4IOTA

High-resolution structure of triosephosphate isomerase from e. coli
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
MRHPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGVAGCAVAIAPPEMYIDMAKREAEGSHIMLGAQNVDLNLSGAFTGETSAAMLKDIGAQYIIIGHSERRTYHKESDELIAKKFAVLKEQGLTPVLCIGETEAENEAGKTEEVCARQIDAVLKTQGAAAFEGAVIAYEPVWAIGTGKSATPAQAQAVHKFIRDHIAKVDANIAEQVIIQYGGSVNASNAAELFAQPDIDGALVGGASLKADAFAVIVKAAEAAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
publication title Triosephosphate isomerase is a common crystallization contaminant of soluble His-tagged proteins produced in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 94
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2013-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4iotA00
1TMHA 3BW3A 1QFEA 3L0NA 4N6EA 5HR7A 1OFDA 4I7WA 4KFNA 3KRZA 4YCOA 4GUHA 3FOKA 5EL1A 3NM3A 3GX9A 3FKRA 1A5SA 1TPEA 2QF7A 3LBCA 2JBMA 1T0OA 4N4PA 4JY9A 4DEFA 4UMCA 4HHPA 1VZWA 3TU9A 2RKXA 2WSRA 4A22A 4DPQA 3IIZA 3LI1A 4E2BA 4HKPA 3SIZA 4OU1A 3S1VA 3C6CA 4AVFA 4GBUA 3FKKA 1LRNA 2WNNA 2YDAA 3LDVA 3W7DA 1OFOA 3EWXA 3W1LA 2VEPA 1O60A 5AHMA 1D9EA 1CI1A 4RCXA 3FYOA 4KFPA 1TTPA 3QMTA 3THAA 1HO4A 4L4MA 1TV7A 4NJKA 3TC7A 1XBYA 4MJMA 2LLEA 4AWTA 1ZY9A 4M6PA 2NUWA 2X30A 4GXMA 2YXGA 2JGQA 1GG1A 2FB3A 3NQ7A 4XBKA 4JX4A 2RDTA 4RV8A 1I2OA 2QUUA 4O28A 1KBJA 1GPWA 3GZ3A 4PL2A 4JYDA 4ADTA 1S5VA 3LCHA 2E6YA 2JK2A 3O05A 5LGXA 2WOQA 1LBMA 1TPUA 3OBKA 1VRDA 4JTTA 4JDYA 3W7JA 3W74A 3ZWTA 1GVFA 3MW7A 4G1KA 3QH2A 1DJNA 2HS6A 3NNTA 1G69A 4M19A 2Q3RA 3MUXA 5IBXC 2Z6JA 1N8FA 1KFKA 4R53A 4FXRA 4PC8A 4N9EA 5E0KA 4JYFA 4QM1A 4A2RA 1FDYA 1B4KA 3DFSA 3GR7A 2QUVA 3RLUA 2R14A 2F7FA 4UXDA 5AHLA 2B7OA 4PA8A 4O1DA 5HJLA 1XUZA 3TQ0A 4UFJA 4YL2A 3C0JA 4BI5A 3I7SA 3M0ZA 2X1RA 3DKJA 5C6MA 5U7SA 1Z48A 1YXYA 1V5XA 1YYAA 4JEQA 2Y62A 3EX4A 3UWWA 1UASA 1TTQA 4MVAA 3QMRA 4MPQA 3L5AA 3QC3A 3O15A 2WSYA 4LV4A 2G5WA 4NNAA 4U4MA 5AOUA 3INPA 5KZDA 2UV8G 1QR7A 3NGJA 1EP1A 2J9ZA 3O16A 3IVTA 1Q6RA 3C4UA 5LSMA 2J24A 2X2GA 1A50A 4ZQCA 3KVJA 3SJ3A 3FS2A 1ZFJA 4AMAA 1JUEA 4MY8A 1IXPA 1KFEA 3P61A 1C9DA 4JIPA 2ZRWA 5A5WA 1ZJIA 5U4NA 5I3HA 4QITA 4JNMA 1UCWA 2BSLA 1TB3A 3CEUA 3O6DA 1VCVA 2V5BA 2A1YA 2GUUA 1OX6A 3MI3A 2P1FA 1EUNA 4PODA 3RK8A 3NQAA 2VFGA 3M5VA 1FUYA 2IQTA 2Q8LA 3LTSA 3C2FA 4POCA 4O16A 3W86A 1H51A 4WZHA 5H2ZA 1JUKA 2BWGA 4NJGA 5LHFA 3G0SA 5BNKA 1TO3A 1SPQA 3V1PA 1NEYA 4HN4A 3HBLA 4ZMGA 2FFCA 3DU0A 2OMAA 3EXTA 5EPDA 4Q32A 4EIVA 2G97A 2ZZ6A 3QQ0A 2V81A 3N9SA 4UTIA 4CQAA 1YDNA 4N6FA 1SO4A 1KM0A 2CLLA 2NZLA 4LNYA 1LM1A 1FX6A 1THFD 4ZQOA 3EWBX 4XBSA 2WJZA 2P10A 3FYPA 4JTKA 3G3MA 5DXYA 5AB3A 2DZTA 4NX5A 2ZZ1A 2GQ8A 3R12A 3M41A 4RKAA 3ATZA 1S3HA 3DFNA 1MZHA 3TW6A 5I3FA 4A21A 4FNTA 1AL8A 3EWYA 4O54A 4A3UA 2QCHA 4YCPA 3MP5A 2B7QA 2B7PA 2FJKA 2Y7FA 5D2YA 3IIVA 1GJPA 2PURA 4BWLA 3NXFA 2HS8A 3ZWSA 5G1YA 1JQVA 3M16A 4TIMA 3W3OA 1GVRA 5K4ZA 1VQTA 1P5BA 3HQ1A 4PTNA 1H62A 3S1UA 3LBMA 1VLWA 2V8ZA 2A7PA 3MBDA 1ZNNA 3NOEA 2YFOA 3QW3A 4HNUA 3MI6A 4UFLA 3GAKA 4HT3A 1O4UA 3B03A 1IGSA 1QO5A 4GE8A 2FPVA 3N19B 1OFBA 3BV4A 4N9CA 3RLVA 3TSDA 4AWUA 5FF0A 4CQ9A 4UTWC 1SUXA 3EKLA 4UNKA 3TMLA 1X6UA 3W22A 2H3BA 3R13A 3SR7A 1SSDA 3KFTA 5K9XA 1MEIA 4JY8A 4UFHA 5AFDA 2TPSA 1XDLA 1FCBA 5D33A 1T96A 5AYXA 4Q33A 4A29A 2OX1A 3W73A 3TE9A 3TH6A 4NT0A 4QIUA 3NYZA 1KTCA 4O4WA 4X2RA 3W75A 3TXVA 4WOQA 4XKYB 1B9BA 1BKSA 2C19A 2RH9A 4LRTA 1HL2A 2V9DA 3P5YA 3W7HA 3W23A 2B4GA 3W2KA 4MOZA 4H3DA 1YTKA 2ISWA 3NL2A 4MY1A 2ZDRA 3NAVA 3KVLA 3BPWA 2C3ZA 3KVKA 1XFBA 3MHUA 4CCCA 5LKYA 4O50A 3IGUA 1JVNA 3W1NA 2H6RA 4IXXA 2Q3OA 5DCBA 3BVJA 3W6YA 1W3TA 3GXNA 4NVTA 3W84A 4RXFA 1WYIA 5G1TA 4HNTA 3G1HA 1DOSA 4JX6A 3T78A 3L66A 3WJYA 4YLWA 1ADOA 1ME7A 3FA5A 1YTEA 3DHFA 4IPIA 3W1TA 5AYZA 2DZVA 3W7NA 3HOJA 2C0AA 2AAMA 1TREA 1LORA 1KA9F 4AEOA 3SW6A 1KTBA 2CLFA 1H7OA 3N3MA 1W56A 4N9BA 3W7PA 3OVPA 3O07A 2DJXA 4WY0F 1T99A 3G1FA 4HSOA 1GYLA 1OX5A 5FF7A 1LBLA 3TFXA 3T55A 3UQNA 5CGQA 2CLIA 3NA8A 2QCDB 3LHYA 1RV8A 1K8XA 2NXGA 1WA3A 3A9IA 1WDWA 1K3UA 1JUBA 2ZCGA 2C15A 3GB6A 4YXGA 5D2TA 1OFAA 3TC6A 5LNUA 4I7VA 1HG3A 2FB2A 1LOQA 4JTFA 4JGDA 1H7PA 2NX3A 3IVUA 1VR6A 3C8FA 3PUDA 1A5CA 5LNSA 1PCWA 2ZRVA 1F6PA 4EF9A 5D02A 4U28A 3SI9A 2TRSA 3BGJA 4O4VA 3N2MA 3HGRA 4K38A 1LBFA 4BI6A 4EWND 1S5TA 4QISA 3WJZA 5DY2A 1XBVA 4JYEA 5IBXA 1NF0A 3L67A 4JTIA 4TR9A 3UWUA 1U5JA 5LHEA 4WQ6A 2NXIA 1JR1A 3QFEA 3CWNA 4IMEA 2ZA3A 2ZZ5A 3JR2A 3NZRA 1VGAA 4M6VA 2Z0IA 2E5BA 3BW4A 3N9RA 2QCCA 1Q6LA 2DJLA 3BG3A 3Q2DA 4JD4A 4YWIA 3MHFA 1D3GA 4O57A 4IXHA 1K02A 1YDOA 3HB9A 4N2YA 4O14A 3DZ1A 1ZAHA 3F4WA 1RR2A 4GUFA 2E1DA 2VFDA 1DKWA 2VEKA 4FXSA 3R89A 3OEXA 2YYTA 3TJLA 3LGEA 1K8YA 1QPQA 3NQVA 1M5WA 3SGZA 3S1WA 2HTMA 5E1QA 3QM3A 2OJPA 3C61A 4FNPA 4MJZA 3LHVA 2FTPA 2NX9A 1GVQA 2ZA2A 3LXCA 3L65A 1D3HA 2CWNA 3NQFA 3PS7A 5F4XA 3F03K 3QEZA 4RZ5A 1EWDA 2QCNA 1ZENA 4Q4KA 3BGGA 1JQXA 2C16A 3PBUA 1FWSA 1QMLA 2EHHA 4IUOA 2W79A 4WOZA 3PSVA 2BTMA 4K6AA 4K7YA 3LXAA 2Z2UA 4JTJA 4UUIA 2C6QA 4JIQA 1FQ0A 1R2SA 3THQA 2QAFA 3LCXA 3W2JA 3SFKA 2FPYA 4RR4A 3B0VC 3TAKA 2OZ0A 4HSNA 3OHIA 1O95A 3PSWA 3S6DA 3QPZA 3S5YA 2ISSA 3EX3A 5TBOA 4UCGA 3HF3A 2NV1A 3TXZA 1WV2A 2VEIA 4DPPA 1XC4A 5D03A 4Y90A 2ISVA 1N7KA 1TPFA 5EYWA 4LS0A 1EB3A 1T8XA 1YPFA 4JTGA 2OT1A 3IGXA 3G0UA 4LUIA 2V5LA 2X1UA 2ATMA 3E9AA 1K8ZA 1SQ7A 3NEVA 2X16A 4X9SA 1I2RA 2CZEA 4IMCA 3TUUA 1AW5A 5CZJA 5FF2A 1P0KA 1FDJA 3LV6A 4LVFA 2B7NA 5F1UA 4UNLA 2DZXA 4OGZA 4MLJA 4FF7A 2V82A 4XUGA 1W5QA 3S5NA 3LRMA 1I2PA 2CFFA 4R34A 2E6DA 3WK2A 4O19A 5KINA 5AHEA 1Q3NA 4FNSA 4LWWA 3GNDA 4WUIA 1JULA 3NPXA 1Z42A 1PL9A 3NQGA 1XDMA 3B06A 1GT8A 3G8EA 3LCGA 5HWMA 3PM6A 2BLEA 3V75A 1QDSA 2ZFAA 4GUJA 4ZQRA 1GVSA 4XTIA 1WOBA 4NUWA 3MHGA 4LUJA 4P2VA 1H1YA 3TAOA 4LC6A 1I2QA 4Y6GA 5CKSA 4RZ6A 1X1ZA 3T7VA 2VFHA 3M44A 1I2NA 4I7UA 4O0KA 3WFAA 4JTSA 5D37A 3S42A 2A5HA 3LCIA 4MZ8A 3UNDA 4LV9A 5KMYA 1YXCA 3NL6A 3LLFA 1MEHA 1PV8A 3EXRA 4ADSA 4B5NA 4TMCA 2A6LA 2FIQA 3EXSA 1XM3A 4NU7A 1OVDA 5F2GA 1A5AA 1YDVA 2ZZ7A 5G5IA 4UTJA 1S5WA 4TO8A 4OBTA 1CX9A 1C29A 4LS1A 2C18A 2EF9A 2ZRZA 3TDFA 4O18A 2G96A 2ZZ3A 4JR5A 1TYGA 4H6KA 4Z0JA 3LXBA 1I8JA 4K7VA 2CZ5A 1KM6A 2WNZA 2NWRA 3GDMA 1OFRA 5FEXA 1AL7A 2ZYFA 4UTWA 3DFPA 1DVJA 4DXVA 3QSRA 3EX6A 3HO8A 1JCXA 1JCJA 2NUXA 3H54A 1ZALA 4ZQPA 2YR1A 4ML9A 4IPJA 4A2SA 3W1RA 4BFAA 1ONRA 3IRDA 4AH7A 5EBUA 2ABBA 1O94A 1SZEA 2X1TA 4GRSA 1OFPA 5DCDA 5F1VA 4RK8A 4TU1A 2ZRYA 3DI0A 3W7EA 3STFA 5J5RA 3S5OA 3PF3A 2QEZA 5CPMA 1OK4A 2FQIA 1W3IA 3ZR4A 3DGRA 3P8JA 1W5PA 4E0CA 4O8RA 3BW2A 3FIGA 4TX9A 3TQVA 3BLFA 3OVRA 2JKPA 3EEGA 4MYAA 5FEWA 5D38A 2GPTA 3IVSA 1HFBA 3LLDA 3TW7A 1TPB1 3DFOA 3QSTA 1UUMA 3W7LA 2QDGA 4H4IA 2VENA 3W7QA 1TRIA 1WBHA 1OFQA 1E51A 1G7VA 4IMGA 3YPIA 3LRKA 4ZQMA 3LHUA 1YPIA 1KLYA 3CHVA 1IF2A 1WAUA 2I14A 1UJPA 1F7BA 5FEPA 2JKEA 3JRKA 2XN1A 3MJYA 3R8RA 4NZJA 4O17A 5F2LA 1IIHA 1J5TA 3M5XA 4GJ1A 4K37A 3W1UA 3OA3A 1O5KA 1QO2A 3N73A 4DQWA 2J6XA 4J9JA 2QR6A 3PUEA 1TJPA 5H91A 6ALDA 3HG2A 1BWLA 4N4QA 5CZ0A 1HTIA 3B05A 5HUOA 1KTNA 5CSSA 1LLZA 1HO1A 3DENA 3WJSA 3RU6A 1G4PA 1QWGA 4MUZA 4KFOA 4DELA 2CLHA 5I3JA 2NX1A 1VS1A 4FO4A 5KZMA 5FF3A 3CU2A 2OCZA 5E93A 2CZFA 5CSRA 5HWNA 4D2JA 4UIOA 1J2WA 4Z1BA 3PVFA 1W37A 2ZBTA 2FLIA 2AQWA 3VCRA 4ZL1A 4M7SA 1B4EA 3QZEA 5DXXA 2GVLA 2V2CA 2DZWA 5AYYA 1Q45A 1TQJA 1DQWA 2VFIA 3STGA 5F2MA 1RQBA 3G22A 2GVJA 3I65A 4LTSA 4EVZA 5AC8A 3NZ1A 3T4CA 2QJHA 3TA6A 4JICA 3MP3A 2EKCA 1GEQA 3W72A 4Z0SA 1KV5A 3BG9A 5MHBA 5IM51 5DBTA 1L2UA 3VKJA 4IJBA 3CB8A 3HPSA 4HPXA 3P81A 3BLEA 4WY0A 1JCMP 3NL5A 3NQDA 4LT9A 4WX2A 1AW2A 2E6FA 3PB2A 5L9FA 4Z08A 3EX1A 3AJXA 3W85A 4DF1A 4KWVA 4Y96A 1KV8A 2QJIA 4AXKA 4CQ8A 1K03A 1VHNA 3FLUA 5CZTA 1KW1A 3WK3A 5LGZA 5DELA 1HUVA 1FWNA 4PEKA 3C56A 1EPXA 2VXNA 2NLIA 4FNQA 1W54A 3C52A 4Z1DA 2VELA 2VOMA 1FY6A 3S1XA 3HGJA 4RXGA 2OT0A 4QJ1A 2NWSA 1OYBA 3T44A 3GLCA 4QNWA 4AF0A 3I7RA 3PUOA 1DQXA 1F76A 1SZGA 2X1SA 3LM7A 1RVGA 1H61A 3N2XA 4ALDA 1W5NA 2Y85A 4UFKA 1RQEA 3LI0A 3B4UA 1V7YA 1A5BA 2DORA 3E96A 3P82A 5D05A 1NAL1 1Z44A 5LNRA 5KTLA 3GR8A 5I3GA 3DI1A 3HIJA 2BZNA 3EWWA 1AK5A 1VHCA 3CQ0A 2TMDA 4UMBA 4RZ4A 4EF8A 4OT7A 1DL3A 2QCLA 2GOUA 3I7QA 3UPWA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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