4IMDA

Crystal structure of pasteurella multocida n-acetyl-d-neuraminic acid lyase trapped with pyruvate covalently bound through a schiff base to lys164
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
292
structure length
291
Chain Sequence
KNLKGIFSALLVSFNADGSINEKGLRQIVRYNIDKMKVDGLYVGGSTGENFMLSTEEKKEIFRIAKDEAKDEIALIAQVGSVNLQEAIELGKYATELGYDSLSAVTPFYYKFSFPEIKHYYDSIIEATGNYMIVYSIPFLTGVNIGVEQFGELYKNPKVLGVFTAGDFYLLERLKKAYPNHLIWAGFDEMMLPAASLGVDGAIGSTFNVNGVRARQIFELTQAGKLKEALEIQHVTNDLIEGILANGLYLTIKELLKLDGVEAGYCREPMTKELSSEKVAFAKELKAKYLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Pasteurella multocida subsp. gallicida
publication title Structural Basis for Substrate Specificity and Mechanism of N-Acetyl-d-neuraminic Acid Lyase from Pasteurella multocida.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
total genus 118
structure length 291
sequence length 292
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2013-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4imdA00
1LOLA 3SR7A 3W1UA 4YCOA 3KAOA 4HN4A 3W7CA 2Y7GA 1XDMA 1WBJA 4FX7A 3W7KA 3B0UX 4BF9A 5FEZA 4DO5A 1I2NA 4TIMA 1OX4A 3HQ1A 2B4GA 2EPHA 4Y9AA 5I3GA 2H8ZA 1SZFA 1XL9A 3GVGA 3KRZA 4UTJA 2TSYA 4RX0A 1KM4A 4Y96A 2QCDA 2CZDA 2EF9A 2QCMA 4O18A 1RZMA 1LORA 3GR7A 4PA8A 1KFBA 4XBSA 5DN1A 1S5WA 4Y6GA 1YTEA 3W7RA 3H53A 4JTUA 3GR8A 1L9WA 3PBUA 1J5TA 4MLRA 3L65A 3TFCA 3EEGA 3NR0A 2CLHA 3TV8A 3PUDA 4M7TA 5HR6A 1FY6A 4NVTA 4Z0SA 3B0VC 3P60A 2CLFA 3OG3A 4MZ1A 2V81A 3QPYA 1LLWA 4JTFA 2TPSA 3GDRA 5F1UA 2J27A 1MXSA 3MO7A 1JVNA 3BPWA 1C9DA 3A23A 2C13A 1KM1A 4GUGA 1D9EA 2VFFA 1TRDA 2QJHA 5CPMA 3OA3A 3IIVA 3H54A 4K37A 2QCEA 4HKPA 3FA5A 4AVFA 3QSRA 3TA6A 4N9EA 4UFJA 2B7NA 4M6VA 1ZFJA 4RCXA 3W88A 1W1ZA 2A5HA 5LNSA 2OCZA 2P10A 1R2TA 3CTLA 4NXSA 4CCEA 3TFXA 3IIPA 2G96A 3LCGA 4R33A 3NQMA 4O1DA 4DF1A 4JTGA 4PODA 3STFA 4DF0A 5HINA 2TMDA 1MEWA 1GVRA 4W9TA 1SO6A 1FDYA 4UC5A 3QJAA 3P67A 3TQVA 3K30A 2VC6A 3G8RA 1B3OA 4N02A 1SU5A 4BWLA 1LP6A 4N9DA 2JKAA 1W5QA 3M41A 3ANYA 4KFNA 3TMLA 3NQAA 2ZZ7A 3HPXA 1SR9A 4K8HA 1H7NA 2GQ9A 3NEVA 1W5MA 5CKSA 5KZEA 5FEXA 3BLIA 4WY0A 2V5LA 1XUUA 1TTIA 3NO5A 1R2RA 3UNDA 1LOSA 3BV4A 3UPWA 1NF0A 1PV8A 4WQ6A 1TPH1 1RR2A 1W3TA 1WV2A 4GBUA 3TAOA 2NUWA 1QWGA 2VFIA 2VEKA 5AHIA 3WJYA 1D3GA 5FI8A 3DFNA 3WK0A 1FXQA 2A6NA 3P82A 4LW7A 3SSJA 5D2WA 2FB3A 4ZZ9A 2TYSA 1EUAA 3ZWSA 4TX9A 1LLZA 1ZHAA 4CNNA 1P0NA 1ZCOA 4AH7A 3HBLA 5F4WA 1QPNA 5HWMA 3B8DA 1EPXA 1LROA 1FDZA 2CZEA 1FCQA 4LVFA 1JUEA 3TC6A 2DZVA 1XFBA 1RPXA 1XBZA 2P0OA 4C1LA 3G0UA 1A53A 4BK9A 2A0NA 1F76A 1DVJA 2Y7DA 3O63A 4UNLA 3TQ0A 1P4CA 2A85A 1B4EA 1K7EA 5AHLA 5FF7A 3AJXA 1S5TA 4JX4A 3BG5A 5C5YA 3MI2A 3W7EA 3TSDA 2CLIA 4O4WA 2FFCA 3O15A 1MZHA 2E77A 3NA8A 4M19A 2YW3A 5SWUA 2WOQA 3UWQA 3W1PA 3TROA 3PUOA 3MHUA 3G1DA 3PB0A 3DI0A 4XTIA 4CQ8A 4N2YA 2NV1A 1GZGA 2RDTA 3LERA 1IXOA 3IGSA 1Q6QA 4UTIA 1OK6A 1ZNNA 4JY9A 3TK7A 3W7DA 3WJSA 4RV8A 3UZ5A 2D73A 2G97A 4JYDA 1KFCA 4JX6A 1MO0A 1WX0A 1TPDA 4O13A 2YFNA 4LVAA 4LOCA 3GK0A 3N9RA 2XN1A 4AF0A 1X7FA 3UPBA 3G22A 2JGYA 1IXPA 3T44A 3M47A 3QW3A 3U6WA 1I2RA 3IGUA 4RXFA 1UASA 3HGRA 3DKJA 4LRTA 3QC3A 3ATYA 3W9ZA 3M43A 2YDAA 4FO4A 1DKWA 2VKZG 3LHVA 4S1FA 5BMWA 3F1QA 1JCXA 4IMGA 4RKAA 5LZLA 3SIZA 2Y70A 5DBTA 4UFHA 1U5JA 4HHPA 3M44A 1I4NA 3G24A 4N6FA 1TYGA 1A50A 2V8ZA 2NZLA 4JIPA 1YDOA 3MMTA 2WQPA 1VYSX 5CSSA 1ZALA 4RZ6A 3C8FA 1S3HA 1SW3A 5HMSA 4IOTA 4CLMA 5K4XA 1TO3A 4LVDA 2BXVA 1UCWA 1KM2A 3CT7A 5D03A 3ABOA 4UR8A 1FWRA 4A3UA 4FNPA 4ONVA 4RZ5A 1SO4A 2Y7FA 3N73A 5E1QA 3LHZA 3OEXA 1GVSA 1K3UA 2HTMA 1JCLA 4ZQCA 4POCA 2Y61A 1G4SA 3W1RA 3PAJA 3MHFA 2JK2A 4JD4A 3EWZA 3GDLA 1UUMA 5CGQA 1X1OA 3W1QA 5K2ZA 4MIMA 4BI5A 4FXRA 3P5ZA 3LRMA 1FQ0A 1FX6A 3LB0A 2V2DA 3ZR4A 3ZFHA 1QPOA 1UJPA 3H55A 1S5VA 1JJKA 3L5LA 3S9YA 2WNZA 3C2EA 2CZ5A 5D2YA 4QISA 4FIRA 1W0MA 3UQNA 1ME9A 1YDVA 1X8FA 4PL2A 4JTIA 2HS6A 2QCGA 3BK0A 2E6DA 1WQ5A 3CEUA 2NUXA 1TIMA 4JS3A 1R30A 4LC8A 4R7JA 3G18A 3W75A 2KZHA 1AW5A 2WKJA 5K9CA 2V30A 3ABRA 3O16A 4Y8FA 2PURA 3O05A 1YTDA 3UWZA 1PS9A 2J88A 3C3NA 3W7GA 4LS1A 3W23A 1TSIA 1YPFA 2RDUA 5J5RA 1P1XA 3EWXA 5DBUA 3W76A 1IGSA 2PC4A 3GZ3A 1PCKA 3LXCA 4O1AA 1G4EA 3UD6A 2X1RA 1KM3A 2BLEA 2NLIA 2CLOA 1OX6A 3MI3A 1B57A 1ONRA 1KFJA 4GUHA 4MJMA 4JTEA 4FNTA 2QCLA 4JIQA 2ZFAA 5G2WA 3N14A 3MBFA 5AYZA 4JTHA 3FKRA 1TPUA 4XUGA 1A5SA 5HQEA 3W1XA 1F05A 5HULA 3ELFA 2PRMA 3W83A 4O54A 1W5OA 3LHTA 1R46A 1VLWA 1O5KA 3B03A 3CQ0A 3CM4A 3EWBX 4GXMA 1TPEA 4Z1AA 5HR7A 1VHNA 5HJLA 5G2HA 1A5AA 2A4AA 3TMQA 1W31A 5I3FA 1K7FA 3NM3A 1VRDA 1ICQA 4D2JA 2OT1A 2BTMA 3STEA 2YX0A 4RR4A 1B9BA 4NNCA 4HSNA 3L21A 2Y63A 5LGXA 1C29A 3BW2A 2ZZ1A 3O6DA 3QSTA 2PCQA 1E51A 1LOQA 1YDNA 2JGQA 2Z6IA 3W3OA 2A7RA 2V2HA 1H60A 3WK2A 4I9AA 3L0GA 4YMZA 3FEMA 2G95A 1G6CA 3MJYA 3IIOA 1G7UA 3W07A 3NL2A 2CLMA 4H6KA 2C0AA 4KKXA 3EX3A 3GDTA 5CG7A 1TTPA 1LTDA 2ZTJA 3KX6A 3L5AA 3NNTA 4HPJA 4UTWC 3C2RA 4L4MA 4E2BA 4WXZA 1TV8A 1JCNA 1OX5A 3S5ZA 1VCFA 3GYEA 4NT0A 5EYWA 4XWUA 3YPIA 2YYTA 4UIOA 2DZSA 3QM3A 3Q94A 5D02A 1SW0A 3M1ZA 4ZQOA 3BGJA 4DBEA 3MWAA 4IJBA 3FYPA 1RQEA 2CLKA 1OF8A 1IXQA 1R2SA 4MVAA 4UNKA 2O7QA 3UWUA 5IM51 4X2RA 2CWNA 3PM6A 5HWJA 2BSLA 3W1NA 2X2GA 2VEPA 3HG2A 1PIIA 1VPXA 3U8GA 3LRKA 2G5WA 4BI7A 5FF4A 4JGDA 1ME7A 4ZQNA 1DV7A 1MEHA 1XBXA 2FB2A 3IVUA 4O19A 4NZFA 4MFDA 3MI6A 4FNQA 4YCPA 2CW6A 1GPWA 1X1ZA 2VELA 3DHFA 3FLUA 4NZJA 3P8JA 4S2BA 3S5NA 5KMYA 4A22A 1W8SA 3QQ1A 3W7OA 1AG1O 1KW1A 2Y62A 5D33A 2ATMA 4UXDA 1YLVA 4N6EA 3TW7A 3EX4A 3TUUA 3TSMA 2Y7EA 2YYUA 3HPSA 3HGJA 1KFLA 1I2QA 3L0KA 2YZRA 2DJLA 4DEFA 1PL9A 2ISSA 1BTMA 1XM3A 2ZRVA 4EWND 2EKCA 2YW4A 4N9BA 4X3ZA 4FXSA 4LY8A 3W2KA 1GQNA 1WAUA 1TCDA 3WJXA 3TU9A 5G2IA 1KTNA 5G4EA 1EIXA 3G1HA 2HS8A 2C15A 5LHFA 5AC6A 3LTPA 4XZ9A 3P80A 3LHUA 1OABA 1V7YA 5K3VA 5BMXA 2A6LA 4RXGA 1JUKA 4O0ZA 3W84A 5BW6A 3SZ8A 3C2VA 4OWGA 3S8HA 2AQWA 3W70A 4K39A 4MFEA 5LNVA 1EX5A 3PWAA 4GNJA 1AMKA 2J6XA 2VENA 2VXNA 3GDMA 1LRQA 2YCEA 2FQIA 3W7PA 2NXGA 1SO5A 1LRTA 5D05A 1FXPA 2PRHA 5K9XA 1VZWA 3GIYA 4IX0A 4O4VA 3G1AA 3NPVA 4OV9A 2CFFA 4M6PA 4O28A 3LLDA 3MBDA 3I68A 1KFKA 1UBSA 4N9CA 4IGHA 5K7JA 3GXNA 3N34A 2P1FA 2DZTA 3M5YA 2ZQ0A 2A7NA 4FX8A 3VI2A 2JKEA 4JYFA 5AYXA 4U4MA 3T55A 2E5BA 5F4SA 1NSJA 1JCYA 1XBVA 1SFLA 1ZAIA 3KHJA 4RLIA 2ZZ6A 1AL8A 2C3ZA 1F2JA 1SFJA 2XN2A 5HWNA 1EP3A 3PS7A 1W37A 4RJEA 5EY5A 4WJEA 3E02A 5D2VA 4UFIA 1I8JA 3W7NA 4GC4A 4IXXA 5LNWA 2B7QA 1F74A 1FUYA 3LBCA 4NJIA 4FNSA 3LI1A 3W1LA 4DPQA 2IQTA 3PSWA 4RZ4A 3UWVA 5LHEA 3GX9A 5CZSA 4OT7A 5CPOA 2B7PA 1W56A 2FTPA 3LTYA 1HFBA 1SO3A 1K7XA 1QO2A 5DXYA 1OK4A 2ZRUA 2B7OA 4K6AA 3BGGA 3GNNA 5CZJA 1M7OA 3FIGA 3RMJA 3DFOA 3EX1A 3LCXA 3FS2A 1LRNA 3CC1A 4LV9A 3STGA 2Y88A 4Y90A 4ZQRA 3DBPA 1BEUA 4WZHA 1EP1A 2CU0A 1QAPA 4BFAA 3PB2A 4RK8A 1VGAA 4WD0A 1D3HA 1FBAA 3G0SA 3LV5A 4NNAA 1SW7A 3CHVA 4CCCA 2NX3A 1OFAA 2FPVA 1P5BA 3A5VA 5T26A 1G7VA 1FDJA 3RLUA 2A1YA 1P0KA 3C6CA 3VE7A 3UWYA 5F2MA 3NZ1A 4MYAA 3M0ZA 1DBTA 1JR1A 4AWTA 1EUNA 3QYQA 3NPWA 3CWNA 4EF9A 3P81A 3W7QA 3HB9A 3R2GA 4LU0A 1KV8A 3NPUA 1F5ZA 1JCJA 1H7WA 1Z48A 2EGZA 3CPRA 3GDKA 5KSWA 5DCEA 3DI1A 3IIZA 3LHYA 3IVTA 2BWGA 2WPBA 3QH2A 5ABTA 3L9CA 4NJJA 3RFAA 3DU0A 3TAKA 3EWUA 4HIBA 1H63A 1GG1A 4JDYA 1TPFA 2CLLA 3HMJG 3PC0A 2QJGA 3LM7A 3Q2DA 3Q58A 3L2IA 2VFDA 3QMRA 4IMEA 1YYAA 3UY7A 3SY5A 1VQTA 5FF0A 4OGZA 2C1HA 1DJNA 3R13A 1GTEA 5I3KA 5D09A 4O10A 4R34A 3PG9A 4LVBA 2LLEA 5LGZA 4Z1CA 1IIGA 3CB8A 3NQEA 5EA9A 3BLFA 3WK1A 5J5DA 1OJXA 1TPB1 4HNVA 4JX5A 3TH6A 5CSRA 1KLZA 4Q4KA 4EIVA 1HTIA 3W7LA 1KM0A 4E38A 3PVFA 5DLCA 5C2XA 4UTMA 2DP3A 2GVJA 4MY1A 5LSMA 1IF2A 1LYXA 1T0OA 5F2GA 4Q32A 5D04C 1L6YA 4UR7A 5C55A 4JTJA 1ZAJA 1K8XA 1U83A 3MYPA 3NXFA 1YTKA 1Z42A 2Q8ZA 4JDBA 3DFTA 1MSSA 4NJGA 4AXKA 1I2OA 4NJHA 1QFEA 2NX1A 3W6YA 1RQHA 3LLFA 1DORA 3O8AA 3PSVA 1I45A 3P5YA 3P8IA 3VE9A 3THAA 3W2JA 4UUIA 2A7PA 2F84A 4TMBA 2WNQA 1KM5A 2V2CA 3IGXA 3M9YA 2RFGA 4TMCA 3NVTA 3STCA 1HO4A 4MYXA 1B4KA 2I1OA 3NOEA 1OF6A 1SSDA 3W1MA 1TQJA 5LNUA 4NU7A 1OHLA 5F4XA 1GWJA 4A29A 2E5CA 3N9SA 3NQ6A 4FF7A 3ATZA 4XKYB 2DZXA 3M5ZA 3BW4A 1PHWA 2QCFA 4GFSA 2Q3RA 8TIMA 3LCHA 1UB3A 4ORIA 4KWWA 1PVNA 1Q6RA 4I7VA 3L67A 3HOJA 1CW2A 1NF7A 4UTTC 3HO8A 3VNDA 1SZGA 4AWSA 4ZVJA 1DHPA 4MZYA 1VCVA 3LXBA 3P84A 3DENA 5EMUA 1ADOA 2DJXA 2OZ0A 3KOFA 3JRKA 2QDGA 1H61A 1SZNA 3LGEA 2ZRYA 2F7FA 3JR2A 1EA0A 5FF2A 4XKYA 3OVQA 4QNWA 3I7QA 3SECA 2GVLA 4QIUA 4UTWA 3G3DA 4LUJA 4O0KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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