4IUOA

1.8 angstrom crystal structure of the salmonella enterica 3-dehydroquinate dehydratase (arod) k170m mutant in complex with quinate
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
259
structure length
259
Chain Sequence
NLYFQSNAMKTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPMIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of type I dehydroquinate dehydratase in complex with quinate and shikimate suggest a novel mechanism of schiff base formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 97
structure length 259
sequence length 259
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2013-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4iuoA00
1W5MA 5I3FA 2JBMA 2ZYFA 3FKRA 1H7NA 1FWSA 4DQWA 4JDBA 4JEQA 3UWZA 4X9SA 3UWVA 1Q6LA 2VFEA 4JIQA 4P61A 2PURA 2ABBA 2XN0A 2YR1A 3H53A 1A53A 4Z1AA 1LCOA 3OIXA 1L6YA 3HG2A 5D09A 4DO5A 3C2OA 3W6YA 4NNCA 4WY0F 1WAUA 2E5DA 1R47A 3RF9A 3EKLA 5LNSA 5HWNA 1WOAA 1RQEA 1OFEA 3CU2A 1IIGA 1XDMA 3NNTA 3W7PA 1RVGA 4JYEA 3G1DA 4UNKA 5HNRA 1CW2A 1AK5A 2R8WA 5TQLA 3G3DA 4M7TA 1A5AA 1LRQA 1N55A 4WQ6A 5AN7A 4JTTA 3A23A 1W3TA 1G4TA 2ZRUA 1XUUA 4QITA 3VNDA 2E6FA 1TPFA 1YTKA 2GJNA 1CI1A 4WX2A 2VFGA 1PCKA 4RZ4A 3GDRA 4EVZA 2HS8A 3FJ6A 4BI7A 2BTMA 3N3MA 3UY7A 1GG0A 2X1TA 3CLMA 1QAPA 4NJKA 3UZJA 3GKAA 3DFNA 5HR6A 3DHFA 4K7VA 4O10A 2O7QA 4WXYA 3SJ3A 2RDUA 3P81A 3PS7A 1QOPA 4JXCA 4RZ5A 5D2VA 1KBJA 1TPVA 3LBMA 1YPFA 3DFOA 3NZ1A 5I3HA 4MY9A 1SFLA 3B05A 1QWGA 4TMBA 1D9EA 4JIPA 3FOKA 3R8RA 4O4WA 3HBLA 1X8FA 1ZHAA 4FNSA 3GYEA 1OX4A 1Y0EA 5G2WA 3NEVA 4GJ1A 3CB8A 4JTFA 4O13A 1VZWA 1S5VA 3MBDA 2PC4A 2BLEA 2FFCA 2QF7A 2NXIA 1QPRA 1KTBA 6TIMA 5BOOA 1R2TA 1X7FA 4NJHA 1RQBA 4NXKA 4MPQA 4UFJA 1X6UA 2AGKA 3KX6A 2ZCGA 3MHGA 4UTJA 3NAVA 4XBKA 1JULA 1KFKA 3NM1A 4FX6M 4IPJA 3FYOA 5F2LA 3NQEA 1QO2A 2G95A 3W1AA 3BLEA 2DZUA 3C56A 1ZAIA 4I7UA 5F1UA 2CLFA 2ZRWA 2V5LA 5T26A 3D0CA 4MZ1A 2VFHA 3NPVA 3TA6A 4E0CA 3GNNA 1W3NA 3W71A 2DZPA 4LRSA 5AHNA 2QCGA 4NX0A 2C15A 1VS1A 1R46A 3QW3A 2B4GA 2B7QA 1K8XA 2H90A 1PIIA 1GVRA 1Q3NA 3I7SA 3STCA 3WFAA 2ZZ5A 4OV9A 3E96A 2ZBTA 4ICNA 1S3HA 4LT9A 1TJPA 4NJJA 4MFDA 5D38A 1X1OA 5HQEA 5HUOA 1W37A 1L6SA 3M41A 1JUKA 2CLIA 3QPYA 5HUPA 1PHQA 3VCRA 2Z6IA 3GDLA 4JTSA 4PEKA 3ATYA 3I65A 1LRNA 3W1QA 4LNYA 1LOQA 4XKYA 4O4VA 5D2XA 3O15A 2VOMA 3HPSA 3IIZA 3NL5A 4KFPA 3TJXA 2FPYA 4A21A 2X16A 3TSMA 1W5QA 2C6QA 2WOQA 2C14A 1MEIA 3HPZA 4O57A 4WOQA 2DJLA 1WA3A 2A2IA 2QEZA 5KMYA 2NXGA 1H60A 3MYOA 4A29A 5IBXC 3DI1A 1J2WA 4UTLA 2ZRXA 4E2DA 3QJAA 1E51A 3C52A 3FKKA 3LTYA 2ATSA 4QQ3A 2WV8A 4LW7A 4BWLC 3ZWSA 2BZNA 3SZ8A 3RLVA 3HIJA 3NGJA 2YYTA 4K7YA 4AAJA 4Y90A 2WO5A 3W2KA 3P84A 4UFIA 1THFD 5CPLA 3PUDA 4M7SA 2HTMA 3UWYA 3N19B 3N73A 1GVSA 4A2RA 4XQ6A 1IXPA 2B7OA 3NYZA 3W07A 4UMBA 3DKJA 2VXNA 3KFTA 5EPDA 2YXGA 5HWJA 2QCFA 4AHQA 3W7KA 2QJIA 3QC3A 5F2GA 3FLUA 3L0GA 1SW7A 1YXDA 3IIOA 1JQXA 3W2UA 1HFBA 1FQ0A 1LP6A 3R2GA 3KRZA 5FF4A 1XBYA 1DQWA 3ATZA 5EL1A 1VJIA 5KZEA 2E68A 1KLYA 3NL3A 1FDZA 3GXNA 2R94A 2W0UA 4ZQNA 3IV3A 3TE9A 1GPWA 4MY1A 3RU6A 1MZHA 5IM51 4AWUA 3FIGA 1ADOA 4O1BA 2CW6A 3YPIA 3PF3A 4JY9A 2DZTA 1WOBA 2E5CA 3G3MA 3PG8A 1SUXA 4JY8A 4Z1CA 3QMRA 1LRTA 3EX4A 4JX5A 2R14A 1DL3A 1EX5A 4IJBA 2C3ZA 3SECA 3B0PA 5EYWA 4QSHA 3W7EA 2GQ9A 1B57A 4UTHA 3INPA 2J88A 3ANYA 2G5WA 4UUIA 1GZGA 4O52A 3WK2A 4P2VA 4O8RA 3TIMA 3QQ1A 2ZQ0A 3GDMA 1M7OA 1RQHA 4EIVA 1JRCA 2DORA 3PBWA 2GVLA 1FX6A 1XCFA 1NF0A 1P4CA 1A5SA 1W56A 3HF3A 5SWUA 5H91A 1DQXA 1T0OA 4Q4KA 3GLCA 3GB6A 5E93A 3C2RA 1XBXA 5F4WA 3NPWA 4HKPA 1SW3A 3CC1A 3S6DA 3KRSA 2Q8LA 1JJKA 3TAOA 2H6RA 1H61A 2YX0A 1OYAA 3I7QA 5D2TA 3U6WA 5I3IA 4MOZA 4KKXA 3A22A 3LX9A 2VKZG 1C8VA 1OYBA 4RZ6A 2QAFA 1VCFA 1W5NA 3AJXA 5AYZA 3W1UA 3A5FA 4R53A 4CCCA 3OEXA 2V5BA 5EA9A 4H4IA 4O53A 3O6CA 4KWVA 2Y61A 3MI3A 4POCA 5CSSA 4NZJA 1LROA 2DZSA 4YMZA 2X1SA 3N9SA 4Y6GA 4DELA 2CLLA 2I9EA 5AHIA 1KM2A 4Z1DA 1I2RA 5DCEA 4A2SA 2A5HA 2WNNA 4K39A 4GUJA 3NQGA 2FDSA 3W7MA 5LNRA 1NAL1 1BEUA 3NL2A 3P82A 1KFEA 3LXBA 1H51A 3Q37A 3R89A 3IGUA 4FNUA 3G22A 1EWEA 4M19A 3W7RA 4ZVJA 3TNOA 4IXHA 4DO6A 2FB3A 1FWNA 3S1VA 3LOTA 3TMLA 4N9BA 1R2SA 2E6YA 1AMKA 4NVTA 3FJLA 1QFEA 1I2QA 2TRSA 3ABQA 3W70A 4R7JA 3LRMA 1GJPA 5FF0A 1ZCOA 1PHWA 3DBPA 1OFPA 1F6KA 4O17A 4KFNA 1LBMA 2HSAA 4DXVA 1W31A 1F76A 1TJRA 4YL2A 2DP3A 3R5EA 4X2RA 3NQMA 4M6QA 2ZRZA 2A21A 1LTDA 4AEOA 4G1KA 3JR2A 2PRMA 2B7NA 4Z0JA 1VYSX 3W83A 2E09A 4XTDA 4OWGA 5D33A 1H7XA 1DOSA 1SO4A 4GRSA 3EWWA 3B0VC 5F2IA 3SSJA 4WY0B 2EHHA 4YWIA 3C2FA 4ADSA 3NQCA 1LLZA 2DJXA 3TFXA 3B06A 2NX9A 4DO4A 1RR2A 1DV7A 5A8GA 2Y88A 4HIBA 1QO5A 2C16A 4JTKA 2QCCA 4H6KA 1XUZA 2A7RA 1VPXA 1FUYA 4AVFA 5G5IA 3V1PA 1F73A 4JTEA 3SI9A 3VI2A 1FXQA 5TIMA 4RX0A 3TC6A 1TTJA 3CIWA 3NO5A 1F74A 1OFAA 2QCEA 4K6AA 3G0UA 4EOUA 3EKZA 2DZVA 3FYPA 3F4NA 1I2NA 1OFBA 2Z6JA 3NL6A 1U5JA 1DJNA 2PCQA 1C9DA 1H7RA 2C1HA 1I45A 4NT0A 4AHOA 5LHFA 1OFDA 1W5PA 3MHFA 3W1NA 2H3DA 2VC6A 2ZZ7A 3M5ZA 4FXSA 3W86A 5C54A 4UFHA 4O28A 4FNRA 2WSQA 2V9DA 3HJZA 3GR7A 5D03A 3SGUA 3PVFA 1K7FA 1Q45A 2Z0IA 3N2MA 3G1YA 2QKFA 3W7NA 4LU0A 2A7PA 2A4AA 4RLIA 3USBA 3MP3A 2RHGA 3GDKA 2D73A 3W7OA 5TBOA 4LVAA 5HULA 1OX5A 3S9YA 2VFFA 4BI5A 3LRLA 4FHAA 2A7NA 3W1XA 4IPIA 4HNNA 3QSTA 3HO8A 5FF7A 4UTIA 3TMQA 1QR7A 4NX5A 4OU1A 2QUUA 2NV2A 2QDHA 3NQAA 3QYQA 5CPOA 3FA5A 3M16A 4LUJA 3W2JA 4LTSA 3RNDA 5CZJA 3EWYA 5CSRA 2NWRA 2WJZA 5K3VA 4UTTA 2TPSA 4IX0A 2ZRVA 3BARA 2TYSA 1VC4A 4QNWA 1I8JA 4LVBA 4UFKA 3SFKA 1GYLA 3QRHA 1KW1A 5D02A 4XTIA 3C4UA 4QISA 2G97A 4LVFA 1F2JA 5AYXA 1MEWA 1LDCA 5A5WA 1AL7A 3QEZA 1KFBA 5BMWA 4N9CA 4O14A 3E0IA 4EF9A 4CQ9A 3WJYA 3NM3A 5BNKA 3LGEA 1RPXA 1UJPA 1QPOA 4HNUA 5CZSA 1G67A 4MJZA 1RD5A 1G4SA 1QNVA 1RZMA 3S1XA 3UY8A 3G8RA 3MYPA 4NJIA 1XXXA 5KINA 4BFAA 3NXFA 1WX0A 4O11A 2V30A 1SPQA 1L2UA 5AC6A 4ZZ9A 4OV4A 3C0JA 2C13A 3A5VA 4JYFA 4XUGA 2FQIA 3G24A 3NQ8A 4ZL1A 4ZQMA 3BW2A 3U8GA 4QJ1A 5LHEA 2H8ZA 4K8EA 2R91A 1Z42A 4QNEA 4RCXA 3G0SA 1ZJIA 2WQPA 5K9CA 5E1QA 4AWTA 2HS6A 4UMAA 3B0UX 4NU7A 3G1SA 2Y7FA 5F1VA 1KM3A 3LXAA 4PFMA 2FTPA 4JTLA 5C5YA 4JGDA 1OYCA 3PY2A 4O1AA 3TQKA 4K38A 3W1PA 1O60A 1JCLA 4BI6A 4JN6A 2XN2A 2XFWA 3TJLA 3HGSA 1YTDA 4PC8A 3GX9A 4L4LA 2EPHA 3CHVA 3W75A 1PS9A 4JNMA 3GZ3A 3L9CA 3NQ7A 1FXPA 4A22A 3P5YA 1MSSA 3Q94A 4ZQRA 2OMAA 1TO3A 1EUNA 3NQDA 4Y9AA 3UD6A 2X30A 1AL8A 4UTMA 1OK6A 3PBYA 3CIXA 2ALDA 3DH7A 2A1YA 5BMXA 2C19A 5AHFA 1TPEA 3FEMA 1NEYA 3LV6A 4D2JA 3UWQA 3BGGA 4LOCA 1ICSA 3M5YA 4GUIA 2YFNA 3HB9A 4PCFA 5AFDA 5L9FA 1OX6A 1PL9A 1TPWA 3QPZA 3EB2A 3STEA 2V2DA 4O15A 2GPTA 5FEXA 1JRBA 4FO4A 1AW1A 2V8ZA 3P80A 1T96A 1KA9F 3W1TA 2WSYA 3LCXA 1HTIA 2Y6ZA 2BXVA 1FWTA 2GVGA 2FPVA 3CWNA 4NJGA 1I2OA 2F84A 3KRUA 1FBAA 1O95A 2QUTA 1JCJA 3TQVA 3DKLA 3O1NA 1SZNA 4HHPA 1W8SA 3OBKA 3Q2DA 2W79A 1OF6A 3S42A 4IMDA 2RFGA 2CLHA 1SW0A 4WOZA 3W2MA 5D05A 3PSWA 1JUEA 3MI2A 4PODA 2GQ8A 3TW7A 3W87A 3KAOA 4WD0A 2YFOA 1TQJA 4LRTA 1YADA 2QR6A 3G0XA 5AYYA 5FI8A 1TRIA 3IVUA 3QMTA 1KTCA 3C2VA 5C2XA 2Y7DA 4UNLA 4WY0A 3TXVA 3HGRA 4M6PA 3LV5A 1K02A 4NNAA 2CLKA 2E77A 1DKWA 3MMTA 1ALDA 4QAIA 3N9RA 1JUBA 1XC4A 1O5XA 5F4SA 3P60A 4O1DA 4GC4A 3DAQA 3S1UA 5AC8A 4TO8A 1QPNA 3C61A 1ME7A 1UUOA 3BK0A 4U4MA 3PBVA 3QZEA 3JS3A 5FF2A 3P67A 1DHPA 4DF1A 1GOXA 3IIPA 3QF0A 2V82A 1SQ7A 3IIXA 3H54A 4NQ1A 2Y63A 3M5VA 2E6AA 2JKPA 5LGXA 1J4EA 1FWRA 4ORMA 4WXZA 1TRDA 1XI3A 2FJKA 1BWKA 1A50A 5HWMA 2X1UA 3MJYA 3N14A 2BWGA 4QM1A 1SU5A 1TB3A 3P8JA 2ZZ2A 2JGYA 4UC5A 4JYDA 4MZYA 3LI1A 4RK8A 1LOSA 3F4WA 3UWUA 1EP2A 1PE1A 3W2LA 3NPXA 1JQVA 3QFEA 3T44A 1G7UA 4DBDA 1ICQA 1NFBA 1TPC1 3EX1A 3GK0A 4X22A 3A21A 4UMCA 5D32A 1EA0A 4R33A 4PH6A 3W3OA 4U28A 2Q3OA 3W85A 3HG5A 4B5NA 3L21A 2J9XA 4LUIA 3UZ5A 4O0KA 2B7PA 1ZENA 1WDWA 2TMDA 5LNVA 1FDYA 3DU0A 5J5RA 4PL2A 3IVTA 2EKCA 1H7OA 3VE9A 4NNBA 3S5ZA 4AXKA 5K2ZA 2NUXA 4O12A 3BW4A 4I7VA 4AF0B 2ZFAA 1I4NA 3K30A 3CM4A 3E02A 5K9DA 4JS3A 3ZWTA 3IGSA 5DBUA 3O6DA 1S5WA 3MP4A 1EIXA 1N7KA 3F1QA 3O06A 5CPNA 2QDGA 4FIRA 3HGJA 5LNUA 2ZDRA 3T4CA 1B4EA 1LOLA 3OVQA 3NOEA 3W1MA 1H1ZA 1VH7A 3HG3A 4JTIA 5CG7A 4LS2A 3MWAA 2OX1A 4HNTA 1H7WA 4E2BA 5GVJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1QPQ A;  4LC8 A;  1K3U A;  2CZE A;  2NXH A;  3STF A;  3NQ2 A;  1VCV A;  3LER A;  4YCO A;  3GR8 A;  1D3G A;  3L0K A;  3TUU A;  5HR7 A;  5LZL A;  1KM1 A;  3G1H A;  1JR1 A;  1SO5 A;  2J6X A;  3FFS A;  5DN1 A;  2DZX A;  1JVN A;  5E0K A;  4GFS A;  4GUH A;  3BW3 A;  1I2P A;  5CKS A;  4O50 A;  4S1F A;  3TXZ A;  3BG3 A;  3EX6 A;  4ONV A;  3ZFH A;  2J9Z A;  2RDW A;  2XN1 A;  4DPP A;  2VEM A;  3NQV A;  4MLJ A;  1G4P A;  2NZL A;  4MZ8 A;  5KZM A;  2WKJ A;  1GQN A;  4N9E A;  5FF3 A;  4MYA A;  5F2M A;  3OVR A;  4MUZ A;  1KFL A;  1F6P A;  1C29 A;  4K36 A;  2Y62 A;  1TSI A;  1P0K A;  1YXY A;  2IQT A;  2OCZ A;  5LGZ A;  4KFO A;  2P1F A;  4GNJ A;  1IXO A;  3LCI A;  4O0Z A;  1TYG A;  1GVO A;  2E6D A;  2JKA A;  3EX2 A;  5BRB A;  3TCE A;  4YCP A;  5DEL A;  1IXQ A;  2J24 A;  1W1Z A;  3P62 A;  4JIC A;  1SSG A;  3NDO A;  4HSO A;  5I3G A;  3KVM A;  3W1L A;  4JTU A;  1PVN A;  1R2R A;  2V0T A;  3THA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2W3Z A;  5I3F A;  1TEL A;  4JEQ A;  4HA3 A;  3PNU A;  4E5T A;  1CLV A;  1W1I E;  3N3T A;  2FGZ A;  3A4X A;  3WN6 A;  3SUS A;  3OIX A;  1L6Y A;  3HG2 A;  4A4A A;  4NNC A;  1OC7 A;  1R47 A;  1EL3 A;  3RF9 A;  2OGY A;  1NWS A;  5HWN A;  1Q5M A;  3VNI A;  1V51 A;  3CU2 A;  1XYC A;  3N4E A;  3W7P A;  4UNK A;  4Q4P A;  3U2E A;  4JNY A;  2EPN A;  4JFV A;  1UR9 A;  1N55 A;  4JTT A;  3A23 A;  3F5L A;  1E3X A;  3OVG A;  1KRC C;  1JYX A;  1G4T A;  2ZRU A;  2E6F A;  4X0V A;  2GJN A;  3UXL A;  1PCK A;  3GDR A;  1A5M C;  4FLR A;  1UYQ A;  4EVZ A;  3IJ7 A;  2X1T A;  1GNX A;  3CLM A;  4AYS A;  2OR2 A;  3DFN A;  2DIE A;  4AST A;  4Q4S A;  3ISI X;  3SJ3 A;  1CGW A;  2RDU A;  5TAO A;  3P81 A;  4S3F A;  1KBJ A;  1TPV A;  4IFO A;  1U30 A;  4MY9 A;  1TE6 A;  4JPG A;  1HVX A;  4TMB A;  3VOF A;  4JFU A;  3AU2 A;  1U1U A;  3FOK A;  3VDG A;  4ZOA A;  2AQO A;  1OX4 A;  4FI4 A;  4ERG A;  1ECQ A;  1CB7 B;  2VWT A;  1BAG A;  4IQJ A;  3EPO A;  1EJS C;  5EU9 A;  3MBD A;  3QV9 A;  2F61 A;  2PC4 A;  2BLE A;  3NJ3 A;  2NXI A; 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