4K37A

Native ansmecpe with bound adomet
Total Genus 136
50100150200250300350020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
368
structure length
364
Chain Sequence
PLSLLIKPASSGCNLKCTYCFYHSLSVKSYGIMRDEVLESMVKRVLNEANGHCSFAFQGGEPTLAGLEFFEKLMELQRKHNYKNLKIYNSLQTNGTLIDESWAKFLSENKFLVGLSMDGPKEIHNLNRKDCCGLDTFSKVERAAELFKKYKVEFNILCVVTSNTARHVNKVYKYFKEKDFKFLQFINCLDPLYEEKGKYNYSLKPKDYTKFLKNLFDFWYEDFLNGNRVSIRYFDGLLETILLGKSSSCGMNGTCTCQFVVESDGSVYPCDFYVLDKWRLGNIQDMTMKELFETNKNHEFIKLSFKVHEECKKCKWFRLCKGGCRRCRDSKEDSALELNYYCQSYKEFFEYAFPRLINVANNIK
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (41-54)S1 (4-8)TIV7 (256-259)S2 (58-63)TI1 (9-12)TIV2 (26-33)EMPTYTIV1 (22-25)TII'1 (11-14)TI2 (19-22)S4 (118-122)AH4 (127-133)3H2 (282-284)S10 (287-288)TI3 (87-90)S3 (92-99)TIV3 (55-58)3H1 (68-71)AH2 (73-86)AH3 (106-115)AH5 (142-156)TI5 (136-139)S5 (160-166)S6 (188-193)TII1 (197-200)TII2 (201-204)AH6 (168-172)AH8 (211-231)AH13 (322-326)TI'1 (326-329)TI6 (205-208)AH9 (238-249)TII3 (254-257)AH11 (301-310)AH10 (294-299)TI7 (268-271)S8 (266-267)TIV8 (277-280)S9 (272-274)TI8 (276-279)3H3 (331-333)TI10 (289-292)TI9 (288-291)AH12 (315-319)TII4 (337-340)TIV4 (64-67)TI4 (101-104)S7 (236-237)AH7 (174-184)AH14 (347-369)TIV6 (255-258)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Clostridium perfringens
publication title X-ray structure of an AdoMet radical activase reveals an anaerobic solution for formylglycine posttranslational modification.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Anaerobic sulfatase-maturating enzyme
total genus 136
structure length 364
sequence length 368
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.98.-:
pdb deposition date 2013-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF13186 SPASM Iron-sulfur cluster-binding domain
A PF13353 Fer4_12 4Fe-4S single cluster domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4k37A00
3LV5A 1S5WA 3RMJA 3P62A 5BRBA 4GUIA 3KRZA 2HS6A 1Y0EA 4KWWA 3C2EA 3TDFA 2VXNA 4IXXA 3EKZA 4MZYA 5HINA 1Z48A 3M5YA 3OVQA 3W7JA 1AL8A 1VH7A 4ZQOA 2QAFA 4TMCA 3W7HA 3EB2A 1W5MA 2WOQA 4IPJA 3QPZA 4LUIA 3G0SA 3S1VA 2E5BA 4NQ1A 3GK0A 4N9CA 1PS9A 3T4CA 1KM0A 3R8RA 1XBYA 2B4GA 1YXDA 4MOZA 3GAYA 1TPDA 4IOTA 1I8JA 3W1MA 3QH2A 3QJAA 5A5WA 6ALDA 5F1UA 3TXZA 1JUEA 4EWND 1LRTA 1LOLA 4Y9AA 4RKAA 3O6CA 1Q6OA 3W2JA 1FCUA 2X16A 2Y89A 3NQDA 1H62A 1TB3A 3TR2A 2O7SA 3QW4B 1U83A 2CWNA 1VCGA 1IXNA 2ZQ0A 5AHLA 3C52A 5MHBA 5HR6A 2QCFA 4LC6A 1KTCA 1RQHA 3G1SA 4K8HA 2GPTA 1I2QA 3TMQA 1OFBA 4Z0JA 3W7CA 4UTIA 2GOUA 3A5FA 1P0NA 1S5VA 3PG8A 1S5TA 2J6XA 1VYSX 1W54A 3SGZA 1OFOA 4UR7A 3TSMA 1KLYA 4PH6A 4NVTA 1F74A 3HGSA 1AK5A 3FOKA 5EKYA 2DJLA 3EWYA 4FX7A 3GIYA 4IQLA 3G3MA 2YPIA 2OMAA 1SR9A 3TIMA 5DN1A 3M41A 1ZCOA 1F7BA 1KM6A 3TAKA 3UXAA 1WQ5A 3CT7A 1FXPA 3O07A 3W2UA 3LOTA 2ISSA 2QUVA 3A24A 3NPUA 3LDVA 4H4IA 1WDWA 3ANYA 3HGRA 2W0UA 1T99A 1G7VA 1H7RA 2NX3A 1X1OA 4IMEA 3OVPA 4MZ1A 1I45A 3PWAA 4JTGA 1BKSA 3HQ1A 5D2TA 3DZ1A 4AAJA 2C1HA 1UBSA 4XUGA 4AHOA 1KM4A 3KXQA 1H60A 3F4WA 1W1ZA 1YTKA 3OA3A 4AWTA 2P10A 3M16A 4GUHA 3PUDA 4R53A 4C1LA 3PUEA 1KBJA 1UJPA 2AAMA 3W07A 5DY2A 3W84A 2NWSA 5CSRA 3N73A 2Z0IA 4LVDA 5FF2A 5H91A 5I3KA 3CM4A 2H8XA 1WOAA 3EEGA 1OK4A 3EXRA 2DZWA 4LY8A 1Z44A 4DQWA 2W6RA 3ATZA 3GYEA 5CZSA 4ZQRA 3HO8A 1R47A 3BGJA 2FQIA 3P61A 2TMDA 2A4AA 5I3IA 1SW3A 4WX2A 2I14A 1VYRA 3SW6A 3W7LA 2ZA2A 4RR4A 1XFBA 3NL2A 3LCLA 2Y85A 3NQEA 5K9XA 2G95A 1IGSA 1JCYA 2R94A 3FIGA 2BLEA 4ZQPA 3P8IA 4DEFA 1QAPA 1G4PA 3C6CA 3BLIA 1L6WA 1H7WA 2X1SA 3KVKA 2VFDA 1CX9A 2QKFA 1ICPA 4AF0B 3FLUA 3C2OA 3JR2A 4WY0A 4O10A 3W2MA 1IXQA 2Y88A 3LXAA 3TSDA 1N8FA 2Z2UA 4PCFA 5DBUA 4WOQA 1QPOA 1TPVA 4FNUA 4I7WA 1NSJA 3S42A 2ABAA 3ABSA 1P5BA 1G69A 5LNWA 4UTHA 3R13A 2A7PA 2ZA3A 3C0JA 4UNLA 3UWVA 3L21A 1OFEA 5DBTA 5I3HA 1QCWA 4N9BA 1FCVA 1Z42A 4TX9A 3JRKA 2BWGA 1L6SA 2J9XA 4R34A 1M6JA 5AYZA 3BG5A 3WK3A 3CIXA 5U7SA 1NEYA 4BF9A 1BWKA 1GVQA 1ZAIA 1W31A 4Y96A 3SR7A 5LNUA 4JIQA 1FQ0A 2CZFA 2R8WA 1H1ZA 1QR7A 4JTFA 4DBDA 2VFFA 3MWAA 5G2IA 3LCWA 3G18A 5HUPA 4QJ1A 1O60A 5HWJA 3W22A 1FUYA 1M5WA 1CI1A 2A7RA 2E5DA 1JUBA 4Z1CA 4JXCA 4FF7A 3PBUA 4AXKA 1ZNNA 3HMJG 5FEWA 4FIRA 1VLIA 1EWDA 4JDYA 3MBDA 1A5SA 3NQ2A 2HSAA 2V9DA 3CTLA 1FWTA 3SFKA 1OVDA 2PE4A 4O4WA 4A22A 2VOMA 4JYEA 5LGXA 2GJLA 2DZVA 4NUWA 3GDKA 3TXVA 4O50A 1GT8A 4A21A 1GJPA 1NF0A 4ZL1A 3NL6A 3PBVA 4K8EA 4PEKA 2J9ZA 3OBKA 2Z6IA 5AYYA 1LCOA 4ML9A 2R14A 3MI2A 4MLJA 4OWGA 1FWRA 1AG1O 3MP3A 4K6AA 3CHVA 1PCKA 2YYTA 3EWZA 4FXRA 2E6DA 1OFQA 1MSSA 3QC3A 4O18A 1RQBA 4DXVA 3P80A 3DENA 4K39A 1SPQA 4HPJA 2Q3OA 2CLFA 3WK1A 1GQNA 2Y7DA 5AYXA 2LLEA 1RVGA 3STCA 4ADUA 1L2UA 2B7NA 3EX6A 3GDMA 4JTJA 2V5LA 3TUUA 1ONRA 1D3HA 3G3DA 5ABTA 3HOJA 3NXFA 4M6PA 5FF7A 2DJXA 4FX6M 3VKJA 3PS7A 4MIMA 2QUTA 2QJGA 1RV8A 1F05A 2YW3A 3C2FA 5KINA 3F1QA 3MHFA 1O4UA 1MZHA 3MJYA 3MP4A 2YXGA 3TE9A 1TPC1 4ADTA 3P81A 4JDBA 5DY3A 4QAIA 1ZAHA 2NLIA 2GQAA 1G4TA 4S2BA 4IMGA 5AHNA 1W3TA 3S9YA 2C18A 1TQJA 3NPVA 1LRQA 4TIMA 2A6NA 3DU0A 4IGHA 1B57A 3OG3A 3LI1A 1ZENA 3QEZA 4N9EA 5DCEA 3ZWTA 4UTMA 5D2VA 5AC6A 1P0KA 4DO6A 5LNVA 1FX6A 1Q6QA 1Q45A 3PR2A 1OG0A 4ZZ9A 1H7OA 1FDZA 5F2MA 4IMDA 1DORA 3CQ0A 3W73A 3FS2A 5F4XA 1KFLA 3PBWA 5E93A 3LGEA 1TREA 3W72A 5HWMA 4GWEA 1WBHA 5K3VA 1I2OA 4NJKA 4EF9A 3HG2A 2TRSA 3Q58A 3DBPA 3IIPA 2NUXA 3UPWA 3UPBA 3NQFA 3QQ0A 3T78A 3W2NA 3MBFA 3STFA 2G5WA 3W7IA 1SQ7A 1EUAA 3NYZA 2J88A 3PF3A 1QPRA 3MHGA 5J5RA 2ALDA 4MPQA 2A21A 1XL9A 5K4XA 3BG3A 3KRUA 3NPXA 1XC4A 3MP5A 3N14A 5DCBA 1O95A 3RFAA 3A23A 1JQXA 1W5QA 4YLWA 5DXXA 2NZLA 1K02A 5KTLA 1QFEA 3QSRA 2P1FA 4RV8A 1WBJA 5CGQA 3S0CA 1F5ZA 4N6FA 4HNNA 3I65A 3L67A 3SY5A 1TQXA 1YPFA 2EPHA 4RZ5A 1QO2A 3O6YX 5D02A 1C29A 1E51A 1GVOA 4AEOA 3AJXA 3QF0A 1KTNA 4O53A 1JCNA 4WJEA 1UB3A 4QQ3A 6TIMA 2ZFAA 1WYIA 5HR7A 1HUVA 2E6AA 4X2RA 1KM2A 3TW7A 1TTQA 1EIXA 3N2MA 4UFLA 1X6UA 3BLEA 1R30A 2JKAA 3W7OA 2E77A 3DFQA 1SW0A 4ICNA 4IPIA 1ME8A 5U4NA 3GAKA 2CLIA 3I6RA 3B4UA 4ORIA 1T8XA 1D9EA 2VENA 3L65A 5J5DA 3NQMA 4YCOA 1ADOA 2FB2A 3FJ6A 3LHVA 3HG4A 1RPXA 4LU0A 3GDTA 4Q4KA 1SFLA 3W74A 4AMAA 4E2DA 3W7RA 2WSYA 1YTEA 3QYQA 3L5MA 1YDNA 3NR0A 1EWEA 2E1DA 2CLEA 4KKXA 1LRNA 2QCNA 4MY1A 4O1CA 2RHGA 1KFBA 4UTJA 1SO3A 2FPYA 2WJZA 1EPXA 3W7MA 4JX4A 4O1BA 2CZ5A 3GXNA 4AB4A 4E2BA 4O0KA 3R2GA 3DH7A 4K36A 1SUXA 4GUFA 3BW2A 2A85A 4GJ1A 1SO5A 3PULA 1V5XA 3DGRA 2VFIA 2H3DA 3GNNA 1GTHA 1VRDA 1ZY9A 2Y62A 3BW3A 4UTWA 3W7GA 2DZXA 4R33A 1HFBA 3W71A 4BWLA 5C55A 4I7VA 1QPQA 3P84A 2ABBA 3NQ7A 1EP1A 5DXYA 4IMFA 4CCCA 4JYFA 3DFSA 1BEUA 2DZUA 3B04A 1FXQA 4NX5A 3DFPA 4PFMA 1FWWA 1J2WA 3DFOA 3E96A 3TCEA 4BI5A 1KW1A 3CLMA 3H55A 4RZ4A 2NV1A 2ISVA 2ZRUA 5CKSA 1XUZA 3G8RA 4X9SA 2YSWA 4LS0A 2Y6ZA 3C8FA 1C8VA 4LVGA 2C0AA 4Z08A 2ZTKA 4NNBA 2GJNA 2PURA 3WK2A 2NXIA 5AHMA 2FLIA 2EAWA 3HPSA 3QMRA 2YDAA 4JN6A 2X1TA 1UASA 4NJHA 4ZQNA 3B0UX 2QUUA 4CNOA 1TYGA 4A2RA 1ALDA 1B4EA 1GTEA 1DQWA 3LXCA 1WV2A 3YPIA 1LZOA 1ICSA 1KM3A 3NGJA 4LT9A 3R5EA 3W2LA 4Z1DA 1UUOA 4FEZA 4NXSA 4PL2A 1XI3A 2FFCA 4O12A 2ZRZA 5I3JA 3IIZA 3G1YA 4GRSA 1JVNA 5D33A 4FHAA 4NNAA 3R89A 1I2PA 3F4NA 2OCZA 4HT3A 1HO1A 1OYCA 2P0OA 1XCFA 2O7QA 4EOUA 2JKPA 4QSHA 3DI1A 3W87A 5BW6A 3W7EA 3T44A 4O4VA 3E12A 1R2RA 3KX6A 3LBCA 1OK6A 2ZDRA 4M5PA 1GG0A 1Z41A 3MHUA 3CEUA 3LLDA 1PV8A 4LV9A 1G67A 4IX0A 1LP6A 5DLCA 4CCDA 4P61A 4DELA 3NVTA 3S8HA 5EL1A 3WJZA 4MFEA 4WY0F 3DXIA 2QF7A 4O52A 2OT0A 2C15A 5CZTA 3WJSA 2GUUA 3SZ8A 4DPPA 3HJZA 2J24A 3NEVA 1GVSA 1CW2A 1A5AA 4RXFA 2XN0A 1YLVA 1GVFA 5K9DA 3PUOA 1XXXA 3OVRA 3LCHA 3LRKA 3SIZA 4HNVA 3FKKA 5G1TA 3MI6A 2PC4A 3LCXA 3UZ5A 3RLVA 3W1AA 3N9RA 4HSNA 1KFCA 1A50A 4CQ8A 3TROA 1F6KA 4AH7A 4RLIA 5D30A 1SZGA 3S5NA 4RZ6A 2R91A 1J5TA 2WNNA 3G1XA 3M5ZA 4O0ZA 3PVFA 1OYBA 5HQEA 2HTMA 1DHPA 1ME9A 5DELA 2Y63A 1KM1A 1IXPA 2QR6A 3TJLA 1KM5A 1K7FA 5EMUA 2EKCA 3HF3A 5AC8A 3FYPA 1MXSA 1OF8A 1QWGA 5EA9A 3V75A 5L6UA 2CW6A 3IGSA 2CLMA 3GNDA 4YXGA 3M1ZA 1FDYA 4DO4A 2BXVA 2CLOA 1NF7A 4E38A 4JTTA 3RK8A 2NUYA 3BPWA 4B5NA 1SZFA 3L0GA 3G1AA 1VGAA 4UIOA 4U28A 2QCLA 2Y7FA 1VJIA 5HNRA 3ABQA 4A2SA 4AWSA 2NXGA 4KFPA 2FPTA 2G96A 3NNTA 5AHIA 3QM3A 3STGA 2NXHA 3BO9A 1W5PA 4LVBA 5GVJA 2ZZ7A 1SW7A 1GG1A 2JK2A 2VFEA 3EXTA 4UTTC 5BMWA 4M19A 4FX8A 2H3BA 2CZEA 1P1XA 3PC0A 4XZ9A 3TW6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3NG3 A;  4K7Y A;  3T40 A;  4CCE A;  1OJX A;  5D37 A;  4NXK A;  3EKL A;  1OAB A;  3IVS A;  3CIW A;  2JGY A;  1TSI A;  4TO8 A;  1UUM A;  4QNW A;  1K8X A;  3HPZ A;  2DU2 A;  4UMA A;  2EGZ A;  5LNS A;  3LM7 A;  1TV8 A;  4ALD A;  2RFG A;  1XDL A;  4MZ8 A;  4ZQM A;  3EWU A;  4HHP A;  4JTI A;  3E0I A;  3KHJ A;  4G1K A;  1YDV A;  3CEP A;  4UUI A;  5AB3 A;  4BI6 A;  1QDS A;  3B03 A;  3NA8 A;  3N9S A;  1K03 A;  1AMK A;  4UFH A;  3UZJ A;  3L66 A;  4JX5 A;  4NU7 A;  3E02 A;  4GXM A;  1FBA A;  1RD5 A;  3DAQ A;  1GVR A;  5CZJ A;  4FO4 A;  3W76 A;  1YTD A;  3HG5 A;  1O5K A;  3L5L A;  3SI9 A;  1H1Y A;  3EWX A;  4LC8 A;  1H50 A;  4UMB A;  5K4Z A;  1LOS A;  4GUJ A;  1P4C A;  3P74 A;  4MY8 A;  2FDS A;  4Z1B A;  3VCR A;  5C6M A;  3G8E A;  2F7F A;  1N55 A;  5DCD A;  4IXH A;  3RND A;  3CU2 A;  3IVU A;  1DQX A;  3TSB A;  4WY0 B;  3W83 A;  3LCF A;  1TTI A;  1OYA A;  1IIH A;  4EF8 A;  4UMC A;  3W1U A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2HPI A;  3MQT A;  1TSI A;  2JIE A;  1MMF A;  1C9W A;  4YJ5 A;  1MVY A;  1GQK A;  1Q2R A;  4WCJ A;  4LGX A;  3EWU A;  4PMR A;  4LXF A;  1EXB A;  1U30 A;  4US6 A;  1W3J A;  3ZMR A;  5AB3 A;  1OWQ A;  3NA8 A;  3SIM A;  1JAE A;  4IPL A;  1AMK A;  3UZJ A;  3L66 A;  3MVI A;  2J79 A;  4GAC A;  4QDW A;  1OSE A;  1O5Q A;  3ARP A;  3DAQ A;  2C7F A;  5CZJ A;  4FO4 A;  3W76 A;  1S2W A;  3L5L A;  3IAR A;  2DZB A;  1E73 M;  2J7G A;  4MGG A;  4Z1B A;  2HPM A;  3G8E A;  3L4U A;  2GJR A;  4YTS A;  1Q6D A;  2OZT A;  2CKR A;  4L61 A;  4GFI A;  3RN6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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