4GFSA

1.8 angstrom crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella typhimurium lt2 with nickel bound at active site
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1.8 Angstrom Crystal Structure of the 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Salmonella typhimurium LT2 with Nickel Bound at Active Site
rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 94
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2012-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4gfsA00
3C2VA 4O10A 2J9ZA 1AL8A 4HT3A 3RMJA 1PCKA 2WPBA 3QYQA 5EA9A 1OFDA 1YXCA 2QUVA 1XCFA 4O1CA 4ZQRA 1LLZA 2QJGA 3B06A 3EXRA 1VS1A 5BMWA 5A8GA 2W79A 1FQ0A 1NAL1 3FYPA 3LCXA 3QPZA 1X8FA 3MBDA 3S5ZA 2QCDB 4Q32A 1WXJA 5CZ0A 1FCQA 3OA3A 4UFHA 4FHAA 4LRSA 2GQ9A 2J9XA 1SR9A 3GX9A 3M5VA 1I45A 2PRMA 4H6KA 3GKAA 3W84A 4WQ6A 4Y8FA 4NXKA 1K8ZA 1NEYA 4RXFA 5TQLA 1QR7A 1W56A 4XUGA 3W75A 3W7QA 4Z1AA 4LWWA 3UPBA 1AG1O 3E96A 3BW3A 4FB7A 1E51A 4BWLA 1OX5A 1QNVA 1T99A 1EWEA 3C3NA 1PL9A 1WOAA 3S1UA 2RDUA 1OX4B 4AB4A 2YFOA 2FLIA 3P5YA 3P5ZA 4JY8A 5U7SA 2I9EA 3UD6A 3W7IA 1Y0EA 3MMTA 1G67A 1DORA 4ZMGA 2ZYFA 3O07A 1OYBA 1G4SA 3LTYA 1VHCA 3W74A 1VCVA 4H4IA 3GIYA 3NG3A 1W1ZA 1LORA 2GVGA 3EKZA 5FEXA 2GJLA 4P61A 3GXPA 4PODA 1PVNA 4A2RA 4Y96A 4ZVJA 5HUOA 3G1DA 1TQJA 3R2GA 2QUUA 4QQ3A 1TPWA 1K7XA 3ABRA 2DJLA 3TKFA 3CT7A 4QNEA 3UZJA 5LHFA 3LBCA 3TW6A 1OVDA 3LERA 4RV8A 1W8SA 2PURA 2XFWA 1VHNA 2Z6IA 1EX5A 3PM6A 3L0NA 1DVJA 1F76A 3B0VC 3LLFA 4LC8A 2E6DA 3TX9A 2QCMA 4LY8A 3EX1A 1SSGA 4DPPA 1B3OA 4BFAA 4ZQNA 2ZTKA 3V75A 3FFSA 3ABOA 4PL2A 3TJXA 4K6AA 1Z42A 3G1VA 1K8YA 3OHIA 3W7OA 4GFSA 3F03K 3W1UA 4E38A 1G69A 3TMQA 2CZDA 2Q3OA 5D05A 4ADTA 5FF3A 4MLJA 2C13A 4QAIA 3S9YA 1PV8A 2NWSA 3NQ6A 4AHQA 5C2XA 1PHQA 5GVJA 1KM0A 2LLEA 4B5NA 3M43A 5LGXA 2NWRA 5G2HA 1GTHA 1I8JA 3LCLA 3UXDA 4PFMA 1W54A 1VYRA 2A85A 2DP3A 3I7SA 2GVJA 5K9XA 4W9TA 5HUPA 3PBUA 5TIMA 2TYSA 2E6YA 3I7RA 1RQHA 4NQ1A 3DU0A 1A5SA 3DH7A 1XC4A 4MPQA 3SJ3A 2PC4A 3ABSA 3FIGA 1ICPA 3TROA 4A22A 4IJBA 4RZ6A 3GDLA 5AHEA 4MUZA 4UFKA 4RZ5A 2QCDA 5G4WA 4EF8A 1XM3A 2E68A 4XTDA 1W3NA 1M7OA 1F7BA 7TIMA 3L5MA 2QCCA 4QISA 5KSWA 1OFPA 4UR7A 4CNOA 5DN1A 1QPRA 2VEIA 4RLIA 1EPXA 3P80A 3QFEA 2I14A 3QSTA 5FF7A 1TRDA 3NQ8A 4FIRA 1D9EA 1A5AA 5D04C 3NO5A 1WDWA 1ZAIA 4UTTC 3I65A 2XN2A 3LHYA 3EB2A 4NX0A 2QCGA 4U28A 2WJZA 4AF0B 1DHPA 2DJXA 5DXYA 4JDBA 1YTEA 3ANYA 4ORIA 4FNUA 3QSRA 3MHUA 1H51A 4OV4A 4E0CA 2X1UA 1TPEA 1OX4A 4N9CA 2QJHA 1X1OA 3DFNA 3W1RA 1XKYA 3NOEA 1EIXA 2EPHA 3W2KA 5E0KA 1A53A 3NQAA 5CKSA 1ME9A 5I3HA 4LS2A 2G95A 2F84A 1G6CA 2G97A 1QAPA 4G1KA 1L9WA 1AW5A 1KFKA 2PRHA 3DHDA 4RXGA 3DAQA 2HMCA 2OX1A 2CWNA 1VPXA 2Y70A 4WZHA 2JKAA 4Z1DA 3UQNA 5EY5A 4DO5A 3QMTA 1QFEA 4WX2A 1QDSA 1YDOA 3S0CA 3R8RA 1TPB1 3BW4A 3LHVA 5CZTA 3P8JA 4C1KA 1O5XA 4A29A 3UY8A 3ABQA 3QQ1A 4MY1A 1EUNA 3N19B 4ICNA 1O5KA 4RZ4A 3N73A 1TQXA 4MIMA 3DFQA 3W87A 2NUYA 4OT7A 3W7CA 2C15A 1HTIA 4BR1A 5SWUA 2FJKA 1OYCA 4RX0A 3M7WA 2VENA 1GVSA 4BF9A 3P61A 1X7FA 1K3UA 5E93A 3PB0A 3C61A 4OV9A 4LV9A 1LM1A 2B7NA 4HHPA 4Q33A 1QO5A 2V2DA 3TFCA 4M6VA 3MHFA 1TB3A 4FO4A 4IWWA 4HN4A 5G2WA 1IXPA 4LNYA 1OYAA 2B7QA 4U4MA 1W5OA 1AW1A 1SZFA 1WA3A 5DY2A 1JCLA 2XN0A 4IMFA 1TJPA 1XBXA 3JRKA 1R47A 3MJYA 2XN1A 1KBJA 2ZZ4A 2O7QA 1OFRA 4BK9A 1H62A 4CNPA 4EVZA 3BGGA 3NGJA 3O6YX 2GQ8A 5BW6A 5LHEA 2R91A 1FCVA 1H7OA 2BZNA 3S1VA 4JDYA 1HO1A 5C6MA 3CB8A 1NSJA 2ALDA 2WOQA 3O06A 1QCWA 1W3IA 1B4EA 2DZPA 2GOUA 3HOJA 5KZDA 2I1OA 3G1YA 5AFDA 2VEPA 3EWWA 3R12A 4HNUA 3KOFA 2JK2A 1KM3A 1SUXA 4GUJA 3P82A 3LM7A 5AHFA 3DZ1A 3PAJA 3LXAA 5D33A 2YDAA 3BLIA 5BRBA 2FB2A 3HGRA 5G1TA 3TAOA 3LCIA 2HSAA 3TV8A 3UWUA 5AHNA 2E09A 1V5XA 3FYOA 2YYTA 3W1PA 3VNDA 1UBSA 3U8GA 1PIIA 3N34A 3LOTA 4N4PA 3G8RA 2GUUA 3BG3A 3PWAA 5TBOA 4TU1A 3CHVA 1OFOA 4K39A 1Q6QA 4GJ1A 3W7MA 1QWGA 1NFBA 2A7PA 3NPWA 1CI1A 1IGSA 1DV7A 1R2RA 3ATZA 3DXIA 4UR8A 5CZSA 4AAJA 1OFQA 1LOLA 4XBSA 4AMAA 3OVQA 4K7VA 2YPIA 4PCFA 1QPOA 2PRLA 4R33A 1SQ7A 3TC7A 3LCHA 5J5RA 3TR2A 4JY9A 1W37A 1YPIA 3CQ0A 4CQ9A 4S2BA 1VYPX 3H54A 1W5NA 3W7HA 3VE7A 1ONRA 1K7EA 4LC6A 5K7JA 3TSMA 3TXZA 5EL1A 4LVBA 1RR2A 5KMYA 5K9DA 4DELA 2NLIA 5F2IA 2V30A 1GTEA 4CNNA 1ZCOA 2OJPA 2ZZ6A 3G1XA 1H7XA 1S3HA 3LTSA 3HB9A 2V2CA 3NL6A 3NPXA 1FWRA 1Q6RA 4M6PA 1KFJA 4HIBA 5G5IA 5D09A 3BVJA 2ZBTA 5HWNA 2C3ZA 3V1PA 3W7DA 5K9CA 2D73A 3HGJA 3R13A 3PY2A 1YTKA 1H60A 2NZLA 3KAOA 3DENA 1K7FA 3NEVA 1UJPA 4MOZA 3WK1A 4QNWA 2E5BA 2YCEA 4RK8A 2ZA2A 3MP5A 4JR5A 3GAKA 1KFBA 4JTFA 3LV5A 4IX2A 4ZZ9A 4FNRA 2DZWA 3GR7A 5DELA 3HF3A 3S8HA 3LLDA 4TO8A 3IRDA 2X1RA 2R8WA 3DFSA 3R5EA 3GAYA 1G7UA 1ZHAA 2CLIA 1JCXA 2Y63A 1G4EA 1L2UA 2AAMA 1OJXA 3B03A 4JTUA 4FEZA 1VGAA 2TSYA 4DBEA 4PTNA 2RH9A 1JRCA 3EX6A 3LRMA 4Z1CA 4Z08A 1AK5A 3WFAA 5K4ZA 4ZQMA 5LNWA 5L6UA 2VELA 3LTPA 3W83A 2CLLA 5BMXA 1KFEA 5K4XA 1Z44A 4UTKA 1OFEA 2YSWA 4GRSA 4PA8A 2CZEA 3KRUA 3NPUA 3EWZA 3N2XA 3N3MA 5HMSA 1H1ZA 2NUXA 2QCFA 1DJNA 4AWTA 4IMDA 2Z2UA 3UNDA 4DXVA 4RKAA 3MO7A 2A5HA 3M5YA 4OGZA 5G2IA 3KFTA 4TR9A 5AYXA 1ZAHA 4ZQCA 2V0TA 1JUEA 4NZJA 3T78A 1KFLA 3C2OA 1O94A 1GYLA 4X9SA 1T96A 4UTWC 3TXVA 1TRIA 3PSWA 4CQAA 4IMGA 4XKYB 3RLUA 4YL2A 4JX6A 3S42A 5H2ZA 2BWGA 3JS3A 5CPLA 3FLUA 1OHLA 3NZRA 1TO3A 3W6YA 3NQVA 2BX7A 4JICA 1KBIA 4IMEA 1EP1A 1JULA 4FX8A 1TPVA 2YGYA 5DBTA 4FX6M 3PUEA 4YMZA 3R89A 1LYXA 2ZDRA 2Y88A 1SU5A 4JTTA 2ZRUA 4CCEA 4LT9A 4I7UA 3LCGA 1XBZA 3MW7A 1JCMP 1EEPA 2E77A 2NX3A 3EKLA 4O17A 1KLYA 4ONVA 1HUVA 4PEKA 3UWWA 1S5VA 3M9YA 1TPH1 4IQLA 5D03A 3STGA 2CFFA 5FEPA 4MFDA 3O15A 4IOTA 3W7LA 2A4AA 4DPQA 4WXYA 3BW2A 3GNNA 4LV4A 2NXGA 3W7PA 1JCYA 2ZTJA 1JCJA 4O11A 1R2TA 2Q8LA 1L6WA 2Z0IA 2EGZA 4NNCA 5K2ZA 4MJMA 3W76A 2R14A 1F2JA 1FDZA 4J9JA 2CLHA 2NX9A 3EXSA 1GYNA 3IIPA 2CLFA 3PBYA 1H7RA 3PUDA 4O1AA 3TMLA 5G4EA 3W7EA 5AC6A 1B57A 3EX3A 3IGSA 3NM1A 1A5BA 4JNMA 1TCDA 3THAA 1GG0A 3MWAA 3NXFA 4HNNA 3STEA 5LNRA 1VLWA 1TREA 4NVTA 3VI2A 3KRSA 3FKRA 5DCEA 4AVFA 3ATYA 5F2MA 4LVGA 3NPVA 4O1BA 2PE4A 2H3BA 3W2UA 1FCUA 2J88A 3LCFA 4YLWA 5D2YA 4O50A 3TIMA 1LP6A 1AMKA 1VCGA 2WQPA 1UUMA 3F1QA 1TV8A 3HGSA 1EWDA 2Z1BA 3UYCA 2J24A 3KXQA 1YYAA 4NJIA 4POCA 1VCFA 3LRKA 3G0SA 4RCXA 4WY0B 1DBTA 1TYGA 1LLWA 4LOCA 3TSDA 1TPFA 4WD0A 3FJLA 2TMDA 5D38A 4OE7A 5K3VA 1KM5A 4GUIA 1FWNA 3PBVA 2EHHA 3F4NA 2X1SA 2FTPA 3RU6A 4KKXA 1HFBA 2WV8A 3RK8A 5F4XA 2OT0A 4A3UA 2DZVA 2V9DA 2Q8ZA 5I3IA 4UTUA 5IBXC 3LRLA 2V5LA 1UUOA 2CZFA 3NVTA 1DKWA 1SW7A 3QM3A 1M6JA 1W5MA 4O53A 2ATMA 4PH6A 1XDMA 5FF2A 4BI5A 1L6YA 1K03A 3PS7A 3G3MA 2BXVA 3GXNA 1XBYA 4AH7A 2H6RA 4JD4A 4DO6A 3AJXA 4UTIA 1QMLA 1KTBA 5LZLA 2E5DA 1I4NA 3PC0A 1TV5A 3UXAA 1A50A 2FPVA 2C19A 2ZRZA 1OF6A 3PF3A 4O16A 4O54A 5AYZA 1VR6A 1ZFJA 1W3TA 3MP3A 3E9AA 2CLOA 3P62A 2CLKA 2RKXA 3IVSA 3TK7A 3M47A 4AHOA 4UTTA 3SY5A 3CPRA 3WJWA 1KTCA 3RNDA 2YFNA 1TJRA 1WBHA 3TCEA 4GC4A 1R46A 4Z0JA 3CEUA 3W1XA 2HS6A 2QUTA 3A5VA 1IIHA 1R30A 5CG7A 2C1HA 2OZ0A 3NQ7A 4AXKA 1ZJIA 2H8ZA 3E49A 5ABTA 4L4LA 4JTEA 3W72A 4DF1A 3W7NA 1YXYA 3QF0A 5FF0A 4Q4KA 3W3OA 3CIXA 3C2EA 3P8IA 1KM2A 1HL2A 3ZR4A 2NV2A 4DO4A 1JQXA 1J5TA 3G22A 3PG8A 5HWJA 1P0NA 1LRTA 3WJSA 3PBWA 4OQVA 3O05A 3OIXA 3VCRA 4QIUA 1P4CA 3W70A 2QCEA 1MSSA 4IXXA 4QSHA 2VEKA 1SW0A 2HS8A 1NF0A 2RDTA 5KTLA 3TQKA 3HJZA 4P2VA 5D30A 5KZEA 1LBMA 4Y6GA 3O6DA 4UFJA 3A24A 3NQCA 3W2LA 3W1MA 3VKJA 3A5FA 4JTLA 3A23A 2ISWA 3HG5A 5EYWA 4N9DA 1SPQA 1F5ZA 2PCQA 3HPXA 2Y7DA 4I9AA 3Q94A 1F05A 4LVFA 4K38A 1D3GA 3NQDA 3TC6A 2C14A 2J6XA 5F2LA 3G1HA 2EKCA 4WY0A 3SI9A 1X6UA 2FPYA 3C2RA 3E0IA 4UFMA 3TUUA 2KZHA 1MEIA 3TAKA 4DQWA 1TTQA 4R34A 3S6DA 3CWOX 3MBFA 5HR6A 4IX0A 1IXQA 1FWTA 1SFJA 1FWWA 3TDFA 5IM51 1JCNA 5DCDA 3HG2A 2DU2A 3LI1A 1YXDA 2V8ZA 1AW2A 4NNAA 5D02A 4C1LA 1F74A 3UWVA 5C54A 1HO4A 1ICSA 4IGHA 1A5CA 5HJLA 2WNNA 5EPDA 1GJPA 1Q45A 1TPUA 3EX4A 1H7NA 3TE9A 2EAWA 3QW4B 3FS2A 2QCHA 3TSBA 4CCCA 2E1DA 4O4WA 2WSRA 1G7VA 3PULA 2QEZA 4M7SA 3Q37A 3FA5A 3M0ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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