4JS3 | Genus

Total Genus 135

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	135
sequence length	365
structure length	365
Chain Sequence	TGDERFYAEHLMPTLQGLLDPESAHRLAVRFTSLGLLPRARFQDSDMLEVRVLGHKFRNPVGIAAGFDKHGEAVDGLYKMGFGFVEIGSVTPKPQEGNPRPRVFRLPEDQAVINRYGFNSHGLSVVEHRLRARQQKQAKLTEDGLPLGVNLGKNKTSVDAAEDYAEGVRVLGPLADYLVVNVSSPNTAGLRSLQGKAELRRLLTKVLQERDGLRRVHRPAVLVKIAPDLTSQDKEDIASVVKELGIDGLIVTNTTVSRPAGLQGALRSETGGLSGKPLRDLSTQTIREMYALTQGRVPIIGVGGVSSGQDALEKIRAGASLVQLYTALTFWGPPVVGKVKRELEALLKEQGFGGVTDAIGADHRR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__039622320636184__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__039622320636184__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4JS3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__039622320636184__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"039622320636184","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4JS3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__039622320636184__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) with 057 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
total genus	135
structure length	365
sequence length	365
ec nomenclature	ec 1.3.5.2: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone).
pdb deposition date	2013-03-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4js3A00

3HF3A 1PVNA 1TYGA 3E0IA 5K9XA 3S1UA 5I3KA 1LTDA 1VLWA 4LUJA 5KITA 1C29A 2A5HA 3W1QA 3A23A 3EX2A 4RZ6A 3PSWA 4MPQA 3L67A 4S1FA 4R33A 1H7RA 1S3HA 2A7NA 1X8FA 3BV4A 5T26A 3H53A 3UPBA 3WJXA 1TPH1 4WOZA 3W2NA 3EXTA 4IWWA 2NUWA 3EWWA 1P0KA 1OYBA 3G8EA 4Y96A 3M5ZA 3P5YA 4C1LA 4JDYA 4Z1CA 3C56A 3W84A 1W5NA 2R94A 1RV8A 1PCKA 1M5WA 4YMZA 3W7KA 2A2IA 3L68A 3W76A 4JICA 1H7WA 3QSTA 1LRTA 1JVNA 5HINA 3LDVA 1ALDA 4XUGA 3UD6A 3WK0A 1DKWA 2WQPA 1SSGA 3WJZA 1J4EA 5LHEA 3P81A 4L4LA 1KA9F 4BWLC 1H1ZA 3RFAA 1Q45A 3LI0A 3RLUA 1GQNA 4OU1A 2YFNA 3T44A 3QSRA 4N6EA 4RXFA 4UMCA 4DQWA 3OVQA 1ZENA 3NQDA 4ALDA 1OFAA 4MFEA 1D3GA 4X22A 3NQGA 3MHUA 5MHBA 1K3UA 5LNWA 1QAPA 3IIXA 1JQXA 1KLYA 1ME9A 4IMGA 2H8ZA 3IIPA 3NQMA 3STGA 4K7VA 1M7PA 4N9CA 5D09A 4MYAA 1ICQA 4CCEA 5IM51 3DI1A 3VI2A 1LRQA 2YSWA 4Z08A 4AMAA 1XC4A 3HMJG 2WOQA 2NXHA 1LOSA 1IIGA 1KM5A 2ZDRA 2Y63A 5HQEA 5AC6A 1H1YA 5CKSA 5DN1A 2Y6ZA 1TV5A 1QPQA 3TAKA 3TR2A 2QAPA 1UBSA 2ZYFA 1DBTA 4HHPA 5CGQA 2G95A 2EKCA 2QCHA 4E2DA 4W9TA 1RPXA 3DU0A 3G0SA 3S0CA 1XDLA 4RZ5A 2RHGA 4X9SA 1EB3A 5TBOA 1EX5A 2HTMA 2OMAA 1Q6RA 1AK5A 4O16A 1NVMA 4RV8A 1WOBA 3NQ2A 3IVUA 3KAOA 1XBVA 4OV4A 4UTUA 5D32A 3FJ6A 4P2VA 4LOCA 4EVZA 5CSRA 2GVJA 2VOMA 3I65A 3R8RA 1YXDA 4WJEA 1KFJA 5DELA 2QCCA 5G2WA 1OFRA 5C6MA 1FCBA 3QZEA 3W7NA 4QM1A 3GXNA 5I3FA 3BARA 1G7VA 2ZA3A 4XKYB 2X2GA 4PA8A 1I8JA 4M7SA 3PSVA 4M5PA 3I6RA 5DCDA 3O6YX 3ZWSA 5AHMA 4N6FA 1L9WA 3IGSA 2PE4A 1OFPA 2BTMA 1TPEA 1GVFA 2A4AA 3W7DA 3W7PA 2GOUA 3TU9A 5AN7A 4UTTC 4UFMA 1IXPA 3QPYA 4M19A 4MYXA 5FESA 3DAQA 2YFOA 3W7IA 3T7VA 3DKJA 4K36A 3QM3A 3K30A 4UFJA 3N73A 1B9BA 1Q3NA 2WPBA 4LVDA 4O11A 3JRKA 4Y6GA 4O12A 3TSDA 3I7QA 1GOXA 4KWVA 4HNUA 1KM6A 4UNLA 4LUIA 3GVGA 3NAVA 3LGEA 1JCNA 3OVRA 4OBTA 3QFEA 4CQAA 1B4EA 4FIRA 1GWJA 5LGXA 1RD5A 4XZ9A 2NX3A 4MZ1A 4ZQOA 5G2HA 4XBSA 1KM0A 3P60A 1TO3A 1FWRA 2X30A 3NOEA 4UNKA 3LV6A 5D2TA 1H7NA 4FNUA 2WNNA 3HPSA 4A21A 1D9EA 1BWKA 3EWBX 4C1KA 4I7UA 4LTSA 3LCIA 4LW7A 3TFCA 1JUEA 2DZPA 2R14A 3R5EA 5BRBA 1LYXA 2AQWA 3GKAA 4UXDA 1AW1A 3NA8A 3O06A 1EP2A 1JCJA 5DBUA 1TPB1 2RKXA 3W1RA 4XWUA 2FJKA 1MEHA 4JIPA 1WDWA 2ATSA 3PUEA 5TQLA 3NPUA 3C0JA 3OBKA 2V5BA 3GIYA 1TV7A 5KMYA 3O07A 1GT8A 4M6PA 3S42A 4JTFA 3F1QA 4TIMA 1ME7A 1C9DA 5IBXC 2TRSA 4UTJA 3NYZA 4DBEA 1ZHAA 4FF7A 2V0TA 3T55A 2V2CA 3TJLA 2OT0A 5BOOA 1W54A 4RXGA 3O6CA 4RK8A 2YPIA 4UMBA 4O53A 5E1QA 1KBJA 3WK1A 5D02A 1SFLA 3S1VA 3GDLA 1XUZA 3L0NA 4YWIA 4JTJA 3TROA 1JCXA 1LLZA 4ADSA 2OX1A 1FDYA 4N4PA 1KW1A 4FIQA 1EEPA 1OYAA 3RU6A 2VEMA 5LGZA 3ABQA 2TMDA 4UFKA 1VZWA 3STCA 1EP1A 2Z1BA 3TKFA 2DP3A 1YTDA 4YLWA 3RK8A 1TB3A 5I3IA 4DF2A 1WAUA 4A2RA 3GYEA 1FXPA 2ZTJA 5AHLA 3NR0A 1HO4A 4D2JA 1HFBA 4AHPA 4ORMA 3FS2A 3W1TA 3GXTA 5HULA 3N34A 1FCVA 1I2QA 1SW3A 2C19A 4BI7A 2NX9A 3PG9A 3LLDA 3W2UA 3A5VA 1H5YA 1O5XA 4HNTA 2Z2UA 2WJZA 2R8WA 3EKLA 5AC8A 2Q3RA 1YADA 5HR7A 3PY2A 1KTCA 3ZFHA 1LOLA 1P5BA 1TRIA 3NL3A 1T99A 2OZ0A 1C8VA 1G4EA 3O16A 3FYPA 1KTBA 1G7UA 4OGZA 2Q3OA 5C2XA 2RDUA 3CQ0A 2C18A 3NGJA 1TMHA 1MO0A 2VFDA 5FF4A 2J24A 3MO7A 1YPIA 5EMUA 5HWMA 2XN1A 4JS3A 1AMKA 4AVFA 4MKNA 4O15A 3UWYA 4JYEA 2B7OA 1L6SA 3LBMA 3M16A 4GE8A 1FUYA 4UIOA 5D05A 5AFDA 2H90A 1KFLA 4H4IA 4O0ZA 1G69A 1HUVA 2DU2A 3KVMA 4XBKA 3A21A 1N8FA 5AC7A 4IMDA 2YDAA 1H62A 3P82A 3Q58A 1EPXA 2TYSA 4YCPA 3W86A 2YW3A 1MEWA 1GTEA 2ZZ3A 3W7MA 2HS8A 1Y0EA 3WJSA 3CEPA 1K02A 3FEMA 3C8FA 4N9DA 5F1VA 3LV5A 1QPRA 1TIMA 5EYWA 3DXIA 2GJNA 2J9ZA 2E5DA 2A21A 3I7SA 1FWSA 1R47A 1TV8A 2JGQA 3GR8A 3W7QA 2NUYA 3NPVA 5AYZA 3QQ1A 2XFWA 1EUNA 3USBA 3S5OA 3KRSA 1S5TA 1FBAA 2VEIA 5CZJA 5AHIA 3NQCA 5AHEA 2C15A 1VLIA 3M0ZA 4JD4A 4LT9A 3ATYA 3PS7A 2CLIA 3Q37A 3R89A 1KFEA 5H2ZA 4O13A 4NNBA 1EWDA 1WX0A 1F6KA 4DF1A 1TSIA 2YGYA 5H91A 1SW0A 1SO6A 3IEBA 1SPQA 4I7VA 2FIQA 1NFBA 2A0NA 3C2EA 3MYOA 3GDKA 3THQA 2WSQA 1QOPA 2P10A 1SZFA 3W73A 3UNDA 1FWWA 4KKXA 3M47A 1LM1A 3HG2A 4FNSA 3S6DA 1O94A 5F2MA 1GYNA 3QEZA 4WY0A 4ZL1A 5KSWA 3PUDA 2EAWA 3G1HA 2GVLA 4MY8A 3VE7A 1ZAIA 5FF3A 3BO9A 3MP4A 3W6YA 1G4PA 4O4VA 3UWQA 3OEXA 2E6FA 1O5KA 1DHPA 1RQBA 4GWEA 1ZNNA 5HMSA 4AHQA 2HSAA 1CX9A 2G5WA 3DFTA 1OK6A 3G3DA 3EB2A 3PBVA 4CLMA 5EBUA 3W7JA 1OG0A 5LZLA 4TX9A 3UQNA 4DELA 4X2RA 3F4NA 3BG5A 1M6JA 3KVJA 1CI1A 5HR6A 1L2UA 4JGDA 2PC4A 4HT3A 4TMCA 1QO2A 1QNVA 1JUBA 4MY1A 3T4CA 3GDRA 3LBCA 3B0UX 1IXQA 3BLEA 4UFHA 3GB6A 4QISA 3TH6A 1W0MA 3CTLA 5D03A 3UXDA 3B04A 1Z42A 1OX4B 4JNMA 1VCFA 2G96A 3HO8A 2B7PA 3L65A 3C4UA 1TTJA 1SQ7A 2DJLA 2Y7EA 4MJZA 2WO5A 5L9FA 3W88A 4DO6A 1R30A 2Z6JA 2PURA 4S2BA 1H63A 2QCEA 3KRUA 4K8HA 2E68A 1LBFA 1YDVA 4MLRA 5CPLA 3G0XA 2V81A 4RLIA 3UYCA 4ONVA 3SZ8A 3LRMA 1W8SA 5CSSA 4AF0A 1UCWA 3NQ6A 4FNTA 4HPXA 3HGSA 4ZQPA 5G5IA 3HPZA 1RQEA 4I7WA 3ABOA 4NJJA 1IXNA 1QMLA 3W1NA 5F2IA 1B3OA 4OE7A 3EX4A 3MI2A 3TXVA 5D04C 1SW7A 4HKPA 5CG7A 3M1ZA 4KWWA 4IUOA 3IVSA 1YPFA 3N19B 3PBUA 1VHCA 4LC8A 2CLOA 1A5AA 5G4WA 2QUTA 3CWNA 4MLJA 3NZ1A 4O54A 5CZ0A 5TIMA 5CPMA 4GRSA 2QR6A 5D37A 1PIIA 2WSRA 1NF0A 1G4SA 4IPJA 2JBMA 3UZJA 4A22A 3NQ8A 3LB0A 3GXPA 1PE1A 1YTEA 3MI6A 4O4WA 1H7OA 1KV8A 2C13A 4B5NA 1YDOA 4JXCA 1F05A 4WXYA 2VFIA 4MY9A 4PL1A 1W5MA 4HSOA 3EX6A 3AO0A 1FQ0A 3N14A 5C55A 1PL9A 1U5JA 3MWAA 3NG3A 4LY8A 2V9DA 3INPA 3TDFA 1KFKA 4S2CA 5F4SA 2V8ZA 2E1DA 3HOJA 1VJIA 4LV4A 7TIMA 4N02A 3O1NA 1WBJA 3DH7A 5CPOA 4NZJA 3NQFA 1OVDA 2NV1A 3LCLA 3LHWA 4KFOA 3UY7A 3LHZA 2V2DA 3IGUA 2Q8LA 4Z0SA 4JTEA 4BF9A 3SY5A 5U7SA 2ZBTA 3SW6A 2GUUA 1SO3A 4JIQA 1AL8A 4XTDA 2C16A 3V1PA 1JJKA 1K7EA 2ISSA 3NL5A 1DVJA 3MMTA 1RZMA 4CQ9A 3NEVA 4FHAA 2W79A 2VEKA 4PH6A 3E12A 3DKLA 1KFCA 3BG3A 3LTSA 2C6QA 4WD0A 1EIXA 1MXSA 2G97A 4ZMGA 1LP6A 5LKYA 2F84A 3CHVA 1W3TA 3ZWTA 5LNRA 3CIXA 4O17A 5D2WA 2TPSA 4CCDA 1I2OA 1MZHA 2V5LA 1HTIA 1YXYA 1TTQA 4OWGA 3GDMA 1OHLA 5EPDA 4UCGA 4RX0A 3W70A 1TCDA 5U4NA 4NJIA 3TQKA 1PHQA 1XBXA 4NX0A 4YL2A 3SECA 3T78A 3GKFA 4YCOA 3GK0A 3MHFA 2NLIA 3W23A 3UWZA 3UWWA 4KFPA 5BMXA 2P0OA 1ZAJA 4ZQRA 3KVLA 4MOZA 4ADUA 3F4WA 1K8YA 1RVGA 3E96A 4AF0B 2Q8ZA 4O52A 2A7PA 2ZZ6A 4NZFA 1P1XA 1GVRA 1OFDA 3BPWA 1VHNA 3EXSA 3IIZA 4IMEA 4LC6A 1RQHA 3GNNA 4AWSA 3NQ7A 3E9AA 5KZDA 1PS9A 1VS1A 1H61A 1UJPA 3PBWA 4JX4A 3A9IA 3L21A 4QIUA 1TPVA 2FB3A 1GTHA 3NZRA 1LCOA 3M5VA 3H55A 3CB8A 1KM1A 2J9XA 3LTPA 1GG1A 2QCDA 4FEZA 4A3UA 2VFFA 4JR5A 3Q2DA 5CZTA 2B7QA 3MBFA 1K8XA 4NX5A 1ME8A 4GJ1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1LUC A;  3FOK A;  2BGQ A;  4LB3 A;  4NZ4 A;  3L0K A;  3FV9 A;  1F3X A;  3IJ7 A;  3DBP A;  1RR2 A;  3LNM A;  5FD0 A;  1WBH A;  1QFE A;  3CM4 A;  1OX5 A;  2R1N A;  1WOA A;  2OJP A;  4I9M A;  5DXX A;  1A3X A;  3W71 A;  3M43 A;  4X61 A;  3PUO A;  2XVL A;  3RND A;  4MVA A;  3R94 A;  3G1D A;  2AL2 A;  3A47 A;  1J93 A;  3QHN A;  3WQV A;  4FNR A;  4J3S A;  4QG6 A;  1JND A;  1NSJ A;  2FVK A;  2FQI A;  3VM5 A;  1IV8 A;  5J04 A;  1LL6 A;  4O0Q A;  4G1N A;  4U2Z A;  3MCO A;  4PMN A;  4NNA A;  3OZP A;  1QI5 A;  2PBO A;  2YZ5 A;  2DH2 A;  2MUC A;  5LIK X;  2DVX A;  3ARW A;  3COT A;  4ML9 A;  5A5W A;  3TYD A;  3U8G A;  2WPG A;  1UAS A;  5IFP A;  4DBW A;  1EGV A;  2PTZ A;  3TTY A;  4B91 A;  4HNN A;  1W1Y A;  3VIP A;  1DV7 A;  4D72 A;  3AXM A;  1KM3 A;  4OT7 A;  2Z6I A;  4WY0 F;  1U22 A;  2HS6 A;  5HMF A;  3N9S A;  4Y9M A;  3BAW A;  4XB3 A;  5LHF A;  1H7P A;  3T09 A;  1UWU A;  4JY9 A;  2R1K A;  3UWV A;  1XRV A;  2VDI A;  2DW7 A;  3N9R A;  5GNY A;  2PGF A;  1KGW A;  1DQU A;  3UEQ A;  1WAW A;  4Z2J A;  2P3E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4JS3A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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