4JHO | Genus

Total Genus 200

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	200
sequence length	483
structure length	483
Chain Sequence	AAPFTYWLNPEIYDAGGLSRRAFPEGFVFGTAASAYQVEGMAKQGGRGPSIWDAFIEKPGTIPNNATADVTVDEYHRYKEDVNIMKNMGFDAYRFSISWSRIFPNGTGMVNQEGVDYYNRLIDYMVKKGIKPYANLYHYDLPLALHEQYLGWLSPNIVEAFADYADFCFQTFGDRVKDWFTFNEPRCVAALGYDNGFHAPGRCSGCDAGGNSTTEPYLAAHHLILSHAAAVKRYREKYQLYQKGRIGILLDFVWYEPFSDSNADRAAAQRARDFHLGWFLDPIIHGRYPYSMLEIVKDRMPTFSDEESRMVKDSIDYVGINHYTSFYMKDPGPWNLTPTSYQDDWHVGFAYERNGVPIGAQANSYWLYIVPWGINKAVTYVKETYGNPTMILSENGMDQPGNVSITQGVHDTVRIRYYRNYITELKKAIDDGAKVIGYFAWSLLDNFEWRLGYTSRFGIVYVDYKTLKRYPKDSAFWFKNMLS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Oryza sativa indica group
publication title	Structural analysis and insights into the glycon specificity of the rice GH1 Os7BGlu26 beta-D-mannosidase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-mannosidase/beta-glucosidase
total genus	200
structure length	483
sequence length	483
ec nomenclature	ec 3.2.1.25: Beta-mannosidase.
pdb deposition date	2013-03-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4jhoA00

4A4AA 1EO7A 2OYMA 1DWFM 3ZSTA 4QFUA 2GDUA 5DF0A 4BQ5A 1UD6A 3FAWA 1ITCA 4AYSA 7TAAA 1UZ4A 3BAXA 1JF5A 2DSZA 4X0VA 1CGWA 2UY3A 2PBOA 2BXZA 2FDMA 4W93A 4AZ7A 5A6KA 1EHNA 4PCTA 2V3EA 3WQWA 3EMQA 5CPQA 4XB3A 4M1RA 3ARTA 3PZ9A 4JKMA 3FHAA 4P7QA 3SCNA 4CN1A 3WBEA 2F2HA 4MDPA 3WF3A 3AXIA 1ODUA 1CXLA 1TA3A 2ZUVA 2VRQA 1WDPA 3M7SA 4ATDA 4JFWA 2FH8A 3DECA 2DT1A 2WB5A 1US2A 5E6ZA 3VIKA 2ZX5A 5JBFA 2XTKA 4TVDA 3AMGA 1LG1A 1XSIA 2A3HA 4AEFA 2C7FA 3CUJA 2QV4A 2GK1A 2J25A 4OUEA 4PMNA 3QHOA 5I5RA 4OBRA 2W61A 2X0YA 4YHGA 4CD4A 1M04A 2W92A 1JDAA 3CTTA 4CCCA 4JZ5A 3FXYA 4UQBA 2PB1A 3VIGA 1JI1A 1NWRA 2OSYA 4PBGA 1CGVA 3BAIA 1V02A 1VIWA 4GINA 3WDQA 2UWFA 3WNNA 2X09A 3B9AA 4D71A 2GUYA 3L2MA 1ISZA 5E70A 2J4GA 3PZNA 4TUFA 3AOFA 1W3KA 2ESCA 3WUBA 3AIEA 4QCEA 3ZJ6A 5FCZA 2BHUA 4UOQA 4AWEA 4UQAA 2VURA 3IK2A 1OT1A 1BG4A 3IANA 1CBGA 3AXHA 1X6LA 1HJUA 1XH1A 2ZIDA 2WAGA 1UR4A 1E56A 1JFHA 4JL1A 5LA1A 5CPTA 3BSGA 3OLGA 3WD1A 3W4RA 4F79A 2A3EA 3F5KA 3SUSA 2RGMA 4W87A 1E5NA 2VQUA 4MJ2A 3PHAA 1ZBVA 4F8XA 4ZEPA 3K46A 3CHFA 4JCMA 3NDZA 2E8YA 1OT2A 4W7WA 1HX0A 3WMBA 5CQ1A 5D9MA 1HJSA 3RM4A 1E6PA 1HF6A 1VEOA 3TP4A 5CLTA 4UZUA 1LJYA 3WL0A 2ZUSA 6TAAA 1OIFA 4AD4A 1GHRA 5HBFA 4JAWA 3ARVA 1FA2A 4XZWA 1UYQA 1OSEA 1MFVA 1QI0A 2V5CA 2X0HA 2CBVA 1WB0A 1XH2A 1OD8A 5KEZA 3SCWA 2V5DA 1TFVA 4KGLA 2D24A 5M03A 3VDAA 1JYVA 5DEZA 1GORA 3VD5A 1Q6FA 3CMJA 2E9MA 1ISYA 1PPIA 3UEQA 1W1TA 4PSRA 3N18A 4NZCA 4IM4A 2V38A 3WH8A 2BVYA 2J7FA 4J3VA 4MNLA 1JFXA 1W9UA 1RP8A 3PZMA 3MKKA 4OIFA 2Y4SA 2D2OA 1JL8A 3CBWA 1QBAA 3NYDA 4H8VA 1KBKA 3SEPA 1C92A 1JYXA 4CU8A 1VEMA 3ZT6A 1MW2A 1E4NA 3WNPA 4AW7A 2WCSA 1IZJA 1UH2A 3W53A 3VX0A 3DC0A 2ZX6A 3N17A 2GJPA 2YA2A 2V3DA 3VGDA 2CEQA 3CHEA 3IJ8A 4WSJA 2W63A 3VDHA 1XD1A 3CPUA 3VIJA 2ZUMA 1HKJA 4LQ1A 3VGHA 3O2LA 2JEPA 1S46A 1LF1A 4HPGA 1O7AA 1HNYA 1EQPA 2MANA 1G9HA 1C90A 3UERA 2OWCA 1J12A 3MS8A 4W5UA 4AD0A 1W2PA 1UWSA 1UWIA 4PMUA 3VMOA 4M81A 1ZS2A 3PZIA 3UESA 3GBDA 2ZX9A 2AMGA 2DT2A 2WXDM 4UFMA 1E6QM 3WD0A 2EPLX 4GQQA 3OGVA 3VVGA 4KMQA 1K9TA 1H41A 3TTOA 1B3ZA 1Q6GA 1EGZA 3SUWA 1A47A 3E1F1 3AIQA 3U5YA 8CGTA 2WC7A 2YL5A 4C7GA 1KWKA 3PTKA 2O9TA 1NARA 1JXKA 2CBUA 1AVAA 4B3KA 3OLEA 2J78A 3BXWA 4JKKA 3A6OA 4U31A 2YA1A 3VM7A 1BF2A 4AIOA 3AIVA 5HDRA 2PI6A 4E2OA 3AHYA 1BHGA 1V3KA 2JF7A 3ZT5A 3SCTA 3F4VA 1QPKA 1QW9A 2XFYA 2JE8A 4AZCB 2W66A 1UG6A 2G4FA 2YDRA 2XVGA 4W7UA 3LPOA 1B3XA 3WQ6A 1WCGA 1CXEA 4XUYA 1TUXA 4B16A 1HJQA 1QNQA 1DHKA 5DT5A 2OSWA 2NT0A 1C8YA 3BLPX 3UCQA 3CUIA 5GNZA 2WLZA 1JYNA 3BMVA 1SMDA 2D0HA 1W1YA 1W9XA 3A47A 1NWSA 5AYBA 5HNNA 1NH6A 1XSJA 4DWSB 2TAAA 2XM2A 3RILA 1QI2A 4A3YA 1XCWA 1XYZA 2NT1A 4BCEA 2G3JA 3TTQA 3NDYA 3RM9A 1VEPA 4PTWA 3K8MA 2QMJA 1UUQA 4LYQA 3NIYA 1NM9A 3OLIA 2J7BA 4JKLA 5TD4A 4QCFA 3D3AA 4UFLA 3B8SA 3WY1A 3ZO9A 2DPEA 1UWUA 1CLXA 1V3JA 3KL0A 2OYLA 4ZXOA 4WKAA 3T2QA 3TTSA 4PUDA 5JBDA 1GOMA 3M46A 3PBGA 4W8BA 2V3FA 3WN6A 2WHLA 2YIHA 1ZJBA 4W8LA 3LPPA 3VIFA 1PX8A 2W5FA 1JAKA 4U2ZA 1JDCA 3RJYA 1E73M 3L4ZA 4TOQA 5CZKA 3POCA 1FH8A 3VU2A 5I24A 3FW6A 3CHDA 4AD5A 1C91A 4WKHA 1W32A 1MVYA 5I0DA 4F9DA 2XUCA 2WMJA 1UR9A 3AHTA 3AHXA 2YJQA 1K9FA 5DO8A 2CBIA 2D22A 1UR8A 3JUGA 3ARYA 4Z2KA 1V03A 4OZOA 3EMZA 1XSKA 2FH6A 3O9NA 3W27A 3WQ8A 1J0HA 3WDJA 1A3HA 1UH3A 3O6AA 3S2CA 3OZPA 2DSWA 3UG5A 2IUZA 1LL6A 2WBGA 5BYWA 4FMVA 1IV8A 3WUEA 1YHTA 4UOZA 4C7DA 3U57A 4GI9A 2J62A 3GXIA 1LL7A 3AS1A 4FLOA 4LXFA 1JNDA 1MWOA 1MQQA 2OSXA 1V3LA 1ODZA 1Z32X 3EDFA 5AC5A 3L4TA 3L4YA 2J47A 2Y8KA 2WANA 3BAYA 2XSBA 1E5JA 5AC4A 5C70A 3EYPA 2X1IA 5A6LA 2WCGA 4NRSA 3CO4A 1RPKA 4NRRA 4PMXA 1V6WA 3ARRA 1W9DM 5BXRA 2XVPA 1LQ0A 2WWCA 4FK9A 1KGXA 3N12A 5I79A 3WDIA 1MW1A 1ZBWA 2CPUA 3GYCA 2B31A 3UG4A 1PEZA 2WKGA 2OYKA 4HOXA 1SMAA 1UWTA 4EAMA 4TTUA 3A4WA 2BS9A 1ECEA 5EMYA 1CNVA 1TVPA 3RDKA 2D20A 3WUGA 1BQCA 3KL5A 1IZKA 5GNXA 4DUXA 1NOFA 1EHAA 3ARXA 5E09A 3GNRA 5HXMA 2VX6A 1KFWA 1CPUA 1UD2A 1V3IA 3ZMRA 4ZE4A 2XFRA 1V6XA 2DGAA 5ABGA 4D6HA 5HPOA 1DWHM 4PTMA 1TZ7A 3WQ4A 4C7FA 1VB9A 4J7RA 4X0NA 2WKLA 3T0DA 3G6MA 1C3FA 1J10A 2WMIB 4NF7A 4WK9A 1K9DA 1V6YA 4WSKA 1KQZA 1EOKA 2CESA 4KRTA 5D9NA 3SIMA 3WF0A 2W62A 3CZ8A 4U2YA 4LPCA 5BROA 1G94A 4UFHA 4PYSA 1EA9C 2DIEA 1W9BM 2CETA 2J79A 3WH7A 1E3XA 1B3YA 4V27A 2WWDA 3W25A 4JHZA 1ISXA 1XV8A 3I3EA 4ML4A 3UETA 2E4TA 2XVKA 2AOSA 2CBJA 1CGUA 1KR1A 5CXPA 1TMQA 2O92A 1QW8A 2VQTA 2ZXBA 1DEDA 3A4AA 4S3KA 3PZQA 5IHSA 6A3HA 1AQHA 4AD1A 4CVWA 2DH3A 3MO4A 3WDHA 2CKRA 5A8NA 3SUUA 3AZSA 3SURA 1UKOA 3W6MA 1E55A 2J8FA 2J77A 3GBEA 1EXPA 2PF0A 4CCEA 1B30A 3CIVA 1WZLA 1ITXA 4YHEA 1CIUA 1QBBA 2UY2A 1DWGM 5A6SA 2WZEA 3BLKA 3OGRA 1H4PA 1E72M 3GH4A 1R85A 3VGFA 4N42A 2C8NA 3WSUA 1UA7A 5EBAA 1M03A 1V0LA 5LYRA 4BA0A 4P7OA 3WENA 2J75A 2BVDA 3EDJA 1J0IA 4BQ4A 1E6NA 3KEHA 1E6XM 2DSKA 3AZTA 3VO0A 3VDCA 3VMNA 2YDSA 5JIPA 3GNPA 1LWJA 1JDDA 3RIKA 1UKSA 1H09A 3VMPA 2DQXA 1E3ZA 4GXPA 1GOIA 4OBSA 1UD8A 3IJ9A 3PZOA 3VIHA 5I3DA 2DT3A 5FIPA 1DP0A 5A6AA 2XWDA 3VKKA 4QDMA 4D6DA 1GW1A 3BSHA 2XYLA 1TG7A 1E6RA 1M7XA 4CVUA 3QOMA 3AMKA 4ATWA 2ZICA 4UQEA 3UR7A 1GOQA 2VUYA 4EE9A 4JFSA 4Y7EA 1KGUA 4PEEA 4CUCA 5ABFB 3VIOA 8A3HA 1VJZA 2HVMA 2Y5EA 4ACZB 2WHKA 5I78A 2BY1A 4HU0A 1OM0A 2DDXA 2ZUWA 1W1PA 3GDBA 1MXDA 2WC3A 1JZ3A 5D9OA 1VFFA 5GNYA 2YBUA 2G3MA 3AIBA 3AIUA 2QHAA 4XX6A 4CGTA 1VBUA 3ZJ8A 4QP0A 5ECUA 1JZ4A 1V3MA 3VD9A 2NSXA 4AIEA 2GDVA 1J9YA 1BGAA 1NP2A 3W26A 3OIHA 2VRKA 3L2LA 3ZQ9A 3AJ7A 3WNOA 1BTCA 1KGWA 1CGTA 1VFOA 3VNYA 1LLOA 3WNLA 5ABEA 1E1FA 3WMCA 1C8QA 3NJ3A 4JFUA 2QF8A 2VX7A 4PSPA 2WBKA 4ZFMA 4U3AA 3GXFA 2FHFA 2WM0A 4NSBA 1HT6A 4PMZA 1N82A 1JXJA 3WD4A 1PZ2A 1D2KA 2PWHA 3RPMA 5BCAA 1OD0A 4U5IA 1VF8A 1CZ1A 1UQYA 3CHCA 3L4VA 2FHBA 4D1IA 1MQRA 3K8LA 1W91A 2F61A 2GFTA 1SR0A 3BAJA 5DT7A 4CD7A 1WE5A 1HL9A 1E40A 3AS2A 1R8LA 4J3UA 1IT0A 4WJXA 4RE2A 3WIJA 5I6SA 1E4MM 2G8ZA 2D0FA 4HMDA 1VFUA 4J27A 2VR4A 3QHMA 2VRJA 3ARSA 4R5EA 4UOJA 1W3JA 3FY1A 1XC6A 4EANA 2ZUTA 4JIEA 1H1NA 3RO8A 2WYSA 1G5AA 4P7NA 5EFFA 1AQMA 4URIA 4DM2A 1UH4A 3U7BA 5A2CA 4D6IA 3MUY1 5AY7A 3ZM8A 4UNIA 1HKMA 4HPHA 4CD8A 1TVNA 2E9LA 3AS0A 2EO7A 4MB5A 3THCA 3CMGA 3W24A 5BRPA 2DSVA 3MMWA 1PX4A 4WIWA 1HN1A 1Q4NX 1EO5A 2CITA 5BRQA 1CENA 2CHNA 1HXJA 1J0KA 2O9OA 4F66A 5FL1A 1QNOA 2VOTA 3G6LA 4QAWA 3D5HA 3WH9A 1WDQA 2XIBA 3WEMA 2WSPA 4DUWA 2XVLA 3CUGA 3AZRA 4WLCA 4U3CA 4V28A 1GHSA 1ZJAA 1R7OA 1GQKA 3UG3A 1NWTA 3UR8A 3VTRA 1MW0A 1JZ2A 2GJRA 1SFSA 1V3HA 4OJYA 1CGXA 5EB8A 1W2VA 4TVUA 3B9EA 1V6UA 3T2OA 3QOKA 1LL4A 4B15A 2CCRA 3VUPA 1BPLB 1EH9A 1G0CA 5DMYA 2DT0A 2ZXDA 2YKKA 3TA9A 5E9AA 1QNSA 4HZ7A 2C0HA 3VGGA 1NOWA 1AMYA 1U33A 3AI0A 1KXVA 2J7EA 4UFIA 3HU7A 3ZT7A 5CJ5A 4U5KA 1DWJM 1V0KA 3OBAA 1XYFA 4UFKA 1FFQA 4OOZA 2FGZA 2E0PA 2QLYA 4D6JA 1CXFA 2DEPA 3J7HA 4JFVA 1K6AA 1UKQA 3KWXA 4LX4A 4RE3A 4D6FA 1US3A 2ZXAA 3CGTA 3VX1A 3W6LA 4Z2IA 2EJ1A 5A2BA 1VJSA 3K1DA 1VFMA 3T09A 1GVYA 2X2YA 3WELA 1ISWA 1D7FA 4PRWA 4W89A 4MDOA 3AHZA 3WDRA 2BNJA 5FOOA 4AZCA 4GI6A 3WF2A 2Z1SA 1C7SA 2RGLA 2WW5A 3APGA 1KBBA 2EPOA 2V3GA 3AMDA 3VNZA 4F9JA 4UQ9A 2CKSA 4E8DA 1E4IA 1C7TA 1X1NA 4RE4A 4CCDA 1JZ6A 1QI4A 2XM1A 3GXMA 1CLVA 1XGZA 1J01A 1PAMA 5IHRA 3LMYA 3N1AA 1UWQA 2CYGA 3VD7A 1CGYA 4R27A 1Y7VA 1M53A 4P7LA 4QLJA 4DWSA 1WO2A 3DYOA 4MB4A 5EFDA 2WMFA 4CD6A 5D4YA 1OB0A 2W91A 5IXEA 2YLAA 3VM5A 2YL8A 3RJXA 3NCOA 3DYMA 1JZ7A 2W67A 5CPSA 3GTNA 2WVSA 1VENA 5I23A 3ECQA 2CXGA 2ZE0A 4AZBA 2WMHA 1TR1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4JHOA

Total Genus

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Chain Sequence

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