4I7VA

Agrobacterium tumefaciens dhdps with pyruvate
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
294
structure length
293
Chain Sequence
MFKGSIPALITPFTDNGAVDEQAFAAHVEWQIAEGSNGLVPVGTTGESPTLSHDEHKRVVELCIEVAAKRVPVIAGAGSNNTDEAIELALHAQDAGADALLVVTPYYNKPTQKGLFAHFSAVAEAVKLPIVIYNIPPRSVVDMSPETMGALVKAHKNIVGVDATGKLDRVSEQRISCGKDFIQLSGEDSTALGFNAHGGVGCISVSANVAPRLCSEFQAAMLAGDYAKALEYQDRLMPLHRAIFMEPGVCGTKYALSKTRGCNRKVRSPLMSTLEPATEAAIDAALKHAGLMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure, function and allostery of the bona fide DHDPS from the plant pathogen Agrobacterium tumefaciens
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Agrobacterium sp.
total genus 115
structure length 293
sequence length 294
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2012-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4i7vA00
4TMCA 5HR6A 1OYAA 2G97A 2V5BA 1HUVA 1VR6A 1ZENA 5KMYA 1I2QA 3LCFA 5K4XA 1A5BA 3KFTA 2Y88A 5MHBA 8TIMA 5LNVA 1TTJA 2OX1A 3BGJA 2A7RA 5AHNA 3ZFHA 2HS6A 4PODA 1KM3A 1SO5A 3FFSA 1VCVA 5FEPA 4KWWA 1BTMA 4PFMA 2VC6A 1TRDA 3O6CA 2Q8LA 4WZHA 2QCDB 5G2WA 4LVDA 2F7FA 2PCQA 3UY7A 3MP4A 5EY5A 4EF8A 4GE8A 1FWRA 1KBJA 1M5WA 3OVQA 5KZDA 4UFKA 4Q4KA 2J9XA 3ATYA 1L9WA 4IMCA 1MZHA 1A53A 1BWLA 4PL2A 3T78A 3GDRA 1I8JA 4GC4A 1TREA 1JUKA 1XUUA 1OFDA 2ZRUA 3GDMA 4Z1BA 4S2CA 4FNQA 3O16A 1K7FA 3EX1A 4QISA 4JYFA 3PWAA 4ZVJA 3T40A 4LUIA 2PURA 1OK6A 1GTEA 1ZFJA 3PY2A 3MYOA 4M6QA 1QDSA 2XN2A 3M5XA 2FFCA 4JYEA 2Y7FA 2ABBA 3L2IA 1W5QA 1OFBA 5CZSA 5BMXA 1LOLA 4QNWA 2C1HA 3PBVA 5D38A 5D2TA 4Z0SA 3RNDA 1PIIA 4UXDA 4GJ1A 1MEIA 2AQWA 1YADA 3P8IA 3WJWA 1P1XA 3S5YA 2ZA2A 2YW3A 3LRMA 3FIGA 1XDMA 5DY3A 2C14A 3DU0A 4NJHA 3DZ1A 2OMAA 3B0PA 4RCXA 1J2WA 1SSDA 4CQ8A 1Q6OA 4A2SA 3G1HA 3W2JA 1SR9A 1R46A 4NJJA 4FNUA 1W5PA 4O0KA 4NJGA 1FUYA 5C54A 2WKJA 4YWIA 4MJZA 1SZEA 3DENA 5BOOA 3TAKA 5LHFA 3TKFA 3QQ1A 4NXSA 3EEGA 5F2MA 4A22A 1GG1A 1PV8A 3W7HA 4BI5A 4UR7A 2FB2A 1W5MA 3P61A 1H50A 3NQGA 3GX9A 4MY9A 5C5YA 3TDFA 5HINA 1IXQA 4OGZA 1TPEA 5D37A 1IXNA 3W7PA 3GXTA 4IPJA 3TROA 4FX8A 4GUIA 3DFTA 3G0XA 1M7OA 3KVLA 4OHQA 4O15A 4AXKA 4WY0A 5ABTA 3UXDA 5DBUA 2G5WA 3M1ZA 4XBSA 1EP1A 4GWEA 3CM4A 3KRUA 3CIWA 4L4LA 4MOZA 3V1PA 1K8ZA 3G1DA 5FI8A 1XFBA 1DBTA 2O7QA 4IJBA 3L5AA 1XKYA 3GXNA 3S1VA 3DI0A 5AYZA 3RK8A 5D04C 3RLVA 3DBPA 4ZQOA 3B4UA 4DXVA 4TU1A 3W1RA 2GVGA 1QOPA 3QQ0A 3PB2A 1B4EA 3TSDA 1BEUA 1KW1A 3C52A 4DPPA 1TQXA 1AMKA 2ISVA 3W7IA 1LOSA 4I9AA 1IIHA 2QF7A 2QCLA 2J24A 1Y0EA 1H7OA 1K8YA 1JULA 3TMLA 1K7EA 2YDAA 3DHFA 4GUJA 1KM2A 1F2JA 2A7NA 1YDOA 2B7NA 2GQAA 3LI0A 4LTSA 5AHFA 4K8EA 1TPWA 3MP3A 1QWGA 2VFIA 1W31A 4PCFA 1ME7A 3O06A 3LHYA 1CW2A 2O7SA 3TQKA 1EB3A 1TTQA 4J9JA 2WSYA 2H8XA 2NX3A 3HGRA 2RDTA 3Q37A 4H4IA 2JKEA 4NX5A 4M19A 3PSWA 3W23A 3LGEA 3DH7A 1SZNA 3GNDA 6TIMA 1DJNA 4MPQA 1EUNA 3FOKA 3TH6A 3NZRA 1CX9A 3W3OA 2TYSA 4NXKA 5CSSA 3C56A 2ZRZA 5FEXA 4B5NA 5F4WA 4AHQA 3DXIA 2CZDA 1VH7A 2NV1A 2RKXA 2ZZ6A 3D0CA 4ML9A 1KFCA 2EAWA 4ZQPA 2RDUA 3NO5A 5J5RA 1ZAJA 2BSLA 2VEPA 4ICNA 1Q6RA 4K37A 3SY5A 2JBMA 1D3GA 1HFBA 2H6RA 3QMRA 3STEA 1VJIA 1Q45A 2ISSA 4OV4A 1R2SA 1EA0A 5K4ZA 3FA5A 3QF0A 3ATZA 5IM51 1B9BA 1DHPA 4JX5A 2YSWA 2NV2A 5C6MA 4FNPA 3B0UX 4JTLA 1H1ZA 3A21A 4FB7A 3UQNA 4BFAA 3TV8A 2F84A 1QOQA 3A23A 3R89A 3MUXA 5HMSA 1RD5A 3EWWA 4ALDA 1P5BA 4JTIA 2WJZA 2V82A 2VOMA 1ZJIA 3NQVA 1UBSA 1MXSA 1AL7A 3CB8A 3BW3A 3QM3A 4ZQCA 3SGUA 4UTKA 3PAJA 2XN1A 5A5WA 1XL9A 3YPIA 1HO1A 4LT9A 3L0KA 1IGSA 4AF0B 3TSBA 3PUDA 4FNRA 1WOAA 3S1WA 1O60A 3GIYA 2OJPA 4RZ4A 4LS0A 1KFLA 1F73A 1O5KA 3G1XA 3QH2A 4WOZA 1H7NA 5CGQA 2ZZ1A 2E09A 3I68A 3IRDA 3WFAA 4CNOA 5F2IA 4JTGA 2GOUA 4NJIA 2FDSA 4HPJA 2DZWA 1VS1A 4LV9A 2GQ9A 3LV5A 3KHJA 5BRBA 3W73A 1OFEA 2E6YA 4KFNA 1GOXA 2FLIA 4A2RA 4OQVA 1H61A 1W8SA 3STCA 3VFLA 4NJKA 1P4CA 2JGQA 1XCFA 3ELFA 4HSNA 3E0IA 4QM1A 4UFLA 4A3UA 4JTTA 4R34A 3G24A 5EYWA 4XTDA 3TXVA 1GVQA 3UNDA 2H3DA 4JDBA 3DFQA 2EHHA 4CQ9A 3W7NA 1LM1A 3S1UA 1YPFA 1TIMA 1W5NA 4MYAA 3G18A 4FO4A 3GXPA 1GYLA 4UUIA 2UV8G 1V7YA 1LP6A 2QUVA 3TW6A 3W7OA 2FPTA 4LU0A 4WX2A 4UIOA 4WOQA 4AMAA 1I2PA 4HNVA 1JR1A 4QIUA 3TR2A 1TPVA 2CLKA 3W70A 5CKSA 1DOSA 1ZAIA 3NQ7A 4CCCA 1W1ZA 2CLIA 4DBEA 5E0KA 4CCEA 3KRZA 1GTHA 4ZZ9A 4Z1DA 3BW4A 5EMUA 1W3TA 1UCWA 1FDZA 4FF7A 3I7QA 4UFHA 2QUUA 1SW7A 3AO0A 2YFNA 3HG5A 4O12A 2QR6A 1UASA 1T0OA 3GAKA 3O63A 4O18A 2P1FA 1EUAA 1NFBA 4NNBA 1KM5A 2JKAA 4ZMGA 1X6UA 2X2GA 1VRDA 2ZYFA 2ZA3A 4O53A 2YW4A 1VYSX 1TPC1 4JS3A 4MZ8A 4EF9A 1B3OA 3PBYA 1FBAA 2A6LA 3LCIA 1DQXA 4AB4A 3L5MA 2E1DA 4DELA 2YYTA 4CQAA 2A21A 3T55A 4LVGA 1OYBA 3WK1A 3GLCA 3CPRA 2B0MA 1LBLA 2X1SA 3CEPA 4YXGA 2V30A 4LVAA 3S6DA 2Y70A 3LTSA 3M44A 1RPXA 4P61A 5D09A 2QJHA 3BVJA 1SZFA 2YX0A 2ZTKA 5KZMA 3MI6A 4LC8A 2C19A 5FESA 1HG3A 1JQXA 3F1QA 4Z0JA 2BXVA 3W71A 3BG5A 1FWNA 4JXCA 1Z48A 3HIJA 1OG0A 5G2HA 1XUZA 5AN7A 3JR2A 2OT1A 1AW2A 3LXCA 3P81A 1JRBA 1QR7A 2ZRWA 3W2KA 3TA6A 2Q3OA 2CLEA 3W1LA 5D03A 3LHVA 1TJRA 2GPTA 1OFPA 2E6AA 2GJLA 3VKJA 3OHIA 2VXNA 1ADOA 1ZAHA 3IVTA 2ZZ5A 5DCEA 3C61A 2I9EA 5CPLA 3S5NA 1TTPA 1EEPA 2P0OA 5LKYA 5D2XA 1R30A 1VCFA 3VI2A 3GDTA 2A1YA 1EWDA 1T99A 5F4XA 2QDHA 1GVSA 1WA3A 2G95A 3PG8A 4PEKA 3LCGA 1XDLA 3GKAA 4FEZA 4IMDA 1XM3A 2WV8A 1VGAA 1KTNA 4O1DA 4WD0A 2PE4A 2CW6A 5C55A 3PUEA 4RLIA 2I1OA 2W6RA 2VEMA 3P8JA 3H54A 4NVTA 4HN4A 4Q32A 1TPFA 4MY1A 3NL3A 4PL1A 3M16A 3LHUA 2R91A 4RXGA 3DKJA 4E2BA 3A9IA 1RR2A 1YTEA 4ZQRA 4FX6M 2W79A 1JUBA 3A24A 3LV6A 3L65A 2VFHA 4Z08A 3R8RA 3S5OA 4PA8A 4X9SA 3LCLA 4UFJA 4OE7A 3W7JA 3EWXA 1EWEA 5F1VA 5AHEA 2VEIA 2QCCA 2V81A 3QC3A 5HWMA 3HPZA 4CNPA 1FCQA 3N34A 5LZLA 1VHCA 1TPH1 1DKWA 2YYUA 2HTMA 1GJPA 1FWTA 5HR7A 1XXXA 3EX4A 3H55A 1TB3A 2FPYA 5F2GA 1ZHAA 3P80A 3HG3A 4E38A 3FS2A 1G7UA 1ZCOA 4RK8A 2BWGA 3MHGA 3HGSA 2NXHA 3L21A 3MBFA 3PBWA 5F4SA 3W75A 3TE9A 1FWSA 2TPSA 2WO5A 2WQPA 2W0UA 4UTJA 3M9YA 3WJSA 1R2TA 1O5XA 3TSMA 3IIZA 1JCNA 2CWNA 3SECA 5HQEA 2Y85A 4NU7A 3W1XA 1LROA 5CPMA 4N9CA 5D2VA 5HWJA 3R12A 3S8HA 4JYDA 5G4EA 1S5TA 4EIVA 4UTWC 5AHLA 3W76A 2A85A 4AVFA 1FDYA 2V2CA 4XZ9A 3LCHA 2HMCA 4JN6A 3UPBA 2QCGA 3W1PA 3W7KA 4IWWA 5AYYA 4DO6A 3C6CA 5HUPA 5FEZA 1LBFA 4O16A 2V0TA 3L5LA 3SZ8A 3N14A 2FB3A 4X2RA 3U6WA 4HNUA 3USBA 3W87A 1FXQA 3W85A 4QJ1A 4O17A 2CZEA 3A22A 1SPQA 2B7OA 3IIXA 3GKFA 2ZDRA 4WJEA 1RQEA 3IVSA 1H7PA 1ONRA 1K03A 1KFJA 1HL2A 1JRCA 3W2MA 3FYOA 4DEFA 3NPXA 2QJIA 3EX2A 5U7SA 2CLMA 1EPXA 2GVJA 3N73A 3ABQA 3TJLA 3ZWSA 3LOTA 5CPNA 5K9CA 3LXBA 1TMHA 1WXJA 1PHQA 2VENA 3P74A 2ZZ7A 1H62A 2C6QA 4Q33A 1Z42A 3H53A 2X16A 3CEUA 2ZZ4A 2Y62A 2YXGA 3TQ0A 4RXFA 4C1LA 3GB6A 2QCDA 1YLVA 3CT7A 3BPWA 3FKRA 4C1KA 4DF2A 2A5HA 2Z6JA 4N9BA 3TQVA 4K7VA 2FIQA 4GUHA 3FLUA 4FXSA 4BWLC 4IX0A 3WJZA 2GJNA 3NQAA 2B7QA 4JIQA 2NWSA 3MO7A 5C2XA 1ICSA 7TIMA 3IGXA 3NEVA 5LNUA 3E02A 2QCEA 4MKNA 3WK2A 4A29A 3THQA 3B05A 4ONVA 3VE7A 1LZOA 3R5EA 4G1KA 3G3MA 2DORA 1LORA 3G1VA 4PH6A 3RLUA 3BV4A 3ABRA 3TNOA 2ZTJA 3LBCA 3A5FA 2C16A 1FCVA 3OVRA 3EXSA 3BLFA 3O1NA 1UJPA 1Z41A 3HF3A 3UWWA 2OT0A 3HG4A 4DF1A 4JICA 3LLDA 1Q6LA 1ZY9A 3NOEA 5AHIA 2ZA1A 5DLCA 3E12A 3P5YA 6ALDA 4MVAA 2BTMA 2YGYA 3PF3A 1LYXA 3LTYA 2HS8A 4LRTA 4UTUA 1ME9A 4MFEA 3M5VA 5LNSA 3DAQA 1V5XA 4XKYB 3W7GA 4GFSA 1GYNA 4WQ6A 2DZPA 3TAOA 1XI3A 3UWYA 2QKFA 5FEWA 1VYPX 5G4WA 4JTUA 3N9RA 1KM6A 1P0KA 1THFD 1QO2A 2QCNA 2VEKA 2E6DA 4XUGA 3KOFA 1SW0A 2NX9A 4AWSA 1L6YA 5L6UA 4I7UA 1KM4A 4GRSA 3TUUA 1JVNA 1WX0A 4N4PA 4Y9AA 5CPOA 4NQ1A 2DJLA 4IMFA 4DO4A 2V5LA 4KFOA 1MEHA 3A5VA 1H7WA 3QMSA 3T44A 3L0GA 1QO5A 1RQHA 3NQ8A 5SWUA 1SW3A 1KM0A 5DN1A 1VPXA 4UTWA 2E5CA 1Q6QA 3NL5A 2Y61A 4N9DA 1EX5A 5I3HA 2NXIA 5T26A 4HPXA 2ISWA 5G1TA 1NF7A 3C2OA 1ME8A 1OX5A 4HKPA 4NZFA 4ORMA 1F6KA 1DORA 4JTEA 2ZBTA 2TSYA 5FF7A 3UZJA 1KLZA 4TIMA 2VFDA 4QNEA 5LNWA 2X1RA 1DQWA 4UFIA 3NL6A 3AJXA 1OFQA 1SO4A 4UTMA 2RHGA 2QDGA 3UD6A 1BKSA 2R8WA 1NVMA 3MBDA 4KFPA 4O0ZA 5BNKA 5TIMA 3EXRA 3EX6A 1LOQA 3NQ6A 3UPWA 1WQ5A 1TPUA 4FNSA 1YTKA 2Z1BA 3OBKA 4POCA 1WBHA 3W7CA 4DO5A 1T96A 3W2UA 4DF0A 5A8GA 1W0MA 1GEQA 1ZALA 1GWJA 5HULA 1X1OA 4L4MA 4LC6A 1FCUA 3N2MA 1MSSA 4UMBA 3OVPA 3PB0A 3LXAA 4XQ6A 3NL2A 5K9XA 1YXCA 3BK0A 1QMLA 3UWZA 1G69A 1SFJA 3FYPA 4FHAA 3CQ0A 1FDJA 1A5SA 5DELA 3F4WA 3IVUA 1QPNA 5AHMA 3IGSA 3LCXA 3MHUA 4LS2A 1XBYA 3FJLA 2VKZG 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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