4IPNB

The complex structure of 6-phospho-beta-glucosidase bgla-2 with thiocellobiose-6p from streptococcus pneumoniae
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
469
structure length
457
Chain Sequence
TIFPDDFLWGGAVAANQVEGAYNEDGKGLSVQDVLPKGGLGEATENPTEDNLKLIGIDFYHKYKEDISLFSEMGFNVFRTSIAWSRIFPKGDEEEPNEAGLKYYDELFDELHAHGIEPLVTLSHYETPLYLARKYHGWVDRRMIHFYEKFARTVLERYKDKVKYWLTFNEVNSVLELPFTSGGIDIPKENLSKQELYQAIHHELVASSLVTKIAREINSEFKVGCMVLAMPAYPMTPNPKDVWATHEYENLNYLFSDVHVRGYYPNYAKRYFKENDINIEFAAEDAELLKNYTVDFLSFSYYMSVTQSALPGLVNPYLESSEWGWQIDPIGLRIILNRYYDRYQIPLFIVENGLGAKDQLIKDELNNLTVQDDYRIQYMKEHLLQVAEALQDGVEIMGYTSWGCIDCVSMSTAQLSKRYGLIYVDRNDDGSGTLNRYKKMSFTWYKEVIESNGESLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insights into the substrate specificity of a 6-phospho-&[beta]-glucosidase BglA-2 from Streptococcus pneumoniae TIGR4
pubmed doi rcsb
molecule keywords 6-phospho-beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 169
structure length 457
sequence length 469
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 3.2.1.86: 6-phospho-beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ipnB00
3BMWA 3W0KA 3ZR6A 3VIJA 2JALA 3MV11 4BQ2A 2CYGA 4UOQA 4ATWA 3ECQA 3WUBA 4PTVA 1QHPA 1NOUA 1ZBKA 4FLQA 3FN9A 1GZJA 3U5UA 3IAQA 5D9MA 5GNXA 2VVNA 3PZ9A 2VZVA 1UWSA 2XM1A 4CN6A 3ZOAA 5D8ZA 2WLZA 4PTXA 3VD9A 2XPKA 1JFXA 3UCQA 4W8LA 4ACYA 1E40A 4AZHA 1TE1A 4JIEA 2AMGA 3AS1A 4Z2IA 4AEEA 3WF0A 3W81A 3IANA 3QHMA 5IFPA 3SUVA 3BAKA 4V28A 1EDGA 3CHFA 3RM4A 2EQDA 3GM8A 1LWJA 1XRVA 2XFFA 3LPFA 3BH4A 1F4AA 1H2JA 2ZUSA 1JYVA 2HVMA 1WCGA 4JHOA 5E6YA 2JE8A 5DEZA 4HMCA 3THDA 3MUZ1 2DIEA 3VUPA 1QI0A 2G8ZA 4WSJA 2G41A 4AD0A 3K8LA 2X2YA 1QI3A 1E0VA 2F2HA 4UQEA 1WKYA 3RDKA 3QR3A 4J28A 5ABEA 2FH6A 4DWSB 3ZO9A 3VDBA 1GUVA 2CESA 1WE5A 3QHOA 1NP0A 5HDRA 4W8AA 3TA9A 1J10A 3MANA 1SYTA 3WD0A 1E6PA 1KXHA 3WD3A 1QNQA 5FD0A 4M82A 1BLIA 2WMJA 3AS3A 4GIAA 1RH9A 2YL5A 1UD3A 4MNJA 4IM4A 4M8UA 1B9ZA 4KRUA 1NOFA 2G3JA 1E71M 4W84A 4ATDA 1ZU8A 3M46A 4OZOA 2CKSA 2D24A 3WNPA 4BZYA 3PZMA 1NM9A 2MANA 2XVNA 1JZ2A 1KB3A 1ISZA 2ZX5A 1KQZA 3BMVA 3POCA 3O9NA 1ODUA 1CGVA 3ZT7A 1UOKA 4QFUA 1NH6A 1QHOA 3SCSA 1VBUA 5EMYA 1E4LA 1TG7A 5E9AA 4F79A 2QPUA 1HJVA 4WF7A 2ZUUA 4J3TA 1R7OA 3GBEA 4L4PA 5E0FA 1R8LA 5CQ1A 1V0LA 3NIYA 1WB0A 4W88A 3MMUA 2W63A 1JZ5A 1CXIA 1C7SA 4PMXA 4PMUA 1QW9A 1GOIA 1C8QA 4P8XA 1H0IA 2C8NA 5IHRA 5KZ6A 2WPGA 2PI6A 3AJ7A 1QPKA 2VZTA 2ZICA 2XM2A 3J7HA 5IXEA 4U5IA 1OD8A 2RGLA 2QF8A 3AIEA 5ABGA 2CIPA 2VX7A 2Y24A 4BCEA 2ZX6A 2YDSA 2GJXA 4AD1A 2JFEX 3G6LA 1PIFA 4KH2A 1XH0A 2WVSA 1V6XA 1NOWA 4Z2LA 5AYBA 1C8YA 3BC9A 4Y7EA 3VMNA 1B3YA 1UR4A 5BXSA 4ACZA 2ZXBA 2BY1A 3SUWA 1JZ8A 2IXUA 3M6DA 4HA1A 2Y2WA 4Q7NA 2PWEA 4UFMA 3VX1A 3VINA 5FOOA 1W9UA 3FNDA 3TOPA 3WQWA 2DSKA 4BA0A 2YBUA 2C0HA 2ZX8A 1R87A 2O9OA 2CBVA 1B2YA 1UD4A 3CUFA 3GH7A 3OLGA 1KFWA 4MB3A 2BY3A 5A8NA 3DYOA 2FHCA 4M81A 4WLCA 2GUYA 2CBUA 2A3AA 3A4AA 1B1YA 1PX8A 1PEZA 4UFIA 3N15A 5I2UA 1BFNA 3AZTA 2G3IA 2VRKA 1CZ1A 1K9FA 2CITA 2VX4A 2XHYA 4AMCA 2YBTA 1MFUA 1J11A 2WMGA 5BXTA 2QLYA 5CZKA 1V0KA 3PTQA 1V6WA 1HX0A 1IT0A 4N42A 1M01A 1DWIM 5HXMA 4GKLA 2WLYA 4MJ2A 5IFTA 2WCSA 1HN1A 3CZ8A 2PWFA 3AIBA 5HPOA 4F9JA 1JAKA 1O6IA 1W32A 1W1PA 1QW8A 2J7FA 2WZHA 3PZUA 4KGLA 1SMAA 2VQTA 1AVAA 1B3ZA 4PSPA 2CKRA 3NYDA 6CGTA 4AISA 2X1IA 1WDQA 1W9PA 3WUEA 1Q6GA 3PZIA 3LPOA 4HOXA 4GI8A 5JIWA 4K68A 1FH7A 2WXDM 1XSJA 4GQRA 3HN3A 2WVUA 2GK1B 1FHDA 4M80A 3VGBA 3PHAA 1V0MA 1BYAA 3AIRA 3N04A 3VGFA 2DPEA 1KWGA 3NDZA 4FLSA 2BHYA 1B30A 2WWDA 4RE3A 2VZOA 4UQ9A 3VIPA 3BLKA 4W7VA 4UTFA 1SFSA 4GXPA 2W66A 5A6SA 2O9TA 3KL0A 5CSUA 3VO0A 3WDPP 1TA3B 1JF6A 4OJYA 4MDOA 4JL1A 3B9EA 3K4AA 1E5NA 3GH5A 4C7GA 1UHVA 1JDCA 2XVKA 3ALGA 4HOWA 1TFVA 3W4RA 2XG9A 3BCDA 1KCLA 4GZIA 2A3BA 1A47A 1UUQA 3W25A 1FH9A 3UERA 1UZ4A 3AZSA 2OWCA 4IUGA 4PUEA 3BSGA 5A95A 1IZJA 3F4VA 5HOSA 5KEZA 3UG4A 3OBAA 1RD6A 4HA4A 2WM0A 1UWUA 4HP5A 4EK7A 1UWTA 3PZOA 2ZUVA 2WHKA 3ALFA 4PMRA 4DUWA 1E6RA 4WKFA 2CBIA 3ARWA 1UKPA 1KXTA 3EYPA 3AMDA 3OLEA 4ZE5A 5JBDA 4TX6A 5D9PA 1Q6DA 2BVDA 4LPCA 3WF4A 1GW1A 3VIOA 2Y4SA 1V3LA 3RCNA 3POHA 1KR0A 1Q6FA 1HT6A 4CCCA 4FMVA 4OBSA 1CWYA 3VD3A 4A3YA 2WSKA 5AC5A 1GOOA 4P7LA 4RL3A 4MTVA 3WMBA 2GFTA 2E8YA 1E1FA 3MKKA 1UZ1A 3D5HA 4HZ6A 2J4GA 1JYNA 1IV8A 4GQQA 2EPOA 1XV8A 1HNYA 5A6AA 2VMFA 3GNRA 3WH8A 4MNLA 4NZCA 1LJYA 4UCFA 5ABFA 1NWRA 3ARYA 4GO8A 5I5RA 1E3ZA 2VCCA 3VVGA 2ZIDA 1ISWA 2VZUA 3WH7A 1C7TA 2G3MA 1E70M 4J7RA 3A4WA 2J7GA 1E0XA 4FK9A 3WKZA 4X0NA 1V3HA 2WB5A 4PMDA 3AIVA 1VFMA 1E3XA 3VNZA 1E9LA 3L4YA 3S6TA 4PMQA 2FHBA 4F9DA 1BQCA 4WSKA 3ARVA 4UQDA 4CU6A 3L2MA 4H04A 3AXXA 3NSXA 4JKMA 3WL0A 5EB8A 5AYIA 4AW7A 4NI3A 2OYMA 2BXYA 1H09A 3RMEA 3WMCA 4RE4A 1UR2A 1WZMA 1VFUA 3TTYA 3AXIA 2ZUMA 4ZE4A 1A3HA 1R85A 4YHEA 5BRQA 2CNCA 2VX5A 3GNPA 1QVBA 3EMCA 3K8KA 3RJYA 4AY1A 4ZEPA 4D71A 1OWQA 5I6SA 4UOJA 1EGZA 2UY2A 3AIWA 3U57A 1V6UA 1UR1A 2DT3A 3ZT6A 3WBAA 1M03A 3PZVA 1GCYA 5AY7A 3WDHA 1K9DA 3PZTA 4AEFA 1W91A 2DSWA 2WNWA 3QOKA 1V02E 3CHEA 4QCEA 3RJXA 3U7BA 4F8XA 1JD7A 1L8NA 2Y8VA 3CIVA 3CHCA 1XCWA 4XX6A 1Q4NX 2GJXB 1OCQA 3I3BA 1C93A 3WH6A 3CZEA 3T08A 1GOKA 2HISA 4D72A 1VFOA 4CD8A 4P7QA 3LMYA 3RM9A 2VTFA 3A47A 1DWJM 1HXJA 2CCRA 5JIPA 4LQ1A 2G3NA 1ODZA 1UH3A 4PCTA 4PMVA 1QHZA 3ZJ6A 3I3DA 1LF1A 4UOZA 3A6OA 1UQZA 3SCPA 2YLAA 1QI5A 3VGHA 1UD6A 2EXOA 1WZKA 3ARSA 1E43A 3AHVA 1YHTA 3ARQA 3GTNA 4GPNA 4UNIA 4J3XA 1LL4A 4AZ6A 5CPSA 4AD3A 2OSWA 2DDXA 3UEQA 3CUJA 3K8MA 1UKOA 1OINA 3WNLA 4AZBA 4BQ4A 5A8PA 3OLDA 3VGEA 2F8QA 4XUYA 3OZOA 3N1AA 2BVYA 4PCSA 3VDAA 1QNSA 2Z1SA 2VRJA 2DSVA 1DEDA 2X0YA 3SCOA 2Y8KA 4W93A 1VENA 3IK2A 3BAXA 1X6NA 1NWSA 4AIUA 5D8WA 1JFHA 3BSHA 5CJ5A 4CD6A 1V3JA 1K6AA 2W92A 2XGIA 4OOUA 2G4FA 3QHNA 4MB5A 3RIKA 2DH3A 3PZGA 1BYCA 1UR9A 3GBDA 3BAIA 4U2YA 1UG6A 3W27A 5EBAA 1UR8A 5BRPA 5D9OA 4W5ZA 1FP8A 3FHQA 4QAWA 3W37A 4U31A 2YDRA 1C91A 3DECA 2VQUA 1MQPA 3W28A 4HA3A 2NSXA 1W3LA 4URIA 4P8WA 1QI4A 1V02A 3DYPA 1J0IA 4TUFA 1JAEA 2FGZA 4EAMA 4RE2A 2CXGA 3EDKA 4AZCA 1NWTA 3UESA 4W87A 3N11A 4CU7A 3BAJA 1R86A 3E1F1 3EDDA 1E0WA 2ZUTA 1E6NA 1CNVA 3L4ZA 1XSKA 2QMJA 1J9YA 2BY2A 4NRSA 3WELA 3AHTA 4LYRA 2WANA 5DMYA 2J7CA 2PBGA 4MDPA 2A3HA 1E73M 3WQVA 5FCZA 3CMGA 2DIJA 3MS8A 3ARUA 2EBNA 5CLTA 3T0BA 1HJQA 1H3GA 2V3EA 2W91A 4ZFMA 4TX8A 3W38A 2ZUWA 3VMPA 2O9RA 3MUAA 5D9NA 1DHKA 2W4XA 1JZ3A 3EDFA 4CN4A 3AIQA 3GXIA 1OIMA 3LPGA 3TTOA 2VUYA 5JBFA 1MW3A 3K4DA 2XGBA 3KWXA 1V6VA 2YKKA 1E1EA 3WNNA 1FFQA 1QNRA 4AC1X 2E9LA 3ZQ9A 1OT2A 1CYGA 2VJXA 4P8UA 4D6DA 1AQ0A 2QMKA 3OZPA 3OA5A 5HPCA 3OG2A 4EANA 5A6LA 3AS0A 1B0IA 1H5VA 4E4PA 1V08A 3W26A 4J3SA 3GZAA 1C8XA 4WKAA 3SCVA 1BAGA 1C92A 1TMQA 2V38A 2ESCA 4F66A 4HZ8A 2AAAA 3TTSA 4UFKA 3VIMA 2VVSA 4UFJA 4YN5A 1IZKA 4D6JA 5ABFB 3KEHA 2XSBA 2WZEA 1ITXA 3MUY1 3ZIZA 3S2CA 3SCUA 3WD2A 1ISXA 2WHJA 3AOFA 4UR9A 1B90A 1V3MA 3AHYA 1GHRA 4AZGA 2VNCA 4UQBA 3CH9A 2XYLA 4W85A 1UKQA 4TVUA 4BQ3A 3WD1A 2CHOA 1MYRA 1CGWA 4LXFA 1H11A 5GQBA 2ZWYA 5LA2A 3L4TA 3L4UA 5CG0A 1I1WA 1PJ9A 1UYQA 5D4YA 3CMJA 3FHAA 1W1TA 4DM1A 4AZ5A 1CDGA 2GDUA 1E4IA 4U3AA 1AQHA 2VCAA 2C7FA 3NSNA 2D0GA 3EBVA 4CCEA 1JD9A 1ZS2A 4FLOA 1LLOA 4OIFA 1H1NA 4GO9A 4WJXA 2TAAA 3WEZA 2WKGA 1ESWA 2D3LA 4D6EA 1J0JA 5LA0A 1JZ4A 3ARRA 1W9BM 4GI9A 2J7EA 5HBFA 1GNXA 1K9EA 2PWHA 3CBWA 5C70A 1W1VA 4UFHA 3GNOA 3WFZA 2V5CA 3SCQA 2DQXA 4V2XA 5LA1A 1M53A 3IAPA 2J7DA 1JXKA 5AC4A 1I75A 1AQMA 2J25A 2VO5A 1VB9A 4E2OA 1CXLA 5I77A 1VJSA 4JFVA 4E8DA 2D2OA 1GJUA 1V0NA 2J8FA 3AYRA 4JFSA 2BXZA 1HVXA 2J7BA 1G0CA 4KMQA 4D6FA 1MW2A 1VJZA 1V6YA 1XD0A 3O6AA 2YA0A 1WPCA 1W3KA 4MPKA 4CVWA 1QI2A 1W3HA 3VOCA 2XVGA 3WEOA 4R27A 1K9TA 2WBGA 1PX3A 4MNMA 3SCRA 3EMZA 3IJ8A 4TTUA 3OIHA 2E9MA 4JHZA 4QLLA 4H41A 3W6MA 4DWSA 1X1NA 3AHXA 3VIIA 1OGSA 1TUXA 4CU8A 7TAAA 3AFBA 3MU7A 4H8HA 2VZSA 1D7FA 3CPUA 1CXEA 1HKIA 4M29A 1E5JA 1VEPA 4J3VA 5M5DA 1OBAA 2FH8A 4U33A 8CGTA 3W29A 1KR1A 4M1RA 4MNKA 4D6IA 4AIEA 1EHAA 1G5AA 1XYZA 3WSUA 1BVZA 1FFRA 2ZXDA 4U3CA 3WNKA 4P8VA 5FL0A 1VIWA 3ARTA 1WDSA 2XVPA 1MW1A 3VMOA 2DSZA 1MWOA 3AYSA 5EFDA 1TVNA 4XZBA 4UFLA 1UQYA 3QGVA 1HJXA 5M17A 5BXRA 3WBEA 4PMNA 5GPRA 4KRTA 5EFFA 4AWEA 7CGTA 2V5DA 1EH9A 1TCMA 3MMDA 1PZ3A 2D23A 3SCNA 5FL1A 4Z2HA 1EDQA 2EPMX 1CGUA 1J12A 4S3JA 1B3XA 5E70A 2VR4A 3OLIA 4OOZA 1OM0A 2V3DA 5CXPA 3AMKA 2J62A 1JIBA 1GORA 2YL6A 1U30A 3TTQA 3VDCA 1LWHA 3A3HA 3F5JA 2NT0A 4TOQA 2XFRA 2JF7A 2J77A 1E6ZA 5C8BB 1XCXA 4CCDA 4C7DA 2BHZA 4QCFA 3AQUA 3GXFA 3B8SA 1H49A 1HL9A 1XHGA 3BLPX 4AZCB 4W7UA 4UQCA 3T2QA 2JF6A 5A6BA 2O9PA 1XH1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BMW A;  3W0K A;  3ZR6 A;  3VIJ A;  2JAL A;  3MV1 1;  4BQ2 A;  2CYG A;  4UOQ A;  4ATW A;  3ECQ A;  3WUB A;  4PTV A;  1QHP A;  1NOU A;  1ZBK A;  4FLQ A;  3FN9 A;  1GZJ A;  3U5U A;  3IAQ A;  5D9M A;  5GNX A;  2VVN A;  3PZ9 A;  2VZV A;  1UWS A;  2XM1 A;  4CN6 A;  3ZOA A;  5D8Z A;  2WLZ A;  4PTX A;  3VD9 A;  2XPK A;  1JFX A;  3UCQ A;  4W8L A;  4ACY A;  1E40 A;  4AZH A;  1TE1 A;  4JIE A;  2AMG A;  3AS1 A;  4Z2I A;  4AEE A;  3WF0 A;  3W81 A;  3IAN A;  3QHM A;  5IFP A;  3SUV A;  3BAK A;  4V28 A;  1EDG A;  3CHF A;  3RM4 A;  2EQD A;  3GM8 A;  1LWJ A;  1XRV A;  2XFF A;  3LPF A;  3BH4 A;  1F4A A;  1H2J A;  2ZUS A;  1JYV A;  2HVM A;  1WCG A;  4JHO A;  5E6Y A;  2JE8 A;  5DEZ A;  4HMC A;  3THD A;  3MUZ 1;  2DIE A;  3VUP A;  1QI0 A;  2G8Z A;  4WSJ A;  2G41 A;  4AD0 A;  3K8L A;  2X2Y A;  1QI3 A;  1E0V A;  2F2H A;  4UQE A;  1WKY A;  3RDK A;  3QR3 A;  4J28 A;  5ABE A;  2FH6 A;  4DWS B;  3ZO9 A;  3VDB A;  1GUV A;  2CES A;  1WE5 A;  3QHO A;  1NP0 A;  5HDR A;  4W8A A;  3TA9 A;  1J10 A;  3MAN A;  1SYT A;  3WD0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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