4GNJA

Crystal structure analysis of leishmania siamensis triosephosphate isomerase
Total Genus 88

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
248
structure length
247
Chain Sequence
KPQPIVAANWKCNGTTASIEKLVQVLNEHQIDHDVQCVVAPSFVHIPMVQAKLCNPKYAVSAENAIAKSGAFTGEVSMPILKDLGVSWVILGHSERRTYYGETDGVVAQKVADAYNQGFMVIACIGETLQQREANQTAKVVLSQTAAIAAKLPKEAWSQIVLAYEPVWAIGTKVATPEQAQEVHALLRQWVSEKIGNGVATKLRILYGGSVTAGNAKTLYMKPDINGFLVGGASLKPEFRDIIDATR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH9 (201-206)EMPTYS1 (8-12)TIV1 (13-16)TIV2 (93-96)AH1 (19-31)AH11 (241-249)TI1 (58-61)S2 (39-43)S3 (61-65)3H1 (46-48)AH2 (49-55)AH3 (81-87)S4 (91-94)S5 (123-128)S6 (163-167)AH4 (97-103)3H2 (157-162)AH7 (139-153)O2 (168-170)AH6 (132-137)3H3 (170-172)AH8 (181-199)TI3 (226-229)S7 (209-211)TI2 (216-219)S8 (231-234)3H4 (236-239)AH5 (107-120)TII1 (75-78)AH10 (219-225)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Leishmania sp. siamensis
publication title Crystal Structure Analysis of Leishmania siamensis Triosephosphate Isomerase
rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 88
structure length 247
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2012-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4gnjA00
1H7RA 1THFD 1QO2A 1K3UA 1R47A 1EPXA 5CZJA 4ZQNA 2QR6A 1IXPA 1ICSA 5CPOA 1T96A 4LVAA 1DL3A 2A6NA 1TPVA 4K8HA 4LWWA 4JTTA 5BRBA 5FEZA 2ZZ4A 3F4WA 2QCFA 4CQ8A 3ZS4A 3PR2A 1O5KA 4LVDA 2RH9A 1TCDA 4O53A 2C3ZA 3PB0A 4IOTA 1ML1A 3M5XA 4WY0F 2VXNA 1S5VA 3DBPA 4UR7A 3VCRA 3WK2A 3M6YA 3P62A 4YCOA 1KTCA 1WA3A 1YTEA 3CHVA 1MEIA 3NZRA 1QCWA 2QEZA 3R8RA 4ZQOA 2ZRVA 3NQCA 5EL1A 3P5YA 4EWND 3IEBA 2VEPA 3T4CA 3QPZA 2CLMA 1VRDA 2E6AA 3LTSA 3W2UA 4JX6A 4GUJA 1TYGA 3ZR4A 5LNRA 1FY6A 4GNJA 1RQEA 1KM5A 1YXDA 5LKYA 3N73A 4CNNA 3HPZA 1GPWA 3BLEA 2J9XA 1EEPA 2X1UA 1D3GA 3G0XA 1G4SA 2Y6ZA 2CLHA 3L0KA 2HTMA 1TB3A 4J9JA 3R89A 3TAKA 4BWLA 5ABTA 5J5DA 5D04C 1B3OA 8TIMA 4YXGA 2Y61A 3S42A 1KM4A 3LCHA 3LCXA 3ZWTA 1WX0A 4ZQCA 1SFJA 2JBMA 3HGJA 4LVBA 1A5BA 3HOJA 4O57A 3FOKA 4POCA 4QJ1A 2V2CA 3C3NA 4RZ6A 2Y7DA 1QFEA 1E51A 4IX2A 4FO4A 3IIZA 3IVTA 1YPFA 3DHDA 4Y6GA 4O0KA 3I65A 3HJZA 3PBVA 1LOLA 3DH7A 3W7OA 1YYAA 4FNTA 1A53A 1P0NA 1JCMP 3MHUA 4OE7A 1TPFA 5CZSA 3MHFA 2ZDRA 1G7VA 5I3JA 2NWSA 1R2RA 3LV5A 4A21A 1CI1A 1JQXA 4LRSA 4CQAA 5DBUA 1LOQA 1OX5A 1GVQA 1YPIA 3HB9A 2C15A 2DORA 3T44A 2Z2UA 5D30A 2ZTJA 5HJLA 4ZQPA 3CT7A 3HBLA 3O6CA 4UNKA 3G1XA 1W37A 4OV4A 1ICPA 2CZEA 4QIUA 4BI6A 3I7QA 2ZRUA 3OA3A 3DFSA 1XBZA 2WOQA 1W5NA 5HINA 4ICNA 4NNBA 1FXPA 1QPQA 3PM6A 2A7RA 5HWNA 3IGXA 3W87A 2R14A 1GQNA 2QCHA 4CCCA 1LYXA 3W84A 1W3NA 4JR5A 4UMBA 2DZWA 1EA0A 3FLUA 2RDWA 4YWIA 2ZZ3A 1KLYA 1ADOA 2EGZA 1BWLA 3BV4A 3GX9A 3IIPA 2ZQ0A 3SSJA 1A5SA 4WQ6A 1SZNA 3SZ8A 4U28A 2LLEA 3G0UA 2J6XA 2GQ9A 2ATMA 1ME9A 1O4UA 3DFNA 4RXFA 5AYXA 3MYOA 4N9EA 1OFQA 4NJJA 3UY8A 4JIPA 3A22A 1DHPA 3GXNA 3P81A 2RDUA 3TCEA 5TBOA 4HIBA 1P0KA 3NQDA 5CPMA 4LVFA 4MYXA 4OGZA 1X6UA 4AHOA 3QQ1A 4FNQA 4OWGA 3G1SA 4K36A 1JCLA 1H62A 2XN1A 3TJXA 1PE1A 5KTLA 1FCUA 5FF7A 4ZVJA 1PHWA 4AF0B 3WJWA 2DP3A 2Y89A 4L4LA 2V2HA 4MKNA 3HGRA 3SW6A 3FYPA 3THQA 5AB3A 3STCA 2YFOA 3TFXA 3A24A 1KLZA 1UJPA 5G5IA 1V5XA 1GJPA 3UWWA 4MZ1A 3HG5A 4ZL1A 5K3VA 1WOAA 4WY0B 3WJSA 4HT3A 4GBUA 4D2JA 4W9TA 1ZFJA 3YPIA 4QAIA 5FF0A 4LU0A 3WK1A 1ONRA 2H3BA 4ADUA 1EP2A 1K02A 1GZGA 1VR6A 2Q8LA 2NUXA 3VNDA 1F7BA 1SO5A 3FEMA 4Y8FA 3THAA 3W2JA 3DGRA 4MZYA 1T8XA 2BSLA 1I2NA 4HPJA 3WFAA 3AJXA 4JTJA 3QH2A 4XWUA 1UUOA 1X1ZA 3UD6A 4FIRA 2QCNA 2ABBA 2NXIA 3S1WA 1VYSX 1QR7A 3O06A 4UFIA 1VH7A 3PULA 2A7PA 3M41A 3LHWA 3SJ3A 3IGUA 1L9WA 4JS3A 5DCDA 2C16A 3S1VA 1T99A 1GOXA 3H54A 4DBDA 3P61A 1Q6RA 4ADTA 4GUHA 3RMJA 4MOZA 1WAUA 3B0UX 3QC3A 5U4NA 5EA9A 3UYCA 1IF2A 1LTDA 4NVTA 5EYWA 2B7NA 1AK5A 1Z44A 1KTBA 4A2RA 2WO5A 5AHMA 3P67A 3C2OA 4GXMA 4UUIA 4HHPA 1LROA 5E0KA 3V75A 5D38A 4DQWA 4IXXA 4UTWA 3KVLA 3LXAA 4LT9A 4WUIA 1IIHA 4GRSA 3OG3A 2TSYA 2FJKA 1IXOA 3NNTA 4Y90A 2YDAA 4IPIA 4N4QA 4WXZA 3LTPA 3R12A 4AHQA 3W7PA 2VELA 1JCJA 3GNNA 4E38A 1X1OA 2HS8A 2CZ5A 1KFLA 4O28A 1O5XA 3W72A 4X2RA 4L4MA 1NSJA 3SGZA 4UFMA 3OEXA 1KV8A 1JQVA 1R30A 5LNUA 3LB0A 4FEZA 4IPJA 2DJXA 3EX1A 1JCXA 1LRQA 3S5ZA 2WJZA 4K8EA 1RZMA 4JY9A 1H60A 1SSGA 2J9YA 7TIMA 4JYFA 4OT7A 2BLEA 5G4WA 1M7OA 1N7KA 5DLCA 3DI1A 2E68A 2ZRWA 1TV7A 5F2LA 4M6VA 3RU6A 3NA8A 4FNSA 4DBEA 5F2GA 5G2HA 3W85A 3W7MA 3O1NA 3ELFA 4QITA 5FEXA 3E9AA 2GVGA 1SFLA 4JTLA 2O7SA 4Z1DA 5EBUA 3NL6A 1FQ0A 3LXBA 5IBXC 3EEGA 1RPXA 1ZY9A 4O10A 1XL9A 5FEPA 4H4IA 2WQPA 2B7PA 4O4VA 4O52A 4O1BA 2E5DA 4O0ZA 4RX0A 4NJKA 3M16A 4R7JA 2DZVA 1OYBA 1QPOA 3SR7A 2X2GA 5KSWA 1AMKA 3TMLA 2X30A 3A9IA 1ZHAA 1XC4A 3QEZA 3NQFA 4IMFA 4JTKA 3NDOA 1O95A 1IXQA 1ZCOA 3FKKA 1OK4A 3OHIA 1SQ7A 3B0VC 4GE8A 3BW4A 4N6FA 5HWMA 4JXCA 1OYCA 3G8EA 6ALDA 5DN1A 1TRIA 1YDOA 1K03A 4IMEA 4NNCA 1RQHA 2E1DA 3DU0A 3A21A 4JDYA 3TSDA 4MLRA 3C6CA 1H7WA 1LZOA 3SI9A 4UTJA 5K9DA 4FIQA 4JTIA 1TPB1 3L65A 4PODA 3RLUA 3NO5A 4HN4A 3Q37A 5CSSA 4CCEA 3N19B 4UTHA 1JRCA 2WSRA 3EKLA 3INPA 3CM4A 1SW0A 4XTDA 4BWLC 4X22A 2ZA2A 1GG1A 4M6QA 1W3IA 2QF7A 2ABAA 1JUEA 1V7YA 4JDBA 3E0IA 1H63A 2RFGA 4PFMA 4HSNA 3B03A 2PURA 3PBUA 2ZZ7A 5KZEA 1KFBA 1KFCA 1ME7A 1GG0A 1KM6A 3CU2A 4DO4A 5D03A 1ZJIA 1HO1A 2EKCA 5LNWA 3UWUA 1SPQA 2G97A 1BEUA 1VCGA 4GUIA 5G2WA 3NEVA 2JK2A 2PCQA 3RFAA 1XUUA 1H7OA 3C2EA 2TPSA 2ZZ2A 3KFTA 3PAJA 1FWWA 1U83A 3QMSA 2X1RA 3G8RA 1EUAA 1AL8A 1D9EA 4CCDA 1HO4A 4BF9A 1I2PA 2A7NA 1XXXA 3TR2A 5AHIA 2Q3RA 2XFWA 3VKJA 3A23A 2C13A 4K7YA 1N8FA 3NQAA 2CZFA 1YLVA 5AHEA 4MZ8A 3LERA 4I7VA 5TIMA 1JCYA 5AN7A 4Z0JA 2E6DA 1Z42A 1H7XA 1I45A 3B4UA 3GKFA 2VFGA 3W7QA 2Y7EA 1KM1A 3W73A 5E93A 1GTHA 4IJBA 1SO6A 2V5BA 2VEIA 1SZFA 1EWEA 1NEYA 2YSWA 2DJLA 3W7CA 3NOEA 3HPSA 1LBFA 1XDMA 1L6WA 1TTQA 3G1VA 3GB6A 4XBKA 5F2IA 1LRNA 5I3HA 1FX6A 5DBTA 3P74A 3ANYA 5EMUA 5HUPA 5LNVA 5K9XA 3N9RA 2Y7FA 2E5CA 1ZENA 3EXSA 1YDNA 1G4TA 2BX7A 5EY5A 2NXGA 1W1ZA 5IBXA 2C1HA 3MHGA 4O8RA 2NV2A 3W1QA 1TPH1 1MSSA 1DJQA 3NR0A 3DFQA 1ZNNA 1K8XA 3IVUA 3W23A 5F1VA 3WJYA 3PS7A 4JY8A 1SR9A 1W5PA 1L6YA 3PVFA 2V81A 3LTYA 2TYSA 3G22A 3P60A 4NT0A 1I2RA 3L66A 1XFBA 5K2ZA 1R46A 1LORA 2H8XA 1VC4A 4BI7A 1TTPA 1H61A 3MI6A 3NM3A 3PSWA 2CW6A 3DXIA 3EWUA 1KM0A 3BGGA 4FNPA 3W2KA 4PH6A 3LOTA 1OFOA 2ZA1A 1Q6QA 1TREA 2E77A 3UWVA 1FDJA 3W7EA 2X16A 3HQ1A 5BOOA 4MPQA 4NXKA 1IGSA 4E2DA 2GUUA 3BLFA 5D2XA 3U8GA 4UMCA 4BFAA 4RZ5A 2W0UA 1VLIA 3CTLA 2E5BA 4M7SA 3LLDA 5C55A 3VI2A 3TSBA 1AW1A 3GAYA 1X7FA 3DKJA 4LS1A 2QUTA 2UV8G 4JX4A 3NQGA 2O7QA 3O07A 3TU9A 3TW7A 1Z41A 2X1TA 3C2VA 3R5EA 1OX4A 3BG5A 3QZEA 2A1YA 3SIZA 2GOUA 3EWWA 1OX6A 3NQEA 4LVGA 3T55A 4PEKA 3LHZA 4FX6M 3NQ2A 5KINA 3FIGA 4RK8A 2Y63A 1RV8A 1VQTA 4TMCA 3W7HA 5HQEA 3GXTA 1WOBA 2QDGA 2EPHA 2VKZG 3C52A 4LUIA 4LS2A 1B9BA 3Q2DA 3CEUA 1GEQA 5D02A 2B7OA 4O17A 3ABQA 3W1MA 2TMDA 5EKYA 3CWNA 5D32A 3M5ZA 4O12A 1FDZA 3W74A 1I8JA 2VC6A 1KFEA 1U5JA 3G1HA 1OFDA 3NQ7A 4WOZA 4AHPA 3L2IA 2RDTA 2QCEA 1DQWA 1R2SA 2V5LA 5AYZA 1XM3A 1X8FA 1PCKA 4UTUA 1AG1O 3UXDA 4X9SA 4UTWC 3SGUA 1OF6A 3LX9A 3MWAA 5C54A 2P10A 4ZMGA 4UIOA 5FF3A 1GT8A 4XQ6A 3EB2A 3P84A 3ATZA 3LRLA 4A22A 2DZUA 3L68A 4JTFA 3GKAA 5BNKA 1FCQA 1F2JA 2A6LA 4XTIA 1QAPA 3C2FA 3PSVA 3M7WA 5A5WA 3A5VA 1ZAIA 1TQJA 3BARA 1SZGA 3M9YA 2OT0A 4O1CA 4UNLA 2I9EA 1J5TA 1K8YA 3W3OA 5HMSA 1QNVA 1QWGA 1EWDA 5HWJA 1TTIA 3QMTA 4IXHA 3ABRA 3CEPA 2A4AA 5AC6A 1K7EA 4K38A 2KZHA 3Q58A 1M5WA 4OHQA 4UXDA 4RV8A 2FFCA 4ZQMA 5K4ZA 2ZYFA 5H2ZA 4PC8A 1H51A 3MP5A 4JGDA 4DPPA 4Z08A 4MIMA 4K39A 3VE7A 4IUOA 4NU7A 3TQ0A 3QRHA 1UASA 1F6PA 1XUZA 3HF3A 2CWNA 3MUXA 4Q33A 5G1YA 5D2WA 4NNAA 4M6PA 3W86A 4QQ3A 3KRUA 5CPLA 4ALDA 4JX5A 3GR7A 3FYOA 1KFKA 2ZFAA 3LI0A 4R34A 4LNYA 1JCNA 1RR2A 1B4KA 5AHLA 5DXYA 1XI3A 1SSDA 2VOMA 4JTGA 2Y70A 3M44A 3LCGA 4E2BA 1KTNA 5AHFA 3HPXA 3UZJA 4DXVA 3TX9A 1P4CA 2YGYA 4RKAA 3BW3A 4N2YA 5I3IA 2P1FA 2Z6JA 4TMBA 4C1LA 2OZ0A 4UC5A 3DFTA 1QPRA 5K9CA 2NX3A 2F84A 1VJIA 3A5FA 4BR1A 1GVOA 1G4PA 4I7UA 1GYNA 2DZPA 1H1ZA 3M5VA 2BTMA 1S3HA 2WKJA 1DKWA 2NX9A 1JVNA 5I3GA 4UTTA 4GFSA 3ABOA 4NQ1A 4YCPA 1BKSA 4N9DA 2W6RA 5D33A 3GDTA 3OIXA 4O14A 4Z0SA 3TSMA 3UZ5A 3TXVA 2FPYA 2OCZA 2NUWA 3EWYA 5F2MA 5D09A 2CZDA 2NLIA 1B57A 2HS6A 1SW3A 3HO8A 2C14A 3TW6A 5LGXA 3FS2A 5LHEA 3E12A 3S0CA 1OF8A 4WZHA 1OFAA 4JD4A 5GVJA 2QCCA 4FNRA 4UFKA 2QDHA 1TRDA 3W75A 3QFEA 5KZMA 1DJNA 1KV5A 5CKSA 2C19A 4WD0A 2R8WA 3H55A 4LUJA 3NGJA 2A85A 4KKXA 5AYYA 3EX6A 1GVSA 2F7FA 4Z1CA 5AHNA 1JRBA 2FQIA 3Q94A 1NFBA 1SUXA 4DEFA 3WK0A 3W6YA 5IM51 3S8HA 3NQ6A 1VYPX 2B7QA 2VFEA 3G1DA 1OX4B 4YL2A 3H53A 3T78A 3S5OA 3I7RA 5AFDA 2Z6IA 4KFNA 4M7TA 3W7IA 4C1KA 1UB3A 1ICQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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