4JTS | Genus

Total Genus 136

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	136
sequence length	365
structure length	365
Chain Sequence	TGDERFYAEHLMPTLQGLLDPESAHRLAVRFTSLGLLPRARFQDSDMLEVRVLGHKFRNPVGIAAGFDKHGEAVDGLYKMGFGFVEIGSVTPKPQEGNPRPRVFRLPEDQAVINRYGFNSHGLSVVEHRLRARQQKQAKLTEDGLPLGVNLGKNKTSVDAAEDYAEGVRVLGPLADYLVVNVSSPNTAGLRSLQGKAELRRLLTKVLQERDGLRRVHRPAVLVKIAPDLTSQDKEDIASVVKELGIDGLIVTNTTVSRPAGLQGALRSETGGLSGKPLRDLSTQTIREMYALTQGRVPIIGVGGVSSGQDALEKIRAGASLVQLYTALTFWGPPVVGKVKRELEALLKEQGFGGVTDAIGADHRR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4071051366404772__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4071051366404772__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4JTS/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4071051366404772__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4071051366404772","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4JTS/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4071051366404772__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d006070bb1c97f61f5c8451/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d006070bb1c97f61f5c8451/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d006070bb1c97f61f5c8451/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d006070bb1c97f61f5c8451/pdb.gz): 72 ms

reading 365 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

365 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:364});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) with 057 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
total genus	136
structure length	365
sequence length	365
ec nomenclature	ec 1.3.5.2: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone).
pdb deposition date	2013-03-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4jtsA00

1P4CA 1YPIA 5LHEA 1ME7A 3TA6A 2WSYA 4TO8A 2VXNA 4MLJA 3O6CA 1GVRA 3GVGA 2R8WA 4JTTA 4R33A 3TR2A 1MEHA 3LBCA 4UFHA 1D3HA 2GVJA 2I1OA 3W84A 1ZNNA 1XXXA 2J6XA 5FESA 3C2OA 2C3ZA 4S2CA 3KVMA 1TJPA 4WY0F 1W5QA 2EKCA 1ADOA 4N6EA 3W22A 4X2RA 2DJLA 1B4KA 1W56A 1TCDA 2OZ0A 3A21A 1XCFA 3NG3A 5C5YA 3ELFA 3O07A 4FX7A 1KLZA 3NNTA 1KLYA 5FF0A 3EX1A 3VE9A 3NA8A 4IOTA 4PH6A 4Z08A 3QQ1A 5CPLA 1FDZA 5D02A 2QUTA 2Y6ZA 3E96A 1GJPA 1L6YA 1ZJIA 3P81A 1MEWA 2E09A 3CWOX 4QITA 3PM6A 3FFSA 3LRKA 3LBMA 4FNUA 4GUIA 3FLUA 1Y0EA 5J5RA 4OT7A 2ZDRA 3KRSA 1SFJA 3GB6A 2HS8A 2F7FA 4AVFA 1TSIA 3STFA 1WA3A 2QUUA 5DN1A 5BOOA 3CTLA 4JTEA 3GAYA 3MUXA 3PC0A 2ABBA 1JR1A 2NXIA 4HNVA 3BW4A 3KRZA 2GQAA 1KM0A 4S1FA 4D2JA 4N9BA 5F4SA 1QFEA 3NXFA 1GG0A 4JTHA 3DENA 4ALDA 4GBUA 1J5TA 2JK2A 5K4XA 3CIWA 5SWUA 4OV4A 5U4NA 2Z6JA 8TIMA 4TIMA 1KTNA 5HUOA 1IF2A 5AHLA 4QJ1A 1WBHA 3NO5A 4K8HA 3W1PA 5HQEA 3S8HA 1W5MA 1BKSA 4UR7A 1KM1A 1LBFA 3TNOA 2YR1A 3NM1A 5DLCA 1ME8A 4I7UA 5IM51 3QRHA 1YDNA 2ZZ2A 5FF2A 1LTDA 2CZ5A 1OG0A 3OA3A 3NPWA 1Z48A 4OHQA 2E1DA 3EWZA 3IIOA 3GDKA 2B7PA 4IJBA 1G7UA 1AW1A 4Y6GA 1JQVA 3L5LA 1OK4A 3VI2A 2QCFA 2WO5A 3S1UA 1M5WA 1VCGA 5I3KA 3W1MA 3W7CA 1ZCOA 3O6DA 4O18A 2FFCA 4M5PA 3VE7A 2TPSA 3P67A 5KMYA 3NQAA 4MLRA 2Y7GA 1SSGA 5K9XA 3UY8A 4J9JA 3GDRA 1OYCA 2JGYA 1JUKA 4IPIA 1C29A 1H7NA 1W31A 4RX0A 3EXTA 4YCPA 1H7XA 2YGYA 5E93A 3W7LA 2YYTA 1NF7A 3W71A 2W0UA 2ZBTA 5I3JA 2CLIA 1W1ZA 2J9ZA 3W1NA 4GE8A 1EWDA 3FIGA 4IMFA 4KKXA 4NU7A 2E5DA 2WPBA 1VCVA 1AW2A 5LKYA 3MO7A 1UUOA 2XN0A 3FS2A 3HOJA 2AQWA 4N4QA 5BMWA 4XTIA 3KX6A 4K39A 4R34A 4JY8A 3NEVA 2A6NA 1TYGA 4LV4A 3B04A 1PV8A 3TH6A 3TSDA 1Z42A 3R5EA 4Z1CA 5C2XA 1QPNA 2QCCA 4X9SA 4QSHA 4DO4A 4EIVA 2W6RA 3N2MA 4N4PA 1XFBA 1XKYA 2BSLA 2XN1A 2CZDA 2PRHA 2WKJA 4JYFA 1H60A 4UTTA 5HMSA 1FDYA 4P61A 4FX6M 2FTPA 4NNCA 3W6YA 3FKRA 3NL3A 4UTTC 4WXZA 3KOFA 3FJLA 4JTUA 4MFDA 1EB3A 3THQA 1I2QA 1GT8A 3NGJA 2A7RA 3GKFA 4JIPA 4L4MA 3DFPA 3NQ6A 3UWQA 2C6QA 3UD6A 4QIUA 4LU0A 4UTIA 3THAA 4AHQA 3PBUA 3NQ8A 4LY8A 3JS3A 4XBSA 1OFQA 1JQXA 1KA9F 1DBTA 4A2SA 1OX4B 3CEPA 5BW6A 2A85A 3GYEA 3HGRA 5G2WA 5KITA 3PB2A 1A50A 5D2TA 3LCIA 4NX0A 3LXAA 1TV7A 3LCFA 1FXPA 1JUBA 4PEKA 3EB2A 1SUXA 1THFD 1VCFA 2EGZA 3YPIA 5C54A 5E0KA 1M6JA 3AJXA 4JTSA 1K8XA 2X30A 1P0KA 4UTLA 3P5YA 3EEGA 3QFEA 3T44A 3W72A 4LRTA 4C1KA 2X16A 4O1CA 1DQWA 5DBTA 3USBA 3WK1A 2QJGA 3LCLA 1PE1A 4ZQCA 4O0ZA 2CLOA 1ONRA 2CLEA 2OMAA 2QUVA 3UXAA 4FXRA 4NQ1A 3L5MA 5F2GA 4ML9A 4FIQA 1YXYA 3Q94A 2GVLA 3OIXA 1W5PA 3RK8A 4EOUA 3DFQA 3BVJA 4HIBA 2RDUA 3TE9A 1GTEA 1TV8A 1B4EA 3W07A 4O11A 4FXSA 3UWUA 3P82A 4NZJA 5LGZA 3G22A 1UBSA 3LHWA 5AC8A 4O52A 4PC8A 1D9EA 2E6YA 3NQFA 3NPXA 2EPHA 3P7YA 1IXNA 4JXCA 1VS1A 4UTJA 2ISWA 5F4WA 4Z0JA 4UFLA 3VNDA 4O28A 3EXSA 2CLMA 2H3DA 5FI8A 3IIVA 1SW0A 4O17A 1K03A 1TPEA 1O95A 5D2YA 1K8ZA 1SSDA 1AL7A 5CPMA 3WJZA 1DHPA 1IXPA 1FWNA 3MBFA 3ZFHA 1A53A 4XBKA 3DGRA 3DBPA 5DELA 2UV8G 4JY9A 4N9EA 3PUOA 2QDHA 3FEMA 1F6PA 4IMDA 1WX0A 1KV5A 1DV7A 4MZYA 3W7IA 3S5ZA 3BO9A 1X1ZA 2B7OA 3CPRA 1RQEA 3HGJA 3F03K 3C2RA 3HBLA 3W76A 3OVRA 5DBUA 4Z1DA 4AEOA 4MFEA 1H62A 1YXDA 1YTKA 3HG3A 4O8RA 5D2VA 3DKJA 3S1VA 1K3UA 5EYWA 1H7WA 4UTMA 2V2CA 2A1YA 2ZRYA 2Y63A 1F73A 4CQ9A 4Y8FA 4YCOA 4PA8A 1KM4A 5DY2A 4ZVJA 3C0JA 3TQKA 4O4VA 3KVKA 3DKLA 1SZNA 2C18A 5HNRA 4WZHA 4IUOA 3T55A 1WXJA 3EXRA 1QO2A 3DZ1A 3BK0A 2NWRA 5AHFA 3W7RA 4FNTA 3B8DA 3TROA 3S9YA 3NZ1A 3QPYA 3DI1A 4DXVA 2Y85A 3LGEA 3W1AA 1KFBA 4XKYB 4UC5A 3DH7A 4JEQA 4JTFA 3UY7A 4CLMA 1KFEA 3S1WA 3ABSA 3NDOA 1VH7A 4NX5A 1WV2A 1PIIA 3RU6A 4DBEA 1FY6A 4NT0A 4RLIA 4O54A 1TTQA 4O57A 2TSYA 3TMQA 3KHJA 4ZQMA 1OFEA 2FQIA 2D73A 3GXTA 3W7JA 1OX6A 3TU9A 2CW6A 3Q58A 5LSMA 3RNDA 3P60A 1W8SA 2VEMA 5TBOA 1OFOA 6ALDA 1BWKA 3LI1A 5D09A 3UWYA 3BV4A 4O12A 2X1TA 1QPQA 2IQTA 4IXHA 4WXYA 1LLWA 3TDFA 2DZTA 4K38A 2VELA 5DXYA 2QCGA 3SY5A 4JR5A 1Q45A 3L66A 4JTIA 4ADSA 2VKZG 1IGSA 1C9DA 3FJ6A 1JCJA 3M16A 2EHHA 2QAFA 5D32A 4NNAA 3FYPA 3S5OA 4AMAA 3N2XA 4QAIA 1F2JA 4ZMGA 2WNQA 3UZJA 2ZRZA 3IIXA 3W3OA 2A0NA 4PL2A 2ATMA 3TCEA 3L0NA 1TPFA 2C19A 3SECA 3FKKA 3B0PA 3NAVA 1JCLA 1QMLA 4W9TA 2DZUA 1L6SA 4HNTA 1GTHA 1KFLA 2VFDA 2ZA2A 3FOKA 3G0UA 1FBAA 3SR7A 2ZRVA 1ICQA 3DHDA 3O6YX 4C1LA 3L2IA 3TC7A 2CZFA 2E6FA 2H90A 4PODA 4A29A 4UTUA 2I14A 1TTJA 1I2NA 1ZAHA 1TQJA 1A5SA 4LS2A 5TQLA 3BGGA 4RR4A 3GZ3A 4FNQA 2QCDB 2VEIA 3I68A 4XUGA 2JKPA 3DAQA 1KM5A 4NJIA 3NL6A 3H53A 1PHWA 1OK6A 1HFBA 3B03A 5AN7A 2QAPA 3UPWA 4GXMA 4OWGA 1F5ZA 3ATYA 3MYPA 2B7NA 3QC3A 4ORMA 3LHYA 1EP3A 5F2MA 4FNPA 4MZ1A 1JCXA 2QDGA 2RDTA 4N6FA 3ZS4A 1WAUA 3MP4A 3JR2A 3H54A 2R91A 4FHAA 3LTPA 3FA5A 4JX6A 4RXGA 3SZ8A 1EP2A 3GIYA 4GC4A 5LNVA 4MPQA 3LOTA 4JTGA 4LUIA 3W88A 1TPWA 1ICPA 2RDWA 1M7PA 1GYNA 3P74A 2ZRXA 3VCRA 4XTDA 1HUVA 1WOBA 1HL2A 4M6VA 1HTIA 3ABQA 2VFHA 3BPWA 3F1QA 3SI9A 4BF9A 3DI0A 1SZEA 3RFAA 1YYAA 1LROA 1H5YA 1XBVA 2NV2A 3QMTA 3R2GA 4HPXA 4QISA 1N7KA 1ML1A 4H3DA 2CLLA 1KM3A 3BLFA 4A3UA 2BX7A 1UJPA 1FCVA 1WBJA 1V5XA 3TAKA 3C56A 1LDCA 3I6RA 4CCEA 1G4PA 1PCKA 2ZCGA 3E0IA 4UNKA 5I3GA 1MXSA 1GEQA 3L0KA 2DZPA 3SW6A 3N14A 3RLVA 1YDOA 1RD5A 1TPVA 3NQ7A 3TQ0A 4DPPA 3G8EA 3W7MA 2DZXA 2VENA 2RH9A 5I3IA 4WQ6A 1TTPA 3T40A 4TU1A 4Y96A 5MHBA 4WY0A 3QYQA 4AWTA 5HWMA 3DXIA 1AL8A 4IMEA 5CZTA 5K7JA 1X6UA 3G1SA 3CT7A 4FO4A 4RJEA 3O63A 3O06A 2B0MA 4E0CA 1VC4A 1S3HA 3CIXA 4AF0A 3OG3A 4K6AA 1LRTA 4BFAA 3G8RA 2E6AA 4FNSA 4I9AA 2GOUA 2GUUA 4GRSA 2ZRWA 3W7OA 3PG9A 3C2VA 3W75A 1F76A 1K8YA 4KWWA 4O1BA 1UUMA 2QKFA 1GPWA 4FX8A 3NQGA 1FXQA 1H61A 2CZEA 3P8IA 5FF3A 2ZQ0A 4AHOA 3PBWA 2I9EA 2LLEA 3NQMA 4QQ3A 5F4XA 3PUEA 1FWRA 3NOEA 3IVTA 4MY1A 4LVFA 2DZWA 2FLIA 2CLHA 3L67A 1X7FA 1FX6A 1W54A 1P5BA 2ABAA 2RKXA 3NQEA 3LI0A 2G96A 4OBTA 3G1HA 4G1KA 1OFPA 1JRCA 5I3HA 3N34A 2Z6IA 1QOPA 3LHUA 3IVUA 3U8GA 2NUXA 3O1NA 3UWWA 3W74A 3PB0A 1EA0A 4O0KA 4AHPA 3WFAA 2WV8A 3HQ1A 3EWWA 3GAKA 3TC6A 1OYAA 3GX9A 2OCZA 3TJLA 1LBLA 3PR2A 1OFDA 4O1AA 1FCBA 1SW3A 5T26A 5G1YA 5F1UA 4WOZA 5CZSA 4JN6A 1G67A 3WJSA 1VLIA 5DY3A 3GLCA 2PE4A 1FWSA 4OV9A 5HUPA 2A2IA 3NPVA 3PVFA 5L6UA 3W2UA 3BLIA 4S2BA 3TFCA 2Z2UA 2Q3OA 3LHVA 3WK0A 3UNDA 4RK8A 1O4UA 1SPQA 2WJZA 2BZNA 2R14A 5CPOA 5CG7A 1F05A 4LW7A 1RPXA 5AB3A 3M44A 3STCA 1LP6A 3B0UX 4MZ8A 1ALDA 4IXXA 5AHNA 2J24A 1OFBA 3I7QA 3O15A 5LNUA 3DFNA 4EWND 4UMBA 5AYZA 3B05A 3HMJG 2ZRUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4JTSA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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