4IOTA

High-resolution structure of triosephosphate isomerase from e. coli
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
MRHPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGVAGCAVAIAPPEMYIDMAKREAEGSHIMLGAQNVDLNLSGAFTGETSAAMLKDIGAQYIIIGHSERRTYHKESDELIAKKFAVLKEQGLTPVLCIGETEAENEAGKTEEVCARQIDAVLKTQGAAAFEGAVIAYEPVWAIGTGKSATPAQAQAVHKFIRDHIAKVDANIAEQVIIQYGGSVNASNAAELFAQPDIDGALVGGASLKADAFAVIVKAAEAAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Triosephosphate isomerase is a common crystallization contaminant of soluble His-tagged proteins produced in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 94
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2013-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4iotA00
4MPQA 1P1XA 4Y96A 5FEPA 5FF7A 1GVQA 1TV7A 1CX9A 3P8IA 3TU9A 3LHVA 4NJHA 1R47A 2VFDA 2X1SA 1QR7A 2E6FA 3GVGA 1NEYA 4FX6M 4IXHA 5HUOA 1IXNA 4BWLA 2DJLA 4N9CA 4M19A 1CI1A 5K7JA 1DOSA 2ZFAA 3SECA 3UXAA 3IVUA 3EWUA 1KM0A 4PODA 3T7VA 1ZHAA 1JUBA 1IIHA 3W7NA 4AVFA 5DCEA 4GUJA 3WFAA 5I3GA 2A0NA 2PE4A 2BLEA 4S2CA 3E02A 2Y7GA 1KLZA 1D9EA 5LHFA 1OK6A 2XN0A 3GDTA 2HSAA 1SO3A 3TDFA 4HT3A 2H3BA 4QNWA 4TO8A 3W7JA 4RCXA 4C1KA 1H7RA 5EYWA 1B4EA 4AF0B 4EWND 1TPWA 2WO5A 2ZRWA 4MFEA 4IWWA 2FPVA 2J9ZA 2GVJA 2WKJA 3V1PA 1W5PA 1JCMP 1MXSA 5K9DA 3B0VC 3RF9A 5SWUA 2Y85A 1N55A 3E9AA 3G1HA 3W2NA 1K8YA 4AH7A 3LLDA 5HULA 1IXPA 1OJXA 4O10A 4UR8A 4YCPA 4JTSA 2QCEA 6ALDA 3QC3A 3N2MA 2C14A 1G4TA 5AB3A 2WNZA 4Q33A 5HNRA 1EP3A 2B0MA 5AYYA 4RX0A 1JCLA 1JRBA 3W22A 4LVBA 3TJXA 2QAPA 2JGYA 1TRIA 3W7RA 2WPBA 4MY1A 5U4NA 3WK2A 1H7NA 3KOFA 3M0ZA 3P67A 2QJGA 3UWZA 4UFIA 1YYAA 1XC4A 4IQLA 4ZQPA 4Y9AA 4IMCA 1SQ7A 2A85A 2FB3A 4JDYA 3BGJA 1YTKA 1H50A 1ZALA 3CWNA 3PUEA 4RXGA 3DFPA 2CZ5A 4W9TA 1KBJA 1BWLA 2CLKA 3FIGA 3C3NA 3NQFA 3LBMA 2J88A 1S3HA 3KVMA 1M7OA 1GVSA 4NNAA 1DQWA 3NZ1A 4NNBA 3HPXA 2XN1A 1LRNA 1F74A 2H6RA 5LHEA 2I14A 4K38A 1OFAA 1OFRA 4MFDA 4WXYA 4JY9A 4HNUA 1TCDA 1VHNA 3G1VA 1LYXA 4GE8A 4DELA 1QNVA 1O5XA 1Q6OA 3CU2A 1HTIA 1TSIA 1A5AA 4JYEA 1YLVA 5C6MA 3N2XA 5HWMA 2YFOA 2P0OA 4Q32A 3W7QA 1YDOA 2OX1A 3JS3A 4M5PA 1FBAA 1W1ZA 1B4KA 3E0IA 2DU2A 1OF8A 4N9EA 3W84A 3EX4A 4K36A 1A53A 2XFWA 1UCWA 3OEXA 3HPZA 2VEIA 1FDJA 3NZRA 3QPYA 1X7FA 5AYXA 3SJ3A 4O4WA 3DKJA 3TQ0A 4H3DA 3DFNA 1L6SA 4E38A 2YCEA 3LB0A 4MLRA 1W56A 4O15A 3C2OA 1S5TA 4CLMA 2CLOA 3G22A 3EX3A 2VFGA 3M5XA 5AHEA 3QZEA 3GAYA 2VXNA 4R33A 1X1OA 4P61A 3TMQA 4NU7A 4OBTA 4Z1CA 3BW4A 3P82A 3LV6A 4UTLA 4JTKA 4IPJA 1TPEA 3NQCA 4NT0A 1WBHA 1ZAIA 4RZ4A 3IV3A 1W3NA 4G1KA 3W6YA 3LERA 3O1NA 1RV8A 1K8ZA 3G1SA 2QUVA 4EF8A 1GTEA 3VFLA 3LCFA 3QW3A 4LC6A 3FKKA 4BI5A 1I8JA 2JGQA 4IMFA 4ADSA 1WBJA 2JKAA 3NM3A 1H51A 1QWGA 1VJIA 2FFCA 4S1FA 3NAVA 2YX0A 1TMHA 3BV4A 4JDBA 5DCDA 1AL8A 4FXSA 1ICPA 1H62A 4XBKA 1GEQA 3G8RA 2NXGA 3HB9A 4DF1A 3KRZA 4OWGA 1GWJA 3HGOA 2RDUA 4PL1A 1H1YA 4ZQRA 1KM6A 4PCFA 3TH6A 1R2SA 1NVMA 4O28A 1FX6A 2V8ZA 5KMYA 1WAUA 3BG5A 5CPMA 3S1UA 3TUUA 3TA6A 3NQDA 1XI3A 4O52A 3I68A 4GUFA 4FXRA 3C52A 2AAMA 3MHUA 7TIMA 4AWSA 2ISSA 2C3ZA 3MW7A 4JTGA 2CLIA 5EPDA 1J2WA 3C2FA 4RK8A 1QOQA 2QCDA 1Q3NA 1TTJA 3LXAA 3I6RA 1G4SA 2ZRUA 2TRSA 2NUYA 2EKCA 3LCWA 1ALDA 3HG5A 2QCHA 4AWUA 4O11A 3C4UA 3PUDA 2DZWA 2ZRXA 3R8RA 4H4IA 3FEMA 4JTHA 4O54A 2WV8A 5D03A 3F03K 4QIUA 3L68A 3TV8A 2DZSA 2HTMA 2GOUA 2TSYA 2X1TA 5FESA 3NG3A 3UQNA 1XBXA 1ICSA 4E0CA 1OF6A 4EOUA 3G1DA 3EKLA 4N9BA 5F4SA 3QQ0A 4BI6A 5EY5A 3IGSA 1GQNA 4XTDA 1QPOA 1WXJA 3L65A 3P5YA 4DO6A 1HG3A 2B7NA 3CWOX 4ZQOA 3ATZA 3BLEA 4JTFA 2VKZG 3S1WA 3G8EA 4MOZA 4POCA 2V5BA 2O7QA 3SY5A 3HIJA 2J24A 1WOBA 5H91A 4YCOA 1OG0A 1SFJA 3PG8A 1F6KA 2W6RA 3NQ2A 1KFBA 4YMZA 2QCLA 4ORMA 1LZOA 3B0PA 3I7RA 5EL1A 4DXVA 3R2GA 5D2XA 1VLIA 3BW2A 3W1MA 3KRSA 2X16A 2GVLA 1H7PA 4DPQA 1QCWA 2VENA 3U6WA 2ZZ6A 2ZRVA 1OX4A 1YPFA 1SW7A 3CPRA 3EWXA 1SPQA 1JR1A 2CZEA 4UNKA 4ML9A 2X2GA 1O60A 1VC4A 3MP4A 1JUEA 3KVJA 1IXQA 1PCKA 5K9XA 3W7LA 4A2RA 2QCGA 1RQBA 2GQ8A 5I3KA 3BG9A 3SIZA 2WNNA 3P5ZA 3QYQA 3P8JA 1LBMA 3W1NA 2CLMA 4O1AA 4LOCA 4A22A 4RV8A 1O95A 2E09A 3LHZA 3MMTA 2DZXA 1FWSA 3S0CA 2RH9A 3NQ8A 2ZZ2A 3OIXA 1K02A 3G0SA 3F4NA 2ZA1A 2NV1A 1TYGA 3OBKA 2C15A 3L2IA 4CNPA 3C61A 3WJZA 3A23A 4ZQNA 3BLIA 3A22A 1NAL1 3WJYA 4D2JA 2QAFA 2YR1A 1OX6A 5HMSA 1GJPA 4O1BA 2Y6ZA 3LV5A 3STEA 3DFTA 3O6DA 1ADOA 2JK2A 4A21A 1LLWA 3PWAA 3PVFA 2DZPA 1W3TA 3O16A 4UTIA 3PS7A 2V2CA 5C5YA 5G2WA 3H55A 4K6AA 2H3DA 1ONRA 4UC5A 5AOUA 5HWNA 4OQVA 1F76A 4UFLA 3IGUA 8TIMA 3BARA 1QFEA 3NDOA 2R94A 4AHQA 4LV9A 1OFEA 1P0KA 4N9DA 3WJWA 1HO1A 1OFQA 2Y7FA 3SGZA 1JCYA 4PH6A 1VYPX 3RU6A 1LRTA 3R5EA 1F5ZA 1FWNA 4M6PA 1Q45A 3C2VA 3BK0A 4LVFA 1JCXA 5U7SA 1RR2A 1F73A 3S5NA 1OABA 2ZZ4A 3IIVA 5CGQA 3DFQA 3TNOA 3PY2A 3QMRA 2CZFA 5BMXA 3DH7A 1R2RA 4IPIA 2TMDA 1KV8A 2V82A 3M43A 3NR0A 4XQ6A 1OFBA 2RKXA 3F1QA 1KM5A 5H2ZA 5AN7A 4CNOA 5AC6A 3OA3A 4LTSA 3CHVA 5LNSA 3MI6A 4DBDA 1F2JA 2DZVA 3EXTA 5AHNA 1SSGA 1U83A 1LLZA 3Q58A 1TTQA 3M5VA 2B7PA 4PA8A 1X1ZA 1QOPA 3UXDA 3GIYA 1DQXA 3W87A 4A2SA 1N8FA 1KTBA 5TBOA 3F4WA 3DENA 5D04C 4U4MA 5HWJA 1C8VA 1VPXA 5IBXA 3A21A 3P62A 2W0UA 3E96A 3LHYA 1R46A 3N9RA 2A7RA 2Y70A 3IIPA 5CG7A 4IMGA 4AWTA 2JKPA 4IX2A 3O06A 2A5HA 3AJXA 3PBVA 3D0CA 5F1VA 4LVGA 1ML1A 5LNWA 3O07A 3SR7A 3ATYA 5E0KA 4RR4A 2F84A 3ZR4A 4JYDA 3CC1A 4NXKA 3KHJA 4OGZA 5BRBA 2HS6A 5FI8A 4UTTA 4ZQMA 2YYTA 1SO4A 2QUTA 2QUUA 3TCEA 4HPJA 3ZWSA 3M6YA 2NWRA 4HSNA 2B7OA 4M6QA 4OU1A 4WY0F 2X1UA 2TPSA 2E6DA 2EPHA 4HNVA 3G18A 2E5CA 5AHMA 1Z44A 4YL2A 3CEPA 3O05A 4XWUA 2V30A 4WOZA 3W73A 3G3DA 5KZMA 1JRCA 3TQVA 1KW1A 4N2YA 4O1DA 5LNUA 5L6UA 1FCBA 3EWZA 4K7VA 4UFHA 5K3VA 2CZDA 2FB2A 3EB2A 4UCGA 5CKSA 1ZCOA 2CWNA 4O1CA 3TC7A 4I7UA 4C1LA 1H63A 3GKAA 3NL3A 3DZ1A 3M9YA 4KFPA 4MJZA 3WK0A 2FJKA 3MYPA 2H8XA 3PF3A 4KWVA 3I7SA 3PBYA 3LHUA 4GUHA 1E51A 2G5WA 5D33A 3GR7A 3TK7A 5F2MA 1TTPA 4N4QA 3HBLA 2O7SA 1D3HA 1DKWA 4HSOA 2NXHA 1ZNNA 3Q2DA 4TIMA 4O16A 2NUXA 2QCDB 3M44A 1JQVA 3M5YA 4N02A 3OVRA 3S6DA 3N34A 4BWLC 1P0NA 1VHCA 4I7WA 4O53A 1KM3A 1A5SA 4LC8A 4ADTA 4O12A 1H1ZA 3W2MA 1KFCA 1WX0A 2VFHA 3QQ1A 3KVKA 2FTPA 4DF0A 3A9IA 3B05A 2CLLA 2E6AA 4FNTA 1XKYA 3W1QA 3UWQA 1GG1A 1KBIA 2X30A 1B3OA 1PHQA 4WX2A 2NUWA 3LCXA 4YLWA 3P61A 3MP5A 3ZWTA 1OFDA 1W8SA 3LI1A 3MBDA 1WOAA 1FXQA 2OMAA 3SZ8A 3S5ZA 3W86A 3I65A 4JTEA 4IUOA 4MZ1A 2DZTA 4NZFA 3CEUA 5ABTA 1H5YA 1XBYA 1I2NA 3PUOA 5FEWA 1XBVA 3ANYA 3MJYA 4UMCA 3TSBA 3UWWA 3RK8A 1WA3A 5CZ0A 2HMCA 2NX9A 4LU0A 1EUAA 1IIGA 1C29A 1EPXA 2Z6JA 5DY2A 1R2TA 1QO2A 3NEVA 3T44A 2ZQ0A 4FF7A 3GAKA 2QR6A 3W9ZA 1H7OA 3B4UA 1SR9A 4JX6A 2ZA2A 3DFOA 4K7YA 3B03A 1HUVA 2GPTA 1ZAJA 1VLWA 2Q8ZA 1OX4B 4A29A 5D37A 1FXPA 2WNQA 3P84A 2EF9A 1VYSX 5EKYA 3IVSA 3NGJA 2YYUA 5I3IA 2EHHA 3NM1A 1KFLA 2OT0A 4ZZ9A 2VEPA 1YTDA 3LCLA 1LROA 1JQXA 4LUIA 3LHTA 3JR2A 1AG1O 1GOXA 2C13A 3RLVA 3N9SA 4O19A 3QFEA 1A5BA 4TMBA 5KITA 4QM1A 5AC8A 3DHDA 1HFBA 1L9WA 4MJMA 1RPXA 3NQGA 4JICA 4WUIA 5FF2A 1UJPA 4UFMA 5G4WA 5G5IA 4MUZA 3W1XA 1FUYA 1Z48A 1SW0A 5DXYA 2Y61A 3UPWA 3FYOA 3W85A 3CLMA 1A5CA 3U8GA 4B5NA 4L4LA 3GLCA 4JTJA 4ONVA 1OFOA 3W72A 3HF3A 3LLFA 3NL5A 1BWKA 2YXGA 4R7JA 1DL3A 2H90A 2FIQA 3L66A 2J6XA 5FF3A 1KM2A 1XDLA 2E5DA 2Y62A 3LXBA 1VCGA 3C2RA 5FF4A 5TIMA 4MZYA 4UTWA 3EX6A 3VE9A 2Z2UA 5G1TA 4NJJA 3E12A 1XFBA 1ME9A 5D09A 3VNDA 1RVGA 2Y7EA 3NVTA 4UTHA 2ZRYA 4MVAA 1IF2A 4JN6A 4LWWA 3VE7A 1JCJA 2ZTJA 4O18A 4HKPA 4QNEA 3EKZA 3G1FA 3PM6A 3BLFA 2ZBTA 2OJPA 3S1VA 4UFKA 5KINA 1AK5A 3QEZA 4HNTA 3TSMA 1VZWA 3ABQA 3M16A 1B57A 4MIMA 3LTPA 3VI2A 2YDAA 3LCIA 2Y7DA 1EEPA 5HR6A 4UTMA 1LOQA 4DBEA 4EIVA 3C56A 3MI3A 1DJNA 3MHFA 2LLEA 1RQEA 4GBUA 2OZ0A 4NNCA 3TSDA 4U28A 3NL2A 5BNKA 2ZZ3A 1BKSA 3LGEA 3MO7A 1VCVA 2G97A 1PIIA 3W07A 3THAA 2V9DA 3UPBA 3MI2A 4R53A 1TPUA 1OFPA 3P60A 3W2LA 1JULA 1I45A 4QSHA 1DBTA 3W7GA 1W3IA 3R13A 3TAKA 1EWEA 3W1LA 3GXTA 1EUNA 5F1UA 5LGZA 3W7PA 2PURA 3QM3A 1J4EA 4FHAA 4MY9A 5FEXA 1DVJA 3NA8A 1L6YA 2WSRA 3PSVA 2RHGA 3SSJA 3NQEA 2ATMA 4PL2A 1TPC1 4S2BA 2GVGA 3NNTA 2A6NA 2VFEA 4UTUA 3GXPA 2PC4A 4DO5A 1IXOA 3NQAA 4UMAA 4ICNA 1VRDA 4MZ8A 4PC8A 4WOQA 2RDWA 3TKFA 2CU0A 4JR5A 3H53A 2C16A 2HS8A 3STFA 2UV8G 1TO3A 1YTEA 1TQJA 1TTIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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