4JHO | Genus

Total Genus 200

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	200
sequence length	483
structure length	483
Chain Sequence	AAPFTYWLNPEIYDAGGLSRRAFPEGFVFGTAASAYQVEGMAKQGGRGPSIWDAFIEKPGTIPNNATADVTVDEYHRYKEDVNIMKNMGFDAYRFSISWSRIFPNGTGMVNQEGVDYYNRLIDYMVKKGIKPYANLYHYDLPLALHEQYLGWLSPNIVEAFADYADFCFQTFGDRVKDWFTFNEPRCVAALGYDNGFHAPGRCSGCDAGGNSTTEPYLAAHHLILSHAAAVKRYREKYQLYQKGRIGILLDFVWYEPFSDSNADRAAAQRARDFHLGWFLDPIIHGRYPYSMLEIVKDRMPTFSDEESRMVKDSIDYVGINHYTSFYMKDPGPWNLTPTSYQDDWHVGFAYERNGVPIGAQANSYWLYIVPWGINKAVTYVKETYGNPTMILSENGMDQPGNVSITQGVHDTVRIRYYRNYITELKKAIDDGAKVIGYFAWSLLDNFEWRLGYTSRFGIVYVDYKTLKRYPKDSAFWFKNMLS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Oryza sativa indica group
publication title	Structural analysis and insights into the glycon specificity of the rice GH1 Os7BGlu26 beta-D-mannosidase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-mannosidase/beta-glucosidase
total genus	200
structure length	483
sequence length	483
ec nomenclature	ec 3.2.1.25: Beta-mannosidase.
pdb deposition date	2013-03-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4jhoA00

3ARXA 5D4YA 2YJQA 4UZSA 1W9VA 4U3AA 4H04A 3AMLA 1MYRA 1CIUA 4UR9A 3FAXA 5CQ1A 4AW7A 3ZJ8A 3WD0A 4ZE5A 5E0CA 3NDYA 1FP8A 3N18A 3KEHA 1WCGA 2XVLA 2YBUA 4D6CA 2D0GA 2VTFA 4AZHA 3WNOA 4CCEA 3EDDA 3CBWA 5A8OA 1J0ZA 3NUKA 3THCA 1HKMA 4M29A 4QFUA 5ABFA 3AXIA 3BCDA 2E0PA 4HPHA 4PMNA 1DWJM 1V3JA 2TAAA 1HN1A 4P8WA 5JIWA 1FH9A 1RP9A 4U3CA 1VF8A 4CVWA 2XHYA 2CHOA 4W8BA 4D71A 3VD3A 3W6MA 2WMIB 4TVUA 1GORA 1VEOA 4NSBA 2J8FA 1AMYA 4EAMA 1I75A 5E6YA 3VKKA 2VCCA 5CSUA 3NSXA 1MW3A 1LG2A 1VFOA 1W1YA 2J4GA 1WP6A 1EA9C 1X6NA 1FHDA 3VGBA 1XCWA 2J7GA 3PZNA 2VO5A 4GQRA 1JXJA 2CERA 4MAVA 2NSXA 1E9LA 1E6NA 3WDJA 1ODZA 1GONA 4PSRA 4D1JA 3FXYA 1J11A 4E2OA 4CU8A 4J3SA 4W7WA 1EO5A 1LG1A 5EB8A 1Q6CA 2QF8A 4P8XA 5CLTA 4HOXA 3DYMA 5TD4A 2JF6A 4GIAA 3DYPA 2IXUA 3W4RA 3K8MA 1GQKA 1J0YA 1DTUA 1XSIA 5BXSA 1GOWA 4W93A 3M46A 3VD9A 1EIBA 2PWDA 4QP0A 2WBGA 3ARPA 3LPPA 2OWXA 1UD3A 2W63A 4F66A 4MB4A 3GZAA 1OT2A 4V27A 2ZXBA 2E4TA 4DWSB 1UD6A 3PZQA 4JKKA 1CXIA 2PF0A 1HVQA 3BSGA 2X1IA 3ZJ7A 1GJWA 2FH8A 4WLCA 1WDPA 2EPKX 4FF5A 1E6PA 4W8AA 1UKSA 4PUDA 3MV01 1AQMA 3KL0A 4F9JA 4LYRA 4B3KA 4Z2GA 4HZ6A 1RP8A 4D1IA 2W61A 3VNYA 3VDCA 3B9EA 1V3MA 3OG2A 1KCLA 2XVGA 4OBSA 2Q8XA 1K9FA 2ZUNA 4ZXLA 2VZVA 2X05A 3T2QA 1XC6A 8CGTA 3M6DA 1RPKA 3AHVA 2WVSA 4HOZA 2A3AA 1H1NA 1OGSA 2CBUA 2YIHA 4PCSA 1KR1A 5CLWA 2ZX6A 1CEOA 1JXKA 4H8VA 1VFMA 3SIMA 1HNYA 1SMAA 3L4VA 5DFAA 1KXHA 4KWUA 5I79A 2YDRA 1S46A 4B9YA 3WFZA 4PMRA 1G0CA 4WKHA 1JNDA 2Y8KA 4JFWA 1BSIA 3KZSA 2CITA 4H2CA 4R27A 3RCNA 1GHRA 1WZMA 1PAMA 4DUXA 2JIWA 5JBEA 2WMKA 1Q4NX 1BF2A 3CH9A 2BXZA 3ARWA 3NCOA 1E6SM 1ZBWA 4OOZA 4MADA 1JAEA 3ARSA 2YL5A 5BWFA 4UOZA 3L4TA 1QVBA 1UR0A 1W32A 3IANA 3D5HA 2VQUA 4PBGA 3L2LA 4QDMA 1E73M 3W0KA 1V02E 3SCWA 4TVDA 3HN3A 2WMIA 3MUAA 3WF0A 1VRXA 3AOFA 4A4AA 1JI1A 2DPEA 3FY1A 1UWIA 3BAKA 3VVGA 1J0KA 3ZMRA 4HP5A 4J28A 2Z1SA 4HA1A 3L4YA 5HDRA 2BXYA 1W1VA 2YLLA 2BV9A 5CPTA 3CZGA 3MUZ1 1FFQA 2VX6A 2WWCA 1GQIA 5JBFA 2XM2A 3AIVA 1OD0A 3LPFA 1E40A 3VIGA 4BA0A 1MW0A 5I24A 1SFSA 1J18A 5BXTA 2PWFA 2X09A 3SUSA 1P6WA 3MKKA 2PWHA 3WDRA 3WQ8A 1UR8A 4BZYA 4RE4A 4ZE4A 3QHMA 5IFTA 4AD5A 5C70A 1UZ4A 5I2UA 1G94A 4UZUA 2XGBA 2JF7A 3BAWA 5A95A 1H0IA 4QLLA 1GPFA 1ISVA 2E8ZA 4AZIA 1NWRA 4XUYA 3WQ5A 4DWSA 5BXPA 2CBVA 1K9DA 1PBGA 2WXDM 1E71M 4GINA 2J7CA 4CCDA 3MU7A 4E8DA 4JZ5A 1W9UA 4B15A 1GQJA 2YA2A 3L4ZA 3OLIA 1PIFA 1WKYA 2OYMA 1EO7A 2BS9A 4GI8A 2Y8VA 3QHOA 2WPGA 3W25A 5HNNA 2XFFA 3CLWA 3AFBA 3RILA 5GQBA 3AXXA 2E40A 3NSNA 4D6JA 3WNLA 3AZRA 1ITXA 1CBGA 3L4UA 4CN1A 2E9BA 3TTSA 3ZT6A 3VPLA 1BQCA 1I1XA 1DHKA 1E56A 1HKIA 5CPQA 1X6LA 4P7LA 3KWXA 4ACYA 3PZUA 1KCKA 2WHMA 2FHFA 1CGYA 4TTUA 5EMYA 9CGTA 3QGVA 3NJ3A 4TOQA 1KQYA 3WSUA 1QW9A 3CHCA 2DDXA 5I23A 3AIQA 1XYFA 2CCRA 2GDVA 1E5NA 3L4WA 2VCAA 1JZ7A 3AIWA 5CGTA 3WQ6A 3WN6A 3ZO9A 1V0KA 1CECA 2WCSA 1K9EA 4BQ2A 1ISXA 1NWTA 2E3ZA 4KRUA 1CLVA 1PX8A 4PMOA 1V6XA 2WC7A 4WJXA 2G3MA 4MB3A 4M1RA 5A6LA 5BROA 2JEPA 2QLYA 5A6AA 4W88A 3WMCA 3K8KA 1VB9A 4W89A 5E09A 3VDHA 2D0HA 2GJPA 1XRVA 3QHNA 2VMFA 1GHSA 3TTOA 2W62A 1V0MA 2YA1A 1EHAA 5D9OA 4CU6A 2F8QA 3SEPA 1JFHA 3RJXA 4LXFA 2W92A 2ZXAA 1XV8A 2WYSA 4TX6A 1NP0A 5A94A 3CIVA 4IPLA 3IK2A 1FOBA 5CZKA 3TTQA 4GZJA 3HU7A 2XGIA 1LJYA 4U2YA 4S3JA 5AYIA 4HZ8A 3WENA 3PZMA 4BQ4A 3PZTA 3AI0A 2DH2A 2PB1A 1H5VA 1JDCA 1B1YA 5BYWA 4PTVA 1H3GA 5DT5A 5C71A 1BVZA 5D9NA 3L4XA 5A69A 4J3WA 4JHOA 4W7UA 5AYBA 3CZLA 4GQQA 3CO4A 4TX8A 1C91A 3ZM8A 4LGXA 1CDGA 4QCEA 2ZX7A 2YBTA 2A3BA 2VZTA 2J7DA 1UD2A 1UKOA 3BLPX 3GH5A 1B0IA 1E6ZA 4CD6A 1NOWA 4HZ7A 2VVSA 5DT7A 1E55A 4FLOA 3WD3A 3W81A 3BAIA 4M56A 2IXVA 1BYBA 4CKQA 1FH8A 4LX4A 2D24A 1U30A 3WD1A 2D23A 1PZ2A 1H41A 1JZ4A 4QCFA 1KWKA 1GZJA 1KFWA 3VD7A 2XWEA 1OBAA 4B9ZA 2D22A 4UQAA 2A3CA 1QNPA 1GNXA 4TXEA 2G8ZA 4D6FA 2C0HA 4UFHA 2HISA 1SR0A 2WWDA 1L8NA 1J10A 3F5KA 1UZ1A 4FLRA 1JD9A 3RM4A 4PEEA 4ACZB 2OWCA 1QW8A 1BGGA 1ZU8A 1PX4A 3EBVA 3FAWA 3N11A 4W85A 2YKKA 3A4WA 4BF7A 2D3NA 4AD4A 2CBJA 2J77A 3PBGA 4AEEA 2WMGA 1UKPA 2Y2WA 2JALA 3SCRA 2O9PA 5GNYA 3VMNA 3GH7A 4UFLA 5FL1A 3WNMA 5HPCA 4GZEA 1ESWA 1HT6A 1Q6EA 3BLKA 3QOKA 3WF4A 3OGRA 4PTWA 3RM8A 1GOKA 1M03A 1UA3A 3WL0A 1KB3A 3WNNA 4WKAA 1B90A 2QHAA 2A3EA 2WB5A 3N12A 3WDHA 3WQVA 4OZOA 2MANA 2W91A 2DT1A 4K68A 3T2OA 4P7QA 2W66A 4P8UA 4Z2IA 3WY1A 2VVNA 2WZEA 3JUGA 3UESA 2OWWA 1TMQA 1GW1A 1V3HA 5FCZA 5I6SA 1ISYA 5LA2A 1OWQA 3W28A 2VI0A 4AIEA 1JFXA 5IXEA 5ECUA 4W84A 1TE1A 4J3XA 1B3ZA 4TVCA 2VC9A 4EE9A 1M04A 2G3NA 4MNJA 1US3A 3AJ7A 1R86A 1NH6A 4H41A 3T2PA 2DSVA 4FLSA 1QBBA 5GPRA 3MMWA 1ZJAA 3CMGA 1Y7VA 3ZIZA 2F2HA 3MUIA 1UR1A 4U2ZA 4DUWA 5EFDA 1UD8A 2UY3A 3GTNA 2XSAA 2XVNA 1E5JA 1F4AA 3HMCA 1XH1A 1BLIA 2AAAA 2BHYA 2Y5EA 3VM5A 4C7DA 2JIEA 2VZSA 2HVMA 4UQEA 1ITCA 1D3CA 3VOCA 1GOMA 4JFSA 3W82A 2PWEA 3A4AA 2CIPA 3CGTA 3T0DA 3U57A 5A2CA 4PRWA 1RH9A 1GQLA 3QR3A 1UKTA 2V3DA 1KQZA 1QPKA 2ZX8A 2ESCA 3CHDA 4HMDA 2JEQA 3OLEA 3VIJA 4FMVA 3VIFA 3J7HA 2A3HA 4UQBA 3VIKA 1C8YA 2O9RA 3CHEA 1C8QA 3AS0A 5A6BD 3AIUA 3EMZA 1CGWA 4BQ3A 2GVYA 1V3LA 3TONA 2J78A 1XHGA 3G6MA 3PN8A 4MTVA 3ZJ6A 5DO8A 1MW2A 4WSKA 4OIFA 1DWAM 1FH7A 1UWRA 2BVDA 3E1F1 3CUJA 1OIMA 2J74A 2D20A 2VOTA 2XVKA 3PZGA 2WLZA 3ALFA 1TFVA 1HF6A 2XVPA 4D6GA 3AS3A 3WH8A 1MXDA 2J8GA 3EMQA 5GNZA 1QI5A 2VX4A 3RM9A 4DM2A 4NRSA 3VGGA 2ZWYA 3GH4A 1QNQA 4ACZA 1E3ZA 5A6KA 2EBNA 3A4XA 1NWUA 1OD8A 4D6IA 2DEPA 1O7AA 3VMPA 3FNDA 4GO9A 1L0PA 3TOPA 5ABEA 1UA7A 4GI6A 3AIRA 1VEMA 5C8BB 6TAAA 4HMEA 5A6BA 4UOJA 2J25A 1YQ2A 3WF1A 1JZ2A 2DGAA 1AQHA 1KBBA 4AZ7A 4AWEA 1DWIM 1V3IA 3AXHA 3WD4A 2XJ7A 2O9OA 3VDBA 1UKQA 1WZAA 4AEFA 2GJXB 2XSBA 2EJ1A 2WHKA 3VILA 4NF7A 2VR4A 3CTTA 4PTXA 1C7SA 1H09A 2RGMA 2BHUA 4GPNA 3RDKA 1WDRA 3WELA 4CN4A 2WMJA 2BHZA 6A3HA 5KEZA 4S3KA 2AOSA 4MB1A 4URIA 2ZX5A 1QI3A 5EFFA 4AD3A 2J75A 2OYLA 1V6VA 4LQ1A 3O9NA 1QHOA 1VFUA 3VO0A 3U7BA 5ABHA 2GUYA 2VCBA 4AISA 2J47A 2EPMX 2X0YA 5M5DA 3AZTA 5HOSA 1JZ5A 3UR8A 3AICA 3OIHA 3WUFA 4W86A 4IM4A 2WKGA 1MWOA 5D9MA 1EDGA 4X0NA 4DWSD 4JKMA 3AS1A 1U2YA 4F8XA 3VDAA 1NWSA 4HA4A 2XFYA 4DWSC 4MJ2A 4A3YA 1E1FA 1XD0A 1DWHM 3ZT7A 1JF5A 2CHNA 6CGTA 1NP2A 3W27A 2VQTA 1BTCA 1UQZA 4XX6A 3W24A 1DWFM 4AYSA 1V02A 4P7OA 3II1A 4AZ5A 4RE2A 1PEZA 4J3VA 1OB0A 3M07A 3OZPA 2WVTA 5E0FA 1BYAA 3T0AA 1VEPA 1JGIA 3WFLA 3BCFA 4EKJA 1QOXA 1ZB5A 1BG9A 3SCOA 4PMZA 1QNRA 3THDA 1JF6A 2OSWA 1W3HA 1PPIA 1XSKA 3AHXA 4Z2HA 4P7RA 1CGVA 1A47A 5JIPA 4H8HA 4UFJA 3BH4A 4UQDA 4AY1A 2J7FA 1KXQA 1WB0A 3WMSA 1E3XA 3K8LA 2ZUMA 2C8NA 1V08A 2EPOA 1EOKA 1LF1A 1QNOA 5D9PA 4RL3A 2XTKA 3AIEA 3K46A 1CLXA 1GOQA 5IFPA 1ODUA 2G41A 4J3UA 1CNVA 1AVAA 3OZOA 4V2XA 4M82A 2J7BA 1NOUA 1CXFA 5HBFA 4J3TA 4IUGA 1W3JA 4GKLA 1D2KA 2DT0A 3SCQA 4LPCA 5M03A 5CJ5A 3BGAA 4KH2A 1ECEA 1SYTA 2V5CA 3LPOA 4TTGA 1XH0A 1JYNA 1U33A 5A6MA 3DHPA 3PZIA 1BYDA 4CUCA 1H2JA 1XYZA 3CHFA 5BXRA 1LL6A 1VENA 5FOOA 7CGTA 2WC4A 3T08A 2X8RA 1W9PA 1JIBA 2EXOA 5A6SA 1EXPA 1VBRA 2ZUWA 3UG5A 1JDDA 3WF3A 3WNPA 1KWGA 2JE8A 5CSYA 1W1TA 3VIIA 3CUIA 2OSXA 3WMBA 3ZT5A 1HVXA 1HIZA 1J0JA 2NW0A 1ISZA 4ZEPA 5AC4A 1WPCA 3AIBA 4JIEA 1EOMA 1HJXA 3WKZA 3O6AA 3S2CA 3WH9A 3U7VA 3FW6A 1X1NA 3RPMA 2C7FA 1PZ3A 3IAQA 2GJXA 3PHAA 4PMXA 3AQUA 4U5IA 3EMCA 4UQ9A 3PTMA 4UNIA 5E9AA 3AHYA 5D8ZA 5A2AA 5DF0A 1F4HA 5ABFB 2BFGA 4ZXOA 1B3YA 4Y7EA 1R85A 5FKYA 3ZQ9A 4N42A 4HA3A 5A8PA 1BPLB 5EBAA 3VUPA 2QV4A 3MSGA 4WF7A 3K4AA 5M17A 3QOMA 1CXKA 3TA9A 2J7EA 1EHNA 4PMDA 4CD7A 1H11A 5A8QA 2ZOXA 3MUY1 1M7XA 3IJ7A 1E0XA 4Q7NA 1E6QM 4AD0A 2GDUA 4UFKA 2WLYA 5LA0A 3I3BA 2PWGA 1M53A 4UCFA 3UG3A 1JL8A 4CCCA 4JFVA 3DC0A 2XYLA 3VX0A 3POCA 1HL8A 3ARTA 1WNOA 3VGFA 3CUFA 1HXJA 4XZBA 1WZKA 4D6HA 4QLJA 1XH2A 3I3EA 3ARVA 1IZKA 3EDEA 5A8MA 1TUXA 3SUVA 1MQQA 3CUGA 1ZBKA 2ZICA 3SUUA 1DEDA 3AHZA 1V6YA 1YHTA 4P7NA 4ATWA 2CBIA 1ISWA 2E8YA 2V3EA 4OOUA 1ZBCA 3GBDA 3MO4A 5I77A 3PZVA 5M3WA 3A3HA 3AISA 3BMWA 3W26A 4EANA 1MVYA 1OGBA 3ZJKA 4J27A 3AMGA 2Y4SA 1CXLA 1H49A 3L2MA 3U5UA 2WW5A 3B9AA 3GXFA 3MANA 2GFTA 1LWJA 2XM1A 1CENA 4ML4A 1HJUA 3AMKA 4ZFMA 5FIPA 3GNRA 1JD7A 1QI0A 4CVUA 3WUBA 5I5RA 3K4DA 4CU7A 3CPUA 2YDQA 1G9HA 4U5KA 1E72M 2J7HA 4PYSA 3OA5A 2B31A 1WDQA 4UQCA 1E4NA 2VJXA 2XFRA 2XWDA 1FHLA 4WK9A 5CXPA 1TA3B 3SCVA 5GNXA 3M7SA 4MAZA 4MDPA 3AMCA 4PN2A 1VBUA 4JCMA 3S6TA 1W2PA 2FH6A 1J0IA 3SCTA 3ZR6A 1GOOA 4YHGA 1BHGA 3EYPA 4QAWA 1C7TA 2BY3A 3POHA 3T0BA 4ATDA 2Z1KA 4M24A 3SCUA 1ZL1A 3WNKA 4PCTA 5JUVA 1HJQA 3FHAA 1B9ZA 3WDIA 2D0FA 1W1PA 1EDQA 1JNEA 1UD5A 2OSYA 3N1AA 3WEZA 4WKFA 1E6RA 1WZLA 1JZ6A 4L4OA 1N82A 3GYCA 2ZX9A 1H4PA 2XIIA 4UFMA 2EPNA 2DT3A 1OCQA 3CZKA 1ZJBA 5I78A 2WC3A 1CGXA 1QBAA 2VRKA 3VNZA 4PMVA 1PJ9A 1WAWA 5HXMA 3GNOA 2YL8A 3DHUA 2EQDA 1EH9A 4E8CA 1KXTA 2V3GA 1MQRA 4U31A 3G6LA 4C7FA 1QI4A 3N15A 2WAGA 2XG9A 1G5AA 1TVPA 2WK2A 3OB8A 2ZUUA 3PZOA 4CD5A 4B16A 4W87A 3FHQA 4MJ4A 2VR5A 3WIJA 2VRQA 4CD8A 2VZOA 4YHEA 1HX0A 3WEMA 4UOQA 4BS0A 4DUVA 3ARYA 1US2A 2WSKA 3VD4A 1QHPA 1J12A 3CUHA 3VU2A 4JFUA 3IJ9A 2XUCA 4BCEA 1E43A 3VINA 2BVTA 3D3AA 1JYXA 3ZSSA 4JHZA 1WO2A 4OKDA 2O92A 2BY2A 1HJVA 1V3KA 1BGAA 1EQCA 5A3HA 1KGUA 3NYDA 3A6OA 2JFEX 4JCLA 4M81A 1XGZA 4AZCB 4MPKA 4AD2A 3BMVA 3UETA 1TR1A 3IJ8A 1E70M 1E4IA 4FK9A 3VIOA 2WVVB 1NQ6A 3PTKA 2EO7A 2VX7A 2XPKA 1GOIA 1CXHA 2V3FA 1D7FA 3VTRA 1E4LA 1XD1A 1UH4A 5ABGA 3PTQA 3WUGA 4AC1X 1V0NA 4A3HA 2VL4A 1E4MM 2YLAA 2OLHA 3ARRA 4AXNA 1LWHA 2DSUA 5IDIA 1E0VA 5F7UA 2GK1B 5LA1A 4C7GA 3ZR5A 2UY2A 2CEQA 4IISA 3WBEA 3WF2A 2VZUA 2F61A 4YN5A 3BAJA 1QHZA 4X9YA 1KR0A 1V6UA 3SUTA 3B9DA 1W91A 4F79A 1B3XA 1V6WA 3N04A 5AY7A 3UERA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4JHOA

Total Genus

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Chain Sequence

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