4K68 | Genus

Total Genus 124

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	124
sequence length	348
structure length	337
Chain Sequence	RTGIKDFYKDDFRIGTAVATATLTMKEKKPLLALIAREFNAITPENCMKWEPLKPQDKDWHWEAADKFVEFGEKHKMYIVGHNLVWHSQVPKEVFLNESGGTISKEALTAKMQDHIATLAGRYKGRIQAWDVVNEAVEDDGSWRKSPWYNIMGEDFIAKAFTMAHEVDPKAHLIYNDYNTESPIKRNFIVGMIKNFKKQGVPIHGVGMQEHLAIDGPSVDEIEKTLIALADAGVRAHITELDIDVLPSVFEYKPERDPYIQGLPKDMEEKLAKRYEDIFKIYLKHRDKIERVTLWGTADNETWLNDFPIKGRTNYPLLFDRNQKPKPAYFRLLDLKK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Development and biotechnological application of a novel endoxylanase family GH10 identified from sugarcane soil metagenome. pubmed doi rcsb
molecule keywords	GH10 xylanase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Soil metagenome
total genus	124
structure length	337
sequence length	348
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-04-15

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4k68A00

3W53A 1VEMA 3L2LA 2QF8A 3MU7A 2XVLA 2GVYA 1ZBVA 2XVNA 1UWSA 1DWGM 2W4XA 3BMVA 4CN6A 3NUKA 1JZ2A 2V3GA 4MNMA 4Z2LA 1ZBCA 3MV01 2OYLA 2WYSA 1GONA 1E4MM 2WHLA 4QCEA 3WFZA 2BY3A 4AD2A 4KWUA 1QBBA 4AZCA 2JEQA 1LWJA 2XVGA 3WD1A 2EPLX 3ARQA 1VF8A 2GUYA 3VDAA 3SUUA 1UR2A 4AD4A 3WF1A 1J11A 4GI8A 5I77A 1UR9A 1UZ4A 1V3KA 4HMDA 1BLIA 3IJ7A 3HU7A 3RPMA 5FIPA 1GPFA 3B9AA 2YBUA 3CO4A 2WHKA 4IISA 1HL9A 1H09A 2RGLA 5GPRA 3OBAA 1UYQA 2ZX7A 2BHYA 4NF7A 1R87A 3W38A 1KXVA 4Q22A 3CUHA 3UESA 2G3NA 4UCFA 5E6ZA 1JYVA 1E4NA 3WDIA 3AHZA 1UA3A 4Z2IA 1CXHA 2WMIB 3AMGA 4CD5A 1B0IA 1UD5A 4U5IA 4CU8A 5HBFA 3PZIA 6A3HA 1V3IA 1CGWA 5ABHA 2XWDA 4W93A 5I0DA 3OGRA 5ECUA 1W9BM 2IXVA 1JDDA 2CESA 4PMNA 1BVZA 2WVVA 1TVNA 2FH8A 3SCOA 2YJQA 4W86A 2DSZA 3OGVA 2J74A 1G1YA 2EEXA 3RDKA 1QNPA 3VIHA 2BXYA 4UR9A 2DQXA 1EQPA 4JCMA 3VGHA 2UWFA 2ZUNA 4KH2A 1X6NA 3TTSA 4AEEA 3GH5A 4LYRA 4CU6A 3VD5A 5DT7A 5I2UA 4M24A 1LF1A 3N17A 3WF2A 3AZSA 3WDJA 3CZGA 5BXPA 1BYCA 4W88A 4LPCA 5HDRA 1NP0A 1EO7A 4HA4A 3W82A 5BRQA 3M6DA 2FHCA 1OBAA 3CIVA 2A3AA 4ZXLA 1QVBA 3AMKA 5A69A 3PHAA 2VZVA 1FA2A 2FGZA 1JYWA 3K4AA 4H7VA 5A8NA 2GJXA 1JNEA 3OA5A 2ZICA 1H2JA 2XGBA 1GJWA 1W9UA 5EFDA 2EPKX 1UR0A 3VIFA 2Y4SA 3FHQA 5E9AA 3AS3A 4TXEA 1O7AA 4D6GA 3N1AA 2XUCA 2E9LA 1VFUA 4UFJA 1JZ7A 3ZMRA 1H11A 1UD3A 1V02E 4AZ7A 1XYZA 2PC8A 4LGXA 4XV0A 1VB9A 5A6JA 1HP4A 4H2CA 2J62A 1UWQA 2J7EA 3RJYA 3AICA 3BCFA 3SURA 3SCSA 2D0HA 1JAKA 1J0IA 4CCEA 3W0KA 1AQHA 1OD0A 2V5CA 3NJ3A 1KXTA 3WSUA 1CXKA 2PWEA 5HOSA 2CKSA 2DDXA 2W91A 4J3XA 2DT0A 4TOQA 2BVDA 2G4FA 1UD8A 2WMGA 2AAAA 2XJ7A 4MB1A 3ARYA 1CXIA 1UH4A 3GDBA 3WQ5A 3TA9A 1EDGA 5CJ5A 1DWJM 5JBFA 1KGUA 2CNCA 3WH7A 2IXUA 1QNRA 1UHVA 3QHOA 1TUXA 4P7NA 3WDQA 4N42A 3VGEA 1J0HA 2Y2WA 3ZR5A 3KEHA 5F7UA 1UD6A 3ZO9A 3O2LA 3BAKA 2WCAA 3CZEA 3AOFA 1XGZA 3WNPA 1PX8A 2V5DA 3QR3A 1QBAA 3GZAA 4U33A 3WD3A 5AY7A 4W7UA 2D24A 3K1DA 1EOMA 3VD4A 1XH1A 4A3YA 3K8LA 1BAGA 4D6HA 4PUEA 1HT6A 3GBDA 5A2AA 3ZQ9A 1DP0A 5FL0A 2X2YA 3CUIA 3IJ8A 4IPNB 1VJSA 1PX3A 1KGXA 2QPUA 4FF5A 1U33A 2DSKA 1E1FA 1BYBA 1UH2A 2J7FA 3VVGA 1WNOA 2QMKA 4LYPA 1PJ9A 5IDIA 2VRJA 3WDPP 1WZAA 3OG2A 1CZ1A 5DEZA 3ZSTA 2BVTA 3KWXA 1BPLB 1E6QM 3W6LA 3F5KA 4JZ5A 1K9TA 4W5UA 3UR7A 1FH7A 5M17A 4J27A 1K6AA 2VVNA 1J01A 3AIVA 1SYTA 1E70M 4D6JA 2VNCA 1C8QA 1V0KA 3IJ9A 1WDSA 2JFEX 3W28A 3S6TA 3NYDA 1EHAA 5I6SA 1ZBWA 2O92A 2OLHA 3DECA 3AXXA 3W37A 4JFTA 4AEFA 1E40A 2XPKA 2DIJA 1RD6A 2WC7A 1GNXA 3ARVA 1CNVA 1TA3A 3MKKA 3IAQA 2A3BA 2WMFA 1JZ6A 3FY1A 1XSIA 4EKJA 1XYFA 3L2MA 1HJWA 5BXSA 1PIFA 5DMYA 1JIBA 4LXFA 1QW9A 1HKIA 4GKLA 1BG4A 2OYMA 8A3HA 3T2QA 1TCMA 1CWYA 1M03A 2J7BA 1ZS2A 4U2ZA 3RM8A 2BY0A 1MW3A 2UY2A 4MAVA 1EDQA 2GJRA 3FAXA 1LQ0A 3HJEA 1JD7A 2G8ZA 2C8NA 1Q6EA 3EDEA 2BV9A 4A4AA 1B30A 3ZJ7A 4XZWA 1VJZA 2ZXBA 3UERA 2BS9A 1W9XA 1JFHA 1UKSA 2XGIA 1ZB5A 3GH4A 1MQPA 1KWGA 4HPGA 4M1RA 1UQYA 1CECA 4TTUA 1V6UA 1BFNA 2ZX8A 4J7RA 2D1ZA 1JXKA 4MB4A 4CD7A 1G0CA 1GOWA 2YIHA 4B9YA 1V0MA 1UOKA 1U2YA 4AW7A 4EE9A 2VCBA 1R8LA 2X09A 1FP9A 4MNLA 3N18A 1J0ZA 1J0KA 3EDJA 4DWSA 4UQBA 5EMYA 1WO2A 4W89A 5DFAA 1VFOA 3B9DA 2ZXDA 4KRTA 1C7SA 1LL7A 5A2BA 1WKYA 3KL3A 2WVSA 5I23A 3OLDA 1L8NA 2QV4A 1NOWA 1V3MA 2VR5A 3O9NA 1PX4A 3MMUA 5E0FA 2XIBA 4BQ5A 1DEDA 3BLKA 4MB5A 1WZMA 3ZR6A 5A1AA 4E8CA 2VJXA 3KL0A 4ZXOA 4GZIA 1HN1A 4UFKA 1FFQA 1UD2A 3T2PA 3IK2A 4WSKA 2VCCA 2DT2A 1GHRA 5A6AA 3EMCA 4WKHA 1PZ3A 4ACZB 1W91A 2WKGA 3LPOA 1E3XA 4QLJA 3UG4A 3SCWA 2WZIA 3GBEA 4WIWA 1DWAM 2VTFA 4LYQA 2F61A 1H0IA 1JF5A 1JD9A 6TAAA 1E4LA 3POHA 3ZSSA 3OLEA 5E6YA 3ZT7A 4OUEA 1X1NA 1E71M 4QAWA 3VD3A 1Q6FA 3MV11 3CZJA 4MJ4A 4AZBA 1UWUA 5EB8A 3VMNA 1LG1A 4QDMA 2Y24A 2WCGA 4M81A 4HMEA 2C0HA 1KQYA 5CQ1A 1UZ1A 4MPKA 4QCFA 4F8XA 3APGA 1OSEA 5D8WA 1NH6A 5CSYA 3TTOA 5LA1A 4W5ZA 3B8SA 1E1EA 1VFFA 4B16A 1GOMA 1V08A 2WLYA 4CCDA 1EGZA 4W84A 2VQTA 4GO9A 4ACYA 1XSJA 1ISXA 1E6NA 2WKLA 3CZ8A 3VUPA 3VDHA 5D9NA 5D9MA 4Q7NA 5A8QA 4OJYA 3WF4A 2BHUA 4AZ6A 2VQUA 7TAAA 1KFWA 5A8MA 1KCKA 2DH3A 1ITXA 4PBGA 1HJQA 3WNMA 1CPUA 1QNSA 2D0FA 5D8ZA 1MW0A 3F5LA 1OD8A 2CCRA 1JDCA 2VURA 3AIWA 4AMCA 1E6PA 3UG3A 3CHEA 1V0LA 3WY1A 1WZKA 5ABFA 4DUWA 3CMGA 1I1XA 4UQCA 2QPSA 4HZ7A 2VI0A 5AYBA 1BYDA 1ZBKA 2ZOXA 4P8WA 1GJUA 1NM9A 3AIQA 4PTXA 4KGJA 8CGTA 1US2A 4XZBA 3CUJA 2NT1A 3WF3A 2J7HA 3UR8A 2Y8VA 2ZUMA 2WVVB 4H41A 1ISVA 3RMEA 2J7GA 5FCZA 1NOUA 3CZLA 3AZTA 3AISA 1D7FA 1HKKA 4U31A 2VZUA 1ODUA 1RPKA 4ZE4A 1HKJA 2WZEA 2WVTA 4PMXA 3OZPA 3EMQA 4AC1X 3NSMA 2DIEA 3T08A 1QI2A 1HXJA 4ATWA 1EDTA 1VBUA 2EPOA 3ARPA 4OOUA 4JHZA 3L4YA 2RGMA 3WEOA 4GQRA 1R7AA 3EDFA 3QOMA 3WKZA 1ZJBA 1LWHA 2D23A 1E72M 3AI0A 2YDSA 4IPLA 1RP9A 1WAWA 2F8QA 3O6AA 2VOTA 3SCUA 2O9TA 1W2VA 3CLWA 2D0GA 3VPLA 4AZHA 1UA7A 1V03A 1XV8A 1E0VA 3GXFA 1DTUA 1E6SM 2D2OA 3G6MA 1X6LA 1CLVA 3ARZA 2WHJA 3HMCA 5HPCA 2ZIDA 5CPQA 2X1IA 4WLCA 2CETA 5CG0A 1JXJA 1KBKA 3WL0A 3A4WA 4CD6A 2WMIA 1AVAA 2UY3A 1RH9A 1NWRA 4GXPA 1J18A 4BQ4A 3ARWA 1HJSA 1CYGA 2Q8XA 2WPGA 4JFWA 3N11A 1W1PA 2A3HA 1SR0A 3VGGA 5CPTA 4PEEA 3VMPA 1XCWA 3PBGA 1MW1A 3RM9A 4AIEA 4E8DA 3VIKA 3SEPA 5IXEA 5TD4A 1UUQA 2Z1KA 3VDBA 3N04A 4JIEA 1BGGA 3GNOA 3ARSA 4P7QA 2CITA 4MNKA 3PN8A 4PCSA 2HVMA 1FOBA 2ZUUA 5JBDA 1V6XA 3POCA 4Z2JA 4JFUA 3RCNA 4J3TA 1CGYA 3GH7A 4P7OA 4QLKA 1UQZA 3L4TA 3THDA 3LPGA 4J3VA 3EYPA 4WKFA 1E6RA 3BAJA 1E0WA 3N13A 4B9ZA 3NDZA 1UKOA 3VD9A 2CBIA 2GK1B 1N82A 4DUXA 2XVPA 1YQ2A 5CSUA 3FW6A 2WSPA 4W87A 5DO8A 2ZWYA 1C8YA 3SUTA 3MUIA 2DEPA 3VD7A 1EO5A 3WNKA 1LL6A 4AIUA 2GJPA 1FHLA 4M8UA 5IHRA 3EBVA 3W24A 2WAGA 2ZX6A 1C92A 3MO4A 4H8HA 1JNDA 5I3DA 3BH4A 5IFTA 3MSGA 3SCPA 3WQ6A 2J78A 1KR0A 1W3JA 3W29A 2XVKA 1QW8A 4XX6A 4GZEA 4F9JA 1V3LA 2VZTA 3AS1A 3CBWA 5JIPA 4MADA 4WF7A 1UR4A 2JF7A 1KWKA 3VM5A 2WNWA 4KGLA 1E55A 4M56A 1P6WA 4MB3A 3WUBA 3WH8A 2FHBA 2OSXA 3K8KA 3L4ZA 1I75A 2UY4A 5LA2A 2C7FA 3WH5A 4GPNA 3GXMA 2WANA 1TZ7A 5HXMA 3OGSA 4HOZA 3WMSA 3GXIA 2YDRA 2WBKA 4UTFA 4U5KA 1WP6A 3J7HA 3W6MA 2CXGA 2J8FA 4PYSA 2CBUA 3ARTA 1CGTA 3DC0A 2AMGA 4UOJA 5C70A 4TX6A 4JL1A 2JALA 1JDAA 3OIHA 4BQ2A 1DWHM 3WEMA 2D3LA 4P7LA 4S3JA 1AQ0A 4MNJA 2JEPA 1Y7VA 1ISZA 2W61A 1OT2A 1EOKA 3SUVA 4AD3A 1G9HA 2EPMX 1PAMA 4UOQA 2WB5A 2VL4A 2J25A 2XTKA 3OLGA 1V3HA 3CZKA 1E5NA 4CGTA 1OT1A 3TP4A 3ALGA 3UEQA 1V6WA 3S2CA 1BF2A 3ZM8A 3KZSA 2B31A 2G41A 5EBAA 4FK9A 1EQCA 1KR1A 3AZRA 2OSWA 3BAWA 4BQ3A 1JYXA 1QHPA 3FXYA 4HA1A 2PI6A 3AS0A 3W26A 3VIIA 5A6BD 2BXZA 5KEZA 2DH2A 2FH6A 4UNIA 1HJUA 1KGWA 1DWFM 1F4HA 1KXQA 4PMOA 2DSVA 4H8VA 2D20A 2ZX9A 4D6CA 3U57A 4HU8A 2WWDA 1M01A 1OINA 3VX0A 3VIJA 4CUCA 2A3EA 1ODZA 1J0JA 1GOKA 2IUZA 1XCXA 1JF6A 1H3GA 5IFPA 1VIWA 4E2OA 4NSBA 1H49A 3VINA 4AZ5A 3SIMA 4PN2A 4J3WA 1TVPA 1MXGA 1R7OA 1US3A 3EDDA 3ARRA 4HTYA 2JE8A 2QHAA 2VC9A 4BF7A 2WHMA 2CBVA 5A94A 2YA0A 2BVYA 2J4GA 4JHOA 4NZCA 4V2XA 1ITCA 3PTKA 4J28A 3WQWA 3W81A 1TFVA 4ATLA 4UFIA 3A6OA 4W7WA 1UH3A 1OGSA 5JIWA 3VGFA 3WUFA 1V6VA 3L4XA 4P8VA 1HVQA 3W27A 1HJXA 4QLLA 1WDQA 4PMDA 2FDMA 1PPIA 1K9EA 2PWGA 6CGTA 3RO8A 4JKMA 4NI3A 1GQJA 4TTGA 2E40A 4X0NA 2VT0A 1UKTA 4N0RA 2Z1SA 4HOWA 1W1TA 3WMBA 2JIEA 3BSHA 4LQ1A 2XM2A 5A8PA 3CHCA 4D1IA 4CN1A 2CERA 4YHGA 4QFUA 5M5DA 3BSGA 1LJYA 3AROA 1J12A 4OBSA 5GNXA 2BFGA 2GDVA 4NRRA 4WSJA 4D6FA 1HVXA 3SUWA 1GQIA 4X0VA 1Q4NX 1MFUA 1CDGA 3QGVA 1E5JA 3G6LA 2JF6A 3WBEA 3GTNA 1KCLA 4D6IA 2WVUA 3WNNA 1B90A 1C8XA 2O9OA 1QI5A 4TX8A 4OZOA 4W8LA 2E9MA 3B9EA 4CKQA 1QI0A 4WJXA 3RJXA 1FH8A 5AC5A 2CHOA 1XRVA 4JAWA 2O9RA 2YLLA 5D9PA 2VX7A 4ATDA 3FN9A 5I78A 1OCQA 5FL1A 2E4TA 3KL5A 1EH9A 1U30A 4S3KA 3LPPA 4JCLA 2O9PA 3ZT5A 3GNRA 2E3ZA 1FP8A 4PMUA 1QHZA 1PZ2A 2BY2A 5JUVA 1XSKA 2J8GA 1E0XA 2ZUSA 3K4DA 1NWTA 3T0DA 5A2CA 4ZENA 5CLTA 4D72A 3F4VA 1GORA 1C91A 3I3EA 1MXDA 1VAHA 3CGTA 1CGXA 3GNPA 1B2YA 2OWXA 1B3ZA 1S46A 1HJVA 2VRQA 2YA1A 3GXDA 2YL6A 3WUEA 4FLSA 2J77A 1GHSA 1YHTA 1B9ZA 3ARUA 3RILA 2CBJA 3TTYA 1VEPA 5D4YA 4XUYA 3N15A 5JBEA 2PWDA 3A4XA 4ML4A 4KMQA 1B3XA 5EFFA 2VX4A 2CHNA 4CD8A 4AZCB 1R85A 4DWSC 3WENA 4RE3A 2E9BA 3ZT6A 1JFXA 4YHEA 3MSDA 4MAZA 3THCA 4W8AA 3PZVA 5ABFB 2GSJA 1JI2A 1WPCA 3AQUA 2F2HA 1C90A 3CPUA 4J3UA 3WNOA 5A95A 4ACZA 3CMJA 5DF0A 5A6KA 2XG9A 1FH9A 3CHDA 4CN4A 1XHGA 3PZTA 3PZOA 4Y7EA 4PMZA 5C8BB 4CU7A 1H1NA 1EXPA 4R27A 2DPEA 1UG6A 3N9KA 2BY1A 1SMAA 1NWSA 1UR8A 1E43A 5A6LA 5BROA 3WQVA 1ESWA 1PBGA 1BSIA 1TMQA 3VIGA 3RM4A 1XH2A 1B3WA 1SMDA 3I3DA 1D3CA 3WFLA 3VILA 1OGBA 4EANA 2PF0A 4TVUA 2V3DA 4FLQA 4WK9A 4TVCA 1JG9A 4HZ6A 2X0YA 3AXHA 3DYMA 4B15A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VEM A;  2QF8 A;  2P5N A;  2DIK A;  2ZBT A;  1KV8 A;  3LRL A;  5H8M A;  1UWS A;  1DWG M;  1T7L A;  1GK8 A;  1LP6 A;  5DAN A;  1QRQ A;  1GGO A;  4Z2L A;  1ZBC A;  3MWC A;  3MV0 1;  2PUZ A;  2OYL A;  3KBJ A;  3DDM A;  1ADD A;  1VIZ A;  3DG7 A;  2V2C A;  3ZFH A;  3P5Z A;  4LF2 A;  3EKG A;  2XVG A;  4MWA C;  1A5L C;  3ARQ A;  1VF8 A;  3VDA A;  1G69 A;  2PTW A;  1W1I E;  4GI8 A;  5I77 A;  2ICS A;  4IH3 A;  2XIM A;  4MYA A;  4HMD A;  1BLI A;  3IJ7 A;  3RPM A;  3CAW A;  3E2Q A;  2YBU A;  2ZRW A;  4IWW A;  1IIH A;  3MKV A;  2ZVI A;  1UYQ A;  4NF7 A;  1R87 A;  4S38 A;  5I09 A;  1L2U A;  5K9D A;  1KXV A;  2ATS A;  4UCF A;  5E6Z A;  3MA8 A;  1EJS C;  3WDI A;  1PWM A;  4O0K A;  1RBO B;  1B0I A;  4U5I A;  3ES7 A;  3KDN A;  1ZRQ A;  4LW7 A;  2KAU C;  1XLK A;  4F0S A;  4MY8 A;  3CL7 A;  3WLN A;  2IXV A;  1X97 A;  1BVZ A;  1TVN A;  1XLJ A;  2FH8 A;  3NQ6 A;  2C71 A;  2OFJ A;  2G5W A;  4DF2 A;  3R0K A;  3RDK A;  1QNP A;  4B5X A;  2W79 A;  3EX2 A;  2DQX A;  3VGH A;  1XBX A;  2ZUN A;  2PDW A;  3TWB A;  4UIO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4K68A

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