4IMGA

Crystal structure of pasteurella multocida n-acetyl-d-neuraminic acid lyase k164 mutant complexed with n-glycolylneuraminic acid
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
MKNLKGIFSALLVSFNADGSINEKGLRQIVRYNIDKMKVDGLYVGGSTGENFMLSTEEKKEIFRIAKDEAKDEIALIAQVGSVNLQEAIELGKYATELGYDSLSAVTPFYYKFSFPEIKHYYDSIIEATGNYMIVYSIPFLTGVNIGVEQFGELYKNPKVLGVAFTAGDFYLLERLKKAYPNHLIWAGFDEMMLPAASLGVDGAIGSTFNVNGVRARQIFELTQAGKLKEALEIQHVTNDLIEGILANGLYLTIKELLKLDGVEAGYCREPMTKELSSEKVAFAKELKAKYLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for Substrate Specificity and Mechanism of N-Acetyl-d-neuraminic Acid Lyase from Pasteurella multocida.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
molecule tags Lyase
source organism Pasteurella multocida subsp. gallicida
total genus 123
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2013-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4imgA00
1Q6RA 4M7TA 4UR7A 3DHDA 3B0UX 4ZMGA 3ATZA 3ZR4A 1FX6A 4O50A 5I3JA 2ZZ5A 3W83A 1SUXA 3G3DA 1FQ0A 4O1AA 4KWVA 3UXAA 4JYDA 4XBSA 3NEVA 4UFJA 4LS1A 1ZNNA 4DF2A 3T78A 3TC6A 2Z1BA 1JCNA 5LKYA 2C3ZA 1LOSA 2OT0A 1MO0A 5TIMA 4Z1CA 4OBTA 2V5BA 2CLMA 5EY5A 4ZL1A 4UXDA 4DXVA 3GZ3A 5FEWA 2ZZ6A 1ME7A 2QCFA 3KAOA 4JTJA 5FEZA 5F2IA 4IJBA 5KINA 3ABRA 2B7PA 3B06A 2ZYFA 4PH6A 2WPBA 4O16A 3TW7A 3S5OA 2VC6A 3MP4A 2CLOA 1OG0A 1W3NA 3DFSA 3PG9A 3U6WA 2R94A 4O11A 3V75A 1WXJA 2QCDA 1IXQA 1XBZA 1OFAA 1O94A 1TRDA 5DXXA 2NX9A 3NQ2A 2FDSA 4FF7A 3IVSA 1WX0A 4H4IA 1I2QA 3HPZA 3LHYA 5CZTA 4UTIA 3M1ZA 4DBEA 1GYNA 3TSMA 1YPFA 1SU5A 1P0KA 4FNRA 1Q6QA 3BW3A 2V9DA 4ADTA 3B8DA 2VELA 3L9CA 4GUGA 2I9EA 4ADUA 1LZOA 4UTJA 1H63A 3EX4A 2V5LA 1PHWA 2B7NA 4K7YA 3KVKA 4GC4A 5HR6A 3HF3A 5EYWA 3H54A 4M6QA 2FQIA 1KV5A 2ZRYA 3LCLA 3VE7A 1TB3A 3E02A 3NXFA 1YXDA 3S5ZA 4I7UA 4X9SA 4E0CA 1GG1A 4LT9A 5AB3A 2E5DA 1VHNA 4O0KA 1H7RA 4MLJA 3W1PA 2RDWA 3LCXA 4RKAA 3E9AA 3I7RA 3OVQA 3PC0A 2VEMA 1GTEA 4A2SA 2BWGA 3S0CA 3DGRA 3CWNA 3MMTA 2RH9A 2TYSA 3BK0A 3NQ8A 3FKKA 1TPB1 2HS8A 2C1HA 3QC3A 1EWDA 2BLEA 2ZCGA 4KWWA 1KLZA 3W7RA 2CW6A 3NPUA 1YPIA 3QZEA 4QNEA 1H60A 4N9DA 1VZWA 2RFGA 1TREA 4XQ6A 2Q8ZA 3G1DA 3W88A 3R5EA 3W7JA 3NGJA 3T7VA 4O15A 3FIGA 4X2RA 5HMSA 3LHWA 4DBDA 4G1KA 3LCHA 3P84A 2Z6JA 4K6AA 3P8JA 4JDYA 4NNCA 4JS3A 2X16A 1GJPA 3W1XA 3MHUA 1YDOA 4NVTA 3O07A 3NL3A 3OVPA 1ICQA 4GXMA 3WK0A 3S1UA 1W3IA 2A4AA 4MY9A 4GE8A 3BW2A 2GQAA 4R53A 1W5PA 1FCQA 1KBJA 2ZDRA 1TPDA 1YYAA 4LVDA 4WJEA 3OBKA 1HUVA 3TX9A 4CNOA 4N2YA 3KRZA 3LOTA 4E2DA 1GT8A 5C54A 2YDAA 3GNNA 3C52A 2E77A 1ZHAA 2W0UA 3W7QA 5F4XA 3W70A 2A2IA 1U83A 3EX2A 5EKYA 1H7OA 3NQCA 4UMCA 4TX9A 2QJGA 3M9YA 2QCMA 4O0ZA 4BK9A 3S1XA 3HOJA 1K7FA 2C13A 3QSRA 4AF0B 3N14A 4HN4A 1Q6OA 1AW5A 5EBUA 3TXVA 4Y90A 1Z48A 3CT7A 5KZMA 3MYPA 5DCBA 2Y63A 3T40A 4ORIA 5KSWA 1TPC1 4M7SA 1IXPA 3GDLA 3A22A 1OX4B 1FBAA 1S5WA 2VXNA 4PTNA 3LDVA 5D2VA 6TIMA 1JCJA 5LNUA 5EA9A 3QPZA 3O6YX 5E0KA 3ZWSA 1F2JA 1LORA 2G97A 1C8VA 1TQJA 1LBMA 2Y6ZA 1W8SA 1DHPA 3I65A 1I2OA 3TC7A 1KM2A 1R2TA 1W56A 1EP2A 5LNVA 5AHMA 4N6FA 3M0ZA 1HO4A 1VRDA 1KFLA 2A7PA 1JRCA 2NUXA 2FPTA 4KFPA 4N4PA 4QSHA 3WJSA 2GQ9A 3L0KA 1V5XA 1NEYA 3P5ZA 3DKJA 3W7PA 1TJPA 2H6RA 5G2WA 4MY1A 5FF0A 3NNTA 4UR8A 1TTQA 4W9TA 1QDSA 3G1AA 3I7QA 1MEHA 3CU2A 3STFA 2VFEA 3GKAA 3R2GA 4MYXA 3CHVA 3BG5A 2AQWA 4UTUA 1QPOA 4UFKA 4CQ8A 1CW2A 1W31A 5MHBA 3HG2A 2ZA1A 5KTLA 4UFHA 1T0OA 2TMDA 5CZ0A 4ALDA 3P81A 3HIJA 4YLWA 4LRSA 2ABBA 3QF0A 3L68A 2A5HA 5C55A 5DXYA 1K03A 3C6CA 1I2NA 3PBWA 3RF9A 4JTHA 4X3ZA 3EXRA 6ALDA 3UWYA 3PUDA 1TSIA 1G4PA 2OCZA 3NYZA 4RX0A 1GZGA 1KLYA 2NV2A 4S2BA 5FF3A 1RQBA 4AWSA 1XBYA 4NJHA 3NG3A 2V82A 4OU1A 5AHNA 4K7VA 1BKSA 5U4NA 1XC4A 3PS7A 2QCDB 4MPQA 1GVQA 1ME9A 3AO0A 3CIWA 4YL2A 4WY0F 4UTMA 3NL2A 1PVNA 1B9BA 3GYEA 4O1CA 1QNVA 2H3DA 4O57A 3NR0A 4BF9A 3M43A 5DCDA 1JUKA 2C15A 4IUOA 1OFEA 1WDWA 5F1UA 5U7SA 1K8XA 2GOUA 1H5YA 3O06A 1VYRA 4AAJA 3GKFA 1OABA 4Y8FA 2ISWA 3UQNA 3DAQA 2BZNA 2ZZ1A 3PF3A 4A22A 5AFDA 2E6FA 1DJNA 2V0TA 3SSJA 4C1LA 2J24A 3BV4A 1S5VA 2JKPA 1CI1A 1HG3A 1L2UA 4Y9AA 2JBMA 3N19B 1GVOA 5AOUA 5H2ZA 3NM1A 3UXDA 3PUEA 3GR8A 3DXIA 3EWWA 3LB0A 1LYXA 2YW3A 4I9AA 1EEPA 2PRLA 3VNDA 3BW4A 1AK5A 3ABQA 1N8FA 1WYIA 1G4TA 3NM3A 3GLCA 3LCGA 3SECA 3IGXA 3DI1A 3DENA 3W7IA 2NXGA 1G4EA 3O1NA 5BW6A 4Z1BA 3IIPA 1KFEA 1H7XA 2XFWA 1XL9A 3BG9A 4MY8A 3W1UA 1G4SA 3ABOA 1SZNA 4K36A 4Z0JA 4UNLA 4LOCA 2PRMA 4DO6A 1LRTA 1F7BA 3M44A 2ZBTA 1JRBA 3W2UA 4JTFA 1IXOA 4HT3A 3DZ1A 1J2WA 2X1UA 1QPQA 4UC5A 1YADA 4MFDA 5K4XA 5K7JA 1SFLA 3VI2A 2F84A 1P0NA 5AYZA 4CCDA 3IV3A 3S8HA 3LX9A 5AYYA 1FDJA 2TSYA 3G1XA 1UUOA 4RCXA 5HWMA 2J27A 3GDTA 1F05A 3W1TA 5G2IA 2VENA 1SSDA 4XBKA 4TIMA 1PHQA 3W9ZA 1F73A 2FFCA 3CM4A 3W7OA 2FLIA 3BPWA 3DHFA 5LNSA 1O5KA 4I7VA 3QW3A 2C19A 1DVJA 4PL1A 1IXNA 3GIYA 4FNPA 1Z42A 3W1RA 8TIMA 1N55A 1DV7A 2E1DA 1EX5A 2C16A 2DORA 3G0XA 2J9XA 1OFDA 3W1MA 2A6NA 1RR2A 2ATMA 4FNQA 2ZZ2A 5DBUA 1SZFA 2WV8A 4EOUA 1PV8A 1EA0A 2HSAA 3MJYA 3H53A 5HQEA 5F2LA 2FIQA 1SSGA 4BI7A 4S1FA 3QM3A 3QQ0A 4JTKA 3LRLA 2E5BA 4K8EA 4E38A 4BWLC 1DORA 3P61A 2H8ZA 5AC8A 1VCVA 1X6UA 5DBTA 5T26A 4DO4A 4O19A 5DLCA 3W7NA 4M6PA 1WAUA 2AGKA 5CG7A 3C0JA 1YDVA 3THAA 4JX4A 3HGRA 2NWSA 5I3FA 1FWSA 2QUVA 3NQ7A 2WOQA 3N9SA 5LHEA 1A5SA 3SIZA 1JUBA 1QO5A 2Z6IA 1HO1A 3KVMA 1TPVA 2QDGA 5D2XA 3W86A 1UJPA 1ALDA 4DELA 1ONRA 1R2SA 3W76A 3GAKA 3PY2A 3FJ6A 4HIBA 3ATYA 1NFBA 3B0VC 4NJJA 4R7JA 5F1VA 1TTPA 2D73A 1THFD 3V1PA 5IM51 5IBXC 3R12A 5AN7A 3UWWA 1FWTA 1OK6A 3L65A 4TMBA 2DZVA 1EUNA 2DP3A 3PM6A 5HNRA 3U2OA 1WBJA 4GBUA 3MWAA 4Z1AA 1W54A 4K38A 1AL8A 1RV8A 2CLEA 2YZRA 3QMTA 1SW0A 4N9EA 4RR4A 5LHFA 1H1ZA 4EF8A 1H62A 3M5XA 5FF7A 4WD0A 3JR2A 3EWYA 5AC7A 4HNTA 1VLIA 4TO8A 1PE1A 3CQ0A 1ZJIA 3SY5A 4PCFA 1WQ5A 2QAPA 5A5WA 4MFEA 3UZ5A 3A5FA 1TJRA 4LC6A 4JTIA 4NJIA 3SI9A 1X8FA 2AAMA 1O60A 1QFEA 1QO2A 4IPIA 1UASA 3IGUA 3EWUA 2NXIA 3MUXA 1VS1A 3M16A 1O5XA 1KM5A 3A9IA 4QNWA 3SGUA 4RK8A 1OF6A 3W2LA 4DO5A 2Y7GA 1SQ7A 3NO5A 5LNWA 2OJPA 1XXXA 1KTNA 1MEWA 4ZQCA 4MOZA 4BR1A 5AYXA 1AG1O 4JY9A 3TDFA 1M5WA 5G5IA 3P7YA 4O52A 3G1SA 2ZRUA 1GVSA 5D32A 2ZTJA 3I6RA 3N34A 4TU1A 4WUIA 2E09A 1OHLA 5EL1A 4WXZA 5HUPA 1TV5A 2WNZA 3QQ1A 1P4CA 1QPNA 4OT7A 1WBHA 4O10A 1SO3A 4MZ1A 4CCEA 4UTTC 3BG3A 1Y0EA 3NQGA 3LGEA 4HNVA 3P60A 1R2RA 1T96A 2RKXA 4UTWA 3L5MA 2DU2A 5K9XA 4NU7A 3NQ6A 3O15A 3G1YA 2YPIA 1ME8A 4X22A 1KV8A 3GB6A 3CLMA 1W3TA 4XZ9A 4PEKA 1W5NA 3TSBA 1FCUA 4GUFA 1KM4A 1LLWA 3IIOA 1LCOA 1TIMA 4OWGA 4PC8A 2RHGA 4NUWA 3TUUA 4CLMA 3GXPA 5CPNA 2VOMA 1I4NA 2FPVA 4LW7A 3S1VA 1HFBA 2ISSA 5HWJA 1JCMP 2B0MA 3LXAA 2OX1A 2ZA2A 2OT1A 4MYAA 3UY8A 4PODA 3NQAA 3MP5A 5HWNA 1TO3A 5I3IA 1SW3A 7TIMA 3S5NA 3M5ZA 4Q32A 3PB2A 4IX0A 2QCEA 4QITA 3UWQA 2VFDA 2GJLA 4IMEA 4JX6A 3P82A 1R46A 3C8FA 2YFNA 3DBPA 1H61A 3OHIA 3EB2A 4R33A 1LM1A 1OF8A 5TBOA 2DJXA 2GPTA 1K7XA 1YDNA 4O1BA 5CPMA 3C56A 4M5PA 3NA8A 5E93A 1LOQA 3LRKA 2YYUA 4FIRA 3UNDA 4BWLA 4FIQA 3P67A 2YXGA 3M5VA 4L4MA 2X1TA 2PCQA 1S3HA 3T44A 1F6KA 4JTEA 3IIZA 4Z1DA 1RPXA 1W0MA 3EX1A 1W37A 5AC6A 2ZRXA 3DFPA 3W7GA 1YXYA 2ZTKA 2VFGA 3RMJA 3QSTA 1GTHA 4MLRA 1NSJA 4NX5A 1EP3A 3PB0A 1XM3A 2XN1A 3TMQA 4K8HA 2DJLA 3EWXA 4A3UA 1VR6A 3WK3A 3C2RA 1SO5A 4LVAA 2CLKA 2X1SA 3B03A 1YTEA 1KFJA 3NPVA 3GVGA 1JR1A 4O18A 1UCWA 4K37A 4JTGA 3ANYA 3LHTA 3CWOX 1W5OA 4RZ6A 1G69A 3TKFA 3G22A 5KZDA 1OFQA 1FDYA 1GQNA 3W1LA 2V2CA 3Q2DA 3TQVA 2DZWA 1SR9A 2R14A 3RNDA 3NVTA 1TPEA 1Q3NA 3W72A 4CQ9A 1KFBA 3HQ1A 1QWGA 3W2JA 5A8GA 4NZFA 3W07A 1XBVA 5TQLA 1EUAA 1DJQA 3ZFHA 1FY6A 3NPWA 3R89A 2DZTA 5DY3A 4S2CA 3FYOA 3OIXA 1ZY9A 4IOTA 1QPRA 2Y7DA 3G3MA 1L6YA 3PVFA 1QR7A 4U28A 5L6UA 1A5CA 1SPQA 3GDRA 1TPUA 3CEPA 1MEIA 3RU6A 2Z0IA 1I45A 3JS3A 2I1OA 4NX0A 2ATSA 4H6KA 3CTLA 4GFSA 3WK1A 2WKJA 4AHOA 2LLEA 4N9CA 4DPPA 4FX7A 5C2XA 4BFAA 1VJIA 3TR2A 4AHQA 3W7CA 4QAIA 1EIXA 2I14A 3W71A 1DBTA 3W73A 1YXCA 1YTDA 3P5YA 3EWZA 3A23A 1RQHA 2QUTA 5EMUA 3FLUA 2J9YA 3M7WA 4KKXA 3LV5A 3KOFA 1ML1A 3HG4A 4GWEA 1TYGA 2Y85A 4RLIA 5KMYA 3N9RA 2GQ8A 3W1QA 4CNNA 2ZQ0A 1GOXA 1KTBA 4XTIA 1L9WA 1GPWA 2TPSA 4UFIA 4QM1A 1GEQA 2E68A 3JRKA 5FEXA 5LZLA 2QEZA 1TPH1 3A24A 4IWWA 2H8XA 3W1AA 3CC1A 4JTUA 1RD5A 2PC4A 2Y88A 4LV9A 2YYTA 1EB3A 3LRMA 5BMWA 3PG8A 4HSOA 4GUHA 1KM1A 1JUEA 2P0OA 3G0SA 2NV1A 5D38A 1C9DA 2FPYA 4LWWA 1VQTA 4LUIA 3TJXA 5K3VA 2A1YA 3TK7A 1LBLA 2GJNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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