4JHOA

Structural analysis and insights into glycon specificity of the rice gh1 os7bglu26 beta-d-mannosidase
Total Genus 200
50100150200250300350400450050100150200
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
483
structure length
483
Chain Sequence
AAPFTYWLNPEIYDAGGLSRRAFPEGFVFGTAASAYQVEGMAKQGGRGPSIWDAFIEKPGTIPNNATADVTVDEYHRYKEDVNIMKNMGFDAYRFSISWSRIFPNGTGMVNQEGVDYYNRLIDYMVKKGIKPYANLYHYDLPLALHEQYLGWLSPNIVEAFADYADFCFQTFGDRVKDWFTFNEPRCVAALGYDNGFHAPGRCSGCDAGGNSTTEPYLAAHHLILSHAAAVKRYREKYQLYQKGRIGILLDFVWYEPFSDSNADRAAAQRARDFHLGWFLDPIIHGRYPYSMLEIVKDRMPTFSDEESRMVKDSIDYVGINHYTSFYMKDPGPWNLTPTSYQDDWHVGFAYERNGVPIGAQANSYWLYIVPWGINKAVTYVKETYGNPTMILSENGMDQPGNVSITQGVHDTVRIRYYRNYITELKKAIDDGAKVIGYFAWSLLDNFEWRLGYTSRFGIVYVDYKTLKRYPKDSAFWFKNMLS
50100150200250300350400450400300200100
050100150200Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa indica group
publication title Structural analysis and insights into the glycon specificity of the rice GH1 Os7BGlu26 beta-D-mannosidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-mannosidase/beta-glucosidase
total genus 200
structure length 483
sequence length 483
ec nomenclature ec 3.2.1.25: Beta-mannosidase.
pdb deposition date 2013-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4jhoA00
3RMEA 3U7VA 3RCNA 1XHGA 3MMDA 3GH5A 4D6DA 3FNDA 1GQIA 3ARUA 3OA5A 1JI1A 3A3HA 1RD6A 2UY5A 3EDJA 3B9EA 1DWJM 4A4AA 4YHGA 1OM0A 4AZBA 4K68A 1G94A 1TFVA 1XSJA 4P7QA 4Z2HA 1AVAA 1JZ3A 2ZXQA 4B9YA 3THCA 1VB9A 4RL3A 2VX7A 4WIWA 2DPEA 4JCLA 5D8WA 1KQZA 1QHZA 1JFHA 3VGFA 3ZT6A 3VD4A 2WSKA 1WDQA 3A4AA 2PWEA 5HPCA 1UQYA 1BYAA 2HVMA 1NWRA 5ECUA 2C8NA 4PMYA 4TX6A 4M81A 3VIMA 4ZXLA 4AY1A 1CWYA 1BFNA 2J47A 3VDHA 1UR2A 1R86A 3VDCA 4HPHA 1R8LA 1H2JA 3MANA 5M03A 4HMCA 1W32A 4W8BA 3BGAA 1CXKA 1VF8A 3WIJA 1UQZA 2PBOA 1W9XA 1NM9A 2BXYA 4BQ4A 1QI0A 4MAZA 5I2UA 2EPKX 4D6GA 4PTXA 4UQCA 2WNWA 1HT6A 1RH9A 3SCOA 3K4AA 1B3VA 5IXEA 1BF2A 1V03A 3U5YA 5ABGA 1M7XA 2GSJA 1E56A 2A3AA 4GQRA 2VX5A 2Y2WA 5CGMA 2XWDA 4HU0A 3VD7A 1VEOA 3MUY1 4U31A 1UR4A 4AZCA 2CPUA 3AIVA 1PX3A 1LF1A 3SCRA 4QDMA 1UD8A 3VDAA 1K6AA 3UEQA 1KWGA 1HKKA 5IHSA 4DWSA 5HBFA 3ALGA 2ZXAA 4PBGA 2G8ZA 4YN5A 4MB1A 2AMGA 3ARYA 1EQPA 3SUSA 4V2XA 1QW8A 5GPRA 5DMYA 2ZXDA 4MNMA 2WLYA 3N13A 1VJZA 3PZQA 1E1FA 3W27A 1ZB5A 4TTGA 1QNQA 4CN1A 5A95A 3CUGA 1R7OA 2EPMX 2JF7A 4J7RA 5A6KA 4AD2A 2WAGA 3AOFA 1HKJA 5CZKA 1V3JA 1X6LA 1PIGA 1OGGA 4FLRA 2EPOA 4Z2JA 2CYGA 3AHVA 4FMVA 4W89A 1E43A 2J7DA 2IXUA 2WKLA 3KL0A 2YLLA 4PEEA 1HP4A 3RM9A 5A2BA 3WH9A 4OZOA 1HVXA 3SCTA 2WMIB 4UFJA 5BYWA 4V27A 5BXSA 4NF7A 3THDA 4EE9A 4HU8A 3AXHA 3A4WA 3W25A 1H09A 1XD1A 1GHRA 1EHNA 1ODUA 1DTUA 1XH1A 3PTKA 1IZKA 1LL4A 3VKKA 1ITCA 4J27A 1JZ4A 2BNJA 1JZ2A 4E2OA 1WPCA 2PC8A 4OIFA 1JYWA 1BYCA 4BQ5A 3BAKA 3VNYA 3M07A 2B31A 1UOKA 4XZBA 2YL9A 3WDRA 2YLAA 2WWCA 4J3UA 4UQDA 4W5UA 3WELA 1GOKA 4U5IA 5E70A 3QOKA 1U2YA 3NIYA 1UUQA 5I0DA 3ZJ8A 2GFTA 2C7FA 3L4UA 4OUEA 1MW1A 1V3IA 3BSHA 3WEZA 1EQCA 3PZOA 2EPLX 1CDGA 3ZM8A 1W91A 1QBBA 2W67A 1P6WA 3SCQA 1LWJA 3AMDA 3AZTA 4Z2KA 4D1JA 4UOQA 4Q7NA 2XJ7A 1EH9A 3FXYA 2DQXA 2VJXA 2YA0A 3CMJA 3CGTA 4M56A 4UTFA 4WK9A 1J11A 5AC4A 3WL0A 5IFTA 3RJYA 3WF2A 5FOOA 3UERA 1JZ7A 4ZE4A 4S3JA 1WE5A 1JGIA 4HMEA 4MNLA 1GOMA 2XM2A 4UCFA 5A94A 2OSYA 3EDKA 3I3DA 3K8LA 3K8MA 1E6ZA 2CXGA 4QLJA 1HJVA 1JYVA 1J0HA 2QMJA 3GZAA 3RO8A 2PWDA 4LYRA 1V6WA 2VZUA 3AS3A 2XFYA 2X0HA 1E9LA 2D1ZA 3GXIA 1W2PA 2Y24A 4A3YA 3VD5A 1BTCA 2FHBA 2DSKA 4A3HA 1JD9A 1JFXA 2UY2A 1C7SA 2WVVA 3MV01 2X2YA 1CGVA 1VFFA 1PIFA 3L4XA 1TR1A 2G3MA 3WN6A 3FHAA 3WENA 4P7NA 3WH6A 1OINA 1EHAA 3FAXA 3MUIA 3TA9A 5BCAA 4ATLA 4OJYA 2J7FA 1K9TA 5ABFA 1G1YA 4EKJA 1W3HA 3W6MA 1GQKA 2C0HA 1KQYA 2WWDA 2OSWA 1E40A 2D0HA 4EAMA 3DC0A 4W88A 4HPGA 1QHPA 3CZGA 8A3HA 1E0VA 5JUVA 3ARXA 4M1RA 2XSBA 2O92A 1A47A 5FD0A 2QF8A 2DT2A 3AMLA 2O9TA 1H3GA 4C7GA 1CIUA 1C90A 4HA4A 1BHGA 1E3ZA 4TTUA 1MXDA 4RE2A 4UZSA 4AYSA 2OYMA 2QMKA 5I77A 1CECA 2XIIA 2BHZA 3UR8A 5GQBA 1OD0A 4JFTA 4BCEA 4ZFMA 4R27A 1W1YA 5BWFA 5FCZA 5I78A 1UKOA 3MV11 3AJ7A 1V0LA 2WHMA 1FH9A 1YQ2A 1ISXA 1C3FA 2OYKA 3EDFA 2J7GA 3VMPA 2DT3A 3WH7A 4WSJA 3WQVA 1SYTA 2IXVA 1H0GA 2DT0A 1WNOA 1E0WA 1ZBWA 1V6XA 1UKQA 4AZIA 3AYSA 2CKRA 1QNOA 3VD9A 3WF1A 2WBKA 1J12A 3CHEA 2A3HA 1ZJBA 1OT1A 3ARPA 1B3WA 1SMDA 2YL8A 3PZGA 5CXPA 5M17A 3L4YA 3VPLA 3VVGA 3ARTA 3MSDA 2EEXA 1BAGA 3CZJA 1ZS2A 3CH9A 4XUYA 1NH6A 1MQQA 5A69A 2CCRA 3WFLA 5JBDA 2JF6A 4P7RA 3ARSA 1HVQA 2WPGA 3CUHA 3EYPA 4GI8A 4E8DA 5I5RA 3WQ5A 2ZX8A 1B9ZA 2WB5A 3WUGA 1TVNA 3ZSTA 1WCGA 1E6QM 4W87A 4F66A 1E0XA 3KL3A 1UG6A 3ZIZA 3WFZA 4GZIA 4WF7A 1FFRA 1EOMA 3FHQA 1UH2A 4MDPA 2VRKA 1QI2A 2Y8VA 4JKKA 1C8QA 2YJQA 1E4NA 5D9MA 4WSKA 1UH3A 1JDCA 2FH8A 4YHEA 4D6HA 2VNCA 3N18A 4J3XA 3GDBA 2WMHA 1V0KA 5CGTA 3WDPP 1KBKA 5M3WA 3T0BA 4CUCA 4AZ6A 1WAWA 4UFMA 1Q6DA 1WDPA 2DGAA 1IV8A 2F8QA 3QHOA 4OBRA 1MQRA 2YL6A 1FH7A 2WXDM 1A3HA 2DH3A 2IUZA 2NW0A 4X0VA 2WMFA 1UH4A 2YKKA 4GINA 2BV9A 2GVYA 1CGXA 1JYNA 5C70A 3LPFA 2XFFA 1UYQA 2EQDA 2GK1A 2ZXBA 5CLWA 3U5UA 4GPNA 4MDOA 5CPSA 1CGTA 3WNNA 4H8VA 5LA2A 3CZKA 2Y5EA 2MANA 2DSVA 3NSXA 2BS9A 3SCWA 1ISYA 1EGZA 4C7DA 4PMXA 3AHZA 1LG2A 5JBEA 1QBAA 3W37A 1OIMA 1CXLA 2WC7A 4N0RA 3WUBA 4CU8A 2G3IA 4CU7A 2JEQA 3AZRA 1C91A 4UQBA 1CXHA 2E9LA 2VCBA 4J3WA 3ZT5A 1MW3A 3GXMA 2QV4A 3CBWA 2BY2A 3D5HA 4QFUA 5D9PA 1JDDA 1N82A 1OD8A 1RP8A 1E71M 3B9DA 4UZUA 2VR4A 2DH2A 1NOFA 5GNZA 3N17A 1BQCA 3M46A 4EANA 4W8LA 4HZ7A 1JG9A 2CNCA 4P7OA 3WD0A 1NWUA 1VIWA 1JD7A 4AEEA 1JZ8A 1K9DA 3RIKA 1XV8A 3ARVA 3AFBA 3IJ9A 3OLIA 4CD5A 2WANA 1VFUA 3BLKA 3VMOA 5CPQA 1XSKA 3VINA 1CGUA 3LPPA 1I1WA 3GNRA 2WLZA 3ZT7A 4W93A 2PWFA 3VTRA 3B9AA 3WMSA 4FF5A 3K4DA 1FA2A 4XZWA 4CD6A 4ML4A 1WZLA 4PYSA 2DEPA 2G3JA 5BRPA 2W5FA 3M7SA 3BH4A 3W24A 1KGXA 4PMUA 4PSPA 2XPKA 3CO4A 4FLSA 5EFFA 2W91A 3IAPA 1XCXA 2WVTA 4XX6A 3CUIA 4GZJA 4U33A 1MVYA 2JFEX 2CETA 2ZUNA 4JFWA 3GTNA 4ACYA 1JIBA 4LX4A 1NWSA 1DHKA 2WHLA 5GNXA 1SMAA 3VX0A 3WMCA 4AEFA 3AHTA 1JYXA 4DUVA 5HOSA 1K9FA 3DYPA 1UHVA 2CKSA 1CPUA 1US2A 2GDUA 3NUKA 4XB3A 3WF3A 3BAWA 1PAMA 3S6TA 2JE8A 1JF5A 3PZMA 5ABHA 1GQJA 4DUXA 4ACZB 1CEOA 2WC4A 2YDRA 1TCMA 2J74A 3L4TA 3WNPA 3DYMA 3MMUA 4UOJA 4JKLA 1TA3B 2X0YA 2VL4A 2WHKA 4GZEA 1Y7VA 3PTQA 3TONA 1E70M 3QR3A 1DEDA 2EPNA 3DYOA 4D71A 3PHAA 3WQ8A 2WMIA 1Q6FA 7TAAA 1PZ3A 3KL5A 1NP2A 1BGAA 1V6VA 5BXRA 4NI3A 3PZTA 2WKGA 5AY7A 2VX6A 1ZU8A 3WQ4A 2BY0A 4IM4A 1UD5A 3MUZ1 3EMZA 2XYLA 2VZVA 3BAXA 1TMQA 1IT0A 4F8XA 4F9DA 4M8UA 4JAWA 1OIFA 1WO2A 1G5AA 4W85A 6CGTA 2YDSA 3WH8A 3BAYA 1MFUA 4NRSA 1WB0A 2W92A 2D2OA 2WW5A 3VIOA 1E5JA 4UQEA 4M82A 3OZPA 3ZJKA 3MU7A 5EBAA 4U2YA 4UQAA 3HN3A 1GJWA 3K46A 3VX1A 1R85A 3CHDA 1Z32X 4D6CA 2XGBA 1PX8A 2X1IA 3QGVA 1UD2A 1UR8A 2FGZA 4W7UA 4N42A 2V3DA 4CCCA 2ZUMA 5I24A 4QP0A 2XVNA 1K9EA 1ISZA 5EFDA 4P8WA 1UD4A 3IJ8A 4U2ZA 3RPMA 4KWUA 4CD8A 4WKFA 1SR0A 4PUDA 1BVZA 2OWWA 2CITA 4PRWA 3SEPA 2XFRA 3N04A 3O6AA 5A8NA 1GQLA 3LPGA 2WCSA 5A6SA 1ECEA 3VD3A 3ECQA 4LPCA 5BXPA 2CHOA 1QNRA 1E55A 3A4XA 4D6IA 2EJ1A 3WH5A 2VO5A 1XYZA 1JL8A 3L4WA 1Q6GA 2A3EA 1ZL1A 4JHOA 2PWHA 1E4IA 2PBGA 4M29A 4W5ZA 4H2CA 5CLTA 5D8ZA 4HOZA 3SUWA 1D3CA 2DIEA 1RPKA 2BY3A 1M04A 4KGJA 4OKDA 1AQ0A 1XYFA 1OWQA 2CEQA 2ZUTA 1R7AA 2QHAA 2V3FA 4WKHA 1B90A 1QI3A 1MXGA 5A6BD 1GOIA 1QHOA 3RILA 1W9BM 3D3AA 1J0ZA 4WJXA 3F5LA 3NCOA 2JEPA 3BMVA 3WDJA 4RE4A 1B0IA 1WP6A 3BCFA 2E8ZA 1E6NA 1U30A 4P8VA 2E9BA 1GZJA 1KXVA 4E8CA 1C8XA 4AMCA 3AIWA 1NQ6A 4HTYA 1E5NA 4W7VA 3AS2A 3VMNA 3RM4A 4QLKA 3A6OA 3VGHA 2ZX7A 3AIUA 3CUFA 6TAAA 3CHFA 4H04A 3APGA 5TD4A 2Q8XA 2CESA 5I6SA 2VQUA 3CUJA 3T2OA 3SUUA 1W1VA 3AISA 4FLQA 1O6IA 1KCLA 1I1XA 3NDYA 3L2MA 5E0FA 2WBGA 1CGWA 2CBJA 3G6MA 1UA7A 7A3HA 1H41A 3VIHA 3W29A 4TVUA 3VILA 1V6UA 2XUCA 3I3EA 5A8QA 1J0IA 3WKZA 3AMGA 1O7AA 2FHFA 3ZJ6A 2VTFA 3W28A 3ZO9A 4B3LA 3VM7A 2XVKA 3NDZA 1UKPA 4HA3A 3GH7A 3W38A 2PI6A 1W9UA 1V6YA 1JNDA 4MPKA 1HNYA 2XVGA 4AD0A 4UFKA 4ATWA 1WKYA 1CNVA 2WYSA 4BF7A 5IFPA 1PBGA 1UKSA 1UWTA 4NRRA 3WBAA 4CN6A 4OBSA 4BQ3A 4H8UA 4RE3A 1BYDA 2VUYA 4WKAA 2CHNA 2YIHA 5FL0A 2ZX5A 4GI9A 2OSXA 3VU2A 3W6LA 3CTTA 1L8NA 5D4YA 4PMDA 2D0GA 5CSYA 2JIWA 2ZUSA 4X9YA 3VO0A 1LL6A 1QOXA 3UG5A 2W66A 5DT7A 5KEZA 1W9DM 4TX8A 4HZ6A 4WLCA 4B16A 1W9PA 3SUVA 2XHYA 3WSUA 1M53A 4MAVA 4M80A 3I3BA 1WZAA 3KWXA 1KFWA 3CZ8A 3ZR5A 1E6PA 2OWXA 3IAQA 3VIFA 4AD4A 4DWSC 4CKQA 4B15A 1W9VA 1XD0A 4BZYA 1GW1A 5A6BA 2BVDA 3VIJA 1MFVA 2NT0A 3IJ7A 3VUPA 4PN2A 4KH2A 4QLLA 3TTSA 2E3ZA 5HDRA 3EMCA 4JIEA 1WDSA 1R87A 2J7BA 1EO7A 2G4FA 1GVYA 4D72A 1UWQA 4HZ8A 1DWIM 3OZOA 4MADA 4D6FA 3HMCA 3T2QA 5DO8A 1H11A 1LJYA 3W4RA 4HOWA 1JAEA 1HJWA 2A3CA 3ARRA 2Y8KA 3DHPA 2D3LA 1C8YA 4HMDA 4IISA 2YA2A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RME A;  3U7V A;  3RCN A;  1XHG A;  3MMD A;  3GH5 A;  4D6D A;  3FND A;  1GQI A;  3ARU A;  3OA5 A;  1JI1 A;  3A3H A;  1RD6 A;  2UY5 A;  3EDJ A;  3B9E A;  1DWJ M;  4A4A A;  4YHG A;  1OM0 A;  4AZB A;  4K68 A;  1G94 A;  1TFV A;  1XSJ A;  4P7Q A;  4Z2H A;  1AVA A;  1JZ3 A;  2ZXQ A;  4B9Y A;  3THC A;  1VB9 A;  4RL3 A;  2VX7 A;  4WIW A;  2DPE A;  4JCL A;  5D8W A;  1KQZ A;  1QHZ A;  1JFH A;  3VGF A;  3ZT6 A;  3VD4 A;  2WSK A;  1WDQ A;  3A4A A;  2PWE A;  5HPC A;  1UQY A;  1BYA A;  2HVM A;  1NWR A;  5ECU A;  2C8N A;  4PMY A;  4TX6 A;  4M81 A;  3VIM A;  4ZXL A;  4AY1 A;  1CWY A;  1BFN A;  2J47 A;  3VDH A;  1UR2 A;  1R86 A;  3VDC A;  4HPH A;  1R8L A;  1H2J A;  3MAN A;  5M03 A;  4HMC A;  1W32 A;  4W8B A;  3BGA A;  1CXK A;  1VF8 A;  3WIJ A;  1UQZ A;  2PBO A;  1W9X A;  1NM9 A;  2BXY A;  4BQ4 A;  1QI0 A;  4MAZ A;  5I2U A;  2EPK X;  4D6G A;  4PTX A;  4UQC A;  2WNW A;  1HT6 A;  1RH9 A;  3SCO A;  3K4A A;  1B3V A;  5IXE A;  1BF2 A;  1V03 A;  3U5Y A;  5ABG A;  1M7X A;  2GSJ A;  1E56 A;  2A3A A;  4GQR A;  2VX5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3RME A;  3U7V A;  3RCN A;  1XHG A;  3MMD A;  3GH5 A;  4D6D A;  3FND A;  1GQI A;  3ARU A;  3OA5 A;  1JI1 A;  3A3H A;  1RD6 A;  2UY5 A;  3EDJ A;  3B9E A;  1DWJ M;  4A4A A;  4YHG A;  1OM0 A;  4AZB A;  4K68 A;  1G94 A;  1TFV A;  1XSJ A;  4P7Q A;  4Z2H A;  1AVA A;  1JZ3 A;  2ZXQ A;  4B9Y A;  3THC A;  1VB9 A;  4RL3 A;  2VX7 A;  4WIW A;  2DPE A;  4JCL A;  5D8W A;  1KQZ A;  1QHZ A;  1JFH A;  3VGF A;  3ZT6 A;  3VD4 A;  2WSK A;  1WDQ A;  3A4A A;  2PWE A;  5HPC A;  1UQY A;  1BYA A;  2HVM A;  1NWR A;  5ECU A;  2C8N A;  4PMY A;  4TX6 A;  4M81 A;  3VIM A;  4ZXL A;  4AY1 A;  1CWY A;  1BFN A;  2J47 A;  3VDH A;  1UR2 A;  1R86 A;  3VDC A;  4HPH A;  1R8L A;  1H2J A;  3MAN A;  5M03 A;  4HMC A;  1W32 A;  4W8B A;  3BGA A;  1CXK A;  1VF8 A;  3WIJ A;  1UQZ A;  2PBO A;  1W9X A;  1NM9 A;  2BXY A;  4BQ4 A;  1QI0 A;  4MAZ A;  5I2U A;  2EPK X;  4D6G A;  4PTX A;  4UQC A;  2WNW A;  1HT6 A;  1RH9 A;  3SCO A;  3K4A A;  1B3V A;  5IXE A;  1BF2 A;  1V03 A;  3U5Y A;  5ABG A;  1M7X A;  2GSJ A;  1E56 A;  2A3A A;  4GQR A;  2VX5 A; 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