4LC8A

Crystal structure of the mutant h128n of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor bmp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSNPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLLNP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the mutant H128N of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 84
structure length 222
sequence length 222
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4lc8A00
1UJPA 3W1QA 5F4SA 3I65A 3LLDA 2QDGA 2GVGA 1K8ZA 3S0CA 2DZXA 4ZZ9A 1XXXA 1T96A 3NQ8A 2E6DA 4CCCA 3NQ6A 2QF7A 3UXAA 4QNEA 5F4WA 2B7OA 4WXYA 2V2HA 1JCJA 1ZAIA 5LHFA 1JRCA 5IM51 3HQ1A 4BK9A 2IQTA 2QCEA 3ZR4A 1OABA 4JTKA 1JVNA 5D2TA 4JYFA 1L2UA 4DXVA 2AQWA 3NL3A 4GXMA 4Y96A 1Z42A 1OF6A 3W76A 2ATMA 5I3GA 1FDZA 2E1DA 4IX0A 1OX4B 2RHGA 3IGXA 3NG3A 4GFSA 1G4EA 2R14A 3LV6A 1OFEA 3LHWA 4IMGA 3DAQA 2PE4A 5D02A 2CFFA 2YPIA 2CW6A 3EKZA 3TFCA 2J9YA 3M47A 5CGQA 2C16A 1QPRA 2B7NA 3S9YA 2O7QA 3CC1A 1NEYA 3HB9A 4FF7A 2ZA1A 2C3ZA 4B5NA 1EX5A 4BI6A 3TA6A 4UFHA 3PAJA 3S1VA 4Z1BA 2WPBA 3QRHA 4U4MA 4AXKA 3G0SA 5GVJA 1WDWA 5C6MA 4CCEA 3C61A 2E6YA 1QFEA 3L67A 1TPC1 3C3NA 2DZVA 3PB2A 1TV5A 5AB3A 5KSWA 3ATZA 1K3UA 1NF7A 3LCLA 3W23A 3W86A 1T8XA 4HHPA 3HGRA 2CLHA 1TO3A 5DN1A 2Y89A 3G1YA 3TIMA 3TSDA 4UCGA 3GR8A 3S5OA 4MLRA 1FWRA 3EB2A 3W85A 2JGYA 5G1TA 1JQXA 5LSMA 3W9ZA 3W7KA 4JDBA 3GK0A 1YXDA 2I9EA 3G1HA 3WK2A 3M9YA 5F4XA 5F1UA 1Z48A 3Q94A 4ZQNA 4MIMA 1QDSA 3U2OA 2QCMA 4X2RA 4UC5A 3QEZA 3FJ6A 4WY0A 5F2MA 3W7EA 3TDFA 1R30A 2PRHA 3MYPA 3NQCA 2EAWA 3H55A 3LX9A 3P60A 4GUGA 1FCVA 3DHDA 1ONRA 4DBEA 1PIIA 2HS6A 4WQ6A 2WJZA 1N7KA 2OX1A 4ADSA 4NNBA 3LI0A 5KZDA 1EB3A 1W0MA 1VLWA 3LHZA 4UFMA 4XQ6A 2BZNA 3TE9A 3THQA 1ZHAA 3CPRA 3PR2A 1MXSA 3LERA 1QPQA 3UNDA 3TR2A 3GX9A 5F2GA 5HR6A 1FDYA 2OMAA 4JTJA 4JY9A 4NVTA 2JBMA 3KX6A 3P7YA 4CNNA 1O5XA 1KM1A 1LDCA 5EL1A 2C0AA 2Y85A 2YR1A 3W6YA 2EF9A 4K8HA 4Q32A 1TPFA 3STCA 4PL1A 4AF0A 5DCBA 1O5KA 5DCEA 1JCNA 1MEHA 1SO3A 1UB3A 3N34A 4UTIA 4XWUA 3TJXA 4XBKA 4ONVA 3BW4A 1ADOA 1X1OA 3A23A 1L6YA 5FEXA 4AB4A 3NQ7A 4MY9A 2W79A 5AHMA 1EA0A 4ZVJA 2ZRVA 4O28A 1KBJA 1RD5A 3GNDA 1A5CA 1TRIA 5C55A 1YXYA 1W5MA 4JY8A 4ORIA 1H7NA 3G18A 4JD4A 1IXPA 5D2YA 5AHFA 2X1SA 3W83A 1DV7A 1TV8A 2W0UA 1SPQA 3B04A 3TKFA 3C56A 2G97A 2WQPA 1GVFA 2V5LA 1FCBA 3M16A 3FKKA 4OT7A 2NUYA 2DZUA 4JTTA 3G24A 1RPXA 1ZFJA 1W3IA 2BWGA 3TQ0A 4S2BA 1OYCA 3NQEA 3O15A 2ZTJA 1RZMA 3RFAA 2VEMA 4UR7A 1SU5A 1SO5A 4N9EA 1TSIA 4E0CA 3NL5A 3VNDA 2ZA2A 1F6PA 5E93A 4JIQA 2RH9A 3HPSA 1W1ZA 5FF3A 2GJLA 1P4CA 1VQTA 1TTQA 5KINA 2NXIA 1IXOA 2YZRA 1KA9F 4J9JA 4GUFA 4HPXA 1JCYA 1OK6A 3I6RA 5KZMA 5HWJA 2E6FA 2ISSA 1Q6QA 1D3GA 3W7HA 3W1UA 3UXDA 4AMAA 2DJLA 2VFIA 5D38A 5BMXA 1VC4A 3QSTA 3G3MA 1Q6RA 4JX5A 3O05A 1J5TA 4A21A 2A2IA 4JTIA 1K03A 2YYTA 3RK8A 3GXNA 4LUJA 5J5RA 1TPVA 2TMDA 4UXDA 2NXGA 2ZRWA 3TSMA 5K9CA 1TTIA 3MWAA 2CLMA 1OFOA 1I8JA 1VH7A 4K39A 3TK7A 1GEQA 4QNWA 3NA8A 3ABSA 3TV8A 1XM3A 3L5LA 5G4EA 3CLMA 1AG1O 1GT8A 3W7PA 3NEVA 4LC6A 3EWUA 1FWWA 2RDTA 2ZZ4A 1SO4A 2VKZG 3H54A 4ZQCA 3DFOA 2GVJA 3LXAA 4FXSA 1VJIA 1OFDA 2B7QA 1TTJA 4CNOA 2X30A 1R47A 2FQIA 1AL7A 1QOPA 1SW3A 1F05A 4XZ9A 4JTFA 3Q2DA 1F74A 1KTBA 5CZSA 1N55A 1H7OA 3L9CA 4LUIA 2CLLA 1H1ZA 3S6DA 3UWUA 4O4VA 3IGSA 1ICPA 3GDMA 2QUTA 4DF0A 4A22A 3NNTA 2V5BA 1KM4A 3G8EA 3F1QA 4YXGA 4EVZA 3SSJA 5DY2A 2DU2A 4XUGA 4G1KA 3W7LA 1JULA 2ISVA 3W7RA 1A53A 4MJZA 3UWQA 3V75A 1EP3A 3W7QA 4QAIA 1MO0A 1WV2A 3W2KA 2FDSA 1IXNA 4GUHA 4NJHA 5LZLA 3PVFA 2P1FA 2JK2A 3L5MA 2E68A 1YYAA 5AYXA 1OK4A 3C2FA 3B03A 1QPNA 3WK3A 1KM3A 3QMSA 1I2QA 3NQGA 4GBUA 5AOUA 4TR9A 5FEWA 3O6CA 2GQAA 3LCGA 1EWDA 3W74A 1M7OA 2V2CA 1ZY9A 3O6DA 2VFEA 5FF7A 5EBUA 1XI3A 5BRBA 1SSDA 4I7VA 4O1BA 1LOQA 4FNTA 4LV4A 1EP2A 3W7GA 1VPXA 5FF0A 3BK0A 5HWMA 3KRZA 2WNZA 1PHQA 4LVFA 5D04C 2VFHA 1FWNA 1JRBA 3OEXA 2HS8A 6ALDA 1WYIA 4UR8A 4UTTC 4JTUA 2FLIA 4NT0A 3O07A 3NYZA 4JICA 5U4NA 4O4WA 3U8GA 1C29A 1OFRA 4A3UA 4WX2A 3B0UX 2BX7A 4Y90A 1GVRA 3QSRA 3NAVA 1M5WA 1MSSA 3ZFHA 1GYLA 4NZJA 3LTSA 5EPDA 1ME7A 3TW7A 2YW4A 3S1UA 2QCLA 3A5FA 3EXTA 1I4NA 3MW7A 2NUXA 3EKLA 5DY3A 1PE1A 1KM6A 2E5DA 2X1TA 4RJEA 1P5BA 3MI6A 3LCHA 3W73A 3EWZA 3TROA 1TYGA 3P74A 1KTNA 3UD6A 4ZQPA 5D32A 3MMTA 4FNSA 1OX5A 2E09A 5G5IA 3H53A 4LVAA 3N9RA 2Q8ZA 5HMSA 3PM6A 3MBDA 1QCWA 1GVOA 3QPYA 1QNVA 1H7PA 1W5OA 4MPQA 1FQ0A 3N9SA 1B3OA 4XTDA 3HG2A 1WOBA 3WK0A 4NU7A 3W1XA 4M7SA 3E96A 4P2VA 2Y63A 4HN4A 3W1AA 4NXKA 2KZHA 4FNUA 3LXCA 3WJZA 1R2SA 3PC0A 4MZ8A 4NXSA 5BW6A 5AHLA 3BGGA 3F03K 1W31A 2QJHA 2FPTA 3A5VA 3SECA 4BF9A 2Z0IA 3CEPA 2PRMA 2B0MA 4FNRA 4UFKA 2Y7FA 1TPH1 3NDOA 3PUEA 3TAOA 1IGSA 5LNRA 1IIHA 3EEGA 3BG9A 3W7IA 1THFD 3LTPA 1GVSA 3I7SA 2YSWA 4WXZA 1GYNA 3DHFA 3W22A 1BTMA 3V1PA 3G1VA 2VELA 2CLOA 4DF1A 4AF0B 3NQDA 3W75A 1KBIA 3IIPA 1PCWA 3A21A 3G3DA 3BVJA 3SZ8A 5HJLA 1NF0A 4Z0SA 2A4AA 2BTMA 4KWVA 4A2SA 4RXGA 4WJEA 2VEPA 1TPDA 1WXJA 2Z2UA 1HUVA 3TUUA 1HFBA 1VR6A 3IV3A 1TRDA 4ML9A 1GG1A 1VZWA 3P82A 1OYAA 4UMAA 3GKFA 4OHQA 2VEIA 1BWLA 1YDVA 4K8EA 4RCXA 4WOQA 1XDLA 2H8ZA 3E12A 4O10A 5DELA 3P84A 1QAPA 1IIGA 1JUBA 2H3BA 4DO6A 1PVNA 4HNNA 3C2VA 3LLFA 1HTIA 1SSGA 4JYDA 1KFEA 4JGDA 1GPWA 1K7EA 3HG4A 3FJLA 1ZALA 4GUIA 1TB3A 4JTLA 3GYEA 1RR2A 4RKAA 2QUUA 2J9XA 1LP6A 4UTLA 2VFGA 3GDTA 4Q4KA 3W7MA 3HPXA 1JCMP 4DQWA 4IQLA 4MLJA 1K7FA 5G2IA 8TIMA 5LNWA 4QITA 3CM4A 4S1FA 4LY8A 3KXQA 3EX4A 4O11A 1W8SA 3E49A 3PS7A 1CI1A 1TCDA 2XN2A 5T26A 1VYRA 2G95A 3NXFA 4PCFA 4FNPA 4LRSA 5HULA 2CLFA 2ZZ5A 1AMKA 4N4QA 4OV9A 3QPZA 2EPHA 1I2PA 2WSQA 5D30A 1PV8A 3QW4B 3EX2A 3STEA 4XKYB 3NZRA 1B4KA 2DORA 1G67A 2FB2A 2HMCA 4ADTA 2A5HA 2V8ZA 4S2CA 3I7QA 4PH6A 2LLEA 4Y6GA 1W5NA 3G0XA 4JN6A 1ZJIA 1TIMA 1H62A 1YTEA 1G69A 3EX3A 4EF9A 3UPWA 1X8FA 5AHIA 4C1KA 1VYSX 1YADA 1Q6OA 1X6UA 3NQFA 3MJYA 2WOQA 2TRSA 3DKLA 2VEKA 3MHGA 3RNDA 4DPPA 3DGRA 3SFKA 3G1XA 1TV7A 4FXRA 1G7UA 3L2IA 1V5XA 5G2HA 5AHEA 3GNNA 2DZSA 5LNUA 4LRTA 3M5ZA 1I2NA 5K7JA 1YTDA 1W5PA 3N2XA 1TPWA 1SFJA 3PBWA 4RK8A 1XKYA 3MI2A 1FWTA 5AN7A 3IGUA 4NNAA 1X7FA 2Y70A 2ZTKA 3EXRA 4PFMA 4FO4A 3DKJA 3NPVA 2C1HA 4GC4A 1F7BA 5D2WA 3W70A 2X1UA 3YPIA 3W84A 4UTMA 1WAUA 3WJYA 5EMUA 4KWWA 5D05A 5EKYA 4WY0F 3KVMA 4UFIA 1OG0A 1TPB1 4LT9A 1W5QA 1SZGA 5K3VA 3NVTA 1DQWA 3L66A 4NJIA 2ALDA 3TQKA 3PWAA 3TFXA 4O1CA 3EWBX 3G1AA 1NVMA 1VGAA 4AHOA 1EUNA 1ICQA 3N3MA 2ZZ2A 1OYBA 3SIZA 2P0OA 2WSYA 3KVJA 3G1DA 3GB6A 2WO5A 3UYCA 3LHVA 4LC8A 2JKEA 2QCFA 2NX9A 4K36A 1RV8A 4LV9A 4TX9A 1XBYA 2DP3A 4FIQA 1YLVA 3CIXA 3M5VA 1C9DA 2WSRA 2ZZ1A 3L0KA 5G1YA 1DL3A 2J24A 1LBMA 3W2MA 5CPNA 1BEUA 1R2RA 2CLKA 3B8DA 4E2DA 1OJXA 2CZDA 1A5SA 2QKFA 1DVJA 2I1OA 3EWWA 3TQVA 3S5NA 1SZFA 5BNKA 2D73A 5DXXA 1UASA 3THAA 3AO0A 4P61A 3DH7A 3DBPA 3JR2A 3LHTA 2NX3A 4LU0A 2OZ0A 1S3HA 3HGJA 4NX0A 4FIRA 4BI7A 2OT1A 3LGEA 4N2YA 3NL2A 2HSAA 3NM3A 5KZEA 4QQ3A 4N02A 2VOMA 4H3DA 3NR0A 5I3HA 3DXIA 1PHWA 2GQ8A 2A6NA 1F73A 3BLIA 2QJIA 4HNUA 3P81A 5EY5A 2J88A 1W56A 1PCKA 4O16A 1GJPA 3BPWA 1MEIA 3BO9A 1BKSA 4OU1A 4FX7A 4E38A 5KMYA 4PL2A 3W7JA 4NJGA 5I3JA 4FNQA 1DJQA 4X9SA 1XFBA 5CSSA 4MYXA 4AAJA 4IMDA 3DFSA 4YMZA 3W87A 4Q33A 4MUZA 1TTPA 3NGJA 1W3TA 4GUJA 5AFDA 1DOSA 2TPSA 3QMTA 4N6EA 4POCA 4XKYA 2J6XA 1FBAA 4IXHA 3GDKA 3CWNA 2ZZ7A 1LBLA 2YW3A 1JCXA 3NO5A 3O6YX 3RMJA 1NSJA 1ZCOA 3W2JA 1HO1A 3W1LA 3HPZA 3B0VC 1TQJA 3BLFA 4C1LA 1OFQA 5FF4A 4NJKA 3P61A 1F6KA 1EP1A 4UTKA 2A7RA 2ABBA 3QW3A 4UTJA 5CZJA 3RF9A 2A1YA 3PUOA 4E2BA 2ZDRA 5H91A 1VRDA 5TQLA 3W71A 1M6JA 1GVQA 3UZ5A 3Q58A 1H5YA 4MFDA 5C54A 3GZ3A 2B7PA 1ML1A 2JKAA 4JXCA 1ICSA 4EWND 2ISWA 3E9AA 5LGZA 3P5YA 4CCDA 4UMCA 5DBTA 2CU0A 3AJXA 5FI8A 3TXVA 3DI0A 2ZCGA 4KFOA 4UTTA 4GWEA 5FEPA 3LBCA 2B4GA 2TSYA 1DQXA 3TJLA 3LHYA 4ZL1A 2DZPA 4ZQOA 3SGUA 2H3DA 3UWWA 3JS3A 1AK5A 3GDLA 3LI1A 4CQAA 2WV8A 4KKXA 1O94A 3GXPA 4M19A 4AHQA 4TIMA 2A7NA 3W7NA 2NWSA 4RV8A 1Q6LA 1H50A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CAW A;  3W1Q A;  5F4S A;  4L4O A;  3T08 A;  1JYV A;  4E2V A;  2AL1 A;  4J4K A;  5A6J A;  1XXX A;  2IQD A;  1VBJ A;  3UG4 A;  3NQ8 A;  2E6D A;  4CCC A;  4LUY A;  3E2V A;  1JCJ A;  4DNH A;  4V27 A;  1ITU A;  5C2G A;  3QLD A;  2WJE A;  3R6I A;  1ZZM A;  3RIT A;  1ZLP A;  3V7P A;  5JIW A;  4BK9 A;  4PRW A;  1P0E A;  1E4L A;  5I06 A;  1NY1 A;  4IJC A;  4UQD A;  4KBX A;  1QJW A;  4DXV A;  4IPN B;  1QI3 A;  3NL3 A;  1Z42 A;  5I3G A;  4IX0 A;  1OX4 B;  2L5H A;  2WNW A;  4GFS A;  4QG9 A;  1BYA A;  4B3Z A;  3KWX A;  1AUS L;  1BRL A;  1QUM A;  2IKG A;  1CXI A;  2CFF A;  2CW6 A;  3S2L A;  5CGQ A;  2C16 A;  1QPR A;  1G01 A;  3S9Y A;  2BBF A;  3CC1 A;  2C3Z A;  3VO0 A;  1FWB C;  4B5N A;  3MPG A;  1EX5 A;  4BI6 A;  1C3F A;  1DQU A;  3WBX A;  3STP A;  4DUW A;  5GVJ A;  4L9Z A;  1WDR A;  1XLE A;  4PYS A;  1QFE A;  3L67 A;  3PB2 A;  7ENL A;  1NEL A;  4IFK B;  1NAR A;  4YWS A;  4H6E A;  1K3U A;  3IAN A;  1NF7 A;  3MJM A;  5JH2 A;  4GLE A;  1T8X A;  3HGR A;  1Z32 X;  5AVN A;  2CLH A;  4MLR A;  3GH4 A;  1GVI A; 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