4HA4A

Structure of beta-glycosidase from acidilobus saccharovorans in complex with glycerol
Total Genus 191
50100150200250300350400450050100150200
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
489
structure length
489
Chain Sequence
AVTFPKDFLFGWSQAGFQSEMGTPGSEDPNSDWYAWVHDRENIAAGLVSGDFPENGPGYWGNYRKFHDAAQAMGLTAARIGVEWSRIFPRPTFDVKVDAEVKGDDVLSVYVSEGALEQLDKMANRDAINHYREMFSDLRSRGITFILNLYHWPLPLWLHDPIAIRRGNLSAPSGWLDVRTVIEFAKFSAYVAWKLDDLVYMYSTMNEPNVVWGLGYAAVKSGFPPGYLCLECAGRAMKNLVQAHARAYDAVKAITKKPVGVIYANSDFTPLTDADREAAERAKFDNRWAFFDAVVRGQLGGSTRDDLKGRLDWIGVNYYTRQVVRARGSGYEIVPGYGHGCEPNGVSPAGRPCSDFGWEFYPEGLYNVLKEYWDRYHLPLLVTENGIADEGDYQRPYYLVSHVYQVHRALQDGVNVIGYLHWSLADNYEWASGFSKRFGLLMVDYSTKRLHWRPSAFIYREIAKSRAITDEIEHLNSVPPLRGLSPGHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Acidilobus saccharovorans
publication title Structures of beta-glycosidase from Acidilobus saccharovorans in complexes with tris and glycerol.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-galactosidase
total genus 191
structure length 489
sequence length 489
ec nomenclature ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date 2012-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ha4A00
3ARZA 1UWTA 1NH6A 4V28A 3ZT7A 4PSPA 1KCKA 1QW9A 4TTGA 1W9VA 3M46A 3PZTA 4PTWA 1ISVA 1Q6DA 2CBJA 4PRWA 3AHXA 3WNMA 4HP5A 4MNKA 1E55A 2A3BA 2EXOA 3FN9A 1NQ6A 1J12A 4UOJA 1ZU8A 3B9AA 2BVYA 1KWKA 1BVZA 1HXJA 1WE5A 3SCPA 4PTXA 1Z32X 3KZSA 1HX0A 2CKSA 5A2CA 1B90A 3WQ4A 1FFQA 5CJ5A 2EPMX 3AXHA 3GXIA 1CWYA 3MSDA 4ML4A 1BAGA 4X0VA 2VOTA 1EH9A 1MFVA 1R86A 3FAXA 1VF8A 3VGDA 4IUGA 2WMIA 4W84A 1MFUA 2VZOA 5ABFB 4AC1X 4TXEA 2EPLX 4U33A 2WWDA 4W88A 1E6XM 3TTOA 1ISXA 1GW1A 3N18A 3EDEA 2D1ZA 4W85A 4XZBA 1GOQA 2WMFA 1WZAA 1BLIA 4CN1A 1V3IA 4ZXOA 1BYDA 3II1A 3VDCA 4B3LA 1J0JA 1O6IA 2BFGA 4ATDA 1HJXA 4U2ZA 4BQ5A 1KGWA 5LA2A 4V2XA 1VJZA 1UZ1A 1UWUA 1WO2A 3IANA 1E1EA 2FHFA 1W3JA 4FLOA 1HJUA 2D3NA 5IXEA 1E73M 4TX8A 1Q6FA 1VIWA 3BLKA 3VNYA 3ZSSA 3L4WA 3VX0A 3WQ5A 3VUPA 1L0PA 2RGMA 3PHAA 3ZJ8A 3N11A 5E9AA 1E4MM 1E6PA 1EOKA 4KRTA 1V3HA 1W3HA 4QP0A 4TVCA 2VL4A 2XG9A 3KL5A 3WFLA 2NT0A 3ZJ6A 3LPFA 2ZIDA 2YJQA 1FA2A 3CMGA 2YA2A 1CGUA 2VZVA 1CXFA 1WPCA 5I0DA 4M1RA 5GNYA 1BG9A 1B0IA 3T2PA 1BHGA 3W38A 1N82A 1QI5A 3OZPA 4E8CA 4AW7A 3BAJA 2EO7A 2J75A 2VZUA 1FP8A 3NSXA 1RP8A 3AIWA 4JFWA 1C7TA 4JFUA 1VEPA 2WMKA 1ODUA 1W9PA 1UKQA 5D8WA 4GXPA 5CPSA 1W32A 2UY5A 2XVLA 3SUWA 2DQXA 2UY4A 1ISZA 2GDVA 4AZBA 2ZUVA 4CU7A 4QLLA 3ZR6A 2GJRA 3W26A 2BXZA 3TONA 1PIFA 3RPMA 1WCGA 4AEFA 3AXIA 3MV01 3CHFA 3DYPA 2GUYA 3GH7A 2DDXA 5A2BA 3WQWA 4W87A 4TTUA 5IFTA 4WJXA 4AIUA 2J7EA 2V38A 1G0CA 3D5HA 1E6NA 1MW1A 3ALFA 2D23A 4HZ7A 3NCOA 4YPJA 4QFUA 1JYWA 1W1VA 1CXIA 1EHAA 1V08A 3ZR5A 1TUXA 1XSJA 3THDA 4X9YA 3VD3A 1JGIA 1CXKA 4F9DA 4PMRA 4Z2GA 1IT0A 4F66A 2Y2WA 3WDQA 3OGVA 3EBVA 4E2OA 3AJ7A 3B9EA 2WCAA 2VX5A 2DT0A 3WN6A 3CUJA 3AIRA 6A3HA 3CGTA 1UD4A 3QOMA 1DHKA 3CLWA 1GOWA 1CZ1A 3PTQA 4WKAA 3GXDA 1DWFM 2F2HA 2CITA 4AZ6A 4AZ5A 5GPRA 2EEXA 2YDRA 2J8FA 2VRQA 1X6LA 1DP0A 1XD1A 3KEHA 2BY1A 3VD7A 4NI3A 4YN5A 1BFNA 5A6BA 3BAKA 1CENA 4QCFA 2WCGA 4WIWA 1E43A 1KGXA 5A3HA 1XH2A 1PIGA 1GQJA 1RD6A 4HTYA 2G3JA 4AZCA 3A4AA 3RILA 2WBGA 1E3ZA 2PWEA 4WKFA 4UFJA 3W27A 5BXPA 3IJ8A 4HU0A 3POCA 3WELA 1QI4A 4JIEA 1W9BM 2XTKA 2WANA 4URIA 3WDRA 4CVUA 3AOFA 1UG6A 1ZBWA 4U3CA 1HJWA 1PX3A 3GM8A 4MNMA 2BY2A 1QVBA 4MADA 4M56A 1GJUA 4P7QA 2VNCA 1ISYA 3ARQA 4JKLA 4Q22A 4TX6A 4LX4A 1V6VA 1UD6A 1XCXA 1ZL1A 3WD1A 1V0LA 1RH9A 3FNDA 1WB0A 4FMVA 1V0NA 1US2A 3VX1A 3VIHA 4PSRA 1LG1A 3MMUA 2WMIB 2VTFA 2QV4A 3PZNA 3WUBA 1J0YA 1JYVA 1C92A 3OG2A 4AY1A 5A6KA 3N13A 4XV0A 5ABGA 1DWJM 4CD5A 4UR9A 2G8ZA 1NWSA 5LA0A 1HL8A 1PEZA 1PPIA 1KXQA 3ZMRA 1HVQA 1TG7A 2BY3A 5HDRA 1JI2A 2O92A 3L4ZA 3MANA 1QNPA 1V6UA 2VZSA 1WP6A 4N42A 4C7DA 1VFUA 1B2YA 3CZKA 4BA0A 3L4XA 4UFHA 2XFFA 3RMEA 5DO8A 4ZXLA 5CLWA 4UQBA 1K6AA 4CCCA 2X05A 3A6OA 3CUHA 2YL9A 4OOZA 1W91A 4ACZA 4EKJA 2BNJA 2YLAA 3OBAA 3TTQA 4UOZA 1C7SA 4B15A 1DEDA 2F8QA 4MNJA 2GJXB 4P7LA 4F8XA 1WAWA 3VNZA 1ZS2A 1W1TA 3TA9A 3WF3A 3UESA 2WMHA 3AHTA 2CERA 2J7FA 3WL1A 4JFTA 1G1YA 1NOFA 3OLDA 1D3CA 1U33A 5C71A 5EFFA 1GVYA 4WSKA 1CXLA 3VIPA 1RPKA 1KR1A 3VIGA 5DT5A 4U3AA 4CU8A 1JXKA 4YHEA 4W8LA 3K8KA 2X1IA 1M04A 3DC0A 4CD7A 1XHGA 4AZHA 2DPEA 3AZTA 4CN6A 3W6MA 3UEQA 2A3CA 1ECEA 3QHNA 3UR8A 4MTVA 2WLYA 2J25A 3S6TA 2E40A 3PTKA 3EMQA 4AISA 4PMVA 2WWCA 2YLLA 4RE2A 1W9XA 2WSKA 1G5AA 3W82A 2WHJA 3WH8A 3WDPP 3ZSTA 1CEOA 1HIZA 1H49A 4GPNA 3MKKA 2J77A 5D9OA 2DSUA 4QAWA 3ARRA 1UKTA 4A3HA 3RCNA 1BF2A 2OSWA 3MO4A 5A8MA 2WMJA 1D7FA 1WDQA 2PWGA 4JCMA 4L4PA 2WMGA 2OWWA 5A94A 1CXHA 3M6DA 4IPNB 3AS3A 4AD5A 3AMDA 1JYXA 3SCTA 4FLRA 5JBDA 2YA0A 1AMYA 3BAIA 3WEMA 3BC9A 2VRJA 1O7AA 1HJSA 1ITXA 4PTMA 2WK2A 4PMXA 5HXMA 2VX6A 4BCEA 3MU7A 4DUWA 5ABEA 3VU2A 1TFVA 3MUZ1 1OSEA 5E6ZA 4EK7A 2ZXDA 1E71M 4FK9A 4U31A 3WNKA 4D1JA 3SUUA 3E1F1 4BS0A 1GJWA 3WMBA 2CXGA 5EB8A 3UG4A 3CZ8A 4J3XA 1G9HA 2J79A 3SCNA 2WAGA 2WC3A 1GORA 1NARA 3RJYA 2WZIA 1X6NA 3WUFA 3AQUA 2WVUA 3HU7A 4PMOA 4ATWA 1GOMA 4GQQA 3GTNA 4Z2HA 3GXFA 1HKJA 2ZX5A 1LG2A 1JNEA 2GSJA 1AQHA 2WLZA 2V5DA 4KGJA 3SCWA 1EDTA 4Z2IA 1G94A 3BCDA 4QDMA 1HKIA 2GK1B 2RGLA 1QHOA 1I75A 3WH9A 1JD7A 3APGA 3JUGA 4S3JA 2XUCA 3LMYA 3W25A 3VGHA 3FW6A 5BRQA 1WDPA 1XGZA 1LWHA 4KH2A 5A6LA 3BLPX 2ZUWA 3CZGA 4GO9A 3CIVA 3RM8A 3CZJA 4HPHA 1ZBKA 4QLKA 1HL9A 4WF7A 2DH2A 3D3AA 3L4UA 1M53A 4B9ZA 3RIKA 1KQZA 3WEOA 4J3WA 3A4WA 4B16A 2A3AA 2E8YA 4P8XA 4WSJA 2VR4A 3PZQA 3A4XA 1CGWA 1JFXA 3N04A 3VVGA 3NUKA 2DT1A 3OLGA 4GI6A 4J3SA 4A3YA 2WPGA 4W89A 2AMGA 3VPLA 5DMYA 4W86A 2XIIA 3WIJA 3VGEA 4WK9A 4E4PA 3IAQA 2BV9A 2CNCA 1B3ZA 1CBGA 2VMFA 4JFVA 3FHAA 3ZJKA 1FHLA 1VFOA 1GOKA 1ZBCA 4Y7EA 1XV8A 3MUIA 1HP5A 3WDJA 5C70A 5BYWA 3I3DA 3VMPA 5LYRA 1TCMA 1GHRA 1W1PA 4HOXA 4CD4A 3GBEA 2CIPA 1CGTA 1UWRA 3BXWA 3CZLA 2W67A 3W4RA 4IM4A 4CD6A 2WHMA 2XM2A 4D6EA 4EE9A 4ZEPA 2CHNA 2E9BA 3CBWA 4ACZB 1XD0A 4W8AA 1HJVA 1A47A 2YA1A 4ATLA 2CETA 4F79A 2CBIA 2E9LA 5I78A 1OGSA 4AWEA 4AD3A 4UZSA 3O2LA 4J28A 4XB3A 2YKKA 3VKKA 4NSBA 1XRVA 1NWTA 4Z2KA 4IISA 5E70A 1GQIA 4HZ8A 3WENA 4DWSA 1CDGA 5A8QA 4H8UA 5DF0A 5TD4A 4P7RA 3OGSA 3W6LA 4MB3A 5I5RA 3AYSA 3F5KA 5BROA 2FH6A 1V6YA 1HT6A 3ZO9A 4K68A 1SYTA 2WVTA 1UQYA 1JZ7A 4HMDA 1F4AA 2YBUA 4TVDA 3PTMA 1BTCA 1V6WA 2JE8A 3TTSA 1DWGM 4M8UA 2W91A 1ZJAA 5I77A 2XPKA 3CPUA 1LWJA 2D3LA 1FH8A 1EOMA 2JALA 2QPUA 2E9MA 2E3ZA 5E0FA 4CGTA 1UR1A 1J11A 3LPOA 1H2JA 2VO5A 3QGVA 1C8XA 3POHA 1EDGA 2J78A 3BSHA 2BHZA 2VCCA 2WCSA 4NRRA 1W9UA 2Y8VA 2YOCA 3CUIA 1E56A 3PZMA 1B30A 4FF5A 3CHCA 5D9NA 2OYMA 2QMJA 1OINA 4UTFA 4D6GA 2FHCA 4AZ7A 4J3TA 1Q6GA 1UD5A 3EMZA 4D6DA 3SCSA 1MQPA 1R87A 2ZUMA 1B3YA 1V02A 3VDBA 4GZIA 3PZVA 4LQ1A 2WM0A 3MMWA 2FGZA 4UFIA 4PMZA 2W5FA 2EPNA 5CZKA 1TA3A 2WZHA 3SUVA 1VFMA 3QR3A 4HPGA 3K4DA 1VRXA 1XSIA 5GNZA 3WNOA 4YHGA 2PWHA 4M80A 2D2OA 2VQUA 4C7GA 3ARPA 2EPKX 3I3EA 3WF0A 1Q6CA 3LPPA 1JF5A 3F4VA 1R8LA 1PJ9A 4LYPA 2JEQA 2V3DA 1KGUA 2V3FA 4E8DA 1CXEA 3W0KA 3U57A 4ACYA 3WD0A 5I79A 3CUGA 4PN2A 1KBBA 5FOOA 1UA7A 1HF6A 4D72A 4PMQA 4BQ4A 2GDUA 2PWDA 3IJ7A 2VC9A 7CGTA 3O6AA 3AFBA 4NF7A 1CGXA 2DIEA 1EXPA 3MV11 3SCRA 5A8OA 2CYGA 1UH2A 2W62A 4P7NA 5A6MA 4PMYA 2J74A 1YHTA 1TVPA 1JI1A 3OGRA 5DFAA 4D1IA 4GIAA 5ABHA 1JZ6A 3U5UA 1UR9A 4AD2A 1E0XA 1AQ0A 2GJPA 2Z1SA 2J8GA 4D6FA 2PBGA 4KRUA 1B3XA 3VTRA 2JFEX 3PZOA 3HN3A 2XIBA 2DSWA 1E40A 1EO5A 3LPGA 1BGAA 3WD4A 1C93A 1JYNA 1OT1A 5GNXA 1AQMA 1GOIA 2NW0A 2WZEA 3WF2A 4QLJA 3AIUA 1UYQA 1UD3A 3WUGA 2OWXA 9CGTA 1CIUA 4RL3A 3GYCA 5FIPA 3WSUA 4PMUA 3WH7A 4JL2A 5EFDA 4AIOA 4GZJA 4DWSD 1TZ7A 4DM2A 1XC6A 1KQYA 2X09A 2ZX6A 3KE0A 1VFFA 1WZLA 3WKZA 1SFSA 2XM1A 5IHRA 2XJ7A 3T0DA 1YQ2A 5I3DA 2VJXA 4CKQA 2WB5A 5BXRA 4KGLA 4GO8A 3DHUA 2C7FA 2D22A 2ZUUA 1VEOA 1E6RA 2HISA 4JKMA 3EDJA 1VB9A 3UR7A 4LGXA 1DTUA 2XVPA 2XGIA 3U5YA 1PX4A 1PX8A 4OOUA 2O9TA 1MXDA 3BH4A 2Z1KA 3RDKA 3BMWA 2V3EA 3NYDA 1NWRA 1J10A 1PZ2A 1XH0A 1UD2A 2J4GA 5CXPA 5D9MA 2QLYA 3CMJA 4JHZA 1OGGA 2ZX8A 3GH4A 2VZTA 1E6QM 1UHVA 2X0YA 3VO0A 1B1YA 3T08A 4JKKA 1KXTA 5ABFA 1J18A 3PZIA 3T09A 3L2MA 2OLHA 4AD1A 3GZAA 5M17A 3VD5A 2WC7A 2BHYA 2ZX9A 4OZOA 1EIBA 1VBUA 3MMDA 1W3KA 4DWSB 2D24A 2PBOA 5LA1A 1R7OA 2CEQA 3MS8A 2YIHA 2D20A 1U2YA 3MSGA 4JZ5A 3FXYA 5IFPA 3WL0A 1KR0A 1IZJA 1UA3A 4ZENA 3EDFA 4W7VA 3W28A 2YL8A 1C91A 5KEZA 3VDAA 2VURA 4HOZA 1J0HA 2DSVA 1WZKA 2XVKA 4W7UA 2ZE0A 1VENA 2XSBA 4CU6A 2VVNA 4W5ZA 5IDIA 1K9TA 1UH4A 2J47A 3NSNA 4UFMA 1M7XA 3G6MA 2V5CA 2EJ1A 4PUEA 5A6AA 1CTNA 2ZX7A 3EDKA 2OWCA 3WNLA 3AI0A 4UQDA 2AAAA 1UH3A 3BCFA 2BY0A 2VX7A 4AD4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ARZ A;  1UWT A;  1NH6 A;  4V28 A;  3ZT7 A;  4PSP A;  1KCK A;  1QW9 A;  4TTG A;  1W9V A;  3M46 A;  3PZT A;  4PTW A;  1ISV A;  1Q6D A;  2CBJ A;  4PRW A;  3AHX A;  3WNM A;  4HP5 A;  4MNK A;  1E55 A;  2A3B A;  2EXO A;  3FN9 A;  1NQ6 A;  1J12 A;  4UOJ A;  1ZU8 A;  3B9A A;  2BVY A;  1KWK A;  1BVZ A;  1HXJ A;  1WE5 A;  3SCP A;  4PTX A;  1Z32 X;  3KZS A;  1HX0 A;  2CKS A;  5A2C A;  1B90 A;  3WQ4 A;  1FFQ A;  5CJ5 A;  2EPM X;  3AXH A;  3GXI A;  1CWY A;  3MSD A;  4ML4 A;  1BAG A;  4X0V A;  2VOT A;  1EH9 A;  1MFV A;  1R86 A;  3FAX A;  1VF8 A;  3VGD A;  4IUG A;  2WMI A;  4W84 A;  1MFU A;  2VZO A;  5ABF B;  4AC1 X;  4TXE A;  2EPL X;  4U33 A;  2WWD A;  4W88 A;  1E6X M;  3TTO A;  1ISX A;  1GW1 A;  3N18 A;  3EDE A;  2D1Z A;  4W85 A;  4XZB A;  1GOQ A;  2WMF A;  1WZA A;  1BLI A;  4CN1 A;  1V3I A;  4ZXO A;  1BYD A;  3II1 A;  3VDC A;  4B3L A;  1J0J A;  1O6I A;  2BFG A;  4ATD A;  1HJX A;  4U2Z A;  4BQ5 A;  1KGW A;  5LA2 A;  4V2X A;  1VJZ A;  1UZ1 A;  1UWU A;  1WO2 A;  3IAN A;  1E1E A;  2FHF A;  1W3J A;  4FLO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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