4JTGA

Crystal structure of f114r/r117a mutant of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
277
structure length
253
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPARLAAQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQTRGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Examining the Role of Intersubunit Contacts in Catalysis by 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis
total genus 87
structure length 253
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2013-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4jtgA00
3BVJA 4WY0F 1IIHA 4XTDA 4DO4A 5TQLA 1FWRA 3TAKA 1W5OA 5D30A 1H7WA 3EKLA 2JKAA 4JIPA 1W3IA 3THQA 3N3MA 2YXGA 1ZENA 4JTHA 1BTMA 5G2HA 3EX6A 2RKXA 4JTJA 3DFOA 4O11A 4KFOA 3PULA 1M5WA 1OK4A 1VYRA 4Y8FA 3W7OA 1OX4A 3N73A 4O1AA 3S5OA 5DY2A 1P0NA 1KM1A 5EKYA 2EGZA 1SO5A 1GG1A 4Z0JA 1LTDA 1AW1A 3P8IA 3W74A 3IRDA 1DKWA 1GT8A 4P2VA 1S5TA 1IXNA 1TYGA 3LHUA 3S1UA 3G1FA 4DF0A 4WOZA 3S42A 2VELA 3EXSA 3TQVA 2BZNA 4RZ4A 4CCEA 4Y96A 3P7YA 2CLHA 3SY5A 3IIVA 4AXKA 4O14A 5KZDA 3KOFA 2A5HA 2NV2A 2WO5A 1UB3A 2QCEA 2CLFA 3NQEA 3PY2A 1YTKA 5AHMA 2XN1A 3NNTA 3CU2A 4N9DA 4H4IA 3PUOA 3WK2A 1EEPA 5KZMA 5FF4A 4C1LA 3L0GA 1VHNA 5AYYA 5AFDA 2DORA 1J2WA 5I3HA 1MZHA 4WY0B 3EWZA 1T99A 2V0TA 4UC5A 4A3UA 2GQ9A 1N55A 1CW2A 5SWUA 2E5BA 3EWBX 1DOSA 3M6YA 1JVNA 3WJYA 1GZGA 2EAWA 1KM5A 2CZFA 2F84A 2NXIA 4TX9A 3A22A 2ZRWA 3O6DA 5LHEA 4O4VA 3TJXA 4CQ9A 4YCOA 1DL3A 4S2BA 3ELFA 1YLVA 2OMAA 4BI6A 3PUDA 3QF0A 4DF1A 4HNUA 4MZ1A 4LU0A 1W5PA 2D73A 3D0CA 1TQXA 2CLKA 5AC7A 3TQ0A 5F4XA 3UD6A 5FEWA 2DJLA 3GXPA 2PURA 1GVQA 3UZ5A 1O60A 1TTJA 3IIXA 1UCWA 3W7NA 4AB4A 3M44A 4O57A 2YFNA 3NQAA 3EX1A 5AC8A 4XKYB 1O4UA 5C54A 1AG1O 1JQXA 3CIXA 1RQBA 4IMDA 3T44A 3R2GA 3B0VC 2H8XA 4LRTA 4QAIA 4UXDA 3GAKA 3MW7A 4RR4A 5F2MA 1WAUA 3QW4B 2YX0A 3QRHA 3B05A 2W79A 2YW4A 2C18A 1JQVA 5I3KA 3TW7A 2NXHA 2F7FA 4FNTA 2QCHA 5LSMA 3A24A 3CB8A 1GVSA 2YYTA 1JUKA 4M6QA 1GVOA 4DEFA 1VRDA 1TTPA 2GJNA 2ZRZA 4FNQA 1XL9A 1QO5A 4PC8A 3HPXA 3LHZA 3W2KA 2QUUA 3V75A 2QCDA 2VOMA 4IUOA 1X7FA 5CZSA 1SSGA 1QDSA 3TX9A 1F74A 1RQHA 3W7LA 1KTCA 2G5WA 1JRCA 1FWWA 3TIMA 5HUOA 4FHAA 4ZZ9A 1ALDA 5L6UA 3RNDA 2YGYA 3W72A 4XWUA 1H7PA 4M6VA 3QJAA 2CWNA 3W7EA 4I7WA 4ALDA 3P62A 1VS1A 3T55A 5G2IA 3G1YA 3B06A 1XI3A 4LVBA 1B57A 1G7UA 2O7QA 1TPC1 4FX7A 4LWWA 5HNRA 1TQJA 1EP3A 4UTWA 1M6JA 3R12A 3GVGA 3NQVA 3TFXA 3N9SA 3ATYA 3EWWA 4IQLA 4N9EA 3SW6A 2V9DA 5AHFA 3S0CA 1FXPA 2Y63A 4IPIA 4PTNA 1F05A 2ALDA 1W8SA 1SW3A 1H62A 1W54A 2G95A 3RMJA 2ATMA 3UWQA 1JCMP 4BI7A 1MEWA 2FFCA 3LI0A 5K9DA 1Q6LA 1OX4B 3L5AA 2ABBA 2X1RA 2UV8G 3Q2DA 3BW4A 3UWWA 2Z6JA 3DFTA 3DZ1A 1AL8A 2WOQA 2GUUA 2Y89A 3BLEA 1YDVA 2QCNA 1W3TA 3G3MA 1TPVA 3G8RA 1SO3A 1KBIA 3DFQA 2R14A 4K39A 3G1HA 1QCWA 5K4XA 2E6YA 3UWUA 4ZQRA 1JCXA 1K7FA 1LP6A 4HSOA 1TTIA 2PRLA 4JX6A 2PCQA 1TREA 1GG0A 4A2RA 3HGRA 4OT7A 2JKPA 1SZEA 2ZRVA 4BWLC 1TJPA 1M7PA 3TKFA 3DU0A 4IWWA 5BMXA 2A7NA 3SECA 4MJMA 1W37A 1F6KA 4JR5A 3LTPA 5TIMA 4ADSA 3P60A 5HMSA 3NM3A 4M7SA 3N19B 4RXGA 3TXZA 2DZPA 4AF0A 4GRSA 3NVTA 3W83A 1ZAJA 3O63A 1DBTA 4EIVA 3IVTA 1THFD 2WNNA 5DY3A 3VNDA 4MYAA 2JK2A 3IIPA 3TDFA 1R46A 1VCFA 1FY6A 3NPVA 4WUIA 4IXXA 4MFEA 1QPOA 3CEPA 4KWVA 5FF3A 3LBMA 3PSVA 1K03A 5G4WA 2DZUA 4N9CA 1NSJA 4X9SA 4P61A 3LCHA 4LUJA 2P0OA 1VPXA 2Z2UA 3NQ6A 4JYEA 4Z1CA 3GDKA 4NT0A 5D02A 5D2YA 3NZ1A 4ADTA 2E6DA 3FFSA 5AHEA 1GEQA 5HUPA 3IIZA 1XBVA 4HSNA 4IGHA 1YPFA 4JYFA 2TSYA 3DI1A 3DENA 3W6YA 3IGUA 1S3HA 3QW3A 2CLLA 2I1OA 1NAL1 1G4PA 2E77A 3CC1A 1B4KA 4JXCA 3BGGA 4NJJA 1WQ5A 2CLEA 1NF0A 3OEXA 1K7EA 4QNEA 3VCRA 5G1TA 1TJRA 1Q45A 4PEKA 3MBDA 4LT9A 4UUIA 1PHWA 3QQ1A 5EYWA 4DXVA 1N8FA 2JBMA 3BG3A 3O6YX 3M0ZA 3TUUA 2A6NA 5J5DA 3W88A 1RPXA 1VCGA 1ZHAA 3PVFA 4O1BA 2YPIA 4EWND 4CNNA 1YYAA 4XZ9A 2QCLA 3O6CA 1XDMA 3QSRA 4O10A 1ICQA 1FDYA 4JDBA 2GVLA 2H6RA 3BPWA 3PB0A 3W22A 5IBXA 5CZJA 5G5IA 3O1NA 4TMCA 3B8DA 3NA8A 3NXFA 3FJLA 1KFCA 1G6CA 3LERA 1QR7A 3UZJA 1P0KA 4AWTA 4I7UA 5HQEA 2V2DA 4WXZA 2OZ0A 3N14A 4J9JA 3W2MA 1GWJA 4NJHA 5AOUA 3VKJA 5D38A 1ZY9A 1K8YA 3WK0A 2GVJA 1WV2A 4FF7A 3C2RA 2W6RA 3FOKA 1W3NA 3ABOA 4GXMA 2NUXA 2ABAA 3PG9A 3IGXA 4OHQA 3UWZA 5DLCA 4JN6A 1EUAA 4MLRA 3LLDA 3LHVA 1DHPA 3HGJA 4MIMA 1P4CA 4DO5A 1I2RA 3N2MA 3NQ2A 4GBUA 1TPFA 5DN1A 5H91A 4UTKA 4IOTA 5C2XA 5D2XA 1F73A 2LLEA 2A0NA 3LXBA 3MBFA 2H3DA 3SIZA 4JTEA 1OYBA 3M5ZA 4B5NA 1KV5A 4BF9A 3W1MA 3UY7A 1EUNA 4QJ1A 1XUUA 2CLMA 3S5NA 1Z41A 2Q8ZA 1ICSA 1G4TA 5IBXC 2DJXA 3BK0A 3FJ6A 2E5DA 4IX2A 1L2UA 3SGZA 2TPSA 3WJWA 1BKSA 5I3IA 2YCEA 1KFKA 3W1QA 2Y61A 3W2LA 1DQWA 3S1WA 4Z0SA 2NLIA 1WX0A 3TCEA 1UASA 1ME8A 3C4UA 1SO6A 1SFLA 4UCGA 1KBJA 4O54A 3M43A 1FBAA 1SU5A 1K8XA 1R47A 3RLVA 3TMLA 4JEQA 4R33A 2A4AA 2E09A 4RZ5A 4FXRA 5DBTA 1I4NA 1OFDA 1SQ7A 4NX0A 1JR1A 2ZZ3A 2OT0A 4DELA 1LLZA 5AYXA 4Q32A 1WXJA 2ISSA 2ATSA 1HO4A 3NPUA 1E51A 4JTGA 3UPBA 4UNLA 3MHUA 5HWMA 4AF0B 3W9ZA 5KZEA 3TE9A 1W0MA 4HHPA 4O28A 4JICA 4FNUA 3CLMA 4UMAA 3HB9A 2AGKA 3MI6A 5FEZA 1LOLA 2YR1A 4W9TA 1R2TA 1XKYA 1O95A 5U7SA 2QAFA 3PBVA 3PBYA 1F6PA 2DZSA 5AN7A 1ML1A 4PODA 1DJNA 2QR6A 4Z1DA 1SW7A 1T96A 3HO8A 4ZQOA 3AJXA 4N2YA 1HUVA 1BEUA 1A5AA 3JRKA 4ZQMA 1SSDA 4FB7A 1UUMA 1ONRA 2TYSA 2VEKA 1VR6A 3RU6A 4NNCA 1JJKA 5AB3A 4QQ3A 2C14A 3G18A 3UWYA 3EB2A 3INPA 5D37A 4LVAA 1MEIA 1MEHA 2ZDRA 3B0UX 3I7QA 1SR9A 2CZDA 4QM1A 3KAOA 4QIUA 3P84A 2KZHA 1Z48A 2VEIA 3PM6A 3M47A 2QKFA 3EEGA 3L65A 3TMQA 1GTEA 3FS2A 1HTIA 1EWDA 3TA6A 1O5KA 4KKXA 2FPYA 1F7BA 4EVZA 5LKYA 4OWGA 3DKJA 3W1TA 4GUIA 3HMJG 4AVFA 1PE1A 3BGJA 3MUXA 3V1PA 1RVGA 3QSTA 2HSAA 2X1UA 1TPB1 2OCZA 1C29A 1QMLA 3L0KA 4O8RA 4Q4KA 2GQAA 5A5WA 4N4PA 2RDWA 4YLWA 4C1KA 3IIOA 1KM0A 5D09A 2ZCGA 1NF7A 3GIYA 1JCNA 3C61A 1TTQA 1P1XA 1T0OA 3K30A 3PG8A 5E0KA 1G67A 4DPPA 2Y6ZA 1QO2A 5AC6A 3PS7A 1IGSA 1IXQA 1UJPA 3TC6A 3LHYA 4ONVA 3NQ8A 4R53A 3SR7A 1NVMA 3CPRA 3R13A 4PL1A 3FYPA 3W7CA 3ZFHA 1X6UA 4JY9A 1PCWA 1Q6OA 1FQ0A 5HINA 3TSDA 5HR7A 5C6MA 1B9BA 1EA0A 2J9ZA 3KRZA 3MHFA 3SGUA 4O53A 5I3FA 1WOBA 1YDNA 3GX9A 1X1ZA 1PCKA 1XUZA 2GOUA 2X2GA 1G4SA 3A9IA 3NQMA 4LS1A 4TR9A 1WYIA 5DXXA 1ICPA 1FCUA 1KTNA 2ZRUA 3W2NA 1LROA 1VZWA 3QMSA 1FXQA 4NXKA 4YCPA 4HPXA 3LOTA 3CIWA 5DBUA 3KRUA 2BSLA 3S6DA 2R8WA 4MY9A 1VHCA 4GUFA 3JS3A 2Y7GA 4JTUA 3LCGA 3HPSA 2ZZ1A 2RHGA 5BW6A 4JTTA 1V5XA 3M7WA 2B7PA 3EX2A 5AHNA 4UTIA 4TO8A 4DPQA 1L6WA 3NDOA 3QEZA 1KM6A 3MHGA 4UFMA 3A5FA 4LTSA 2WPBA 2ZZ6A 3N9RA 2H3BA 4FXSA 2Y7EA 3T7VA 4JTFA 4FO4A 1LLWA 1G69A 1XFBA 2Y7FA 2VFIA 1ME7A 4U28A 3W76A 4Z1AA 4CQAA 1C9DA 3W7MA 5J5RA 1XM3A 5FEXA 5HR6A 3HF3A 4JX5A 5D33A 2QF7A 3MP3A 3W7JA 4UR8A 4AHPA 4GUGA 1CI1A 1VYSX 2OT1A 1W56A 2DU2A 5LGXA 4RCXA 2VEPA 4ZMGA 1ZFJA 4BWLA 2QDGA 4HNTA 5LNVA 2V5BA 5AHIA 4JNMA 3IGSA 3I65A 1GJPA 1LORA 4OV9A 1VQTA 3FA5A 1TB3A 3NL5A 1K02A 4AWUA 3LRLA 2YSWA 2V81A 2I9EA 5BOOA 3LCWA 5K3VA 3TQKA 2B7OA 4DBDA 4AHOA 5F2IA 1K8ZA 4UIOA 3FIGA 3DH7A 4HKPA 2FB2A 1FUYA 3ABSA 4N4QA 2ZTJA 3W7HA 4XTIA 2BLEA 4I7VA 5HWJA 4Y9AA 2A7RA 3ZR4A 5FF2A 4WQ6A 3L9CA 1L6SA 3W1PA 2QCCA 2A6LA 1VLIA 5I3JA 5E1QA 3N34A 1QOQA 4PL2A 4WJEA 3LTSA 3TAOA 3IV3A 1I45A 3UXDA 3PB2A 1G7VA 2IQTA 3WK3A 4RXFA 4EOUA 4HT3A 5FF7A 3WJXA 4O16A 2X1SA 3NQDA 3LV5A 3THAA 5DELA 3KVLA 3BLIA 2E5CA 2B7QA 3F4WA 2FLIA 1EPXA 1ADOA 2WJZA 5F1UA 3S8HA 3KVMA 3BV4A 3KVKA 1GYNA 2WSYA 2PC4A 2EPHA 1ME9A 4UTMA 3LRKA 3W87A 4JGDA 3TXVA 5HJLA 4XBKA 5LNWA 4Q33A 4JS3A 1KM3A 2NXGA 1B3OA 5EPDA 4MOZA 4HN4A 3L5MA 1LRQA 3HGSA 1WBJA 3LCFA 5KINA 3Q94A 4D2JA 1NEYA 4UTTA 2G97A 3O15A 4O18A 5LNSA 2E68A 3NQFA 1LBFA 3C2VA 2JKEA 4YMZA 3LLFA 2NX1A 1TV8A 3HG3A 3NQCA 1TCDA 2RDUA 3DGRA 3HOJA 4JY8A 3DAQA 4HIBA 3P81A 2H90A 3A23A 4IJBA 3L67A 3ATZA 3GKFA 3KVJA 1PV8A 3IVSA 4DF2A 3QH2A 1TPWA 4LY8A 4UTJA 1OFRA 4N6EA 1TSIA 2ZRYA 4NVTA 3TJLA 1LRNA 2GPTA 2XN2A 1OG0A 2PRMA 4MZYA 3LDVA 3GR7A 1ZAHA 3NG3A 3UWVA 2RDTA 1QPQA 4UMCA 1JCJA 1IXPA 3MWAA 4K7YA 4WOQA 2Y70A 3R8RA 1JULA 1FCVA 2XN0A 2ZA2A 5DXYA 3M9YA 3HQ1A 1GYLA 3DI0A 2A7PA 1W1ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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