4IOTA

High-resolution structure of triosephosphate isomerase from e. coli
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
MRHPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGVAGCAVAIAPPEMYIDMAKREAEGSHIMLGAQNVDLNLSGAFTGETSAAMLKDIGAQYIIIGHSERRTYHKESDELIAKKFAVLKEQGLTPVLCIGETEAENEAGKTEEVCARQIDAVLKTQGAAAFEGAVIAYEPVWAIGTGKSATPAQAQAVHKFIRDHIAKVDANIAEQVIIQYGGSVNASNAAELFAQPDIDGALVGGASLKADAFAVIVKAAEAAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Triosephosphate isomerase is a common crystallization contaminant of soluble His-tagged proteins produced in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 94
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2013-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4iotA00
4Z0JA 2QUTA 2TPSA 3C4UA 1XL9A 2VFGA 3QMSA 4XZ9A 1TRIA 5DCBA 3QF0A 3GNNA 2PRHA 4FB7A 5KZEA 4DBDA 3PUOA 1MO0A 5D04C 3TXZA 4OBTA 3O1NA 5DY2A 4AF0A 1R30A 3HIJA 1TYGA 4DF2A 2JKPA 1JUEA 2VXNA 1WAUA 2FPTA 3YPIA 1FY6A 1LROA 3EX4A 4ORIA 3FKKA 4MUZA 1XBZA 3HO8A 2I1OA 4RZ6A 3QSTA 2HS8A 5EY5A 1AMKA 1EX5A 1KM0A 3S5OA 1ZENA 3RU6A 2Y70A 3T78A 3UQNA 4UTJA 1XUZA 4A2SA 4QM1A 4BI7A 3W84A 1B4KA 3L67A 4QSHA 5HR6A 5I3HA 3W2KA 3LLFA 3E0IA 4N2YA 1U5JA 3ANYA 3VCRA 3CU2A 4O10A 4WXYA 5HMSA 4O17A 4CCEA 4MOZA 1TSIA 5CSRA 2ISVA 1VLIA 3TJLA 2VFDA 3CEPA 5BW6A 3PUEA 2Z6IA 4GBUA 1Y0EA 3CM4A 5EPDA 2VFFA 4JTJA 4HSOA 3V75A 4ZQPA 4AH7A 1NEYA 2A4AA 3EXSA 1KFLA 1JQXA 1HL2A 2BZNA 5KSWA 1P1XA 5AHIA 4K38A 3QYQA 3S0CA 4XQ6A 3H53A 2EHHA 2H8XA 4NNAA 3NAVA 4RXFA 4O11A 3QRHA 4RJEA 3PY2A 3KXQA 1W3NA 3T7VA 1K8XA 1W5OA 2QCNA 2WKJA 4U28A 1XXXA 1OYBA 2Y7GA 4GUFA 2ZCGA 2AAMA 3C0JA 1FXQA 5HUPA 5IM51 4DO4A 3SFKA 3RLVA 1NFBA 4OV9A 2DU2A 4ALDA 1TCDA 3QH2A 2ALDA 4R33A 3L0NA 4JYEA 1F5ZA 4I7VA 3TW7A 3D0CA 3P80A 4MLJA 5CGQA 5A5WA 1JQVA 3UWWA 4DBEA 2QCGA 2RH9A 1IXNA 1G69A 1N7KA 2I9EA 1EEPA 1WOBA 1W37A 1RZMA 1ICSA 2QAPA 1VJIA 4RCXA 3V1PA 3LBCA 4PTNA 1LOLA 4AAJA 3SGZA 3DFTA 5G4WA 4N6FA 5I3GA 5F2IA 4DF1A 1B57A 4LRSA 1QFEA 1HTIA 4U4MA 1FDYA 1W54A 4N9DA 5AYZA 3CQ0A 4AWTA 1W5NA 4JEQA 2QCDB 1GWJA 3NDOA 4IX0A 1SUXA 2VEKA 1J2WA 5AHLA 3TAOA 3QC3A 1FDZA 1XUUA 1FUYA 3M41A 3NZ1A 3A24A 4JDBA 4RV8A 4DO5A 4K8HA 4UTLA 1LBLA 5I3JA 2A7PA 1RQHA 3A22A 3TFCA 4AHQA 4UFJA 3PG8A 1E51A 3NQVA 1YXCA 1AK5A 1RR2A 3BGJA 4JX6A 3L5MA 5D2YA 3FLUA 4GUGA 3PULA 2E1DA 3KHJA 3TXVA 4IOTA 4UTTA 4JICA 3DFSA 1QPOA 1VLWA 3GXTA 1JCMP 3BVJA 1M5WA 3SJ3A 1QOQA 4BI6A 4M6VA 3LV5A 3IIPA 3NYZA 1IXPA 1OF8A 3H54A 1EWEA 3NQ6A 3TUUA 3W22A 3UWZA 1H7WA 2OT1A 3C6CA 4UMAA 1PS9A 2B7OA 2VOMA 1ZAHA 1A53A 4AB4A 2WQPA 4UFHA 4UIOA 5AYYA 1Q6RA 3LCHA 4AEOA 3O63A 1WBHA 5CZSA 4ZQCA 2J9ZA 3CIXA 3NO5A 4LS1A 4FIQA 3S1XA 2FPVA 3MHUA 4MZ8A 1F74A 1EPXA 2ZZ7A 4UMCA 2VELA 1K02A 1L6WA 1TV8A 2ZQ0A 4O53A 4FNRA 3TMLA 1P4CA 1R2TA 5BMXA 1JCJA 3RK8A 3FJLA 4QAIA 5F1VA 3G18A 4N4QA 6ALDA 3S1VA 3N9RA 1GYNA 1MEWA 3DHFA 2QCMA 3S42A 1LOSA 3TIMA 3IIOA 1ZALA 4O14A 5GVJA 2Y7FA 5F4WA 1OK4A 1OK6A 1OX5A 5F4SA 2G97A 3NM3A 3O16A 4KFNA 3P74A 4K37A 1TV7A 3Q58A 2X16A 4UR8A 4Y8FA 2QCDA 5CG7A 5G4EA 3QW3A 4ML9A 3S9YA 1XKYA 3PM6A 1X1OA 4UNKA 4MJMA 3LRLA 4Q32A 1SSDA 4MY9A 1VPXA 1FCVA 2CW6A 2B7QA 1O5XA 2C19A 2CU0A 2OT0A 4IMFA 4NJHA 4LVDA 1W3TA 3BGGA 3HQ1A 1G4PA 4QNEA 3SIZA 3PVFA 3LOTA 4X2RA 2VFIA 3MI6A 2V5BA 4A29A 4K36A 4UTTC 1O95A 5AFDA 2DJLA 2AGKA 5D2XA 4LC6A 4M19A 1TV5A 4YCPA 3G22A 1SO4A 3GLCA 3BW4A 1QO5A 3PC0A 4K8EA 4O1AA 5HWMA 3GAYA 1NAL1 1WXJA 3PBUA 1A5SA 3C2OA 3STCA 4Z1CA 1LBMA 4K39A 2PRMA 3WJYA 3SZ8A 1QPQA 3BK0A 2W79A 5DELA 2A5HA 4ZMGA 5AB3A 1TTJA 4PH6A 3HG2A 1H63A 5KITA 3NQ7A 4FNUA 3G1VA 4LV9A 1ZNNA 4GJ1A 5LGZA 5KMYA 2YDAA 5EMUA 4MLRA 4JS3A 1AL7A 3L2IA 5HR7A 3P5YA 4RX0A 2IQTA 3QQ0A 5D30A 3C56A 1H62A 1QCWA 4MFDA 7TIMA 1SZGA 3ELFA 4ZQRA 3TQ0A 1H7OA 3W7DA 4JIQA 3HGSA 2Z1BA 3HOJA 4NX0A 1HG3A 1W5QA 3PAJA 3CPRA 3OBKA 3N14A 2NZLA 3LCXA 2WNNA 4IWWA 3TW6A 3CIWA 3TSDA 4Z1AA 3R8RA 3I7RA 3T40A 2C0AA 5D2VA 5D05A 4NT0A 3ABSA 1O4UA 5FF3A 1HUVA 2P0OA 1GVFA 2YXGA 5T26A 2A1YA 2WPBA 4IPJA 4NJGA 4WZHA 1PL9A 2VEMA 3BARA 3W2MA 5F1UA 2GJLA 3L21A 5K7JA 5J5RA 5AHEA 3IGUA 1G7UA 3IRDA 3VI2A 2C16A 2NUXA 4LVAA 1LBFA 1U83A 3FYOA 5BNKA 1SO6A 4G1KA 1XDMA 2QJHA 2NXIA 1QMLA 4A3UA 1JUBA 1FX6A 2QCEA 2ISWA 3L0GA 2YFNA 1Z42A 5EL1A 1FDJA 4WY0F 3FIGA 3C8FA 2EF9A 1KFEA 2X1TA 1VGAA 4KWVA 3N34A 3C2FA 2ZA2A 3TSMA 3BLFA 3QEZA 2ZZ4A 4AF0B 3IGSA 3IIXA 1SW7A 3MJYA 1WQ5A 4LVGA 3C2EA 3EB2A 4XUGA 5HNRA 4Z1BA 4HSNA 3NPVA 1WV2A 4Q4KA 3QMRA 4FX6M 4KFOA 4BFAA 1KFBA 2CLLA 2C6QA 2QCFA 3M5ZA 1GJPA 5EKYA 1OJXA 5AYXA 4UFMA 4IX2A 5LNUA 5DCDA 3LM7A 3OA3A 3WJZA 3KX6A 4BI5A 1OABA 3MMTA 3HGRA 3KRZA 3TK7A 4XTDA 4PODA 2CLKA 3NQ8A 1TPDA 1WX0A 2GPTA 4S2CA 3A21A 2E5DA 3N2XA 3M5XA 3A5FA 2QJGA 3P81A 1DV7A 1VZWA 5LNVA 4HNUA 5FEWA 3NPUA 5D09A 4O57A 2ZZ2A 4CQ9A 1OFOA 4HNNA 1AW2A 2ZFAA 1RQBA 3EX3A 2O7QA 5TIMA 1KM5A 2WOQA 1SFJA 1OYAA 1TQXA 4CQ8A 3M16A 3GR8A 2FTPA 1VYPX 1L6SA 3C61A 3UNDA 3FS2A 1PHQA 3T44A 5FI8A 3LHYA 3M44A 2GOUA 2VFHA 2XN1A 5KTLA 1NF7A 1GT8A 1AW1A 2CZFA 3LHTA 1VHNA 2VENA 3NQGA 1FWNA 3TMQA 3GXPA 4K7VA 2DJXA 2X1UA 3CWNA 3NQMA 4IPIA 4UCGA 3B0UX 2Z0IA 3PR2A 4LT9A 1SR9A 5AC8A 3VE9A 3LI0A 2RFGA 1A5AA 4O1CA 3IVTA 5H2ZA 1JCNA 2A0NA 2ZZ1A 4FX8A 1W5PA 3UXAA 1F73A 5LKYA 2Q3RA 4CLMA 1H1YA 4MIMA 3KRUA 1F6PA 1SZNA 3W6YA 1XI3A 3DI1A 4LS0A 3W71A 1QR7A 3N9SA 1H5YA 3ATZA 4NZJA 4ADSA 6TIMA 2B4GA 4S2BA 2DORA 4O50A 4DPQA 1WA3A 2FB3A 2C3ZA 1SW0A 1OFEA 2ABBA 1Z48A 3LHUA 2NX1A 3EWWA 5G1YA 4JNMA 2PCQA 3WJSA 3PG9A 4FNPA 3N3MA 1GEQA 1S5WA 4JTSA 4UTWA 4LUIA 1TPEA 4Z1DA 5FESA 4NXKA 4Y96A 4UFKA 2QEZA 4I7UA 3P84A 3FEMA 3WK1A 3QW4B 4AMAA 2WNQA 2ZRZA 1KM2A 1TTPA 2HSAA 2R14A 3W7CA 5C5YA 1SO5A 1WYIA 2H3BA 3GKFA 5EA9A 3PB0A 1QPNA 1TJRA 1J5TA 5E93A 2X30A 4GNJA 5F2LA 4OQVA 1V7YA 4JYFA 3BG9A 3NM1A 4MZ1A 4O1DA 3WJXA 1UCWA 3EKLA 4IMEA 4FNQA 1ONRA 1UB3A 3O8AA 3W2NA 4XBSA 1OX4B 3TU9A 2Y85A 4UXDA 4I9AA 2JGYA 2OX1A 2ZRUA 3OVRA 4C1LA 4ZZ9A 1CX9A 3KFTA 4D2JA 1N8FA 3NPXA 3W7EA 2RDWA 3A9IA 4N9BA 1SZFA 3TAKA 3DFOA 1OFRA 4PEKA 4JIPA 4W9TA 1THFD 4LV4A 1F6KA 2G5WA 3LTSA 3INPA 5CSSA 5G2WA 1FWRA 1VS1A 3SSJA 1TPFA 1GPWA 4NUWA 1SZEA 3G1YA 5BMWA 2Q8ZA 3B4UA 4EIVA 5D2TA 3SECA 1VYSX 2Y7DA 3BG3A 3E96A 4JD4A 3HMJG 3DFQA 2P10A 4LY8A 1GVSA 4IGHA 4QNWA 4HN4A 2FB2A 1G6CA 2O7SA 3GKAA 4FXRA 3FA5A 4E0CA 4MY8A 2WO5A 4AWUA 1SFLA 2DZSA 4UTWC 3MHGA 1K8ZA 2ZRYA 3THQA 3CHVA 4CQAA 1EP1A 2WNZA 1CW2A 1LRQA 3U8GA 2TSYA 3W2JA 2YZRA 2GUUA 2V81A 2GQAA 2GVGA 3GXNA 3UXDA 2J88A 3CB8A 3LLDA 2GVJA 1XFBA 5U7SA 4QQ3A 3ZFHA 3W7IA 3TKFA 3G8RA 1H60A 1FCQA 4GWEA 4EF9A 1S5TA 4JX5A 3HG3A 4ONVA 4M6QA 3PBWA 2QDGA 3W1XA 5D33A 2ZRWA 3LTPA 3B05A 1D3GA 2A21A 3W1AA 1YLVA 3LHWA 4K7YA 1OFPA 1OX4A 3UPBA 1C29A 3NNTA 1EIXA 2J24A 1QDSA 2CZDA 3M6YA 3E02A 3TQVA 2BSLA 1W0MA 3OG3A 3L5LA 2E5CA 3HJZA 5CPLA 3EXTA 1HO4A 1TPC1 4LRTA 3BO9A 1B9BA 1LRTA 3UD6A 4L4MA 4DEFA 5L9FA 2QR6A 5K4XA 2EKCA 3P67A 3TFXA 2G96A 3NZRA 5G1TA 3VE7A 5KINA 3W7PA 1AG1O 4UMBA 4WQ6A 3E49A 1JRCA 1P0NA 3G3DA 2VEIA 1DHPA 1H1ZA 4PC8A 2WV8A 3FJ6A 4O15A 1JR1A 2V5LA 3T55A 1ML1A 4DPPA 4UTUA 3O06A 3QMTA 3GX9A 3WK3A 2V2DA 4E2BA 1W1ZA 1IF2A 4LC8A 4P61A 3LV6A 1D3HA 3DKJA 1IGSA 2WSQA 3FKRA 1FXPA 1T99A 2YGYA 1W5MA 3EWBX 3W86A 2QCCA 4TR9A 4AXKA 1EUNA 4NNBA 4ZQMA 2FPYA 3HGJA 3Q94A 4XKYA 3K30A 4S1FA 3ZR4A 4FXSA 3SW6A 1VHCA 3NQDA 4AHOA 3TH6A 4E38A 4RR4A 3UYCA 3DENA 1YTKA 2B0MA 3P5ZA 3P82A 3S1UA 3G1SA 4BWLA 3S5NA 3O05A 5K3VA 4EOUA 1VCFA 1RQEA 3FOKA 3CT7A 4FO4A 1TPVA 4MJZA 5D38A 2ZZ5A 4M6PA 3TNOA 3M47A 3TC6A 3ZS4A 1LP6A 3W2LA 3GZ3A 4L4LA 3R12A 4ADUA 5AC6A 4BK9A 2A7NA 3BLIA 3W7LA 2EAWA 1UUMA 3HGOA 3TCEA 2V2HA 1K8YA 3GDKA 2RHGA 2VEPA 4O52A 4M7SA 1ZFJA 2J9YA 4GE8A 2I14A 4TMCA 1C8VA 3TSBA 1W8SA 5LNRA 3IEBA 3W2UA 4AVFA 2ZA1A 3A23A 3DI0A 3HB9A 4O0ZA 1UJPA 5D03A 1MSSA 3M5VA 4FNSA 4TO8A 4M5PA 2Q3OA 2RDTA 3ZWTA 4R7JA 1T0OA 2A6LA 2TMDA 1YADA 4UUIA 3S5ZA 5C54A 4NQ1A 3BW3A 4UNLA 1EA0A 3KOFA 1DJQA 4GUHA 3N2MA 1R2RA 2CWNA 2R8WA 3CWOX 4O16A 4YLWA 3FYPA 4E2DA 5F2MA 1B4EA 3JR2A 4RZ4A 4HNTA 1X6UA 3PSVA 4PCFA 5K9XA 5FF7A 2NXGA 1DQWA 5LHEA 3VFLA 3HPZA 2GJNA 4JXCA 4CNOA 3C52A 3LERA 1KTBA 4TMBA 2CLHA 4WOZA 3WJWA 1KLZA 3P60A 5DN1A 1DBTA 3W1RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5B7Z A;  3W71 A;  4ZB5 A;  4C6J A;  4KGL A;  2V68 A;  1YEY A;  3THU A;  3N9S A;  3K4W A;  4ADS A;  4LXF A;  3VGF A;  4S2B A;  4DPQ A;  4B91 A;  1XQK A;  3VTR A;  1I0D A;  2ASH A;  2C3Z A;  4REQ A;  1OFE A;  4CU7 A;  1EF3 A;  2VD8 A;  2QZR A;  1M41 A;  4A05 A;  1MMF A;  1V3I A;  4BQ5 A;  2V69 A;  1F6Y A;  1SFT A;  1S5W A;  3T2O A;  1UMY A;  1DPM A;  3QGA C;  4Y96 A;  4H9T A;  2D2J A;  4NI3 A;  4UFK A;  4I7U A;  1U5V A;  3FEM A;  3B9A A;  4NG3 A;  1EDG A;  3GKF A;  4G7E B;  1JZ5 A;  3T81 A;  4GNJ A;  1GJW A;  1ZPT A;  3BG9 A;  2GDQ A;  3KL0 A;  4HTB A;  5DML A;  1V0M A;  1IV8 A;  4MZ1 A;  1V6X A;  5BXT A;  4IME A;  1W1Y A;  1RVK A;  4D8A A;  1Q8J A;  1ONR A;  5I24 A;  1Y5V A;  4F0M A;  4XBS A;  2OYM A;  2QMK A;  3K1G A;  2X0S A;  4C1L A;  3W28 A;  1OIF A;  1NWR A;  1GK8 A;  2J78 A;  1E70 M;  1IWP A;  2RDW A;  1Y5W A;  4NYU A;  4H8N A;  1KO0 A;  1SZF A;  3P3B A;  3GHU A;  2GWN A;  2WHJ A;  1XC6 A;  2XG9 A;  3BGA A;  3B9N A;  4W9T A;  1THF D;  4LV4 A;  5G2W A;  2DFA A;  1VS1 A;  1XYM A;  5BMW A; 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