4GUIA

1.78 angstrom crystal structure of the salmonella enterica 3-dehydroquinate dehydratase (arod) in complex with quinate
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of type I dehydroquinate dehydratase in complex with quinate and shikimate suggest a novel mechanism of schiff base formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 96
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2012-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4guiA00
4RLIA 2TPSA 3LXCA 1KA9F 4BFAA 3U6WA 4JTIA 4ORIA 4PTNA 2TMDA 2YW4A 1DV7A 4MJMA 3CU2A 3UY7A 2NX9A 4WQ6A 1DQWA 3F1QA 4K6AA 4NJKA 4GUJA 3UWYA 3HPXA 1JCJA 1PS9A 2WSQA 4YL2A 3M44A 3F03K 4G1KA 4N9EA 5CGQA 4AF0A 1EUNA 1QNVA 1GTEA 4ALDA 4JIQA 2GQ8A 1UJPA 3GAYA 2RKXA 3P8IA 3D0CA 4Z1CA 2FPTA 1KM1A 2G5WA 3R8RA 3FIGA 3C2FA 4BK9A 4MKNA 3NXFA 4TR9A 5D02A 3FYPA 2QCFA 3KOFA 1VZWA 5EA9A 3GXTA 5CPMA 5DY3A 3OVQA 2J9ZA 3DI0A 2A85A 3DXIA 3JR2A 4JXCA 1R46A 1ICQA 3PSVA 1GVSA 4A29A 1VLIA 1ZY9A 1YADA 2ZZ3A 2CWNA 2CZEA 5DLCA 4HN4A 4MYAA 2NWSA 3PY2A 3LRKA 5F2IA 3CIXA 4JX6A 4Z1DA 1TPFA 1RQEA 2DZTA 3UWWA 1CI1A 3LGEA 3L21A 1S5VA 4FNTA 4NXKA 3M41A 2H8XA 1TTQA 4ICNA 2WNQA 3A22A 2GQ9A 3C61A 3LERA 1KFEA 1LORA 1Q6RA 4MVAA 4A21A 3JS3A 3RLVA 5F1UA 3S5NA 1WA3A 1SZFA 3INPA 3P74A 1IXPA 2EGZA 1SUXA 1W3IA 4ZMGA 1ZJIA 2BTMA 4RV8A 1BWLA 2FPYA 3VE7A 4C1KA 5MHBA 3SW6A 3QPZA 5EYWA 1WYIA 3MBDA 5HNRA 3STFA 4FNRA 3UPWA 2TRSA 1A5CA 3W1QA 3STCA 3ZR4A 5CSSA 3BO9A 1KTNA 2Y89A 3NL6A 1IF2A 3T44A 2DZXA 2EF9A 1M5WA 2H8ZA 4DBDA 4NT0A 2DORA 1ICSA 1NEYA 1IXOA 4IPIA 1VHNA 3MI6A 4BF9A 1V7YA 3W1LA 3ZS4A 2NUWA 4PA8A 3NPVA 2HS8A 3A9IA 6ALDA 3P81A 4KFPA 3FKRA 5LGZA 4FNPA 3H53A 7TIMA 1EPXA 3O16A 3MHUA 4JIPA 2CLIA 1SFJA 1WOBA 3G18A 4A3UA 2YPIA 4QITA 4BI6A 1X1ZA 2J9YA 2RFGA 5LGXA 2ISSA 5T26A 3SFKA 2ZRYA 4PCFA 1KFKA 1SU5A 3NR0A 1HFBA 4AHQA 3W2UA 5FEZA 4FEZA 3LXBA 3M5XA 2I14A 3R5EA 3G24A 1JULA 5A8GA 5I3HA 3M5VA 3W70A 2E77A 3EXTA 5GVJA 5AHFA 3TCEA 3TXVA 5AC6A 4LUIA 3DU0A 3G8RA 3QQ1A 2FLIA 1C29A 3BW2A 3GXNA 3B0UX 2FTPA 3OEXA 2V5BA 3C2RA 3NA8A 2Y7EA 3BVJA 4CNPA 3TAKA 5K2ZA 1HO4A 1QAPA 4IQLA 3RFAA 3ELFA 2X1UA 4WY0A 5AHEA 4IMCA 2DU2A 3W7QA 4JN6A 1BWKA 3GAKA 2PCQA 2NWRA 4HNNA 3TAOA 4Z0SA 4DF2A 3O05A 4E2DA 3GDLA 1KBJA 2V82A 3K30A 1YPFA 4W9TA 2GQAA 3EWZA 3I7QA 1YLVA 2E5BA 4PFMA 1MO0A 1JCYA 1L6YA 1I45A 3WJXA 3W7PA 1H7OA 1K03A 1RZMA 3P80A 2BX7A 3NL5A 4UFJA 3WJSA 3W86A 3RMJA 1BTMA 1W5QA 5LKYA 3NQDA 3GR8A 3HG3A 8TIMA 1VYRA 1TYGA 1FCQA 3M47A 4HPJA 4CCEA 2FB3A 4JTGA 1H7WA 1LCOA 3BK0A 1OX4B 2X2GA 4FIRA 1LBLA 1F6PA 2J6XA 3O8AA 4IXHA 3QMTA 3IVTA 3IV3A 3PUOA 1B3OA 5J5RA 3TQVA 3GIYA 5BOOA 2ZA3A 1MEIA 4KWVA 2GUUA 2WNZA 1ONRA 2NX3A 1VGAA 2QCMA 1SFLA 3DH7A 4O1CA 1FBAA 3DFOA 3P84A 3LBCA 1EEPA 4JTTA 5D37A 4IX2A 1M7OA 3KHJA 4IMFA 1DJQA 1GOXA 3V1PA 3EXRA 5F4WA 3FYOA 3UZ5A 5H2ZA 4OV9A 4UFHA 3TKFA 2NXHA 1W8SA 3B4UA 1JR1A 1YXCA 3PUDA 2DZSA 2JKPA 3KFTA 2VFDA 5HULA 1X7FA 3T55A 1TTIA 5HWMA 4GNJA 3NDOA 3CC1A 4JTLA 1C8VA 3LM7A 4LOCA 4Q32A 3HF3A 3W7EA 1NF7A 3GNNA 3HPSA 4HKPA 1GVQA 1ZAHA 1KTCA 2V2CA 3LHVA 2RDTA 1QPQA 4NX0A 1QMLA 2A4AA 4R7JA 3LHZA 1K8XA 4NZFA 1O4UA 2ZZ4A 3GZ3A 1OYCA 1F6KA 3HOJA 4QM1A 1PCKA 4LC6A 3A24A 1F05A 4PODA 1TJPA 1OVDA 5D30A 3R13A 2WNNA 1NAL1 1D3GA 4OU1A 5TBOA 1XXXA 4N02A 3PVFA 4ORMA 3L5AA 2YSWA 3LCXA 4HPXA 1UCWA 4O0KA 3L0KA 2JK2A 3LTSA 2QCHA 5F4XA 3C6CA 3WJZA 1B57A 2AQWA 4MOZA 4MZ1A 5H91A 1FDYA 4Z1BA 5KMYA 3TJXA 1F5ZA 3OIXA 4L4MA 4A22A 1GG0A 3UXDA 4DO6A 5HQEA 3A5VA 4Z0JA 3TK7A 2Y7DA 1R2RA 4IMGA 4MY8A 1FDJA 1QPNA 2NXGA 4WXZA 3TROA 3P60A 4TU1A 4ZQNA 1S5TA 2P10A 1PHQA 2ZTJA 1Z48A 1OF6A 1OYBA 3ZWSA 4NJJA 3N73A 1AG1O 3T4CA 1YTEA 2QCGA 2ATMA 3LCFA 1SO5A 4FO4A 3STEA 2Y7GA 1JQXA 4O10A 1N8FA 4XWUA 4R53A 3C4UA 5TIMA 1EP2A 2VEIA 4AVFA 2CLHA 1NVMA 5U4NA 3LCWA 2XFWA 3BV4A 4YLWA 1FWTA 2YW3A 2GOUA 4M7TA 1GG1A 4MYXA 1H5YA 2DJXA 3PF3A 1K8ZA 5C55A 4HIBA 4HHPA 2I1OA 3NQVA 2F7FA 5DY2A 3HIJA 4UTLA 4QISA 3MWAA 1JUKA 4R34A 5AC8A 4A2SA 1U83A 1TV8A 1H7NA 3E49A 5KTLA 5LNSA 5G1YA 3VCRA 4AXKA 4EWND 3TUUA 3KRSA 2VFHA 3EWUA 2GVGA 1HO1A 3CEUA 3E02A 1B4EA 3T7VA 3PG8A 1MSSA 3W7HA 3W88A 3LHUA 3N2MA 3L0NA 3MP5A 4QNEA 1IIHA 2B7PA 5I3GA 1B4KA 4GC4A 3PC0A 3ABSA 1VRDA 3GLCA 1FQ0A 5HUOA 4ZQPA 2ZDRA 2AAMA 2A7NA 4H4IA 2CLMA 2XN2A 1NSJA 3O07A 3LI0A 3A21A 2JKAA 1H7RA 2VFGA 4O4VA 3G0XA 4B5NA 2F84A 5CPLA 2ZYFA 3TSDA 1UASA 3ABQA 4RK8A 3NVTA 5K9DA 4JYDA 1A53A 2BZNA 4IJBA 1G69A 3NGJA 2TSYA 1EX5A 3W7KA 3KRUA 1OHLA 2NV2A 1ZALA 4JTEA 4RKAA 2WSRA 4WY0B 4UTIA 3MBFA 3L66A 4N6EA 1TRIA 1CW2A 3UY8A 4BWLC 1DOSA 4UTJA 3BW4A 1A50A 3MI2A 4RXGA 2E6FA 2Q3RA 3NQMA 1X8FA 1VR6A 1MXSA 2GJNA 3LHYA 5DXYA 1TPEA 4LV9A 6TIMA 3NM1A 1H51A 4FF7A 4PH6A 4MFEA 1XBZA 3FKKA 5FF7A 5D03A 1EP3A 2WOQA 3ABOA 3C2VA 1EP1A 4M6QA 3QW4B 3M6YA 4AWTA 1IXNA 2ZFAA 4MFDA 3DGRA 3TXZA 1HTIA 4IXXA 5FF3A 3MUXA 1X1OA 2O7SA 4IX0A 5KINA 4GUGA 1TJRA 1YXDA 5D05A 4CCCA 3WJWA 3LLFA 4KWWA 1G4PA 3C0JA 2Q8LA 4PEKA 4ZQCA 4LRTA 2Y62A 3HJZA 4EIVA 3OG3A 2VKZG 4EVZA 3TR2A 3CPRA 5EBUA 2QCCA 1YDOA 2Y7FA 3DFQA 3UYCA 1G6CA 2EHHA 4H3DA 4O16A 1XUUA 1VYPX 4TX9A 3KXQA 4UFKA 1M6JA 3VNDA 3S0CA 2JGYA 3V75A 4TO8A 4P61A 5EKYA 2A7PA 4JDYA 3L9CA 2EKCA 3P67A 2PRMA 3DAQA 2BSLA 1LP6A 3S42A 3W74A 5CSRA 3S1VA 4JTJA 5FEPA 1VJIA 1XFBA 1YTDA 4N4QA 4UFLA 1JUBA 4NXSA 1WQ5A 2A7RA 3BLEA 4MLJA 3W1XA 4DXVA 2WO5A 3BGGA 2X1RA 1UUMA 5HWNA 3R12A 3F4WA 1F2JA 3FOKA 2I9EA 4IWWA 1GEQA 3C2EA 1H7PA 4UR8A 2Z6JA 3FS2A 2B4GA 4O12A 3TQKA 3C8FA 4O54A 3W07A 1RD5A 4ZZ9A 3NQ2A 3S8HA 1ZAJA 4DEFA 3QSRA 1BEUA 4O0ZA 1Q45A 2ZRUA 2CLOA 3P62A 3PM6A 5BNKA 4XKYA 3W76A 3I6RA 3LOTA 3EX3A 1VYSX 2AGKA 1Y0EA 4O28A 2QCDA 4UTUA 5E0KA 3FLUA 2Q3OA 1QPOA 1ICPA 2VC6A 4MIMA 3W2LA 2YXGA 1H1ZA 2YGYA 2YFNA 3AO0A 3DFSA 3PG9A 2GPTA 3TC6A 1UUOA 2X1SA 3MJYA 4IGHA 4ZVJA 2IQTA 2DZUA 3M5ZA 1OFRA 3G1FA 1QO2A 1E51A 2ZRZA 3VFLA 4NNAA 3PR2A 4POCA 1A5BA 5D2XA 1H60A 3BGJA 3IIXA 2Z6IA 1IXQA 2VEMA 1IGSA 3N2XA 4FNQA 2OCZA 4NJGA 5AYXA 3G1SA 2V5LA 2ZBTA 3STGA 4BI7A 2W79A 1OFQA 1LDCA 3W7LA 4LVBA 4WJEA 3EWXA 5CZTA 3KVMA 2ZRVA 5D09A 3DHFA 1ALDA 3IVUA 1D3HA 2HMCA 4UC5A 3TE9A 2VELA 2WPBA 3W1AA 2QCLA 5FF4A 1JQVA 3LTPA 1P5BA 3UWVA 1VCVA 3B06A 1F74A 2YYTA 1HG3A 4DELA 3EX1A 4UFMA 2C6QA 3HBLA 3A5FA 2XN1A 2HTMA 2NV1A 2O7QA 4O1DA 4OV4A 2Z0IA 1QR7A 5HR6A 3NO5A 4RX0A 4I7UA 2ZZ1A 1OG0A 4N4PA 4UFIA 3NQAA 1G7UA 4MLRA 1KBIA 4Y96A 4JD4A 2DZWA 3BG3A 4JS3A 1L6WA 1DORA 4K8HA 5CZ0A 2HS6A 2V81A 3G1VA 4ZQMA 3O6CA 3CWOX 5DCBA 4OBTA 3TFCA 1FCVA 1SR9A 4N9BA 3EWYA 3AJXA 1LRTA 4JGDA 3OVRA 1Z41A 1KLZA 3W9ZA 4AWSA 1KM3A 1OFEA 1XKYA 1ME7A 1KLYA 3UNDA 4RR4A 2CZDA 3N34A 3JRKA 1XC4A 3UXAA 4LW7A 4PC8A 1OJXA 1MEWA 1RPXA 3S6DA 4BWLA 1H62A 2C16A 2B7OA 3NOEA 2JBMA 3WK3A 3ZFHA 3W83A 3B05A 1KM0A 3HGJA 5AYYA 2YFOA 2X30A 3NYZA 1OFDA 4QAIA 2R14A 2Y6ZA 3W22A 3MI3A 5G5IA 1PL9A 4YXGA 2W0UA 1TPH1 4GUIA 3PULA 4XTIA 3GK0A 1EUAA 3TSMA 3IRDA 5KZMA 3USBA 5AHNA 3QZEA 3M7WA 2J88A 4O19A 5K3VA 3FJ6A 1XI3A 2C3ZA 2B7QA 1FUYA 1W5NA 2B0MA 5DN1A 2RH9A 5SWUA 1PIIA 2JKEA 5CZSA 3PBWA 3GDTA 3W2NA 2QJIA 3C56A 4J9JA 2QUVA 1AW5A 3MHGA 4GBUA 1YPIA 5AOUA 4Z1AA 4QIUA 4NNCA 5C5YA 2Y63A 3TQ0A 2Y70A 4PL2A 4EF8A 1XBVA 4UTKA 2R91A 4LUJA 3IGUA 2Y61A 3GNDA 1OF8A 3MMTA 3W7NA 2EAWA 4AH7A 3C2OA 3LCHA 3I65A 4CNNA 1FWRA 4UMCA 1DJNA 1G4TA 4X2RA 3G1AA 4AF0B 4DBEA 2Z1BA 1LOSA 3L2IA 4FNUA 1A5SA 1VS1A 4IMEA 1G4EA 1LOLA 3I7SA 3DENA 2ABBA 3UWQA 4O15A 3TNOA 1IIGA 3NM3A 3TV8A 4FX6M 2RHGA 3IGXA 3NPWA 1K8YA 4DO5A 3S9YA 2WQPA 3O63A 1SSGA 3P7YA 1OFPA 1HL2A 3DKJA 1TREA 3W73A 1Q6OA 1WV2A 1AMKA 2A0NA 3E96A 4S2BA 4ML9A 5G4EA 4ZQRA 3QW3A 2ISVA 3LRLA 2E09A 3BW3A 5D2TA 1QPRA 5LHEA 1DL3A 4DF0A 4O18A 3P61A 4ZL1A 3DKLA 3SGUA 4UCGA 1JRBA 3DBPA 1SW0A 5C54A 3I68A 1JCMP 1SPQA 3L5MA 1G67A 1TPC1 1ZAIA 2G96A 3TSBA 1L9WA 1QOPA 5AC7A 4K36A 1W37A 3LI1A 1K7FA 4DQWA 5FF0A 3EKZA 3H54A 1Q6QA 3S1UA 1D9EA 3LTYA 3UD6A 1G4SA 4XBKA 1SZGA 3HGSA 4XKYB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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