4GUIA

1.78 angstrom crystal structure of the salmonella enterica 3-dehydroquinate dehydratase (arod) in complex with quinate
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of type I dehydroquinate dehydratase in complex with quinate and shikimate suggest a novel mechanism of schiff base formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 96
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2012-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4guiA00
1XL9A 1SFLA 3KVMA 1BTMA 1CI1A 2J27A 4ML9A 5DBTA 4QJ1A 1OFBA 4UFKA 2G95A 3TMQA 3O6YX 3EWXA 3IIZA 2EPHA 1XC4A 2QCDA 3LBCA 3KVLA 1H7OA 1KTNA 5AC8A 2GVJA 3I65A 4IQLA 1LORA 1ZNNA 3M5YA 3GXTA 4AXKA 4CCDA 3DAQA 4JTLA 3OIXA 5G2HA 1XDMA 2DP3A 4FXRA 4DBEA 3W71A 5FEXA 3LGEA 3T55A 3NM3A 4AH7A 3UWVA 2QAFA 3M43A 4R34A 3P80A 3ZFHA 1SW3A 3JRKA 2A4AA 2RDTA 3TU9A 4A21A 4NX0A 4WY0A 3QW4B 2ABAA 1GG1A 1OYAA 1O60A 4E2BA 2CZEA 3DHFA 3TAOA 5HINA 2ISVA 3UPWA 3M1ZA 1DQWA 3U2OA 1LBMA 1BEUA 1YXYA 4DPPA 3DFPA 4AHPA 4LV4A 2V2HA 4LRSA 3O6CA 5CZTA 2P1FA 5C54A 2V9DA 2A2IA 2QDGA 3IIXA 1FXPA 1EUAA 5H2ZA 4Y90A 5K9DA 1SO3A 4H3DA 1QPRA 2DJXA 3UY8A 3NYZA 1J2WA 3HGJA 3EB2A 1KFCA 1RD5A 1CW2A 2V0TA 4JICA 2ZZ5A 3DZ1A 1K7XA 4AF0A 5DCDA 3RK8A 3GNDA 4FIQA 4TO8A 4RX0A 1EWDA 3QM3A 1I2OA 4AWTA 2QJGA 3FYPA 1P0KA 1GWJA 3TK7A 2YFNA 5EA9A 3S5YA 2WJZA 4FXSA 5AOUA 3UZ5A 2EKCA 2ZRWA 3EX1A 4NQ1A 3BV4A 4JTJA 4MY1A 1R2SA 4AWSA 2JKEA 3NEVA 3FFSA 5KSWA 5FF2A 1V5XA 4JY8A 4AHOA 3BVJA 3W7IA 3CLMA 3L5LA 4Q33A 1M7PA 2GQ9A 3HJZA 1MEHA 4BWLC 1PS9A 1QFEA 1L6SA 3GDRA 1SPQA 5HULA 3QEZA 1JRBA 3W2KA 2OMAA 4M5PA 3VKJA 4MY8A 4MPQA 2QJIA 1TPEA 3W1QA 1FXQA 4LVBA 1DKWA 3R5EA 1VPXA 4YXGA 5CSRA 3WK2A 4FNRA 2C6QA 4LY8A 1TQXA 4ALDA 2Y61A 1W3IA 2JGQA 1T99A 5CZ0A 5AFDA 2P0OA 2QR6A 1YADA 4HNVA 5HQEA 3G0SA 4QITA 3MJYA 4UFJA 3HG2A 5KZDA 4E0CA 1G67A 4XZ9A 1GYLA 2C16A 2V8ZA 2RKXA 2X2GA 3T4CA 3TNOA 1W54A 1J5TA 3ELFA 1AL8A 1PCWA 5DCBA 3AO0A 1VS1A 3EXRA 3GXNA 2EHHA 3LTPA 3MI3A 3S0CA 3MO7A 1VCVA 4LVFA 4FNQA 2QCCA 4RV8A 1WDWA 4A22A 4NNBA 2FJKA 1QR7A 3L5AA 1KM2A 1X1ZA 3L65A 3W84A 3LV5A 5EPDA 1OX6A 1JVNA 4UTTA 1Z42A 1OX4A 5KITA 3W74A 5BRBA 4I7UA 2Z6JA 5I3JA 4GUJA 5K2ZA 4ZQPA 5U4NA 5EY5A 3NG3A 4CLMA 1MEIA 3DENA 4IMDA 1T8XA 4MVAA 4DF0A 1S5WA 5AHIA 2NV2A 4GRSA 3FA5A 5G4WA 4MFEA 4ZQNA 3UWZA 3MBDA 5AHNA 1FWSA 3G1AA 4DXVA 3IVTA 1R2RA 3G1YA 1WX0A 2ABBA 3N19B 2V2CA 1YTDA 1H5YA 1W1ZA 4O4VA 1R2TA 2Y7GA 4LS0A 4JNMA 1DORA 2JGYA 5FEWA 1YXCA 4OV9A 4WY0F 4AMAA 3OG3A 1KM6A 3W7MA 3TQ0A 1J4EA 1VC4A 2R94A 3M7WA 1ZCOA 4P2VA 3MHUA 5K9CA 4RR4A 4AB4A 3VFLA 2RDUA 4CQ9A 2VC6A 3QC3A 4MYAA 5D32A 4O53A 5TBOA 3CQ0A 3I68A 1K3UA 4O18A 3W2MA 3QRHA 1XXXA 1KBIA 3MI6A 4BI7A 4BK9A 1NEYA 1Z41A 2ZRXA 4OWGA 4HNNA 4GBUA 4N9CA 3LRKA 5FI8A 1ICPA 3QW3A 1KFBA 3LLFA 2Y89A 1JR1A 1JCNA 5CPNA 4IX2A 3TC7A 3NQEA 4FNUA 1YDVA 3ANYA 4EIVA 2WNNA 3LXBA 4NT0A 5KMYA 2Y85A 3FEMA 1VHNA 3NQVA 4JTHA 2RFGA 1Q6RA 1FX6A 1EB3A 3KXQA 2C19A 4DF2A 2Y63A 2CLLA 1F76A 4ICNA 2PRHA 1KW1A 3R8RA 3O8AA 1I2RA 3CTLA 3B0UX 3P5ZA 3K30A 1EPXA 4L4LA 3LCHA 2B7QA 5LNRA 1TRDA 5LKYA 4H6KA 3NQFA 4UTWA 3TAKA 3W70A 2QUTA 3LOTA 3EWWA 5FEPA 1JQVA 3S8HA 1XBZA 4UTWC 3EX6A 2A0NA 5HMSA 3TJLA 4N2YA 2GPTA 1GTHA 1FCUA 4OBTA 4GFSA 1QWGA 2TSYA 4I9AA 1JCLA 3W7NA 1QPQA 1RQEA 1TSIA 4FHAA 4GUFA 2H3BA 2X30A 1QMLA 1X7FA 2VEMA 2V30A 5D05A 3N73A 3LB0A 1DJQA 4UTMA 5EYWA 1RVGA 3KVJA 4UFHA 1G4EA 1W0MA 4MZ1A 1LRTA 4YWIA 4ORMA 3VCRA 5CGQA 4NXSA 1H7PA 5H91A 4WUIA 1H50A 2PE4A 3VE7A 4FIRA 4GUGA 5HJLA 4C1KA 1Z44A 5D38A 4X3ZA 2Q8ZA 4N02A 2EF9A 3UY7A 2C13A 3W1MA 3HG3A 2QCNA 4NZJA 3UYCA 4LNYA 2UV8G 3BK0A 4O0ZA 1AW1A 5C5YA 4HPJA 1FWWA 2R91A 3UWQA 1RQHA 4JXCA 3EKLA 6TIMA 4MY9A 1O4UA 1SU5A 3PR2A 3W7CA 3NR0A 3W7QA 4JTGA 3TA6A 3UXDA 3W76A 1H62A 5IM51 2A7PA 1F74A 3WJYA 3LHTA 3B03A 3D0CA 3HBLA 5AYXA 5DCEA 5CPOA 2YW3A 2OT1A 3NPVA 5AHMA 3GXPA 3IIOA 3O06A 3TMLA 3WJSA 3HGRA 4IMCA 2NLIA 4TU1A 1I2NA 3IGUA 5GVJA 4A3UA 3PS7A 3LERA 3QMTA 1DHPA 1VGAA 2CW6A 5D37A 4M6PA 4UR7A 4S2BA 1Q6LA 3MP4A 3UWYA 1X8FA 3BLEA 5I3GA 1ZALA 3P82A 4X2RA 1YTEA 3SFKA 3GX9A 4HHPA 4LVDA 5I3IA 4WD0A 3W75A 4IGHA 3E9AA 3KRUA 4PFMA 1ME9A 4UFIA 5HNRA 1OX5A 1WXJA 5LHFA 2Z0IA 5EBUA 2VEKA 3C61A 3L68A 3STFA 1M6JA 4XBSA 3I7QA 3SR7A 2AAMA 4GWEA 1B57A 5LGZA 1XCFA 4HN4A 1TB3A 4PCFA 2QCMA 3I7RA 3NQGA 1U83A 3GR8A 1TTQA 1VHCA 1YPFA 4UTJA 3QMRA 2B7NA 1JCMP 3BW3A 3NQ7A 4FNPA 3TX9A 3UD6A 4MUZA 1LOLA 2Q3RA 3H55A 3G1DA 4GNJA 1XUZA 2FB3A 1K8ZA 3DBPA 2E5CA 4XKYB 4Z1CA 1EP3A 1G7VA 1R47A 3G1VA 4KFOA 3O16A 3CIXA 4XUGA 2YPIA 2BTMA 4HKPA 1F73A 1LBLA 2J24A 1FDYA 1KA9F 1TPWA 3A5VA 4WZHA 1H1YA 5C6MA 1KM4A 2QCFA 2JK2A 4AWUA 3G0XA 1F2JA 3GDMA 2VFGA 4FX7A 3S5OA 1L9WA 3STCA 3CC1A 2E09A 1SFJA 3G8RA 3GNNA 1KM0A 3FKRA 1QO2A 1VCGA 3VNDA 2DZTA 3T44A 2XN1A 4ZQOA 1EUNA 1VZWA 3TW7A 2CLFA 2JBMA 2XN2A 3PWAA 1Y0EA 2TRSA 1XUUA 1XBYA 2YZRA 3LHVA 4B5NA 1DL3A 1FDZA 1K8XA 2V81A 3UZJA 3W2JA 3ZWSA 1GG0A 1TPB1 3SJ3A 5D2TA 3WJWA 2ZDRA 4KWWA 1NSJA 1H61A 3GYEA 1TPVA 2BZNA 2BWGA 3GK0A 1H1ZA 3PVFA 1LOSA 3NPXA 1AW5A 3SGUA 3GKAA 3INPA 2ISWA 3DFTA 1UCWA 3NQ2A 1IIGA 3KRSA 3OHIA 5HWMA 5CPLA 4LV9A 1OYBA 4P61A 4LS2A 1TPC1 3MP3A 1GQNA 4UXDA 4BFAA 1EIXA 3GKFA 4MLRA 2TYSA 5J5RA 1JCYA 3NZ1A 1WV2A 4WOQA 4JR5A 4TX9A 2GOUA 1OFRA 1G69A 5AHLA 3QZEA 2DZVA 2PC4A 3ATZA 3A22A 5T26A 1MO0A 2C18A 1OFDA 5A5WA 2H8ZA 4Q4KA 1VRDA 1FCVA 3UWWA 3PAJA 2HS6A 1IGSA 2Q8LA 1ONRA 4CCCA 3EKZA 1JCXA 3E02A 1SO5A 3TXZA 1RPXA 2VFFA 4Z1DA 1LBFA 2DZSA 5D09A 1BWKA 5HR6A 4AAJA 2Y70A 1JUBA 3O07A 3BARA 2HSAA 1W5QA 4JTKA 3OVQA 1H60A 5D02A 3EWUA 3TSDA 2G97A 3P61A 1A5BA 1OFAA 2HTMA 3M9YA 5D03A 1K8YA 1KTBA 2QDHA 2WSRA 3MYOA 3HMJG 3U6WA 3A23A 3OEXA 1W8SA 4WJEA 2EAWA 3M0ZA 5AC6A 1JUKA 2Y88A 4MKNA 3TIMA 5CG7A 5F2GA 1KLZA 3MUXA 3M44A 1OABA 4A2SA 1SO4A 3QSTA 1VCFA 3DXIA 2X1UA 4O1CA 2A6NA 4HSOA 4XWUA 3IRDA 4O0KA 2LLEA 1M5WA 3N9SA 1SZFA 2YFOA 3TE9A 6ALDA 2OT0A 2H6RA 4OQVA 3W7JA 3HGSA 3A5FA 3P8IA 2J88A 3NL2A 2PCQA 4BWLA 4XTIA 4O52A 3W7OA 2CZDA 3JS3A 2ZA2A 3U8GA 3W7RA 2QCDB 1S5TA 1AW2A 1M7OA 2BXVA 2Y7DA 4IX0A 3W2UA 4O1BA 2H8XA 4M7SA 3DFSA 2YDAA 1FBAA 2A85A 2YGYA 4Y8FA 1OJXA 1QCWA 4UR8A 3LXAA 1TMHA 2CWNA 3MWAA 2E77A 3NM1A 2CLEA 5DY3A 3M16A 5HR7A 2TMDA 4LUJA 3SZ8A 1EP2A 4N4QA 4NJHA 4PTNA 1JULA 1OHLA 4HPXA 4WY0B 3GAKA 4JD4A 1NF7A 4UTKA 4W9TA 3W2NA 2WV8A 1VYRA 2CLIA 2V5LA 4RXGA 3QSRA 3KFTA 4GE8A 3LRMA 3LXCA 1DVJA 4JEQA 1LCOA 4IXHA 2CU0A 1HTIA 1QOQA 4TIMA 1XBXA 4TMBA 1R46A 4YMZA 3BG3A 4R33A 1T0OA 4NJJA 3MMTA 2RDWA 3O6DA 5G1YA 5CSSA 2C3ZA 2FFCA 4UUIA 1FUYA 1H7WA 4BF9A 2CLMA 1GJPA 4IMFA 1IIHA 2G96A 1PVNA 3GVGA 1KV5A 4AF0B 1P4CA 2FIQA 4QAIA 1SZNA 1GEQA 4NUWA 4O19A 1YLVA 1WAUA 1G6CA 3PSVA 4OT7A 1HFBA 3UXAA 1PCKA 1I2PA 3ABOA 3HG5A 1B9BA 1O95A 3NL5A 3LCLA 1AG1O 3M5VA 3KVKA 3TSBA 1G4TA 1GZGA 4ZZ9A 2BX7A 4NZFA 2J6XA 4D2JA 1ALDA 4I7WA 1P1XA 3OA3A 3MHGA 4RZ5A 4O4WA 1W3NA 1DBTA 2QUVA 4M6VA 4JDYA 3PB2A 2ZFAA 1TREA 4X9SA 1GVOA 2O7SA 1SW0A 4UMCA 5DXXA 4Z1BA 3MHFA 4QNWA 3QH2A 1VYSX 4MFDA 3NL6A 3M6YA 4O57A 4PA8A 3TFXA 5D2YA 3A21A 3IGSA 2NXIA 2FPVA 3P84A 3C3NA 1A5AA 2CLHA 5FF3A 4KWVA 3BO9A 4RKAA 4WXYA 4WQ6A 2X1SA 1HL2A 3L0GA 2ZRVA 5DLCA 1H7NA 2E6AA 2TPSA 4OGZA 3NGJA 3KHJA 1OK6A 2E6YA 1N55A 1Z48A 5FF7A 2J9XA 5LNSA 3W22A 2V5BA 3N34A 1PIIA 5AYYA 1LLZA 3IIPA 5SWUA 2CZ5A 2PRMA 3EX4A 1NVMA 1Q6QA 3CEPA 2CFFA 4ONVA 3FJ6A 5F1VA 4A29A 3P5YA 4LVGA 4LWWA 2GVGA 4UC5A 3FKKA 4UFMA 1ZFJA 3W7KA 5F2LA 3EXTA 4DELA 2ZRZA 1TCDA 1F7BA 3NQCA 3W87A 3E0IA 4XQ6A 1OX4B 3LCGA 2A7NA 3FS2A 4HNTA 5K9XA 1TRIA 4RJEA 3LCXA 4TMCA 2YX0A 1I8JA 3N9RA 4U28A 1UJPA 5FEZA 1DV7A 1TO3A 1GVFA 3LCIA 1KM5A 3QQ1A 1RV8A 2E1DA 1XFBA 3LHUA 3IVSA 3UQNA 3W1NA 3MW7A 3RU6A 2WOQA 3W7HA 4GXMA 2GQAA 5F4WA 3EX3A 5BMWA 4QISA 4IOTA 1KV8A 1UASA 1PV8A 2VKZG 4K7YA 4LRTA 5I3HA 2GJLA 4O54A 3BPWA 4NXKA 2ZBTA 1JJKA 1WBJA 3S5NA 5FESA 1YPIA 2WO5A 2XN0A 5K4ZA 2ZRUA 5AN7A 3W9ZA 1WOBA 5C55A 1TPFA 2YW4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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