4K38A

Native ansmecpe with bound adomet and kp18cys peptide
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
369
structure length
369
Chain Sequence
PPLSLLIKPASSGCNLKCTYCFYHSLSDNRNVKSYGIMRDEVLESMVKRVLNEANGHCSFAFQGGEPTLAGLEFFEKLMELQRKHNYKNLKIYNSLQTNGTLIDESWAKFLSENKFLVGLSMDGPKEIHNLNRKDCCGLDTFSKVERAAELFKKYKVEFNILCVVTSNTARHVNKVYKYFKEKDFKFLQFINCLDPLYEEKGKYNYSLKPKDYTKFLKNLFDFWYEDFLNGNRVSIRYFDGLLETILLGKSSSCGMNGTCTCQFVVESDGSVYPCDFYVLDKWRLGNIQDMTMKELFETNKNHEFIKLSFKVHEECKKCKWFRLCKGGCRRCRDSKEDSALELNYYCQSYKEFFEYAFPRLINVANNIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of an AdoMet radical activase reveals an anaerobic solution for formylglycine posttranslational modification.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Anaerobic sulfatase-maturating enzyme
molecule tags Oxidoreductase
source organism Clostridium perfringens
total genus 135
structure length 369
sequence length 369
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.98.-:
pdb deposition date 2013-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF13186 SPASM Iron-sulfur cluster-binding domain
A PF13353 Fer4_12 4Fe-4S single cluster domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4k38A00
3WJWA 4MJMA 5CZ0A 3PUEA 4XQ6A 2GPTA 3GR8A 1Q6OA 4AH7A 1H1YA 2V0TA 3LGEA 4GUIA 4NT0A 3VNDA 5DLCA 3DFNA 3MMTA 4A29A 4Y90A 1H7NA 1R46A 2ISWA 2A5HA 5BW6A 1KFBA 1OYAA 3HOJA 3BPWA 4ZQMA 3EXTA 1GG0A 4UR7A 5EMUA 3MYPA 2RHGA 2A6NA 1LM1A 5D2XA 4DO5A 2BX7A 4IXHA 3NZ1A 2CLKA 5CSRA 1ZAIA 2WNNA 1XDLA 2V2HA 4HT3A 2RDWA 1ME9A 3T44A 3GB6A 3S5OA 1K8XA 3IIZA 1OFDA 4NNCA 1I45A 5FEPA 1I2NA 3LCXA 2CLIA 4FNPA 3QEZA 4MIMA 4NJKA 4DXVA 3QW3A 1EX5A 1OX4B 5DY3A 3R5EA 3KX6A 5LGXA 3IIPA 5G2HA 2PRHA 5K9XA 4JTIA 2E6AA 4N6FA 1W3TA 1UUMA 3W87A 3IIOA 4O57A 1F6PA 4H4IA 5FEXA 1XBZA 1K03A 1LBLA 4UFJA 4BI7A 3TCEA 5AYXA 3M41A 1HL2A 2NV2A 2Y7EA 3F4NA 3N2XA 5G1YA 5CGQA 2Z6IA 4WXYA 4IMGA 1B3OA 3T4CA 1K8YA 4EF9A 3OVPA 1WV2A 1W5PA 3TE9A 3QYQA 4O16A 4N9EA 3TQ0A 3LRKA 3CLMA 2V82A 3M9YA 4XUGA 3G1VA 4CNNA 1TCDA 3G0SA 4R53A 5D38A 3Q58A 1ME8A 3QFEA 4S2CA 1VH7A 1KA9F 4OV9A 4Q4KA 2A85A 4XTDA 5HINA 4CCCA 7TIMA 2RFGA 4WXZA 4WUIA 1RD5A 2A1YA 3C61A 3EWWA 3TAKA 2E68A 4JTHA 4UTHA 5IBXC 3W7MA 4EWND 2GVGA 4NZJA 4JX6A 1GZGA 1EP2A 1R47A 2X1TA 3INPA 5AOUA 3LHZA 4O52A 4ADTA 3PR2A 1W5NA 1F7BA 4JGDA 2ZYFA 4L4MA 1YTKA 4I7VA 3PVFA 4JTLA 3W7RA 3GLCA 5T26A 3E02A 4IUOA 1ADOA 4ONVA 3W86A 5LNUA 4KFNA 3I6RA 4IPIA 5G5IA 4X2RA 1AW2A 1BKSA 3V75A 1A5BA 1W3NA 4M6VA 2E5DA 5AN7A 1I4NA 1V5XA 2OZ0A 4DBEA 1QWGA 3BV4A 3N73A 4MVAA 3U6WA 4HKPA 1RZMA 2ZFAA 5HWMA 2V81A 2BLEA 1IIGA 4Y96A 4FB7A 1IGSA 3N34A 3TXVA 1XM3A 3EX4A 1DJQA 5EYWA 4UTIA 2NUXA 1T8XA 2WQPA 3FA5A 1L9WA 2DZPA 2XN2A 1KV8A 1MEIA 2V30A 3W7OA 1XC4A 3G1YA 1SO3A 4JY9A 1OFAA 3L0GA 4ZZ9A 3N2MA 4UTKA 1C8VA 1D3GA 1SO4A 3PC0A 1A5SA 2O7QA 2X16A 2E6DA 1TTPA 3L68A 3W84A 3P82A 3UWWA 3DKLA 3C56A 4NQ1A 3QJAA 2FB2A 3B0UX 3QMSA 3GKFA 3KRZA 5DCBA 3LV6A 3UPWA 3W2JA 2WSYA 3TUUA 4XTIA 5DXXA 2CZEA 2WOQA 2DZSA 5F2MA 3IVSA 2ZDRA 1A5CA 2LLEA 2A6LA 3NL2A 1Q45A 3MO7A 4XKYB 1YLVA 2W79A 4AWTA 3H55A 1SR9A 1ZNNA 1SSDA 1WQ5A 3OEXA 1LROA 1Z42A 2YDAA 1A50A 1ICQA 2NWRA 4LT9A 3I65A 3GKAA 3ZWSA 4BI5A 4DF1A 4E2BA 3S8HA 3FEMA 5FESA 5K9DA 5D30A 2FFCA 3G1AA 4HNUA 3CT7A 1KBIA 3BK0A 1VYPX 1KM3A 2Y89A 4AF0B 4UTTA 3W7HA 1EUAA 3NQAA 5TBOA 3LRMA 4LV9A 3O07A 4JIQA 4UR8A 1PIIA 1IXNA 5HJLA 1CI1A 2I14A 5A8GA 4CNOA 5KINA 1I8JA 1JQVA 2NUYA 2ZZ3A 1W56A 5D02A 4FIQA 4LNYA 4MY9A 1OABA 4EOUA 2GQ8A 3W1QA 3ZR4A 2ZZ4A 4FNSA 4JNMA 3TV8A 1NF0A 1B4EA 2ATSA 2WPBA 3C6CA 5L9FA 1W3IA 3M5ZA 1JRBA 1KFJA 5KZEA 2H3BA 3PBUA 1LZOA 2OT0A 1MZHA 3FKKA 1SFLA 3NAVA 3VE9A 3L5LA 1X1OA 3GDTA 3DXIA 2Y88A 4EVZA 2EKCA 1ME7A 1P5BA 3L65A 3FJLA 1LOSA 4QITA 4QM1A 1IXOA 4BR1A 3NQGA 3ANYA 1GPWA 3OBKA 4LRTA 1OYBA 4JR5A 5FF3A 3EX3A 4IMEA 3W74A 3PB0A 1OHLA 5BRBA 3C8FA 3UQNA 4WZHA 4MKNA 3LTSA 1K3UA 3UD6A 2JKAA 1FCQA 2GUUA 3UWQA 5F2IA 1DBTA 2ZZ6A 3HGJA 1LBMA 4TMCA 3IGUA 1JQXA 3QRHA 4ALDA 3IV3A 4O12A 2VKZG 3STFA 3MI2A 3W1TA 1XBVA 3TC7A 5AHIA 3MHFA 4LVGA 1H50A 2DJXA 1LOLA 3C3NA 4O50A 2OMAA 2H8XA 3W7JA 4MOZA 4RZ4A 1OFPA 4RZ5A 5TQLA 3TDFA 5I3KA 3LHWA 3CB8A 2C14A 3W7IA 1OX5A 1G69A 1PS9A 1JRCA 3DFTA 1RQBA 3CC1A 1YDOA 3T40A 5KMYA 1DQXA 2DORA 3CEUA 4KFPA 5D2TA 2FPTA 3W7NA 3HBLA 1K7EA 5KZDA 3F03K 3KVKA 4JYEA 1XCFA 2CW6A 5EY5A 3V1PA 3KFTA 4GXMA 4O19A 1H5YA 2V8ZA 3KHJA 3NGJA 3SW6A 4IMFA 4TU1A 2BZNA 3NQEA 3QZEA 3FYOA 5AB3A 2PRLA 1J4EA 3L5AA 3S6DA 1UASA 3TA6A 3EWXA 1JCNA 3G3MA 2Q8ZA 2NXGA 4HPXA 4JICA 4AHQA 3UWUA 5C55A 2VFFA 3W75A 2YFNA 4LUIA 3W3OA 2I9EA 5J5RA 3EWYA 4NJJA 3O6DA 5F2GA 3LXBA 2OJPA 2GJLA 3TJXA 1OFBA 4LTSA 1PCWA 1YXDA 4RX0A 2E6FA 4U28A 1Q6RA 1O4UA 3G3DA 3NL6A 3NQVA 1YPFA 1JUEA 3QMTA 4GUGA 3TSDA 1JUKA 5HMSA 2YZRA 1ZCOA 3IEBA 4PL2A 5D37A 4WY0B 1XBYA 3SY5A 3CWOX 3FYPA 2V9DA 4FX6M 4ZVJA 5LNVA 4M7TA 3K30A 3SIZA 4UMAA 1JUBA 2G96A 2Z0IA 1FWSA 1VLWA 3GIYA 1P1XA 3W1AA 3M5VA 2ZRZA 2CLMA 1VCFA 1DVJA 3W7CA 4IGHA 3W2NA 3O06A 3NG3A 2YPIA 2CZFA 3MP3A 1S3HA 3B8DA 3AJXA 4R34A 1N55A 2Z1BA 3W6YA 1GT8A 2DU2A 4ADSA 5C2XA 4IOTA 2YW3A 2AGKA 4A2RA 3DAQA 4FNTA 2QUTA 5U7SA 1TTQA 2Q3RA 4OU1A 4QIUA 5DELA 1T0OA 3LXAA 1F6KA 3LM7A 3MHUA 3VKJA 1TQJA 1NAL1 3PUDA 4HNNA 4ZQRA 4BF9A 3O05A 5CZSA 5D33A 1VJIA 5FI8A 3U2OA 1JR1A 1OX6A 3LLDA 4O18A 1NSJA 2B4GA 3LHYA 3WFAA 4X3ZA 2FPYA 4K39A 3JR2A 1DHPA 4IXXA 5ABTA 3P7YA 3A23A 3P62A 1W37A 3LV5A 1GYNA 3CIWA 2CLOA 3SJ3A 3MHGA 1X1ZA 3R2GA 1QOPA 4WD0A 4E38A 1LLZA 4K6AA 1VCGA 1KTBA 3G1DA 2NV1A 3R12A 3S1XA 4XWUA 1ICSA 2VEMA 5G1TA 2PRMA 1KLYA 2Y7GA 1SUXA 4JTEA 3TMQA 4KFOA 2Q8LA 1TRIA 1KM4A 3EKLA 3JRKA 4RJEA 3M0ZA 4GNJA 1PE1A 2V5LA 5EPDA 2HS6A 1RVGA 1LOQA 4KWWA 3O8AA 2J9YA 1G6CA 3LTPA 1D9EA 2J24A 3DI0A 1KTNA 3CM4A 5A5WA 1VHNA 3GX9A 3W7GA 3BO9A 5SWUA 1R2RA 3C0JA 2QF7A 1TPFA 1AMKA 1W0MA 3MP5A 1NEYA 3TKFA 1EP3A 1EWEA 3RLUA 4DPQA 1MEHA 1M5WA 3C2EA 1TJPA 5LNWA 2QDGA 4C1LA 1DV7A 3IVTA 2E6YA 3EEGA 3ABSA 1ZENA 3D0CA 3BLIA 4CLMA 5F1UA 2B0MA 4WQ6A 1LORA 2C15A 3TR2A 3M16A 3UPBA 1XDMA 2DP3A 2VOMA 3GAKA 2TMDA 4LW7A 3CQ0A 4XZ9A 3P81A 4LOCA 1C29A 6TIMA 4YXGA 2E09A 2ZZ2A 3I68A 4H3DA 1LTDA 1EWDA 2A7RA 2JK2A 3MYOA 4FIRA 1YDVA 4N2YA 3I7QA 4JTFA 1FCVA 2FB3A 1X6UA 2EPHA 1O94A 3HG4A 3W88A 1KW1A 1LRTA 5GVJA 2ZRVA 3TIMA 1Y0EA 3MWAA 3M5XA 3P5YA 4L4LA 1SZEA 4UNLA 4UFHA 4ML9A 3BARA 1IIHA 4NUWA 3N9RA 3GYEA 3HG5A 5LHFA 4AB4A 1BTMA 2F84A 1MO0A 2E5CA 3G8EA 1FWTA 3AO0A 1A53A 3JS3A 3DBPA 4GE8A 5KTLA 1TIMA 1QO2A 3BVJA 2H8ZA 2YYTA 3NA8A 2W6RA 1Q6LA 3QSTA 5CSSA 2X1RA 3MP4A 4DBDA 1H60A 4NJGA 3M43A 1RR2A 1N8FA 3F1QA 1GJPA 4HN4A 3USBA 3S1UA 3Q2DA 4POCA 4MPQA 3W2UA 2DZWA 3S42A 1SSGA 1FXQA 2QDHA 4O4VA 3W7DA 3NPVA 1OJXA 3DFOA 2CLEA 4S2BA 1Q3NA 1F05A 3NXFA 3KVMA 5LKYA 1ALDA 3W70A 5CG7A 4UTWC 3W1UA 1TO3A 4JTTA 5C54A 5K4XA 2X1SA 2Y70A 4UNKA 4XKYA 3UY7A 3M6YA 3WJYA 3P5ZA 3HF3A 4RKAA 4M5PA 4M6QA 3GNNA 4C1KA 2PC4A 1JVNA 1PV8A 4WOZA 1HO4A 4MY8A 3LCLA 1NVMA 1G4TA 5F1VA 1XFBA 3W1PA 4M7SA 3PF3A 1XXXA 2ZBTA 3QQ1A 4AWSA 3QH2A 4OBTA 2X30A 2WNQA 2ATMA 3W2KA 4BI6A 1NFBA 3G1SA 4N4QA 3P84A 2ZRYA 2VFGA 3LHTA 4TR9A 1OFEA 3THQA 1G4EA 4B5NA 4JN6A 2G95A 2CFFA 3W83A 3SECA 5I3HA 4KWVA 2NLIA 5DXYA 4YCOA 3TW6A 3GR7A 2OX1A 2ZRXA 3NZRA 1UB3A 3T78A 5CPLA 2ZA2A 1GOXA 5F4XA 2VFHA 5KSWA 3GZ3A 2NX1A 1LLWA 4GFSA 1G4SA 1M7PA 4FNQA 3TW7A 3DFQA 4JTKA 1S5VA 1LRNA 3NM3A 2EGZA 3EWBX 4LWWA 5D2WA 4OT7A 3SI9A 2Q3OA 4NXSA 4K8EA 5D04C 1S5WA 4O28A 3FFSA 1MXSA 4Z1CA 4GUJA 3ATYA 2QUUA 2JBMA 1A5AA 4N9DA 4ZQOA 2B7OA 3WK2A 5AC7A 1SO6A 5F4WA 5G2IA 1BWLA 3CHVA 4MY1A 1GVFA 1SW3A 4O1AA 4XBSA 4LVAA 3CTLA 2ISSA 5AC6A 4O54A 1V7YA 2FJKA 2ZZ7A 5HQEA 2QAPA 5C5YA 5HNRA 4OHQA 1DQWA 4UTJA 1TPB1 3G24A 2YGYA 5IM51 4X9SA 3SGZA 4YL2A 5FF4A 3LCGA 5CPOA 2VEKA 5K2ZA 3TJLA 3FLUA 3TFXA 2PE4A 2TSYA 2PURA 2W0UA 4HHPA 2NXHA 5D2YA 4O10A 4UTUA 1SW0A 1ZJIA 1Q6QA 4K7VA 3DU0A 3IGSA 2R91A 1GQNA 1H7OA 3LX9A 3PBVA 1YDNA 3ATZA 3DKJA 1BWKA 1FWRA 5HWJA 1KFKA 5E0KA 4ZQCA 2GJNA 5DY2A 3B0VC 4UXDA 1Z48A 3S5NA 3GDKA 3M1ZA 4FXRA 2H90A 3WJZA 3LI0A 4DELA 4FNUA 1KFLA 1JCLA 3EXSA 2VFEA 1UJPA 4GWEA 3BG9A 3Q94A 4RZ6A 2AAMA 3I7SA 2CLHA 3NQ8A 1KM2A 3S0CA 4IPJA 4EF8A 3E12A 3O63A 5CPMA 4JYFA 1WBJA 2A0NA 4HSOA 3LCIA 4KKXA 4R7JA 4BWLA 4YLWA 4RXGA 3GDRA 3O16A 3UZ5A 3IRDA 3WJSA 3HMJG 1ZAHA 3NPWA 3CU2A 5EKYA 2GQAA 3OVQA 4Y6GA 2VEIA 4AXKA 2G5WA 2XFWA 2KZHA 5CZTA 3MBDA 2CZDA 4PODA 4MYAA 2ZA1A 5I3GA 1T99A 1TSIA 1OK4A 2Y61A 2YR1A 4JD4A 1GTHA 3BGJA 1YPIA 1VLIA 4LV4A 3W76A 2EF9A 3FOKA 3W7LA 3QQ0A 1VQTA 4JX5A 4E2DA 1SZFA 1JCMP 3FKRA 3B0PA 5I3IA 2FIQA 1OF8A 5BNKA 4LS0A 3L0NA 1H63A 1MEWA 1U5JA 3HB9A 4WY0A 3PSWA 2V2CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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