4K36 | Genus

Total Genus 145

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	145
sequence length	391
structure length	381
Chain Sequence	PPLSLLIKPASSGCNLKCTYCFYHSLSDNVKSYGIMRDEVLESMVKRVLNEANGHCSFAFQGGEPTLAGLEFFEKLMELQRKHNYKNLKIYNSLQTNGTLIDESWAKFLSENKFLVGLSMDGPKEIHNLNRKDCCGLDTFSKVERAAELFKKYKVEFNILCVVTSNTARHVNKVYKYFKEKDFKFLQFINCLDPLYEEKGKYNYSLKPKDYTKFLKNLFDFWYEDFLNGNRVSIRYFDGLLETILLGKSSSCGMNGTCTCQFVVESDGSVYPCDFYVLDKWRLGNIQDMTMKELFETNKNHEFIKLSFKVHEECKKCKWFRLCKGGCRRCRDSKEDSALELNYYCQSYKEFFEYAFPRLINVANNIVDKLAAALEHHHHHH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Clostridium perfringens
publication title	X-ray structure of an AdoMet radical activase reveals an anaerobic solution for formylglycine posttranslational modification. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Anaerobic sulfatase-maturating enzyme
total genus	145
structure length	381
sequence length	391
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.8.98.-:
pdb deposition date	2013-04-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF04055	Radical_SAM	Radical SAM superfamily
A	PF13186	SPASM	Iron-sulfur cluster-binding domain
A	PF13353	Fer4_12	4Fe-4S single cluster domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4k36A00

3FA5A 1AL7A 3KRUA 3OA3A 4O57A 3HGRA 3OVRA 2DZTA 3LERA 3R89A 4N9BA 3LBCA 1EWEA 3LTSA 3W2UA 2ZTKA 2ABBA 5KINA 1WQ5A 4DF1A 1FDZA 3NR0A 2YYTA 4LT9A 1OFQA 2EKCA 2R14A 5AHIA 3KVMA 3QSRA 3CEPA 4BWLC 5K2ZA 1ICPA 5DBTA 3LCIA 3B06A 3D0CA 5U4NA 1EP2A 3Q37A 3M9YA 3STGA 5AC7A 4LY8A 4XQ6A 1JUEA 3TXZA 3NPUA 4GNJA 3EWWA 1IIHA 3W1TA 1SU5A 3W75A 4JX4A 4CNNA 3E0IA 3PBWA 4UFLA 3T4CA 4A2RA 3R8RA 4BI7A 4LC6A 3KVKA 4WY0F 4MOZA 1QOQA 1RQHA 1V7YA 4FB7A 3C4UA 3EWYA 3G1YA 1OYBA 3TUUA 3SFKA 1A53A 3EB2A 2AGKA 3NO5A 3GR8A 2CLKA 4O11A 3N9SA 4PCFA 3DKJA 1KLYA 1M7PA 3U2OA 2H3DA 1SO3A 3NA8A 4JDBA 4GUGA 1SSDA 3LBMA 3PC0A 5D05A 5FF3A 3BARA 2YFOA 4U28A 4DELA 2YR1A 2EF9A 4M6QA 3MMTA 1KFBA 4E2BA 3A5FA 2NX1A 4POCA 3NAVA 1L9WA 4PA8A 1FWWA 3C52A 3NGJA 1CW2A 2GPTA 3TJXA 4BI5A 1FUYA 1AW5A 3ELFA 3LCHA 3P81A 2FTPA 3FFSA 2ZZ5A 3BGGA 4FXRA 3PAJA 3PUDA 1L2UA 4NJIA 2CLMA 5G1TA 1F7BA 3E49A 4HSOA 2VFEA 1ZCOA 5I3FA 5LGZA 3W1LA 3NQDA 2QCDA 3EXSA 3SJ3A 2AQWA 4IMGA 1MEWA 2LLEA 3L5MA 1VQTA 4K8EA 2NXHA 4AF0B 1IXQA 4FNTA 3W7PA 1A5SA 3PY2A 4AH7A 3PM6A 3LDVA 5CZ0A 4DF0A 3QFEA 3NZRA 2CU0A 1XBZA 4JS3A 2CW6A 4N4PA 4ZL1A 3B0UX 1TPWA 1GTHA 4NX5A 1OG0A 3E9AA 3I7SA 1TPDA 4N02A 5AC6A 2O7SA 1EP3A 1WOAA 4MLJA 4GUHA 1WBHA 1YADA 4AWSA 4JEQA 1PIIA 3PSWA 2I1OA 2GJNA 5HMSA 4FXSA 4O13A 3DFOA 5EYWA 1ZY9A 1VCFA 4MPQA 3G1FA 3B03A 1FDYA 4RKAA 1PHQA 2ZYFA 1QO2A 1YLVA 1RPXA 2QR6A 3GIYA 5DY2A 7TIMA 3GB6A 3CTLA 2F84A 3W7DA 1X7FA 3F4NA 3HGJA 5D2VA 1QMLA 3V1PA 3H54A 1W0MA 2ZBTA 1SO6A 3N9RA 3P8JA 3NZ1A 3W88A 5D03A 1QR7A 4LV4A 2ZRUA 1VS1A 4AB4A 3BGJA 3M5ZA 3DH7A 3MI6A 1K3UA 3TQKA 5CSSA 5D30A 5HUOA 2Y63A 2Y70A 1AMKA 4M6PA 2JKEA 1PHWA 4TU1A 2ZZ6A 3SY5A 1DQXA 3VNDA 1XBYA 4TIMA 3STEA 3CPRA 5CZTA 1TSIA 5CPOA 5BRBA 3NEVA 4EOUA 2WNQA 3KXQA 2V2CA 1H7XA 4JTSA 2EPHA 8TIMA 3L0GA 1JCXA 2DZSA 3L2IA 1NSJA 3UWQA 3GXTA 1O95A 3GDKA 3P67A 1LRQA 1ME7A 3S6DA 4UMAA 3P84A 3L5AA 3BW4A 3BO9A 1EB3A 3A21A 3TA6A 4MZYA 3LI0A 1W5OA 1K03A 1ZALA 3QMRA 1KLZA 4CQ9A 1QWGA 5F4WA 3LXCA 1RV8A 3G22A 1VRDA 4TO8A 2DP3A 2J9ZA 4LV9A 3W1RA 1HTIA 1H7RA 2DZUA 3DFQA 2Z1BA 4IUOA 5DLCA 3LTYA 3P82A 2ZQ0A 3QC3A 1I2PA 2CZDA 4ICNA 2QCNA 2QCMA 3NL6A 4IOTA 3M47A 4J9JA 1L6YA 4IMFA 5HWJA 4ALDA 1SW0A 5C6MA 3LI1A 3W1UA 4JX6A 1WYIA 2A85A 3TQVA 1ME8A 1YXCA 1GVOA 2VENA 1GYNA 4N6EA 2FDSA 3LHVA 1I8JA 3DAQA 4HKPA 4Q33A 2YW4A 1H50A 3QJAA 3LOTA 4WXYA 1G4SA 2NV1A 3FYPA 1EA0A 1R2TA 1KM6A 4IQLA 3GK0A 4UCGA 2B7QA 3GDMA 4UTIA 2E6YA 2GQAA 4CLMA 1FCVA 4NJJA 2YPIA 1BTMA 1LROA 3RMJA 4PEKA 3W9ZA 5U7SA 4FIQA 4XWUA 1LRNA 2PRHA 2QAPA 4XKYA 1K8ZA 2NXGA 5FEPA 3DFTA 1OFPA 2OT1A 3HGOA 4OQVA 1FXPA 4LW7A 3M0ZA 4WJEA 2GJLA 5BNKA 1QAPA 4RR4A 1SW7A 4IMDA 2NWSA 4Y96A 5HR7A 3NQ2A 4RCXA 5F2MA 2OT0A 2J88A 1H63A 4GRSA 3CIWA 1EIXA 4ZQCA 3W7NA 1RQBA 3L9CA 2RHGA 3PBVA 3MBFA 3P61A 4DPQA 4AXKA 1A50A 4O1CA 2Y7FA 3QF0A 3EWZA 4A29A 2QCCA 5G2HA 4UTTA 4DO5A 3EKZA 1VCGA 1KA9F 2X1SA 1PE1A 3T7VA 1RQEA 3TE9A 1TPH1 1F05A 3LRKA 1PV8A 1SR9A 1JCYA 2V30A 1OFAA 1G4PA 3EWUA 4UTMA 2I9EA 4IMEA 4O53A 4JY8A 3W74A 4R7JA 3O6DA 3L21A 4NU7A 4NUWA 1ZAHA 1WBJA 3PR2A 4O1DA 3HB9A 1OYCA 5AHLA 5AN7A 4DXVA 1LBFA 2VFFA 2CLLA 3E02A 4ZQRA 2E09A 1L6SA 4O50A 1F74A 1I2NA 3N2XA 4HNTA 2NUXA 3W7OA 1YTEA 1FX6A 3UPBA 3MYPA 3N19B 3TSBA 3W2MA 4IX2A 4FX6M 2ATMA 3MHFA 2VFIA 4N9DA 1HO4A 1F6KA 1DL3A 2Y7DA 2A4AA 5AYXA 3STFA 4WUIA 1SFJA 5D02A 4JX5A 4QISA 1B9BA 1IXNA 3RLVA 1ZAIA 4YMZA 2R94A 4JY9A 3PB0A 2VC6A 3L67A 5D37A 1Z42A 1CI1A 3WJWA 2VEIA 3JRKA 3IEBA 4I7VA 1H7PA 4O16A 1OF8A 3TSMA 2FFCA 1TPUA 3SZ8A 3S5NA 1WXJA 4CCDA 3JR2A 1OJXA 1H61A 1VR6A 2C19A 3GYEA 4MVAA 5HINA 1D3HA 3EWXA 3C0JA 3IGUA 2DORA 2TSYA 1H7WA 5H91A 1N55A 1VYSX 2C16A 3W23A 5D04C 2XFWA 3QEZA 3QPYA 4UMCA 5CSRA 3C2EA 1K8XA 3ABRA 1TJPA 3RNDA 1B57A 2CLIA 3FYOA 5C5YA 4O10A 3B8DA 2Y89A 4G1KA 4UUIA 5AOUA 1KM1A 4CQ8A 3TROA 2NX9A 2A6LA 4O19A 1NAL1 3UNDA 4NZJA 2Y61A 4O54A 4ADTA 3W2KA 5FEXA 4ADUA 3NOEA 4L4MA 1FWRA 4BF9A 1PCKA 4K7YA 1VGAA 3NL2A 2QUTA 1JVNA 3EXTA 1C8VA 4MZ1A 4XBKA 5KZEA 2V5LA 4MY9A 5KMYA 1TPFA 3IIXA 2RH9A 3KHJA 1QPRA 2QCFA 3B0VC 5KTLA 2PRMA 5AFDA 3ABQA 1UUMA 4KFOA 4FO4A 3W70A 5I3IA 1Z44A 2G95A 4N6FA 5D09A 1I2QA 4GC4A 4AEOA 1SUXA 1T0OA 3BW3A 3LHUA 3TV8A 4UTWA 1OK6A 1XUZA 5DY3A 5KSWA 3MW7A 3NM3A 3AO0A 3EKLA 3IVSA 4Y90A 2Y88A 5KITA 3G0XA 5EBUA 3M6YA 3PG8A 3EX4A 4HIBA 4OBTA 4FHAA 1KV5A 1W1ZA 1JULA 3G8RA 3ATZA 4XZ9A 5TBOA 2EAWA 1OVDA 4ZVJA 1EP1A 5KZMA 4DF2A 4ORMA 1Q6QA 5F1VA 1GG1A 3BLFA 3G1DA 4YCPA 2VKZG 4HHPA 4E0CA 1AK5A 1RZMA 1SZGA 5FF0A 3USBA 1GVSA 3IIPA 3CM4A 3WFAA 5BW6A 2QDGA 2E1DA 4GBUA 4BR1A 1XDMA 3G24A 1GTEA 3L65A 4D2JA 1VPXA 2P1FA 3IVTA 1H62A 1R2SA 2CLEA 1FQ0A 3G0UA 2JK2A 3IVUA 4I7WA 4X9SA 3LM7A 4ZQOA 3GXPA 4ONVA 1TQJA 3N2MA 4AWUA 4GE8A 2V2HA 1TTPA 4MYXA 1GPWA 3QMSA 3FOKA 3OVQA 3WJZA 4PTNA 3TH6A 3IRDA 2CLFA 3C6CA 1Y0EA 4HNUA 1GEQA 1MEHA 1LYXA 1KBIA 3HGSA 1XXXA 3HBLA 1R46A 5T26A 3VKJA 4KFPA 4TR9A 1W5NA 1DORA 3O06A 3L5LA 1G7UA 3VCRA 3CWNA 1SO4A 5CZJA 4DQWA 2ZA2A 2R8WA 1LCOA 4NT0A 3BG9A 4H3DA 2RKXA 5AHFA 1WX0A 4CCCA 3SGZA 3CLMA 6TIMA 5IM51 2RDTA 3TQ0A 3ZWSA 2QAFA 4OT7A 1X1OA 3VFLA 3PSVA 5D2XA 3L0KA 2A5HA 3FS2A 4UTLA 1YXDA 3IIOA 3B05A 3LHWA 2Y6ZA 4LRSA 2FPTA 4Z1BA 4O4VA 2DZWA 5EKYA 4JXCA 1GQNA 1GYLA 4IWWA 1FY6A 2VXNA 5G2IA 1GZGA 4UC5A 1LOLA 4JTIA 4MFEA 3NDOA 1TRIA 5FI8A 2UV8G 3RFAA 2ZRXA 2V9DA 4RZ4A 1NF7A 4RV8A 1TPVA 5F4SA 3VI2A 5C54A 3B4UA 1LLZA 3BLEA 3QRHA 1DBTA 3ZWTA 1WV2A 1S5VA 3DU0A 3LV5A 2CLHA 5G5IA 3W22A 3W73A 1KFLA 4GUJA 4GXMA 1KBJA 1QFEA 2C18A 3C2FA 1QPQA 2FIQA 4QSHA 3C2VA 3S1UA 2BTMA 4M6VA 3LCLA 1ZENA 2X1TA 3T78A 1TO3A 5HR6A 2H6RA 4PL2A 3DHFA 4JYEA 3KFTA 1ADOA 2C1HA 3SIZA 4ZQPA 3NM1A 3DXIA 3GX9A 1SW3A 3ZFHA 1OX4A 3M16A 5AHEA 3W7KA 5IBXA 2HS6A 5EPDA 2CZEA 2Z6JA 2IQTA 1MZHA 1H5YA 2C13A 5FEZA 4AHOA 1TV5A 2YDAA 2ZA1A 3W76A 1VJIA 3TC6A 3KAOA 4MZ8A 3DKLA 4S2CA 4EF9A 1XI3A 3QMTA 5DELA 3WK2A 1YPIA 4K37A 1I2OA 5K9XA 1Z41A 3R2GA 3KOFA 4AMAA 1F76A 2NUYA 5DCBA 1YYAA 3UQNA 2Q3RA 1LTDA 1C9DA 3O63A 2QCDB 1KV8A 2WQPA 4TX9A 1TTJA 2Z6IA 4UTJA 5I3GA 1SZEA 4LTSA 3R12A 1TTQA 5CZSA 3KRZA 3TX9A 1HUVA 3UZ5A 4YXGA 3RU6A 1FDJA 3MWAA 5SWUA 3QQ0A 2H3BA 4M7SA 3H55A 3WK1A 1F6PA 3W1NA 2VEKA 5J5DA 4RXFA 2JKAA 2A1YA 4UFMA 5KZDA 1IF2A 3UWYA 2CZ5A 4FX7A 1JRBA 2GVLA 3W83A 5FF2A 1YXYA 1HL2A 4MYAA 3TNOA 3OHIA 1KW1A 1VYPX 4O1AA 1FWNA 1Q6OA 3PVFA 4ZMGA 4RX0A 1W3IA 1ZAJA 3Q94A 1JUKA 1ZJIA 1SFLA 4X3ZA 1W56A 3EX1A 5A8GA 3S9YA 5LNSA 2GQ9A 1P1XA 4K36A 2OZ0A 2VFHA 4JIPA 1TPC1 2OX1A 1QPNA 2Y62A 1OFRA 3F4WA 3NQGA 1CX9A 4U4MA 2GUUA 1EX5A 3JS3A 1KFCA 3S8HA 2A21A 4LS2A 2YFNA 3GNNA 4NZFA 4O17A 1S5WA 2A7NA 3GVGA 1MEIA 3NVTA 2QJGA 4JTUA 1O4UA 1G6CA 1KTCA 1XCFA 3UZJA 5LNUA 4Z08A 5TIMA 5D2TA 3W2LA 3GDLA 1H1ZA 3ABSA 3UY8A 4WY0A 1MXSA 3NQ8A 3TAKA 2J9YA 2ZFAA 1HO1A 2TYSA 5MHBA 3DI1A 1Q45A 4LUJA 4CNPA 1TCDA 3T40A 5LSMA 2JGYA 3MP4A 5LNWA 4LS0A 5CG7A 1TV7A 3PF3A 2A6NA 2NUWA 4K39A 3QSTA 5AC8A 2H8XA 3W71A 2A2IA 4LVAA 2FLIA 3P80A 2Y85A 3W7GA 3C2OA 2WPBA 3BW2A 4R53A 1JCJA 4PODA 1KM0A 4LU0A 1E51A 3CHVA 1I4NA 4K7VA 4PL1A 3SGUA 3UY7A 3W1XA 2WSQA 2ZRWA 4JYFA 1JCMP 2CWNA 3E12A 2VELA 3ZS4A 3BPWA 4NXKA 4H4IA 4YLWA 2E5DA 3A5VA 4XUGA 3UD6A 2TRSA 1TPB1 1LOSA 2YGYA 1GT8A 4MKNA 4N4QA 1JR1A 1LORA 4E38A 3Q2DA 3LCGA 1R2RA 3N14A 1KTBA 1SPQA 1FCBA 1N7KA 1DVJA 1UCWA 1G69A 1O94A 4I9AA 2F7FA 3G1XA 2OMAA 4A21A 1G4TA 1F5ZA 1GOXA 2G5WA 1F2JA 2QCGA 2YYUA 5F2LA 2PURA 3MI3A 2ISSA 3HOJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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