4H6QA

Structure of oxidized deinococcus radiodurans proline dehydrogenase complexed with l-tetrahydrofuroic acid
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
281
structure length
281
Chain Sequence
PQVEQLARQKMWNLAERFVAGESIESAIQAVQALERDGIAGNLDLLGEFIDSPAKCTEFADDVIKLIEAAHAAGIKPYVSIKLSSVGQGKDENGEDLGLTNARRIIAKAKEYGGFICLDMEDHTRVDVTLEQFRTLVGEFGAEHVGTVLQSYLYRSLGDRASLDDLRPNIRMVKGAYLEPATVAYPDKADVDQNYRRLVFQHLKAGNYTNVATHDERIIDDVKRFVLAHGIGKDAFEFQMLYGIRRDLQKQLAAEGYRVRVYLPYGRDWYAYFSRRIAETP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures and kinetics of monofunctional proline dehydrogenase provide insight into substrate recognition and conformational changes associated with flavin reduction and product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Proline dehydrogenase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Deinococcus radiodurans
total genus 123
structure length 281
sequence length 281
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 1.5.5.2: Proline dehydrogenase.
pdb deposition date 2012-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01619 Pro_dh Proline dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.530 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel TIM Barrel 4h6qA00
2G37A 2EKGA 4H6RA 4H6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CPUA 1BAGA 3TCEA 3RLUA 1QO2A 3E49A 3CIVA 2GK1A 4AEEA 1YQ2A 2H9AB 4ZQCA 1KLYA 1YXYA 5A95A 1QVBA 3ARTA 2A0NA 4ZB5A 2WKLA 4XUYA 3TWBA 4EXAA 3A4AA 4WXYA 3VMOA 4UZSA 3MUIA 3TJLA 1AJ0A 1KRAC 3WQCA 1BSIA 4PA8A 3DESA 4HTBA 3EEGA 2J24A 3NEHA 3MJYA 4IP5A 3BG5A 2YBUA 4F48A 1JPDX 5BOFA 1GW9A 5SWUA 4H7VA 1IGSA 1V02E 3K5XA 3TE9A 1NWTA 4XK2A 2XH2A 3BPWA 1PIIA 3BVJA 4MGGA 4HSNA 2EKGA 4MKVA 4RV3A 3L7RA 3DEQA 3W2KA 3HPAA 3GB6A 4DF1A 1UP3A 3GNPA 1TCMA 1MRQA 6ENLA 5J8LA 2ESCA 2PTZA 5AHMA 5FIPA 2D23A 3I6EA 2I5IA 3U6WA 2XVNA 3M0XA 2LLEA 3OB8A 1YRRA 1N8WA 1CECA 1OX4A 4ILSA 4J3WA 1KR0A 2GVYA 3VYLA 4OVXA 2BTMA 3OW1A 4N9EA 1RK5A 3UYCA 1CGTA 4UMAA 3SJNA 2BV9A 2NLIA 2PLKA 1FKXA 3FN9A 3NUKA 1H1YA 4PGLA 3MKKA 1WYIA 1W5PA 1UBPC 2PC8A 3O7UA 2X0HA 1EEPA 1SR9A 1VBRA 1YE4A 3PUOA 1XIHA 5AYIA 4FAMA 1WKFA 4GGHA 1XL9A 1ISVA 2NSXA 4JCMA 3PP7A 4AB4A 1LROA 3H6OA 1X1ZA 2VVNA 4FF7A 2GJRA 3URQA 1WNOA 4H83A 3U57A 3LLDA 5M3WA 1NOWA 5MKGB 5AOUA 5B80A 1XRFA 2Z7KA 2G0WA 1PTGA 2V5DA 1KCZA 1G4PA 3MJMA 2WXDM 1V79A 3LPGA 3W0KA 3XIMA 1B3WA 3H7RA 1PHQA 2ZUNA 3V0TA 3NQ7A 2P3EA 5HINA 2G95A 3GUGA 3BTNA 4LCRA 1W2PA 2BODX 3DYMA 3WLSA 4KFPA 1TJ2A 1AZ2A 1K7EA 3ORWA 5FJIA 3T0BA 5F4XA 2ANUA 4UR7A 1W91A 3W23A 4NRSA 3AS3A 2VQUA 5CLWA 4G7EB 3M6DA 4M56A 2PFHA 4F0SA 4EF9A 3GG0A 1S3HA 3E6EA 4D6DA 4S2CA 1JFXA 1W9UA 1OFEA 4JHMA 3CUFA 1P1MA 1IEWA 1WDQA 4NX0A 5G4WA 4GUFA 3QHMA 9RUBA 5HPCA 1PZ0A 2WNQA 3R0KA 3FY1A 4W89A 3HPSA 5JBDA 4HKPA 4Q8OA 2OKOA 2OOFA 3H2CA 1RH9A 1YXCA 3UA4A 4D1IA 4R7JA 2V63A 2OWWA 3WQFA 1Z48A 1CCWB 3PG8A 3O2LA 3BK0A 2BGQA 2BXVA 4GABA 3RGTA 3W1UA 1OABA 1T96A 2CZDA 2Y61A 3RCYA 3GVVA 4BS0A 1DVJA 1XYLA 1GYNA 3QKZA 2ICSA 4RZ6A 1E5JA 3BO9A 1LCOA 1BHGA 4FXJA 3SN4A 1QI3A 1UP2A 4LAKA 3D47A 4RJEA 3SO7A 2CITA 3O1NA 2CZ5A 3G1RA 4Y2WA 5A2BA 1ZAIA 3NOEA 4FNPA 2QHAA 5C70A 5I03A 4E3VA 1H11A 5I3IA 1ZP4A 1RP9A 1ZJHA 4AWEA 4O50A 3DKJA 3M5YA 1B3ZA 3CQJA 1E73M 5I07A 1B57A 3R1ZA 4DYJA 2EEXA 3RHGA 1AJZA 1VKFA 5LIKX 1WZAA 2ACQA 3TLLA 3WQEA 4E5TA 1RLCL 1GOWA 3ZMRA 2OLHA 3NSNA 4R3UA 1FHDA 3LCGA 3SR7A 4OUIA 1W1YA 3HGJA 3NYDA 4MY9A 5A8PA 2BB0A 4OWGA 1AH0A 1REQA 2NVDA 2XIJA 5HA7A 2G41A 2QMJA 1MW0A 4HSOA 2ZVRA 1R9YA 2VEMA 1MW2A 1H7PA 4DM1A 1GZ1A 1QATA 3ALFA 1XSJA 3ERPA 1TA3B 4PB3A 1OCJA 3MPGA 1ZQ5A 2Z29A 2ACUA 2VFFA 3P93A 3ATZA 2QDGA 3ARUA 4N4PA 3KTSA 1FWIC 3W1RA 2NUYA 2CHRA 3VIPA 3GU2A 1M41A 4MB1A 2FTYA 2VOMA 2J7BA 3GAKA 2EKCA 4NXKA 2A21A 3ANYA 4LAUA 1KC7A 5LXEA 4W4QA 3NQCA 4V27A 5ABGA 3TQ0A 1KXQA 2XN0A 1MI3A 3MSGA 1WPCA 3WBEA 1EIXA 3LMZA 1BF2A 4IFKA 3M46A 3MSDA 2ONEA 5EA9A 4QXIA 3NQ6A 5CSYA 5HDRA 3BC9A 1JJKA 2Y88A 3C0SA 2PTWA 4QTGA 4V15A 4I9AA 1J96A 2XIOA 5FEXA 4RNFA 2NQHA 4KGLA 1J8VA 3WNKA 1ZL1A 2QR6A 3KRZA 3S5ZA 4QAIA 2UBPC 4J3SA 1CGXA 2GJXB 2Y63A 3TK7A 2GUBA 2HBVA 1LBMA 3S83A 2V3FA 2NWSA 4N7QA 2WO5A 5DF0A 2G5WA 3S5NA 3N17A 4KIRA 1J12A 1DJXA 1ONWA 2A7NA 3GXFA 4QQUA 2QUVA 4U5IA 1PYMA 2YFOA 3WD4A 3PZQA 4H8NA 1PV8A 3F5JA 3G24A 2HDJA 3F4CA 3WBYA 4WDXA 2G3NA 1BXNA 2HK1A 5AB3A 4AG0A 4IUOA 3FDKA 2WKJA 2P76A 3R25A 1VRDA 3DAQA 2CLEA 2VZUA 5BW6A 3SZ8A 4RNHA 4PTXA 4HVXA 2HXTA 3WELA 3BG9A 1DWHM 1KBIA 4QDWA 2V3EA 4AY8A 4P61A 3NM3A 1MZRA 1J0YA 2FFIA 5CGTA 3W27A 3WUFA 2PBOA 2WMGA 3M9YA 1Q8AA 4U3CA 3KWSA 4PMXA 2ZXDA 1K7XA 2QCDA 2QCNA 3SCOA 1WO2A 4GO8A 3W07A 1HUVA 5JUVA 4O17A 2P50A 3HV9A 4L4MA 1ICQA 3VIGA 4IM4A 2O92A 1YBQB 3CHCA 2VD9A 4W5UA 1PCKA 3WLIA 4ZODA 4X9SA 3BLIA 1GOOA 1FWTA 3GHSA 5LYRA 3DKLA 3H2FA 2G3IA 5PTDA 5BXRA 3E2QA 1DWIM 1OYBA 3HM7A 3C2FA 5D8WA 5FF3A 4DBWA 2XU2A 4J27A 1E0XA 2C13A 2PURA 3PFRA 2PI6A 3W1TA 1JNDA 4Q7BA 2CLLA 2ZC1A 1RK6A 3WQPA 4OJYA 3GR4A 1PDYA 4HU4A 1Y0EA 4JBRA 1I1XA 4AD2A 3GKAA 4HIBA 1PKMA 1W5OA 3IRDA 1MUWA 3NL5A 4O1CA 3O6AA 4R9OA 5CGQA 5K3VA 5A2CA 4M81A 4URIA 4AD0A 4EXQA 3WBAA 4HCDA 1ODUA 4W9TA 3DFPA 1OGBA 5HWJA 2DZBA 1EXPA 1CXEA 5E5CA 2R8WA 3IV8A 4HNVA 2POZA 4DJDD 2CU0A 1RPKA 3TIMA 2G97A 3PSWA 1KM5A 3I3BA 3W7GA 3QGAC 4NI8A 4WF7A 1NSJA 3B40A 4I5XA 3EWCA 3IGUA 3PBMA 4R7WA 1EC7A 5HPOA 1JZ6A 2I57A 3NURA 3H2AA 5FOOA 1P5BA 1X6UA 2JQXA 2PB1A 3GNNA 1XJBA 2JFEX 4U2ZA 1Q6QA 1YIXA 4FHAA 5C9WA 3N19B 2WHMA 2WSRA 1ISWA 3UFYA 2AL2A 3MDWA 2X30A 1L6WA 3P0XA 4E2VA 4JTJA 1FFQA 2JIWA 1GEQA 4K68A 5D2YA 1GUVA 2DUAA 4LB3A 3UBPC 2E68A 4LW7A 2EF9A 3C5QA 2PGWA 4Q22A 2WM0A 3VZZA 5A8QA 4TUFA 2C6QA 2IW0A 3UXIA 1ZJIA 2HE8A 2WW5A 3STFA 1ME7A 5D05A 2HS6A 1CBGA 4ZXOA 1TPC1 1XBVA 3WL0A 2D0GA 4MG4A 4GI8A 2R94A 4GUIA 1L2QA 5B7YA 3BSMA 1AA1B 2PDPA 4P7OA 1V3IA 4HPGA 3BMWA 3JRKA 4UQ9A 5HQEA 1KQZA 3EB2A 2F9RA 2VGIA 2ABBA 6TIMA 3SFKA 4IGNA 4O4WA 1GHRA 4J28A 2J8GA 5KSWA 2FIQA 5TD4A 2A7PA 3P61A 2OFJA 3OA3A 5A94A 5DT5A 2G8ZA 4R85A 1SZEA 1YDOA 1FDZA 2EHHA 1UUQA 3W7RA 4CKQA 1B5TA 3FYPA 1PL9A 3VD3A 4LSBA 4DN1A 3S5OA 5EB8A 1W6TA 4XZWA 1GORA 2V3DA 2H3DA 1DWGM 1TR9A 4P7LA 2E5CA 4QCEA 3TVAA 1PVNA 5BU6A 4PL2A 1LOLA 3ZSTA 5CGMA 3TQVA 1EIBA 4R5EA 1CNVA 1XS2A 1TZ7A 1L0PA 1H7NA 2BVYA 1ISYA 1EJVC 1FVPA 3KS6A 3ARYA 1XLDA 3GYCA 3B0XA 5AHEA 4BA0A 4UMCA 4HNUA 2G4JA 2HPMA 1ISXA 4YYCA 4GYPC 4O52A 2E9BA 3AIRA 3MO4A 4ZGYA 3G18A 4H6KA 1MYRA 3W00A 4QLKA 1JYNA 3U5UA 4S3KA 1Q6CA 2C15A 3VK5A 2D69A 3S2MA 2NW0A 5EMJA 4TX8A 1HKMA 1QCWA 3WQVA 3CPRA 1V3LA 1UQZA 1G69A 2P8BA 3WD3A 2I9UA 3QSRA 4DY1A 2Z6IA 1WCGA 4E4UA 4H01A 2CYGA 2WMJA 4EANA 1DXFA 1GVQA 3MI2A 3W1XA 5ECVA 4AD3A 3TA6A 1NWUA 1LQ0A 4H04A 1CXLA 1AW1A 2O55A 2YCLA 1A4MA 4WSHA 5AZ0A 4Z2JA 1Q2RA 3DHFA 5MHBA 2BHYA 2F2KA 1ZAJA 4QSFA 3JZUA 4CD8A 1ITCA 1K7FA 3QV8A 1BVZA 1X8CA 2IPJA 2OCZA 1P43A 4Y8FA 2Y5JA 4ZEPA 4XZIA 3AHZA 1KWKA 1HJWA 3IJ6A 2XH0A 2WMKA 4POCA 2VHLA 1L9WA 2VT0A 1JCTA 2CFFA 4JFTA 2P53A 3W01A 3VI2A 3L23A 3UXLA 1IT0A 1KBKA 1G94A 3WKZA 5EFFA 2FH6A 1ELSA 1KM4A 4YHGA 4WCJA 4ZBCA 2TAAA 4Q6XA 2OYLA 4FB7A 1U2YA 2ACRA 5HBFA 4DYEA 1XCFA 7CGTA 1D8WA 4E0CA 3WDRA 1UOKA 3EDEA 4DXKA 3ZO9A 3OEXA 4GO9A 3NEVA 1J0ZA 3WLPA 3N2XA 4LF2A 3N2OA 3U2EA 2CEQA 1VD6A 3S1VA 1MVYA 3GW0A 1E9YB 4O14A 4JAWA 3GNDA 2GFTA 3CH0A 2RAGA 5CKSA 1GOQA 4PEEA 3RO6A 3UZWA 2W63A 2ASHA 4GHRA 3NQFA 3UCCA 1HFBA 3HMJG 5ABFB 4Z1AA 5HJXA 3SUVA 1YPXA 1AD1A 4UNKA 4HNLA 2WC3A 3TV8A 5A6AA 3O07A 3U5YA 1VFUA 2XHYA 3HBLA 1XIDA 4DJDA 2YJQA 5DXXA 3EMQA 4Q4OA 4WJXA 4F3HA 4YIWA 5F2IA 4ROQA 2GSJA 4CQBA 3H8AA 1BRLA 2HWGA 3A13A 1W9XA 4XO7A 1ZNNA 1JAEA 1TV2A 4CD4A 1SW7A 3LI0A 3MMUA 4ZO6A 4C90A 1UWRA 1WDDA 2ZDSA 1U22A 3BE7A 3CEUA 1QJWA 3HQ1A 1X96A 1HL2A 4QE5A 4GQGA 1H0IA 1VEMA 1PJ9A 1F3EA 4QE4A 4C65A 5AHFA 3CK5A 1MFUA 3EWBX 1M7XA 2C0HA 2QCHA 1W0MA 3VKBA 4ADTA 2WSQA 1TV4A 3HFYA 4QNWA 3A4JA 1MQRA 1UKTA 3H54A 1VZWA 3H22A 4MJ2A 4GJJA 3AXIA 1LLOA 4D2JA 3H2NA 1NDVA 4JTLA 1VENA 2I17A 3MUXA 4DZAA 2WBKA 1HJVA 4AEOA 1XQLA 1L6YA 4JTRA 2DQXA 2XFFA 1TA3A 5HNRA 1V7AA 5FF2A 2PF8A 3TC6A 1TSIA 3P3BA 3GZ3A 2WJDA 2H3BA 1ADOA 3OLDA 3I3EA 2IKJA 2OXNA 1AQ0A 1H5YA 1E9ZB 1LRQA 1KGUA 4PE8A 3JW7A 2A5HA 2Z2BA 3C0QA 1ICPA 3VC5A 4GH1A 1H2JA 3MI3A 4G9PA 4D8AA 1WDSA 3C3NA 5I3GA 3VX1A 1MDRA 1B54A 3WBWA 5AHLA 2WJFA 3OZYA 3GXPA 3KZPA 3R89A 4L80A 4YTQA 3VOHA 3ZOAA 3UJFA 3N73A 3R4IA 4L64A 1ZENA 4WDWA 4GVHA 3PPCA 4GI4A 3BW3A 1FWJC 3HG3A 4RDZA 4IFRA 1E0VA 3EX2A 4REQB 4HPXA 3HPFA 3MP4A 3O16A 5HK4A 4ATLA 2PDGA 2E0PA 1I2NA 4HN4A 3VM7A 4HMEA 3QPEA 3REQB 2YZRA 1RCXB 1O94A 1ONXA 1NP0A 1U5JA 4MSSA 1SM9A 3V0SA 1ZTVA 4GISA 1I2QA 1OFQA 4JTHA 3RAOA 3R79A 2OWCA 3NZGA 3UCDA 1VGAA 1JEZA 4DNMA 2PLJA 1KRBC 1NDZA 2ZXQA 4F4RA 4WY0B 1KKOA 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