4JIQA

Crystal structure of glycerol trinitrate reductase nera from agrobacterium radiobacter in complex with 1-nitro-2-phenylpropene
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
369
structure length
369
Chain Sequence
TSLFEPAQAGDIALANRIVMAPLTRNRSPGAIPNNLNATYYEQRATAGLIVTEGTPISQQGQGYADVPGLYKREAIEGWKKITDGVHSAGGKIVAQIWHVGRISHTSLQPHGGQPVAPSAITAKSKTYIINDDGTGAFAETSEPRALTIDDIGLILEDYRSGARAALEAGFDGVEIHAANGYLIEQFLKSSTNQRTDDYGGSIENRARFLLEVVDAVAEEIGAGRTGIRLSPVTPANDIFEADPQPLYNYVVEQLGKRNLAFIHVVEGATGGPRDFKQGDKPFDYASFKAAYRNAGGKGLWIANNGYDRQSAIEAVESGKVDAVAFGKAFIANPDLVRRLKNDAPLNAPNQPTFYGGGAEGYTDYPALA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of Glycerol Trinitrate Reductase NerA from Agrobacterium radiobacter Reveals the Molecular Reason for Nitro- and Ene-Reductase Activity in OYE Homologues.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Agrobacterium tumefaciens
molecule keywords GTN Reductase
total genus 136
structure length 369
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4jiqA00
2GVLA 1GVQA 3GAKA 1I2PA 1S3HA 2GVJA 3HO8A 5D2YA 3G0UA 3NPWA 4UMCA 1QPOA 4LNYA 4NX5A 3RNDA 3MO7A 2Q8LA 3LRLA 3DI1A 3IRDA 3FFSA 2FTPA 3G0SA 5HWJA 2RDUA 2ZRUA 1F74A 3DFTA 4O50A 2JGQA 5HR7A 3TDFA 3CIXA 3PUDA 4JGDA 4UC5A 3P84A 3TH6A 2C13A 3NXFA 3W7LA 1O60A 3MBDA 8TIMA 1JULA 3A9IA 1LCOA 5U4NA 4O1DA 2OCZA 3PC0A 1OX5A 1W37A 1JCNA 3QQ1A 2C18A 1L6WA 1PVNA 2B7NA 3BW3A 3M41A 1OX4B 3M0ZA 3GLCA 3UPBA 4JN6A 4UFLA 4FNSA 2VC6A 1VCGA 3HMJG 4DELA 3QEZA 3PB0A 1H7WA 3L66A 3P5ZA 3WK3A 5LHEA 3WJWA 1H7XA 3M6YA 5KTLA 1XKYA 3C2FA 4LVBA 1H1YA 4ZQOA 4QNEA 4DF0A 1OYCA 3PULA 5G2HA 3M44A 1A53A 4KFNA 4N02A 1VQTA 3IVUA 1F2JA 4X2RA 2HMCA 4UFIA 4O17A 5F2MA 1RR2A 3UY8A 3UWQA 3W71A 3WFAA 3AO0A 1PHQA 2ZTKA 3GKFA 5AHNA 1ALDA 1QPNA 2NUYA 4UMBA 3UWYA 3N9RA 4NZJA 1KM2A 3IIOA 5BNKA 3W7IA 1HTIA 3LBCA 2OX1A 4NT0A 3L9CA 2A1YA 1TCDA 4O1AA 1GVSA 5LZLA 1IF2A 3GK0A 4JY9A 3S5YA 3EWUA 3R12A 1V5XA 4JDBA 2X2GA 2E1DA 3MBFA 3W7DA 1TTQA 4MKNA 3HIJA 3TMQA 5AC8A 4L4LA 3ZWTA 4W9TA 1KFLA 2YSWA 4M5PA 2CZFA 1OFOA 3HPSA 5KITA 4M6PA 2A21A 3LV5A 1J4EA 3VKJA 3H55A 2V81A 1J5TA 1QFEA 5AC6A 1FY6A 5D37A 3C6CA 3IGSA 3QW4B 3W2LA 2EKCA 1HFBA 4O13A 3A21A 1Z41A 3NGJA 3TAKA 1OK6A 3LX9A 5LGZA 2C3ZA 3G1XA 5G2WA 1NEYA 3NQGA 1R47A 3NM1A 2E5DA 5DCEA 4GJ1A 4LVDA 1DQXA 4WY0B 4ADTA 1I2RA 3CIWA 1W0MA 5HUOA 2B7PA 2FFCA 5KMYA 1NVMA 3PR2A 4ZQNA 4CCEA 2QCCA 2ZZ7A 2ZA2A 3LXCA 3ZS4A 3DHFA 1LLZA 1XBXA 1IIHA 2HS6A 3G1VA 2X30A 4HIBA 3VI2A 4P61A 2DJXA 2F7FA 2GPTA 3P8JA 3NQ2A 1KFEA 5EL1A 1PL9A 3P74A 1LZOA 3FIGA 2ZA1A 4NXKA 2V30A 1W3NA 2A85A 1VLIA 5KZDA 4PTNA 1KW1A 2WSYA 3NYZA 5GVJA 3SJ3A 2Z0IA 1PS9A 4RX0A 3PSVA 1H7PA 4HPXA 1YDVA 3W87A 1X1ZA 2XN1A 4IMFA 1VCVA 4ALDA 4FXRA 1DJNA 3N73A 1LP6A 3G8RA 2RDWA 4O1CA 3KHJA 2Y7EA 4UTWC 5AHFA 1F73A 4FXSA 1A5BA 3QYQA 1SFJA 4R33A 4AHPA 1TB3A 3L5AA 4QSHA 3NR0A 3VNDA 4RLIA 1MO0A 1WQ5A 1AW2A 3BARA 2Q3OA 3GDLA 3SGZA 3V75A 1B3OA 3S1VA 2ZZ2A 3PY2A 3S0CA 3Q2DA 4IPIA 2OZ0A 3N2XA 4N9BA 1QPRA 2A5HA 5AYYA 2X1UA 3NL5A 4WUIA 5EYWA 2E77A 5AHIA 3C61A 1PIIA 3G3MA 1G4SA 3F03K 1YYAA 4MVAA 1UJPA 3WJXA 3QM3A 4MJZA 1I2NA 2Y6ZA 3TQVA 4JICA 1GT8A 2NWSA 5DCDA 5F4SA 1H62A 3QSTA 3TSBA 1R30A 1SZEA 2Z1BA 2A6LA 3NNTA 5LKYA 1FCQA 4LRSA 4YWIA 3VCRA 3W1UA 3QPZA 4BFAA 2GUUA 1KV5A 1H1ZA 4FNPA 3QQ0A 4FNQA 1AG1O 3S9YA 1DKWA 3MYOA 5G1TA 1T8XA 5I3GA 3P7YA 3ZWSA 3GNDA 5HUPA 5IBXA 3S5NA 1M7PA 1SO3A 1YXCA 4NXSA 3QW3A 1GYLA 3ZR4A 4GNJA 2A7NA 1Q45A 3EWXA 3BGJA 3EX2A 1TREA 3KVMA 1W54A 2ZTJA 4S2CA 1B4EA 1QOPA 3HQ1A 4JR5A 1Z44A 3P81A 4OU1A 4QQ3A 3LHVA 1CW2A 2QEZA 3BG9A 2QCLA 4MY8A 3W2KA 3TKFA 1JR1A 1X7FA 3BK0A 4NNBA 4FIQA 3IVSA 2GJNA 4BI6A 3QPYA 3LBMA 2FB2A 3TX9A 3MWAA 3O6YX 3B05A 3G1YA 5HMSA 4NQ1A 5TBOA 2TYSA 4GE8A 1TV7A 1FWSA 1I2OA 5HNRA 4HT3A 4BWLA 4TMCA 4EVZA 4I7UA 1LOSA 1NF7A 3HGJA 5FF3A 5KZMA 3LM7A 4UFKA 5DELA 3EB2A 3CLMA 4DO6A 2Q3RA 3BG3A 3MUXA 5AHLA 2Q8ZA 2X1TA 3NAVA 1JQXA 3NQCA 4BI7A 3W7CA 1LBMA 3RLVA 1TMHA 3UZJA 1IXPA 1PCWA 3EWWA 3GIYA 5I3HA 2VEIA 3LI1A 4YCPA 3TROA 3UYCA 3QZEA 2FLIA 2A4AA 4B5NA 3A23A 1MSSA 5HQEA 1G69A 1G4EA 5FEZA 1EPXA 1H51A 4UTJA 3GB6A 1GEQA 4K38A 2TMDA 2VXNA 2ZRXA 4K36A 1OFAA 2JKEA 3PG9A 4XTDA 4E38A 3SGUA 2QUTA 1FDZA 3GVGA 3R2GA 4NJKA 4PA8A 1YTEA 2Y62A 2ZZ5A 3W85A 1VR6A 4AHQA 4UUIA 2NXGA 3STEA 5I3FA 4UFJA 4JTLA 3L5MA 4O54A 4K7YA 3KFTA 1EP1A 1KLZA 3LV6A 4H6KA 1YLVA 4O18A 2PC4A 1YPIA 3PVFA 3B0PA 3IEBA 1I2QA 1ZFJA 2CZDA 1P1XA 3LXBA 2FIQA 1OF6A 3G1FA 1NAL1 3NDOA 1OF8A 4ORMA 4ZVJA 3HPXA 5D02A 3EXSA 1XCFA 3M7WA 1JCYA 5EA9A 2AGKA 3DKJA 3RK8A 2ZBTA 1F76A 1VLWA 3LCHA 3TNOA 2VOMA 3MYPA 1VHNA 3HOJA 1VJIA 2FQIA 5CGQA 2VELA 3W3OA 4TMBA 1M5WA 4O11A 5CKSA 5L6UA 1E51A 1G4TA 2J27A 1SW7A 1XDLA 3SECA 4LW7A 4DO5A 4AMAA 1THFD 1U5JA 1GPWA 4HSOA 4JIQA 3O6DA 4PODA 2DORA 4IOTA 4JD4A 5BMWA 3NVTA 3FJLA 1HUVA 5D2TA 4N4PA 3JRKA 2V0TA 3OHIA 4RJEA 4BR1A 3EX6A 1W56A 3EEGA 5C5YA 3TAOA 1F6PA 4XKYB 1P0KA 1PHWA 2QCDA 2ZYFA 5BMXA 3FOKA 2QCMA 1HL2A 2CLHA 1WYIA 5D09A 1T96A 5K3VA 4S1FA 3T7VA 4UTTC 5K4XA 4LC6A 5CG7A 3N2MA 4I9AA 5I3IA 2RDTA 3YPIA 3VE7A 4NUWA 3TSMA 3M1ZA 4QM1A 2E5CA 5D2VA 1ME7A 1RQHA 4TIMA 3D0CA 3C2VA 1G7VA 3CEUA 5G4WA 3OBKA 4POCA 4QITA 1LOQA 1FQ0A 3FLUA 3H53A 3MHGA 4R53A 5FF2A 4MUZA 3O16A 1F7BA 3LLFA 1B57A 4GUGA 2YR1A 2H3DA 4Q32A 5LNRA 1FWRA 4UTHA 3S8HA 3TU9A 1W1ZA 3TR2A 2YYUA 4UTKA 3PBVA 3ABQA 2ISWA 4N6FA 5DLCA 5F4XA 3NQ7A 2JK2A 4EF9A 5L9FA 5DBTA 3W2JA 3L0GA 5AHMA 2NZLA 1B4KA 1NFBA 5HWNA 1YXYA 3PSWA 3KVKA 3B4UA 2HSAA 4GWEA 5LNWA 3P61A 1SFLA 1FCBA 4GUJA 3B8DA 1VHCA 3NZ1A 1ICQA 4ADSA 3IGXA 3WK2A 3I6RA 2DJLA 3FS2A 4GBUA 2FPYA 3L21A 3NO5A 1HO4A 3BO9A 3QH2A 4RXFA 1VPXA 3MI3A 2H8XA 2DZUA 3DFSA 2WOQA 2E6YA 4LV4A 3EX4A 4A29A 5FF7A 5FESA 3ATYA 5D30A 2YW3A 5H91A 3IIXA 4MY9A 1TRIA 1OVDA 3R89A 5K2ZA 1TPWA 4WX2A 4YXGA 1AW5A 2CLEA 4IWWA 4X9SA 4MOZA 1FWWA 5EKYA 3T4CA 4KFPA 5EMUA 3K30A 4K6AA 5ABTA 3EKZA 4LS1A 3W88A 1LRTA 1FX6A 4Z0SA 3G1HA 1QMLA 4R7JA 2BZNA 3UXAA 1QO2A 3W1RA 4AH7A 3O63A 5LGXA 4A21A 4UFHA 4OQVA 3W2NA 1QCWA 3B06A 2R8WA 3W74A 2AQWA 2EPHA 1EWDA 3NPXA 4FX8A 4DEFA 3W7MA 4O16A 2X16A 4U4MA 1IGSA 1QWGA 2WSRA 1WXJA 2Y7DA 1W5PA 2NX3A 4Z1AA 2TRSA 2ZRYA 1PCKA 2B4GA 3NQEA 3A24A 1SUXA 1SSGA 2LLEA 1TPC1 1ME9A 2EGZA 1T99A 1X1OA 1BEUA 1DBTA 3C2RA 2FJKA 2C15A 1LOLA 3PBWA 4LC8A 3LGEA 1H7OA 3STGA 4D2JA 3MMTA 4E2DA 3STCA 1EUNA 3GNNA 1YTKA 3I65A 3TC7A 3FYPA 1GVOA 1JRCA 4O4WA 3OVPA 3IIPA 3W73A 3I68A 4EOUA 4IJBA 1QPQA 2GQ9A 2VFDA 3W1TA 1R2RA 2BTMA 2OMAA 1OX6A 3C0JA 3TA6A 4DF2A 3NQDA 4RCXA 3SIZA 5C54A 1AL7A 2ZCGA 5AHEA 4KKXA 1BKSA 1UUMA 4PC8A 3W1XA 5BW6A 5CZTA 3A22A 2E6AA 3TIMA 3TK7A 3TV8A 2UV8G 3LTSA 3R8RA 4WOZA 1SR9A 4IMDA 1DOSA 4JTTA 2OJPA 1UASA 4O4VA 3KVJA 2A7RA 3CU2A 2JBMA 3LHTA 3TQ0A 4FEZA 2XFWA 3OG3A 2ATSA 1GG1A 3HG5A 5KZEA 4LVAA 1W3IA 3A5VA 2WQPA 2NV2A 2E5BA 2EAWA 5CZSA 4Y8FA 4QISA 1W5MA 2ISSA 3LHWA 3EXRA 2VFFA 3P5YA 3S1UA 3EXTA 1IXQA 3LCIA 3B0UX 3UWWA 4FX7A 3NQ6A 4AWUA 4M7SA 1H63A 1GTEA 3CWNA 2ZRWA 4LS0A 3SZ8A 4IUOA 2ZZ3A 4Y6GA 1GYNA 4HNTA 3T40A 1TIMA 3S42A 2FPVA 4JTEA 1UCWA 3DFNA 4PFMA 4MFDA 2QCHA 2GJLA 3KRUA 4PH6A 1KFJA 2HS8A 3SFKA 2Y85A 1ZAIA 2VEMA 3MW7A 3W7RA 1ZCOA 2Y63A 4DO4A 2YX0A 4X22A 3C8FA 3LHUA 3TMLA 1JUBA 2WSQA 2J24A 3DFQA 3I7SA 2YCEA 1BTMA 2HTMA 1LLWA 1TQJA 4WD0A 4N4QA 4IQLA 1TPDA 4ONVA 2NX9A 4AB4A 1ZALA 4JTSA 4N2YA 2XN0A 3LCXA 5K9XA 2X1RA 1QO5A 4GFSA 3HG2A 2ABAA 4Y96A 2QUUA 3W9ZA 5DN1A 3JR2A 4NJIA 5K9DA 5LNUA 3W2MA 2FDSA 5AYXA 5H2ZA 4O28A 1OJXA 4UTUA 5LHFA 2A0NA 1XC4A 1ZJIA 4RV8A 1DJQA 3GDKA 1XL9A 3THQA 4Q4KA 1LORA 3NQFA 1W31A 2CLIA 5SWUA 3UQNA 3CT7A 4GUHA 5C55A 3W1AA 2B7OA 3NA8A 1ICSA 3DXIA 3HF3A 4BK9A 3T78A 4LVFA 1K7FA 3C2OA 4LOCA 1HG3A 3MP3A 3W84A 1Q6LA 3QMSA 3NL6A 3VFLA 4UTMA 1AMKA 4IX2A 2PE4A 1N55A 1AK5A 1SZNA 3TQKA 2W79A 3LRKA 1W8SA 3IIVA 3B04A 5CSSA 1SPQA 1H50A 3RU6A 2V2DA 3VE9A 3A5FA 1CX9A 3ABRA 3DGRA 3P80A 4BI5A 4OE7A 2ZZ6A 1BWLA 1ICPA 1RZMA 1A5CA 4BF9A 4UMAA 4NZFA 1LBLA 4WOQA 5F2GA 5G2IA 3SR7A 3TXVA 1JCXA 4DXVA 2VEPA 4LV9A 2QCFA 3EWYA 1GZGA 4GRSA 4C1LA 4J9JA 2C6QA 2YGYA 3DENA 3M5XA 4JY8A 3IVTA 4HNNA 5FF4A 1XUUA 4RZ6A 3TJXA 3LOTA 2BWGA 5AYZA 3DI0A 2XN2A 3TC6A 1KM6A 3N14A 3PUEA 5AC7A 1FXPA 1SO5A 2V2CA 3TFCA 1ZAJA 1G7UA 3I7QA 3W86A 2C16A 1Z42A 1SW3A 3EWZA 3L0KA 3HG4A 3T44A 1Y0EA 4MLJA 3M5ZA 1KFKA 1TTJA 4MIMA 5HINA 3GXNA 3E0IA 2ATMA 4ADUA 3NG3A 3RFAA 1MEIA 1EA0A 1M6JA 3JS3A 1K8XA 5G4EA 2GQ8A 3W7NA 4RZ4A 1JJKA 1EP2A 1FDYA 1ONRA 3F4NA 4N9EA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3V5O A;  4BQ2 A;  1EJT C;  1I2P A;  3WLN A;  5D2Y A;  3G0U A;  5D8Z A;  2YA2 A;  3VDC A;  3G0S A;  3ZT6 A;  1BYB A;  1XG4 A;  2ZRU A;  2CLP A;  3FHQ A;  4HYV A;  4O50 A;  2JGQ A;  5CGT A;  3TDF A;  4X61 A;  3O0F A;  1DWI M;  4WGH A;  4JEJ A;  3TH6 A;  2ZC8 A;  3RIT A;  2C13 A;  3A9I A;  2IKG A;  3SCU A;  1W37 A;  2DZA A;  1OC7 A;  3MSG A;  5FJO A;  1UR3 M;  4D6H A;  4H9V A;  3TN3 A;  1Q13 A;  4WK9 A;  3WQ8 A;  1OX4 B;  3UPB A;  4FNS A;  4WLC A;  1EDT A;  2IPG A;  3WEN A;  5T9B G;  3P5Z A;  5E70 A;  5LHE A;  3CMF A;  3GHS A;  3FVM A;  4RPQ A;  1X6L A;  3C2F A;  2WMK A;  2GGJ A;  1LG2 A;  2XFF A;  4DF0 A;  1A53 A;  4HSH A;  1POJ A;  1S3T C;  1UC5 A;  1E9I A;  3BGA A;  3IVU A;  1ZZM A;  2HMC A;  4UFI A;  2GDQ A;  3AO0 A;  1GJW A;  1BTC A;  5FJU A;  5AHN A;  1ALD A;  1QPN A;  3N9R A;  1KM2 A;  5FD0 A;  2WMH A;  1TVP A;  2OX1 A;  4BEU A;  1RUS A;  2R82 A;  1TCD A;  3BH4 A;  3L4Z A;  4HD5 A;  3GG7 A;  5C9R A;  2GZX A;  1V3L A;  1IF2 A;  1K9T A;  3GK0 A;  2I5G A;  1WKY A;  1XIM A;  3EWU A;  5EFD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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