4JTK | Genus

Total Genus 87

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	277
structure length	252
Chain Sequence	MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLAQQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQTRGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLELHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__02910402872017__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__02910402872017__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4JTK/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__02910402872017__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"02910402872017","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4JTK/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__02910402872017__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00606f7ed72cb3dc3885c0/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00606f7ed72cb3dc3885c0/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00606f7ed72cb3dc3885c0/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00606f7ed72cb3dc3885c0/pdb.gz): 614 ms

reading 252 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

252 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:251});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Neisseria meningitidis
publication title	Examining the Role of Intersubunit Contacts in Catalysis by 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus	87
structure length	252
sequence length	277
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2013-03-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4jtkA00

1A5AA 1TREA 4GE8A 3HGOA 3VKJA 4DPPA 2AAMA 1S3HA 1W3IA 3QF0A 2BSLA 4O53A 3G8EA 1PE1A 3M5XA 4PL2A 4WQ6A 4LRTA 3W22A 2ALDA 4UTTC 3CLMA 3GX9A 4CQ8A 4ZVJA 3NL6A 1QMLA 5AOUA 3F1QA 3O16A 1TJPA 2NXGA 1P5BA 1NVMA 1AW1A 1ME9A 3PG8A 2WV8A 3W70A 1Q6RA 1G4SA 4MYAA 2VEPA 4NX0A 3C2EA 2VXNA 1V5XA 1H7NA 2Z0IA 4UTMA 1J5TA 1CX9A 4BWLA 1ZAJA 2QCDB 2DZPA 4HPXA 1FWSA 1YDVA 3O05A 1X1ZA 2XN2A 3INPA 1LM1A 3QQ0A 4FEZA 1EIXA 3VNDA 1MO0A 4LV9A 1JCJA 1DL3A 5AHIA 3OBKA 4QNEA 2J27A 3CHVA 5G1TA 3W1RA 2YDAA 3PBUA 3KVLA 2ISVA 3H55A 5KITA 5D32A 2NWRA 3RFAA 3UQNA 3NNTA 2OCZA 3GK0A 1UCWA 1SO5A 5EY5A 3P74A 3LBCA 5TQLA 2NUYA 5LNUA 3SGUA 5HUPA 1TQXA 4AB4A 2YFNA 1N7KA 4R53A 3FIGA 4QIUA 3HPXA 2ZFAA 3PUEA 1K02A 3DBPA 1R47A 3PBWA 4ICNA 3L21A 1IF2A 1VJIA 3S6DA 4UTHA 4K8EA 1KM3A 3RNDA 3YPIA 2ZDRA 5FEWA 1W3NA 1B3OA 3NEVA 1LTDA 3AO0A 4FO4A 4IMEA 3TA6A 4N02A 1XI3A 1DBTA 3HB9A 4M7TA 1K7EA 2RH9A 4S2CA 3ELFA 4K8HA 1L6WA 3O8AA 3VFLA 1F6PA 3MW7A 1QPOA 2B7QA 1X8FA 1YDOA 3QPZA 1TYGA 1SPQA 1HG3A 1AL8A 1FXQA 3GYEA 2JBMA 4GBUA 4WY0B 5MHBA 1OYAA 5AYYA 1KFBA 3W87A 1TQJA 2QCDA 1AW5A 1TPH1 2WSQA 5AYZA 3UY8A 3MYOA 1I2QA 5K9CA 1LOSA 2R14A 5AHEA 3TU9A 1RQBA 3R12A 3IEBA 3QM3A 4S2BA 1EEPA 4XBSA 1DHPA 3OG3A 1ME7A 4YXGA 4OE7A 1EX5A 4TX9A 1SZGA 2DP3A 3FJ6A 3WJWA 5D2YA 3C2RA 2YGYA 3C56A 5G5IA 4Y8FA 3W7HA 5KINA 3UWYA 5G2WA 3N2MA 5H2ZA 1JRCA 1S5TA 4FHAA 3KX6A 4O17A 4JR5A 3W1QA 4N9CA 4WD0A 3T78A 3FA5A 4NX5A 1FCUA 2NZLA 2NUXA 2O7SA 1XCFA 4HIBA 4LY8A 2XFWA 5BW6A 3DHFA 3TFCA 3B0VC 4PTNA 3UWVA 3E0IA 4WUIA 4AHOA 3O15A 1OK6A 3RLVA 2B0MA 3LTPA 3R13A 2RFGA 1B4KA 3NYZA 5LNVA 3DH7A 1KTCA 2Y7GA 4UIOA 4GUIA 3E96A 3M9YA 1UBSA 3W83A 3OHIA 3LCWA 4PFMA 2OJPA 4C1LA 2Z6IA 3W75A 5F1VA 4GC4A 2CLMA 4QISA 4WY0A 2QCHA 4O13A 1R2TA 2RKXA 3ABRA 1SZEA 2BXVA 3S0CA 5IBXC 3IGSA 1G6CA 2YR1A 1G7VA 4Y90A 3VE9A 3JR2A 1OG0A 3PSWA 3MHGA 2ZYFA 3P82A 4MUZA 3BLFA 3LOTA 3R89A 4WX2A 2A6NA 2V2DA 4CCCA 1Z44A 1NEYA 2A2IA 3PUOA 4JTHA 3W2MA 4DF2A 1TSIA 3ATZA 3EX6A 2QCNA 2DJXA 4FX7A 3HGSA 3TJLA 1LBMA 2X1TA 2CZFA 3LDVA 3F4WA 3U6WA 3NA8A 2R94A 3L0GA 4OWGA 4KFNA 4JY8A 3MBFA 4XQ6A 3A22A 4R34A 1H7RA 1RQEA 1SW0A 3MI2A 3QW4B 5AN7A 4Z1BA 4LC8A 3LXCA 1HFBA 2GQAA 5LGXA 1FCQA 4EWND 5LKYA 1JQVA 3DKLA 3KAOA 5A5WA 4UXDA 3UPBA 1E51A 3NR0A 3G0UA 4S1FA 1FUYA 1H7WA 4O50A 3TXZA 1HO4A 4K7YA 2A6LA 2ZTKA 5I3JA 3QMTA 1JCXA 4AWTA 3BLEA 1OFRA 3BG3A 4AVFA 3C2VA 4MJMA 1DQWA 2DJLA 2YW4A 1G7UA 1XM3A 1RZMA 2ZRWA 4NJHA 4DBEA 3CB8A 5D2WA 2QDGA 1TPB1 3MI6A 4LVGA 4UNLA 2E5BA 4A3UA 5HUOA 4P2VA 4IMGA 5D38A 3W1NA 4GUJA 3B0PA 2H3BA 1WXJA 2E6AA 1WOAA 4UNKA 3DAQA 2EAWA 1YXDA 3BG5A 3GXPA 3S1UA 1F76A 3W84A 1VHNA 1R2RA 4O0ZA 4A2RA 3QH2A 1WOBA 1TPDA 2J9YA 3S1VA 3PB2A 3PF3A 3KFTA 4OU1A 3BK0A 2E68A 4RX0A 2PE4A 3KHJA 1BKSA 3UZJA 4O1AA 4IX0A 5CPOA 4FNSA 2G95A 3S5ZA 1OFQA 2Y7EA 1EB3A 3DFOA 4YMZA 3SIZA 3B03A 4NJJA 5G1YA 3E12A 2I1OA 2ZZ6A 4UTJA 4MZ8A 5EBUA 2H6RA 3L9CA 4UTTA 1G4TA 1TPC1 3ZWSA 3P8IA 4UR7A 1YTEA 1W1ZA 3CWNA 2Y7FA 5EL1A 3UWUA 4BR1A 1R46A 4Z1CA 4UFHA 3MI3A 4JTGA 3ZFHA 1KBIA 3CQ0A 5CPLA 3TMQA 3NL3A 3ABOA 2ISSA 4O18A 5LHFA 1ALDA 3W1MA 3W7RA 3EEGA 3KRUA 2JKPA 4O1DA 2OT1A 4OQVA 5J5RA 1OK4A 4GRSA 2RHGA 3OEXA 5F4XA 3G0SA 4QQ3A 5U4NA 4JS3A 4FNUA 3NL5A 2Y62A 3UWZA 2R8WA 3EX3A 1XUUA 3DFSA 1Q6QA 3IVUA 3NPUA 4TO8A 3IIOA 3S1XA 2AQWA 4MOZA 4EVZA 2CWNA 5EYWA 5FI8A 3ZR4A 5LZLA 5E93A 3Q2DA 3U8GA 4CNOA 3Q37A 5FF0A 2FB3A 3SW6A 1PS9A 2YX0A 4RKAA 4L4LA 1ZFJA 3HG3A 3LB0A 4QSHA 2GVGA 4AWUA 4ADUA 1W5OA 4CCDA 5D2TA 2H90A 3LHZA 5ABTA 3N19B 1B57A 4IQLA 4MLRA 4LV4A 1FBAA 2CFFA 1I2OA 4ZZ9A 1A50A 4JYDA 2A0NA 3OVPA 1K7FA 3DFQA 5FEZA 4UTKA 4M6PA 1LP6A 4ALDA 3GDLA 1VHCA 1J2WA 1GPWA 1X1OA 3NZRA 5J5DA 1W3TA 2C18A 3IVSA 1K8YA 3MBDA 1JCMP 3I65A 4NQ1A 3USBA 2QCGA 5DN1A 4MIMA 2QCMA 2I14A 4OV4A 3M47A 1H1YA 3M0ZA 3P8JA 5KZMA 3EX1A 4EIVA 2Q3RA 3W86A 3T55A 4XTIA 5D37A 1XBVA 2Y70A 3UXAA 3M7WA 3BGJA 5AFDA 4QITA 4AEOA 2FFCA 1S5VA 3G1VA 1GG1A 1LROA 1F5ZA 2FIQA 3S9YA 3LBMA 2Q8LA 5L6UA 4IMCA 2CLKA 2DORA 1K8ZA 2E5DA 3S8HA 3BLIA 3GAKA 1D3GA 1PCKA 5HQEA 3NO5A 1MEHA 3EXSA 1L9WA 2C13A 4J9JA 4O28A 4UMAA 3L2IA 3BV4A 4LOCA 4N9BA 4M6VA 1QWGA 2QR6A 4CQ9A 1KBJA 4JN6A 1DKWA 4I7WA 4NXSA 3N2XA 5F2LA 1QOQA 3MO7A 3LRKA 3QMSA 3W7JA 1VPXA 4GFSA 1ICPA 1KM0A 2ZRXA 4A2SA 4HSNA 2A7PA 3A9IA 3RU6A 3LCXA 3VE7A 4XTDA 2A21A 3UPWA 3HMJG 3RK8A 4IMDA 2ZRVA 1K8XA 3GDRA 2VEKA 4MJZA 4N6EA 4JXCA 3EWZA 5KSWA 2CLFA 4ML9A 3UXDA 4BI6A 4XBKA 1GTEA 2YCEA 4Z1DA 4AXKA 3QEZA 2CLLA 2Y6ZA 3W88A 3IIVA 3TC7A 2VFHA 3UNDA 4UTWC 2YYTA 1PIIA 5CPMA 3EX4A 2VFDA 3FEMA 1LRNA 1IXQA 1FDJA 5A8GA 3W7IA 4NNBA 2G96A 3W7PA 3PY2A 4DQWA 2Z6JA 1XBYA 1KFLA 2GPTA 3P81A 3P84A 4K38A 5LNRA 2D73A 1DJQA 1YTDA 3G8RA 1TV7A 4JTIA 5D30A 4RXFA 5FF7A 1EUNA 1T0OA 4B5NA 3TUUA 3V75A 1N8FA 3SFKA 1OVDA 4UUIA 1FWWA 2YPIA 4DELA 3OA3A 4FNTA 5EMUA 4JX6A 1GVSA 3GLCA 5DY3A 4P61A 2AGKA 5IBXA 3STGA 2QUUA 4CQAA 4JGDA 5LHEA 4FXSA 4KKXA 4ADTA 2RDUA 1GVFA 3W1XA 4OGZA 3LV5A 4DO6A 2I9EA 3LM7A 3W76A 4AF0B 4ZMGA 1JUEA 2QAPA 3RLUA 1I8JA 1H61A 4PCFA 4CNNA 1OFPA 4IXHA 4PL1A 2J9ZA 3DENA 5D2XA 2C19A 1O95A 4N9DA 1QR7A 1ZAHA 3IIZA 2E6YA 4JTFA 2WPBA 3AJXA 5K3VA 4JTLA 1FY6A 1UASA 4NT0A 3DKJA 2V0TA 3QRHA 1GEQA 3O6DA 2A7RA 2ZRYA 1XDLA 5AC6A 3GR7A 1LOQA 3NAVA 3G1FA 1TB3A 1SQ7A 1IGSA 3STEA 2ZA2A 1OX4B 1GOXA 4Z08A 5FEXA 3BG9A 2YFOA 3LV6A 1WQ5A 1VYPX 1ZCOA 3GB6A 3ABSA 4M7SA 4NNAA 3LHTA 4KWVA 2VOMA 3V1PA 4CLMA 4JTKA 1GQNA 3DXIA 3B4UA 3FLUA 3P5YA 2FB2A 2XN0A 5CZJA 2JGQA 5AYXA 3IRDA 1FXPA 3NQCA 1QAPA 4MPQA 3LCGA 3P61A 1JUKA 4Q4KA 2ZRZA 4NZJA 1GYLA 3EWYA 2CW6A 3W7GA 3O07A 3SJ3A 1K03A 2YYUA 1P0NA 2QKFA 2ZZ2A 4MY1A 1GG0A 3OVQA 2CLIA 3EXTA 1HTIA 4UMBA 2HS8A 5K2ZA 3G22A 1QPQA 4ORIA 3LX9A 3GDKA 5C55A 3IV3A 3W7DA 5FF2A 1LORA 4O0KA 3NM3A 1HUVA 1SSGA 4AF0A 4O4WA 1XUZA 4BK9A 4ORMA 2DZVA 3LHYA 3LLFA 4O57A 3RMJA 1DOSA 1LYXA 3CM4A 1IXOA 3B0UX 3LXBA 4JTUA 4AWSA 1RVGA 3FYPA 4GUGA 1JCLA 3UWWA 1OF6A 1KM6A 2X30A 1ZNNA 2CZ5A 3W1AA 2EKCA 3HGJA 4RXGA 4DO4A 2E1DA 6ALDA 2V9DA 3BO9A 3B05A 3QSRA 3TC6A 1XBZA 3S5YA 5E1QA 3PAJA 1R2SA 1OX4A 3FFSA 3FOKA 1M6JA 2VEMA 3A23A 3R8RA 3QMRA 1XXXA 1VCFA 3DFNA 3W7KA 3LXAA 4DO5A 4O4VA 1OX6A 3NZ1A 3HG2A 3I7SA 1FDYA 1OHLA 2J9XA 1C9DA 4LU0A 3EWXA 3TDFA 5AB3A 2UV8G 2GQ8A 3NQ8A 4GUFA 4D2JA 3W2UA 1BEUA 4PH6A 3CT7A 5HULA 2F84A 1OYBA 3FYOA 2WQPA 2X1SA 1NF0A 2PRLA 1MSSA 3A21A 3BW4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3ITY A;  1HJU A;  1VEM A;  4PSR A;  4A05 A;  5PTD A;  4X9S A;  4JFV A;  4DUO A;  2PLK A;  3WDH A;  3PFR A;  2VP8 A;  5LNW A;  3QYQ A;  3UY7 A;  2RGM A;  5A94 A;  5K9D A;  2VMF A;  3CWO X;  3NSN A;  3VZZ A;  1YTK A;  2Z2A A;  5D8Z A;  1B2Y A;  3W2J A;  1IWB A;  3SGZ A;  3KVJ A;  4HCL A;  4LUT B;  2AQV A;  1SO6 A;  3MU7 A;  1M65 A;  7ODC A;  3BGG A;  1GZJ A;  2W79 A;  3WIJ A;  5MKG A;  3V5F A;  2PZ0 A;  1JUL A;  3LY0 A;  3G6M A;  1ONR A;  1E1C B;  1GHS A;  1AK5 A;  3GO2 A;  4RPQ A;  2ATS A;  2BOF X;  4PMU A;  4I9M A;  2XFF A;  3ZSS A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4JTKA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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