4K39A

Native ansmecpe with bound adomet and cp18cys peptide
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
369
structure length
361
Chain Sequence
PPLSLLIKPASSGCNLKCTYCFYHKSYGIMRDEVLESMVKRVLNEANGHCSFAFQGGEPTLAGLEFFEKLMELQRKHNYKNLKIYNSLQTNGTLIDESWAKFLSENKFLVGLSMDGPKEIHNLNRKDCCGLDTFSKVERAAELFKKYKVEFNILCVVTSNTARHVNKVYKYFKEKDFKFLQFINCLDPLYEEKGKYNYSLKPKDYTKFLKNLFDFWYEDFLNGNRVSIRYFDGLLETILLGKSSSCGMNGTCTCQFVVESDGSVYPCDFYVLDKWRLGNIQDMTMKELFETNKNHEFIKLSFKVHEECKKCKWFRLCKGGCRRCRDSKEDSALELNYYCQSYKEFFEYAFPRLINVANNIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of an AdoMet radical activase reveals an anaerobic solution for formylglycine posttranslational modification.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Anaerobic sulfatase-maturating enzyme
molecule tags Oxidoreductase
source organism Clostridium perfringens
total genus 130
structure length 361
sequence length 369
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.98.-:
pdb deposition date 2013-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF13186 SPASM Iron-sulfur cluster-binding domain
A PF13353 Fer4_12 4Fe-4S single cluster domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4k39A00
4NJGA 4D2JA 3QJAA 5AC7A 3G1FA 4TIMA 1AW1A 5KZDA 2ZA2A 4Z1DA 2YPIA 3K30A 3CT7A 3Q2DA 4GE8A 2PURA 4B5NA 3WJYA 1KFKA 1I2OA 5LGXA 1XDLA 1GEQA 2DZTA 1EP3A 4O19A 3VE7A 4ZQOA 2DU2A 4LVDA 1TPB1 1Z42A 5AYZA 1TJPA 1TPFA 1H7XA 3M5XA 3C2VA 2QR6A 3DXIA 3RU6A 3WJSA 3MHFA 5EY5A 3EWYA 1SSGA 1H7OA 2GVJA 3EWXA 3QPZA 2CLMA 3EWBX 2Q8LA 1OFQA 3DHFA 3THAA 1ONRA 3T4CA 2NLIA 1P0NA 4TX9A 1MEIA 4QIUA 3PM6A 4FNQA 5F1UA 4MY1A 3WJZA 1B4KA 1IIHA 5DCBA 3TW6A 3B8DA 1GG1A 1NF7A 3T40A 3W7OA 3WFAA 2KZHA 3G0UA 5DCDA 2DP3A 1F5ZA 2Y85A 3B0PA 3C3NA 1KM5A 1T0OA 5K9DA 1R2SA 5EBUA 4NJKA 3W1LA 1DORA 1QPOA 1IXQA 1W5NA 5CPNA 4OV9A 3KVMA 1OHLA 3MYPA 4ORIA 4PA8A 1SO4A 2NXHA 4NXSA 1F76A 1EA0A 2Y70A 4HSOA 4BI5A 1GQNA 4CCCA 3B03A 1GT8A 1GTHA 3N2MA 5G2WA 5J5DA 2VXNA 3HF3A 3P5YA 1HTIA 4MFDA 2DORA 4UMBA 4UTJA 2ZZ3A 1LRQA 3S1WA 1FWWA 4IXXA 4GUJA 4TO8A 3H55A 2J9YA 3QH2A 4OHQA 5F1VA 3TA6A 3NGJA 4IMGA 2V30A 3HGJA 1LBMA 5HJLA 4UTUA 1KFJA 4UFHA 3LCGA 2ATSA 4JTSA 2R14A 2J24A 4UMCA 1M7OA 2C14A 5FF4A 1GG0A 1QPQA 4UMAA 1M5WA 1XC4A 2BXVA 3GYEA 3LCXA 3GZ3A 1SO3A 3C4UA 1RD5A 3NQCA 1GZGA 3RF9A 3KOFA 4NX0A 4FNRA 3EX3A 3NPWA 4EWND 2NUYA 4O1BA 1OX6A 5D02A 2HS8A 3A5VA 1RVGA 2VOMA 3W7NA 5FESA 4DQWA 1GVFA 5BMXA 3UXAA 4IMEA 4R53A 3PULA 3NEVA 4MJMA 4S1FA 4H3DA 1Q6QA 5CGQA 4MJZA 1FDYA 4N4QA 3QMSA 2JKAA 5KITA 4ADUA 3HOJA 3RMJA 1RQBA 2ZA1A 4KKXA 2X16A 1W37A 3P84A 1H7NA 3IGUA 4S2CA 3F1QA 3HPSA 3A22A 1UUMA 3L65A 3BLEA 1SO6A 1SR9A 2JBMA 1UCWA 1RQEA 1YTEA 3W7GA 1U83A 3TSDA 3SY5A 5AFDA 1KFLA 3LRMA 3W1XA 4A29A 3HPXA 3GX9A 3EXSA 3FLUA 4LVAA 2X1TA 1TQXA 3SSJA 3BG3A 1O60A 3EWZA 3R12A 3UPBA 4CLMA 1LRTA 1ME8A 3E12A 2CLIA 4LV9A 3W3OA 3LM7A 4HIBA 1NSJA 1W5MA 2QEZA 3A23A 4JX5A 4ML9A 3WK0A 2JKPA 1AMKA 3R89A 2NUWA 1GPWA 1QWGA 4Z1CA 1QO5A 3O07A 4WXZA 2UV8G 1SPQA 3AJXA 4O8RA 5D03A 2FDSA 2B7NA 3TAKA 2GQ9A 1YXYA 3M7WA 4CNNA 1V7YA 4O10A 3IVTA 2ZZ6A 3CM4A 2VKZG 1A5BA 2EHHA 1VHCA 3BGGA 5BNKA 3OHIA 1KTCA 1SU5A 1DHPA 1GYLA 3DH7A 1QAPA 5CPOA 1W5PA 1HFBA 3GVGA 3CIWA 3RFAA 4NNAA 3G3MA 1P5BA 1O5XA 1MSSA 5BMWA 4NVTA 1VCFA 2C18A 1C9DA 4E2BA 1TTIA 5F2LA 2J9ZA 4BWLC 2CLKA 3ABOA 3EKLA 2XN2A 4DEFA 2FFCA 4RX0A 4HPJA 3R5EA 2QCDA 4FNPA 2ABBA 3G1SA 3TKFA 1Q6LA 1Z41A 2FPTA 4RK8A 4ADSA 2O7SA 2CLFA 5LHEA 4P61A 3TJXA 2I1OA 4WZHA 4N2YA 5F2IA 3S0CA 3BK0A 1J4EA 3UXDA 5HQEA 5AOUA 1AG1O 3VCRA 1KLYA 4CQ8A 4XKYB 4HN4A 4FNSA 3GDLA 3LI1A 2QDHA 3BLIA 3QEZA 1WOAA 1X8FA 3G8RA 3R2GA 2WV8A 5CPMA 3TSMA 4IOTA 2YGYA 3O16A 3L68A 2QUUA 1KM6A 4LNYA 4NQ1A 5L9FA 1GVQA 2Z1BA 3W1NA 3IIOA 2RKXA 4I9AA 4RJEA 1EUNA 2H8XA 3GKFA 1XFBA 3SECA 4RXGA 3B06A 4OV4A 3GDMA 4WJEA 2E6DA 3W1TA 1H7RA 1LORA 1P0KA 4A2SA 1LTDA 2ZYFA 5DBTA 1YXDA 1KW1A 1SFLA 1W31A 3LX9A 3UQNA 1QOQA 1V5XA 5FI8A 3UNDA 1VZWA 1SW0A 1L9WA 1K8ZA 2QCLA 1K02A 3TW7A 3NQMA 3TE9A 4YXGA 5EL1A 1X1OA 3FJLA 4DELA 3OG3A 2QCNA 3GNDA 1KA9F 3O06A 4XUGA 5D37A 3DBPA 3DU0A 4RCXA 4M6VA 1RPXA 4OE7A 3FOKA 3TX9A 1XXXA 1S3HA 4PC8A 1EB3A 3UY8A 5K4ZA 1TPEA 1M6JA 4FF7A 2CW6A 3W7CA 1F05A 4JICA 1I2NA 4IMCA 4UTLA 2EF9A 3NL2A 4HKPA 3C0JA 1JR1A 5CPLA 2ISWA 3EX4A 4O52A 2V8ZA 4I7UA 3NQVA 4AWUA 1HO1A 2WPBA 1IXNA 3I7QA 1KM4A 3GLCA 3M41A 3HGSA 4NJJA 2PCQA 4IQLA 1CI1A 2HSAA 2QJHA 3OEXA 3S8HA 4Y90A 1W3IA 3E02A 1VLIA 3O6YX 4QM1A 2XN1A 1YYAA 4FXSA 3TU9A 1BTMA 4O1CA 2YR1A 1FXQA 3PUEA 1KV5A 1HG3A 1UUOA 1G4EA 1G4SA 2VEPA 4RR4A 4YMZA 2OCZA 1OYBA 5I3HA 4LOCA 4FHAA 3M6YA 1G6CA 2WNQA 3ATYA 3C8FA 5F2MA 4OWGA 3UPWA 2OMAA 1CW2A 3G1YA 4JX6A 2VEIA 4LT9A 5FF0A 4AHQA 4N4PA 1TV8A 4JGDA 1MZHA 3RLUA 4FX8A 1VGAA 1LP6A 2A1YA 4Y96A 2BLEA 3L0GA 2Y89A 3SZ8A 2ZRXA 3LTSA 4CNPA 4O14A 3TUUA 1R47A 4X22A 1G7VA 1KTNA 4LRTA 4FIQA 3M5ZA 3HBLA 5TBOA 3NL6A 2WSQA 1LOQA 1ZY9A 1RR2A 4ZQCA 1E51A 2F84A 3CB8A 1LOLA 2HMCA 3BG5A 4P2VA 4CCDA 5HR6A 2QCMA 1L2UA 3FIGA 5KTLA 3QPYA 2DJXA 1OFPA 4KFOA 4PL1A 4UFJA 2G96A 2ZCGA 3D0CA 1JQXA 1KM0A 4DO6A 2ZZ1A 1O4UA 1DJNA 2H8ZA 1WAUA 2PRHA 1NF0A 3LOTA 5KZEA 2H90A 1HL2A 4Y9AA 1YDNA 3CPRA 3KVJA 3JS3A 4JS3A 1QFEA 4LWWA 4PTNA 1A50A 3RK8A 5FF2A 1TYGA 2QCCA 3O6DA 3R8RA 3W7RA 3W9ZA 2ZZ4A 4FEZA 5EYWA 1EUAA 3LRLA 3W72A 2E77A 1LBLA 4IMDA 4XQ6A 3MMTA 4R7JA 1OFRA 3NL5A 4EF8A 3M5YA 2A6LA 4UTIA 7TIMA 5CZJA 1WV2A 1W5OA 3A21A 4QISA 1TIMA 1F6KA 2Q8ZA 5E93A 1Q6RA 2V2CA 1W3NA 3FKKA 3C2OA 1T99A 3A9IA 1XKYA 1Z44A 2QCHA 1Y0EA 3W22A 1NAL1 2P10A 3GNNA 1XM3A 3P82A 5TIMA 1N7KA 3GIYA 5IBXC 2X1RA 1FBAA 4KFNA 1SW3A 1LLZA 3LXBA 1BWKA 1TV5A 3A24A 3L2IA 1C29A 1D9EA 4NJIA 2CLHA 8TIMA 3LI0A 3CEUA 5GVJA 1EIXA 2YFNA 3L67A 3IIVA 3NQ2A 3QYQA 1VYRA 2ZRWA 3LHTA 5AHLA 3CWOX 1GVRA 1OK4A 5IBXA 4BK9A 1OVDA 3W2NA 2ATMA 1JCLA 2O7QA 4O15A 2A0NA 5DXXA 3NQGA 1WA3A 1DV7A 1W8SA 1XBVA 2A2IA 1L6SA 2NV1A 3DFOA 1QOPA 3G18A 3NQFA 3N9RA 3PF3A 3W7QA 4HNUA 1L6YA 3EXTA 4PCFA 1KFCA 5F4SA 2VFGA 1HO4A 2ISVA 3TXZA 4DF1A 4LV4A 2AGKA 2DZWA 2JGQA 2GVLA 1JCYA 2CU0A 5AHNA 2RDUA 5FEPA 4IMFA 5E0KA 5HULA 4LVFA 1OJXA 1AW2A 1OABA 3TSBA 3W70A 1OFAA 3W7LA 4KWWA 3THQA 1D3GA 2A6NA 4LRSA 2ZRYA 4U28A 1JVNA 5TQLA 3SI9A 5FEWA 1SZNA 4FIRA 4MYAA 2FB3A 1KM3A 3VE9A 4A3UA 3HG4A 4LVGA 4XZ9A 1F6PA 2QF7A 1BKSA 5I3KA 3NNTA 5I3GA 1LDCA 2V82A 5CSSA 1DKWA 1S5TA 1TB3A 3HO8A 3CEPA 3W07A 3PBWA 3TH6A 1FCVA 4N9CA 1H7PA 1H60A 4ORMA 5KMYA 1XL9A 3LLFA 5D2WA 1FUYA 5K4XA 2NX1A 1FCBA 4IJBA 3LV6A 4MZYA 4K6AA 4XWUA 3LTYA 4BI6A 3MHUA 1VC4A 1YDVA 4UTKA 4QNEA 3W84A 2X1UA 3S5OA 1OK6A 3L9CA 5FEXA 2GJLA 4IGHA 4IUOA 3HGRA 1W3TA 1G4PA 3GK0A 1QPRA 1WBHA 4XKYA 3RLVA 4AB4A 3EB2A 4GUHA 1M7PA 3ABQA 3PBYA 4GBUA 5HNRA 1VLWA 4O28A 3QQ1A 2A7RA 2TPSA 2QDGA 3C61A 1WXJA 1DQXA 1SFJA 2CLOA 3W7PA 2H3DA 1YTDA 1GYNA 2CLLA 3HIJA 2DZPA 4FNUA 4Z1BA 3GB6A 4N9DA 3G24A 3KHJA 1W0MA 3BO9A 1A5SA 3EKZA 2E68A 1F73A 4MY9A 1JULA 2E5CA 3F03K 4NNBA 1DBTA 3VFLA 1Q45A 4AF0A 3H53A 3E49A 3W85A 2ZZ5A 3UWYA 4O4VA 1FQ0A 4G1KA 4JD4A 2QCEA 4WY0B 1TPC1 4ZQMA 1G69A 4Z08A 3GDTA 1DVJA 1TPUA 3NM1A 2C1HA 2FJKA 4A21A 3M9YA 3DFPA 1OFEA 2ZZ2A 3PBUA 3UZJA 4O18A 3W6YA 4AVFA 4JN6A 3DFTA 4OU1A 4N9BA 3RNDA 4JXCA 4Z0SA 1ZAHA 2G95A 3W7IA 4ZVJA 3PSWA 3GR8A 1H7WA 2GJNA 1KM1A 2CZEA 1JQVA 3KRZA 3IIXA 3TFCA 5LNRA 4DPPA 3IGSA 2NUXA 3MWAA 5AB3A 5DELA 1BEUA 2Y62A 1SZFA 5G4WA 3QF0A 1PV8A 3PB2A 4DO5A 1FX6A 3MYOA 1HUVA 1R2TA 1B9BA 3LB0A 4M19A 3LHVA 3LLDA 3ZS4A 2CZFA 3BLFA 4RKAA 1S5VA 3LXCA 3STEA 3TMLA 1ADOA 3IVSA 2TMDA 3N2XA 1IXPA 2C15A 2D73A 4GC4A 3W1PA 4H4IA 2ALDA 3OVRA 4K39A 2A4AA 4MUZA 3HQ1A 3MBFA 2FQIA 4O53A 2ZBTA 1QR7A 3EWUA 4L4LA 5FEZA 4LS1A 4HHPA 3PY2A 5K7JA 1VRDA 6TIMA 2GQ8A 1H5YA 1IGSA 2ZFAA 4MKNA 3YPIA 3ZWTA 2R8WA 4I7WA 1IXOA 4NX5A 4AWTA 2YCEA 3P8JA 5LGZA 3S1VA 1LOSA 4U4MA 5KSWA 1ZCOA 3W23A 2NV2A 1TREA 4AHPA 3B05A 3QRHA 3NQ7A 2CFFA 3NM3A 1I4NA 1ZJIA 4Q33A 1YADA 1W54A 4JTEA 1EP1A 1KM2A 3ZFHA 3B04A 5CKSA 3DI1A 2VEMA 1UBSA 2Y88A 4Z0JA 4O57A 3MJYA 4PL2A 4UTTC 1OF8A 3KVKA 2TYSA 3MHGA 4K7YA 4MZ8A 5I3FA 3W1UA 3EX1A 4M6PA 3OA3A 4ZQNA 2JGYA 3FJ6A 3TK7A 3PB0A 1N55A 5LZLA 2ZRVA 5LNSA 5H91A 1AL7A 2NX9A 1TO3A 4MYXA 2IQTA 4R33A 3PUOA 4C1KA 5FF3A 1ME9A 2ZRZA 5MHBA 4UTTA 3HGOA 1ICPA 2CZDA 2GVGA 5I3IA 1CX9A 3IV3A 1AW5A 2F7FA 1VYPX 1KTBA 1P4CA 3LGEA 4N02A 3M0ZA 5AN7A 4UTWC 3S42A 2C0AA 3ABSA 1MEWA 4DF0A 3TQVA 3G1HA 1LROA 2P0OA 2E5DA 1JCNA 2YW3A 2VC6A 3JRKA 5T26A 3H54A 3HB9A 4ZZ9A 4H6KA 3TCEA 5DY2A 1G4TA 1VCVA 1SZGA 2FLIA 3S5ZA 3PC0A 3VKJA 2R91A 3A5FA 3LDVA 3TFXA 5D05A 3Q94A 2EAWA 1X6UA 1VCGA 3LTPA 3BW2A 4UC5A 4AHOA 1I2PA 4NU7A 1ZFJA 4UTWA 1TSIA 3G1DA 2A5HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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