4GUJ | Genus

Total Genus 96

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	96
sequence length	251
structure length	251
Chain Sequence	KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__427081505465983__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__427081505465983__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4GUJ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__427081505465983__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"427081505465983","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4GUJ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__427081505465983__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
publication title	Crystal structures of type I dehydroquinate dehydratase in complex with quinate and shikimate suggest a novel mechanism of schiff base formation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	3-dehydroquinate dehydratase
total genus	96
structure length	251
sequence length	251
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date	2012-08-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01487	DHquinase_I	Type I 3-dehydroquinase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4gujA00

1H7OA 1WDWA 3W1PA 3NPUA 1IXNA 2JKAA 3PG8A 3W1UA 1K7FA 5C55A 3HGJA 3LOTA 4GRSA 3HGRA 4CNNA 2OX1A 3DFNA 1R47A 5EA9A 2RDUA 1XI3A 3SIZA 3MBFA 1O5XA 1YLVA 5G2WA 5G4WA 2DU2A 3PULA 1I4NA 1ME8A 1IXOA 2ZZ6A 3A9IA 4QIUA 4WZHA 4JDBA 3G1HA 3HO8A 1PIIA 5AHLA 4M6PA 1TCDA 1TPWA 3IEBA 3W7LA 4UTKA 3I7SA 3B4UA 4LVGA 3LB0A 4GUIA 4UNKA 1OYAA 2NZLA 1KM3A 2E6YA 4CNPA 5EPDA 4PTNA 1OK4A 1X1ZA 3PUDA 3VFLA 1GVQA 4IMEA 4NZFA 4O15A 1MEWA 2NUWA 3S1XA 2W0UA 3LHVA 2E5BA 5HJLA 3LHYA 1QR7A 1FBAA 1OHLA 2QCFA 4NJGA 2ZA2A 2X30A 1MO0A 2DZVA 2WO5A 3DKLA 3C2VA 3R13A 5F2MA 3S1VA 4O1DA 4OWGA 3PSVA 4WXYA 4UNLA 3P82A 2Y85A 4AWTA 2B7OA 1EIXA 4D2JA 2QUUA 3BG3A 2QAFA 4MY8A 4NX5A 3KAOA 3BVJA 1TIMA 2GVJA 3KVJA 3MI2A 4AXKA 2OT0A 5D09A 1NF7A 1I2OA 3MMTA 5IBXC 4FNUA 3IIPA 3QQ1A 1YADA 3BV4A 4I7WA 5DCEA 2A2IA 1ZENA 3BLIA 4HNUA 2A7NA 1VC4A 3LX9A 3FOKA 1GQNA 3QSRA 4DO6A 2PRHA 1K8ZA 4NX0A 1VYSX 3EKLA 3W7CA 1BEUA 5K4ZA 1H5YA 4FX6M 4RR4A 3W7OA 1JVNA 2FQIA 3L5MA 2X1SA 5K7JA 3P61A 5CSRA 4AEOA 4DBEA 3C56A 1V7YA 1KFEA 3G8RA 3WK1A 4ZQCA 3GVGA 2QDGA 4MYXA 2CLKA 1A5SA 3IIVA 3R89A 1F05A 4IUOA 2V81A 4WOZA 1RQHA 3W2NA 4Y96A 3F4WA 3TSDA 1IF2A 3T4CA 3NQ7A 4JYDA 1M7OA 1F76A 2ISSA 2X16A 4OE7A 1FUYA 3M6YA 4OU1A 1K7EA 3G8EA 3VKJA 5EBUA 3Q37A 5HULA 1H7NA 3USBA 4O54A 4JTLA 4N9DA 5CPNA 1WXJA 1CI1A 2DZTA 3A21A 4JTHA 1QFEA 1H7XA 2A6NA 3TR2A 2OJPA 3N34A 1DHPA 1T0OA 2NV2A 5L9FA 1DJNA 1XUUA 2Q8LA 1B9BA 2WOQA 3GDTA 3HMJG 2QUTA 3ZS4A 2H3DA 3W85A 1JUEA 3WK3A 2FPYA 4GNJA 1UUMA 2A4AA 3L0GA 2WNZA 4UUIA 1I8JA 3DH7A 2XN0A 1KBJA 1TV7A 2TMDA 1O60A 4BK9A 4B5NA 2KZHA 4EWND 3UZ5A 1EA0A 3MHFA 1ZY9A 1W37A 1KV8A 2J9YA 1OABA 5D2TA 2YYTA 1VLIA 2ZZ7A 2LLEA 2JGYA 4JX6A 1L6WA 4MZ8A 1XUZA 4MKNA 5G2HA 2BTMA 3DGRA 4U28A 4DPQA 1M5WA 4FB7A 1GTHA 1PCWA 4EIVA 3L0KA 4TIMA 1R2RA 3SY5A 3DFQA 1I2PA 4QISA 5AHFA 4Z1BA 3UWZA 3B0UX 3P8JA 1W1ZA 3M47A 1VGAA 2XN1A 1O95A 1ZAHA 4LV4A 3WJXA 3IIXA 3LV5A 2F84A 3UXAA 4O17A 3NA8A 3QJAA 1EPXA 4Z0JA 2YX0A 3PF3A 2VFIA 3L67A 3GDKA 2WQPA 4IMFA 1LOLA 4WD0A 1JUBA 1NFBA 3I65A 1ZCOA 3OHIA 5FF4A 3WJZA 1W5OA 4A22A 1TPFA 1EUNA 3KRSA 3M5ZA 5FF3A 4EF8A 3LXAA 5CKSA 1Q45A 4RJEA 3BW2A 3O05A 3W7QA 3EX6A 1G69A 3L9CA 4NQ1A 4XQ6A 2V82A 3B0PA 3BLFA 2E09A 3SFKA 2ATMA 3R2GA 4JTGA 1X1OA 2JKPA 3A22A 3PBYA 2VFEA 2C18A 4O4VA 1G4PA 3GKFA 1HUVA 1J2WA 1QCWA 4FNTA 3HPSA 3RNDA 3TXVA 3A5VA 4DXVA 1EX5A 4LNYA 1LRNA 5D32A 3CC1A 5LGXA 1VJIA 1IGSA 3OVRA 1HL2A 2G5WA 4RLIA 3EWZA 4O57A 2ZRWA 3BGGA 5KMYA 1OFBA 3PSWA 3TV8A 2CZDA 5AYXA 4CQ9A 3N2XA 5GVJA 1H61A 5D05A 2NX9A 4O50A 2ZRYA 3TMLA 1Y0EA 4ZQNA 3G3DA 1OF8A 2VKZG 4DEFA 3UD6A 3QW3A 2XN2A 5DY3A 4OBTA 2PCQA 2VEIA 2CU0A 4R7JA 2V2HA 2WJZA 3TSBA 3KXQA 3LBMA 4CCDA 2FB3A 5AHNA 1LRQA 4AB4A 7TIMA 4BF9A 1YTDA 5BNKA 3MBDA 5KTLA 1EEPA 2C15A 2B4GA 3TQKA 3PWAA 1JRCA 3TMQA 4GUHA 4QNWA 3WJYA 3O07A 2PC4A 1FWNA 2YFNA 3O06A 2V0TA 1T99A 2NUXA 4QM1A 3ATZA 1LYXA 3OIXA 1O5KA 4O13A 3NPWA 4LU0A 1UBSA 1MZHA 2CZEA 4UTMA 3BGJA 1RVGA 3IVSA 3W23A 4GBUA 2QF7A 2AAMA 3L5LA 3G1AA 5F2IA 4Q33A 4O14A 4NNBA 3QRHA 4A29A 2E6AA 5DLCA 4LVAA 3GNNA 3LLDA 3C2FA 4HKPA 3M9YA 1FCBA 4YCPA 3P5YA 2CZ5A 4MIMA 5CZSA 3ABOA 4I9AA 3HBLA 5DCBA 1KW1A 3TIMA 4I7UA 3LRMA 3NQ2A 1OFRA 1LCOA 1QPOA 4IMCA 1LLZA 4LUJA 3LHUA 1DQWA 3W2MA 2QCNA 4O0KA 4IGHA 3W88A 3IRDA 4FIRA 3A5FA 2R91A 3EEGA 3W72A 3TC6A 1FX6A 5CZ0A 3GDRA 3C4UA 2V30A 3W1NA 1JQXA 1ZFJA 3LI0A 1CW2A 2C16A 1D9EA 1XM3A 3RFAA 5TIMA 1UASA 1VS1A 3LCGA 3FS2A 2R94A 4N4PA 1SO5A 3MUXA 4AVFA 3HOJA 6ALDA 1LZOA 1ZAJA 3HB9A 3MI3A 2YPIA 5CGQA 4ADUA 1PCKA 2VFHA 2NX3A 4RZ4A 3PAJA 2ZDRA 4PFMA 1OJXA 5EL1A 2TYSA 3DXIA 3M0ZA 3LCLA 4IMGA 4PCFA 4RCXA 3PS7A 4MFEA 1MXSA 3U8GA 3T40A 3IV3A 5D04C 1UJPA 4Y9AA 3EB2A 1GVSA 3S1UA 1SFJA 1YDVA 4GJ1A 3WJSA 4BWLC 3G0UA 4UTIA 1L6SA 4IJBA 3NQCA 3L21A 3E49A 3W1RA 3W73A 1H7WA 1LORA 1QWGA 2RH9A 3QEZA 3NPVA 3NAVA 4NJHA 2YCEA 1N8FA 4MY1A 2OMAA 3HPXA 1KTNA 1HO4A 4LRSA 1EP2A 1XL9A 3PBWA 3KVMA 4ZQOA 3EX1A 4LV9A 1Z48A 3LI1A 1A5CA 2Y62A 2ZBTA 4O19A 3E0IA 2Z6IA 3W1XA 1ME7A 1SO3A 2JK2A 4KFOA 4BFAA 3N14A 1FDZA 3NQVA 4RV8A 3W7MA 3NYZA 1J4EA 4PA8A 1A53A 3PB0A 1OX6A 3CIXA 1RV8A 4ONVA 1LDCA 3EWUA 2X1TA 3RLUA 2J88A 4IPIA 4UCGA 4M6VA 1GVRA 3INPA 4DF1A 3GDLA 4N2YA 3T78A 3UWVA 1VCFA 5HUPA 4JDYA 4UIOA 5EY5A 5CSSA 1H7PA 4KFPA 3UYCA 2QUVA 4FXSA 4CQAA 5I3FA 2QCMA 2QCCA 4AWUA 2JGQA 5D02A 1Z41A 3W1AA 5AC8A 1F7BA 1VCGA 2CLEA 4O1AA 1OVDA 5K4XA 3MHGA 4BI6A 3NPXA 1A5BA 2GVGA 1T8XA 5J5DA 2QCGA 3C3NA 1LTDA 4UFMA 3CHVA 3P84A 4UTUA 1XBVA 2R8WA 1RQEA 3GR7A 3HGOA 3QQ0A 4DQWA 5K9DA 3ELFA 3G1YA 4QJ1A 2J27A 2NLIA 3UY8A 2Y6ZA 5FESA 2G97A 5TQLA 1FDJA 1SO4A 1OFQA 3BO9A 1FWWA 3UWUA 3CEPA 5AOUA 3PBVA 1QMLA 3LHZA 2E1DA 3LV6A 5E0KA 1RPXA 3BG5A 3ABQA 5BMXA 4MUZA 1DQXA 3B04A 3O6CA 1KV5A 1TV5A 2B7NA 2YFOA 1BWLA 4ZQPA 1OX5A 3KVKA 4FF7A 4LRTA 4LS2A 4O53A 4N6FA 3HF3A 4E38A 1O4UA 3W83A 1I2RA 3EWBX 5KITA 2A85A 2QDHA 4YL2A 1OFPA 3NQGA 3STEA 3W9ZA 1W5NA 1JRBA 2I1OA 1LRTA 3S1WA 4UMCA 4UXDA 3MO7A 1TQXA 3R5EA 3LCWA 3C6CA 2WSQA 3EX2A 3NEVA 3BW3A 1DJQA 3EXTA 3TNOA 3PR2A 4ML9A 3S8HA 3QF0A 1OG0A 5D2XA 4JX4A 1IIGA 1IXPA 3GB6A 3UWQA 3W7RA 3EKZA 1W8SA 1YPIA 3O1NA 1TPUA 4WXZA 3I68A 1OFAA 5HINA 1FY6A 1LP6A 1FDYA 2H8XA 2ZZ2A 3MP3A 1ZAIA 5I3KA 1LLWA 3DFPA 5HR6A 5DCDA 1VQTA 1XDMA 5DN1A 1VYPX 4WOQA 4HPXA 4NXSA 4WQ6A 1R30A 4Q4KA 4JTKA 2WSRA 3HQ1A 1KFBA 3LDVA 4NZJA 3M16A 2CLMA 3DI0A 3IGUA 1G7VA 3FYOA 4FX8A 3FJLA 5DBUA 2FB2A 1F5ZA 2TPSA 5K2ZA 4DPPA 3W1MA 1KM4A 2J24A 1HFBA 1SQ7A 4N6EA 1XCFA 2FLIA 2ZRVA 4ICNA 3DENA 1EWEA 3DZ1A 5MHBA 4KKXA 5LHEA 1P0KA 3E96A 2QCLA 2Y7EA 2BSLA 2ZQ0A 1JJKA 2YXGA 2P1FA 3P60A 3P5ZA 2E68A 5G1TA 1WV2A 1EP3A 1DV7A 4RKAA 4JNMA 2DZSA 2Y70A 2Y89A 4Z1CA 3F4NA 2V5BA 4PEKA 4MZYA 2PRLA 3NL5A 2V2DA 5C54A 2BXVA 2QJGA 3SZ8A 4P61A 3DAQA 3M43A 1TQJA 4XTIA 3AO0A 2YGYA 3O6YX 2RDTA 3T55A 2Z1BA 4O1CA 1XDLA 5DBTA 1GT8A 3CWOX 3GAKA 2CZFA 5DY2A 4JD4A 5HWNA 2YSWA 1KFKA 3W2UA 3LCFA 4QQ3A 2Q3RA 5FF7A 5C5YA 3UWYA 4UTWC 3LBCA 1M6JA 2C19A 1VR6A 5FEZA 3HPZA 2XFWA 3NDOA 3PBUA 3GAYA 4DO4A 5AHIA 3TJXA 2GVLA 4CQ8A 3STGA 2Y7DA 3KHJA 1MSSA 1JCYA 1TB3A 3MHUA 3W7DA 3GK0A 1DOSA 3HG3A 5ABTA 3JS3A 1HG3A 1SZGA 1FWTA 3QMRA 4BWLA 4O8RA 4A2SA 3TQVA 4JY8A 1OX4A 4L4MA 1KLZA 2H3BA 3W7JA 1ALDA 5CPLA 1SSGA 1TJRA 4G1KA 1K03A 1KA9F 5DELA 3M44A 3LRKA 5CZJA 4XZ9A 2H6RA 2ZRXA 2DZWA 4ADSA 4JYFA 3QM3A 3BPWA 4R34A 4OT7A 3TJLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4YVV A;  4LAM A;  2MUC A;  3SCR A;  3F5L A;  1VEM A;  4HME A;  3KLL A;  4PMN A;  1IQ8 A;  4LT9 A;  5DAN A;  4ZOE A;  2OSX A;  2ISV A;  4EKJ A;  5I24 A;  2C13 A;  1VFS A;  1UC5 A;  3B0V C;  4RL3 A;  1R46 A;  4HHL A;  5IM5 1;  3FHA A;  1SFL A;  1KWK A;  1QWK A;  4MDP A;  2OYK A;  4B2D A;  1R2S A;  4NZC A;  1W5P A;  4NU7 A;  1BSL A;  1LM1 A;  4DJF A;  5CLW A;  4YTU A;  5FJI A;  1W9U A;  1TPB 1;  1TR1 A;  2VUR A;  2P50 A;  3GHU A;  3S0C A;  3AIC A;  2RFG A;  3H55 A;  3CBW A;  3WL1 A;  1BVZ A;  4QX4 A;  2POZ A;  4D6D A;  4MYA A;  4C60 A;  1DJH A;  1KCK A;  2WNQ A;  2HK0 A;  3JVA A;  1IEW A;  3N9S A;  5KZ6 A;  4ORM A;  4NJK A;  4LAO A;  3CHE A;  3A64 A;  1QAP A;  5LXX A;  1XIN A;  1WKD A;  3AMD A;  3LGG A;  4QTG A;  3KCJ A;  2WSP A;  3O2L A;  4Y6G A;  1P1M A;  2X1R A;  3RM9 A;  1E43 A;  2QAP A;  2PTZ A;  3NFU A;  4GX8 A;  2RHG A;  3OVG A;  3TKF A;  1MXG A;  2PWG A;  6ENL A;  1FCQ A;  3WK2 A;  3QTG A;  1WKF A;  1AW5 A;  1JPK A;  5E09 A;  1JAK A;  4MF4 A;  3LTY A;  3GM8 A;  5AYY A;  2NT0 A;  4XZI A;  2IXV A;  2YB1 A;  4A8I A;  4IP5 A;  2NVD A;  1DPM A;  5FA5 A;  3GU2 A;  3ANV A;  5JUV A;  2ACS A;  3R0D A;  4PTM A;  4J4K A;  3RO8 A;  2Q02 A;  4AMA A;  3VCN A;  3WQ4 A;  5A8G A;  4NKC A;  1RAK A;  4UC5 A;  5L6U A;  3UVI A;  4QFU A;  2PTD A;  1SW0 A;  1LL6 A;  3LXC A;  3F1Q A;  3KVL A;  4GVF A;  3CMJ A;  1KD0 A;  4WGH A;  4GI9 A;  3SN4 A;  5JMU A;  4UTT A;  3T7V A;  3C8F A;  5F2L A;  3PUE A;  4GH1 A;  2YL5 A;  5LNS A;  5D9N A;  1ZZM A;  2WB5 A;  5CPO A;  2FVL A;  2GOU A;  4AY7 A;  1UIO A;  1G0C A;  2VX4 A;  5E0C A;  4JIH A;  2D0F A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4GUJA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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