4LS1 | Genus

Total Genus 143

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	143
sequence length	365
structure length	365
Chain Sequence	TGDERFYAEHLMPTLQGLLDPESAHRLAVRFTSLGLLPRARFQDSDMLEVRVLGHKFRNPVGIAAGFDKHGEAVDGLYKMGFGFVEIGSVTPKPQEGNPRPRVFRLPEDQAVINRYGFNSHGLSVVEHRLRARQQKQAKLTEDGLPLGVNLGKNKTSVDAAEDYAEGVRVLGPLADYLVVNVSSPNTAGLRSLQGKAELRRLLTKVLQERDGLRRVHRPAVLVKIAPDLTSQDKEDIASVVKELGIDGLIVTNTTVSRPAGLQGALRSETGGLSGKPLRDLSTQTIREMYALTQGRVPIIGVGGVSSGQDALEKIRAGASLVQLYTALTFWGPPVVGKVKRELEALLKEQGFGGVTDAIGADHRR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7494882903051647__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7494882903051647__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4LS1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7494882903051647__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7494882903051647","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4LS1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7494882903051647__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d007296598d2200f36e28d6/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d007296598d2200f36e28d6/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d007296598d2200f36e28d6/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d007296598d2200f36e28d6/pdb.gz): 155 ms

reading 365 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

365 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:364});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) with DH03A312 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
total genus	143
structure length	365
sequence length	365
ec nomenclature	ec 1.3.5.2: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone).
pdb deposition date	2013-07-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4ls1A00

3M44A 1S5TA 2WO5A 4IQLA 2QF7A 5D03A 4ZMGA 4WZHA 4OU1A 3ABQA 3M1ZA 4JIPA 4OV4A 5I3GA 1SUXA 1SW0A 3N9RA 1MEWA 4JDBA 4ADTA 2FLIA 1YADA 4BFAA 1K8YA 4FEZA 4ORMA 1S5VA 4IMEA 1VLWA 5I3HA 3UY8A 4LNYA 1HO1A 3C8FA 4C1KA 2QCHA 2ZA3A 1SU5A 5K9XA 3W87A 3W3OA 1QOPA 4S2BA 4CCCA 2BZNA 5D32A 3W7KA 4XUGA 1VR6A 3IGXA 1ZHAA 1SW3A 4M19A 3W2JA 3CQ0A 4UTWA 2FPYA 3WJYA 2TYSA 5D2XA 3A9IA 3IVSA 3P5YA 2PRMA 1PE1A 1VYRA 4HIBA 1SO4A 1F7BA 1ALDA 4UTJA 2BXVA 3HGOA 2GVGA 1OX5A 1KM1A 2ZDRA 3F4NA 3ZFHA 3BLEA 2QJHA 1TTIA 3QFEA 1K8XA 1TPDA 3ABSA 3GDTA 2ZRWA 3PS7A 3A23A 3NPUA 4W9TA 1FBAA 2ISVA 2DZSA 1CI1A 1DBTA 2DORA 4BWLA 3CIWA 3KRZA 3AO0A 1KW1A 1SZFA 5DELA 4O28A 3M5ZA 3OBKA 4I7UA 1VJIA 4K8HA 4CQ9A 3DKJA 4QIUA 2YZRA 2DZXA 3NXFA 1XM3A 2F84A 1TTPA 4NT0A 3GDRA 3MP3A 4Z08A 5LGZA 3O05A 1LOSA 3TSDA 3W6YA 4DBDA 1F76A 1GVSA 5DN1A 2FFCA 4UUIA 3R89A 3OG3A 5EPDA 4PL1A 3VE7A 3LLFA 4HHPA 4IXHA 3NPVA 4XQ6A 2EF9A 2Z0IA 2NXGA 4XBKA 3SW6A 3JR2A 3NDOA 2TSYA 3BO9A 4UMCA 3UYCA 1OYAA 2RKXA 3NQ6A 2Y88A 3TE9A 3LLDA 3T78A 3TSBA 1KM5A 2P0OA 2ZRUA 1QFEA 2Y62A 3KAOA 4PTNA 2YDAA 5CPOA 3P5ZA 4AVFA 4AB4A 4MFDA 4NJGA 1TV5A 3CHVA 3TW6A 3NM1A 5GVJA 3EX1A 4EIVA 3GNDA 3S0CA 4M6QA 5H2ZA 1C29A 1YXCA 3IIZA 1H1ZA 1XDMA 1W8SA 1SO3A 5CZ0A 5F4XA 4O1AA 3M43A 2V5LA 3LB0A 5F2IA 1UB3A 3PC0A 3QMRA 4MVAA 4P61A 3QF0A 1HO4A 1FCQA 3Q2DA 3STGA 3W7HA 3L65A 2OJPA 4JNMA 2CLHA 1XBZA 3M5XA 4JY9A 3MI3A 1KA9F 2H3DA 3A22A 5BMWA 2HSAA 3RLVA 4N2YA 3P74A 4LVDA 4ADUA 4LRTA 4O11A 4UFHA 4QQ3A 2B7OA 2C1HA 1OX6A 1XXXA 2WOQA 4JTIA 3UXDA 5G2HA 4RV8A 3TNOA 2NXHA 3DKLA 5CG7A 1ICSA 1UUMA 1JCLA 2JK2A 4WY0B 1FDJA 3YPIA 5C6MA 5AHLA 2GQ9A 1EUNA 4JYDA 3GZ3A 3LRMA 3QW3A 3HGRA 3NQ2A 3TU9A 1GG0A 4LC8A 3TROA 2ZZ7A 2XN0A 1J2WA 3MBDA 2Z1BA 1WBHA 3DAQA 5U4NA 3U2OA 2ZQ0A 4QISA 3IIVA 1I2RA 1QWGA 3G3MA 1IXNA 4AHPA 4K7YA 2YYTA 1O94A 1UASA 4IMFA 3TAOA 4N4QA 3UNDA 3MYOA 3NZ1A 3WJWA 3STFA 1TPFA 4EVZA 1PCKA 2V9DA 2E6YA 3LOTA 2VFHA 4ZQMA 1T99A 4UTKA 1NFBA 1W1ZA 1W5MA 1QMLA 1Q6OA 3FIGA 4O12A 3QPYA 2G96A 2VOMA 6TIMA 7TIMA 2H90A 2V2DA 3NO5A 4TO8A 2Q3RA 2GUUA 3OVPA 4IX0A 4FNTA 2DJXA 3BV4A 3E0IA 1LCOA 5CGQA 1FWNA 5HJLA 5KITA 3MMTA 2CU0A 4UTLA 5AHEA 1PL9A 2YFNA 2VEPA 4LV9A 4GUIA 3LHUA 3CM4A 1GJPA 1LRQA 4Z1DA 4JEQA 4KFOA 3PAJA 4QJ1A 1NAL1 3UWWA 4DELA 4A2SA 1EIXA 3UWUA 4ZQNA 4FO4A 1OX4B 2Y6ZA 1KM2A 5F4SA 4O4WA 1VGAA 3HQ1A 5DCBA 3P82A 4QITA 4IJBA 1GYLA 3KXQA 3N3MA 3T55A 3QEZA 3WFAA 4N9CA 1E51A 4FNUA 4TMBA 4MY1A 5D05A 1R46A 3LHWA 1PCWA 2E1DA 4JXCA 2PCQA 1IIHA 1YTDA 4GC4A 1WYIA 1H7XA 3GYEA 1TTQA 1KLYA 2H8ZA 1P0NA 4Z1AA 5CZJA 4WD0A 3W1UA 4IOTA 4IGHA 2ZZ4A 4YXGA 3BW3A 4OHQA 2B7QA 4GXMA 1X7FA 1FWRA 3IIPA 2WV8A 1MXSA 2TPSA 2J24A 1WA3A 4DXVA 1W5OA 3I7SA 5BMXA 1OK4A 1YPFA 3U6WA 3MBFA 4HSOA 3W1QA 1LOQA 4MLRA 3EWXA 2PC4A 3G1XA 3KOFA 2CLMA 2X1UA 1RD5A 3ZS4A 3M41A 3BGGA 5KTLA 4RR4A 2G95A 3W2MA 3DHFA 3R13A 3MHGA 2X1TA 1R47A 4NVTA 3BG3A 3L66A 1JUBA 3L9CA 3I65A 3FYOA 1KFBA 1EP2A 1YDVA 3C0JA 5G1TA 5LNVA 5HINA 3QZEA 2J88A 2J9XA 1TV8A 1FCBA 4O16A 1VH7A 4UC5A 2ABAA 1G7UA 3NQFA 1KFKA 4UR7A 3GAKA 3N34A 3ABRA 2ZZ5A 1HUVA 4PODA 1MZHA 4O8RA 4ZQPA 3B0PA 2V30A 5K7JA 2X30A 3T40A 1W31A 2E6FA 3VI2A 4R7JA 1LRTA 3C4UA 2OMAA 4ZVJA 5CSSA 4AMAA 4FX7A 1VLIA 4QM1A 1L9WA 4N02A 3VNDA 4AEOA 1OVDA 5LKYA 3M5VA 2BWGA 2J6XA 1W37A 3LERA 4JTTA 4UIOA 1A50A 3W1RA 2YW3A 2QCMA 3KRSA 3W86A 3QJAA 3FA5A 5KMYA 1XC4A 1YTKA 3SECA 1Q6RA 1TPC1 4MOZA 3G18A 1GQNA 2GQ8A 4X3ZA 2Y63A 8TIMA 3D0CA 4XWUA 2QCEA 3WJXA 3IGUA 1WDWA 3P60A 3TQ0A 1TPUA 1Z44A 4K38A 2RFGA 2E77A 2PRHA 3QRHA 2Q8LA 1MO0A 4M5PA 3EX2A 2QAFA 5K4ZA 3MI6A 4N6FA 3DFQA 3O16A 2YYUA 4LV4A 5G4WA 3TFXA 1EUAA 3I7QA 4WX2A 2Y61A 3QH2A 3HG5A 4Q4KA 1KFJA 3PBVA 3W7GA 1F73A 3S9YA 3Q58A 1VPXA 3LRLA 2B0MA 2I14A 1VCVA 4IMCA 3B03A 5CZTA 2LLEA 1RQEA 1SZNA 1AL7A 4KFNA 4AF0A 4NZJA 1JVNA 4UFLA 1WBJA 4HNTA 4AAJA 4CQ8A 1W3NA 1ME9A 2VFEA 3QSRA 2IQTA 4G1KA 1PHWA 4WQ6A 3O06A 1F5ZA 1DQXA 1H7WA 3VE9A 3NQMA 1XBXA 2BTMA 2C13A 4NXKA 4JS3A 1KTBA 1LLWA 3W1TA 4GNJA 2BSLA 4O19A 4DF2A 4I7WA 4E2BA 3PVFA 3O6CA 5K9CA 3FJ6A 3W71A 2WNNA 2WNQA 4BI5A 2Y85A 2ZCGA 3BLFA 1F05A 3SR7A 4XTIA 4YMZA 3NAVA 1OFRA 1CW2A 4GFSA 3JS3A 4MKNA 2ATMA 3W2UA 2C18A 3DFPA 1LRNA 1RZMA 1Z48A 3LX9A 1ONRA 3L5AA 3W23A 4LW7A 1RPXA 3PUDA 1H60A 1X1ZA 2YSWA 2HTMA 5D38A 1JUEA 4TMCA 4HSNA 2FQIA 5D2TA 3UWQA 3WJSA 1QPOA 1H5YA 2WSRA 1HG3A 3DFOA 4NZFA 3C2OA 1OJXA 1KV5A 4O14A 4JTGA 1M7OA 5EYWA 1ME8A 2YX0A 4NX0A 3FEMA 1XBVA 2CW6A 3G1SA 3O1NA 4WY0A 3W7MA 3GXPA 3GDMA 4DF1A 3DFTA 4LUJA 2VXNA 1QO2A 4GWEA 3CT7A 1P4CA 1LM1A 3S6DA 2FPVA 5LNSA 3NG3A 4X2RA 4X9SA 1X6UA 3EXTA 3I7RA 3H55A 3NL2A 2VEMA 4M7TA 4K36A 4WOQA 4BWLC 3TW7A 4OT7A 3E9AA 1XBYA 4PEKA 2CWNA 3PSWA 2TMDA 1SFLA 3QMTA 1TPB1 1KFLA 1VCGA 2OT0A 4O52A 5E1QA 1IGSA 1L2UA 5DCDA 3NA8A 5FEZA 3HOJA 2NV2A 3O8AA 3L0KA 3CWNA 4UTHA 3FKRA 4UFKA 4QNWA 3GNNA 3MHUA 3NQEA 5HR6A 3P8IA 2RHGA 3SJ3A 1XFBA 4I9AA 4E2DA 3OEXA 1Z42A 4LVGA 1G7VA 3HF3A 3TMQA 3BARA 1WX0A 3QW4B 3S1VA 2QJIA 3FYPA 1OFQA 4UTTC 1P0KA 3G0UA 3O6YX 3HG2A 1X8FA 3CB8A 5D37A 5F2MA 1TPEA 1GVQA 1R2RA 4AF0B 4JICA 2ZFAA 1LBMA 1WXJA 5LNWA 4L4MA 1UCWA 2EKCA 5AHMA 5J5DA 1L6SA 2NUWA 4X22A 1EPXA 4LU0A 3S1UA 4MPQA 3DXIA 1ZNNA 3KX6A 1OX4A 2WQPA 4FHAA 5KZEA 5D04C 2VFGA 1I2NA 2DP3A 4O18A 4FIQA 4O13A 5H91A 1I4NA 1GVOA 1SO5A 3TUUA 5ABTA 2WNZA 1DOSA 5IBXC 4DPQA 2C15A 2PE4A 5I3KA 1B9BA 4ZQCA 4Z1CA 1IF2A 3N2XA 3OIXA 1OABA 3N2MA 1G69A 1ZCOA 5HUOA 3W75A 3ZR4A 1FUYA 3Q37A 4ZQOA 3R5EA 3UZJA 3L67A 4O15A 2X16A 2W79A 1H51A 1LZOA 2V82A 3LXBA 1KBJA 1V7YA 5CPMA 1S3HA 1DQWA 1THFD 2I9EA 1TPVA 4U28A 2C19A 2ALDA 2QCDB 1VYSX 5FF2A 1XI3A 2GPTA 5E93A 3P7YA 4Q33A 1M7PA 2J9ZA 1TQJA 4B5NA 1AK5A 3LHZA 5AYXA 3SY5A 1KBIA 1QNVA 4MZ1A 3I68A 1KLZA 3UXAA 1I2OA 3GKAA 5G2WA 3EWZA 4RCXA 3M6YA 4AWUA 2QUVA 2ABBA 1O60A 3W70A 1DKWA 1BTMA 1TPWA 3M0ZA 5DY3A 4Y96A 1OG0A 1O4UA 2A85A 4AWSA 4ALDA 3BLIA 3DU0A 1CX9A 3DFNA 5LGXA 1N55A 1YLVA 4MUZA 3W7CA 5G5IA 5DXXA 3USBA 2CLEA 1O5XA 4LS2A 3BW4A 3LCLA 3LTYA 2VELA 3CPRA 1H7RA 1P1XA 3W72A 5LNRA 4N6EA 3GVGA 4HNUA 3PUOA 4R33A 1EEPA 4Y8FA 1FCVA 3EX4A 4PC8A 5D2YA 2WKJA 2B4GA 4LRSA 5F2LA 5KZMA 2V2HA 1OFDA 4KWVA 2CLLA 1QPNA 2YGYA 3L21A 3L68A 5BOOA 5AYZA 3CEUA 4JDYA 5FEXA 2FIQA 2YCEA 3EWUA 1KM3A 1DJQA 4XKYA 2A6LA 4JTEA 4O0ZA 2EHHA 3NL6A 4LUIA 4N4PA 3DZ1A 1GTHA 1BWLA 3W84A 1I45A 3NL5A 1VCFA 3GR7A 4MFEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4LS1A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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