4K6A | Genus

Total Genus 98

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	98
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	MRHPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGVAGCAVAIAPPEMYIDMAKREAEGSHIMLGAQNVDLNLSGAFTGETSAAMLKDIGAQYIIIGHSERRTYHKESDELIAKKFAVLKEQGLTPVLCIGETEAENEAGKTEEVCARQIDAVLKTQGAAAFEGAVIAYEPVWAIGTGKSATPAQAQAVHKFIRDHIAKVDANIAEQVIIQYGGSVNASNAAELFAQPDIDGALVGGASLKADAFAVIVKAAEAAKQA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5120835202095293__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5120835202095293__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4K6A/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5120835202095293__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5120835202095293","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4K6A/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5120835202095293__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0061ba8718a54cfcad3a8e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0061ba8718a54cfcad3a8e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0061ba8718a54cfcad3a8e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0061ba8718a54cfcad3a8e/pdb.gz): 448 ms

reading 255 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

255 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:254});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Escherichia coli
publication title	Structural, kinetic and proteomic characterization of acetyl phosphate-dependent bacterial protein acetylation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	98
structure length	255
sequence length	255
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2013-04-15

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4k6aA00

3QMRA 3BG3A 4CQAA 2UV8G 3W71A 5K4XA 2ABBA 4K39A 4Q32A 1VYRA 3NQ7A 4DF2A 4NJIA 1JULA 4PC8A 4E38A 4JYEA 2JKEA 3KX6A 3LXCA 1VCGA 2BZNA 2ISSA 2QJIA 3EWYA 1FCUA 3LLDA 4K7YA 5DBUA 1F6KA 4K38A 2YYUA 1LTDA 1H1ZA 4CCDA 3N9SA 1A53A 2Z2UA 2WNNA 5L6UA 3EXTA 3HGRA 3WJXA 3W22A 3UXDA 1WXJA 1S3HA 1TTQA 4AXKA 5KTLA 2QCMA 1LOQA 4IMGA 4RXFA 4XKYB 1OYCA 5DCEA 1N7KA 3QYQA 2P10A 5AN7A 3O8AA 1M7PA 2IQTA 3TH6A 4WQ6A 3QQ1A 3CPRA 1QFEA 1B4KA 4AB4A 2YDAA 1B4EA 1H7RA 3STCA 3NDOA 4UFHA 1TTPA 3LDVA 5FF0A 5D2XA 4OBTA 3PF3A 2A1YA 1RVGA 1GQNA 1ZAHA 2BWGA 1TJPA 1VCVA 4DBEA 1F76A 4DBDA 4N6FA 1LZOA 5GVJA 5HINA 2V5LA 3A21A 2H8XA 4PCFA 5CPOA 3E96A 4D2JA 1HG3A 3O16A 4XZ9A 3G1FA 3QMSA 3O63A 2Q3RA 4OWGA 3O05A 1KM5A 4OV4A 5D03A 2J88A 3P74A 1EB3A 3LXAA 4G1KA 3PG8A 5AHNA 1W56A 4JD4A 4FNTA 3W1XA 4YL2A 4ZQCA 3EKZA 2GVGA 1FCVA 1GOXA 1DHPA 1UASA 3U8GA 5F1VA 4AF0B 5HUOA 3LHUA 5CKSA 3W7KA 5KZDA 1I8JA 1IXNA 1RV8A 3W7OA 1HO4A 2YYTA 3TQVA 2C14A 3LERA 1FWRA 1QPQA 1TIMA 1KFCA 1V7YA 5AC8A 3RF9A 2GVJA 2WSYA 3NYZA 1XCFA 3TJXA 1KM0A 2H8ZA 4GJ1A 4W9TA 3W9ZA 1KM2A 3NPXA 4GRSA 4ZQMA 2C16A 3L5AA 3O6YX 3G1AA 5CG7A 1Z42A 2XFWA 5D37A 3QW3A 3M5XA 3P8JA 3SIZA 3EB2A 5HNRA 4Y96A 1GPWA 2I9EA 1H61A 2VEIA 4LC6A 4LWWA 3C4UA 5HQEA 3U2OA 1X1OA 5DBTA 1MZHA 3NXFA 3W1UA 1F7BA 3M1ZA 2CZFA 2VFDA 3MHFA 2B7OA 2I14A 3OHIA 1UUOA 2QEZA 2E5CA 1KV5A 3GB6A 4OE7A 3S9YA 2V5BA 1JCJA 1YADA 5FEXA 2Y7EA 2ZZ3A 5AC6A 3P67A 3QPYA 5C5YA 5J5RA 2OMAA 1O5XA 1DL3A 5KMYA 2F84A 2NWRA 4JN6A 4O54A 5DLCA 3TFCA 4HN4A 3DH7A 1B57A 3GXNA 3VFLA 2QUUA 4LVGA 1FXQA 3HO8A 3O07A 3P60A 2QDHA 3BW4A 2X1UA 4FHAA 1CI1A 5A8GA 1T0OA 3P80A 4O13A 2BTMA 3NQAA 5DELA 3UPWA 4FX6M 1YDNA 4M6QA 2FB3A 2A5HA 2YFOA 1DQWA 4NX0A 1LBLA 4BK9A 2WNQA 2TPSA 4LC8A 4NJHA 5L9FA 3HPSA 5AYYA 1QR7A 1TTIA 6TIMA 3ABOA 2BX7A 4XBSA 3VKJA 4O11A 1TQXA 4IOTA 1GTEA 4HSOA 4YLWA 4CNNA 1O4UA 1RQEA 1ONRA 1D3GA 1YDOA 3LI1A 4UCGA 1N55A 5LNVA 3G3DA 1PHQA 3EX6A 5LSMA 1DORA 1QCWA 3TU9A 5DN1A 1SO6A 4AWTA 4M6PA 2YZRA 3C56A 4QQ3A 1LP6A 3UZ5A 2PRHA 4M5PA 3L21A 5G1TA 3WK3A 3STGA 1JRBA 3UWUA 1Q6QA 1TRDA 2J9XA 1YDVA 3EWWA 3W7DA 2VC6A 2FLIA 4LS2A 1F2JA 3BG5A 4OHQA 1H1YA 2NX1A 1QWGA 2DZWA 3W7JA 3CM4A 4A21A 5CPMA 3Q94A 3I7QA 1EX5A 3IGXA 4O16A 3PBUA 1KBJA 4BF9A 3KAOA 3CU2A 1VR6A 3LHWA 3TNOA 3W1RA 1EP3A 2ZZ2A 4CCEA 3DZ1A 5I3KA 3LLFA 2D73A 3USBA 3W2MA 1YPFA 2CLIA 2GQ8A 5H2ZA 1AW2A 2QCLA 4LV4A 1BWKA 3MI2A 2VFEA 4HNVA 3TXVA 3N73A 2KZHA 4IPIA 2GJLA 3ANYA 1UUMA 3GDMA 2EPHA 5FI8A 2YGYA 5CZJA 3MYOA 1VYPX 3BGGA 1LORA 4O17A 5G2HA 2J9ZA 3KRUA 5G4EA 3ABRA 3BW3A 3SW6A 3O1NA 5A5WA 3W1QA 4AWSA 3PBWA 1G4EA 3TSDA 4MZ1A 1PL9A 3NNTA 3I68A 1CW2A 1PV8A 3GKAA 5LHFA 4KFPA 4JICA 1VJIA 2NUXA 1ZAJA 4M6VA 1KM3A 4Z0JA 2V9DA 3CHVA 2AQWA 2E5BA 4A3UA 5FF2A 4I7WA 1C8VA 1I2QA 3W7PA 4GFSA 3S8HA 2PRMA 3SZ8A 2CLEA 2Y85A 3WFAA 1TRIA 1KLZA 4NZFA 5DCDA 3GX9A 3W6YA 3GKFA 5TBOA 4GC4A 3PB2A 3SI9A 1KLYA 1Y0EA 4LS1A 1DBTA 4O10A 3LX9A 3WK1A 1IIGA 3MBDA 4LUIA 1KM6A 3TSMA 2CZDA 4TMCA 3M43A 2TSYA 3DFNA 4N9CA 4UNLA 3BARA 1H7PA 2ISVA 1XDLA 1NSJA 3MP4A 1R2TA 2QF7A 3SGUA 1H51A 4NQ1A 5EL1A 5LNWA 5I3HA 1QOQA 2WOQA 4JYDA 5D02A 3QSTA 3EXRA 1UJPA 2ZZ4A 3STEA 2JGQA 1XUUA 3C61A 3LHYA 2EKCA 1LROA 4FNPA 3HGJA 5EMUA 4CNPA 1I2PA 1XI3A 1L2UA 4LVFA 4GBUA 3UWZA 3G3MA 2QUTA 1MEWA 4N9DA 5G5IA 2Y88A 2ZTJA 3PSWA 3L67A 2Y7GA 4WY0F 2NUYA 4JIQA 5D2TA 4IJBA 2CZEA 2OT0A 1G4TA 1G4SA 5CSSA 4EVZA 1D3HA 2QJGA 4LVBA 1MO0A 1I2RA 2ATMA 3IVUA 4WOZA 4NNBA 4HNNA 3W2UA 1LYXA 4HNUA 1AW5A 4TMBA 2HMCA 4HPXA 1ZAIA 5D32A 1K02A 1W5PA 3TE9A 1GEQA 5FF3A 2E6DA 2CLFA 2Q8LA 3BLFA 4ALDA 3GDRA 2VFHA 3W1MA 4QM1A 1L6YA 1ME9A 3CQ0A 4JTGA 3W23A 3I7RA 3L0GA 1E51A 4NJJA 4Z1CA 3MMTA 1W5MA 1JJKA 3TMLA 4MUZA 3KOFA 1ICPA 1I4NA 4POCA 3BLEA 2C6QA 3PUOA 3G1HA 5EBUA 3T7VA 5HR6A 3TQKA 1JUEA 3LCHA 3PS7A 4JIPA 2NXHA 1XC4A 3NQ6A 4DO6A 1PCKA 1JR1A 1JCLA 4K36A 3QFEA 1SO4A 4ZQRA 5SWUA 1TYGA 3NQDA 4PA8A 3TK7A 3IVTA 4MPQA 3THAA 1N8FA 3OVRA 2DORA 3PAJA 1YYAA 4Y90A 1OFBA 5K3VA 4MFDA 3L66A 4JDBA 4RKAA 4X3ZA 3C2VA 3MP5A 1CX9A 4U4MA 2VFFA 4YXGA 2TYSA 3WK2A 1GYNA 4NUWA 3LCIA 3C2RA 3F1QA 5U4NA 2Y62A 4GE8A 1JCYA 3G1XA 2H3DA 3W7LA 1A50A 3KVLA 3TKFA 1TREA 1KA9F 2E6YA 4JTIA 3O06A 2ZZ1A 1DJNA 4BFAA 2TRSA 2VENA 3L0NA 4UTMA 3L5LA 3S1XA 1H60A 3S1VA 4FIRA 4ZMGA 2ZRXA 4A2SA 1WDWA 3C8FA 1GVSA 4OT7A 2RFGA 1JUBA 4R34A 4UTLA 3BLIA 2CZ5A 3RNDA 4UTWA 5D2VA 3NPUA 4DF0A 4M7TA 3NQVA 1K8ZA 3QM3A 3DHDA 5AYXA 3HGOA 5EYWA 3NEVA 3IIOA 4Y9AA 2QCNA 3GNDA 2CLKA 1F6PA 1FCQA 3Q58A 4AMAA 3NM3A 4R7JA 1GG1A 4JY8A 5KZEA 4AH7A 3PC0A 3NG3A 1EWDA 2JGYA 4OU1A 5E1QA 2G97A 4LOCA 3GR8A 3WJSA 2Q8ZA 4UMBA 5D33A 2DZSA 1R30A 2Z1BA 4MZ8A 3PM6A 1TPUA 4S1FA 3DFQA 5BMWA 1WBHA 3N2MA 3UPBA 1QNVA 1LBFA 3W7IA 2GJNA 3PSVA 1SR9A 4MVAA 1OK6A 5J5DA 5HR7A 1YTDA 2VEPA 4CCCA 4JYFA 3LRKA 3MWAA 3QEZA 1LOLA 2XN2A 1P0KA 3C6CA 3QQ0A 5I3IA 5LGXA 2YFNA 2XN1A 1GVQA 2EHHA 2C3ZA 3HJZA 2RHGA 1QPOA 4XTDA 4O4WA 3C2OA 3TMQA 3W2NA 1O60A 4H6KA 3L2IA 3QRHA 4HSNA 3TX9A 2B7QA 3B0PA 1OX4B 5I3FA 3FOKA 4MLRA 4NT0A 3PUEA 3B03A 3IIPA 2VELA 3TAOA 2WSQA 3W7CA 4WOQA 1UCWA 2NV1A 4O1DA 2BLEA 4K7VA 3ABQA 3CTLA 3D0CA 1IIHA 4FNQA 4UNKA 4UTIA 2DZPA 1Q6RA 4Z1DA 3VCRA 3M7WA 1F73A 2QCDA 1H7XA 2WPBA 3JR2A 1VRDA 1TPEA 1WQ5A 1O94A 1LLWA 3L0KA 2C13A 4XUGA 3FA5A 2FTPA 4PH6A 4C1KA 4JTUA 3HMJG 2ZRZA 2QR6A 1IXOA 5AOUA 4UTHA 1LDCA 3N3MA 4LVAA 3IIXA 2FB2A 4R53A 3G0UA 1W54A 1K8XA 5H91A 1RR2A 2GQAA 3GLCA 3LHTA 1YPIA 1TV8A 2B7PA 4WY0A 1KW1A 3W1AA 1DVJA 1D9EA 5HWJA 4TX9A 3JRKA 4IMCA 3IIZA 2VEMA 4S2CA 3UWVA 2R14A 3EWBX 3UZJA 1GG0A 4DO4A 5DXXA 4QSHA 2ISWA 1OABA 1W1ZA 2HSAA 4WXYA 4HNTA 4TIMA 1VGAA 1SZGA 5CPNA 1U83A 3QW4B 2O7SA 1IXQA 4Q33A 3MHGA 1MXSA 3GAYA 4BR1A 1S5WA 4MYAA 3EX2A 2PE4A 2FPTA 3W87A 1WAUA 4KWVA 1G7UA 1H50A 3DKLA 3P5YA 3R89A 4DELA 4N9BA 5MHBA 4HPJA 4ORIA 4Z08A 1LBMA 1P1XA 1QMLA 4GUGA 1XXXA 1T96A 4WJEA 3W73A 2BSLA 1R47A 1ADOA 1W8SA 1G69A 1ICQA 2ZCGA 1YTKA 4JGDA 3LGEA 1VH7A 3F03K 1SPQA 3CB8A 4UTKA 3JS3A 1OFDA 1OVDA 1PIIA 3NQ8A 3HB9A 5LKYA 4ZQNA 1OG0A 4ZVJA 3HGSA 4L4MA 3NQEA 2PCQA 3QPZA 4A2RA 4IWWA 2CFFA 1SZEA 3W86A 5EY5A 2DJLA 3M0ZA 2YSWA 3DBPA 2JKAA 4JTKA 3BPWA 2NUWA 1DQXA 2YW3A 1M7OA 3DXIA 5C2XA 2NXGA 1FXPA 4FB7A 1XM3A 3BW2A 2ZDRA 3FFSA 4O18A 3BV4A 4UFLA 2Q3OA 3GR7A 3ELFA 4JTHA 1NFBA 3KHJA 4RK8A 1Q6OA 3L65A 1THFD 4ADUA 1WBJA 5KZMA 3UQNA 3ABSA 1RQBA 2WQPA 3MUXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4K6AA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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