4I7VA

Agrobacterium tumefaciens dhdps with pyruvate
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
294
structure length
293
Chain Sequence
MFKGSIPALITPFTDNGAVDEQAFAAHVEWQIAEGSNGLVPVGTTGESPTLSHDEHKRVVELCIEVAAKRVPVIAGAGSNNTDEAIELALHAQDAGADALLVVTPYYNKPTQKGLFAHFSAVAEAVKLPIVIYNIPPRSVVDMSPETMGALVKAHKNIVGVDATGKLDRVSEQRISCGKDFIQLSGEDSTALGFNAHGGVGCISVSANVAPRLCSEFQAAMLAGDYAKALEYQDRLMPLHRAIFMEPGVCGTKYALSKTRGCNRKVRSPLMSTLEPATEAAIDAALKHAGLMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure, function and allostery of the bona fide DHDPS from the plant pathogen Agrobacterium tumefaciens
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Agrobacterium sp.
total genus 115
structure length 293
sequence length 294
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2012-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4i7vA00
1GZGA 1F74A 4UMCA 3EX6A 5C55A 1Y0EA 3TSBA 2VOMA 3W6YA 5AHEA 1MEIA 2A7RA 2YCEA 3NM1A 2DORA 3B03A 3QC3A 3NEVA 4N9CA 3W72A 3FJLA 3W1QA 1KM6A 3W74A 3BGGA 1YYAA 5FEZA 1ICPA 4AEOA 3O06A 4EVZA 3UZJA 4ML9A 1F76A 2PE4A 3UXAA 3DFPA 1OVDA 3F4WA 3MHGA 4NNCA 1WV2A 3U2OA 1UB3A 3BW2A 3CQ0A 5C6MA 1X1ZA 3HMJG 1IXPA 3TAOA 2Y61A 3MP3A 4PTNA 4HPJA 4IUOA 2ZZ7A 1X6UA 2ZRZA 3P62A 3PULA 3DZ1A 3W1TA 1H7NA 2XN0A 5CZTA 3PSVA 4WXZA 2PURA 5LGXA 4HT3A 3LBMA 3W7NA 1LOSA 5G5IA 4DBEA 3GR8A 5IM51 3TROA 1L2UA 3C0JA 2NLIA 4AWSA 4TIMA 1B4EA 4JY8A 1ZJIA 4NNBA 4FX8A 5FF4A 1FXQA 1A5CA 1QOQA 3QZEA 2RDTA 4Q33A 4NZJA 5F4WA 3W1RA 2F84A 4HSOA 4AB4A 3EKZA 2VFIA 4C1KA 3P8IA 3ABRA 4UTKA 2VFDA 2Y7GA 4MIMA 1KFLA 1RR2A 1RZMA 4POCA 1DQWA 4Y9AA 5AHNA 1PL9A 3E12A 3STCA 2F7FA 4ZZ9A 5EBUA 5AC8A 4ZVJA 1JULA 1MEHA 1TV8A 4O28A 4DO6A 3TV8A 3W1XA 3EX1A 1XFBA 1KV8A 5CKSA 3KAOA 3DI1A 4UFMA 1SO5A 2WNQA 1VGAA 3UD6A 1LBMA 3JRKA 4UR7A 5KSWA 3W86A 3P74A 1LROA 3OA3A 1K7XA 5AC7A 4IMFA 2DZPA 4RLIA 5I3HA 3NL2A 3UWWA 3U8GA 1KW1A 1N7KA 1D3GA 2JGYA 1TTPA 3PG8A 3BW4A 1G4EA 2W0UA 3SR7A 2QCLA 3P67A 1ZFJA 2OT1A 4U28A 4K37A 3NPUA 3O15A 3W7OA 5D2YA 1OFOA 4LW7A 3O6DA 4JTTA 2E77A 2YYTA 2GJNA 4JX6A 2P10A 4NNAA 3BV4A 3S1UA 4FX7A 1OK6A 5I3GA 4PODA 2G95A 2ZBTA 3BO9A 4ZQMA 3LHZA 5D2XA 2YGYA 4O1AA 4NX0A 4PFMA 3ZS4A 2ZZ1A 1K3UA 1Q6OA 3NM3A 3W1AA 4Y6GA 3G24A 4LVDA 3PUOA 2H3DA 3GNNA 2ZDRA 1BTMA 4JX4A 3W07A 2E09A 4UNLA 1ADOA 2Q8ZA 2O7QA 3QEZA 3S1WA 4NJJA 1VJIA 3Q58A 4WOZA 2B7QA 4ONVA 1SW0A 1OFDA 4RXFA 1VRDA 5LSMA 3WK1A 1QPRA 1SSGA 4UTLA 2C15A 4QNWA 4LUIA 3ZR4A 3V1PA 4EF8A 3HGRA 3P84A 2PRLA 3W7KA 3CIWA 1OJXA 1FX6A 3IIXA 4HHPA 1ZAHA 3FYPA 2WNZA 1C29A 1T0OA 3DGRA 1AW1A 4R34A 4O10A 3NVTA 5AHFA 5D02A 1A5AA 2TYSA 3DFNA 3NXFA 3GZ3A 4GUGA 3NOEA 5BRBA 1AK5A 4E2DA 1KA9F 3FYOA 3IEBA 2VENA 4K39A 2A5HA 2BTMA 2FB3A 5F2GA 1KM1A 3P5ZA 2LLEA 1MEWA 4UTJA 4O1BA 1P4CA 5E1QA 4UTMA 4XTIA 4YXGA 1MSSA 2W79A 4WY0A 2X1UA 1OX5A 3C2FA 3C3NA 3Q37A 4FNQA 3RF9A 2P1FA 1YDVA 5DXXA 2Q3RA 3O6CA 1VYPX 3GAYA 3T44A 1PE1A 4JDBA 1SZGA 3FS2A 1VH7A 2ZCGA 4MYAA 4A29A 3SI9A 3W7MA 4WUIA 5FEPA 3THQA 3MI2A 3FA5A 5E93A 1Z41A 4O13A 1SFJA 2RFGA 3LCHA 1IXNA 3LCGA 2DZVA 4R33A 4NVTA 4KWVA 4CCDA 2Z1BA 4K38A 4O54A 2A0NA 2I9EA 1EPXA 1MXSA 1TPVA 4LT9A 3S5ZA 1BWKA 3KVJA 1DOSA 1G6CA 1I2QA 4LVFA 5TBOA 1JCYA 3GKFA 4O17A 5HWMA 5J5DA 3CTLA 1ME7A 1AW2A 3LDVA 5D30A 3QF0A 1JUEA 1OF8A 3BG3A 5DBUA 5AYYA 4MUZA 1HFBA 1TCDA 5KINA 3S0CA 3M7WA 2IQTA 2ZA3A 3LHTA 1LRNA 1FY6A 3MMTA 3L68A 1PHWA 1HO1A 1YXYA 1H7XA 1V5XA 4NJIA 3W7GA 1Q6LA 3N34A 1TO3A 2DP3A 3O05A 4FF7A 4LS1A 3C61A 5FF3A 1XC4A 1RQEA 1M7OA 2CLEA 1JR1A 1W3IA 3RK8A 2QR6A 1ZHAA 1LM1A 4JNMA 4O53A 3ELFA 3B0VC 2YR1A 5DCDA 1GQNA 4O4WA 4WY0B 2JKAA 2J6XA 3SGZA 1TRIA 3OHIA 4EIVA 1NSJA 3C2OA 3MHFA 5HR7A 2AAMA 4YCPA 1B3OA 1KLZA 5AFDA 3GDRA 3PC0A 5HINA 1Z48A 3TUUA 2E6DA 1LBLA 2VFFA 4MZ8A 3QMTA 2PC4A 3M47A 2E1DA 3HPXA 4NXKA 4K6AA 1B9BA 1KFCA 3QSRA 3S1XA 4ICNA 2NUWA 1O5XA 1OG0A 2WNNA 2Y85A 3HG2A 2V9DA 1Q6QA 3Q2DA 1SFLA 3KFTA 3T40A 5H2ZA 1W56A 3PUDA 1UASA 1YTEA 3NNTA 5BMWA 4IX0A 1LRQA 1DHPA 3K30A 1BKSA 4LRTA 3CT7A 3UNDA 3UZ5A 5CZ0A 4ZQPA 2WQPA 1JCNA 1XDMA 4AMAA 3IGUA 3R2GA 4N6FA 1HTIA 5C5YA 3FKRA 3HG4A 4BFAA 4JR5A 3GDKA 1LP6A 3UWUA 2ZFAA 4IPIA 1UJPA 2DZTA 3I7SA 3FOKA 2G5WA 3NPVA 2HSAA 3LCFA 1PS9A 2GVJA 3I68A 4JTHA 1LOQA 1R47A 1VZWA 5DLCA 4FNPA 2QDHA 2AGKA 4M7SA 4CNOA 3HIJA 4R7JA 2YSWA 2EPHA 1FUYA 1F05A 3L5AA 5HUPA 2YPIA 2FPVA 3TH6A 3MWAA 1M7PA 3GVGA 1SZEA 4JTSA 4JXCA 5LHFA 2OZ0A 2P0OA 1LCOA 4LV9A 1IXOA 3QMSA 1DJNA 2FPYA 3M5VA 4AAJA 6TIMA 1F7BA 4M5PA 3W2KA 3QJAA 3N73A 1OYBA 1WYIA 2EAWA 3W70A 1S5VA 3LBCA 3LCLA 2Y63A 3W7QA 1NF0A 3TJXA 5HR6A 2V8ZA 4GC4A 2R14A 3W2LA 3GB6A 2X1SA 4M6QA 1AMKA 3WJZA 3N2XA 4BR1A 4RV8A 1P5BA 2H8XA 5G4EA 3G0SA 5G1TA 4N9BA 5KTLA 1FWTA 2GVGA 3F1QA 4HNNA 1CX9A 1QO5A 3E49A 4JX5A 3A5VA 4BI6A 2A7PA 5D32A 1LLWA 1I2NA 3DFTA 1H7PA 4HSNA 4LVGA 1TV5A 4FNUA 2JGQA 3TMQA 4H3DA 2ATSA 2CLKA 3PAJA 1O94A 3FFSA 1VQTA 2YW3A 3USBA 3GXTA 2GJLA 1GVSA 3NL3A 1H63A 2QJGA 1TPDA 3W7EA 2WSQA 4GWEA 1XBYA 5J5RA 1TMHA 4FB7A 3TSMA 3TQ0A 3BLIA 4JTKA 2ZYFA 4TMBA 1S5TA 4QM1A 4FEZA 3UYCA 5U7SA 1SO6A 2RDWA 1TPC1 1A53A 4CNPA 4DXVA 4E38A 1ICSA 2J24A 2QAPA 8TIMA 2CZEA 4CQ9A 5FF0A 2YFNA 1X1OA 4N4QA 3LB0A 1YPIA 3CIXA 3NQ8A 2KZHA 1AW5A 2WSYA 3C2VA 3AJXA 4S2CA 4GUJA 3ATZA 1W8SA 3B0UX 2Z2UA 2GOUA 1YADA 3W85A 3C2RA 4UTIA 1C9DA 4N9EA 3NG3A 4H6KA 1IXQA 3GXPA 1G69A 3G3MA 4WQ6A 4ADUA 4IOTA 1RD5A 4J9JA 1XM3A 2NX1A 1WX0A 3GIYA 2ISWA 4KFPA 2V5LA 1DBTA 2Y62A 3AO0A 3FIGA 1FWWA 2X1TA 3LCWA 1WBJA 3P7YA 1GTHA 5D05A 3PS7A 3P80A 3EB2A 4NXSA 2ABAA 2RHGA 3WK2A 2V5BA 4QITA 1I45A 1P1XA 2J9ZA 4ZMGA 2C3ZA 4CCCA 3KRUA 1GPWA 4GE8A 1K7EA 4LVAA 1NAL1 2HMCA 3TJLA 3PBYA 4MOZA 3G1YA 3PB0A 3W88A 4PH6A 5FF7A 3PBVA 1JJKA 4NJGA 3E02A 2YFOA 5U4NA 3GYEA 3QFEA 2BXVA 4YCOA 1CI1A 3P5YA 5DCEA 4M19A 4UFIA 3DFOA 3NYZA 1PVNA 3M5YA 5F2LA 3LLFA 3L0NA 1TTQA 1IIHA 1H5YA 3LI0A 2ZA2A 1YTDA 2CU0A 4NT0A 1TJRA 3DI0A 3A21A 1J5TA 3DU0A 5F2MA 4FHAA 4B5NA 3RMJA 2DZSA 4LOCA 3W23A 4ZQOA 4UMAA 1IIGA 1DV7A 4LY8A 1I8JA 5K2ZA 1I2PA 3QPYA 3LX9A 1F73A 4IXXA 3W7LA 2CLFA 3KRZA 1PHQA 1YLVA 3OVQA 4O57A 2DZUA 4GUIA 4TO8A 3CPRA 5K9XA 1G4SA 3IIOA 3LHUA 2GQ8A 3LGEA 5H91A 4N9DA 1TPUA 4NJKA 2R94A 5D2VA 4UNKA 1VS1A 3N14A 4BWLC 4P2VA 4YMZA 3MHUA 3HOJA 4GJ1A 4FNSA 4AHOA 2NXIA 3LRKA 4YLWA 2J9XA 3UWZA 1SQ7A 3WJWA 5BMXA 4DBDA 1K7FA 5K3VA 3N2MA 3WJYA 5SWUA 1EWEA 3P8JA 3QH2A 2VXNA 4A22A 1TV7A 4TU1A 3OVRA 2HS6A 1LLZA 3TMLA 1J4EA 4ALDA 3GK0A 3W1UA 4JIPA 2BLEA 5AYXA 3NQEA 2CLHA 1I4NA 2XFWA 2ABBA 4MZYA 2ZRUA 1KBJA 1TTIA 1KV5A 3W7PA 1QO2A 3CC1A 3M5XA 2FDSA 2WPBA 2A85A 3STFA 3MUXA 2CLMA 1IF2A 1W0MA 3B4UA 4U4MA 4HNTA 1R30A 4GNJA 4C1LA 2DZWA 3BVJA 2VC6A 1F6KA 1G7UA 5F1UA 2E6FA 3EXSA 4FNTA 1YTKA 2Y70A 4KWWA 1EUAA 4CNNA 1M5WA 1LORA 3TSDA 3QQ0A 4HNUA 1KM2A 1GYNA 1QPOA 4AHPA 3UY7A 2JBMA 3TKFA 3IIPA 3M0ZA 5MHBA 2G96A 4DO5A 5G2HA 2B7NA 1GVFA 4XUGA 3EWXA 1W5PA 2YXGA 1YPFA 4IWWA 2YYUA 2ZA1A 1NEYA 3DENA 4GUFA 4JY9A 5GVJA 1PV8A 3PG9A 5KMYA 3EXTA 4Y90A 5HULA 3MO7A 1EIXA 3O8AA 3GR7A 3IGSA 2X2GA 4LNYA 3SIZA 4LU0A 1QDSA 2ZRVA 1KBIA 4UR8A 4DO4A 4WOQA 2O7SA 1WAUA 1JCMP 1SZFA 4ADSA 1KLYA 3UWYA 1A5SA 1SSDA 4Z08A 1RV8A 2J88A 3P61A 4UUIA 4BWLA 2YZRA 3S1VA 1GT8A 5D37A 2V30A 1XUUA 1B4KA 4MLJA 3B05A 1WQ5A 4ORIA 2J9YA 5CGQA 3PWAA 3OVPA 1JRCA 4RCXA 3NQGA 3R12A 3CWOX 3UY8A 3W75A 1H7RA 4MY8A 1YDNA 3KOFA 4RZ5A 1ZNNA 3QW3A 1VR6A 2ZZ2A 1T8XA 3LRLA 2ZQ0A 3M6YA 2B7OA 4JN6A 3KVMA 3JS3A 3BGJA 3HQ1A 3BG9A 3KXQA 1XI3A 1KFKA 1XCFA 5DELA 3ANYA 2Y7DA 5BNKA 4LC6A 3MW7A 4MY9A 1JUBA 3C6CA 3V75A 4GFSA 1W3TA 4MJMA 3MYPA 2QUUA 2I1OA 4O14A 2QF7A 3S5YA 2ZRYA 3EEGA 1NF7A 4G1KA 1H62A 3DFSA 1W5OA 1ME8A 3C56A 1KFJA 3EWYA 2VEPA 3OBKA 1R2RA 1TQJA 2ZZ3A 4HPXA 3HPSA 5I3IA 3W7RA 1KM4A 1GYLA 4DELA 4PL2A 3C52A 4Z1CA 1GG0A 4JS3A 1TPH1 3VE7A 1H51A 3NZRA 2DZXA 5CPNA 1WOAA 5K9DA 4NU7A 4DQWA 4O19A 2VEKA 3C4UA 3L5LA 3L0GA 1OHLA 2PRMA 1JQVA 4UC5A 4XBKA 2RKXA 2E6AA 1R2SA 1U5JA 4Q32A 5AN7A 3TDFA 1QMLA 1EWDA 1W54A 1XBZA 1T99A 1VLWA 2G97A 4X2RA 5D38A 5HQEA 5DY3A 3TC6A 1AG1O 2CLOA 1G4TA 3HB9A 5FESA 1O60A 2ZRXA 1OFAA 4OV9A 1A50A 1R46A 3W7IA 1O5KA 3PUEA 1XXXA 4NJHA 1FWSA 4L4MA 1K8YA 2VKZG 2ZTKA 3LTSA 2NZLA 4MVAA 4O1DA 2H90A 1W1ZA 1YXCA 3W7CA 3W2MA 1FDYA 2ATMA 3IVUA 4N02A 3FLUA 3QRHA 3HO8A 3NL6A 4PEKA 3NZ1A 2QAFA 2A1YA 3B0PA 1GVOA 4UIOA 4K8HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GZG A;  4MKV A;  3WYZ A;  1EA9 C;  1A5M C;  4Z42 C;  5C55 A;  3IUD A;  2VTF A;  4L56 A;  7REQ B;  2DEP A;  1L6F A;  3SIM A;  3ZT5 A;  4H1Z A;  3ZOA A;  2DOR A;  3BJF A;  2PP1 A;  5GNX A;  4LAZ A;  4W8A A;  4KES A;  3W74 A;  4GZI A;  2DUZ A;  2OU4 A;  3O06 A;  4EVZ A;  3UZJ A;  4ML9 A;  1KGU A;  2E1W A;  4KT2 A;  1GCY A;  4JIE A;  3UJS A;  2E9L A;  3MUA A;  3VIP A;  4NNC A;  1WV2 A;  1GHS A;  1B1Y A;  3AJ7 A;  5BRP A;  2PGF A;  3KHD A;  3T8L A;  2PDI A;  2J74 A;  3PJW A;  5CPQ A;  5T9C E;  4IUO A;  2XN0 A;  2PUR A;  8CGT A;  2OSX A;  4GI6 A;  2XIJ A;  4AIU A;  2MUC A;  3GR8 A;  3WNN A;  1US3 A;  2R82 A;  1M65 A;  3VNJ A;  3WLO A;  2DSU A;  1U1U A;  1ZJI A;  1MRA A;  1Y7V A;  1CB2 A;  3QZE A;  2BVT A;  4WSH A;  1S38 A;  5HBF A;  1A3W A;  3P8I A;  3PJU A;  3ABR A;  2OKT A;  4UTK A;  2GZX A;  1B3V A;  1YBQ B;  2VOT A;  3PZG A;  4TX8 A;  3CGT A;  4RNI A;  4KER A;  3TZN A;  5EBU A;  1M01 A;  1TV8 A;  3T2Q A;  2PGE A;  4FAL A;  1K9D A;  1KV8 A;  1UWA A;  3KAO A;  2I17 A;  3SQM A;  3UD6 A;  2F61 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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