4JY8A

X-ray snapshots of possible intermediates in the time course of synthesis and degradation of protein-bound fe4s4 clusters
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
TGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKICVFEKDTACIPCVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray snapshots of possible intermediates in the time course of synthesis and degradation of protein-bound Fe4S4 clusters.
pubmed doi rcsb
molecule keywords FEFE-HYDROGENASE MATURASE
molecule tags Oxidoreductase
source organism Thermotoga maritima
total genus 135
structure length 346
sequence length 346
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF06968 BATS Biotin and Thiamin Synthesis associated domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4jy8A00
2NXGA 2VELA 3HG3A 5AOUA 1O94A 4OT7A 3IRDA 2JKAA 1K8ZA 1IXQA 1LOLA 3T4CA 4N9EA 1F73A 1ZNNA 2DP3A 1RV8A 2C0AA 3UD6A 2VFIA 3IVUA 3HGOA 1B4KA 5G4WA 5U4NA 4LY8A 1ADOA 1GQNA 3BO9A 3CB8A 3GZ3A 3STFA 2QUVA 1W8SA 3EWZA 1HUVA 3QW4B 1SW0A 1BEUA 3NOEA 5D30A 4LTSA 4RZ6A 3R12A 5D2YA 1TJPA 3S5NA 1PIIA 4EF8A 3N34A 1IXPA 5K3VA 3L65A 2OMAA 3C6CA 4R34A 1SFLA 3NZ1A 3HPZA 1OX4B 1SO6A 1F7BA 5HQEA 1YADA 3DU0A 2QCFA 1NSJA 3P8IA 1VCGA 5HUOA 2V2DA 3NA8A 3NG3A 2CZDA 1LM1A 1THFD 4K7VA 4UTWC 2Y63A 3IV3A 2GVGA 3LLDA 3W72A 1FWSA 1YPFA 2E6YA 1KLZA 2BZNA 4MY1A 2X1UA 3MI6A 3SW6A 1GVQA 1W3IA 1C29A 3VKJA 4UTJA 1WA3A 1O4UA 3UWUA 4ML9A 1Q6QA 3TE9A 5LNSA 1KM4A 1NF7A 3Q37A 1W5PA 2C15A 4JYDA 2RDUA 1YLVA 4FNTA 4O28A 4XUGA 1EX5A 1OFEA 4PEKA 3HF3A 4LWWA 2RKXA 3HG4A 3PS7A 1TSIA 2FPYA 3RF9A 3TA6A 2DJXA 2PRMA 3FS2A 3WJYA 3UXDA 3LCGA 3G1FA 1JUKA 1OG0A 1R2TA 1DORA 1SO3A 2Z6IA 3RNDA 1I2NA 2P10A 4OU1A 5CPOA 5AC7A 2ZZ7A 4O54A 5CPMA 1FWNA 3EX3A 1XDMA 1NEYA 4LRTA 3IEBA 4GUIA 2Z2UA 4MYAA 5CSSA 2DZVA 4OQVA 3PG9A 1DV7A 4RXGA 4NJIA 2ZQ0A 4UC5A 4HNTA 1UASA 1JUBA 3MBDA 5AFDA 3LHVA 3W76A 3DAQA 1N7KA 3BW3A 3OEXA 3NQFA 4MVAA 3TW6A 3MP5A 4JTSA 2XN1A 3W71A 4K7YA 1LBFA 2ABBA 2B7QA 1MEHA 3MYPA 2Y70A 1VLWA 1HTIA 4BWLA 5BRBA 5BNKA 3IIZA 4BF9A 2IQTA 4GUJA 2YZRA 4JY8A 3W1XA 3L67A 1TQXA 4IMEA 4K8HA 1FWWA 1IXNA 3WK1A 2CLHA 2E5BA 4O18A 4QAIA 3ABRA 3HIJA 5CPNA 3NAVA 1JUEA 1KW1A 3EWWA 4Q32A 1WX0A 3VCRA 5F1VA 2J88A 1QO2A 4JTUA 2J24A 3PWAA 3UWQA 4ZQOA 1XC4A 4NJKA 1OK6A 4WY0A 1JULA 3O6DA 3W84A 3G0XA 5F1UA 1TTQA 3NQAA 4ZQCA 3G22A 4MYXA 4O10A 1G7UA 3MUXA 3P5YA 1ME8A 1IXOA 1T8XA 3U2OA 4M6PA 2X30A 4FNSA 4QNEA 4EWND 2ATSA 4LV4A 3QRHA 5D37A 4FB7A 2JK2A 3NQDA 4NJJA 1W54A 2FB2A 4PL1A 4A22A 4JY9A 5FF4A 1KM6A 3TU9A 2QR6A 2Q8ZA 5HULA 5CKSA 1KM5A 5DY2A 1H7OA 5D09A 5G4EA 2QAFA 4K8EA 5DN1A 5AHLA 1YTEA 1V7YA 4BI7A 1H62A 5H2ZA 4O19A 2DZXA 2CLOA 3S6DA 3BGGA 3BLEA 1J2WA 1BWKA 3F4WA 3M1ZA 3MI3A 1PL9A 3O63A 3P7YA 3QW3A 4AH7A 3UWVA 2FPVA 3N9RA 1Z48A 4AF0A 4JTEA 3CU2A 4S1FA 4CCCA 2WKJA 4N4PA 3FFSA 4ZVJA 4DF2A 3MJYA 4UMCA 3U6WA 4NXSA 4FEZA 4AHOA 3DFSA 1KBIA 4O57A 1P5BA 4BI6A 2EHHA 3PVFA 2YSWA 3LCFA 3USBA 1ZY9A 2QCDA 3LHWA 4IQLA 1LRNA 4YL2A 2EPHA 4R53A 3S0CA 4HIBA 1DQXA 1TCDA 1PCKA 1M6JA 1QR7A 3R5EA 1W56A 1FWRA 1ICPA 1TTIA 4CNPA 4X3ZA 1EP1A 1ONRA 2V81A 4Y8FA 5HWNA 1P0KA 1TMHA 1S5VA 4GE8A 2WPBA 3KOFA 1OK4A 2RHGA 3NQ8A 3W7IA 2PURA 3CEPA 3MBFA 2ISSA 4DO4A 3TFCA 4H3DA 2ZFAA 2ISWA 4CQAA 3BK0A 1EB3A 1XBXA 1HO1A 1WBHA 4XBKA 1VQTA 3LBCA 4S2CA 2RDTA 3NL2A 2ZZ6A 2X1RA 3RFAA 3W83A 3TNOA 1TPVA 3NQCA 2YW3A 4RX0A 1R30A 3FIGA 1AL8A 4MFEA 2FB3A 4IXHA 1OABA 3F03K 4I7UA 3NPWA 4G1KA 1SU5A 1M7OA 3GNDA 1GT8A 2JGQA 4FX7A 3WK2A 4XQ6A 1VS1A 2ZRYA 4O1CA 1L2UA 1R47A 2XN2A 2Y88A 1GOXA 4DPPA 3R8RA 4RR4A 3NZRA 4AVFA 5TQLA 2YYTA 3NM1A 1QPQA 4NX5A 5HWJA 4P61A 5HR6A 2V5BA 4A3UA 3G24A 3W2UA 3STCA 2C18A 2ZCGA 1GEQA 3O1NA 3TQKA 4UFLA 3GDLA 1KM2A 2DZTA 2QEZA 3L21A 3C2EA 1EPXA 2VEIA 3E9AA 5BW6A 3EX1A 5IM51 2X1SA 2X2GA 3B0PA 4UTTA 2G96A 2Y7DA 3L5AA 3PBYA 4HN4A 1SFJA 3MHFA 1OYCA 5AYYA 4UIOA 3TSDA 1H1YA 4LS0A 2WO5A 4MZ1A 1I8JA 4S2BA 1U5JA 3G3MA 2NZLA 1X1OA 3M5YA 1L9WA 5LNRA 3NQ7A 3W7LA 3JS3A 3N3MA 4Z0SA 4UMBA 3SZ8A 4GNJA 1LLZA 3CPRA 3QQ0A 2CWNA 3EX2A 4L4LA 1FCUA 3C61A 3QH2A 1GYLA 3RLUA 3CQ0A 3N19B 2E1DA 2GQ9A 4YXGA 2C3ZA 1FXPA 3EWXA 4JTLA 4WY0B 3W6YA 1LDCA 5EBUA 1OFOA 5K9CA 1A50A 2A1YA 3EX6A 2WOQA 4DELA 4RZ5A 3M6YA 5LHEA 3OA3A 1G4EA 1QOQA 1SW3A 1ICSA 1K02A 2B0MA 4WOZA 3GVGA 1MO0A 3TC6A 5F2GA 5AC8A 1GG0A 3CEUA 3NGJA 4KKXA 5AC6A 3G1VA 3W7HA 3W70A 3N2MA 1WYIA 4OWGA 1H7XA 1JVNA 4N9DA 3G1YA 4LVGA 4D2JA 3RMJA 3EB2A 2YDAA 3HJZA 3CT7A 3W7OA 3W73A 4J9JA 3TCEA 2H3DA 2WJZA 2ZRVA 3W1UA 4ORMA 3SY5A 1KFLA 2A85A 1RVGA 2NX1A 3LDVA 3TIMA 1WQ5A 5AHNA 4AEOA 4EOUA 2F7FA 4NX0A 4AHQA 5DELA 2DORA 3HG2A 4JD4A 4O53A 1KM1A 1OYBA 3KVJA 3WJXA 3KRUA 4JTHA 5KSWA 3LOTA 2NWSA 4NVTA 1KBJA 3LXCA 3FKRA 1LYXA 2ZRZA 4KWVA 3QPYA 3E12A 3H53A 2TMDA 3UWYA 4AF0B 5F4WA 3HG5A 3P81A 3HPSA 1RR2A 3DH7A 1R46A 1K3UA 3GXTA 2NUWA 3P74A 4LUJA 1GVSA 3JR2A 5EMUA 4ORIA 5C2XA 3W1PA 2PE4A 1GVRA 1BTMA 4ZZ9A 3GDKA 2QCDB 4MZYA 4CQ9A 1YDNA 3ABSA 2J9XA 3GLCA 2Y7GA 5DBTA 2ZRXA 4I7VA 5D2WA 5KTLA 3NR0A 3TROA 1F6KA 3C2OA 3NNTA 2XN0A 4NJGA 1W37A 3W1MA 5K4XA 1G7VA 3TKFA 4JR5A 5T26A 2E5CA 3P62A 3W86A 4A2RA 3TJLA 2GQAA 1GWJA 2R94A 1G67A 2A2IA 3N14A 4WXYA 5D2TA 5H91A 5A5WA 1CI1A 1LRQA 4IWWA 3O05A 5L9FA 1D3GA 4O4VA 3W22A 1LCOA 2W6RA 1EWEA 3GNNA 1DL3A 1T99A 1ZFJA 1PCWA 2EKCA 3HGSA 4RJEA 2E77A 2CLKA 3GDTA 3UY8A 5G1TA 3ATZA 4FX8A 1VR6A 2WNQA 3W7NA 4GXMA 3GR8A 5I3JA 1LROA 4MUZA 3FYPA 3OVQA 2ALDA 1A5AA 3TC7A 2RH9A 2Y61A 4W9TA 4NNAA 4AB4A 5SWUA 1MZHA 3B06A 4TMBA 5C55A 2ZDRA 4NU7A 3O06A 4LOCA 3T40A 3TDFA 4MLRA 4WZHA 4IPJA 1QNVA 2GPTA 1ML1A 1TJRA 4Z1BA 4O17A 4GBUA 2V2CA 1PVNA 1KFCA 1DKWA 1R2RA 1LOQA 3E02A 5F2MA 4X2RA 5D02A 3UY7A 2E5DA 3G0SA 4LNYA 1W5OA 4ICNA 4ZL1A 2V9DA 4OE7A 3TSBA 1QMLA 3QF0A 3QPZA 1EIXA 4K38A 3W7MA 4E2DA 2DZSA 5G2IA 3S1VA 3ABOA 2E09A 3WFAA 3W87A 1C8VA 1F05A 3G8EA 1F74A 1H51A 5C6MA 5FF3A 3RLVA 1EEPA 3DGRA 1IF2A 2ZRUA 1VPXA 3O07A 3IGSA 1B9BA 2VKZG 4R7JA 2BX7A 5AYZA 4DO6A 3LRMA 5J5RA 3P84A 3PUDA 1LORA 3UZJA 2GJLA 2GVJA 1P0NA 2BXVA 2R14A 3GAYA 1JJKA 2TYSA 5D03A 4MIMA 2A6LA 5FI8A 4GC4A 1TPH1 3LRLA 3OHIA 2YXGA 1G6CA 4AWUA 3M44A 2JKEA 1XXXA 1XBVA 3BVJA 3W7KA 4RKAA 4KFOA 4QIUA 3VE9A 1QAPA 1TTPA 1WV2A 2NUYA 1YDOA 3PG8A 4XBSA 2X16A 2UV8G 4UTWA 3DKJA 3LI1A 1VCFA 3M41A 3EKLA 1W5NA 1SSGA 2PRHA 2HMCA 1QOPA 2B7OA 7TIMA 1UCWA 1L6YA 5LGZA 3THAA 1GTHA 1H7PA 2CLEA 3ELFA 3IIPA 3LTYA 4Q33A 3S1XA 1JCYA 2J9ZA 5HJLA 4E0CA 1IIHA 1M5WA 4QNWA 3GDMA 4PL2A 3MWAA 3A21A 3A9IA 3GKFA 4CLMA 1SW7A 4JX4A 1VGAA 5LNWA 2DJLA 3C52A 4EIVA 3PM6A 2V82A 4JTIA 5CZSA 2C14A 3I6RA 2Q3RA 1YDVA 4HHPA 4M7TA 2FQIA 4ADSA 2VEMA 4LS1A 5HINA 4M6VA 1Z41A 5BMXA 3B05A 1GJPA 3CC1A 3INPA 4ADTA 2OJPA 5DCEA 5FEPA 3CIXA 3RK8A 4PA8A 4O8RA 5D2VA 4YLWA 1JR1A 1TPFA 2HSAA 2ZA2A 4X9SA 4UTLA 3W85A 8TIMA 2QCHA 3FYOA 4YMZA 3L9CA 1AK5A 1GPWA 1PHWA 4O13A 1Q6RA 3DZ1A 3LHTA 4IXXA 5J5DA 3YPIA 4GRSA 3UXAA 5K2ZA 2CLMA 4FXSA 5FEWA 4RZ4A 1YPIA 4JXCA 4CCEA 2A7NA 2QUTA 1BWLA 2QKFA 3EWYA 3C56A 4UFKA 1RQEA 3DFOA 1GVOA 4EVZA 2Y7FA 3BPWA 3TW7A 3LV6A 2VFFA 4WOQA 1ZJIA 2G95A 4DXVA 1CW2A 1AL7A 1UUOA 3FA5A 1WDWA 2YYUA 4IJBA 5I3IA 1WAUA 2ZBTA 2GQ8A 3LXBA 3FLUA 5F2IA 4WD0A 5LZLA 1XBZA 5DCBA 2QJIA 1XI3A 1I4NA 2I14A 5F4SA 2ZTJA 4HNNA 1AW1A 3EXSA 3C2FA 4N9CA 4QJ1A 4BI5A 3DFTA 2WV8A 1M7PA 2QCGA 4XKYA 2FTPA 2ABAA 1UB3A 1ZALA 3PUOA 3W1TA 1VH7A 1JRBA 1DVJA 3MHGA 1SZEA 4K36A 1FCQA 4LVAA 3GB6A 4K37A 5LNVA 1VRDA 3SSJA 2AQWA 1FDZA 2FPTA 4N6FA 1QO5A 4IMCA 2ISVA 1GTEA 1TV5A 1YTKA 1ZCOA 1JCXA 3T44A 1R2SA 2CZ5A 4NJHA 2I9EA 4JNMA 1G4PA 3L0NA 1T0OA 2R91A 4FNPA 3BLFA 5K7JA 3HO8A 1GVFA 1FDYA 3WK0A 4IX0A 2QCCA 3BV4A 3OG3A 4JIQA 2QJHA 1TRDA 3SI9A 1UUMA 1SR9A 3LXAA 3KRSA 3G1SA 4IMDA 4UFJA 2H3BA 4JTKA 2NX3A 3Q58A 5L6UA 1KV8A 5D38A 2G5WA 3TR2A 4UUIA 4Z08A 3C4UA 4JN6A 1TPWA 1VYPX 5I3KA 1LP6A 3P61A 4BK9A 3W9ZA 3THQA 1FX6A 2WNZA 4UR7A 1N8FA 2TPSA 1NVMA 3P67A 4UNLA 4O15A 1B4EA 3G1HA 3NQMA 1EP3A 4JTJA 3W2MA 3L0KA 4WQ6A 3C3NA 4Y90A 3W2LA 2NV1A 1OHLA 2EF9A 2AGKA 2H8ZA 5LNUA 3O8AA 4IPIA 1QFEA 5LKYA 5AHEA 1S5TA 1SQ7A 3ABQA 3IVSA 5LSMA 1KTNA 3BG9A 3W2NA 4TR9A 4K39A 5K9DA 1Q3NA 3STGA 2FDSA 3NQGA 1F76A 4PTNA 5D32A 3W2KA 2QCMA 3M16A 3DXIA 3FOKA 3GYEA 3M7WA 1AW2A 4RCXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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