4GUJ | Genus

Total Genus 96

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	96
sequence length	251
structure length	251
Chain Sequence	KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__251405402679557__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__251405402679557__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4GUJ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__251405402679557__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"251405402679557","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4GUJ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__251405402679557__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
publication title	Crystal structures of type I dehydroquinate dehydratase in complex with quinate and shikimate suggest a novel mechanism of schiff base formation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	3-dehydroquinate dehydratase
total genus	96
structure length	251
sequence length	251
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date	2012-08-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01487	DHquinase_I	Type I 3-dehydroquinase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4gujA00

2V81A 5HR6A 1TPDA 2ZRZA 2HSAA 3CC1A 4BI7A 4TX9A 3KRUA 4AWTA 5H2ZA 1QO5A 1VH7A 5G1YA 4DBDA 5AC6A 1ME8A 3A24A 3IGUA 4UR7A 4FNUA 3UWWA 3P61A 4UMAA 3C2OA 5G4EA 5LNUA 2OX1A 4O54A 3UZJA 4FNSA 1JQXA 4JGDA 1V7YA 4BF9A 4IXXA 1F7BA 5K4XA 1ML1A 2CLLA 5ABTA 3TH6A 5FF4A 1M6JA 3NPVA 3Q37A 5EKYA 2CZDA 3NQ8A 1I8JA 1KTNA 3LTPA 1KFLA 1VLIA 1TPUA 5LNWA 4JY8A 2Y62A 3F4NA 1DOSA 4UTTC 2CLEA 4QISA 1JR1A 2PURA 4N9DA 1W1ZA 4BR1A 4UTMA 4O1AA 3R2GA 3UYCA 4LUJA 3DFTA 1SU5A 2QUUA 3LCWA 3QMTA 4RV8A 4FNQA 5FF7A 5K4ZA 2GVLA 4WXZA 4RCXA 3TSMA 3MP5A 3LV6A 2FTPA 3GDTA 2J9ZA 3W7JA 4LUIA 3DH7A 5BNKA 4FF7A 1GVSA 3UPWA 4CQ9A 1TPEA 4JTJA 1H7OA 4MYXA 1AW5A 1YXYA 2VXNA 1VZWA 3NQEA 5DCBA 1FWWA 2VFFA 1OHLA 2QJHA 2HS8A 1FCQA 1O5KA 3KAOA 4HIBA 5HWMA 4IMCA 2A7PA 1EPXA 4EIVA 4O28A 4AF0A 4JS3A 2X1TA 3PUDA 4WJEA 2JKAA 4IOTA 2YYUA 3TFXA 4OV9A 2PRLA 4NT0A 1OJXA 1WQ5A 4UC5A 3PB2A 3LCFA 1TTJA 5LSMA 3ATZA 3BW3A 3W1LA 3NDOA 4LV4A 2J24A 1ME7A 1LBFA 3BW4A 4PC8A 3EX6A 3NQCA 1U5JA 4JXCA 4K6AA 1TYGA 4MZYA 3QJAA 2C18A 4U4MA 5H91A 1IXOA 2ZZ1A 4HHPA 1OX6A 4LU0A 2F7FA 1FXQA 2H90A 5FF3A 1IF2A 1RQBA 2VFIA 5A5WA 1Z48A 3KRZA 3LCGA 4LY8A 1YXDA 4R33A 1JCLA 4JR5A 4OU1A 3RF9A 4M7TA 1FDYA 3G3DA 1ZALA 1M5WA 1VQTA 3NVTA 4TIMA 3W7KA 2TRSA 4RZ4A 3G8RA 4O10A 1XC4A 3UNDA 2YSWA 4MY9A 3LDVA 1WA3A 3K30A 3TQ0A 1TSIA 1NSJA 3R8RA 1BWKA 4Z1AA 3L0GA 2P1FA 3QW3A 5EY5A 3FA5A 2TYSA 3D0CA 1Q3NA 4LTSA 3EWWA 3H55A 3NPWA 5TIMA 1YDNA 5F2GA 1LBLA 1KM6A 4Z0JA 3S5ZA 1QCWA 4NU7A 3QRHA 3LBMA 3UPBA 2V82A 4MLRA 2EHHA 4GBUA 5KZMA 1FWTA 1P5BA 1Z44A 1L6SA 5K9DA 3DENA 4EF9A 3DAQA 4JTTA 3GKFA 1QR7A 2A0NA 3CWNA 2C1HA 3P84A 4HNUA 1H60A 1TPH1 3R12A 1H51A 4ZQRA 3B05A 2GPTA 5F2LA 5KSWA 3U2OA 3LLDA 2A2IA 4A22A 3W7LA 4O14A 1X8FA 3IVSA 2ZA2A 3EX2A 2WSRA 3I68A 2BWGA 1QO2A 3BG9A 1TPVA 3HG3A 1AL8A 3GYEA 4K8EA 2PRMA 4POCA 3ZR4A 1SO5A 1NAL1 4M6QA 4UNLA 1HO4A 1ZY9A 2RKXA 3TSDA 2W6RA 3G1XA 1HO1A 1XDMA 3LXBA 1FQ0A 5HWNA 3M41A 5AHFA 1DJQA 1I4NA 3P5ZA 4N4PA 3BVJA 2ABAA 3R89A 1PIIA 5T26A 1N8FA 3NL5A 1DKWA 1ZCOA 1TV5A 2R94A 2YPIA 4Z1BA 3C8FA 4GUHA 1LOQA 1X1ZA 2E6FA 3ZFHA 4ZL1A 3WJZA 3T55A 4Z1CA 4J9JA 3TC7A 5HWJA 2VFHA 4ALDA 4MPQA 4K37A 3N2XA 4IMEA 2VELA 4AHQA 4TMCA 3IIXA 1JRBA 1PHWA 4Q33A 2WOQA 4MY8A 3C61A 1I2PA 3Q2DA 3QW4B 5A8GA 5G1TA 2B7PA 4DBEA 4UIOA 4ADTA 4NNCA 2CFFA 1H62A 1C29A 2WO5A 2V2HA 3FFSA 2A6NA 2ZZ6A 3HQ1A 1KA9F 3I7QA 2A85A 5FI8A 3NQ7A 4IPIA 2V2DA 1SO4A 2TPSA 2ZA1A 4DF2A 2X1RA 4MVAA 2VEKA 2AQWA 3V75A 5HQEA 2CLKA 3QSTA 2B7NA 1ZJIA 2QCFA 5HULA 5J5RA 3G1FA 1DVJA 3UWYA 3QM3A 4JIPA 4A29A 2AGKA 1XFBA 3IGXA 4LVBA 4AXKA 3EWZA 2QCDB 1A53A 1CX9A 2FLIA 3FLUA 1MEHA 1VCFA 3W1AA 4A21A 4O1CA 4RK8A 1KFCA 1XUUA 4LC8A 3A9IA 1VHNA 3LM7A 5K9XA 4BI5A 2ZRVA 2IQTA 1JUBA 1AW2A 4N2YA 1T8XA 2A4AA 3C2FA 1GVFA 5AHEA 1THFD 3NPUA 4ZZ9A 3JS3A 1ZNNA 3E96A 3EXRA 3UWVA 1QNVA 3HO8A 1QPRA 4LC6A 4MY1A 3M44A 3W7MA 5GVJA 2CWNA 1EX5A 3KVLA 4IMDA 3G1HA 3FEMA 2VFEA 3W7NA 3PY2A 1R30A 1FDJA 4JEQA 4XBSA 1LP6A 2OJPA 2ZRYA 1TCDA 2AAMA 1OX5A 2BXVA 4Z1DA 3TIMA 2Q3OA 1LDCA 2EAWA 3W22A 2F84A 4FO4A 2ZFAA 1OFOA 2CZ5A 3NXFA 1KLZA 2R91A 2ZDRA 2VEPA 4HKPA 5DCEA 1WBJA 3TDFA 4OT7A 3W86A 2KZHA 3W74A 2WPBA 3IEBA 3EXTA 1J4EA 4CCDA 3W3OA 1LOLA 5K3VA 3PAJA 2NXGA 3UY8A 3G1DA 2ZRXA 1XBXA 1W5MA 1YTEA 2JBMA 4CQAA 4JYDA 3EWYA 5TBOA 5FEWA 2E6YA 3RK8A 3BLFA 4QSHA 3PG8A 1IXNA 5AHLA 5AHIA 4O17A 1OYCA 3GVGA 3WK3A 2E6AA 3S1WA 1AW1A 4ICNA 1W31A 3TE9A 3TFCA 3I6RA 3DI0A 3DKJA 3DFSA 3O1NA 4DPQA 3W85A 1KM5A 1RPXA 3N9RA 5LHFA 1JUEA 2LLEA 2NWRA 5D02A 1LBMA 4YMZA 4FEZA 3MW7A 2Y7DA 3A22A 2A1YA 2RHGA 4GE8A 1KFJA 5CKSA 2BLEA 3EX1A 1K02A 4W9TA 3LLFA 2Y6ZA 3HGSA 4PEKA 4PH6A 3P67A 3W1MA 3P7YA 4XTDA 1WYIA 3W72A 1JJKA 5F1VA 3LHVA 4WOQA 5L6UA 2BTMA 1M7OA 4LVAA 4UTLA 1ICSA 5LNVA 4YCPA 4X3ZA 3IVUA 3CHVA 3HF3A 3T78A 1JCYA 4O16A 4C1KA 1MEWA 2NXIA 3P60A 5HNRA 3NM1A 3CQ0A 3UQNA 4WQ6A 1VYSX 3S5YA 4H6KA 5U4NA 1TPFA 1ALDA 3PR2A 2XN1A 3NL3A 1TTQA 4ZMGA 7TIMA 2R14A 1EIXA 4S2BA 3M7WA 2JGYA 1VLWA 3MHUA 1JRCA 5TQLA 6TIMA 1QOPA 5EL1A 1XBVA 2C16A 3N73A 1FCBA 1VYPX 5DELA 3NQVA 3MYPA 3T44A 3QZEA 1IGSA 1H1YA 5HINA 1KM2A 1LM1A 2H6RA 1DJNA 4JTEA 3CTLA 2QJIA 1BWLA 3VI2A 3STCA 3B0PA 2Z2UA 1P0KA 4WY0A 2OZ0A 1T0OA 3TX9A 1LZOA 1H7RA 2I9EA 3P62A 1HFBA 1GTHA 4UTUA 1OABA 3SSJA 2V30A 1YPIA 3W7IA 3S42A 4O15A 4K7VA 3MHFA 3GDLA 1FWSA 5HUOA 1B9BA 1NFBA 3L2IA 1MXSA 3L21A 5CZTA 1UASA 1OFAA 3B8DA 2ZYFA 3IIPA 2Z6JA 5LGZA 2FIQA 3H54A 1T99A 3HPZA 2YR1A 3BARA 3N34A 5LHEA 3LOTA 3QF0A 1HTIA 4JIQA 5E0KA 1TPC1 3W7QA 1LTDA 3BV4A 3KRSA 4QQ3A 3LI0A 1MSSA 3T7VA 3W2LA 2W0UA 4UFLA 1H7XA 2VC6A 1WBHA 2RDTA 2J6XA 5DY3A 3GLCA 1A5BA 1AL7A 3PG9A 2Y70A 4I7VA 2H3DA 2Y85A 3OVRA 1B4KA 1G4EA 2V8ZA 4PTNA 4CNNA 1D9EA 1DHPA 5AHMA 2X30A 3ZWTA 3W71A 1JCMP 1JCNA 3QMRA 3M16A 5LKYA 1UCWA 1YDVA 1A50A 4H3DA 2P0OA 2QAPA 4D2JA 1GT8A 4ZQCA 4BI6A 4LWWA 3H53A 2C15A 3TXZA 2CZEA 2PCQA 1XBZA 5EBUA 5DN1A 1OK4A 4O18A 2VFDA 1L6YA 2EPHA 3TAOA 2E68A 1C9DA 1RQEA 2CLMA 3BO9A 1UBSA 3LCXA 1W8SA 1MEIA 4EVZA 4FNPA 5DLCA 4UMCA 3LI1A 3MMTA 4QIUA 1ADOA 1ICQA 2I1OA 3C6CA 1R2RA 1W5NA 1I2NA 1YTDA 3G3MA 3QQ1A 4GUFA 4LRSA 2QCGA 4Z0SA 2CZFA 1LOSA 5HR7A 1MO0A 3QC3A 1VPXA 3EEGA 4QM1A 4RXFA 4R7JA 3GZ3A 5F2IA 3ZWSA 4ZQMA 4OE7A 3ABOA 3INPA 8TIMA 1KTBA 4DF0A 1G7VA 1WOAA 3I7RA 4KFPA 3UWUA 3OVPA 4RX0A 2QCNA 1M7PA 3SGZA 2XFWA 5AYZA 4JY9A 4FNRA 2H8XA 4LOCA 1EUAA 3ABQA 1JCJA 2NZLA 4O13A 1TTIA 5DBUA 4GWEA 3LB0A 4UXDA 3P8IA 3W1RA 1KBJA 3TMQA 1S5TA 3HGRA 2A21A 5I3KA 5IBXC 3NOEA 3YPIA 3PF3A 4BK9A 3W6YA 3C56A 4QITA 1GYNA 1PCKA 1Y0EA 1SW0A 3GXNA 2OMAA 3NEVA 3NG3A 3GB6A 4MLJA 2FQIA 4HPXA 4JX5A 4O50A 4DEFA 3TR2A 5BMXA 1F73A 3IIZA 4XKYB 3NQGA 2GVJA 2ZZ2A 3KVJA 3THQA 3ABSA 3EWXA 2YZRA 4DO5A 5AYXA 2GQ9A 5D09A 3SW6A 2C3ZA 3LCHA 3W1UA 1LLWA 1F5ZA 3L9CA 3HIJA 1JCXA 3FOKA 4UUIA 1YLVA 1TMHA 3C52A 5F4SA 4N9CA 2V5LA 2NUYA 2G96A 5D04C 3M1ZA 2DU2A 5EPDA 4GXMA 3W7HA 1F6PA 1PVNA 4LRTA 3LHTA 3B03A 4JN6A 1H61A 3OBKA 2DP3A 1G4PA 1SZFA 3FJ6A 4K36A 1X6UA 4AWSA 4IUOA 1W5QA 1SW7A 3ABRA 3F03K 4BWLA 2FB2A 4UTIA 3CIXA 1K7XA 1FUYA 4L4MA 4ZQNA 2J88A 4LVDA 4C1LA 5CGQA 4KFNA 1FY6A 4I7UA 4OBTA 4OHQA 3GK0A 1G4SA 3I7SA 3BK0A 4UNKA 1FCUA 4AWUA 2B4GA 2Y61A 3W1TA 3IRDA 2WKJA 4MUZA 3DFPA 3SFKA 2YGYA 1TREA 5HUPA 1BKSA 3PB0A 4JYEA 4N6EA 1RQHA 3G8EA 1G6CA 3T4CA 4YXGA 3SJ3A 4ORMA 4DPPA 3ATYA 3SY5A 3C2VA 3W88A 1H7WA 5FESA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4GUJA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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