4JEQ | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	MSKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGDTNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma cruzi
publication title	Different contribution of conserved amino acids to the global properties of triosephosphate isomerases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE, GLYCOSOMAL
total genus	91
structure length	250
sequence length	250
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2013-02-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4jeqA00

2ZA3A 4CCCA 2Y7GA 3G8RA 1VPXA 2A0NA 2OT0A 4WOQA 2GVGA 3W23A 4BK9A 4RKAA 3N9RA 3P81A 3O6YX 4PODA 5H2ZA 3NEVA 4NJHA 2V2HA 3L0GA 3MYOA 4OWGA 2YSWA 1OFQA 1TPWA 3UXDA 2QR6A 2WPBA 4PTNA 3T4CA 2Q3OA 1I2OA 1JUEA 3FYPA 3I7SA 1EB3A 1ICPA 4GJ1A 4A21A 2BX7A 3BG3A 3HOJA 3S0CA 3P82A 1W5PA 3W84A 4LVBA 3W2NA 5HWNA 1K03A 1QFEA 3B0PA 3CTLA 3GVGA 3L5LA 5DBUA 3KRUA 4BR1A 3I65A 5D30A 4MJZA 2GVJA 4N4PA 1EP1A 3KXQA 4GUGA 4JTJA 4RX0A 1TTPA 3G1AA 3KVKA 4HNNA 1MXSA 5EA9A 3NQMA 3LB0A 3W7LA 3KVMA 4UIOA 2RH9A 3W75A 2QAPA 4PH6A 3LCFA 4LY8A 3H55A 4R7JA 1G4EA 4O10A 1RR2A 1N7KA 4OT7A 1JCLA 3P5YA 3EX4A 4DBDA 2ABBA 1W0MA 1YXYA 2E77A 4UMBA 1H5YA 3L21A 3NQFA 4LS1A 1T0OA 2TYSA 4CCEA 1ZAJA 3NZRA 1F2JA 4UTWA 4UFHA 3W73A 3LV5A 3CU2A 2DZPA 4OV4A 3ZWSA 4HHPA 3VFLA 3W7IA 1KM2A 3EXSA 3C3NA 4R53A 1BTMA 2OX1A 3QM3A 3F03K 3OBKA 4R33A 3HG2A 4NU7A 3NQ8A 3CIWA 3IIZA 1TPFA 3NM1A 4MZYA 4UR7A 2CLLA 5LSMA 1T8XA 4AHPA 1JCYA 2NX9A 3O05A 1IXPA 4UMCA 5FF3A 2EKCA 5LNRA 1WDWA 3LHZA 3UWZA 3TAOA 3R5EA 3P80A 4DXVA 1W54A 4S1FA 3W3OA 3EX1A 4O8RA 3G8EA 4FXRA 1R46A 1A5BA 4LVGA 2E68A 2Z6IA 4O0ZA 4E38A 4JX6A 1XBZA 3LCXA 2VFFA 1WBJA 4JNMA 5AFDA 3MJYA 1VCFA 1Q3NA 4HIBA 4FNPA 5HQEA 2GVLA 4MUZA 3W86A 3MBFA 1YADA 3PC0A 3MW7A 1G4TA 2ATMA 3QMRA 4GC4A 4QM1A 4GE8A 1U5JA 3TNOA 3CT7A 3RF9A 4K7VA 5AHIA 4ZQMA 3NQEA 2B7NA 1DQXA 2VFEA 3WFAA 3G18A 4I7UA 5KZDA 4O15A 3M5YA 2Y89A 7TIMA 2OCZA 1GVRA 3W7KA 1JUBA 4X2RA 4OBTA 3E49A 3DKJA 2DJLA 1OX6A 4RLIA 1F5ZA 5LGXA 4O1CA 3CIXA 4S2BA 1GTEA 1GVQA 3TDFA 3WJSA 3FIGA 3VI2A 5K4XA 4IMEA 2I14A 1K02A 4BWLA 3INPA 4L4LA 1QAPA 1ZY9A 3FS2A 4DQWA 4Y96A 3W1TA 2E5CA 4NNAA 4Y6GA 3PULA 3PBUA 3BLIA 3R2GA 5CZSA 1KA9F 4MZ1A 3UWVA 5A5WA 3N9SA 1QO5A 4OV9A 2OMAA 4WY0F 4AF0A 3PBWA 5FESA 3G24A 3VE7A 1OK4A 2FPTA 4K38A 1KM5A 4E0CA 4KFNA 2ZA1A 1GG0A 1SQ7A 2ZZ4A 3P61A 2VEMA 2VOMA 3B06A 4O17A 1S5WA 1TYGA 1M6JA 5EL1A 4O0KA 4BFAA 3QFEA 4JXCA 5HINA 2ISVA 5AHEA 1GVFA 1IXOA 4AB4A 2FPVA 2BZNA 1DVJA 1NSJA 3MUXA 1OF6A 4Z08A 3MHFA 2XN2A 3UY7A 1PHWA 2C19A 3KVJA 4JTTA 3IVSA 3EX3A 1RZMA 3TR2A 2NWSA 3TE9A 1PIIA 1I2QA 3WK0A 5MHBA 4JYFA 4JIPA 4JTEA 1O60A 4FEZA 3S1VA 4FXSA 1H7PA 1TPDA 1C9DA 4ZQPA 4IPJA 1DORA 4JTSA 3USBA 3S42A 1OX4B 1L6SA 4FIQA 4JICA 4LOCA 3PBYA 4UTKA 3RU6A 1XXXA 1UB3A 5FF2A 2Y62A 1MSSA 2DP3A 4JX5A 2C13A 1UCWA 1UBSA 1KTCA 4IPIA 1FDYA 2DZWA 1OYCA 3ZFHA 1EP2A 2B0MA 2CLMA 1LRTA 3FJ6A 3FYOA 1LLZA 3NO5A 3W1QA 1FCVA 2Y88A 3HO8A 4QJ1A 4Z1AA 3TUUA 3S1UA 4CLMA 1TTIA 1ME7A 1R2TA 2WV8A 5LNUA 3TW7A 5HR7A 4JGDA 3PY2A 1EA0A 3M43A 5DELA 3G0UA 5KZMA 1G67A 3L5MA 5IBXC 2Y7FA 4LRSA 3LHUA 3O6DA 3NPUA 3DKLA 5J5DA 1Q6RA 1C8VA 4WOZA 1QOQA 5K9CA 2ZYFA 3OIXA 1SU5A 1LCOA 4WY0A 1QNVA 2HMCA 3NVTA 5I3KA 1H60A 4YCPA 5D2TA 3CWNA 1W5MA 1F6PA 1CX9A 3C6CA 1VS1A 3HGJA 3GDLA 4MLJA 5F4SA 2WKJA 3ELFA 1KTBA 5CZJA 3TFXA 4CQ8A 3PUOA 1EWDA 2E6AA 1PE1A 2CLIA 4JD4A 2H6RA 2DJXA 2QJIA 1TRIA 2QCMA 3L66A 5G4WA 1LBLA 1BEUA 3A21A 1LRQA 2VEPA 2ZRZA 1I45A 1JQXA 4UFLA 3W7GA 1S5VA 4I7VA 4LUJA 1QDSA 5I3HA 1J4EA 3ATYA 4IXXA 3TKFA 3QRHA 1JULA 3EWZA 5L6UA 4DELA 1J2WA 3NQ7A 3NDOA 1SO6A 3GR7A 3P8JA 1M7OA 3BV4A 3C2RA 3PSWA 3W7OA 3KX6A 2WSRA 2VFDA 1TV8A 3BGGA 4Y90A 2WJZA 2Y63A 4O16A 3LTYA 1EUAA 4DF0A 1JCXA 3QZEA 3RFAA 2ISWA 1THFD 4JEQA 2Z6JA 5K9DA 3VE9A 1P4CA 2C3ZA 2H3DA 3W7QA 2D73A 3UWWA 2A5HA 1TCDA 1B3OA 3UQNA 3W7HA 1OFPA 3LRMA 1JUKA 3LBCA 1L9WA 2QCCA 4XTDA 2E6FA 1OYBA 4HNUA 5L9FA 4O13A 2ZRYA 3HQ1A 4QNWA 2J88A 3Q58A 1XCFA 1IGSA 3PWAA 5D38A 5HULA 2E5DA 3GDMA 1XDLA 3P84A 4RXGA 5H91A 3PB0A 3DFQA 2B7PA 2J9XA 3WK1A 2JKAA 3L68A 3NQGA 3O8AA 4YLWA 3IIPA 4LV4A 2LLEA 1A53A 3LM7A 5F2MA 3LX9A 1LDCA 5I3GA 2E1DA 4JY9A 3N2XA 2QCNA 4TX9A 6TIMA 4K37A 2I9EA 3TX9A 2TRSA 4LT9A 3NG3A 4QAIA 3ABRA 3CWOX 4TIMA 5AOUA 4UC5A 3LHTA 5HUOA 1GYNA 4MZ8A 2PE4A 3P67A 1UASA 1YDOA 3MI2A 1TV5A 1K7FA 2QJGA 3S5YA 1X1ZA 4AXKA 4KWVA 4UTIA 5BW6A 3EWWA 4NT0A 2FB2A 3W70A 3UZJA 1ZFJA 5F1UA 3YPIA 5LNWA 3TSMA 1VHCA 3LTPA 2VENA 3S5ZA 1JRCA 4HSOA 1PCWA 1V5XA 4ADTA 2A7PA 2J27A 3L67A 5K9XA 3LRKA 1L6YA 3W76A 2NUXA 4NX0A 4FB7A 1O94A 5CKSA 1YXDA 5G2IA 1Q45A 5TIMA 3SFKA 4LC6A 3W6YA 4RR4A 3DFTA 4MY1A 1O5KA 3L65A 2IQTA 2TPSA 1QO2A 2QKFA 3W22A 1W5QA 3B03A 2YW4A 1SPQA 3W2JA 3DI0A 4GUJA 4POCA 2O7SA 3QC3A 2ZZ7A 5DLCA 1LLWA 1X7FA 4GWEA 4DPQA 4U4MA 1NAL1 2FTPA 4LNYA 5CPLA 3BW3A 4UTLA 2ZTJA 2ZFAA 3W7MA 2YR1A 2J24A 3SGZA 2FLIA 4M5PA 4CCDA 4JTLA 4E2BA 5F2GA 1ZAIA 3TJLA 5C55A 2ISSA 3EXTA 1EWEA 1OFEA 1LYXA 4WUIA 5AN7A 2GJNA 3ABSA 2TSYA 5E93A 1SO3A 3T44A 4UCGA 2F7FA 4O57A 4M7TA 2CLHA 1QPQA 4WX2A 2Z0IA 3O6CA 4H4IA 1SO5A 3IIVA 4UNLA 4LVAA 1VCGA 2Y7DA 1J5TA 1GPWA 2G95A 2CZEA 3TH6A 3OVPA 3EXRA 4NJKA 1GG1A 4IMFA 2VFGA 3MMTA 3LXCA 3TIMA 4N6FA 4TMBA 2QCGA 1G69A 2VFIA 1TPH1 1W31A 3KVLA 3A22A 1LOLA 1Z42A 4JTKA 2XN0A 1UJPA 4P2VA 3DFNA 1FUYA 2NV1A 5J5RA 1DOSA 1W37A 3O15A 4IMGA 4IQLA 5D09A 3NQDA 1YYAA 4PL1A 4O19A 1DL3A 1O95A 4AEOA 3LBMA 4TU1A 3TROA 2AQWA 3L9CA 4WD0A 1KV5A 2QCHA 2ZZ5A 1GJPA 3NQAA 4GUFA 4LTSA 2W6RA 4PEKA 3E96A 2Q3RA 1FCBA 3HPZA 3LCHA 1GVOA 2PC4A 2WNNA 3KAOA 1TJRA 3F4WA 3B8DA 2VXNA 5DY3A 3LRLA 2E6DA 2QDHA 3GK0A 5G4EA 3HGSA 1A50A 4AWUA 4UTUA 2ZZ6A 4O4VA 3L0NA 1SZFA 4UTHA 2CZDA 3E02A 3NNTA 1Y0EA 5FI8A 3BLEA 2W0UA 4E2DA 2H8XA 1ME8A 3EB2A 4I7WA 3HG3A 2A1YA 1TSIA 5U4NA 1F76A 3M5ZA 4Z0JA 4S2CA 4IWWA 4WY0B 3QSTA 1PVNA 3MYPA 2H90A 1F7BA 1FWNA 1Z48A 3SY5A 1KFEA 2DZUA 3OHIA 5EY5A 3BW2A 3OEXA 3TA6A 1JCMP 2C16A 1YTEA 4KFOA 4MY8A 3QMTA 1SZEA 4MPQA 2JKPA 4O1AA 1OFBA 3BGJA 3C56A 1BWKA 4ML9A 1RQEA 2CLEA 3M6YA 4QISA 4TR9A 3S6DA 3L0KA 4IMCA 3EX6A 1H63A 2P0OA 1A5CA 3PAJA 4GXMA 1TIMA 3NL5A 4RCXA 1S5TA 2HSAA 4TMCA 4ZMGA 5HWMA 2R91A 3CEPA 4O4WA 4HT3A 3DFOA 1YLVA 3TFCA 1LBFA 1MO0A 3C2EA 4JTHA 1RQBA 1V7YA 5F4XA 3U6WA 5SWUA 1QPNA 4NJGA 3GLCA 3H53A 4BI5A 4OHQA 2C1HA 2V82A 1SZNA 1IXNA 3T40A 2FIQA 3EWUA 4YMZA 1WX0A 3W7NA 3IV3A 5CPMA 5AHNA 3F1QA 4XZ9A 3KOFA 4MKNA 5DCDA 2CLFA 3NOEA 3I6RA 1SSGA 1DKWA 4N9EA 1D9EA 4O50A 3W2UA 1W3NA 5D2XA 4NJIA 1GQNA 3PS7A 4DPPA 3I7RA 1BWLA 1XUZA 3LI0A 1WOBA 4HSNA 3GAKA 2NXHA 3NPVA 4IGHA 4IMDA 3G1HA 4JIQA 1TO3A 3LHVA 4JDYA 3W7EA 4BF9A 3S5NA 3KHJA 3WJWA 4JTUA 2ZZ2A 1QPRA 1B57A 3BG5A 4Z0SA 1TPUA 5FF7A 1FWWA 1OJXA 2A21A 4IX2A 3FA5A 1ZJIA 2WNQA 3R8RA 3QPYA 3Q94A 4XQ6A 2ZA2A 2ZRWA 3ABOA 3UY8A 3FEMA 5K4ZA 2X1UA 4UTTC 5KTLA 3ABQA 4ZQNA 3HGRA 4ICNA 5F2LA 1JJKA 3OA3A 3DHFA 2Q8ZA 4AVFA 1HO1A 3W1MA 1WYIA 2FJKA 3EKLA 1IF2A 3U2OA 4M7SA 2YGYA 3O06A 3W2KA 4CQAA 4GBUA 3BO9A 1W1ZA 3FKRA 4N2YA 4D2JA 3BVJA 4X22A 3ZS4A 3LGEA 4UFJA 1FWRA 4FX8A 2F84A 4LWWA 3DENA 3Q37A 1LOQA 5G1YA 4ONVA 5CPOA 3CM4A 4X9SA 4NQ1A 4XTIA 1H1ZA 3QF0A 2KZHA 3TW6A 5DXYA 3W88A 3T55A 1GT8A 4KFPA 5A8GA 4FIRA 4J9JA 2JGQA 1FWTA 4DEFA 3G3DA 1DQWA 1ZCOA 4A2SA 4ZL1A 5CG7A 3SW6A 3DHDA 2NUWA 2FDSA 1AG1O 1KM0A 2R8WA 1HL2A 3TU9A 1B9BA 3PSVA 2GOUA 4DF1A 3DGRA 1W8SA 4YXGA 3N14A 4RZ6A 5FEPA 5BMXA 1H7NA 3EKZA 1VCVA 2CLKA 4GUHA 5LHEA 4MYXA 2A7RA 2R14A 2NX3A 3S5OA 1XC4A 1I8JA 4O53A 4MOZA 4FNQA 3PG9A 4FX6M 3W83A 1SFJA 4HPJA 5D2VA 4UFKA 4O52A 1YDNA 5CGQA 4O1BA 3V75A 4ZQCA 1EP3A 3SECA 3LXBA 1WXJA 1P1XA 4HN4A 4K8HA 1IXQA 4ADUA 1TPC1 1KM6A 1R2SA 2Y6ZA 5AYZA 1JQVA 2JGYA 1B4KA 2B4GA 5AHFA 1ZNNA 1DJNA 3NA8A 3WK3A 4BI7A 2GUUA 3MBDA 1HFBA 3WJZA 1YDVA 4NNBA 3T78A 1JCNA 5I3FA 5K2ZA 2HS8A 4LS2A 4KKXA 3V1PA 3W7JA 3E9AA 3GDTA 5TBOA 4A3UA 1N8FA 3H54A 4UTMA 1RQHA 1H61A 4Z1DA 5C54A 3M1ZA 1AW5A 4N9CA 4XBSA 3RLUA 3RK8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4JEQA

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