4JTIA

Crystal structure of f114r/r117q/f139g mutant of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
277
structure length
253
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPARLAQQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQGLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQTRGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis
publication title Examining the Role of Intersubunit Contacts in Catalysis by 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 86
structure length 253
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2013-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4jtiA00
4I7VA 3TCEA 1DQXA 4NZFA 3NOEA 1W31A 1A50A 2V30A 2ZBTA 3ZWSA 1TRDA 3CPRA 2B7NA 4OE7A 4XBKA 2V2HA 1KFCA 2CZEA 2HTMA 3N14A 3S1VA 1T99A 2WOQA 1Z44A 5F2GA 4MIMA 3L67A 3L5MA 3TROA 3RLUA 1M7OA 3GK0A 2C0AA 5AHMA 3TQVA 2NXHA 3OVRA 4HPJA 4JTFA 3W2KA 3TW7A 2A6NA 3OVQA 1RQHA 4FXRA 5C55A 1KV8A 5IBXA 1QAPA 4JTTA 2EAWA 4RZ6A 4DO5A 4WJEA 4NU7A 3MUXA 2R94A 1H1YA 3M1ZA 3GLCA 5DCEA 1DBTA 5D32A 2VC6A 1VPXA 5I3GA 3S0CA 3PUDA 2TSYA 3CM4A 2Y7FA 3LCXA 4MY1A 5E93A 3UWZA 1ALDA 1OABA 2H8XA 2VEPA 3NQ2A 1KTNA 4UTMA 3C52A 2ZQ0A 4Q32A 3O6CA 1K03A 3W1UA 3GXTA 3LHVA 3HOJA 1DV7A 4DF2A 2AAMA 4O8RA 1ZJIA 4WZHA 4IGHA 1GZGA 1P4CA 4LVAA 4CLMA 3JRKA 5LSMA 3B05A 1LOLA 2AQWA 3W7KA 3T40A 3T7VA 4ZQNA 1YYAA 3G3DA 2JKAA 3W3OA 1JR1A 3P74A 3FKRA 2JKEA 3P80A 3UWWA 3EWUA 5AYYA 4FHAA 5C54A 2B0MA 3NL6A 4XUGA 2I1OA 1GVSA 1QPRA 4IPJA 4JY8A 4Y96A 3PC0A 3QC3A 3LTYA 2A6LA 5D09A 1LZOA 3HGJA 3VE9A 4QSHA 3ABOA 1G7UA 5U4NA 2CZ5A 3N34A 2RKXA 4JICA 2BX7A 4G1KA 3GDKA 4ADUA 4MFDA 1B3OA 4M6QA 1O4UA 1GVOA 3C3NA 2LLEA 4JYDA 1AMKA 3FFSA 3QW4B 4HHPA 3WK2A 1G4EA 3LOTA 4JYFA 4ZQCA 4FNQA 3PS7A 4FNTA 4O15A 1KFLA 2DZUA 1OX6A 4WXYA 2BZNA 3P7YA 3I65A 3R2GA 4NJJA 5K9DA 1KM4A 3W1RA 1IGSA 3S5OA 1I2QA 4WY0A 3C8FA 4FXSA 1K8XA 2ZRWA 3GR8A 1LLWA 2FTPA 3T78A 3RF9A 3HG4A 5C5YA 3W7NA 4A22A 3QSRA 2ZZ6A 1L6WA 5AC8A 3KAOA 4L4MA 3DENA 1TTPA 3L5LA 1G7VA 4GUIA 4TIMA 2QJIA 1EP1A 1DQWA 5D2TA 4UMAA 1VS1A 3M44A 4LUJA 1H7RA 3NPXA 4AEOA 4DPQA 1N55A 3MMTA 3IVSA 3GYEA 3C56A 3R13A 1AK5A 4O4VA 2XFWA 1W3TA 5FEWA 2ZYFA 3UY7A 1KM3A 4TMBA 5KITA 3TX9A 4UFLA 2X30A 1YPFA 3MWAA 4LTSA 3GAKA 1NEYA 1R2RA 3M7WA 4UC5A 3C61A 3TK7A 4K8EA 3LRMA 1XFBA 1TCDA 5KMYA 1ZAJA 5H91A 4K6AA 2VELA 1SO3A 4O16A 1W5QA 3KVMA 1GPWA 1UJPA 1OFDA 3S1WA 3W7GA 5FI8A 1F76A 3KVLA 1TPVA 4MJZA 3W7MA 3PR2A 1B4KA 1R2SA 2Y85A 3NQCA 1RZMA 3STEA 3P81A 2QDHA 1FXQA 4Y90A 1F7BA 3G1YA 5DCDA 1G4SA 3UXDA 1HO4A 3L65A 2Y88A 4HIBA 4OGZA 4ALDA 3W07A 2CLOA 1VLWA 5EPDA 1G4TA 3F1QA 3JS3A 1Q6OA 5GVJA 1AW5A 1JQVA 1X8FA 3LLDA 1EP3A 1LOQA 3BK0A 4JGDA 1ADOA 3A23A 1FCUA 1K8YA 1SQ7A 1VLIA 2C18A 3NPWA 3TIMA 1XDMA 4LS2A 4XBSA 1RQEA 2ZTJA 3G8RA 1ZENA 3MHFA 2V2DA 1VC4A 3CT7A 4CCCA 3TW6A 5C2XA 1LROA 3P67A 3A22A 2FJKA 2GJLA 5TBOA 2I14A 4GFSA 1W1ZA 3UY8A 1H7PA 1SPQA 2C1HA 3DH7A 3NR0A 1ICSA 2NXIA 3S8HA 3WJSA 1YTDA 4PL2A 1RV8A 2C16A 6TIMA 3O15A 2A2IA 1GVFA 3L2IA 4IJBA 1LBMA 2A0NA 2RDUA 4LUIA 1IXPA 1K8ZA 3LTSA 3I68A 4S1FA 3IIVA 1OFPA 5K9XA 4I7UA 4FF7A 3KVJA 2ZZ3A 5I3FA 4JTGA 3TQ0A 2B7OA 5EY5A 5KZEA 1GEQA 2FPYA 3W1XA 4OHQA 4Z1DA 3NL3A 3EWWA 4RX0A 4TU1A 2QAFA 3I7SA 5G4WA 2QCMA 2Z0IA 1RD5A 1F6PA 3BG3A 1PE1A 4BFAA 3SECA 1D9EA 4UTTC 3SZ8A 1QDSA 3EB2A 4CCEA 4XZ9A 2V82A 3EX3A 4UNLA 2OT1A 3QPYA 3TXVA 4M6VA 3DAQA 1AL8A 4GE8A 1KFKA 3G1DA 1EPXA 5I3KA 1M6JA 4WOQA 4WX2A 2KZHA 3F4NA 5D2VA 5K3VA 4ZQRA 4UTHA 4NX0A 3LRKA 4EOUA 3NO5A 3TXZA 4E2DA 3IEBA 1M5WA 3FJ6A 4JD4A 4MLRA 2QKFA 3BV4A 3PY2A 3BW4A 4AF0A 4ZQOA 3W1QA 1XUZA 2NUXA 1BEUA 1TV8A 4XWUA 5BW6A 4O11A 3HO8A 1LCOA 2A85A 1SO6A 1FBAA 5F4SA 1WOBA 3NPUA 3LXAA 1V5XA 1VHNA 3TJLA 5KTLA 2ISVA 2Q3OA 3ABRA 3M6YA 4ICNA 5C6MA 5FF3A 4ORMA 4IXHA 1JCYA 5CZJA 2J9YA 4FNPA 1GVQA 3G24A 1OFAA 3WK1A 5SWUA 2CLFA 3W23A 3NL5A 3R89A 1CW2A 1ZY9A 2PRMA 1ZAIA 2ISSA 5DXYA 5LHFA 5A5WA 3N3MA 4X22A 4RKAA 2Q8LA 3E02A 4DEFA 3LCIA 4BWLC 4MPQA 4GC4A 5LZLA 1ICPA 1PCWA 4FEZA 4UTWC 1P1XA 2VFDA 2B4GA 5D38A 4O1BA 3W83A 3O6DA 4HNTA 3L66A 2ABAA 2WO5A 1J2WA 1YDVA 2QDGA 3M5YA 3W7RA 2GVJA 2A21A 3BO9A 3QMRA 3NZ1A 2ZDRA 2GPTA 3NQEA 4EF8A 4DXVA 2H6RA 2X2GA 3FEMA 4NVTA 1VCGA 3LHZA 4DQWA 3S9YA 3ZWTA 5EBUA 4TR9A 5BMWA 3G1VA 3T55A 4CQ9A 5CPMA 4UUIA 5K2ZA 2CLIA 2OMAA 1YPIA 1F05A 5CZTA 3DXIA 1B4EA 2D73A 4L4LA 1W0MA 3BPWA 5FF7A 1H62A 1KM5A 4QM1A 3GDLA 3ATZA 4WQ6A 4PA8A 2P0OA 1JRBA 5EMUA 2Y7EA 2GVGA 3MYPA 4OU1A 1FDZA 2PRHA 1V7YA 2Q3RA 1RPXA 4RJEA 3W22A 5IM51 5DLCA 2YCEA 3FLUA 1OK6A 4DBDA 3NYZA 1J4EA 3S1UA 4AH7A 2EPHA 4CNPA 1OX5A 2VXNA 1MEWA 3PAJA 4DBEA 2QR6A 3IV3A 4UTLA 4RXFA 4O1AA 3MW7A 2CLMA 5DBTA 1NSJA 3IIZA 5T26A 4OBTA 1GG1A 3H53A 3WJZA 3CB8A 3NQ6A 1MXSA 3NGJA 2X1TA 4PCFA 3HGOA 4IQLA 2VFFA 1JCXA 4IMEA 1TPC1 2E6DA 3I6RA 1FUYA 1SSDA 1I2PA 3DHFA 1A53A 1ICQA 4LC6A 4XQ6A 3HG2A 2YFOA 1QPOA 4O54A 3UZJA 3LHWA 5HINA 2QCCA 5CPOA 1WBHA 1QO2A 3FKKA 1OK4A 4XKYB 5G1TA 1TV7A 2E1DA 2GVLA 2QCLA 3QZEA 3N9RA 1KM6A 1LLZA 1I2NA 4HSNA 1DHPA 4QNWA 4EF9A 2Z2UA 4I7WA 2ZZ2A 3L0NA 2ZRUA 2QJGA 4Q33A 5FF2A 5F4WA 3NQMA 4NXKA 3W1TA 3LERA 3P62A 4O50A 3BG5A 3BLIA 5AC7A 3L68A 1W37A 2Y6ZA 4PTNA 3P84A 3RFAA 3MHGA 3BW3A 3HPXA 4TO8A 4ORIA 2Z6IA 4AMAA 1T96A 1WOAA 2DP3A 3PBVA 3CU2A 2QCDB 2R91A 2CLHA 2ZTKA 3W7OA 3ZFHA 1OFBA 1WYIA 2DZXA 2V0TA 4YCOA 4N9CA 1XI3A 2WPBA 4S2CA 4FO4A 1THFD 4FIQA 3B0UX 3P61A 4AWUA 1TO3A 3NL2A 4MYAA 1VGAA 1SW0A 1IIGA 3DHDA 3W2JA 2E6YA 1GYNA 3P8IA 5D2WA 2VENA 1OFOA 5CZ0A 1FWNA 3SFKA 1P0KA 4N2YA 4OV4A 1OFRA 2HMCA 2C6QA 1SFLA 3TUUA 1VYPX 3L0GA 2C14A 2R14A 3O06A 1U5JA 1F73A 3NQ7A 4GWEA 5G1YA 1VCFA 1XBYA 2BSLA 1S5VA 1TPFA 4R53A 4ADTA 2GOUA 4NJIA 1G69A 3M16A 1FY6A 1LRTA 3NQDA 3NXFA 2DZPA 4O17A 1VJIA 5DELA 1L9WA 3P5YA 3C2VA 3HBLA 3MP4A 1XBXA 2E68A 2NZLA 4MY9A 3GKFA 3GVGA 1EX5A 3QMSA 4NQ1A 4HNNA 4IUOA 1OX4B 1QFEA 3HB9A 3N19B 3NQAA 4UXDA 3Q94A 4FNRA 5HR6A 1SSGA 1LBLA 3TMQA 4AAJA 2WSQA 4YXGA 3M43A 2GUUA 4K7VA 1K7EA 4O12A 2VFIA 1SW7A 5A8GA 3G18A 3LLFA 3CEUA 3HGRA 1NVMA 1OJXA 3G1FA 3H55A 1TPWA 4AWSA 3W1MA 1GJPA 2J9XA 1NF7A 4IWWA 3UPWA 1WQ5A 4IMDA 3C6CA 4S2BA 1MEIA 1I2OA 1Q45A 3THAA 3QQ0A 1JCJA 3W88A 2E6FA 1IF2A 1M7PA 4A2SA 3M9YA 1B57A 3TSBA 3OIXA 2VOMA 3QYQA 1K3UA 4UFIA 1W3IA 2A4AA 2O7SA 1WBJA 1JUKA 2E6AA 4GUHA 4N4PA 4WXZA 1F6KA 4O1CA 4QISA 4LVFA 3E9AA 3LX9A 4O1DA 3UQNA 2PE4A 3SI9A 2QCFA 3TA6A 4RK8A 2DZWA 3EX1A 1N8FA 3EWZA 3B04A 4Q4KA 5HWJA 1W56A 4MJMA 1W5PA 1L2UA 3KXQA 4M5PA 3SSJA 1JUBA 4YL2A 1AL7A 1OG0A 1KFEA 1XL9A 1H5YA 1XXXA 3PVFA 3C2RA 4DF1A 4N4QA 3CQ0A 1OHLA 3PUOA 3W1NA 1ME9A 4JTJA 5AOUA 4DF0A 2YYUA 5CSRA 1A5BA 2ZRVA 1XKYA 1HUVA 5F2MA 1YTKA 5K4XA 3GZ3A 4MUZA 2XN2A 1GYLA 4MFEA 3KRUA 3VI2A 1EIXA 1Z41A 4LOCA 3W7JA 2QAPA 4JN6A 3W6YA 1HG3A 3W2MA 4NX5A 3D0CA 4X3ZA 5HWMA 3LI0A 1RQBA 1SO4A 5D04C 1CI1A 5G5IA 4ZQPA 4HNUA 5EA9A 5AHFA 1FXPA 1YDNA 4O19A 1DVJA 3M47A 4EIVA 4XTDA 3P60A 3L5AA 4JDBA 3UXAA 2NXGA 1PVNA 1TB3A 3TSMA 3YPIA 3SIZA 1X7FA 2RDWA 2Y89A 5AHLA 3LGEA 1OF8A 2EKCA 3LI1A 4AVFA 1TPDA 1JULA 4ZZ9A 4OT7A 5D30A 2DJXA 4JNMA 4PFMA 4M6PA 1LM1A 3IGSA 5HNRA 1KLZA 1W3NA 1MO0A 2CW6A 5D05A 5HQEA 3MI2A 5G2HA 3HMJG 4YWIA 3S42A 4UTJA 4O18A 5G2WA 3W2NA 3EX2A 2YW4A 2Y7DA 3LV6A 5E1QA 4U4MA 2FLIA 4LT9A 5AHIA 1SZGA 2Y63A 4NZJA 4OWGA 1PHWA 1DORA 3E49A 2WV8A 3B0VC 5D02A 1C9DA 3MBDA 1EP2A 4FX8A 3G0SA 1WA3A 4E0CA 3S5NA 2HS8A 4IX2A 1EWDA 3N2XA 1GWJA 3ABQA 3EKZA 2B7PA 1WDWA 2TYSA 3BG9A 4JTEA 3W7PA 4X2RA 3SR7A 1WX0A 5FF4A 1ML1A 3WFAA 1MZHA 2H3BA 4RCXA 4E38A 3SGUA 3STGA 5J5RA 1EWEA 1ZAHA 3CLMA 4N6FA 3VFLA 1H7WA 3BW2A 1QWGA 3ATYA 3W71A 1YADA 3TC7A 3BLEA 2YR1A 3LBCA 4GJ1A 4LU0A 3KVKA 4MZ1A 3IIPA 3TR2A 3P5ZA 2J24A 2F84A 3HF3A 3U2OA 1GG0A 4UTTA 2Z1BA 3QQ1A 3W73A 1SO5A 2XN0A 3IRDA 4PODA 1PIIA 1X1ZA 5EYWA 2QF7A 4RV8A 1P5BA 2P10A 2TMDA 1L6YA 4PC8A 4Z0SA 3O05A 1J5TA 1FWRA 2ATSA 5CSSA 1XM3A 3M5ZA 5HJLA 1LDCA 1VQTA 1I2RA 3C2OA 3NQVA 4NJKA 2AGKA 3OVPA 1I4NA 5KINA 3HG3A 3MO7A 1GTEA 3IGUA 1LP6A 3G0XA 3R8RA 1QR7A 4CQAA 1YTEA 3TSDA 2V5LA 3DI1A 2TPSA 1I8JA 1H50A 2A7NA 4JX6A 2FB2A 3NA8A 4WY0B 3KX6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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