4I7UA

Dihydrodipicolinate synthase of agrobacterium tumefaciens
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
294
structure length
294
Chain Sequence
MFKGSIPALITPFTDNGAVDEQAFAAHVEWQIAEGSNGLVPVGTTGESPTLSHDEHKRVVELCIEVAAKRVPVIAGAGSNNTDEAIELALHAQDAGADALLVVTPYYNKPTQKGLFAHFSAVAEAVKLPIVIYNIPPRSVVDMSPETMGALVKAHKNIVGVKDATGKLDRVSEQRISCGKDFIQLSGEDSTALGFNAHGGVGCISVSANVAPRLCSEFQAAMLAGDYAKALEYQDRLMPLHRAIFMEPGVCGTKYALSKTRGCNRKVRSPLMSTLEPATEAAIDAALKHAGLMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure, function and allostery of the bona fide DHDPS from the plant pathogen Agrobacterium tumefaciens
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Agrobacterium sp.
total genus 113
structure length 294
sequence length 294
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4i7uA00
2JKAA 3TAKA 4O16A 4IMEA 1TSIA 3GLCA 1K8YA 5HR6A 5K2ZA 2GOUA 1OFBA 1FDZA 4RR4A 4DF1A 4RK8A 8TIMA 4WOQA 4HPJA 2V9DA 3P61A 3ABRA 4GUHA 3STCA 2YCEA 4PODA 5K4XA 4AHPA 1YXDA 1KM3A 2C13A 1QPQA 1TRDA 3M16A 3Q37A 1NSJA 2E5BA 2V2DA 3M41A 1M6JA 4BWLC 2TRSA 4QITA 5CZ0A 2QJHA 1P5BA 2FJKA 1AL8A 3NM3A 5FF0A 3FJLA 1JRBA 2XN2A 2WNQA 4OWGA 4YWIA 3FEMA 5AHMA 1XUUA 2QUVA 3JRKA 4LVGA 3VE9A 1KV5A 1U83A 4NZJA 1HFBA 3TCEA 1M7PA 1OX4B 4AAJA 3DAQA 1ZFJA 1ZHAA 2GJLA 4FIRA 2WSYA 3W7NA 5K9CA 4JY8A 1YLVA 1RR2A 2PCQA 4NXKA 4ZZ9A 1P0NA 3TKFA 2VOMA 4N02A 3PBUA 2BSLA 2VC6A 3LTPA 4AHOA 1UASA 3TQ0A 1D3HA 5C2XA 2OX1A 3W84A 4Z0SA 1AW2A 5K9DA 3NOEA 1JCXA 4FX7A 4NJJA 2E1DA 1H7XA 3T4CA 1ZJIA 1AG1O 3MI2A 3EKLA 1L6WA 5D33A 4E2DA 3MMTA 5CGQA 1GVOA 1OFEA 3UXDA 1JQVA 1CX9A 1F6KA 1VQTA 3VNDA 2WV8A 3W7HA 4A3UA 2H8ZA 3N34A 3B05A 1S3HA 4A21A 1FDYA 5AOUA 5FF2A 5IM51 2NXIA 3W1RA 4L4LA 2Y7DA 2AQWA 3BGGA 4ORMA 3E12A 3W2LA 1LROA 3MP4A 3DBPA 3PR2A 4JIPA 1VPXA 1ZALA 3LV5A 4IWWA 4RV8A 4FNSA 4ZQOA 1OFRA 4XBKA 1Q6LA 3UWZA 1KM1A 3T44A 1WXJA 5I3IA 1IIGA 4WXZA 3O05A 1HL2A 4O54A 4HNUA 1H63A 3NQAA 3UZJA 2VEMA 4A22A 2VEPA 2ABAA 1XBVA 1WAUA 2VFEA 1W5OA 4K7VA 1R2TA 2Y7EA 1TPVA 5LHFA 3NQ6A 3U2OA 1KTBA 1WOBA 3STGA 3D0CA 1K03A 4OQVA 1QFEA 2PRMA 1OF8A 3W7KA 4Y6GA 3NR0A 1B9BA 1XC4A 3BW2A 3M5XA 3DFQA 4CQ9A 4I7UA 5GVJA 4O19A 1T8XA 2C3ZA 4MPQA 3W70A 4NU7A 4K39A 1ZENA 1OABA 4RJEA 3UPWA 1QO2A 1MO0A 2QCDA 4IGHA 4JN6A 2EF9A 3MP5A 1SW3A 4RKAA 5K7JA 2ISVA 1VLIA 1W1ZA 1L9WA 1TJRA 4HKPA 1U5JA 2VKZG 3RU6A 5DELA 1GTEA 3LI0A 4WQ6A 1Z44A 3FKRA 1PIIA 5D2WA 4FB7A 4H3DA 4PA8A 3DU0A 2AAMA 5DXXA 1GYLA 3G22A 3L65A 1VH7A 5FF7A 1SW0A 4KFOA 4UFLA 2R8WA 3C2EA 5KINA 3M44A 4XKYB 5I3HA 1H50A 3LHWA 4JTTA 1SQ7A 1DL3A 2Y88A 1RZMA 4IPIA 1T96A 2H3BA 4UTHA 1ICQA 3GKAA 2GVJA 2ZZ5A 1TTPA 2E6YA 1LOSA 4AWTA 1B4EA 3DFPA 3ZWSA 3EWYA 3S5YA 3LCWA 2ZRWA 4DEFA 4TMBA 1F7BA 3C3NA 3NG3A 2JGYA 1O60A 3NQCA 3G24A 4GUFA 4U4MA 1PHQA 2NXGA 2C6QA 3UWUA 3L0KA 1AK5A 1Z42A 2FIQA 1SZFA 3OBKA 1J5TA 1W54A 2CLLA 4JS3A 3DGRA 1W3TA 3OVQA 4K36A 3A22A 3WJWA 3W83A 1SZEA 4XTIA 1KM4A 3Q2DA 4G1KA 2ZRVA 2YYUA 3LHZA 4DF2A 4E38A 2EGZA 3ZFHA 3EB2A 5G4EA 3W7IA 3TSDA 2XN0A 3M0ZA 1XI3A 3LM7A 4HPXA 3OHIA 1DQWA 3LGEA 3PUDA 1GWJA 1JUEA 2DZSA 1UUOA 4JTFA 3GR8A 5DCBA 3L2IA 1IGSA 1TTIA 4QJ1A 2B7OA 1THFD 5AB3A 1ME9A 3GIYA 5LKYA 1DQXA 3P8JA 1KFCA 4RXFA 1XBZA 3LRMA 5K3VA 4FIQA 4JD4A 3BW3A 3CTLA 3W1MA 2QCGA 2ATMA 1EP1A 3VKJA 1KBJA 1H7NA 5KZEA 3MYOA 1VGAA 1WA3A 2ALDA 4POCA 4NJKA 3W7CA 4OV9A 5EA9A 3LLDA 1DKWA 3LXBA 1LORA 4O4VA 5D38A 3W87A 4BI7A 3I65A 2NX3A 1LDCA 3GDMA 2W6RA 3O15A 1OYCA 4UTWC 5CPOA 1JR1A 2Q3RA 5AHEA 2A85A 3TE9A 1VYPX 3ZS4A 3IGSA 5G2HA 1KTNA 5KITA 5FF3A 1VCGA 3W7RA 5FF4A 1EB3A 2P1FA 2DZXA 3N73A 5F4XA 3C52A 3IIVA 3AJXA 1O94A 2OJPA 2JKPA 3IRDA 1I8JA 1TPDA 4UTIA 1YTDA 3T78A 1EUNA 4PEKA 3FYPA 1EWDA 4MKNA 4I7VA 1LM1A 4UR8A 3G1SA 4DF0A 3CWOX 5HINA 3TFXA 2A6NA 1FWWA 1TREA 2G96A 4OU1A 4QNWA 4LW7A 4FEZA 2Y61A 2A2IA 4MFEA 4AVFA 3WFAA 4IMCA 3ZR4A 1N55A 2V5BA 4RZ6A 4WY0F 5G2IA 2Y7FA 2E77A 3ELFA 3PSVA 1GVRA 4GNJA 3MW7A 4WJEA 3PF3A 1ZAIA 1JJKA 1OG0A 2C14A 2PC4A 5G5IA 2PRHA 3M1ZA 4Z1BA 4X9SA 3IGUA 1J4EA 1SR9A 3N9SA 4ADSA 2ZQ0A 4DQWA 1F74A 5DBTA 3FKKA 2BZNA 1KTCA 2DJLA 3W7LA 4NNCA 1I4NA 2HSAA 3A9IA 2X16A 2J24A 5D04C 3L5AA 2A21A 3N14A 1NF0A 1G7UA 3GX9A 3LRKA 3UY8A 1SU5A 2DORA 3A5FA 3G1VA 4AWSA 1OYAA 3KVKA 1PL9A 1TMHA 4IPJA 3VCRA 1G4TA 1KFLA 4O17A 4UNLA 1FBAA 3LBMA 2TMDA 3EX6A 2OMAA 4GWEA 4O15A 3DFOA 3QYQA 3IEBA 3PBYA 1IIHA 2J27A 3NNTA 2ISWA 5C54A 4AWUA 4S1FA 5TQLA 2QCMA 1R47A 5FEWA 2VENA 3NPXA 3WJXA 3TIMA 2Z6JA 3BLIA 2QAPA 1JQXA 1QPOA 2AGKA 2WSRA 3NDOA 3W7JA 1TPEA 4I7WA 3M9YA 1YYAA 2FTPA 1RQBA 2V2HA 1TPFA 1FWSA 4Q32A 2QCDB 3B0VC 4UNKA 3KX6A 2TYSA 4QIUA 3THAA 2QKFA 3W07A 3RLVA 3QPZA 5FI8A 4WZHA 4ZQCA 1GQNA 3GK0A 2ZTKA 2CZFA 3IIOA 5G1YA 1OF6A 1MSSA 4PL2A 3WJYA 4LUJA 1D9EA 3CPRA 3THQA 5LNWA 2WKJA 4X3ZA 3IVUA 4Y96A 4R34A 3P80A 2X30A 4QISA 5IBXA 4QAIA 3QH2A 4UFMA 5EL1A 3VE7A 4BK9A 2R91A 4PFMA 3P67A 2B7QA 2GQ9A 3DFNA 4LS2A 4EF9A 1QO5A 1H7RA 3F4WA 1WOAA 4UTJA 2YX0A 4MOZA 4UIOA 1V5XA 4JTLA 1DOSA 1TB3A 3MHUA 1JCJA 3HB9A 3P74A 1JCYA 3PC0A 3HJZA 2DZVA 2WSQA 1LOQA 1EP2A 2V30A 2ZTJA 5C6MA 3F4NA 3HO8A 2FB2A 1KLYA 2QUTA 3S1XA 3S6DA 2PRLA 3L67A 3PUOA 1X8FA 3NPWA 1A5AA 4O53A 1ALDA 3W76A 2JBMA 1LZOA 2VFHA 5KTLA 3W7MA 5FESA 4YL2A 3I68A 3QW4B 3TUUA 3TDFA 5CPLA 4RLIA 3UPBA 4K7YA 4CQAA 3P82A 1GEQA 1VYSX 4CCCA 3NQEA 2A7NA 4DELA 4LTSA 3NQVA 4IMFA 2WQPA 2YDAA 3QRHA 1G69A 1M5WA 1PE1A 3B03A 3LCFA 4X2RA 3PBVA 3RNDA 5AHFA 1Z41A 3IV3A 2B0MA 1NFBA 3MUXA 1WYIA 1H60A 4UFIA 1LLZA 1LBMA 4DBEA 4HNNA 1IXPA 1P1XA 4O10A 4K6AA 1F6PA 1WBJA 4LNYA 4LVFA 2TSYA 2R14A 1F05A 1UBSA 2Z2UA 1EUAA 4O50A 1B3OA 4TR9A 4JYEA 1ZNNA 3OG3A 3NGJA 4GUJA 1RD5A 3NQ2A 1KM0A 5CPMA 1KA9F 1L2UA 2E6FA 6TIMA 4MZ1A 4RZ5A 4IXHA 4NUWA 4MLRA 3BLFA 3B4UA 4FNTA 5EPDA 1G4SA 4OV4A 1EA0A 3IVSA 1W8SA 5DCEA 2Z1BA 3LCLA 2H8XA 1VS1A 3G1HA 4OE7A 1NAL1 1I2QA 2VELA 4TIMA 1EX5A 3SIZA 1K3UA 3KRSA 2Q8LA 3UWYA 1B4KA 5LNRA 3EWXA 3QSTA 4H6KA 5D2YA 1GJPA 4J9JA 3QMRA 3R12A 3W3OA 1LRNA 4AF0A 4O1CA 1M7OA 3P5ZA 3DENA 3QM3A 6ALDA 3QPYA 3U6WA 5EYWA 4L4MA 1JUBA 5I3FA 4FNUA 3MI3A 7TIMA 1EEPA 4YCOA 1GT8A 1MXSA 3IIXA 3LB0A 3G1AA 4RXGA 1JULA 3S5OA 1XXXA 1TTJA 1K8ZA 2DZTA 3LRLA 3CWNA 3P5YA 3GXNA 1FCVA 3OA3A 3DKLA 3OVRA 4YXGA 1A53A 3TSBA 3KRUA 5F1UA 3DHDA 4N9CA 3KOFA 3W73A 4M6PA 1NEYA 3LCGA 3UQNA 5FEZA 1TIMA 4TX9A 4UTUA 5AC6A 3LHTA 3SI9A 2C16A 3R5EA 3W9ZA 5ABTA 1HUVA 1MEIA 4MJZA 4KFNA 3N2MA 1OFQA 3ABQA 3DKJA 3M5ZA 5HWJA 4UFJA 3C56A 5BMWA 4K8EA 1FWTA 1WX0A 3FLUA 2CLIA 3WK3A 1OX6A 4FX6M 4UCGA 4JTKA 5CZTA 4LOCA 1YDNA 1K7XA 2RFGA 3L5MA 2EHHA 1PS9A 1LCOA 1R46A 3HIJA 3PWAA 3NL2A 3NPVA 4UMAA 3VI2A 2HMCA 2ZRXA 4O1DA 1F76A 3HPXA 3LTYA 1LBFA 3BPWA 4EIVA 2VFFA 5AFDA 3LCHA 3PY2A 3K30A 4FF7A 1JCLA 4QSHA 3GXTA 2E68A 1KFEA 5KSWA 1G67A 5A8GA 4M7SA 4P2VA 5CPNA 3MHGA 3H55A 3BK0A 1PV8A 4ZQMA 5AN7A 3G1FA 3C6CA 1VCVA 3FS2A 4UFHA 2D73A 4LC8A 4K38A 3EWWA 1B57A 3NL6A 4LS0A 4DPPA 1AW5A 3S9YA 3O6YX 1IF2A 4FXSA 1FXPA 1YDVA 4NNAA 5A5WA 2ZRUA 3HBLA 2BTMA 1SPQA 2BXVA 5D30A 1QDSA 5CSSA 5I3GA 3TX9A 3ANYA 4UMBA 4LRSA 4FNRA 3GDRA 2E6DA 3SGZA 3MBFA 3Q58A 3PG8A 2C0AA 5G4WA 3W2NA 1TQXA 1W3NA 4NQ1A 4HSNA 4PCFA 3RFAA 1VJIA 1DORA 4UTTA 5LZLA 3CEUA 5DCDA 1KFBA 5HULA 5J5RA 4Z1DA 4DO4A 3O07A 4O4WA 4WX2A 2C19A 2Y85A 2W0UA 2YZRA 3PAJA 4HIBA 4NX0A 3SJ3A 3TJXA 1YPIA 2Q3OA 4NJHA 1YTEA 1DHPA 2NXHA 4ZQPA 4ICNA 4R53A 2P10A 3EWUA 1FCUA 3WK0A 2ISSA 4HT3A 3B06A 1FCQA 3S8HA 2HTMA 3UWQA 4YLWA 3ZWTA 1JCNA 3RMJA 1VHNA 3QQ0A 3EEGA 2GUUA 3W85A 3TFCA 2KZHA 4N4QA 4JNMA 3PB2A 3N3MA 2A7RA 1V7YA 3EXSA 3NZRA 3CHVA 4CQ8A 2V82A 3HPSA 4BWLA 2BX7A 4UR7A 3P62A 5AHIA 4N6EA 2GVLA 4R7JA 5AHLA 3W86A 2RH9A 5BNKA 3FYOA 3V75A 2FPYA 3NEVA 3FFSA 1QNVA 3C8FA 2A6LA 2Y62A 1JCMP 5F2IA 1SO5A 1OFPA 1P0KA 2QDHA 3W1PA 2I14A 1L6YA 3TXZA 3UY7A 1MEWA 3HG3A 3E96A 3GXPA 3CIWA 2B7NA 4UTLA 3W1XA 1KV8A 1A5BA 1XCFA 1KM5A 2GQAA 3IIPA 1H1YA 1LP6A 3W7EA 4AMAA 2E09A 1ZAHA 2QAFA 4WY0A 4AB4A 2R94A 3DHFA 3BARA 4XTDA 2YSWA 1VCFA 4M5PA 4IX2A 1A5CA 5HMSA 3BW4A 4DPQA 4RCXA 3TJLA 3W22A 1H61A 1XFBA 1P4CA 4GJ1A 3B0PA 1R30A 4IX0A 3N9RA 3DH7A 3TQVA 5U7SA 4AF0B 1TJPA 1JVNA 1RVGA 3TNOA 5AYXA 3GNNA 1ME8A 3CB8A 1XKYA 1AMKA 1QCWA 2I1OA 4NVTA 5L6UA 3T55A 1VHCA 1ZCOA 1XDLA 2ABBA 3PB0A 1GZGA 4NT0A 1FY6A 4Q4KA 2A1YA 3L68A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3FGC A;  4X63 A;  4BQ3 A;  1US0 A;  2QNE A;  3L4W A;  4C6L A;  5HXM A;  4YN5 A;  1JZ7 A;  3MQT A;  4QJ3 B;  1EYW A;  2GOU A;  4FOJ A;  4DF1 A;  2DSK A;  3OHM B;  3TJI A;  1WDP A;  2YCE A;  4PTD A;  1KM3 A;  1QPQ A;  4IPN B;  6XIM A;  2V2D A;  1M6J A;  1RBA A;  1AMY A;  5CZ0 A;  4OBR A;  3VIN A;  1OCQ A;  1XIM A;  1TVN A;  2FJK A;  4PBE A;  3E1F 1;  4W5U A;  2E67 A;  1Z69 A;  1X98 A;  2XN2 A;  4ICM A;  1JZ8 A;  1Q7Q A;  3VE9 A;  1LG2 A;  1ZBV A;  1PKL A;  2DUZ A;  1W3J A;  2VDG A;  1M7P A;  1XLB A;  3VCC A;  3ZYZ A;  4Q8T A;  3WG6 A;  1S46 A;  4PSP A;  4RE3 A;  1UOZ A;  1UWQ A;  3H24 A;  4NAF A;  3CMF A;  2PDU A;  1YLV A;  4NXK A;  4ZZ9 A;  2G41 A;  3TN3 A;  2VC6 A;  1FFR A;  1TEL A;  1VD6 A;  5C2X A;  3I4E A;  4HVX A;  3QV7 A;  3S5S A;  2FMO A;  4OBS A;  3CHC A;  3T4C A;  1AG1 O;  3MI2 A;  5D33 A;  3RU8 X;  1JQV A;  1CX9 A;  1PX8 A;  1HX0 A;  1UYQ A;  3VND A;  5FIP A;  2QYG A;  5DQP A;  2VRJ A;  4C1N A;  1FDY A;  1FFQ A;  2NXI A;  3W1R A;  4GFI A;  2E0P A;  1X6N A;  4ZB2 A;  1NIU A;  2Y7D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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