4H3DA

1.95 angstrom crystal structure of of type i 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from clostridium difficile with covalent modified comenic acid.
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
255
structure length
252
Chain Sequence
MKRKVQVKNITIGEGRPKICVPIIGKNKKDIIKEAKELKDACLDIIEWRVDFFENVENIKEVKEVLYELRSYIHDIPLLFTFRSVVEGGEKLISRDYYTTLNKEISNTGLVDLIDVELFMGDEVIDEVVNFAHKKEVKVIISNHDFNKTPKKEEIVSRLCRMQELGADLPKIAVMPQNEKDVLVLLEATNEMFKIYADRPIITMSMSGMGVISRLCGEIFGSALTFGAAKAPGQISFKELNSVLNLLHKSIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title 1.95 Angstrom Crystal Structure of of Type I 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Clostridium difficile with Covalent Modified Comenic Acid.
rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Clostridium difficile
total genus 99
structure length 252
sequence length 255
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2012-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4h3dA00
3UZJA 3E02A 3P80A 3HPXA 3TROA 3MI2A 4LUJA 3SR7A 5AHEA 3WK1A 4MLJA 4QITA 5HWNA 3L0NA 1H61A 1PS9A 2RFGA 3P84A 5I3FA 4PODA 1GVSA 3RNDA 3VNDA 1SO5A 1C9DA 2CFFA 1FWNA 1QPQA 1TV5A 3W2NA 2BZNA 3KRZA 4LS0A 4RZ4A 5AYZA 2A21A 4LVFA 4MYAA 3W6YA 2ZRWA 2FLIA 3DHFA 2ZZ6A 1DL3A 3M41A 3P60A 4JNMA 1DJNA 3B8DA 2Q8ZA 3IV3A 2FFCA 4UFKA 1UUOA 4HNTA 3UPBA 1XL9A 3R5EA 3O6CA 2ZZ4A 3WK0A 3PVFA 1SFJA 1P1XA 2R94A 1LOLA 3W07A 4PEKA 3BV4A 1LBLA 2NUYA 4AEOA 1GYNA 1I2QA 1SSDA 1PHWA 4O0KA 3SGZA 2OCZA 1HTIA 4LOCA 1MXSA 3PBVA 1WA3A 4QQ3A 1XUZA 3W7KA 3G1AA 4ZL1A 1HUVA 2ZA2A 3UWZA 1TREA 1RV8A 4LVAA 3W7RA 3W2LA 4MYXA 4LNYA 3TCEA 1TO3A 4NNBA 1FBAA 3W7NA 4MIMA 4O4VA 2DZPA 3N2XA 3EWYA 3GXTA 5I3HA 4DO5A 4PTNA 5F4WA 1KM4A 3W1UA 4YL2A 4NXSA 5J5RA 4LVBA 1WBJA 4IUOA 1XC4A 3W2KA 3TFXA 4XTDA 3W87A 5D2YA 3M5XA 1GYLA 2DZWA 4NJIA 2HSAA 2VXNA 2WPBA 4P61A 4DEFA 1SW3A 3SZ8A 1H51A 1SO4A 4M7SA 5AC6A 1LOQA 2ABAA 1TPDA 2FIQA 1W5OA 3G24A 4A22A 2G5WA 1TQJA 1XI3A 2Y7FA 1VYSX 4MVAA 5KMYA 2V82A 3NL2A 1ZHAA 3W1AA 1ALDA 3FYOA 3QRHA 4RXFA 1JR1A 1I4NA 5DELA 3L2IA 4BI5A 4Y96A 3TQKA 1SO3A 2X30A 3GR8A 4Q32A 3L9CA 4JD4A 4R33A 4FXRA 4UTHA 3FIGA 1ZAJA 4O15A 3DGRA 3MYPA 1F74A 4O14A 5HULA 3O15A 5LNSA 3SIZA 3DFSA 2FB2A 3CEUA 4TX9A 1EP2A 2WNQA 1KM2A 4ZQMA 4HT3A 1K7XA 1R46A 3E12A 4MOZA 2Y7GA 3S6DA 2VOMA 3MO7A 4EF8A 3IIOA 5C55A 5DY3A 3V1PA 5F2GA 5DCEA 1U83A 5FF4A 1L9WA 1MO0A 4X22A 2V30A 1EP1A 3W1TA 4NUWA 1KFKA 3N73A 5BNKA 1ICQA 5HWMA 2ZDRA 1TMHA 2VC6A 2C3ZA 3EXSA 3NVTA 3LTYA 2DZXA 3HG2A 1L6SA 4ICNA 1G4SA 1T99A 3PBYA 5HUOA 1OF6A 3S5OA 3E49A 3NM3A 2QCGA 5EA9A 5KINA 3S42A 1IIHA 4JY8A 4XBSA 2B7QA 3CU2A 4BWLA 1VH7A 2CLMA 4RCXA 3R89A 1O95A 2HS6A 5CPNA 5DY2A 4NJKA 2JGQA 2A85A 3TH6A 1LZOA 3I65A 5EPDA 3SECA 5DN1A 3NOEA 2R8WA 1EA0A 3L5AA 3BW4A 1O60A 3WK3A 2F84A 3T78A 4NU7A 4GWEA 1O4UA 1SQ7A 2AGKA 3UWWA 3I7QA 4QSHA 3C2OA 4QAIA 3IVSA 3BGJA 3UXDA 2ZZ1A 1VHNA 3LHVA 3O07A 1S5VA 1WV2A 3OVQA 3DH7A 2I14A 1GZGA 4K36A 4GUFA 4LRSA 1EP3A 2G95A 4UMCA 3S1XA 5KZEA 3HGSA 1WX0A 3VE9A 5K3VA 4KWVA 2J9ZA 3TQ0A 3W1XA 3HF3A 1KV5A 3TC6A 3GNNA 4FO4A 3QF0A 1EB3A 3LCXA 2Z6JA 1Z48A 2B7PA 4RV8A 2A0NA 3TA6A 1T96A 1PV8A 1XKYA 4Z0JA 4EVZA 1TYGA 3QFEA 2Y85A 3Q94A 2VEPA 4OV4A 1IGSA 4UFHA 1QOPA 2NZLA 5K9CA 1KTBA 2E77A 2BSLA 1RR2A 5HR7A 2VEMA 5F1VA 4GC4A 4IQLA 3W3OA 1BEUA 2Y62A 5AC8A 1Q6LA 2Z2UA 1KV8A 4CNNA 1H7NA 3EB2A 4JDYA 3SJ3A 2WV8A 2QJIA 2WSQA 5KZMA 4KFPA 4W9TA 5BW6A 3BVJA 2A7RA 1PVNA 1HG3A 3GNDA 1SSGA 3A24A 2YYTA 1FWSA 1B3OA 1TV7A 3G1XA 1WOBA 5K4XA 4UXDA 3STGA 3W7MA 3LHTA 1B4KA 1W0MA 3KXQA 4XUGA 3KHJA 3PAJA 2EGZA 4LS1A 5LSMA 1GOXA 1R47A 5L9FA 4Y9AA 2C13A 3F1QA 4I7VA 1JCNA 2CLFA 4WY0B 4OBTA 1QNVA 3A9IA 1VGAA 1Q6OA 1W31A 1IF2A 2ISWA 5CG7A 3W7EA 5FEZA 3S1UA 1HO1A 3LRLA 3ANYA 1YTKA 4PH6A 1H7XA 4UR8A 1AW5A 3W1PA 3M5VA 3S1VA 4JX6A 4QNWA 1TPEA 4OWGA 2ZRXA 1GTEA 3P74A 4C1KA 1QMLA 5F4SA 2OJPA 4JEQA 2QUUA 5SWUA 4CCEA 3SI9A 3GK0A 3G0SA 2YXGA 2E6AA 2YFNA 2ABBA 2CLIA 1QO2A 2F7FA 3WJYA 3PG9A 1K7FA 4RX0A 3DXIA 2VFIA 1W3IA 1LTDA 1F76A 2NWRA 3QPYA 1EUAA 3TMLA 1DOSA 3FJ6A 2NXIA 4BI7A 3LCWA 4Z1AA 2ZBTA 1XBZA 4O18A 3W1QA 1ONRA 4O50A 3N9SA 2NX9A 1H1ZA 5FEWA 3C0JA 3L0KA 5G4EA 1DQWA 4OT7A 3TSBA 1DJQA 4M7TA 3MBFA 3E9AA 3GIYA 2XN1A 2VENA 3WJZA 4NT0A 4EIVA 2P1FA 1G7UA 3TJLA 2X1SA 3DKJA 5H2ZA 3NO5A 1LRQA 4JIPA 5L6UA 4FB7A 3LRMA 5K9XA 2DJLA 4Z0SA 4ALDA 1CX9A 1N7KA 2OT0A 3G3DA 4ONVA 3C6CA 1ZY9A 1TPVA 3CM4A 3MBDA 3NGJA 4FX7A 4FNPA 1ZALA 1EEPA 2HTMA 1JUKA 4MJZA 3INPA 3JS3A 5AHMA 1D3HA 1S3HA 1KFLA 3QMTA 4A3UA 3MUXA 4K7VA 1FXQA 5BRBA 2HMCA 1H7OA 4R7JA 5LNUA 2GQ9A 5LKYA 3P82A 3NG3A 4U4MA 5D2TA 2XFWA 2WSYA 4RKAA 1H7PA 3M16A 4ZZ9A 2ZZ2A 3W85A 1JCJA 2E6DA 3GXPA 3AO0A 3IEBA 1GT8A 3Q58A 1VCVA 3STFA 1ADOA 2A7NA 4UNKA 1WXJA 3UWQA 1YDVA 3DHDA 4WOQA 5K2ZA 1PIIA 1T8XA 1F7BA 3SY5A 3GAYA 1K8ZA 1TPB1 3KVLA 3LXBA 1F73A 3FKRA 3TW7A 4UIOA 2X1UA 3DFNA 4R34A 5GVJA 2V2HA 4WOZA 4DELA 4ML9A 3C2VA 3YPIA 1VC4A 3KRUA 3I68A 4K39A 3W1LA 1ZAIA 1J5TA 4QIUA 1A5CA 7TIMA 1QCWA 1OFBA 2GVLA 3LCFA 3CQ0A 2JBMA 2YSWA 3OIXA 4CLMA 5F2LA 4MJMA 4IPIA 1M7PA 3QEZA 3W86A 5F4XA 1QPRA 1QAPA 1GVFA 2YFOA 4M6VA 1K7EA 4MZ8A 5AYYA 3C8FA 1XBXA 1X1OA 3FEMA 1LORA 1FCVA 1H5YA 2AQWA 2E6YA 3LBMA 4L4LA 2YR1A 3CB8A 4FNRA 3W72A 3OHIA 4TO8A 1QPNA 3ABSA 4Q33A 3C3NA 2FPTA 4UUIA 4U28A 3R12A 3NQAA 3B05A 4M6QA 2V2DA 3BLIA 2GJLA 1RD5A 4K37A 4N6EA 3UY8A 1TPC1 2H8ZA 3TU9A 4LW7A 2DZVA 1X1ZA 2QUVA 4JIQA 3IRDA 4Z1BA 1A5BA 3UWVA 4RZ5A 4H3DA 2TYSA 4WUIA 1K3UA 1FQ0A 1QFEA 3T4CA 3NQVA 3NL6A 1SZGA 1L2UA 2E6FA 3EWWA 3PSVA 1YXDA 3G1FA 3KAOA 2V8ZA 3LHYA 5C5YA 2AAMA 4DF0A 5H91A 4UTWA 5I3JA 5A8GA 3EWUA 3NPUA 1S5WA 1LLZA 5LHFA 2JK2A 1KM6A 4S2BA 4M19A 3IVTA 3EKLA 4NQ1A 2BLEA 2DZSA 2QF7A 1F2JA 2Q3RA 1GVQA 3C4UA 5HJLA 3E0IA 3O63A 4MY1A 4AAJA 1O5KA 3UPWA 3STCA 6TIMA 3G8EA 3C61A 1IXPA 1DBTA 2PC4A 4H6KA 4H4IA 1GPWA 1K03A 3KVJA 1GEQA 4JS3A 4K8HA 1JVNA 4YLWA 1XUUA 3NQDA 2QCEA 4WY0A 3HGJA 2CU0A 4XZ9A 3C2EA 5D2WA 3UD6A 3P5ZA 1TTQA 1KFBA 3TKFA 3H55A 4JR5A 3EX2A 1KM1A 4GUGA 6ALDA 2CLKA 2XN0A 1W56A 3OA3A 1F05A 1K02A 3PM6A 2CLOA 4AHOA 3DENA 3R8RA 4FNUA 5CZTA 4JGDA 4K38A 3ABOA 5EYWA 1MEWA 2V5BA 1UBSA 3S1WA 2QCHA 3B03A 4ZQRA 1LP6A 3IIZA 4WY0F 2YCEA 4WXYA 5K7JA 3NQGA 2PRHA 4QJ1A 2ZZ3A 3T7VA 2QCNA 3TK7A 1ZNNA 3R2GA 2A6NA 3PG8A 4UFJA 3DAQA 3G1SA 4TMBA 4UR7A 1JQXA 3GZ3A 4P2VA 4Z1CA 2ZRZA 2ALDA 3BLEA 3O05A 4XKYA 5CGQA 3UZ5A 4X9SA 1WOAA 3C56A 4HHPA 2C14A 2WNZA 2OT1A 2FPYA 3PUOA 5D32A 4A29A 4O1AA 1OYCA 3MHUA 3N3MA 1SW0A 4DO4A 2WNNA 1KM0A 3HPZA 4UTJA 3W7QA 3PF3A 4JX5A 4HIBA 3UWYA 3QM3A 1G4EA 2CW6A 5G1YA 5I3KA 5CSRA 3OBKA 1AMKA 2B7OA 1Q6RA 3L5MA 1TPFA 3W1NA 5FI8A 4LU0A 2HS8A 1VPXA 2R91A 4XQ6A 2QCDA 1PCKA 2VFEA 1DV7A 4M6PA 3ZFHA 5I3IA 1ZFJA 3LCIA 1OX5A 3EWXA 4FNTA 1JCYA 2Y7DA 1SZEA 2FB3A 3LTSA 2C15A 3FS2A 4HNNA 4M5PA 1RZMA 1BWLA 4JDBA 1X6UA 3W7LA 1PE1A 2RDWA 1KW1A 1GVRA 1U5JA 2X1TA 3ZWTA 4BI6A 4HSOA 3W71A 3CLMA 2PURA 3NPXA 3WJSA 3MWAA 4PL2A 3VCRA 4KWWA 3QYQA 5D37A 3CPRA 4BK9A 5LGXA 3P8IA 2CLHA 1EPXA 5AHNA 1KTCA 3RLUA 5AFDA 1XDMA 2VFHA 1RQBA 3MW7A 3LCGA 4O16A 2VEIA 1YDOA 2FPVA 3LDVA 2CZDA 4IJBA 4JTHA 4IMEA 4NJJA 3B06A 1RVGA 4EWND 4LY8A 1P0NA 4UMAA 1DQXA 1UCWA 2RDUA 3G8RA 2EF9A 4IGHA 3KRSA 4PFMA 4BWLC 3W7JA 2TPSA 1MSSA 1R2RA 1NVMA 2E09A 5A5WA 4TR9A 3CEPA 3LM7A 1I2PA 1NEYA 5K4ZA 3TJXA 4GUIA 5G4WA 4WXZA 1A5AA 2ZA3A 2H3DA 2GVGA 3M7WA 2H6RA 1A53A 3EX6A 1TRIA 3NQCA 2VFGA 3CT7A 4PCFA 4HSNA 1KFEA 2E5CA 1LRNA 1JJKA 4AH7A 3LCLA 2D73A 3HMJG 3QMRA 2Z6IA 4UTLA 3MI3A 1LOSA 4DXVA 1Z42A 1P4CA 5E0KA 4LVDA 3RK8A 5IM51 5E1QA 4JX4A 1NFBA 4IMFA 1DKWA 5CZSA 3PBWA 3W88A 4TMCA 4O11A 1VCGA 1OX4A 3B0UX 4N9DA 4OGZA 5IBXA 4AF0A 1OFDA 4NNCA 3RFAA 3BGGA 4LRTA 1LBFA 2Z0IA 1JCLA 2CLEA 3L21A 4JICA 1L6WA 4OE7A 4X2RA 5G2WA 4UTTC 3BK0A 3M0ZA 1YXCA 5G5IA 4MFDA 4PA8A 2H3BA 1W5MA 4MZ1A 4HPJA 1VJIA 2OX1A 3M9YA 4AWTA 1GG0A 4JTSA 1JRBA 1LYXA 5BMWA 3EWZA 1H50A 4YCPA 1QPOA 3LXAA 1FWTA 3LB0A 3W2MA 4UTTA 3PUDA 5C6MA 3H54A 5EMUA 1ZJIA 2Q3OA 2E68A 3M44A 5U4NA 3CC1A 3M6YA 4XBKA 3PUEA 1SZNA 4JTFA 3G22A 1VQTA 1PL9A 4DBEA 4Y6GA 1Y0EA 4RLIA 3QC3A 5G2HA 5E93A 2DJXA 3LHWA 1O94A 4ZMGA 3Q37A 2C19A 1SFLA 2QDHA 3BG9A 2GPTA 4GRSA 3TIMA 4O1CA 2ZA1A 3UWUA 1VHCA 4JTIA 1MEHA 1VRDA 1YPIA 1UJPA 2J24A 3G18A 3T55A 1N55A 1P5BA 4XWUA 3K30A 4D2JA 3NQ8A 4CQ8A 5EY5A 5FEXA 3TFCA 3GLCA 2IQTA 4NNAA 3W7DA 4PC8A 4A2SA 4NJHA 1KFCA 2W79A 1QR7A 2BWGA 4ZQPA 2DORA 1OHLA 3HG5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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