4JTJ | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	277
structure length	253
Chain Sequence	MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLAKQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQTRGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Neisseria meningitidis
publication title	Examining the Role of Intersubunit Contacts in Catalysis by 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus	88
structure length	253
sequence length	277
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2013-03-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4jtjA00

5AYXA 2V5LA 1B9BA 3W1RA 1EEPA 3GKAA 2Y85A 3GDTA 3SJ3A 1TO3A 1F2JA 1LRTA 3E12A 3OHIA 5CZJA 1QO2A 4FO4A 3DI0A 1TJRA 1VYSX 1PHQA 5DBUA 1GVSA 1W5QA 3LX9A 1NF7A 2JGQA 2ZZ1A 1ZAJA 1LM1A 2V81A 3M5XA 2AQWA 3GNNA 3M5VA 4M6PA 1WQ5A 3W07A 1G4EA 4A3UA 4LNYA 4H6KA 3M47A 4K8HA 3GZ3A 3G0SA 1SFLA 5LNUA 1TYGA 2VFDA 2HSAA 4OV4A 3PM6A 1NF0A 1ICQA 5LNWA 4RLIA 1C9DA 1B3OA 3FKRA 1FXPA 3DGRA 1FDYA 3EXTA 4JTGA 2PRHA 1VCFA 3PY2A 3HPXA 5KMYA 2NXIA 3DENA 4N6EA 3HF3A 4IJBA 4H3DA 3I7QA 2CLLA 3B03A 2QDHA 5DXYA 4OWGA 2V5BA 1A5CA 1H63A 2ZRVA 4GJ1A 3LCLA 3L5MA 3QW4B 4A2SA 3NL2A 4KFPA 1AL8A 3I68A 5KITA 4FHAA 3W7PA 3C2OA 2O7QA 1K02A 4Z08A 2QCDA 3QEZA 1VZWA 4PEKA 3CEUA 1FWTA 4UTIA 1CI1A 4DF1A 1FWWA 1KM6A 1KM5A 4JYFA 2C16A 3MI6A 2QJIA 3QFEA 4ZQNA 3PUDA 4OE7A 2H3DA 3JR2A 4PA8A 5EYWA 3LI0A 1TJPA 3PUEA 4CNNA 4IWWA 3CU2A 4MVAA 2E6YA 1R46A 1QCWA 1LP6A 5C6MA 4IPIA 3LHZA 3W84A 1KLZA 2J9YA 1XC4A 3FJLA 1Z44A 1LBMA 2BWGA 2JKEA 4HNNA 2RDUA 1Z41A 4S2BA 3ZFHA 2QCMA 2CZFA 1SO6A 2ZCGA 3O16A 4UMCA 5AOUA 3UYCA 5U7SA 3RNDA 3A5FA 2G96A 4LVBA 4Y90A 4TX9A 1LTDA 4EIVA 4LUIA 3UXAA 4BI6A 5AC7A 1KTNA 3NZRA 3FOKA 4IXXA 3EX4A 1KFKA 2CW6A 3PS7A 3MUXA 4N4QA 3UY7A 4ORMA 3EWXA 1TPWA 2NXGA 2YYTA 4JTFA 1GYNA 3QQ0A 4M19A 4O1CA 4FB7A 1MXSA 3C0JA 2EAWA 3B0PA 1W0MA 3NVTA 4WQ6A 3GK0A 3VNDA 1FBAA 1FUYA 1XDLA 3FFSA 2I14A 2Z1BA 3DZ1A 3BVJA 2Y7DA 3BV4A 4FNQA 1UCWA 2F84A 3ZS4A 1DQWA 3OEXA 1YLVA 1KFJA 4K37A 4M7TA 4H4IA 4IMGA 3BLIA 5DY2A 3U8GA 1EWDA 1OVDA 3STFA 3EWUA 1SSDA 1ZCOA 3O6CA 3H53A 4JTTA 5D2YA 1OG0A 1QPRA 3HGRA 1I2OA 1UUOA 3HQ1A 3LLDA 3OA3A 1OFAA 1WA3A 2GVJA 3R2GA 4UTLA 2QJGA 4BI7A 1X1ZA 4XKYA 5BMWA 1OX4A 3M44A 1XL9A 1SO5A 4MZYA 1JCNA 2QCDB 1QOQA 4L4LA 3LXBA 3ATZA 5I3KA 2YW3A 4JTIA 4IQLA 5F1UA 3DAQA 3LGEA 1ZY9A 4TR9A 1D9EA 4RR4A 2B0MA 3HPZA 3G8RA 4R7JA 4LVAA 1NVMA 2QAFA 3C2FA 4ADSA 2V9DA 2VKZG 8TIMA 3Q94A 4CCDA 3DBPA 1VH7A 5EKYA 3W1MA 4QNEA 3MI3A 1H7XA 2ZA1A 3P7YA 1W31A 5AYZA 4RXFA 1LDCA 1CX9A 3W1XA 3PBUA 1DBTA 1KM2A 3DKJA 2OMAA 2C15A 1WYIA 1V7YA 1D3HA 3EX3A 5J5DA 3LI1A 2DU2A 1DQXA 2X1RA 5D33A 1S5TA 2VFIA 3W83A 2WPBA 4FNSA 5AN7A 4M6QA 4HNTA 1EWEA 3MMTA 1VS1A 1C29A 1TPH1 3NQFA 4ADTA 1J5TA 5K9XA 4CNOA 1IXNA 2OT0A 3KVKA 1YXYA 5IBXC 1YYAA 2FB2A 1BWKA 3USBA 2W6RA 1TSIA 3RLUA 3BARA 1F6PA 4O0KA 2ZTJA 1OFDA 4QM1A 5EMUA 4JYDA 1T96A 1M7OA 1YTDA 2NZLA 1KA9F 3IGXA 1TV5A 2C13A 4I7WA 3TAKA 3GAKA 1K7FA 3LHWA 2J9XA 1OK4A 3A22A 5L6UA 4A22A 3GR7A 2GVLA 1ONRA 3F4NA 4I9AA 3LERA 2PURA 4QISA 1ZENA 1SZNA 3RLVA 1T0OA 3E02A 1H61A 5LSMA 1FCQA 3L0KA 5FESA 4MZ1A 3FYOA 2ZA3A 4GUFA 5CKSA 2QEZA 4LY8A 1OYBA 2I1OA 1LOSA 2Y89A 3M7WA 1R30A 4UTTC 5D02A 3KAOA 5I3IA 3NPWA 2ZDRA 1DKWA 4JX6A 1I2QA 3W1AA 3LTSA 1JUKA 1OF6A 3LHTA 1FCVA 4XKYB 2DZSA 3NOEA 1OX4B 3TQVA 1LRNA 1B57A 3N9SA 1U5JA 1HG3A 4K8EA 4NUWA 1O60A 3UZ5A 4AAJA 3KVLA 3ELFA 1K8YA 1KM3A 4RXGA 4O12A 1XUZA 3QH2A 3FJ6A 5G4EA 4LUJA 5F2LA 1W8SA 3NEVA 1GPWA 5EA9A 2PRMA 1K8XA 1PE1A 1TV7A 4WOZA 1H60A 1JRCA 3G0UA 1OFPA 3L0NA 3CWOX 3IVUA 2CLIA 4FNPA 4Q4KA 2GQAA 4MYXA 3TX9A 3PAJA 2YZRA 1GTEA 3W7RA 3DI1A 4KWVA 4D2JA 3LRKA 4K39A 3PB2A 1TRDA 3G0XA 1JR1A 3QSTA 4FXSA 3LV6A 5ABTA 3W71A 2OX1A 4HSNA 1GZGA 5TQLA 4AHOA 3M16A 1MO0A 4IMFA 1KW1A 2DZWA 3TSBA 1XKYA 3W7MA 1MEWA 3LTPA 3GR8A 4MPQA 3CLMA 1FY6A 1AW1A 2Y6ZA 3BO9A 2FIQA 3NL3A 1A5AA 3T40A 2ZRXA 3BGGA 3YPIA 3PBVA 3HIJA 2B7OA 4PODA 3NQGA 2FFCA 2G5WA 4UXDA 2FTPA 1LRQA 1SR9A 3SZ8A 4O1DA 1C8VA 2X16A 4O8RA 4YXGA 1XUUA 1ICPA 4PFMA 1JUBA 3C2VA 3I7RA 3PG9A 1AL7A 4QNWA 3GLCA 3K30A 1TREA 2FQIA 3P5YA 3DFPA 1HTIA 1XBVA 3W70A 5EPDA 4FNTA 2WOQA 2O7SA 4WOQA 4BK9A 3KOFA 3MP3A 4LC6A 5DY3A 1Q6QA 2QCGA 3IIZA 5CGQA 2CWNA 4O50A 3UWZA 2ZZ3A 5DLCA 2OT1A 3W85A 2V82A 3AO0A 1WBHA 1GWJA 5HJLA 4LRTA 4CNPA 1TPB1 1TTJA 4KFOA 5D2XA 2RH9A 4HSOA 3MBDA 1AK5A 3C61A 3M5ZA 4AWUA 3G3MA 1ZAHA 2TYSA 4MYAA 4ORIA 3SGZA 4IGHA 1P4CA 3BW2A 3C52A 2YSWA 4AWTA 3V75A 4JDBA 4PH6A 1L6YA 4ICNA 3DFQA 4WXYA 4UTHA 4W9TA 3HMJG 2ZRYA 2B4GA 2GVGA 1Q45A 5HULA 2EHHA 3MYPA 3W7CA 3PWAA 5E93A 1JULA 3NA8A 4JNMA 5MHBA 1RPXA 3N19B 2J88A 3TH6A 4ONVA 2WJZA 3QYQA 2DZTA 3T44A 3Q58A 4DF2A 1H50A 4M7SA 4UFMA 1OJXA 5K9CA 3P82A 3UZJA 5K9DA 4EF8A 3GKFA 3LBCA 2DZPA 4YWIA 1XXXA 3NNTA 3CWNA 3NL6A 3HPSA 2H90A 4QITA 4JICA 1ML1A 1YDOA 4AHQA 3MHGA 1KM0A 3G1YA 1JCXA 1I8JA 2BX7A 2QDGA 4MLJA 2PRLA 5AFDA 2EKCA 1OFOA 3MHFA 4NJKA 3TW7A 2IQTA 3BK0A 1H1ZA 2VEIA 5BW6A 2E77A 4JTJA 3IIPA 3LB0A 1YPIA 5IBXA 1TV8A 4XTDA 1LYXA 2H3BA 3INPA 1RD5A 4YCOA 1P0NA 3QF0A 4UFJA 1IXPA 4JGDA 5HNRA 3CB8A 1VLIA 4K6AA 1BEUA 3G18A 4UCGA 1X7FA 4OBTA 1MZHA 3B05A 1YDNA 4UTWC 1UB3A 2DZXA 2BSLA 3SSJA 1B4EA 3LRLA 3KRSA 1RZMA 1OFRA 4J9JA 1TPEA 4TMBA 3W7HA 3GVGA 3W7GA 1SW0A 3C2EA 4O52A 4K7VA 4O19A 3QPYA 4GRSA 5D30A 4FXRA 2ABBA 3UPBA 5LKYA 4P61A 4A21A 3IV3A 3QW3A 3G8EA 3I7SA 2ZZ6A 3O07A 3L21A 1I2NA 3NAVA 1WOBA 2DORA 3N14A 4GWEA 3TU9A 3GIYA 1XM3A 2OCZA 3M9YA 3LLFA 3R12A 2AGKA 5DELA 4GC4A 1OX5A 4UTTA 3P74A 1IGSA 5HWMA 3PULA 5FEXA 3M41A 4ZQCA 2NUYA 3W1LA 1F74A 1FXQA 1N8FA 1PCKA 5FF7A 3W87A 4NNAA 1PS9A 4TMCA 2Q8LA 3BPWA 2JK2A 4JTLA 2QJHA 4O1BA 5AHNA 5LZLA 4N2YA 2WO5A 1KFBA 3NYZA 2E1DA 3SECA 2QCHA 1JRBA 1QWGA 3BG3A 7TIMA 1DHPA 1LZOA 3O6DA 1W5MA 1SFJA 3R13A 3M5YA 2WSQA 3MP5A 1ME9A 1KFLA 2RDWA 3BG9A 3QSRA 2V2HA 4R34A 1FWSA 2PCQA 3DHFA 3G3DA 3NQAA 3LOTA 4ADUA 1N55A 1SPQA 5KZEA 3LHYA 1JVNA 1SU5A 4DBEA 2VFFA 1YADA 3LDVA 3P5ZA 3FA5A 3W73A 1EUAA 4O13A 3GXNA 3A21A 4QIUA 4NZJA 3UWWA 3S8HA 3NQ2A 5DXXA 1JCYA 3W7DA 3I65A 3G24A 2FPYA 3S1UA 3TXVA 4O54A 1H62A 1EP3A 4HPJA 4MFEA 3W2KA 1QPOA 2CZEA 3B4UA 3SFKA 4UIOA 4KKXA 1W56A 5EL1A 4PL1A 1F7BA 3HG4A 4GUHA 2HS8A 2JGYA 1G7UA 4GXMA 1DOSA 2XN1A 3VCRA 2TSYA 4RZ6A 5AHEA 1KFEA 1PCWA 4FIQA 1AW5A 2JKAA 3CIWA 2FPTA 3W72A 1H7OA 5BMXA 1IXOA 1O5KA 1SW3A 2X1UA 1IIGA 1H51A 4O4WA 4ZMGA 3VKJA 4AVFA 2GJLA 4CLMA 3A23A 5K2ZA 3C4UA 3THQA 1K7XA 5E1QA 4JXCA 4Z1CA 3WK0A 3UNDA 1H7RA 1GVQA 1S5VA 4EWND 2VXNA 4GNJA 4JEQA 3C8FA 4CQ9A 2X1TA 1V5XA 2ISWA 1BWLA 4UC5A 2V30A 4JDYA 3NQMA 3NPXA 4KFNA 3HG5A 4UTUA 2ABAA 1O5XA 3CM4A 1SW7A 3UWYA 4FX6M 3W9ZA 1W54A 3MP4A 5FF3A 3T7VA 4GE8A 5CG7A 1BKSA 1HFBA 4X2RA 1OF8A 3WJSA 1M6JA 5D2WA 3W1UA 3TFXA 3KVJA 3UPWA 1EP2A 3L5LA 1IF2A 5I3FA 5D03A 1PL9A 4S2CA 4QAIA 1UUMA 2NV2A 1VGAA 1ALDA 4QSHA 3B06A 2ZFAA 2A7PA 1X6UA 4GUJA 1F6KA 1PVNA 3L9CA 3CC1A 4FX8A 2R8WA 3M6YA 4MLRA 4Y8FA 4AEOA 2ISSA 4UTJA 3B0UX 3F03K 3GDLA 2ZBTA 4FEZA 3B8DA 2E09A 3WK1A 2W79A 1RQEA 5CPLA 4O0ZA 2ZA2A 2YYUA 3QZEA 4HN4A 4DO5A 3AJXA 2NXHA 2QCEA 4DEFA 4WY0F 4UMAA 1TMHA 2ZZ7A 3NQDA 3P81A 5HUOA 2FDSA 2PE4A 5DN1A 1GJPA 3SGUA 4O11A 5CPNA 2VOMA 2EPHA 1LBLA 3V1PA 2EF9A 3W23A 1XDMA 2NX9A 1JJKA 5I3JA 4UTWA 3EB2A 3QRHA 4N02A 1GYLA 1JCJA 1HUVA 3NQEA 4N6FA 4O53A 2Z6JA 4NQ1A 2I9EA 2C3ZA 5LNRA 2YCEA 3FEMA 2CU0A 1KLYA 2YFNA 1JCMP 4K38A 1EA0A 2C19A 3QM3A 5J5RA 3NQ8A 4Y9AA 4Q33A 3TJXA 3LTYA 3W7IA 2RDTA 5FF0A 4DBDA 3O63A 4WZHA 1E51A 5D2VA 4PC8A 1O95A 2E6AA 1GVOA 3BG5A 4UMBA 2XN0A 1EIXA 4NVTA 2QCCA 3C3NA 2YW4A 4N9DA 1W5PA 3QC3A 1WV2A 2F7FA 2GUUA 3B04A 1XBXA 1KM4A 4PL2A 2NWSA 5HR7A 5F4SA 3IRDA 3GDRA 2VENA 5I3HA 2YR1A 1SO3A 2GJNA 2NWRA 3WFAA 4AMAA 3WK3A 3DXIA 1J2WA 4O1AA 3JRKA 2J6XA 4IUOA 4MJZA 4RX0A 4YLWA 1Q6RA 2QCFA 1DL3A 3IEBA 1FCUA 4NZFA 4HHPA 2OZ0A 3PSWA 3L66A 5EY5A 5FEZA 3W2NA 1WX0A 2BXVA 4TIMA 5AB3A 3HGJA 3NXFA 3ZR4A 4GUIA 3LBMA 3ABOA 1ZHAA 2PC4A 4M5PA 5U4NA 4JTSA 4JD4A 1OX6A 3HBLA 1KFCA 3DFOA 1VYRA 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3TR2A 1LBFA 4K36A 4JTEA 4NXKA 5LGZA 2G97A 3G1XA 1QMLA 3UD6A 2A21A 1LOQA 3U2OA 2ZZ4A 1PHWA 2WNNA 1W37A 4C1KA 3GXTA 3W88A 3M0ZA 4ZZ9A 4RZ5A 5CZTA 4FIRA 5HWJA 1QPNA 5LNSA 2AAMA 3EX2A 3D0CA 3UQNA 1ICSA 1OFBA 4UFHA 1OHLA 4CCCA 3F4WA 4N9BA 4NX5A 5AHMA 2ZRWA 4BR1A 5SWUA 1T8XA 1TB3A 5F4WA 5LNVA 2QF7A 1BTMA 1ZAIA 4BI5A 1A5BA 2NUXA 4YL2A 2BZNA 5A5WA 2JKPA 4S1FA 2A1YA 4DPPA 2ZZ2A 3SIZA 1RV8A 4JY8A 4DQWA 4UTMA 4IOTA 3W6YA 2ZYFA 3KXQA 5D09A 3S5OA 1PV8A 1LLWA 2BLEA 5K3VA 1MEHA 3S5ZA 1I2PA 3LRMA 1Z42A 3HGSA 4NXSA 3C2RA 3TC7A 3RF9A 3RU6A 5DCEA 3LXAA 2C0AA 4NX0A 1SUXA 3NG3A 4XQ6A 3TUUA 5C5YA 1GVRA 4MJMA 2J27A 3STEA 1ZNNA 2J9ZA 1F05A 2FLIA 3E49A 3W7QA 4Y6GA 4Z1BA 4LS2A 3TK7A 4LW7A 4HIBA 5AC8A 3TMQA 2C18A 3QMTA 1NFBA 1DORA 3VE7A 1G7VA 3NQVA 3C56A 1KTCA 4RCXA 4Y96A 3BLEA 1HO1A 1ME8A 3OBKA 4ZQPA 3BW4A 4LU0A 4LV4A 4UR8A 4WXZA 2A2IA 6TIMA 4XZ9A 4L4MA 4AF0B 1SZEA 1TCDA 4WY0B 4YMZA 5CSRA 3KX6A 4MIMA 1DJQA 4G1KA 3TXZA 3DFNA 3PC0A 1GG0A 4OV9A 1A5SA 2WSYA 1KTBA 3O15A 5G4WA 2DP3A 4LWWA 4E2DA 1YDVA 4FF7A 3MBFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4JTJA

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