4GUGA

1.62 angstrom crystal structure of the salmonella enterica 3-dehydroquinate dehydratase (arod) e86a mutant in complex with dehydroshikimate (crystal form #1)
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
251
structure length
247
Chain Sequence
MKTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKAGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKPGQISVADLRTVLTILHQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Reassessing the type I dehydroquinate dehydratase catalytic triad: Kinetic and structural studies of Glu86 mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 89
structure length 247
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2012-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4gugA00
3HG2A 3DFOA 2E6DA 4N9CA 2QUTA 1QR7A 4IX0A 3TA6A 3HO8A 5H2ZA 3N34A 3LHTA 4UFLA 2G96A 1EPXA 3BGJA 1AW1A 4LT9A 4RKAA 2QCNA 2VXNA 4AF0B 2Y88A 4UMCA 3E02A 4S2CA 2QCEA 2ZA2A 3BVJA 4O1BA 3NZRA 1MEWA 5EMUA 1Z42A 3GNNA 1R2SA 1EP3A 3NAVA 1YTKA 3L2IA 5J5DA 4ZQCA 3TAOA 3R2GA 4MZYA 2TYSA 4DBDA 1WYIA 4JXCA 2XN0A 2CLEA 3DFPA 5KITA 3MUXA 2ALDA 2Y62A 3FA5A 4GJ1A 2VKZG 1S5TA 2VOMA 1W1ZA 3VFLA 3FOKA 4ML9A 1OVDA 3A21A 1QWGA 1LDCA 2HS6A 2V8ZA 3P82A 1H61A 1K7FA 5FESA 1H1YA 5IM51 2H8XA 1R46A 2C15A 2F84A 3LCFA 2ZZ4A 3P8JA 2B7PA 5LGXA 1DBTA 4NXKA 3GAKA 3W1UA 3O1NA 4LRSA 2E68A 4JTLA 1CI1A 3ABSA 3OVRA 1W5NA 1OX6A 4K39A 4PODA 3OEXA 3MMTA 1WA3A 5AHIA 4IWWA 1TRIA 3MHGA 5I3HA 1I2RA 3L0KA 1SO4A 5EKYA 3UZJA 3W7KA 1H60A 3G0UA 3N2MA 4H4IA 1T8XA 4OGZA 3FJLA 5SWUA 3I7RA 3PVFA 1JVNA 3TW7A 1EWDA 1W5PA 2ZTKA 3EX4A 3GDKA 3GXNA 1XUUA 4WZHA 5EYWA 4Y8FA 1Z48A 3GDTA 4IMGA 2A7NA 3PB2A 1EUAA 2WOQA 2CW6A 4O8RA 2X1RA 1FDJA 1VHNA 1TSIA 2QDHA 3DFSA 3LGEA 4GUIA 3O07A 4MUZA 1FCBA 3GLCA 3TW6A 4YXGA 1Z41A 4Z1CA 4TR9A 1F5ZA 2JK2A 2YYUA 1UBSA 4FXRA 3SI9A 5D30A 4YMZA 2W0UA 3B4UA 3C2OA 3MO7A 1XI3A 4GNJA 4N4QA 1V7YA 3NVTA 3U2OA 1K03A 5HWNA 4AXKA 1L6WA 3FLUA 4K7YA 1KLZA 3E0IA 1DKWA 3GNDA 3R13A 1ZALA 4AF0A 2YW3A 3FKRA 1YADA 4QAIA 1PS9A 2QCDB 3NL3A 2YCEA 4FNUA 5AHMA 3SECA 4DEFA 3V75A 5C5YA 2HS8A 4TMBA 5HMSA 6TIMA 3HJZA 2QAFA 4P2VA 3SGZA 1ZFJA 3C6CA 4ORMA 3DBPA 1SR9A 3CB8A 4NZJA 4FEZA 3DFNA 3BV4A 4QJ1A 4XWUA 4NNBA 2J88A 3G18A 3UXDA 3W71A 2P1FA 1DJNA 1ME9A 2QCLA 3A9IA 2ZZ3A 3NGJA 2E6AA 1CX9A 2Z6IA 5F4SA 1TREA 5G2WA 2PURA 4RK8A 4Z1DA 4HNVA 2NX9A 2PRHA 2QCMA 1R47A 4XBSA 1TB3A 1P4CA 5ABTA 1F74A 4GUJA 3EWBX 1H50A 2A6NA 3QW3A 1H5YA 1W8SA 4PFMA 3U6WA 2RDTA 3NQDA 3NM3A 2Q8LA 4UTTA 4BR1A 3NPUA 1O95A 1ME8A 3F1QA 3LRMA 2BXVA 1F73A 3EWUA 3MBFA 3IGXA 2QEZA 4UMBA 1FCVA 4FNQA 2Z6JA 2EHHA 4WUIA 1YXCA 3RF9A 1TQXA 3USBA 1GVFA 1RV8A 3OHIA 1P1XA 2NWRA 4ZQRA 5T26A 4FX6M 2ZFAA 1I8JA 2FIQA 2DU2A 5G2HA 2V2CA 3UWQA 4W9TA 4BWLC 1LBMA 2A0NA 1GG0A 3LCIA 5DELA 1XBVA 1N55A 3A24A 2GQ8A 3P84A 1LCOA 5TBOA 3E49A 4FNRA 2OT1A 5FF3A 3RK8A 3S8HA 1R30A 3SR7A 3EWXA 3O15A 3K30A 5K9DA 3W7OA 1A53A 3KVJA 5K4XA 1VS1A 3AJXA 4QNEA 5I3FA 4UMAA 2E1DA 4KWWA 3P60A 4MY8A 3WJYA 3JRKA 4HSOA 4MFDA 4QQ3A 2J9XA 2VEMA 3WJZA 1T96A 2GOUA 3GXTA 2CLKA 4E38A 2ABAA 3N14A 5AC7A 2FPVA 3ZS4A 1PHWA 3KX6A 4R34A 5DLCA 1V5XA 4HN4A 3FYOA 4E0CA 1RD5A 4X2RA 2YR1A 3W86A 4O0ZA 5KZDA 1GVSA 2V81A 3M43A 5F4XA 5D03A 2E5CA 1SO5A 5FEPA 3DAQA 1XBYA 4OQVA 3M1ZA 3M7WA 1JRBA 1G4SA 3PBWA 5IBXC 5KINA 3KRSA 2H90A 3W88A 3S5YA 4MZ8A 3LLFA 3M5YA 1K8YA 5DXXA 4ORIA 2XN2A 3H53A 1PV8A 1XM3A 1AG1O 1GOXA 1XC4A 3PULA 4EF8A 2WNNA 3CPRA 3W23A 1FQ0A 3R5EA 4O11A 3S1VA 1WBJA 3KAOA 3GX9A 1TCDA 4O57A 1AW5A 1Q3NA 2PC4A 1ICQA 3C52A 3Q37A 3M5VA 3SGUA 4K37A 3N2XA 3PG9A 3T78A 5CPNA 1OABA 2CLOA 1LLWA 2WSYA 3PUEA 3RNDA 1J2WA 2X1SA 5MHBA 4JX4A 4C1KA 1ZCOA 2G97A 2ZRWA 5AB3A 3M44A 3W70A 2NLIA 5AC6A 1UASA 3OG3A 5HUPA 1ME7A 2A21A 1BEUA 4JDBA 1AL8A 4ZMGA 3S9YA 4OE7A 2PRMA 3QYQA 2YZRA 3TFXA 4UR8A 3LHZA 2GVGA 4JTFA 3NM1A 2C16A 4PL1A 5D33A 4FHAA 5I3KA 2CLMA 3DHFA 3L9CA 4AHOA 3DGRA 1IGSA 2CZ5A 3STGA 1LTDA 2QR6A 1FX6A 2QCFA 3W7LA 1QDSA 3UY7A 3GVGA 4JYEA 3MI2A 3W7IA 1WOAA 4XBKA 2DZXA 3W6YA 1KW1A 1YDNA 3NL5A 2QAPA 2NV1A 1F7BA 3O16A 3IEBA 1IXQA 4DF0A 4FNSA 4MYXA 4FB7A 4M5PA 2NV2A 4RZ4A 1FCQA 2UV8G 2JKEA 1Q45A 1W56A 2NUXA 3CEPA 3NQFA 5BW6A 3WK0A 2VEPA 4WY0F 2BTMA 1EEPA 1TTPA 2Y6ZA 4U28A 4NNCA 3LCGA 2X1TA 5LKYA 3GDMA 3KRZA 4DF2A 3B0VC 1C8VA 2VFDA 1QPNA 3FJ6A 4GFSA 1RQEA 1TV7A 3UQNA 1JUEA 5KZEA 5F4WA 2FTPA 4XKYA 1YPFA 4Y96A 4A22A 1TIMA 5K9CA 5HR7A 3TIMA 2XFWA 3MP4A 1XBXA 1VC4A 1ALDA 1VYPX 1X1OA 4RX0A 3MHFA 3R8RA 3QC3A 4UTWC 4A3UA 3TSDA 1NF0A 3HPXA 3S42A 1HL2A 2H6RA 3JS3A 2G95A 5FEZA 3EKZA 4O14A 2D73A 2WPBA 1QMLA 2RDWA 4O10A 4PCFA 1VR6A 3LBMA 1YXYA 4LVFA 2AGKA 5DBTA 2ZA1A 1BTMA 1KFLA 3PF3A 3QPYA 3I68A 4ZQPA 3MI6A 4RXGA 3PWAA 4POCA 1TPH1 2PCQA 2NUWA 3JR2A 3KHJA 3L5AA 5AOUA 2E77A 1I2NA 2TMDA 3EXRA 5C54A 4H6KA 4K38A 3NQMA 3GDRA 3GK0A 4AH7A 3BK0A 3PB0A 2PRLA 2WNQA 2Q8ZA 3CWNA 4ALDA 1EB3A 3TJLA 5G1YA 3NOEA 3TMLA 4HSNA 2DZPA 4XUGA 4O54A 1FUYA 3IVSA 3PSWA 4JTSA 5DBUA 4DBEA 3IGUA 3TE9A 3W9ZA 4O1DA 5AHNA 3MP3A 2ATMA 1F05A 4LVBA 5D02A 3W1RA 3W1XA 4LWWA 3P61A 3EB2A 4ONVA 3O6CA 3N19B 4HPJA 3NQ8A 4AWTA 3PS7A 3QF0A 3SFKA 2ZYFA 1TPUA 1SZFA 3P62A 4JTTA 3P8IA 3TH6A 1X8FA 3OVPA 3CHVA 4U4MA 2W6RA 1VPXA 2WSQA 5G4WA 2AAMA 2QCHA 3CT7A 2E09A 3L21A 2R14A 1YDOA 1LORA 1L6SA 3LBCA 4GC4A 3G1SA 1DJQA 1PIIA 4FX8A 5F2MA 3KVKA 4BF9A 3P81A 1JCLA 1TTQA 1WX0A 3ATYA 4PC8A 2R94A 2JGYA 5D05A 1GQNA 4AB4A 4MLJA 1ZNNA 2LLEA 3S5ZA 1R2TA 2C13A 2J6XA 2ISVA 3S0CA 1GPWA 2CZFA 2XN1A 1W3TA 3GYEA 2VFHA 4TU1A 1W54A 2RH9A 3THAA 4Z1BA 3QPZA 3MWAA 3W7GA 3EX3A 5D2YA 4Z0SA 4Q33A 2GPTA 4O53A 4WD0A 4ADUA 1LLZA 2HSAA 4K6AA 3W84A 3CIXA 3PSVA 3VKJA 1G67A 5D2WA 4NQ1A 4LW7A 1H7PA 2I9EA 1VCFA 2RHGA 2X30A 2Y7GA 1Z44A 2R8WA 2NUYA 4RJEA 4UFJA 3W85A 3L0NA 4O16A 1N7KA 1QO2A 4HKPA 2CLIA 3C2RA 1SZEA 3VI2A 1C9DA 1I2QA 4O19A 3RLUA 3IIZA 3NL6A 4A21A 1TJRA 3L65A 5FI8A 3SW6A 3DI0A 3S1UA 3CLMA 1N8FA 2CWNA 1HO1A 3W1LA 1K7XA 3WJWA 4O1AA 4UFIA 4CNPA 1AK5A 4GRSA 1F76A 5BMWA 3W7NA 3CIWA 5D2TA 4WXYA 2QJIA 2CZDA 2CU0A 4IMFA 1EP1A 1JCYA 4UTIA 4HNUA 2P10A 1SW0A 3FIGA 4IX2A 2OT0A 3WFAA 4QM1A 1TTIA 1FWWA 3STCA 1I4NA 1KTBA 1ZAIA 2J9YA 5HWMA 3F4WA 3WK3A 1MXSA 3EWWA 1VQTA 2Q3OA 2VFIA 1B4EA 3EX6A 4M7SA 2C19A 3PR2A 3TQVA 4NUWA 4JNMA 1PCWA 2WNZA 4GE8A 2A7PA 1ADOA 1H1ZA 3Q2DA 5HQEA 5G1TA 2ZZ6A 3QMRA 4LUIA 5HUOA 3TV8A 5HJLA 3NNTA 4LU0A 1OJXA 1W5OA 1OX5A 3GDLA 1NF7A 4O13A 3W76A 4N6EA 3C2FA 3SIZA 4TMCA 4WX2A 4EOUA 1J4EA 3NA8A 4WOZA 1SO3A 4NJGA 4DO5A 5L6UA 3DENA 3PBUA 4YL2A 1WXJA 1IF2A 4I7UA 4RR4A 3P5YA 4ZQNA 2ISWA 3F03K 2Z2UA 3TC6A 4IUOA 5C2XA 1VRDA 1TTJA 3LX9A 4O15A 3IVUA 4N9BA 3TCEA 1JQXA 4FIQA 1VZWA 4CQ9A 1FBAA 3HGJA 1OHLA 4CCCA 3P80A 4UUIA 1WV2A 1XL9A 4OHQA 2ABBA 3RMJA 1VLWA 1XUZA 3KFTA 1OK6A 3CU2A 1TPFA 1RR2A 2YDAA 3INPA 2ZZ2A 3MYOA 5FF4A 4JY8A 4LY8A 1PCKA 1C29A 1RPXA 2Y63A 1E51A 2WJZA 1ZHAA 2BWGA 3QQ1A 3CWOX 1OFRA 2V5BA 1YYAA 1OYCA 3GIYA 3W7EA 4KWVA 4LUJA 4Z0JA 5HR6A 3THQA 1Q6RA 2C6QA 3NQ6A 4TIMA 4OWGA 4GUGA 5AHLA 3G0XA 3GKFA 4I7VA 1SU5A 3BG5A 4IXXA 4O4WA 3ANYA 4N6FA 1GVQA 2J9ZA 2ZTJA 4GWEA 2C3ZA 1IXNA 3UXAA 3LM7A 3M47A 3A22A 3ABOA 4JY9A 4AWUA 3G1XA 4RZ5A 3BLFA 3EKLA 2OJPA 4UFMA 1SW3A 1GWJA 3HG3A 3LCLA 1O5KA 1KTCA 4LC6A 3W73A 3LCHA 3EWYA 1ZJIA 1KBJA 3HG5A 2HMCA 1LROA 3M5ZA 1TPC1 5E1QA 1XFBA 3GR7A 3LERA 1LOLA 4S2BA 1XDLA 2VELA 4RXFA 1ICSA 3G8EA 1VCVA 4O1CA 4WXZA 2ZRXA 1EIXA 1LYXA 5DY3A 5CSSA 1UUMA 1LZOA 3B05A 4MVAA 1ONRA 1KBIA 4PA8A 4FO4A 3EEGA 2TRSA 4K36A 4Y90A 4FX7A 1PL9A 2ZBTA 3HQ1A 3UWUA 1D3HA 5BRBA 3TAKA 3TR2A 5EBUA 3GR8A 3HGOA 2QDGA 2FFCA 4UR7A 3H54A 3G1DA 1IIHA 4HNTA 3TFCA 1DL3A 3PBVA 2QCDA 2X2GA 3G22A 2H3DA 5H91A 4JX6A 2KZHA 3UWZA 2V30A 3QRHA 2BSLA 1SFLA 5DY2A 6ALDA 3S6DA 1OK4A 1PHQA 3UPWA 5AYYA 3HB9A 3EWZA 1OFDA 1KFKA 1GYLA 1PVNA 1QOPA 4JTUA 3L0GA 4OBTA 3W7JA 4Y6GA 1JJKA 4Q32A 1IXPA 2FQIA 5AYXA 1O94A 1JCXA 4YCOA 4CQAA 3MYPA 5LNSA 1NEYA 1TV5A 3A5FA 3B0UX 3L5LA 3LHWA 4DPQA 5CKSA 2X16A 4O18A 4ADTA 2H8ZA 3BW4A 1FDYA 1KFJA 3C2VA 3M6YA 4WY0B 4JDYA 5LNWA 3I6RA 3IV3A 4AAJA 4AHPA 1H7WA 1GTHA 4JIQA 1B9BA 4YLWA 5J5RA 4ICNA 4OV4A 5KMYA 3VCRA 3W75A 2B7OA 1OFEA 2VEKA 1W3NA 2TSYA 1SZNA 3W07A 1EX5A 3A5VA 3YPIA 1FWTA 4LVDA 4MY1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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