 1PS9A 2QF7A 1R47A 5DN1A 3TDFA 3MBDA 2DJXA 5HNRA 4OE7A 1N55A 1LBLA 2W79A 1EP1A 3R5EA 3NYZA 1FQ0A 4LY8A 4RLIA 3U6WA 1YLVA 4BFAA 1GTEA 1I2NA 3M5XA 2PE4A 5FEXA 4LS2A 4UTWA 3NL2A 1K3UA 1SZEA 1KM4A 3GR8A 1UUOA 3E96A 3PVFA 2FIQA 1F2JA 3U8GA 1R2SA 1OK6A 2CWNA 1KLZA 3LI0A 4PODA 2Y7EA 3YPIA 4LWWA 1JCLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1X8F A;  4PN2 A;  1IEX A;  3EDD A;  2XHY A;  1PYM A;  2OLH A;  3SCS A;  2LLE A;  4L9X A;  3SCN A;  5M3W A;  1VYR A;  3OHI A;  1HKK A;  4AD4 A;  3TXZ A;  1OG6 A;  3RJX A;  1JIB A;  2GGI A;  1IR2 A;  1TZZ A;  3EMQ A;  3G0X A;  1Q6L A;  1OYB A;  2DZA A;  4FNP A;  4AVN A;  4GC3 A;  4GZ7 A;  1U83 A;  3G8R A;  3NEV A;  1JR1 A;  4XAF A;  3WK1 A;  1A5L C;  4QIU A;  3QZ6 A;  1TA3 A;  3VD3 A;  3BW3 A;  4MB3 A;  4WJX A;  2FHF A;  4UQD A;  2PWF A;  4DLM A;  1W5M A;  4A8L A;  5TIM A;  1BLI A;  3P5Z A;  4JHM A;  3GXM A;  3LMZ A;  1SFS A;  4LBS A;  4DJF C;  1MFV A;  3NVT A;  4WR3 A;  1GK8 A;  3B9N A;  2CKR A;  3DG7 A;  2I56 A;  1PZ3 A;  2IW0 A;  4O53 A;  3GYE A;  3VKC A;  4FPS A;  4AMA A;  5LKY A;  3USZ A;  2CIP A;  3CPR A;  2X0Y A;  3O0K A;  4YWS A;  1VJZ A;  1L6S A;  2RKX A;  4KET A;  3UU0 A;  1UIO A;  4YVV A;  4J7R A;  1KXH A;  2CLE A;  4I6V A;  3SRF A;  2A1Y A;  3VZX A;  3U2Z A;  1KFK A;  3V1P A;  2XFF A;  3WJX A;  2FZB A;  2P0O A;  5D02 A;  1W9P A;  1XIF A;  2GGG A;  3ZR4 A;  4XIS A;  3B06 A;  3W7K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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