4IMCA

Crystal structure of pasteurella multocida n-acetyl-d-neuraminic acid lyase
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
KNLKGIFSALLVSFNADGSINEKGLRQIVRYNIDKMKVDGLYVGGSTGENFMLSTEEKKEIFRIAKDEAKDEIALIAQVGSVNLQEAIELGKYATELGYDSLSAVTPFYYKFSFPEIKHYYDSIIEATGNYMIVYSIPFLTGVNIGVEQFGELYKNPKVLGVKFTAGDFYLLERLKKAYPNHLIWAGFDEMMLPAASLGVDGAIGSTFNVNGVRARQIFELTQAGKLKEALEIQHVTNDLIEGILANGLYLTIKELLKLDGVEAGYCREPMTKELSSEKVAFAKELKAKYLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for Substrate Specificity and Mechanism of N-Acetyl-d-neuraminic Acid Lyase from Pasteurella multocida.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
molecule tags Lyase
source organism Pasteurella multocida subsp. gallicida
total genus 121
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2013-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4imcA00
4Z1DA 1T96A 1WXJA 4UUIA 1WV2A 3PBUA 3E02A 3MUXA 2TMDA 2FJKA 2HS8A 3FA5A 3W7QA 3EXRA 1MXSA 3PAJA 4RZ5A 1VYRA 3W7CA 2CLKA 1Q6RA 3N9SA 1I2PA 3B06A 1MEHA 1XFBA 4PL1A 1R2RA 3C2RA 3V1PA 3FJ6A 4C1LA 3BGGA 2X16A 3EWBX 4I9AA 2DZUA 5IBXA 5DCBA 1KFBA 1FX6A 4GUHA 4WZHA 3W7HA 2YFOA 4FNPA 2GUUA 4UFLA 2A7RA 1W37A 3M43A 2OCZA 1TTJA 1VRDA 3EX6A 3LRMA 4ZQCA 1KV8A 1OFOA 4BR1A 4NX5A 3QSRA 1KTCA 3M5ZA 2E6YA 3WJSA 1TTIA 3SSJA 2PRLA 1QFEA 3NQMA 3PVFA 3EEGA 2ZZ3A 4RV8A 5BOOA 3RK8A 1KM6A 2Q3RA 3N2MA 1I8JA 2ATMA 4JTEA 1W5NA 3QF0A 3VCRA 3TFXA 2PRHA 1TB3A 1X1OA 2GVJA 4LS2A 4M6QA 5IBXC 4OV9A 3IGUA 4O0KA 2A1YA 2DZPA 1O95A 2ZRVA 2HSAA 1LYXA 4FNUA 4O1AA 2CU0A 1YDOA 1H5YA 1A5SA 2I1OA 3NQ8A 4XQ6A 3EWZA 1M7OA 3O1NA 4Y96A 4UFHA 4KWWA 1ONRA 2NX3A 3NQDA 3W7DA 2H3DA 1PV8A 4NQ1A 3Q2DA 3VE7A 4CQ9A 2NUWA 4K7VA 2VEMA 1ALDA 1OFQA 3G18A 2Y63A 3FYPA 1O60A 4C1KA 3B0VC 2VOMA 2GJNA 3HJZA 5LGXA 3L9CA 2OX1A 5D05A 2X1SA 1AW5A 1UCWA 2G97A 4N4QA 1DV7A 2E6DA 4UTUA 1B9BA 4B5NA 3BLIA 2E5DA 2WKJA 4JTIA 3TQ0A 1VGAA 3BVJA 3GIYA 4UMAA 3UYCA 3UWZA 3GDMA 5CGQA 3C2EA 4LVGA 3TU9A 3CT7A 2A7PA 3B8DA 3QMSA 3EWYA 4CCDA 2ZRZA 3W7MA 2ZA3A 3QPZA 1ME9A 1A5CA 1F7BA 2VEPA 3DZ1A 1QWGA 1XDMA 1IXOA 3QQ0A 1S5WA 3C52A 4MLRA 2CLHA 3MI6A 2CLFA 3FJLA 4O14A 3TJXA 1GZGA 3UY7A 3V75A 4G1KA 4DQWA 4MFEA 1DVJA 3Q94A 1OYCA 3RFAA 1H7OA 1F76A 2QJHA 1JQXA 2QCGA 4JTUA 3ABSA 1WOAA 4NZFA 5K2ZA 1UBSA 3W84A 4R34A 3W72A 1XKYA 3DFQA 3B0PA 4FNQA 4KFNA 5G2HA 1W5OA 3C56A 2DU2A 1PVNA 1IIHA 4ADSA 4CCCA 5D09A 1WBHA 1FCVA 2ISWA 1TIMA 5LZLA 1XBYA 1AK5A 2FB2A 4OWGA 5EKYA 2Y70A 3TA6A 5HULA 1U5JA 3TFCA 4RK8A 2QDGA 1VCVA 3MJYA 2KZHA 2QEZA 3R89A 1RVGA 1TJPA 2FFCA 2LLEA 4NXSA 1FWNA 5F2MA 5LKYA 1SZFA 3DBPA 4NNCA 4BWLA 1QPNA 1O4UA 3IIOA 3HPZA 2QCNA 2QKFA 1BWKA 3NOEA 4X3ZA 4DF1A 2YDAA 3CC1A 1J2WA 1VYSX 2QR6A 4GUJA 3FS2A 4LY8A 1EA0A 1BWLA 5AB3A 4R53A 1YXDA 1G7UA 2ZYFA 1W1ZA 2BX7A 4GWEA 4FX7A 4FX8A 1JCLA 5TIMA 3Q37A 5TQLA 3F4NA 3LCGA 3W1RA 3NQ6A 3B05A 4CNNA 4K37A 3UWQA 1A53A 1W3IA 4QNWA 3G1HA 3BGJA 3I7QA 3UWVA 1SR9A 3T44A 3SGZA 2V0TA 3L5MA 4N9BA 5FEPA 4ORIA 2TPSA 1KM0A 1TV7A 4I7UA 3UWWA 1AW1A 4WJEA 3UWUA 1L6SA 3ZR4A 4BWLC 1JJKA 3WK1A 3DHDA 4O18A 2C3ZA 3TAOA 4O17A 5D03A 3QQ1A 3DFSA 4FEZA 4LTSA 4LVAA 3G0SA 4WD0A 3NQEA 3SGUA 1JCYA 1KTBA 3CPRA 2J88A 5SWUA 4BI7A 1THFD 4JNMA 2ZCGA 4N9EA 1A5AA 4M6PA 2QUVA 3HGOA 1FWWA 1ZAIA 3M1ZA 4LUIA 1EUAA 3IEBA 1OF8A 4LC8A 3TE9A 1N8FA 1RZMA 7TIMA 4RX0A 2DZWA 5FF7A 1TSIA 1GOXA 5C6MA 3BG5A 3TR2A 4QNEA 1SFLA 2ZQ0A 5BRBA 2J24A 1OFBA 1UASA 2QJIA 1PE1A 3EWXA 1R47A 3DH7A 3O07A 1LROA 1QMLA 2Z0IA 4OV4A 3NVTA 3T7VA 3NO5A 1Y0EA 1SZGA 3LLDA 4MYAA 4O0ZA 3O8AA 5HWMA 3QM3A 5KINA 1H7XA 5I3GA 6ALDA 5FEXA 5K9DA 3HG5A 4R7JA 2GOUA 1KM4A 1TYGA 3TC6A 5LNUA 2GVLA 4UTIA 3SJ3A 3KVJA 3LBCA 5DN1A 1P4CA 1S5TA 1TV8A 4HHPA 3UQNA 5E93A 1KM3A 3OHIA 3TV8A 2ZRYA 4FNRA 1TV5A 3CEPA 4OBTA 1QOPA 4LOCA 5FF2A 3PUDA 5EA9A 1LCOA 3NL5A 4Y90A 1CI1A 2V5LA 2X1UA 3LCLA 1SZEA 4JX4A 3EKLA 1GQNA 5CPNA 3LI0A 1V7YA 3LX9A 1KM5A 4UTLA 1OX5A 5IM51 1G4EA 5D30A 2J9XA 4XTDA 1WX0A 3STEA 1KV5A 4NJJA 3C4UA 3N73A 3WJYA 2NX9A 3B4UA 3SIZA 4TX9A 3DFPA 1P5BA 1M7PA 4UXDA 3RF9A 1GTHA 5I3KA 3NZ1A 2V2DA 1SPQA 5G2IA 3U2OA 3QEZA 2FPTA 3T78A 1VYPX 4QITA 3KVLA 1D3HA 1GYLA 3L66A 2WSYA 3IVTA 4YL2A 3B0UX 4Q33A 3GZ3A 4LV9A 2CLOA 3P67A 5DBTA 1B57A 2VFGA 4FIRA 5DY2A 3A24A 3NQ2A 5BNKA 3I7SA 1KM2A 5HWJA 1I2OA 1PIIA 3O6DA 4ZZ9A 3CLMA 5G1YA 3TCEA 4WOQA 1S5VA 4MVAA 1HFBA 2H3BA 3FYOA 1LLWA 3HMJG 5D2YA 2CZ5A 3MHFA 2QDHA 3EX2A 4RZ6A 4RJEA 1K7EA 3ELFA 3QRHA 4GXMA 1DQXA 4WXYA 4KWVA 1OG0A 4RXFA 3MMTA 3A5FA 3BLFA 3OIXA 3TNOA 4FXRA 4NNAA 1DQWA 4MZ8A 2E5CA 3KAOA 1BKSA 1W31A 3PB0A 1H61A 4NNBA 3BPWA 3G24A 5T26A 2B4GA 1OYBA 3P5YA 4DBEA 2VFIA 3QSTA 4JX5A 5F4WA 3LOTA 4UNLA 2R8WA 4HNNA 4Y9AA 1GPWA 5LHFA 2ZZ5A 4UMBA 1ADOA 2D73A 1ZHAA 3W87A 4TMCA 2W0UA 3NPVA 3WFAA 3W1MA 4FB7A 4KFOA 1K8YA 4UFJA 1HO4A 4AHQA 3G1XA 2QCMA 4MLJA 2VEIA 4BI6A 3GR8A 3LHWA 1Q45A 3QMRA 3NA8A 4WUIA 4X9SA 2OZ0A 4O52A 1F6PA 5I3IA 3NYZA 3N14A 1J4EA 3OVPA 3DFTA 1YDVA 3LHZA 4WY0A 2ZFAA 1TPEA 3MYOA 2A21A 3LERA 1YDNA 4JTGA 3KHJA 5DLCA 2E5BA 2ZRXA 2BTMA 3HB9A 4L4MA 1TPVA 3GDTA 3G1VA 1LRTA 2A7NA 4MY9A 3W75A 3LV5A 1E51A 3TK7A 3QMTA 5AYYA 1EX5A 4N9DA 2YYUA 2WNQA 3L0NA 3CHVA 3W1QA 2QUUA 3R5EA 3ABQA 3LHTA 3FLUA 4IMEA 4IMFA 4IQLA 3YPIA 3P81A 3TJLA 2RKXA 1SW0A 5D2TA 3QJAA 2V8ZA 3O06A 1T8XA 2Y7EA 3W2NA 4YCOA 2Z2UA 1QDSA 2TYSA 3PUOA 3TX9A 2CZDA 4OE7A 3FKRA 1PS9A 2Y7DA 2JGQA 2V81A 3EWUA 4LVFA 4N2YA 4NZJA 4WY0B 2WJZA 1VLWA 2G95A 4CCEA 1KBJA 1G4TA 4DEFA 2UV8G 1IIGA 1Z41A 3VNDA 1BEUA 4KKXA 4X22A 2R94A 2CLIA 4ZMGA 3SR7A 5F4SA 1SSGA 1P0NA 4PC8A 1QO5A 4XBSA 2ZDRA 1JCMP 1SQ7A 3EX3A 4AH7A 4PEKA 5LHEA 1EP2A 5K4ZA 3NQ7A 3VI2A 5HR6A 3HIJA 1UUMA 2FPVA 3GVGA 4MJZA 1LTDA 3NPXA 4O1BA 3UPBA 3GNDA 3L5AA 4LWWA 3F1QA 1KM1A 3LV6A 3TAKA 3O15A 3MP5A 3USBA 3PS7A 3ZWTA 2NUYA 4WX2A 1QAPA 2TRSA 3LHYA 3MYPA 1OK6A 4EOUA 2WO5A 1I2NA 2WSRA 3T55A 1L9WA 3M41A 2CLLA 3BO9A 1U83A 5EYWA 1Z48A 4HIBA 3OA3A 2DJXA 3NL2A 4MY1A 3TXZA 3N2XA 1X8FA 1LDCA 3W70A 1Q6OA 4DO4A 3NQFA 1XBZA 3L67A 5AHMA 2X30A 5CZ0A 3QYQA 3M5VA 3MP4A 3LCIA 1CW2A 4L4LA 1W3TA 3NL6A 1QOQA 3GB6A 4MZYA 4JYEA 5D04C 3PWAA 1TO3A 1NFBA 6TIMA 4RLIA 3O6CA 3O63A 2NXIA 3GXPA 5D33A 3EB2A 5I3FA 4LNYA 1H62A 2CZFA 2A0NA 4GBUA 5U4NA 1K7XA 4N9CA 1NAL1 5EY5A 4QM1A 1Q6LA 1EUNA 3WK2A 4GUFA 1YXCA 4JIPA 3QZEA 4O8RA 1JQVA 5AYZA 5K7JA 3K30A 3MI2A 1FCUA 3KFTA 4K8EA 1VS1A 1WAUA 4H4IA 4H3DA 3FIGA 4E2DA 1XM3A 1WDWA 4JTSA 4D2JA 1WOBA 3BK0A 1IXNA 3LHVA 4Z1CA 2NWSA 3C2FA 3MHGA 2YCEA 3VKJA 3TDFA 4IMGA 1JRBA 2EF9A 3DU0A 4LU0A 2Q8ZA 3HG2A 4A29A 3W2MA 3IIXA 3E12A 5AHEA 4Z08A 3AO0A 2E77A 1ZFJA 4JIQA 2B0MA 2H8ZA 3M5XA 2B7PA 2A85A 1QPOA 1KFKA 3DENA 3TW6A 3LCXA 4WQ6A 2J9YA 3NM1A 1T0OA 3W2KA 2JKAA 4TU1A 1B4EA 2A6NA 1R2TA 1OJXA 2OT0A 1H7WA 5MHBA 2BSLA 4YMZA 3KRZA 3W22A 1TPFA 2RDWA 4JTHA 1PL9A 4HSNA 1JUKA 2YW3A 2ZRWA 1SW3A 3FOKA 3LCFA 1ZNNA 1YTEA 2ZRUA 5AC6A 3NR0A 5D2XA 2FDSA 1H7NA 2A2IA 3L2IA 1MSSA 4NX0A 3T4CA 4IX0A 4AF0A 5AN7A 1JUBA 1LOSA 4RR4A 4CLMA 1FY6A 3W7KA 1G7VA 3B03A 2ZA2A 5L6UA 2FB3A 4RZ4A 1UJPA 2Y7GA 3IIVA 2VENA 1TREA 2X1TA 5LNWA 3TC7A 3W7PA 2A6LA 2H8XA 2ZZ4A 1LRQA 3NQGA 3VFLA 3EX4A 3G8RA 2NX1A 3HF3A 2VFEA 2O7SA 4Z0SA 4Q32A 3R12A 4DXVA 1I4NA 4EF9A 3G1AA 3HBLA 1TMHA 1VZWA 3DFNA 3OG3A 2FLIA 1G4PA 4P61A 1GJPA 1XCFA 1LOLA 4HN4A 3P8IA 1LORA 5F2IA 4AWSA 3UWYA 2F7FA 1W5MA 1R30A 3OBKA 2JBMA 1K03A 2E1DA 1KLZA 4UIOA 5GVJA 1TCDA 3W7RA 1O94A 4AF0B 1EB3A 1NSJA 3DGRA 4E2BA 1JVNA 2CLEA 3CEUA 2Y85A 1Q6QA 1K3UA 3N3MA 3TQKA 3TKFA 2RDTA 1MO0A 1GYNA 1RQBA 3GR7A 5D2WA 2R91A 3GX9A 3G1SA 4GE8A 4MY8A 5CZSA 3PC0A 3P7YA 4MZ1A 3IVSA 1G69A 1TRIA 3NDOA 2VEKA 4U4MA 3A21A 3W3OA 5HJLA 3F4WA 5G4EA 4N6FA 1G6CA 1KFJA 3DI1A 2E09A 4I7VA 3TSBA 3S5ZA 3HQ1A 2DZXA 3ABOA 1QR7A 3GAKA 3GYEA 4CNPA 1RD5A 1GEQA 4N6EA 3LTPA 2GJLA 1HL2A 5BW6A 2JKPA 5FF4A 3O6YX 2FIQA 3GDLA 2VFFA 3M5YA 4DF2A 3CIXA 3TROA 2DZVA 2NLIA 1AMKA 3IGSA 3ATZA 2ZZ6A 3JR2A 2O7QA 3C61A 1SSDA 2XN1A 1Z42A 2RH9A 2I9EA 1K8XA 2Y7FA 3TW7A 4TR9A 1NEYA 4EVZA 1IXPA 1XUZA 1JULA 4POCA 4J9JA 4AEOA 3E0IA 3MW7A 1FWSA 4DPQA 1W56A 1LM1A 4YCPA 1XI3A 1H50A 4NJHA 3LBMA 2WV8A 1ZAHA 2GQ8A 4O1CA 1GVFA 4K8HA 4OT7A 3D0CA 1BTMA 5FESA 1D9EA 3MI3A 4NU7A 1TJRA 5E0KA 2C14A 3W7NA 2B7QA 5G4WA 3W1NA 3NGJA 3QW4B 4IJBA 1K02A 4LRSA 3RU6A 4K39A 4LS0A 2E68A 4NVTA 4UCGA 1X1ZA 3W2UA 3UXAA 4IX2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4Z1D A;  1WXJ A;  4UUI A;  5D9O A;  5BYW A;  1PKY A;  3FA5 A;  2Y1H A;  4RZ5 A;  2XM2 A;  4L65 A;  3WEZ A;  4C91 A;  1BXN A;  1JPK A;  2DGA A;  2OX4 A;  4PL1 A;  4QGC A;  4YWS A;  3B8I A;  3V3W A;  2X16 A;  3UJ2 A;  1ITQ A;  5IBX A;  3GC5 A;  5C2G A;  1FX6 A;  4WZH A;  2YFO A;  2GUU A;  3AYT A;  3GW0 A;  1JXK A;  3ZM8 A;  4F66 A;  1GOK A;  3D5H A;  1XLJ A;  4AC7 C;  4DVO A;  2WVV B;  4PCS A;  1B0I A;  1KTC A;  3WJS A;  2PRL A;  4LY4 A;  1B3X A;  3PVF A;  2Q3R A;  3N2M A;  2JIE A;  2ZID A;  4C6B A;  1BPL B;  4L56 A;  1A3X A;  4C60 A;  1LT7 A;  2R1N A;  5IBX C;  3THC A;  3IGU A;  4O0K A;  4KGJ A;  2HXT A;  3W4R A;  2UY3 A;  1O95 A;  2DY3 A;  2HSA A;  2EG8 A;  3CHF A;  1CGY A;  1YDO A;  2FMN A;  1A5S A;  2WMJ A;  3GQY A;  3NQ8 A;  2PDG A;  2EPM X;  4FF5 A;  4Y96 A;  4ECL A;  3NQD A;  2TAA A;  3TP4 A;  1DWG M;  2O9P A;  2DT1 A;  4NP7 A;  2NUW A;  4K7V A;  2VEM A;  1ALD A;  5I78 A;  1BF6 A;  3L9C A;  1S3T C;  5D05 A;  3T0C A;  2R1L A;  4GIS A;  4XBJ A;  2ESC A;  1ZBV A;  1DV7 A;  1GKP A;  1B9B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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