4K36 | Genus

Total Genus 145

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	145
sequence length	391
structure length	381
Chain Sequence	PPLSLLIKPASSGCNLKCTYCFYHSLSDNVKSYGIMRDEVLESMVKRVLNEANGHCSFAFQGGEPTLAGLEFFEKLMELQRKHNYKNLKIYNSLQTNGTLIDESWAKFLSENKFLVGLSMDGPKEIHNLNRKDCCGLDTFSKVERAAELFKKYKVEFNILCVVTSNTARHVNKVYKYFKEKDFKFLQFINCLDPLYEEKGKYNYSLKPKDYTKFLKNLFDFWYEDFLNGNRVSIRYFDGLLETILLGKSSSCGMNGTCTCQFVVESDGSVYPCDFYVLDKWRLGNIQDMTMKELFETNKNHEFIKLSFKVHEECKKCKWFRLCKGGCRRCRDSKEDSALELNYYCQSYKEFFEYAFPRLINVANNIVDKLAAALEHHHHHH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	X-ray structure of an AdoMet radical activase reveals an anaerobic solution for formylglycine posttranslational modification. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Anaerobic sulfatase-maturating enzyme
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Clostridium perfringens
total genus	145
structure length	381
sequence length	391
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.8.98.-:
pdb deposition date	2013-04-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF04055	Radical_SAM	Radical SAM superfamily
A	PF13186	SPASM	Iron-sulfur cluster-binding domain
A	PF13353	Fer4_12	4Fe-4S single cluster domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4k36A00

3FLUA 2A85A 3EX6A 3LXBA 4O4VA 1XFBA 2WQPA 3LCLA 1ZAIA 1TO3A 3NQVA 2C19A 4PA8A 3W7IA 1ME8A 3UWVA 1K03A 2BXVA 3C3NA 5EYWA 4X2RA 3NPUA 5K9XA 4AHOA 3ZS4A 3TKFA 3B06A 2P0OA 1Q45A 3GKAA 2ATSA 4YLWA 3W2LA 1YLVA 1KM6A 2PRHA 4C1LA 3NO5A 4JTIA 1XBYA 2ZA1A 2AGKA 2QUVA 2VELA 1LRTA 4UIOA 3TQ0A 2JKAA 2DJLA 4XQ6A 2B0MA 4HNNA 4GBUA 3QM3A 2CZEA 3OEXA 5G1YA 1HL2A 3E0IA 4NUWA 5AHFA 1O4UA 1Z48A 3AO0A 4WJEA 2VENA 2A0NA 1GTHA 1OFAA 3DENA 3QYQA 1IIGA 2CLOA 5CKSA 3P67A 2I9EA 1VCVA 4FNRA 4K7VA 3S6DA 3W83A 1QPNA 1X1OA 5BNKA 1VCFA 3LERA 3DFNA 2V82A 3USBA 3LTYA 1JCYA 3KVJA 5AN7A 3W2UA 4BR1A 3O1NA 2RHGA 2PE4A 4O54A 3P7YA 1WQ5A 3KAOA 1M6JA 3THQA 3W86A 3RFAA 1KFBA 2QJIA 3QRHA 3R8RA 3FIGA 2CW6A 5E1QA 3N19B 5DLCA 4MFEA 5CZTA 2R14A 3R89A 2VFDA 1F2JA 3IV3A 3G3MA 3NQMA 4K8HA 2VKZG 2GQ9A 4HSOA 3O8AA 4AAJA 3EX4A 1ZAHA 4UFJA 5TBOA 1TPUA 1CW2A 3TAOA 5DY3A 4ORIA 1H51A 3M41A 5TIMA 4M6PA 1VS1A 1KW1A 3L67A 3QH2A 1OVDA 1PV8A 3H55A 3W7RA 2ZQ0A 5CZSA 4CCCA 4XTIA 4LV4A 1EP2A 2GJNA 2NXGA 1KFLA 1F74A 1X1ZA 4IJBA 1KFKA 3P5ZA 1OYCA 4LTSA 2VXNA 3S0CA 5KMYA 1GTEA 1LOQA 1I2OA 4RR4A 3E96A 3L68A 1VH7A 4YCOA 3PUEA 1RVGA 2Y88A 1QO5A 4LT9A 2ALDA 4MOZA 3G3DA 1MEWA 3SR7A 4GUJA 1YADA 3QPZA 4FIRA 2OJPA 4RZ4A 2ZA3A 3W75A 3EX3A 3W3OA 4MKNA 4DF2A 2C13A 3IEBA 3UXAA 3NA8A 3LI0A 4ML9A 4EF9A 3TJLA 1WV2A 4HIBA 3G1AA 4BF9A 1H7RA 3NQ8A 4EVZA 2CLMA 4RXFA 2QCDA 3BG3A 4UMCA 3P8IA 5D2YA 2E5BA 3ATZA 3LHWA 1IXOA 1HG3A 4UMAA 3KRUA 1R2SA 3P81A 3NZRA 3T55A 3IGUA 4XKYB 4BI7A 1QPRA 4MIMA 5EMUA 3FFSA 4CCDA 3DBPA 3LCFA 2E6DA 3BG5A 5LNWA 4O19A 1SZNA 2RDUA 4DQWA 5G4WA 2PRLA 1OX4A 5G1TA 3IIOA 5HWMA 3CQ0A 4UCGA 1TPH1 4ZQNA 1H60A 1XBVA 4H4IA 3IIXA 4HHPA 1I2RA 2JK2A 5D03A 4GJ1A 5H91A 1SO4A 2Y7EA 4JX4A 4BI5A 1ZENA 4B5NA 1TYGA 4U4MA 1CX9A 2QCEA 4UTUA 2Y63A 4UTMA 1XI3A 4WOQA 5LNSA 3BGGA 3P84A 5CPOA 3DFTA 1A53A 3E12A 1UUOA 2H6RA 4RZ6A 1AG1O 1OK4A 3IVSA 3LI1A 4IXHA 1L6WA 5HJLA 1XC4A 3EWUA 3HG3A 5EBUA 3S1VA 3C6CA 2GOUA 5LHFA 1VPXA 1X7FA 4MY9A 1SR9A 3QPYA 4GUGA 3CPRA 1W8SA 1D3GA 3WJWA 1W5OA 1X8FA 2TRSA 1TTPA 4MJMA 3DZ1A 3F4WA 3NQDA 4UTHA 1SZGA 2R94A 4MFDA 3DFPA 2QCNA 3UNDA 1KLZA 3DI1A 3WJSA 3MW7A 4M6QA 3PUDA 1P0KA 3W70A 4NX0A 3B8DA 1QNVA 3F4NA 4O1DA 2NX9A 3LRMA 3RF9A 3N73A 1VHCA 3B4UA 1T0OA 3G1DA 2NLIA 3BLFA 2LLEA 5AC8A 5IM51 1O5XA 1O5KA 1VJIA 3W71A 4LVAA 4AHQA 4M6VA 3M5YA 2QCGA 4JTKA 1EUAA 2BWGA 5DCDA 3A24A 4NNBA 4UNKA 1OABA 1S5WA 2V2CA 5DN1A 3RLVA 3MYOA 4IMCA 4E0CA 3TX9A 1HO4A 1W3TA 5K4XA 5BOOA 3VCRA 3GAYA 5CZ0A 3IIZA 4OV9A 1HTIA 4UFLA 1OX6A 1TV7A 4MLJA 4ZVJA 5LZLA 5AHNA 3GDTA 3TFCA 3DI0A 1QDSA 2C6QA 1JCJA 1XM3A 3L65A 3N14A 2EPHA 3G1SA 5AHLA 3RNDA 1B9BA 3S42A 1NF7A 5C6MA 5J5DA 1Z44A 2J9ZA 1GG0A 4O0ZA 2QCFA 3TIMA 4G1KA 2FJKA 1OF8A 2X16A 1KBIA 4M7TA 3OIXA 5AC6A 3G18A 3W7NA 3PB0A 3GDLA 1KM0A 1W31A 1UJPA 3S8HA 3DFSA 3BK0A 8TIMA 4QNEA 3UWZA 3LCGA 1PS9A 3QW4B 3A22A 5K9CA 2A1YA 4DO4A 1OFBA 4NJGA 1OJXA 2AQWA 1DORA 3BLEA 4GUIA 1OFOA 2HSAA 2A4AA 3KVMA 1QWGA 1XUUA 4I7UA 4JTUA 4GFSA 1PHQA 2YFNA 1TTJA 3QMSA 4JTHA 1P0NA 1WBJA 5DELA 1VZWA 5K7JA 4GRSA 4AH7A 3D0CA 3HF3A 1G67A 1B57A 2A7PA 5F4WA 3W88A 4N9DA 2A6LA 1ME7A 3MO7A 3PAJA 4JTLA 1RV8A 3FKRA 2NWRA 3HGJA 4NNAA 4D2JA 1XKYA 2FFCA 5D04C 3HBLA 1VLIA 4UFKA 4XKYA 5LHEA 4N9CA 2B7NA 1VYPX 5FF0A 1FXQA 1JULA 3SY5A 2ZZ2A 5F4SA 3TSDA 1QR7A 2DORA 4A22A 5LGZA 4LNYA 5G4EA 1H7PA 2YSWA 5BRBA 3HG2A 1WOAA 2QCLA 1XDLA 1M7OA 4WY0F 4Z0SA 3M0ZA 2DZXA 2QEZA 4AF0B 1Q3NA 2ZRWA 2P10A 2YZRA 2E6FA 3EXTA 5F2IA 3THAA 2VEMA 2C3ZA 4FNQA 4AB4A 3CU2A 3GK0A 4KWVA 1AW1A 2VC6A 1SW0A 2CLHA 4UTJA 5KZEA 1EP1A 3W2MA 1R2RA 2C14A 2YGYA 1TTQA 2GVLA 3M6YA 1TPDA 3BW4A 2HMCA 4R33A 2QCHA 3SW6A 3E02A 4W9TA 5F2GA 4QM1A 1ZY9A 2BLEA 4AHPA 4N2YA 5LNVA 3S1XA 1QFEA 1YPFA 2D73A 2TPSA 1SUXA 2ZA2A 4S1FA 4O16A 4O28A 3TW6A 3L9CA 3U2OA 1GWJA 3LV5A 4WX2A 3MHFA 2H8XA 3BARA 3TSBA 1ZNNA 1PVNA 3S1WA 4DF1A 3HG5A 4DXVA 1JCNA 3H53A 4IWWA 5HINA 1FWTA 1AL7A 3PBVA 1LOLA 1PCKA 4S2BA 1F73A 1LYXA 3S9YA 1C29A 1P5BA 1SZFA 1LCOA 1WAUA 2ZZ5A 5HR7A 5CSRA 3HPXA 1K7EA 2FLIA 3TJXA 4JYEA 1YXYA 5HUPA 3NQEA 3C2FA 1R46A 4K36A 4NQ1A 5LGXA 3UPWA 3TE9A 1XBZA 2C0AA 2ZRZA 3C52A 1AW5A 1I8JA 1G4SA 1EUNA 3NQGA 4FX7A 1KV8A 3QEZA 3EXSA 4JTTA 2WSYA 3CEPA 4EWND 1J4EA 1WYIA 1L9WA 2Y85A 5CSSA 3IVUA 4NZFA 5GVJA 3CTLA 1MEIA 1TIMA 1TV5A 1K02A 3PR2A 4RZ5A 4UTKA 2FPTA 2VOMA 3ZWSA 6TIMA 4ZQPA 3DH7A 1BWKA 3PG9A 1L6YA 3DXIA 2QDGA 2Y7DA 2E6YA 4N9EA 4O18A 1G4TA 3CHVA 2V5BA 4RLIA 5I3KA 1TPFA 4UMBA 1JRCA 3A9IA 2Z6JA 2KZHA 4LVDA 1WX0A 4GC4A 2FPVA 5FF3A 2Y61A 1KM4A 4O17A 4LS0A 4AWTA 4RX0A 1W5MA 1WXJA 3C0JA 4UFIA 4HKPA 2WV8A 4CQ8A 5I3HA 1BKSA 2ZTJA 3T78A 1NF0A 1LRQA 1IXQA 1K8YA 4JIPA 2B7QA 2ABBA 3V1PA 3W7EA 5AYZA 4FXSA 1X6UA 2CZDA 3ABOA 3I68A 2ZZ3A 3FJ6A 4JNMA 5G2WA 3O63A 4C1KA 3L5LA 5DBTA 3TMLA 3H54A 4MZ8A 4DELA 1LOSA 2YR1A 4LUIA 3W1MA 3W7PA 4K7YA 1W5QA 3O6DA 3PB2A 1YDVA 3TUUA 3LXAA 4UFHA 1RR2A 1G69A 3T40A 2BX7A 1FCUA 3P74A 1RQHA 4O50A 3VI2A 3UZJA 4TMBA 1HFBA 1OYBA 2V0TA 2YX0A 1RZMA 4JX5A 4DPPA 5I3IA 2G96A 1VYSX 4JY9A 4J9JA 4FO4A 1PCWA 1A5SA 4PCFA 3A5VA 5CGQA 1DHPA 4YXGA 4IPIA 1FWNA 1F6KA 3M43A 3WK0A 3W7DA 5ABTA 4O0KA 1JR1A 3C2OA 4WOZA 1WDWA 2OMAA 1IGSA 2UV8G 5D2WA 3R13A 2Q8LA 1I2NA 1FCVA 1TSIA 2GVJA 2ZYFA 5EPDA 4DO5A 2WNZA 4ZQOA 1SQ7A 3W7OA 3C2EA 4O1BA 4LVBA 3BPWA 3PBWA 4WXZA 1XXXA 1TV8A 4ADUA 1KTNA 3MI3A 3UWYA 4AF0A 2Y7FA 4KFNA 3LHTA 1H5YA 4IGHA 3VKJA 1AK5A 5CZJA 1KFCA 1LRNA 2G97A 3UWUA 1WOBA 4DPQA 1OFQA 3MBFA 1R30A 3HGSA 4QITA 2XN0A 2G95A 3M5ZA 3OG3A 1SU5A 5D37A 2JGQA 3W74A 3B0UX 1A50A 4JS3A 1H7WA 2BZNA 1HO1A 1K8XA 3QF0A 3W7KA 1FWSA 1TPWA 4WQ6A 1G6CA 3DHFA 3LM7A 3MI2A 1H7XA 1R2TA 3NDOA 2HS6A 4HNTA 3VFLA 1OFEA 2E6AA 4XWUA 3LBCA 4UTWC 3E9AA 3DU0A 5D33A 2NWSA 1ICSA 4IX0A 2FB2A 1K7XA 3DHDA 2ZZ1A 1F6PA 1XDMA 5FEPA 2YXGA 5E93A 3NAVA 4O52A 3F1QA 3EX2A 3UY8A 3O06A 5EKYA 2H90A 1I2PA 3LCWA 1DQWA 2V9DA 4LRSA 2XFWA 3MP4A 4GXMA 4Y90A 5CPMA 5FEXA 5T26A 1EWDA 1H63A 3GIYA 4Z1DA 3NL5A 1W1ZA 2A7RA 1KA9F 1G7VA 2CZFA 2NZLA 5HUOA 4KKXA 3I7SA 1MZHA 1RPXA 5I3JA 2VEIA 2A21A 2VFEA 3NXFA 2ZZ6A 1JQVA 1QO2A 4ICNA 4Q33A 4WY0A 1EB3A 3STEA 3S1UA 4HSNA 2A2IA 3EKZA 1GYNA 4MUZA 4NX5A 4E38A 3W1AA 1YTDA 4IOTA 1RQEA 3LTSA 3L0GA 2TMDA 3M7WA 4QQ3A 5C54A 3ABRA 1DVJA 4MZYA 5DCBA 4S2CA 5AYYA 1DQXA 1FDJA 2V5LA 3MP3A 2DZVA 2VFIA 1LBMA 2V8ZA 1D9EA 1O60A 1GEQA 1M7PA 2NUWA 1UB3A 1QOPA 3O07A 1AW2A 3DAQA 2DJXA 3PC0A 3BVJA 4JTEA 1ZJIA 4RJEA 2YFOA 3GNNA 4BFAA 3SGUA 3W07A 1TPC1 1CI1A 3NR0A 4JYDA 4FEZA 3W7JA 1H7OA 4DO6A 4Y8FA 4TO8A 5FF7A 4WXYA 4CNNA 3DKJA 5BMXA 3ZR4A 5HQEA 5MHBA 3I6RA 3W7MA 3VE9A 3U6WA 1IXPA 1AL8A 3HMJG 2G5WA 2NV1A 3BO9A 1JUEA 4XZ9A 3EB2A 3GAKA 5CPNA 3W1TA 2H3BA 5LNRA 1OG0A 1FX6A 1TRIA 4QIUA 3C2RA 3LXCA 3JR2A 2FQIA 5AYXA 5EY5A 3NQ7A 3FA5A 4RV8A 1DOSA 2QAFA 3KX6A 3BV4A 4NT0A 1XCFA 3GXPA 3KVKA 4A29A 4K37A 1Q6RA 4Q4KA 5DY2A 1SFLA 3QW3A 3W1XA 1THFD 3S5YA 1KM5A 1S5VA 1C9DA 3GB6A 3P82A 3HGRA 3INPA 4IPJA 4PFMA 5AB3A 3K30A 4POCA 1T96A 3LRLA 4LC6A 4JGDA 4PL1A 4AWUA 2AAMA 4JTFA 1L2UA 3BG9A 4O11A 4R34A 3JRKA 3LLFA 1I2QA 4PC8A 5KSWA 5HULA 1D3HA 2WNNA 3E49A 3PF3A 1KM3A 4FX6M 1RD5A 4N4PA 2YCEA 4HT3A 2OT0A 2Y89A 3FYPA 4A21A 3TDFA 2OZ0A 1LBFA 4X3ZA 1DJQA 5EL1A 1FDZA 1F7BA 3C61A 3W7HA 2Q3OA 4FNUA 2ZZ7A 2JKEA 4BWLC 1LLWA 3LDVA 3OBKA 3LCHA 1YYAA 5FEZA 5G5IA 4WZHA 3GYEA 1UCWA 3W1UA 1IIHA 1U5JA 4OU1A 3NYZA 4OBTA 3A5FA 3I7RA 4ONVA 1KV5A 2E09A 3GVGA 1LM1A 4RK8A 1GG1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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