4HPJA

Crystal structure of tryptophan synthase at 1.45 a resolution in complex with 2-aminophenol quinonoid in the beta site and the f9 inhibitor in the alpha site
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
268
structure length
268
Chain Sequence
MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENRGALPLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Allostery and substrate channeling in the tryptophan synthase bienzyme complex: evidence for two subunit conformations and four quaternary states.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 104
structure length 268
sequence length 268
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2012-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4hpjA00
1W31A 5BOOA 1DVJA 1KM5A 4N4QA 1OYCA 4ZQMA 4AMAA 3PR2A 1SW3A 3F1QA 3UWWA 2Z0IA 1ME7A 1SZFA 4RZ4A 5U7SA 1AL8A 3W1TA 4HN4A 3L66A 3TXVA 4I7VA 3HPZA 4QAIA 4YL2A 3P7YA 4A2RA 3ABOA 1YDVA 2PRLA 1N7KA 4UR7A 3TQVA 3ABQA 4UTKA 1FY6A 5K9XA 3HG5A 3TMLA 3H55A 2R8WA 1FXPA 2PURA 2A1YA 1V7YA 3PB2A 3S42A 3W70A 5F2LA 5G5IA 3UY7A 2QCDA 3STGA 4EF8A 1MEIA 3NNTA 3PUEA 3P5ZA 4Q33A 4KFOA 3UZJA 2VEIA 3TSBA 3ZWSA 3U2OA 3LHTA 3DFOA 1KBIA 3BW2A 3P8JA 4TU1A 4HHPA 1YTKA 3QH2A 5G2IA 3I7QA 1DHPA 3TX9A 3CLMA 1H62A 3DKLA 1UUOA 1XM3A 2WKJA 1OG0A 1KTCA 3H53A 3MP5A 2NWSA 3THAA 4Y90A 1T99A 1XBYA 3EX1A 3TSMA 3EX3A 3I68A 2E68A 3HG2A 4I9AA 4UR8A 3NL3A 4HT3A 2TSYA 3W1MA 3O6YX 2C15A 1D3HA 3BLFA 1A5CA 1GVOA 3IGUA 4YMZA 3IEBA 4Z08A 2ZTJA 3C2OA 4ZMGA 1Q6QA 3TJXA 3E49A 3STEA 3B06A 3NOEA 2ALDA 4MLJA 1UUMA 5DXXA 3KRZA 3L5LA 1ICSA 3C6CA 3DBPA 1TTPA 4OGZA 3KOFA 4HPXA 4NJKA 3R13A 3LB0A 1QOQA 4N4PA 1ZAJA 4NQ1A 4UFLA 3W7DA 5E0KA 1VH7A 3QZEA 3B8DA 4K36A 1W5OA 3M1ZA 4NU7A 4MJMA 3WK1A 3W7NA 4AEOA 3ZFHA 4WQ6A 3L0NA 4GNJA 2Z1BA 1XBXA 5D38A 5G1YA 1TV5A 3HBLA 1KFJA 1RQHA 4MIMA 5DXYA 3MHUA 1F5ZA 1VYPX 4WXYA 3R89A 2YXGA 4NNBA 3BO9A 2A6NA 3SGZA 1THFD 2Y7GA 4WD0A 2J6XA 4ALDA 2CLIA 3DXIA 2D73A 1FWSA 1ZENA 1L2UA 2NXIA 4DO4A 1OFQA 2QUVA 1FBAA 2WNNA 2YCEA 4UTWA 1O5XA 3E02A 1FX6A 1TB3A 1M6JA 1AL7A 4WZHA 3CQ0A 4HSOA 3ANYA 3S5ZA 1GQNA 3AJXA 3MP4A 4NJJA 2B7QA 1UBSA 2DJLA 4IPIA 3A23A 3G0SA 3UWQA 3EWYA 1W3TA 4BWLC 3GDRA 3Q37A 4UFJA 4S2CA 1W5PA 3EKLA 1OK6A 1JCJA 4AWTA 1P4CA 4BFAA 2CW6A 4GWEA 4K6AA 2WNZA 1JCMP 1H1ZA 3LBMA 4WX2A 5L6UA 2V30A 3UNDA 1JUKA 5CSRA 1TPWA 3W23A 1OYAA 1XDMA 1G67A 5AHIA 7TIMA 1E51A 4FNPA 2ABBA 3TUUA 1O5KA 3NA8A 1A5SA 2VEPA 3JRKA 1NEYA 2EF9A 2CZ5A 3O6DA 3QPYA 2OT0A 3GAYA 2RH9A 1XDLA 2CZEA 3M47A 2ZRYA 5H91A 4FEZA 2OJPA 2GOUA 1RV8A 4RXGA 2X1RA 2E6DA 4BR1A 3PS7A 4TR9A 1GG1A 2X16A 4O0KA 3I6RA 2YW4A 1YXYA 4N9EA 1EX5A 3W7JA 4DF2A 1GVSA 4POCA 1XFBA 1KLZA 1SFLA 3STCA 5HQEA 3V75A 3RNDA 2ZRWA 3W7KA 3LOTA 4O17A 3FYOA 5AYZA 3UPBA 3DI0A 5CPMA 2KZHA 2FPTA 3GYEA 3LERA 1SR9A 3LCLA 4GJ1A 4XKYA 3M5ZA 4O53A 1B9BA 3CEUA 1ZCOA 4ADSA 2ZA1A 2ZRUA 1VQTA 2NUXA 1X7FA 3B04A 2WJZA 5HUPA 2OZ0A 3TCEA 4IWWA 4AAJA 4GC4A 1S5TA 3P60A 3EX2A 3IVUA 1DKWA 3WK3A 1B57A 2JK2A 1SUXA 3M5XA 1KM2A 3N19B 3W87A 1UASA 1Z41A 4R34A 5G4WA 3PM6A 3CWOX 3MHFA 2Y85A 4O54A 4O15A 4O18A 4LVDA 2NUWA 3UYCA 5HUOA 3LV6A 3P61A 1LYXA 4BI7A 2X1TA 4PTNA 4UMBA 3HB9A 3W22A 3P62A 1K8YA 3O06A 3TAOA 2O7QA 3W6YA 4JGDA 2VELA 4O1DA 3W3OA 4TMCA 4IXXA 5LGZA 5U4NA 1K8XA 1X1ZA 4N02A 3C2RA 3LDVA 1FUYA 3NPVA 3KRUA 5D05A 4E2BA 2H3DA 4HSNA 3GNDA 1PHQA 6TIMA 1RVGA 4MZYA 3BGJA 2UV8G 3KVLA 1GVQA 3NPUA 3NM3A 1M7OA 5AYXA 1XI3A 1Y0EA 1JULA 1JUEA 4M6VA 4LVGA 1QO5A 3G8RA 3L0GA 3N34A 3MWAA 2E1DA 4LS2A 3PUDA 4WY0F 1GJPA 3W2MA 4O19A 1G7VA 3TJLA 4FNTA 3QW4B 3SY5A 3BARA 2C18A 4ADTA 1SO3A 4OV4A 4FB7A 3TK7A 3NO5A 4I7UA 5DBUA 1YPIA 1M7PA 3QRHA 4U28A 5F2MA 2A2IA 4AHQA 1SO5A 3PBUA 1QNVA 4W9TA 4MLRA 1WOAA 1JRBA 3PG9A 4N9DA 1J4EA 5HMSA 3BW4A 1OF8A 4LVFA 4YCOA 2R94A 2E09A 2Y7EA 1IGSA 1LOLA 4MY9A 2QUUA 1TPC1 5C2XA 4RX0A 4U4MA 2V2CA 3UXAA 1G4SA 1QAPA 1EP3A 2RFGA 1B4EA 2CLEA 3W1NA 3TA6A 2V8ZA 1TMHA 6ALDA 4E2DA 1YXDA 4NX5A 2ISVA 2Z2UA 3MI2A 3LBCA 3M5VA 4S2BA 3OIXA 1P1XA 3P8IA 1H63A 4AH7A 3CEPA 3GDLA 1P0NA 4CQ9A 3DU0A 1ZNNA 3N2MA 1LP6A 3UY8A 2RDWA 5CG7A 2B7OA 3PWAA 2F7FA 5KITA 4NNAA 3M16A 5CPNA 1EWDA 3TKFA 2HSAA 4QM1A 3GXTA 3CU2A 3D0CA 4O16A 3N3MA 3GNNA 4O1CA 1Q6RA 5HR7A 1R46A 3C52A 3N2XA 5HNRA 2Y88A 1GWJA 1OFOA 5EKYA 5IM51 4JX6A 3TW6A 2YYTA 2WPBA 3PSVA 4RV8A 2ATMA 4IOTA 5DELA 1H5YA 2QF7A 3NQAA 3VFLA 1CI1A 4UC5A 4DF1A 4RKAA 4O57A 4IJBA 4X22A 2PRMA 1I45A 3NQ6A 2ZRXA 4UCGA 4UTHA 2V0TA 5FF0A 3BLIA 2CWNA 4UTMA 4DEFA 2QCFA 1YTEA 4M7SA 3RF9A 1DL3A 2BX7A 4EF9A 2OT1A 1XBVA 4ZQPA 4LRSA 3IVTA 2H90A 3ATZA 3MI6A 4R7JA 1BEUA 5AC8A 1FCUA 4TIMA 1W56A 3LCXA 3WK0A 5G2HA 1HL2A 3M6YA 1VS1A 4MFDA 3O15A 4XKYB 3BG3A 3THQA 1AMKA 3LHWA 4RXFA 1R30A 3PBWA 3LXCA 2VFDA 3G1AA 3W86A 2JKPA 5HINA 4O12A 4KFNA 4FX6M 3KVKA 3EWZA 2NUYA 3W7MA 4BWLA 2A4AA 4DO5A 3G0XA 5HR6A 3W1QA 3RMJA 2QCNA 1JCNA 4D2JA 4MOZA 5D09A 1KV8A 4QNWA 5IBXA 3U8GA 2VFHA 3S5OA 3T40A 3B0UX 1L9WA 4NJGA 2FPYA 4MYAA 4O8RA 3QSRA 3GIYA 1I2PA 3F4WA 4LNYA 4PODA 3BV4A 3L5MA 3R8RA 1H61A 2VFGA 3E0IA 2VENA 3LCGA 2V82A 4JDYA 2R14A 1NAL1 3I7RA 5C5YA 5AFDA 3KAOA 4XZ9A 1VGAA 1O60A 3BG9A 5TIMA 2FDSA 1TIMA 1O4UA 4A3UA 3GZ3A 1OFAA 3G3DA 3IIOA 3W88A 1WBHA 4RR4A 4X2RA 2WQPA 1A5AA 3DH7A 3EB2A 2NV2A 2DP3A 1KV5A 3EKZA 2AAMA 5D2YA 3OBKA 3HMJG 1VC4A 4GE8A 3SGUA 2P10A 1HG3A 4XQ6A 4K38A 3WFAA 1WV2A 3DZ1A 3SI9A 1ICQA 2ZA2A 4ADUA 5ABTA 1FXQA 2CZFA 3TXZA 1ZALA 4CCEA 2FFCA 2ZA3A 4AHOA 4Z0SA 2Y7DA 1IXOA 2NXGA 4FO4A 3GR7A 1B4KA 2GQ8A 1EP2A 2X1UA 3IIVA 1G4EA 4HNTA 1S3HA 3P82A 2BWGA 2B0MA 4IMDA 4O4VA 1YDNA 4M6QA 5AYYA 3FA5A 5LNWA 3TNOA 1ZHAA 4H3DA 4BI6A 5I3IA 1KM0A 3R5EA 2X30A 3SR7A 3HF3A 4XBKA 1WAUA 3L21A 2I9EA 3QSTA 4RK8A 3TMQA 3K30A 4K7VA 1BWLA 5KZDA 1OFRA 3QJAA 4LV4A 3ELFA 1X6UA 4IPJA 1OFBA 3KFTA 1I8JA 4UFMA 2E6AA 2C6QA 3WJSA 3GXNA 5F4SA 1OJXA 3HPSA 1GG0A 1OFEA 1DOSA 2G97A 3LXAA 3T4CA 2YSWA 5LNSA 1W5NA 1K3UA 3G1VA 3B4UA 4RCXA 3C61A 3NXFA 4EOUA 2WSQA 4DPQA 4LWWA 2TMDA 1A50A 1TPB1 4JYFA 3P80A 3H54A 1MZHA 5EBUA 1JQXA 3MJYA 3NVTA 3NYZA 1B3OA 1YTDA 2YFNA 4FX8A 3HIJA 1OVDA 2X1SA 3S6DA 1SZNA 3QF0A 4MY1A 1ONRA 3F03K 2JKEA 4Q4KA 4OE7A 2Q3OA 3LTPA 3PBYA 2FB2A 1IF2A 3O8AA 1KTNA 3R12A 1TPFA 2WNQA 3W2UA 5GVJA 4OT7A 5DY2A 3A5FA 3NQMA 1WXJA 4CCCA 4LC8A 3N14A 4QQ3A 3W74A 1I2OA 1YADA 4LT9A 4YLWA 3W75A 3STFA 2E5DA 3O05A 2FPVA 3C56A 3SFKA 1DORA 3UQNA 3IIPA 3FEMA 4UIOA 5DN1A 5I3JA 3NL2A 5F1VA 3FS2A 3NQVA 3I7SA 5MHBA 3P74A 2A7NA 3TSDA 4KKXA 1G6CA 3BLEA 1VJIA 1FWWA 1R2TA 3LI1A 3W2NA 1EP1A 1KFEA 1SSDA 1Q6OA 3IRDA 2BSLA 2DJXA 2Y7FA 3G1SA 1IXQA 1FQ0A 2A21A 2EKCA 2OCZA 3BGGA 3EX4A 4UTUA 1NFBA 3MP3A 3QFEA 1EA0A 5H2ZA 3FOKA 4ZQNA 3LCFA 4NXKA 1SO4A 1OHLA 3LHZA 1PV8A 2WSYA 1LTDA 1OX5A 1ZY9A 3HQ1A 3IGXA 5AHLA 1TPH1 3L5AA 2ZZ7A 2GVLA 3GVGA 4Y9AA 1QPNA 3LRKA 3S9YA 1G7UA 5IBXC 1W8SA 2DZVA 3WJXA 3CIXA 1KTBA 2AQWA 5F2IA 1DJNA 2P1FA 4JTHA 1FWNA 1SO6A 2J9ZA 2CZDA 2BXVA 4OBTA 4IQLA 1O95A 5LGXA 2FLIA 1RD5A 1F2JA 4KWWA 2A7RA 3LX9A 3L0KA 4GXMA 1XBZA 1LLZA 4X3ZA 1C8VA 5DY3A 1K03A 1TV7A 4ORMA 5HWJA 5I3GA 5DCEA 5TQLA 4LOCA 2EHHA 5K7JA 2VFIA 2VKZG 1H51A 3LHVA 4FNSA 1FDZA 3MBDA 1MO0A 4AF0B 3KHJA 4I7WA 3UWZA 1JQVA 3O63A 4O14A 2ZBTA 3ABSA 4ICNA 1F76A 3W9ZA 1OFDA 2TPSA 1RQEA 2QAPA 5D2WA 4UNKA 3VKJA 4LY8A 3B0PA 1LZOA 3QM3A 2B7PA 3TR2A 3JS3A 4TX9A 4MKNA 3NR0A 3GB6A 5KINA 4WUIA 4HIBA 1PCWA 2GJNA 2E6YA 1TPEA 1C9DA 1MEWA 5AB3A 5LZLA 2E6FA 5LNUA 1EB3A 2V5LA 4Z1DA 5DLCA 3W71A 1F73A 4UFHA 4IGHA 1JVNA 5FEWA 2C19A 2ISSA 5KSWA 1EWEA 3LRMA 3W76A 2Y61A 1TTQA 3CIWA 3LTSA 4ZL1A 1Q45A 4J9JA 3G3MA 4JTJA 4UNLA 2G96A 3MW7A 4P2VA 1UJPA 1RR2A 3TROA 3DENA 1M5WA 3CT7A 3F4NA 2ZRZA 3DFNA 1O94A 4FNQA 5EL1A 5D2XA 2XN1A 2QCCA 2VOMA 3FKRA 5CZTA 1W54A 3KXQA 3W2LA 2VEKA 3O6CA 3OEXA 2QKFA 3ZS4A 1TPUA 1GOXA 4CQ8A 3TU9A 5HWNA 1CW2A 4WOQA 4JTEA 4AWUA 1Q3NA 4PL2A 1WX0A 4JY9A 1QOPA 5D32A 3HGRA 3N73A 4DQWA 3FYPA 5DBTA 1CX9A 5G4EA 3UZ5A 3HG4A 2P0OA 2EAWA 3Q94A 3TE9A 3W83A 1RPXA 3T78A 4AWSA 4M5PA 3IIXA 4GUGA 3L9CA 4MYXA 4NNCA 2ZRVA 4LVBA 3HGOA 4PH6A 3V1PA 4FHAA 1WYIA 3IGSA 2X2GA 2O7SA 3NPWA 3NZ1A 3W1AA 4FF7A 4AHPA 1KM1A 5G2WA 3TDFA 3LCIA 5I3FA 4PFMA 2W79A 4L4MA 3W7GA 2XN0A 4EWND 4M19A 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 1LRN A;  1QCW A;  4NJH A;  3VE9 A;  1L6Y A;  1H1Y A;  4DF0 A;  4LRT A;  2J9X A;  1GZG A;  4JX4 A;  2CLF A;  3GR8 A;  3W2J A;  3CHV A;  3M44 A;  4MFE A;  4JYE A;  4DBE A;  3OVR A;  3DAQ A;  5D2V A;  2XFW A;  3RLV A;  3FLU A;  3IVS A;  3QEZ A;  4TO8 A;  3A22 A;  3W7E A;  1MSS A;  3OA3 A;  3VCR A;  3NQG A;  1L6S A;  3NQF A;  4BF9 A;  3O1N A;  2G5W A;  4JDB A;  2WO5 A;  1JUB A;  4GBU A;  4JEQ A;  1D9E A;  3NQ8 A;  2V2D A;  2LLE A;  3TV8 A;  1KFB A;  3SEC A;  4IX2 A;  3S5N A;  2A7P A;  3B05 A;  4FNR A;  1QDS A;  2WV8 A;  2ZTK A;  1JJK A;  3FJL A;  2DZX A;  3CC1 A;  3O16 A;  3NL5 A;  2IQT A;  3M41 A;  4O28 A;  4UTT A;  5I3H A;  1KM6 A;  5AC6 A;  4NVT A;  4FXS A;  1F6K A;  3FKK A;  1YLV A;  1IXN A;  1XC4 A;  5E93 A;  2QAF A;  3C2F A;  3MYP A;  5FEP A;  5FF4 A;  2YGY A;  1H7P A;  5C6M A;  4MJZ A;  3AO0 A;  3VE7 A;  1AW2 A;  4JYD A;  4ORI A;  1R2R A;  1F74 A;  4NZJ A;  2JBM A;  2PRH A;  2NWR A;  2QJG A;  3TIM A;  1ZFJ A;  2ISW A;  1QPQ A;  4O1A A;  5K9D A;  3C3N A;  1JCL A;  3QW3 A;  5J5D A;  5D04 C; 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 2W6R A;  1JRC A;  2AGK A;  4XWU A;  4NJI A;  1EPX A;  1J5T A;  2Y62 A;  4UFI A;  3OVP A;  4JXC A;  3FIG A;  2CLH A;  4JIP A;  1EUN A;  2W0U A;  5E1Q A;  1P0K A;  2C0A A;  5AHN A;  5D2T A;  2ABA A;  1TTI A;  3OVQ A;  5AHE A;  1JCY A;  3Q2D A;  4A29 A;  3W1X A;  1GPW A;  2YFO A;  5C54 A;  2DZT A;  4DO6 A;  4LS0 A;  1ZAH A;  2OX1 A;  4IUO A;  3HO8 A;  4JTI A;  2TRS A;  5FEZ A;  3QMS A;  1LCO A;  3G0U A;  1KM3 A;  1GT8 A;  3QQ0 A;  1I2N A;  2H8Z A;  4JS3 A;  2JGQ A;  3FFS A;  2E77 A;  5K4Z A;  1W3N A;  5D02 A;  5D37 A;  8TIM A;  2Z6I A;  2ZZ5 A;  5K2Z A;  3PSW A;  4A2S A;  1IIG A;  1C29 A;  2RKX A;  4A22 A;  1RQB A;  4DEL A;  3UWV A;  5LHE A;  3C2V A;  1H7W A;  1YYA A;  3NQ7 A;  1DBT A;  3C8F A;  5FI8 A;  4DPP A;  3NQE A;  2RDU A;  4MY8 A;  1WQ5 A;  4S1F A;  1SZE A;  3QMT A;  5L9F A;  5K4X A;  4CNN A;  3W85 A;  1IIH A;  3MO7 A;  1HFB A;  2B4G A;  3W7O A;  2YPI A;  2NV1 A;  3NQC A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BVW A;  3ZOA A;  2VD9 A;  1AZ1 A;  1E5J A;  3PR2 A;  3F7J A;  2P5N A;  4NIL A;  1SW3 A;  4GX8 A;  4B2D A;  4RZ4 A;  4HN4 A;  3EOS A;  5EU9 A;  4I7V A;  4AST A;  4HOZ A;  2J7D A;  5FJU A;  1JFH A;  1YHT A;  3VPL A;  2QJJ A;  4HTY A;  4KET A;  1E56 A;  4HNL A;  4UR7 A;  3LK6 A;  3REQ A;  1BF2 A;  3H55 A;  1BRL B;  2W66 A;  2PWU A;  1ISX A;  1FXP A;  4XV0 A;  2PLM A;  1V7Y A;  2WMI B;  3PB2 A;  1GON A;  5JVL A;  3BOX A;  2O55 A;  4EF8 A;  4MB1 A;  3NNT A;  3PUE A;  4MAD A;  2WSK A;  1KBI A;  1Q4W A;  3QH2 A;  2F6U A;  3GFZ A;  3P2V A;  1UWA A;  1Z89 A;  4U2Y A;  1SJD A;  2WKJ A;  1Q6F A;  3H53 A;  2PSN A;  4Y90 A;  3T42 A;  4BEU A;  4F0L A;  3E2R A;  3IAR A;  2QS8 A;  3TSM A;  2Q02 A;  3I68 A;  1W3H A;  3HG2 A;  3K13 A;  4HT3 A;  2TSY A;  3IEB A;  4Z08 A;  1T8Q A;  1Q6Q A;  3I3E A;  3OGV A;  3M64 A;  3B06 A;  1V08 A;  3OBE A;  3NOE A;  4KT2 A;  5DXX A;  3KRZ A;  3MAN A;  4OGZ A;  8XIA A;  1BVW A;  3MMU A;  3SIM A;  1FP9 A;  2OGY A;  1ZAJ A;  1JAK A;  2ESC A;  3AOF A;  4GIY A;  3GVW A;  2G4J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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