4JIQA

Crystal structure of glycerol trinitrate reductase nera from agrobacterium radiobacter in complex with 1-nitro-2-phenylpropene
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
369
structure length
369
Chain Sequence
TSLFEPAQAGDIALANRIVMAPLTRNRSPGAIPNNLNATYYEQRATAGLIVTEGTPISQQGQGYADVPGLYKREAIEGWKKITDGVHSAGGKIVAQIWHVGRISHTSLQPHGGQPVAPSAITAKSKTYIINDDGTGAFAETSEPRALTIDDIGLILEDYRSGARAALEAGFDGVEIHAANGYLIEQFLKSSTNQRTDDYGGSIENRARFLLEVVDAVAEEIGAGRTGIRLSPVTPANDIFEADPQPLYNYVVEQLGKRNLAFIHVVEGATGGPRDFKQGDKPFDYASFKAAYRNAGGKGLWIANNGYDRQSAIEAVESGKVDAVAFGKAFIANPDLVRRLKNDAPLNAPNQPTFYGGGAEGYTDYPALA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of Glycerol Trinitrate Reductase NerA from Agrobacterium radiobacter Reveals the Molecular Reason for Nitro- and Ene-Reductase Activity in OYE Homologues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GTN Reductase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 136
structure length 369
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4jiqA00
1Z44A 4WZHA 3NL6A 4GXMA 1OK4A 3MO7A 2DJXA 3NA8A 4R33A 2P0OA 1DBTA 2J9XA 4I7WA 4FX7A 1R46A 4O0ZA 4JDBA 4OBTA 4GRSA 1C9DA 1J5TA 5KINA 3P61A 4WUIA 3MP5A 1PE1A 1ME8A 1RQEA 2NZLA 4PCFA 1KBJA 4Y9AA 5G1TA 2A5HA 3FKKA 4JD4A 3SECA 5FF0A 2B7OA 3KHJA 4L4LA 2Y7DA 2VFFA 1W56A 3SSJA 3TW7A 3C56A 2FPVA 4JGDA 4MOZA 1SSGA 2YFOA 5EKYA 4LRSA 4ORIA 1WQ5A 3HIJA 4IXXA 3TSBA 3NQGA 4JN6A 1JCNA 3T44A 3F4WA 4PL2A 2CLMA 5HINA 1OFRA 3C8FA 4Z0JA 1J2WA 3EWWA 1UASA 3W7GA 2IQTA 3WJWA 2FQIA 2PRLA 3SW6A 3NPUA 3EWXA 1H7OA 3B05A 4PODA 3LCWA 3S1UA 4QJ1A 4JTHA 1I2PA 3TQ0A 3HF3A 3LCXA 1RPXA 4PFMA 4E2BA 3BLIA 1R47A 3NNTA 1P1XA 4LV9A 2GQ8A 1XBZA 3C2FA 4RZ6A 3MBFA 2ZCGA 3KOFA 2NXIA 4FHAA 4WQ6A 4Q4KA 4WOQA 4DO6A 3O07A 3M16A 1O4UA 1AW5A 3GR7A 3M1ZA 1KBIA 4Z0SA 4CQ8A 1A5BA 1WX0A 4ZQPA 3SGUA 4QQ3A 1TRDA 4RXFA 1F74A 1FY6A 3C52A 2NWSA 2QCMA 2ZRVA 2CLKA 3G1XA 1GEQA 2ATSA 3DXIA 1FCBA 1QPQA 3KVLA 5D2VA 2A7PA 3N2XA 3DBPA 4E2DA 4DF2A 4HNNA 2E5DA 2Y88A 1WAUA 2NX9A 2E1DA 5FEXA 1WDWA 3DHDA 3LRKA 5F4SA 3CIXA 4GBUA 3PB2A 4QAIA 3HGRA 2C0AA 3RLVA 5K9CA 1KM2A 3PUDA 1FX6A 2ZTJA 2E6AA 3TIMA 1ZHAA 4P61A 4AB4A 1X7FA 1EA0A 4LNYA 1SSDA 5LNWA 2C14A 5AHLA 2X1SA 3QFEA 4UFIA 2ZZ6A 3EXSA 1UUOA 4O18A 3LHVA 4QNEA 1K7EA 4JTFA 3HG2A 4XBSA 1FUYA 4UMBA 4C1LA 1XCFA 2J27A 3IVSA 3EKLA 2QCDA 1M6JA 1PS9A 5CZ0A 3GDMA 2DORA 4UNLA 1EPXA 3S8HA 4JYEA 5DXYA 2ZZ3A 2ZRUA 1R2RA 2FB3A 4UIOA 4HT3A 3LHWA 2R14A 2ZYFA 4QISA 1F76A 3JRKA 1VS1A 1SZGA 1UBSA 4GFSA 5LNRA 3W7DA 3PG8A 1JCLA 4H6KA 1KFEA 1GVOA 2WNNA 2GVGA 4OWGA 1OYCA 1I2OA 5J5RA 1GVSA 3O1NA 3OVPA 1ICSA 3QQ0A 2HMCA 4RZ4A 4MYAA 1ME9A 3TXVA 5AYZA 1W37A 1YTEA 5AYXA 2QJHA 4N6FA 1TTJA 4O53A 3IIOA 4UTTA 4UTMA 3W86A 1DQWA 1KV5A 2Y7FA 1SO3A 3QSRA 1L6SA 2CZFA 1QPRA 4UFJA 3BGGA 1FDJA 3W7HA 2H6RA 2NX3A 3MI3A 5HUOA 5TIMA 3NQ2A 2VFGA 3O8AA 4LC6A 4Y90A 3GR8A 1K8XA 2CLEA 3AJXA 4O1BA 5E93A 2GVJA 3BLEA 4UTJA 1FCVA 1JUKA 3QMSA 3LXAA 1LTDA 1MO0A 1SO5A 4FNSA 5HUPA 3MBDA 5KZDA 3TAKA 1TB3A 3I7RA 3VE9A 2V0TA 1S5TA 2V5LA 1VC4A 1VGAA 4K36A 4UR8A 3DU0A 5F2IA 1L2UA 3B06A 2H3BA 2OX1A 3W7EA 2X30A 2YCEA 1B3OA 2WQPA 4EVZA 3NQVA 5AOUA 3KRUA 4IPIA 2JKEA 4LT9A 1NEYA 2VFEA 3LBMA 4UTUA 1GVFA 2VENA 2XFWA 4ZQMA 1Z41A 4CQ9A 2EAWA 4EOUA 3VNDA 4ORMA 5HWJA 3CWNA 3Q37A 1KM1A 1OX6A 3W2NA 2FB2A 1M7PA 1W5OA 3W7JA 3BG5A 2YYTA 4TIMA 3W1UA 1W5QA 3LXBA 3TFXA 4K8HA 4A29A 2DP3A 2FFCA 3VCRA 3W1XA 1LBFA 1K8ZA 1FQ0A 1VYSX 4UTWC 4NXSA 5F4WA 3P60A 3R8RA 3RFAA 2ZTKA 4FIRA 4H3DA 2DZSA 1NF7A 4IPJA 2W6RA 4M6QA 2DZWA 4I7UA 4MZ8A 4XZ9A 1TJRA 5LGXA 3QH2A 2Y85A 5K4XA 3HGOA 3PG9A 1T99A 3QF0A 1AW1A 2G97A 4O14A 1OFDA 3EXTA 2FLIA 5F2LA 2B7PA 4LVBA 1YLVA 1H5YA 1LOQA 2CZEA 3CHVA 1TYGA 3W7IA 4M6VA 2CLHA 3A24A 4BWLC 4OQVA 3L0KA 3UWVA 4CCCA 5EBUA 2Y61A 4O11A 1TTPA 2QAPA 1JCXA 2OMAA 3BW3A 3G18A 4K39A 2GVLA 3O05A 2O7QA 3FJLA 1VCVA 1G4PA 3L5AA 1VJIA 5J5DA 4N4PA 3E9AA 3C2RA 2VC6A 1ONRA 3M6YA 2FTPA 4NT0A 4R7JA 4UFKA 3IEBA 5G2HA 3QPZA 1B4EA 5DCEA 5LSMA 3EX2A 4KFOA 3G1FA 5I3IA 1W54A 3LTPA 5KSWA 3KRZA 3S1WA 1JCYA 3Q58A 1A5CA 5IM51 4UC5A 1JJKA 3W7PA 3NVTA 4FXSA 1DL3A 3W1TA 4JIQA 1ICPA 3S5ZA 1IXNA 3PF3A 3CM4A 5FEZA 1TPFA 3QW3A 1NAL1 2XN0A 4GUJA 3W2LA 3W7RA 1GOXA 1ME7A 1H7RA 1K3UA 4UNKA 4AHOA 4DPPA 2WJZA 3FEMA 3GNNA 4O16A 3TJXA 4FX8A 1EEPA 1YXYA 3HG5A 4WD0A 4WX2A 2BZNA 5F4XA 4RJEA 3IGSA 1Q45A 3W7QA 4AXKA 2QDGA 2GPTA 3LCFA 2YDAA 3R5EA 4O1AA 5F1VA 3LOTA 5AN7A 1WOBA 3FOKA 2B0MA 4OT7A 1QAPA 1TPC1 4POCA 1EB3A 1BEUA 1GQNA 4KWVA 4BF9A 4ZL1A 2E5BA 5D09A 3UNDA 2V30A 2ISSA 2TYSA 3G22A 4N02A 1ICQA 4LVDA 3DFNA 1RQBA 5LNUA 4UTWA 1IF2A 3TMQA 2FPTA 4O28A 4ONVA 3IIPA 1XFBA 5LGZA 4CCEA 2YFNA 4O54A 3S1VA 1K03A 4RK8A 3VKJA 2V9DA 4TU1A 4X3ZA 5DXXA 4XKYB 5F1UA 4YWIA 3LHUA 1ZAJA 1DJQA 3M7WA 3NAVA 4LS2A 3P8JA 3MI2A 4LV4A 4JYDA 4RZ5A 3TC7A 3N14A 4FX6M 5D2YA 1QWGA 2RHGA 3TXZA 4E38A 1NFBA 2OZ0A 1XUZA 1TSIA 5EY5A 3UWZA 5IBXC 1DORA 3P7YA 4O4WA 1TPUA 5EYWA 3CT7A 3HGSA 1FCQA 5FF3A 2ZRXA 4LVGA 2Q8LA 2OT0A 1TIMA 5C6MA 3GXNA 3SR7A 5AHNA 3GXPA 4HNTA 3SIZA 4O15A 5EMUA 2GQAA 3HPZA 5SWUA 3FYPA 3GYEA 1TO3A 1TREA 2CLFA 4NJGA 3GVGA 4HPJA 5I3GA 3LX9A 2H8ZA 3P62A 5G5IA 3SJ3A 2AGKA 2WV8A 3QPYA 1SFJA 3L5LA 4Q33A 1LBMA 3FLUA 4MY8A 4O17A 1JRCA 1MEHA 2JKPA 3CWOX 1H1YA 4M7TA 1KM6A 3TJLA 4XQ6A 1WXJA 3UWYA 2V2HA 3NM3A 1GJPA 3L2IA 5HQEA 1Y0EA 3S5NA 4JTGA 2E77A 1KFBA 3PWAA 2W0UA 1P0KA 2V2DA 3WK3A 1T0OA 3W70A 2A4AA 4RR4A 4MZ1A 5FEPA 4N2YA 5AFDA 3IRDA 1EWEA 3W7CA 2GQ9A 3UPBA 3DFPA 1G7VA 3DKJA 1O95A 5FESA 3G0XA 1SZFA 3SZ8A 4EF9A 5E1QA 5C54A 1OABA 3QJAA 1SPQA 1OYAA 3WJYA 1YPFA 2NUWA 4ZZ9A 1G69A 2QUVA 1JQXA 4XBKA 2A7NA 3W1AA 3W2KA 3MP4A 3NOEA 3GLCA 3MYPA 1W5NA 2JK2A 2C13A 4K38A 3LCIA 2X2GA 4N4QA 1QPOA 5A5WA 4H4IA 3R13A 1YXCA 4I7VA 3T78A 1FDZA 2CW6A 5H2ZA 2BSLA 3W3OA 3DFSA 4M19A 4RXGA 3TE9A 1LRNA 5LHFA 1JULA 1FXPA 4JS3A 2Y62A 5H91A 4MLRA 3WK0A 1OX4B 3CPRA 4KFNA 4YLWA 3W2MA 3IV3A 4MY1A 4CQAA 2QJIA 3IGXA 3NYZA 3ELFA 4G1KA 5IBXA 3B0UX 3M44A 5AC8A 2WSRA 2ISVA 2WKJA 3G0UA 3V75A 3TR2A 1VYPX 4ADSA 5I3KA 4QM1A 2WNQA 5HNRA 3LGEA 3HGJA 2QCFA 2GOUA 3C2EA 1DV7A 2RFGA 1SW0A 2EGZA 2Y7GA 4MVAA 2QF7A 1ZAHA 2EF9A 2CLOA 3N34A 4ZQOA 3HO8A 3N73A 3B0PA 3W83A 3W1MA 3PUEA 1B57A 2QCNA 3IVUA 1R2TA 1GTEA 4IMCA 5D2TA 1SUXA 4DBEA 3MYOA 3UZJA 4DF1A 1KW1A 3IIXA 3SGZA 3LHTA 3FFSA 4PL1A 1YDNA 2XN2A 3B8DA 3FA5A 3W1RA 4XKYA 3U8GA 5LKYA 3VFLA 3RLUA 3TCEA 1TV7A 4PEKA 1AL8A 3NQMA 3LI1A 4FF7A 1A5AA 4LVAA 1OFEA 4O1DA 3I6RA 4QSHA 4Y6GA 3WK1A 1KA9F 1OFAA 4GUFA 4ZQNA 3ATZA 1R30A 4A22A 1OFOA 3QMTA 4MZYA 3U6WA 5KZMA 3CEPA 4MKNA 1OF8A 1WOAA 1G4SA 3L0GA 2G96A 3L5MA 4JR5A 2ZQ0A 4JICA 3BW2A 2BLEA 3C4UA 5KITA 1W0MA 2AAMA 3N9RA 3T7VA 4IUOA 2VEIA 3STGA 4BI7A 3CC1A 3EWYA 3W7NA 4DF0A 1TPEA 3HBLA 3L68A 1ZJIA 4P2VA 3O06A 5CKSA 4S1FA 1QCWA 4XTDA 2E5CA 4HIBA 3ZWSA 5DN1A 3CEUA 4MJZA 3QQ1A 5K4ZA 1Z48A 3QM3A 4K7VA 5G2IA 2R94A 4FNRA 5EL1A 1FWNA 5AYYA 2C19A 4DPQA 1SZEA 3TH6A 4AWTA 2JGQA 4FNQA 4HHPA 3UQNA 2J24A 1HO1A 1W1ZA 1AMKA 4FEZA 1O94A 4FNTA 3G3MA 5KTLA 4NUWA 4U4MA 3NPXA 5BOOA 2F84A 3F1QA 3D0CA 1HTIA 4OV9A 3OBKA 3H53A 4HNVA 1IXQA 3STFA 2V2CA 4HPXA 8TIMA 2C16A 2V82A 5DBTA 2ZZ5A 4LUIA 3ABQA 1KLZA 1TTIA 4JTSA 5HULA 3P67A 2V8ZA 5HWNA 2I14A 1IGSA 1LROA 1W8SA 3BW4A 3OVQA 3T40A 4UTHA 4Z1CA 1YDOA 3FJ6A 3H55A 4GWEA 1OFPA 3P82A 5AHIA 2Y7EA 3DKLA 1JRBA 1BKSA 1NVMA 3GZ3A 1LM1A 4NXKA 2C18A 1UB3A 2CZ5A 2WSQA 2VELA 3ATYA 3L0NA 3P74A 5DY2A 5BMWA 5A8GA 4JDYA 3TMLA 3A21A 3KRSA 2ZRZA 3EEGA 5E0KA 3MWAA 2NUXA 3NM1A 1V7YA 4UFLA 5FF2A 1WA3A 3PULA 5K2ZA 2WOQA 3S6DA 4O52A 2J6XA 4BFAA 3LV6A 5D37A 3PSVA 4NJHA 3TUUA 1QNVA 4JTIA 5CPMA 4AMAA 1OX4A 5F2GA 3ANYA 1H1ZA 3EWBX 5I3JA 1TPDA 1L9WA 1VZWA 3LDVA 3W9ZA 2G5WA 3EX4A 1LOSA 2E6DA 2CU0A 2V81A 3WJXA 3UWWA 3W74A 3PSWA 3G3DA 1WBHA 3W1NA 1WYIA 1JCMP 2J9ZA 4R34A 1H50A 4IJBA 3W7LA 3IIZA 1QPNA 1BWLA 2X16A 4UMCA 3OIXA 2A0NA 3GKAA 2A21A 5AHMA 1U83A 4MIMA 2DZPA 3TSDA 1ALDA 2GUUA 1VRDA 2O7SA 5D02A 3LI0A 1B9BA 2RDTA 1O5KA 3TX9A 1LYXA 1VQTA 1NSJA 4NX0A 1RVGA 3W1LA 2Y63A 2YPIA 3O6YX 2UV8G 1W3IA 1Q6OA 3S5OA 5G2WA 1LRTA 4EIVA 2P10A 4WXZA 5BNKA 1VHCA 3W87A 4ALDA 1RD5A 2ZZ4A 3LLDA 3TROA 4K7YA 3PUOA 1F7BA 1W3TA 2ZA2A 3MP3A 2ZZ7A 3W84A 3KVMA 4WJEA 4FXRA 2JBMA 1QMLA 3THAA 1N7KA 3W85A 3RF9A 4NVTA 1PL9A 1P0NA 5HJLA 1ZY9A 1VPXA 4GNJA 1XBXA 1XDLA 4N6EA 1DVJA 1GWJA 1AG1O 3RK8A 3UY8A 4D2JA 1EWDA 5CZSA 1SZNA 3CIWA 1PHQA 2X1TA 1MXSA 4IX2A 2HS6A 3W7OA 3FS2A 5L9FA 2ZA1A 1W31A 1GT8A 2A85A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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