4GUJA

1.50 angstrom crystal structure of the salmonella enterica 3-dehydroquinate dehydratase (arod) in complex with shikimate
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of type I dehydroquinate dehydratase in complex with quinate and shikimate suggest a novel mechanism of schiff base formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 96
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2012-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4gujA00
3IIZA 1KFCA 1JRCA 3VE9A 4K8EA 3NPXA 4MLRA 1GYNA 5D02A 2JKEA 5FF4A 1NFBA 2RDTA 4UFIA 3PWAA 2A4AA 4IMEA 1OF8A 3LB0A 4FNSA 1JUKA 3W7MA 4EIVA 4QIUA 5DN1A 5H91A 3CC1A 1EUAA 1KTNA 4MOZA 2OMAA 3R13A 3LCIA 4JTSA 4H3DA 4LS1A 1LM1A 1NF0A 4TMCA 1FWTA 3LCHA 2YGYA 3E96A 3W1PA 1W3TA 5DY2A 4Z08A 3R12A 3QYQA 4LRTA 1ME9A 2G97A 5G2IA 4NX5A 3TCEA 5CG7A 1CX9A 1SPQA 1ZNNA 3EKLA 4A29A 5IM51 4I7UA 2QJGA 2FIQA 5AHIA 4R53A 3TROA 4ADSA 1LBMA 4JTIA 3PBUA 5KTLA 4FNQA 1P1XA 4XZ9A 3W7PA 2DP3A 5E0KA 4NJHA 3R89A 2HMCA 3LV5A 3BG5A 4KWVA 1ALDA 2Y88A 2QR6A 1W5OA 2Q3RA 1RQEA 1GG1A 2QKFA 2QUUA 4EVZA 4UXDA 1TRIA 4AXKA 2NX9A 4MFDA 3NZ1A 4GUIA 5EYWA 3TW7A 3KAOA 4JY8A 4WQ6A 2P10A 4UFJA 3EEGA 3W1LA 4TMBA 3QH2A 1T0OA 2ISWA 1DORA 4ZQNA 2ZZ5A 5HINA 3S8HA 3H53A 5D2VA 4IX0A 1OX4A 2QCLA 3L5AA 1JJKA 3DU0A 3HG4A 4HNUA 1CI1A 3IIVA 4PTNA 4N6EA 4UTJA 3THAA 1SUXA 2C3ZA 2GQ8A 4HPJA 4DO5A 3G1DA 3EXRA 1VGAA 3UXDA 2E5BA 1OYBA 3W86A 3QJAA 3PBYA 4DELA 3B0UX 1SW3A 3NQAA 3GAKA 3LERA 3E0IA 3DFOA 4HKPA 2Y63A 4H6KA 4WXYA 3W7RA 3LI1A 3STCA 3UWZA 4AHOA 5F1VA 3RFAA 4UTTA 2Z2UA 2ISSA 1OFQA 2ZDRA 4LU0A 1LBFA 1GG0A 3ATZA 2RHGA 4UR8A 3PBVA 4GXMA 5FI8A 5IBXA 3LCXA 1MXSA 2E68A 2NUYA 4NNAA 3UWQA 2ZRWA 5AYXA 1IXOA 5DBUA 2V2CA 5CZSA 2RKXA 2X1UA 1FXQA 1XDMA 1XL9A 4TX9A 3SJ3A 3LI0A 3S42A 4WY0A 3NQ6A 3DFTA 4O13A 2ZRVA 4IMGA 3IIPA 3V1PA 1R2RA 1G4TA 3PB0A 2QDGA 3L0KA 4X3ZA 4BI6A 1TJPA 4FO4A 1R30A 4FNUA 4WOQA 4NQ1A 4MKNA 3TX9A 1OK4A 3HG3A 3MP3A 1YTDA 5G5IA 2VFFA 2Y6ZA 4GBUA 1ZCOA 1SO6A 2RDWA 4RXGA 4Z1AA 1IXPA 5AC8A 1A5AA 4O16A 4RK8A 1XFBA 1TTQA 1V7YA 3WK2A 1IXNA 3NPVA 5BNKA 2QJIA 3G3DA 3M5YA 1RPXA 3G1FA 4Q4KA 3MI2A 4DF2A 3O15A 1JQXA 5K9CA 4A21A 4MY1A 2V5BA 3T7VA 1U5JA 4GE8A 1SO4A 2A1YA 3NQ8A 3S1UA 1H7NA 4IXXA 5G1YA 2WSYA 3S5ZA 3NQFA 1LOQA 3NQDA 5CZTA 2YFOA 3W73A 4HSOA 1NF7A 1PL9A 1OG0A 3JRKA 1SO5A 3DHDA 3S1XA 3SGZA 3W7HA 3M6YA 3W87A 4IMFA 1DJNA 1H7XA 5CPLA 3BLIA 2B7QA 4UMBA 3FYOA 2QCHA 3M1ZA 3W2JA 5LNVA 4IX2A 5AHNA 4BI5A 3HBLA 3PG9A 1ZJIA 4JYDA 2C14A 4YL2A 3PR2A 3O05A 3TA6A 3SECA 5K7JA 1V5XA 4JEQA 3UWWA 1KFJA 4IGHA 3CLMA 3W7IA 5CSSA 1R47A 2G96A 1GT8A 3W2LA 3ZFHA 2FLIA 2FDSA 5MHBA 1P5BA 1H61A 3BVJA 1GTHA 1XC4A 3OHIA 3MBDA 3M43A 4UC5A 2QCEA 4WY0F 4RV8A 1GVRA 4CNNA 3IVTA 4I7VA 2OCZA 2QAPA 4DPQA 4JTKA 1HUVA 3C2OA 4IUOA 5EBUA 3LX9A 3B8DA 2WNQA 3EWZA 4AEOA 4KFOA 2PURA 4N4PA 4AAJA 3EX6A 1TTJA 5LSMA 4HSNA 4O28A 5LNSA 3QF0A 3PVFA 4LVGA 2ZYFA 1K8YA 4GNJA 4B5NA 1Z44A 1XCFA 4MZYA 1FBAA 1GQNA 3GXNA 3HG2A 1IGSA 1H63A 3R2GA 5J5DA 1VCGA 1C8VA 1F05A 1L2UA 2JGQA 8TIMA 3A23A 1B3OA 3TKFA 2GJLA 4QISA 2A6LA 3QQ1A 1OFDA 4X22A 3AO0A 2ZRUA 1FCBA 2OT0A 3CB8A 1SW7A 2ZFAA 3LHUA 4Y6GA 4DF0A 2QUVA 5I3IA 3TFXA 4KKXA 2ABAA 3TSBA 1QNVA 1EIXA 5K4ZA 1Y0EA 4FB7A 1W56A 3U2OA 4LVFA 1VQTA 3KVKA 2J9ZA 3LHWA 2J9XA 2FPTA 2Z6IA 1KM1A 2CLIA 1QPOA 1Q45A 3TE9A 4K38A 4O1AA 1VC4A 4TIMA 1JCYA 3P61A 1F5ZA 1H5YA 4K6AA 5F2IA 2C0AA 4DBDA 3LBMA 4O1CA 4R7JA 1TTPA 3H55A 3M0ZA 4MLJA 3GIYA 3M9YA 5FEPA 3TMLA 3NOEA 2ZZ6A 5CPOA 3NL2A 1QWGA 4HNTA 2VFIA 3L0GA 4NJJA 3LOTA 1H7OA 3E02A 3NM3A 3N3MA 3GDMA 4UTKA 1S5TA 5J5RA 3LHTA 2NWSA 2V9DA 5DELA 4BK9A 3F03K 1SSDA 2DZVA 1GVOA 3TAOA 2NUXA 3GNDA 4M5PA 2Z6JA 1VYSX 2FB3A 3G0SA 1W5MA 5CPNA 1TSIA 3W85A 4IJBA 5H2ZA 2TPSA 3NQEA 3OBKA 1K7XA 2XFWA 3G3MA 3YPIA 5F2GA 3JS3A 1K7FA 3HQ1A 3OVQA 4A3UA 3LHVA 4WX2A 5LGZA 2R8WA 4AF0A 3IGSA 1FCQA 3HPZA 3N2MA 5BOOA 1EP2A 3GKAA 3Q94A 2QCGA 1O94A 3UNDA 4UCGA 3MHFA 4DPPA 1SZFA 1G4EA 3KXQA 2XN0A 2Y61A 1RQHA 1Q6QA 1T8XA 4S2BA 1KM3A 3HGSA 2C19A 4GUFA 2VEMA 1N8FA 3P8IA 3STGA 1Q6LA 4YCPA 1EWEA 3HG5A 3N9SA 4X2RA 3DFSA 1H51A 2X1RA 2YYUA 3BK0A 1UUOA 3TC7A 2V81A 2G5WA 4C1KA 4LOCA 4N9CA 3W22A 3KOFA 1KFLA 1QR7A 1FDYA 1ML1A 3FJLA 3C8FA 1GOXA 3KVJA 3EX3A 3MO7A 3L0NA 4GRSA 4K8HA 2J6XA 2WSRA 3STFA 1I4NA 4HIBA 3EB2A 4YMZA 3FLUA 3VFLA 2VFHA 4O4WA 3ELFA 1OFEA 1XBYA 1OFAA 2BX7A 2EF9A 4O53A 1O5KA 3BO9A 2QUTA 2VFDA 2LLEA 5F2LA 2P0OA 3W7JA 2ZA2A 4Y96A 1WYIA 3I7SA 3O6YX 2VKZG 2R94A 4MZ8A 4Y9AA 3G0UA 3W75A 4LC6A 3QQ0A 3FJ6A 4A22A 1FDZA 4XBKA 3W7OA 4JY9A 2PE4A 5F4XA 1H50A 3PUOA 1FWRA 5FF3A 1AL7A 4M7SA 1H7RA 1WOBA 1W5NA 2A6NA 5D2WA 3TJXA 3U6WA 4QNWA 3CPRA 2BLEA 1JCLA 3PM6A 4WD0A 3UD6A 4RJEA 4ONVA 1WQ5A 4RLIA 2NXGA 3CWNA 3TV8A 1ZAHA 3DKJA 4JDBA 4NU7A 4LV4A 2Y7DA 1K3UA 3BG9A 3HGRA 3W76A 5K2ZA 3IGXA 5E93A 5AHFA 4AWSA 3GLCA 1JVNA 1JR1A 4UTHA 1LRQA 1JUBA 2YYTA 4IQLA 3IVSA 1F73A 1SZNA 1F6PA 2RDUA 1G69A 4MZ1A 1F76A 4X9SA 3B04A 3EXSA 5AYZA 4UFKA 2B7NA 5GVJA 1KTCA 1KM0A 1RVGA 4QAIA 1JCJA 1YDVA 1TQJA 1UJPA 4Z1BA 3I6RA 3G1YA 3NQ7A 1JQVA 1PHWA 1VRDA 3H54A 1I2QA 3NM1A 3CIWA 1EP3A 2WKJA 3ZWSA 1XI3A 2NXHA 3MWAA 1MZHA 3TSDA 3PSWA 3F4WA 4IPIA 3UPWA 2R14A 3QEZA 3EWUA 2Y85A 3W7LA 1VYRA 1DJQA 1TCDA 2PRMA 3KRUA 1T99A 1HO1A 3O06A 1O4UA 2BXVA 1KBIA 4I7WA 3W7EA 4EF9A 3NPWA 3P74A 3TK7A 3PAJA 4JN6A 3M16A 1HO4A 3W1RA 3S1VA 1I45A 4XWUA 4FHAA 3GZ3A 3MYPA 2ZTKA 4EF8A 2AGKA 1D9EA 3LCLA 3NQMA 1F7BA 2EHHA 1XXXA 1JUEA 3BW4A 5BRBA 3LLDA 3NYZA 5U4NA 2ZZ2A 2WPBA 2HTMA 1H60A 3DFQA 1SU5A 1MEWA 1O95A 4FNPA 2VFGA 3EWXA 1OFPA 1E51A 3E9AA 4R34A 1OK6A 3LRLA 1OX6A 4L4LA 2TYSA 4IXHA 3I65A 3Q58A 2ZTJA 1FCUA 3NL3A 3BGJA 1QO5A 3W70A 1PV8A 3CQ0A 4KFNA 3U8GA 2PC4A 5DLCA 2CLLA 3NZRA 1WBJA 4JX5A 1Z41A 1QFEA 4NXKA 2CLMA 1FWSA 3KVMA 4MVAA 3G24A 1KV8A 3MHGA 4HHPA 7TIMA 4XKYA 1OVDA 3G18A 2DZXA 1GVFA 4GUHA 3E49A 3BPWA 4A2RA 3WJZA 3TR2A 5HWJA 1UCWA 4MYAA 3O63A 2QDHA 5BMWA 3IIOA 4CQ9A 3IIXA 3W72A 5AHEA 3BW3A 3KFTA 1TPWA 4MPQA 3VNDA 1FXPA 5KITA 3QRHA 2Y62A 4NUWA 4N2YA 2JKPA 1JRBA 4LTSA 3CEPA 2YX0A 1P0NA 3CM4A 1Z48A 2Y7GA 1TPFA 5DXYA 1ADOA 1GEQA 4O0ZA 3OIXA 2X30A 4AHQA 2ZA3A 3SZ8A 5K9XA 4QQ3A 2YXGA 3G1AA 3UYCA 4RZ6A 2CLKA 2CLEA 5C5YA 1WDWA 3A5VA 1TPC1 1YDOA 2E77A 1GVQA 2FQIA 1XUUA 1AW2A 5CKSA 3LRKA 4CCEA 1TIMA 4UTWC 3QW4B 3DKLA 4H4IA 3GAYA 1PIIA 4TU1A 4LT9A 1YXDA 1Q6RA 1G7UA 4WXZA 4ZQMA 2P1FA 4M7TA 3G8RA 2QCDB 5LZLA 1AK5A 1AW5A 2YDAA 2FTPA 4JIPA 2H8ZA 5D33A 3C0JA 4OBTA 3T4CA 2FFCA 3QW3A 2C13A 4BI7A 1NVMA 4OQVA 5EPDA 4OWGA 5AOUA 5AFDA 2CW6A 4O12A 4ORIA 4YXGA 2FPVA 1W3NA 1X6UA 4XTIA 4DO4A 1M5WA 3QSRA 1VLWA 1KM4A 2DZTA 1HL2A 4BR1A 1TPB1 5D2TA 4Z1CA 3T44A 3WJYA 1VHNA 3ABSA 4UTLA 2GVLA 1SSGA 3MMTA 5C2XA 5CZJA 3W1XA 4QITA 1PCKA 3HPSA 2DJLA 3FYPA 3O6DA 3HJZA 3PY2A 2B4GA 3KRZA 3O6CA 1DOSA 2HS8A 3QMTA 1DQXA 1EUNA 3P60A 4YCOA 2VEPA 1LZOA 4JTHA 3DBPA 2Z0IA 3Q2DA 1ME8A 1B9BA 3TU9A 3QPZA 1RR2A 1TYGA 3FKRA 3SIZA 4ICNA 4FIQA 3SR7A 1O60A 5D04C 3UZJA 2X2GA 3KVLA 4OE7A 4O11A 5T26A 1RD5A 1KFEA 2EPHA 1I2OA 4KFPA 4FX8A 4Y8FA 4UUIA 1F6KA 5HMSA 1XM3A 1W5PA 1LP6A 3LHZA 2Q3OA 3W7KA 2OZ0A 5I3FA 1H1YA 4LW7A 4LVBA 2CFFA 4NJGA 3SI9A 1KTBA 4LS0A 4MY8A 4N9EA 3W7NA 1YTEA 3C6CA 3TC6A 1HG3A 1MSSA 3LDVA 3G1SA 1B4KA 1RV8A 2UV8G 4O52A 3ABQA 2I1OA 4O0KA 6ALDA 1G67A 1A5CA 1WAUA 3HB9A 3UZ5A 1R2SA 3W7CA 1B4EA 3CT7A 3NEVA 1S5WA 1TO3A 2DZWA 3BLEA 1GPWA 1W37A 3F4NA 2I14A 3W1MA 3L67A 3S0CA 4UTIA 4RZ5A 1OJXA 1VJIA 2TRSA 3W6YA 5L9FA 3LXCA 3C2VA 4JD4A 1OX4B 3MP5A 2CWNA 3DFNA 1KM2A 4L4MA 3L21A 2J9YA 2A7PA 2A7RA 4FIRA 3LGEA 1KFBA 4HN4A 2HS6A 3C3NA 3NL5A 3IV3A 4XBSA 3OG3A 4TR9A 5HUPA 4U4MA 3SY5A 1SFLA 4RR4A 3GDTA 5CZ0A 1YADA 3C61A 1AG1O 1BWLA 2OJPA 3M41A 1I2PA 3OVRA 5K9DA 1KV5A 3M5ZA 4K36A 1BKSA 4IWWA 2ZQ0A 1IF2A 3P5YA 3C2FA 4JTFA 1L6SA 1ICQA 5CGQA 1WOAA 2R91A 3P67A 4YWIA 1W31A 1H7WA 3RF9A 1GTEA 4O1DA 3EWBX 4HT3A 3R5EA 2WQPA 2B7OA 2QCCA 1A50A 2E5CA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CKQ A;  1V03 A;  4GYP C;  4PUK A;  2Y8U A;  4LEF A;  5D02 A;  3HTW A;  4XD6 A;  5FF4 A;  5ENL A;  3RCM A;  1XIJ A;  1NFB A;  4IME A;  1W1A 1;  2F6U A;  1JUK A;  1JDE A;  4PTV A;  2A79 A;  1KTN A;  4MOZ A;  3BOX A;  2OMA A;  2PGE A;  1QK0 A;  4H3D A;  3F5L A;  3D47 A;  1FWT A;  1CGV A;  1DYS A;  1YBQ A;  3E6E A;  1W3T A;  3QYQ A;  4NX5 A;  4E4P A;  1CX9 A;  3EKL A;  5IM5 1;  4I7U A;  2QJG A;  2IS7 A;  4D8A A;  3TRO A;  2RJG A;  3KM8 A;  3KOW A;  4ADS A;  2XVN A;  4JTI A;  4XZ9 A;  1C3F A;  2XVL A;  5BU9 A;  2DP3 A;  2J7G A;  4NJH A;  2HMC A;  1ALD A;  2Y88 A;  4J2M A;  2Q3R A;  2OSX A;  1RQE A;  2HVN A;  2QUU A;  3WQG A;  4B9Z A;  2WLZ A;  2J7F A;  3SRH A;  4MFD A;  3VDA A;  1ZS2 A;  4JY8 A;  1QAS A;  1ZJA A;  1KRM A;  1Y5X A;  3EEG A;  3SCS A;  1DOR A;  4ZQN A;  2OWX A;  2ZZ5 A;  4IX0 A;  1K9F A;  4C90 A;  2BVY A;  3UZY A;  4DYK A;  2IQ0 A;  3R4I A;  4ZOB A;  2I17 A;  1J0Y A;  2ZXB A;  1VGA A;  1KWG A;  1E4N A;  1GQL A;  3VMO A;  4DEL A;  3B0U X;  3KTC A;  3DFO A;  2PDJ A;  4H6K A;  4WXY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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