4JTHA

Crystal structure of f114r/r117q mutant of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
277
structure length
250
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPARLAQQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis
publication title Examining the Role of Intersubunit Contacts in Catalysis by 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 80
structure length 250
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2013-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4jthA00
1WBHA 4EIVA 1O5XA 1JCYA 5K2ZA 2CLEA 3HO8A 3TH6A 1B9BA 4NJIA 2BTMA 2DZTA 1WOAA 4ICNA 2RDUA 4RLIA 4RCXA 5LNRA 4O50A 1QNVA 5LHFA 2C18A 4FNPA 1VLWA 3UY8A 1EA0A 3W3OA 2ABBA 4QITA 1JCMP 1RQEA 3S8HA 1YADA 3OG3A 4RZ6A 1SU5A 4TO8A 2CLFA 3GXPA 1UBSA 1KTNA 3EX6A 4LVBA 1VHNA 3IIPA 5E0KA 1ZCOA 5KMYA 3L65A 4IMGA 1R46A 1DVJA 4LU0A 3PF3A 1HFBA 1XBXA 1IGSA 3ABQA 4Z1BA 3TXVA 2NX9A 2PRLA 1R30A 5LGZA 2R14A 4L4MA 2ZCGA 1RZMA 2JBMA 3MP5A 3USBA 3CIXA 3IVSA 4YCOA 1RQHA 2JK2A 4MZ8A 5F2MA 1IXPA 3C6CA 4M6VA 3W83A 3YPIA 3RFAA 2FFCA 4JY9A 2QR6A 4RX0A 3S1WA 3HGJA 3FLUA 1A5BA 4M6PA 4UR8A 1ZNNA 1OFAA 3KVJA 3IRDA 3LTSA 3GAKA 4N9DA 4L4LA 4EWND 3FA5A 2QCDA 5KITA 1U5JA 3W1AA 1XBYA 1QR7A 3THAA 5D2YA 1KLZA 2G5WA 4K36A 2FB2A 3QQ0A 3O15A 2A7NA 3WJWA 3HG3A 1H5YA 5G2WA 5FF2A 3HPSA 1L6SA 4GUHA 2KZHA 3DFPA 4O54A 1FXQA 1ZAIA 2ZRWA 3NQ2A 5DLCA 1GOXA 4CNPA 1GVQA 4JICA 3G1XA 5I3GA 1TPC1 2CWNA 3MBFA 2Y7GA 2AQWA 3KAOA 1TTJA 3JS3A 4ONVA 1MZHA 3I65A 2ZZ4A 1I2PA 4O11A 4UNKA 4BK9A 4YLWA 2V8ZA 4HNNA 3MMTA 1U83A 5MHBA 1A53A 3Q94A 4FX7A 1AW2A 5D02A 3LV6A 1DQXA 3WJYA 2BWGA 1AW1A 4DQWA 1ME7A 5L9FA 1L6YA 1FWTA 1WYIA 3SFKA 3HGOA 2CFFA 2ZTJA 3GKFA 3UWVA 2X1SA 3SJ3A 2YFOA 1W5NA 1ZAJA 3P60A 3CB8A 3C2FA 4LVDA 4HHPA 1LM1A 1TREA 1VR6A 3O6DA 5D2TA 3T78A 1F73A 2IQTA 4HSOA 3OBKA 3BLEA 3P5ZA 3A22A 2X30A 3TUUA 4FB7A 1PL9A 5H91A 4CNNA 4N2YA 2CLIA 3KRZA 1VYSX 3CEPA 5I3IA 2O7QA 2Q8LA 1NEYA 3NPXA 3UY7A 1FDZA 1KM3A 2I9EA 5HULA 2TPSA 4NZJA 2ATSA 4FNUA 2R94A 4E2DA 3DENA 3PG8A 1JULA 1GPWA 3R5EA 3MHGA 4O4WA 5LKYA 5IBXC 5U4NA 3GDMA 4Y8FA 2CLOA 1QO2A 3ZWSA 1M7PA 3G22A 3T55A 1F05A 5LSMA 2X1TA 3Q2DA 5FEXA 2NX1A 1CX9A 3OHIA 4LVGA 2X2GA 4KKXA 2Y7EA 3P67A 1BWLA 3P8JA 4GUIA 2O7SA 2WNZA 2B4GA 4UIOA 4HIBA 5KINA 5H2ZA 4I7UA 1AMKA 3QYQA 1JRCA 1TQJA 1TV7A 4RR4A 3TJLA 2QCDB 2V9DA 3ZWTA 1AL7A 3NL6A 1FWWA 5AHLA 1JRBA 4NU7A 1VQTA 1ZJIA 4HT3A 3PUDA 3RMJA 3S6DA 4I7VA 4BI5A 4EOUA 4Y96A 2Y62A 4O1AA 3OA3A 4RV8A 2QDGA 4DXVA 1YXYA 5AC8A 3EWZA 2PURA 4K37A 3SIZA 1YDOA 3EXTA 1YYAA 1LOLA 3B03A 3OVQA 2NWRA 4AB4A 3G8EA 1MO0A 3L67A 5A8GA 3GLCA 5DBUA 3R2GA 1GZGA 4YCPA 1W54A 1JJKA 2Z2UA 3NQ7A 4WXZA 3SW6A 5ABTA 3P80A 3BK0A 5C54A 1TPFA 2C6QA 4UNLA 2A2IA 1I45A 1JCJA 2C3ZA 3UZJA 4H3DA 2QUTA 3KX6A 1L2UA 1TCDA 3LBCA 3TK7A 4XZ9A 4Y9AA 4OHQA 2YDAA 1EX5A 1UASA 3EX4A 2YR1A 1H1ZA 1Z48A 1X7FA 2RHGA 2WOQA 5FEZA 3B0PA 1OFQA 4O57A 4H6KA 1J2WA 3LOTA 3UXDA 2FPYA 4XWUA 3SECA 4YMZA 4JTSA 2V30A 1S5TA 3TKFA 2QJHA 2Y85A 3LB0A 3LCXA 3DFQA 5D04C 3W74A 3G0UA 3E49A 3DFSA 4S1FA 3A9IA 3O06A 3B04A 3P84A 3DKJA 3DAQA 3W2UA 4K38A 4KWWA 2PRHA 1FCBA 5F2LA 2YW4A 4Q33A 1DJNA 5T26A 2Z6JA 1XDMA 1YDVA 3W7IA 4ADSA 4NQ1A 4MYXA 1WDWA 2CZ5A 3B06A 1K8XA 4TR9A 1JCNA 5KZDA 1DHPA 2VELA 1PHWA 4GRSA 4E0CA 4CCDA 1C29A 1VLIA 3LTYA 1FX6A 2XN2A 2Y88A 3IVUA 4N9CA 3QH2A 5G4WA 4UTTA 4JTFA 4O17A 5F1UA 1KV5A 3FKRA 2GQ8A 1G4PA 1QO5A 4GUGA 4NJGA 1PVNA 1H1YA 3G3MA 1FDYA 5CZTA 3NVTA 3W7MA 1LTDA 3C2OA 4UFJA 2PCQA 4MLRA 3E96A 4AH7A 5BOOA 4UTUA 4CQAA 5LZLA 4UTWA 3LHTA 1ONRA 4JIPA 5HQEA 4IMCA 3TSBA 5EMUA 4R53A 4GUJA 3KFTA 1DOSA 2A85A 3WK1A 3G0SA 2QCGA 3B8DA 1DQWA 1K3UA 1WAUA 2JGQA 2FQIA 1H50A 4X22A 3V1PA 3W7GA 3LRLA 4DO4A 1W5PA 5BMXA 3PBWA 3TSMA 4DBDA 1ZFJA 4I7WA 2QCFA 4O0ZA 2OCZA 3PC0A 2VFFA 3V75A 4QAIA 2V2CA 1G4EA 1XUUA 1WA3A 2C15A 2CW6A 3L5MA 1XBVA 3PB2A 1TV5A 2HS6A 3W7EA 1G7UA 4LC8A 4M6QA 5L6UA 4O10A 3GYEA 2YZRA 3UWQA 3FFSA 3TQ0A 4ZVJA 4LW7A 1OX5A 4IJBA 4WY0B 3P7YA 3LHVA 3W7OA 4HKPA 1FWRA 4TU1A 5K9XA 1K7XA 1GTHA 2ZA1A 2B7PA 1Y0EA 4XKYA 4BI6A 3QZEA 3IGSA 1SFJA 3OIXA 1EP1A 2EGZA 4UFIA 3O6YX 5F4SA 3DFNA 4DEFA 2FTPA 2BZNA 1GVOA 2C14A 4LVAA 3KXQA 4ZQNA 1OFBA 5D2XA 1QWGA 5HR7A 3DFTA 1TPB1 4GFSA 5CPOA 3ABRA 2GOUA 1QOPA 2F7FA 1YTDA 3IV3A 1XCFA 5AN7A 1MEHA 4FNRA 1LORA 1KFJA 3FJLA 4EF9A 5CG7A 3H55A 3K30A 2GPTA 4ORMA 1HG3A 1JCLA 4UFLA 5DXYA 4DF2A 3L0NA 3W1LA 1VRDA 4BWLC 5K4ZA 4NNAA 1T8XA 1UJPA 1XC4A 4PTNA 1J5TA 3BLIA 4OV4A 7TIMA 3NQ8A 2AGKA 4GBUA 2P1FA 1KM6A 4QNWA 4Q32A 1G69A 4Z1DA 2TSYA 1VZWA 1JUKA 3WJXA 2B7QA 5EA9A 1VYPX 3CIWA 1YTEA 4IXHA 3HG5A 1W3NA 2C1HA 2ZZ3A 2ZRVA 4UTHA 3SGUA 4UFKA 4FNTA 2EF9A 3EWWA 4FIRA 1OFRA 4Z08A 2QUVA 5G1TA 3GDRA 1ZALA 3BLFA 3GDLA 1H62A 4UR7A 4P61A 3DGRA 1Z41A 1FWSA 3W75A 1LBFA 2A5HA 5KZEA 2FIQA 1P0NA 3GXNA 3MBDA 4GJ1A 6TIMA 3TNOA 5K7JA 3FS2A 2B7OA 5BMWA 4LS1A 2PRMA 3M47A 3C2EA 3W70A 4IX2A 2WSRA 3LCGA 1ME9A 3T40A 4DO6A 3GKAA 1XM3A 3P61A 4NT0A 1XKYA 1H7RA 1EP2A 1IIHA 4N4PA 3W23A 3W7QA 3W9ZA 6ALDA 3G1AA 1VGAA 4MUZA 1X6UA 3QQ1A 4JTGA 2VXNA 2A6LA 5IM51 4MY9A 2DJLA 3CTLA 2VFHA 3VFLA 4W9TA 4NUWA 3QMSA 2WO5A 4XKYB 1H51A 2XN1A 3U8GA 3MW7A 4K39A 4O1DA 1SZEA 2ZZ2A 1F6KA 1OX6A 3LBMA 1BWKA 4DPQA 1JUEA 2ZZ5A 3GB6A 3ATZA 2C0AA 2QJIA 2ZZ6A 5FEPA 1QPNA 3MO7A 4AWUA 1FQ0A 1RVGA 4JTKA 1KFLA 3N34A 3O07A 4WOZA 2VFGA 2YW3A 5AC6A 1KA9F 3QMRA 3RNDA 3DHDA 3R12A 3QF0A 1AW5A 2A0NA 1SO3A 4XUGA 1JQVA 2EPHA 5TBOA 4AEOA 3KVMA 4LC6A 3B05A 3W72A 3PAJA 3P8IA 2J24A 1SZGA 1ZENA 1NVMA 4K7VA 4X9SA 2V82A 4LS0A 4XBSA 2Q3RA 5G2IA 1R2TA 5F4WA 1THFD 3TW7A 3D0CA 1HTIA 3PG9A 5D2WA 1GG0A 4UTJA 4LRSA 3N9RA 2Q3OA 3GX9A 3TXZA 1MEWA 1R2SA 3H53A 3EWXA 4JNMA 2VEIA 1KFEA 4UMAA 3M41A 3W7DA 4S2BA 2GJLA 4NX0A 4E2BA 5C2XA 1TTQA 1SW0A 3GK0A 1H7PA 3W7PA 1Z42A 1JQXA 1KFKA 1TPVA 3O1NA 1VS1A 4CQ8A 1T96A 4WXYA 4OV9A 2E68A 1F74A 3NPUA 3NGJA 3PR2A 4JX5A 1T0OA 1TO3A 2J88A 2E77A 4IPJA 2A21A 4JDBA 3W07A 3I7RA 3QSTA 2Y63A 1KFBA 4LNYA 4KFOA 1TYGA 1SSDA 5D32A 1LOQA 2P0OA 1ADOA 3LLFA 4FNQA 3G1SA 5IBXA 5AHMA 4QNEA 3BVJA 1VCVA 2EKCA 1H7NA 3GVGA 5DCBA 4JD4A 1ZAHA 3G1FA 1TSIA 1MXSA 3RLVA 3C3NA 2ZTKA 1D3HA 4OGZA 1Z44A 3OVPA 3N19B 5K9CA 1W0MA 4QJ1A 3FJ6A 2FJKA 3DI1A 4ZZ9A 3PUEA 3LCFA 2DZUA 1JR1A 3OVRA 2RH9A 2VOMA 1F5ZA 1LZOA 5EPDA 3U6WA 1O95A 2Z6IA 1LYXA 1SO6A 4MKNA 4M7TA 3STEA 3L0GA 1LCOA 3KVLA 1H63A 3L21A 4AWSA 4UUIA 4AHOA 1KM4A 3DXIA 5D09A 1L6WA 3W22A 5CKSA 3TA6A 4A21A 2G96A 3M1ZA 4FX6M 5AHFA 4ADUA 4UTKA 1OG0A 5F1VA 5J5RA 2Y7DA 1TJRA 2WV8A 1IIGA 5FF3A 3GNDA 2QKFA 4IXXA 3GIYA 3C52A 5KTLA 1HUVA 4GC4A 1EPXA 1Q3NA 2H3BA 5CZJA 1SR9A 3DH7A 1RV8A 4M7SA 1FCVA 3VI2A 3VKJA 1SO4A 3C0JA 1I2NA 1M6JA 2C16A 4MIMA 1W37A 2W0UA 4JS3A 1K7FA 5KSWA 4LY8A 3W2JA 5LNSA 2VEKA 5FF7A 1TQXA 3EX3A 3QW4B 2HMCA 1QPOA 4LT9A 1QPRA 2YPIA 4DPPA 3DBPA 3NG3A 1GG1A 3UQNA 3G8RA 2H3DA 3A5VA 4R33A 4RK8A 4YL2A 3S5YA 3UXAA 2CLHA 3SZ8A 4X2RA 1PCKA 2YFNA 2VKZG 3CQ0A 4K7YA 1OX4A 3M16A 3TX9A 3L5LA 3QM3A 2BLEA 2QCCA 3TMQA 4PL1A 1EP3A 1VYRA 3TSDA 1W8SA 3W1PA 3A5FA 2TRSA 1OFPA 1I2QA 3W1NA 3DFOA 4FXRA 4R7JA 2E5BA 1NF7A 4WY0A 1KM0A 5HUOA 4UXDA 1XL9A 1KTCA 3KHJA 2TMDA 1B57A 3KRUA 2Y7FA 1QFEA 4JYFA 4FXSA 2VEPA 3LI0A 3R8RA 3W2LA 1JUBA 1Q6RA 3HIJA 1LROA 3NQDA 1ICSA 4IWWA 3NA8A 3IVTA 2J9XA 3ABSA 3NO5A 3PM6A 5EYWA 3BW3A 1OK4A 3RK8A 1OJXA 3BW2A 3F03K 1Q6LA 2QJGA 3HJZA 4N6FA 1W31A 1LP6A 3CWOX 3LRKA 1M5WA 4MY1A 3UPBA 1GJPA 1SZNA 1S5WA 1TIMA 3S1UA 3PBUA 3QFEA 4G1KA 4IX0A 3TR2A 4MFDA 3W1QA 2XFWA 1SPQA 1TPWA 2ZA2A 5FF0A 3IGUA 3QEZA 4ZQOA 2GVJA 1OYBA 3NR0A 4LTSA 5U7SA 3THQA 4ML9A 4CCCA 4O28A 4OWGA 3BG3A 4O12A 3LLDA 4PL2A 5AYYA 3NDOA 2ZRUA 2NV2A 1OF8A 4UTLA 3CM4A 4ZQMA 3MP4A 2VFIA 4XTDA 3KVKA 3HQ1A 4K8HA 4LWWA 4TIMA 2GJNA 1SO5A 4NXKA 3QMTA 3IIXA 2OX1A 3W7JA 4EVZA 1TPDA 3NZ1A 4Y6GA 1LRTA 1OABA 2NV1A 4AHQA 1YDNA 2YGYA 3TROA 1KFCA 3CEUA 1I2RA 2WSYA 1K02A 2WNQA 4BR1A 1KBIA 2Z0IA 1TPEA 2J9ZA 4C1LA 1PHQA 2H8XA 3STFA 2VC6A 4AWTA 1XFBA 4RJEA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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