4JYF | Genus

Total Genus 139

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	139
sequence length	347
structure length	344
Chain Sequence	MTGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKICVFEKDTACIPVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__534595989563942__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__534595989563942__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4JYF/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__534595989563942__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"534595989563942","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4JYF/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__534595989563942__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0061023211b37b140fe329/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0061023211b37b140fe329/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0061023211b37b140fe329/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0061023211b37b140fe329/pdb.gz): 417 ms

reading 344 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

344 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 31 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:343});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Thermotoga maritima
publication title	X-ray snapshots of possible intermediates in the time course of synthesis and degradation of protein-bound Fe4S4 clusters. pubmed doi rcsb
molecule keywords	FEFE-HYDROGENASE MATURASE
total genus	139
structure length	344
sequence length	347
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-03-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF04055	Radical_SAM	Radical SAM superfamily
A	PF06968	BATS	Biotin and Thiamin Synthesis associated domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4jyfA00

4ZL1A 4MY8A 1DOSA 3E49A 1Z42A 5AYXA 1GG0A 4AWTA 3FKKA 1N55A 2NV2A 1VC4A 4UUIA 3EKZA 3CIWA 2NUWA 5LKYA 5AC6A 3GVGA 1WYIA 5F2MA 5EKYA 3TH6A 3FKRA 3NQMA 3RF9A 3TJLA 2V5LA 2FB2A 2KZHA 5DLCA 3PUDA 3LCHA 2DZTA 3GDLA 2HSAA 2CZ5A 2JGQA 5H91A 1SR9A 1HG3A 2C14A 2QCLA 4GWEA 5T26A 4JTKA 3GX9A 4C1LA 3GYEA 4LV9A 4UR8A 2QJHA 3LCWA 1LDCA 4NJGA 1CW2A 4Q33A 3GNNA 5C2XA 1W3TA 3O8AA 4JNMA 5D30A 3KRUA 3TFCA 3W70A 3TJXA 3W83A 1TV7A 3IV3A 3P67A 1WQ5A 3Q2DA 3K30A 1YDVA 2Y7FA 1FCBA 1WOBA 3P81A 2YGYA 1H51A 2ZZ3A 1W5PA 3PB2A 5CZJA 2NLIA 4MY1A 5KINA 5DELA 5A8GA 1B57A 4X22A 4UTTA 1KM4A 5DCDA 5HUOA 3W1LA 3KRZA 3STEA 3W1MA 5G5IA 1QO5A 4JTGA 3GKFA 4R7JA 2Z0IA 1TREA 1NFBA 4LVDA 3H55A 4O10A 5CKSA 3MI2A 4AAJA 3LERA 1AK5A 3M5YA 3BGGA 3P8IA 4LUJA 2OMAA 3B4UA 3NZ1A 1GQNA 1XXXA 3LLDA 3C6CA 2ZBTA 1K02A 1PE1A 5CZTA 4LS2A 2RH9A 3W1PA 1SZFA 3SZ8A 1LM1A 2AAMA 1JCNA 1I2RA 4CCCA 5D38A 1TYGA 3KOFA 4JY8A 5LNVA 3M5XA 4C1KA 2A21A 4MOZA 4O57A 3W1XA 4HNVA 1EEPA 2CW6A 2D73A 3UWZA 2C16A 1UASA 5AHEA 4POCA 1JRBA 1R30A 2A6LA 4UMAA 2V2HA 3W7LA 1W0MA 1OFEA 4XTIA 1DQXA 3DH7A 3LXAA 3W76A 3QW4B 3OG3A 1OG0A 3G24A 4XQ6A 4A22A 1WXJA 1BEUA 2V0TA 3M9YA 3KVMA 2VEIA 3EXRA 5HWJA 5GVJA 4IJBA 2TSYA 1QPOA 2Y63A 3EX1A 3P8JA 2E1DA 2C18A 2QCMA 2QUTA 4WY0F 3B04A 2ZCGA 5D33A 2NV1A 4UTTC 1Q3NA 2QEZA 3RK8A 5SWUA 1YXDA 5L6UA 5DXXA 3NR0A 3LXCA 3UY7A 5J5DA 2YX0A 1XCFA 4UTJA 1E51A 3V75A 1NAL1 1F6KA 3O1NA 3QQ1A 2GVGA 4TMCA 3IIZA 1O94A 4QIUA 2XN0A 4LY8A 4UFMA 1P4CA 2V9DA 6TIMA 3G18A 1KTNA 1K8ZA 4EOUA 3BG9A 1P1XA 4Z1AA 1H7OA 4FB7A 1R2TA 1DQWA 3USBA 2WPBA 3G0XA 4LS0A 4O16A 2HTMA 3HQ1A 1XUUA 4X9SA 3TX9A 5G2WA 3DFTA 3IIXA 3OHIA 1XDLA 4JTHA 3GLCA 3W7JA 2A6NA 4DF1A 1W5OA 4BWLA 3TK7A 4Z0JA 3OA3A 3GXPA 1PV8A 3W87A 3HGOA 3PG9A 5EYWA 2CLEA 2Y89A 4JICA 5D04C 5C6MA 1DVJA 4UR7A 1UB3A 2H8ZA 3MYPA 3A22A 2PRMA 2XN2A 2ZTJA 5K7JA 1ADOA 3PB0A 3BW4A 3W71A 1VHCA 4ZQCA 5BOOA 3W2MA 2QCDB 3I7RA 2Y88A 4O1AA 4MJMA 4E2DA 2JBMA 5D03A 4O4VA 5U7SA 2WNQA 5AOUA 2Z6IA 1OF6A 5FEXA 2NWSA 1AL7A 5D2XA 2FTPA 4AF0A 4O13A 2DZVA 2DP3A 5AHLA 3W2LA 2RDUA 4ZQPA 1OFOA 4AMAA 3PUOA 1PCWA 1GVOA 3R89A 3STCA 1G7VA 3O15A 1SZNA 1THFD 3PR2A 4JTJA 4BI7A 3DI0A 4GUHA 4Z1CA 4Z0SA 1VRDA 3C56A 2OT0A 2QKFA 1FWNA 1TTIA 4O19A 3LCGA 5K4ZA 2VFDA 2WV8A 4JD4A 1V7YA 3TR2A 1ICPA 1RD5A 3G0UA 4OQVA 1QO2A 3OBKA 4WX2A 1JVNA 1FDZA 3HG4A 4O1CA 5CPLA 3MP3A 2Y7EA 3LB0A 1VGAA 3HGSA 4N2YA 4LTSA 1EWDA 4BWLC 1H63A 4GC4A 3VE7A 3G1VA 3NL2A 5AC7A 1VCGA 2VXNA 3HOJA 3VNDA 3RLUA 3W23A 4CCEA 1DHPA 3CWNA 5LNSA 1Q6QA 3FJLA 1W3IA 3L67A 1FBAA 2ABBA 3NQ6A 1PCKA 2A7NA 4UFHA 3UZJA 1A5BA 3C2RA 4DEFA 4HNUA 4M19A 4Y96A 2CZFA 2GUUA 1OK6A 1OF8A 3W7HA 3KFTA 2J24A 2W79A 2E6FA 1Q6OA 4IPJA 2O7QA 3CWOX 1ME8A 4BI6A 1D9EA 5DCEA 3IGXA 4FNQA 4WQ6A 3BW2A 1D3HA 1G69A 1RR2A 3W2JA 1VYSX 1X8FA 3NA8A 1NEYA 1JCXA 4M6PA 1HL2A 3W07A 3HPXA 3B05A 3STFA 3CC1A 2QF7A 5AYZA 5D09A 3W22A 2A2IA 1TTQA 5KZMA 2WSYA 4IMEA 3LGEA 4YXGA 4OE7A 4FIRA 4LVGA 3UXDA 2FIQA 1HUVA 3HG2A 2JGYA 1J4EA 1QOQA 2PE4A 3B0VC 4JGDA 1H7PA 4A2SA 3CU2A 1RQEA 5IM51 1OFAA 1TTPA 1BTMA 1SZGA 3U2OA 3L0KA 1OHLA 2R14A 4RKAA 2CLLA 3KVKA 1ZALA 3LV5A 1A5AA 4YLWA 2C13A 2BSLA 4ONVA 2UV8G 2Q8ZA 3RLVA 1GWJA 3DFPA 2FPVA 3ABOA 2EHHA 3PVFA 1OYAA 4RZ4A 2AGKA 1T96A 5K9DA 5G1YA 1FWTA 5FEWA 2CLMA 1EIXA 4MFDA 1ZAJA 3HG5A 3MHGA 4IQLA 2DZPA 4H4IA 4BI5A 3NDOA 4RCXA 1KM3A 4M6VA 1MEIA 3L5AA 5DN1A 4UMBA 4X3ZA 4XTDA 4NJIA 3W7PA 1YADA 1ICQA 5HJLA 2XN1A 3W7KA 3MUXA 4EWND 2Q3RA 1FCVA 3FYPA 4UFIA 4AVFA 3EWWA 3A9IA 5HMSA 3P7YA 1QWGA 3G1SA 4EVZA 3S9YA 2V30A 3KRSA 3W2KA 4BR1A 4GE8A 3S1XA 2OT1A 4IMGA 5AHFA 3LCXA 4Y90A 4Y9AA 1HO4A 3W7QA 3UWUA 1ZJIA 2J9YA 2YSWA 4ZMGA 2CLHA 3CM4A 5FF0A 1A5CA 3FA5A 4QSHA 1NF0A 2QDGA 3SW6A 1AW5A 4AB4A 2QCGA 3NM1A 3W74A 3DGRA 4UIOA 1ZCOA 3KX6A 2OCZA 5BRBA 4FNPA 1LOSA 3W73A 1B4EA 5G4EA 1DKWA 3TMQA 1W37A 4MKNA 4FNTA 1VYPX 1OJXA 3W88A 2ALDA 2R94A 3QM3A 3BVJA 4P2VA 5CGQA 3HJZA 2WOQA 2Z1BA 4OV4A 1KFJA 1X6UA 3NO5A 4KWWA 4OBTA 3B8DA 1I2PA 4RX0A 3S8HA 1YTEA 1YLVA 1VJIA 4LWWA 4FIQA 1R47A 4OHQA 2WSQA 1PVNA 3G1AA 3KVLA 2BZNA 1W56A 3E12A 3OVPA 2B7PA 5I3IA 3NGJA 3M16A 1M6JA 5E0KA 1ICSA 2FJKA 2ATMA 3NL3A 2H6RA 4NNCA 5KTLA 2ZQ0A 2V8ZA 3W7MA 4YL2A 1JJKA 3EWUA 5HQEA 4O0KA 2VC6A 4HNNA 1JR1A 4JS3A 5FF4A 3TSBA 2H90A 4Y6GA 3GK0A 1QR7A 1F5ZA 4FHAA 2X1TA 1OYCA 1OABA 4O12A 1ZY9A 2QCFA 3MO7A 4NNAA 2EKCA 1W1ZA 2BLEA 4TIMA 1TMHA 3TSDA 5L9FA 2NUXA 1JULA 3BARA 3GDKA 3LBMA 1GG1A 3WFAA 1QCWA 2YW3A 4WUIA 1RQHA 2W0UA 2ZRXA 2WO5A 3S42A 4AH7A 1W3NA 4I9AA 3TC6A 5I3JA 1MSSA 1OX6A 5EA9A 5AC8A 3O6CA 4MLJA 1X1OA 1EX5A 1YXYA 3RNDA 5E1QA 2J9ZA 3SGUA 1KLYA 3WK1A 3QSTA 1HTIA 3M47A 1KLZA 4K7VA 3TNOA 2YR1A 2DJLA 1EP3A 5AHIA 3S0CA 2E77A 1YXCA 2V5BA 3TA6A 3LCIA 3R5EA 1YPIA 1LBMA 1H5YA 1L6YA 3NQFA 2OJPA 4Q4KA 1JUBA 4OV9A 3W2NA 3MHUA 2R8WA 3O06A 5HINA 5LNRA 3NYZA 2YCEA 3LCLA 1AMKA 2WSRA 1KFEA 2PRLA 4E38A 2FB3A 2WKJA 4ORMA 1JCLA 4IWWA 2QCNA 1UCWA 1G4EA 4DELA 3IGSA 3W1UA 3L9CA 1SW7A 3GDRA 1S5WA 3GR8A 5K4XA 5K9XA 3GKAA 3NQDA 3DHDA 3PULA 4ICNA 4N4QA 3OVQA 3P82A 5EY5A 3ATYA 3DKJA 2EGZA 1GVQA 4O1DA 5FEPA 4R34A 4UTUA 4Z1BA 5C55A 2A4AA 4WJEA 3P5YA 5F2GA 2ISSA 5K3VA 4K37A 4AHPA 1SQ7A 2CZEA 3KHJA 5CSRA 2ZZ7A 3A21A 2VFHA 4HN4A 4ADUA 4MUZA 3BLIA 3B06A 3LRKA 1B9BA 1NSJA 4R33A 3BV4A 3EX6A 1KTBA 3GNDA 4NZFA 3TU9A 4DF2A 5DBTA 3L0GA 3MBDA 1OFQA 1KM2A 2QDHA 2X1SA 3C0JA 2J27A 3SGZA 3BG5A 4UTWA 3NZRA 1SW0A 4O54A 5D32A 1XBZA 4BK9A 3PBWA 1TIMA 2FFCA 4RK8A 5CZSA 1TPH1 3S5OA 3T4CA 4BF9A 4BFAA 4JTFA 1B3OA 2AQWA 4HT3A 5TQLA 2E5CA 1JCJA 4OU1A 4FNRA 3EWZA 1F73A 5F2IA 3TXZA 4JX5A 3RU6A 1BKSA 5LNUA 1FQ0A 3PBUA 2BWGA 1KFCA 3DU0A 1YTKA 4NUWA 3TCEA 4MZ1A 5TIMA 1QMLA 3V1PA 1FWSA 2ISWA 3IVUA 2FPYA 1K7EA 4O14A 2JKAA 5D37A 3UY8A 3L66A 1TV5A 3WK2A 2NX9A 4JY9A 3G1YA 1IXQA 4M6QA 4Y8FA 2GJNA 4NJKA 2YFNA 4JTLA 4PH6A 2R91A 2C15A 3CTLA 3S6DA 5D2VA 1XM3A 5IBXA 4XKYB 2GVJA 1X7FA 1H1YA 5KMYA 3LTYA 1GPWA 3LOTA 4UTIA 3TQVA 1CX9A 1NVMA 1AG1O 3UYCA 5FESA 1XDMA 3MI6A 1GEQA 3G22A 3CLMA 4TO8A 5I3GA 3TDFA 3GAKA 2VEPA 2JKEA 3NPUA 2B0MA 1L2UA 3PBVA 1O60A 4X2RA 5DXYA 3O63A 4HNTA 5D2WA 4ZQNA 5CSSA 4CNPA 1VS1A 4K36A 4H3DA 4RJEA 5LSMA 2VELA 2ZRUA 3TAKA 4UTWC 5FF3A 3FOKA 2C1HA 4EIVA 3PWAA 3N3MA 3JR2A 3IGUA 1XBYA 3WK3A 2QCDA 5F4XA 3EKLA 4UFKA 3E96A 4E2BA 3W7CA 3HO8A 4NNBA 3KVJA 4JYEA 1T8XA 2QUVA 1EB3A 2ZA2A 4ZQRA 4UFJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4JYFA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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