4LUI | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
sequence length	213
structure length	204
Chain Sequence	GSHMPKLMLALDVLDRDRALKIVEDVKDYVDAIKVGYPLVLSTGTEIIKEIKKLCNKEVIADFKVADIPATNEKIAKITLKYADGIIVHGFVGEDSVKAVQDVAKKLNKKVIMVTEMSHPGAVQFLQPIADKLSEMAKKLKVDAIVAPSTRPERLKEIKEIAELPVITPGDILNILDENDYVIVGRAIYQSQNPKEEAKKYKEM

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__014537166034965__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__014537166034965__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4LUI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__014537166034965__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"014537166034965","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4LUI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__014537166034965__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanocaldococcus jannaschii
publication title	Crystal structure of Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanocaldococcus jannaschii rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	74
structure length	204
sequence length	213
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2013-07-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4luiA00

5A5WA 3IRDA 2Y63A 1X6UA 3SI9A 3SSJA 3C2OA 3MP5A 1F73A 3BK0A 1H61A 1EP3A 3W2KA 1LTDA 1QWGA 2R14A 3P62A 4A3UA 3W7GA 3S1WA 1VPXA 3W9ZA 1JCYA 4RJEA 3TAOA 1XBVA 3OA3A 2TMDA 1W0MA 2HSAA 2V30A 2XFWA 3TFXA 5AC8A 5FESA 1AW5A 3A9IA 5HJLA 1VC4A 1OYAA 1ZNNA 4MLJA 1QDSA 4E38A 2B4GA 4Q33A 3HBLA 2E5BA 1SZFA 1YTEA 2CFFA 3B8DA 1EP2A 3E0IA 4JTHA 5CPNA 3G1HA 3NQAA 5LSMA 5F2IA 5G2HA 1G67A 2O7QA 2E6FA 2E68A 1HFBA 3QQ1A 3DHFA 1PIIA 3RMJA 4ADUA 5ABTA 4A22A 4N9BA 4WQ6A 1WAUA 3TE9A 1ZFJA 1RQBA 3E12A 2BTMA 1K03A 2NUWA 1KTCA 5CZSA 1OK6A 2EHHA 3L5AA 5HINA 2C3ZA 2DZXA 5FEWA 1VS1A 3FKKA 4NNBA 1WOBA 3TJXA 3LI0A 1G7UA 3G1DA 7TIMA 2RFGA 1DBTA 3G0UA 1R46A 3GLCA 2GUUA 2J6XA 2VENA 4JX4A 4R34A 3G18A 3BO9A 1OVDA 3HPSA 1KLYA 4ZQOA 4N9CA 3H53A 2FJKA 5AB3A 2ATSA 1KLZA 3W88A 1BWKA 4FNUA 3CEUA 1D3GA 1L6YA 1SW3A 1L2UA 2XN0A 2ZYFA 4H4IA 4A2RA 4IMDA 3STCA 3NA8A 3G3MA 2QCFA 3W1LA 1SZGA 1YDVA 3THAA 1SQ7A 2E5DA 1H1YA 5A8GA 5DXXA 3P8JA 2OT0A 1RD5A 1VYSX 3ANYA 3CU2A 3LBCA 4ZZ9A 3DHDA 1Z48A 2O7SA 4ALDA 4M7TA 1ICPA 1GG0A 1M6JA 1CX9A 3KHJA 4CCCA 2ZFAA 3TAKA 1Q6RA 4BI5A 2V5LA 2YCEA 3TU9A 3TW6A 1TCDA 1VR6A 5D30A 3N19B 4ORMA 2GJLA 4C1LA 4UCGA 4NNCA 2KZHA 3UD6A 1F6PA 3LOTA 3W1AA 4O19A 2QR6A 2QF7A 4JICA 3EXSA 3UWZA 3CC1A 2Z6JA 4IQLA 1KFBA 1X8FA 3OEXA 4MLRA 4PH6A 5I3FA 3P7YA 1VJIA 5I3GA 3W7MA 5D32A 3UXDA 1MEIA 4NX5A 3PVFA 1OFRA 2BLEA 1W3NA 4NT0A 3C2VA 3T7VA 1FUYA 1P4CA 1VLWA 1V7YA 1UUOA 3U2OA 2QEZA 4PC8A 3BGGA 5DY3A 4DO6A 1RZMA 3LCLA 1B3OA 3N9SA 4LWWA 4HIBA 5HQEA 1QOPA 3MJYA 1WBJA 1TTQA 3B06A 2FQIA 4QNWA 2YXGA 1I2RA 4IOTA 1EIXA 4OHQA 3L2IA 1DOSA 1B9BA 3KVKA 3TQ0A 4IMGA 3UZ5A 5F1VA 3IIOA 3W1RA 3W7NA 5CZTA 3HPZA 1OX4A 2A0NA 1QPRA 2WOQA 2Y62A 3MBDA 3PWAA 2NX9A 1C9DA 1GPWA 2Z1BA 4IWWA 1FCQA 2X1RA 3ZWSA 1IIGA 3QJAA 2F84A 4UTHA 4RZ5A 1WDWA 4S2BA 3O1NA 1JCJA 3I7RA 4ADTA 2NXGA 5CG7A 2DU2A 1YXYA 3W2JA 3ZS4A 4K38A 1TQJA 5TQLA 3PUOA 4Z08A 5U7SA 3UPBA 3PG8A 2TRSA 3C4UA 3WJWA 4GUGA 3F4WA 2I14A 4HHPA 4IPJA 4JN6A 1TQXA 2QJHA 2CLMA 2C13A 4JYFA 1XXXA 2NUXA 3GKAA 5HWJA 5F4WA 4CNOA 1T0OA 1TPH1 3R12A 3STEA 2XN1A 2NLIA 3NPWA 3LCIA 4UTUA 1J2WA 4DF2A 1IGSA 4EVZA 5D2TA 5CZ0A 3GX9A 3STGA 2ZTJA 3G3DA 3TJLA 3LHVA 4LRSA 2WO5A 2PRLA 2X1UA 4NJHA 4NUWA 3T44A 1KFKA 3HPXA 1MXSA 3WJZA 1JRCA 3NEVA 4MYXA 1GT8A 4AWSA 4LVAA 3W70A 2A7RA 2XN2A 1JCNA 3LXBA 1QCWA 1GVRA 4GBUA 3LI1A 4JYDA 2C0AA 5EYWA 4LY8A 5G1YA 1FDZA 3KXQA 1FWWA 4FB7A 1P0KA 4GNJA 3O8AA 2CLOA 1OJXA 1A5SA 1NSJA 4O1BA 3SY5A 3TDFA 4BR1A 5AC7A 2OMAA 4PL2A 3DBPA 1Z44A 2Y6ZA 1H5YA 4UNKA 3L68A 4IJBA 2A6LA 1SO4A 2ZZ6A 4UR7A 5KSWA 2DZUA 4OV9A 1H51A 4UTJA 3S8HA 4FX7A 4HSOA 2Y70A 2QKFA 5F4XA 1G4SA 1OFAA 3G1VA 1W5NA 2GVJA 3PULA 4UXDA 2FPTA 3H54A 4NJJA 5K7JA 4I9AA 4ML9A 4QIUA 2NWRA 2A85A 5DBUA 2EF9A 2E6YA 4IX0A 2QAPA 5K3VA 1EA0A 1Z41A 2Z2UA 2PURA 3P81A 4LC8A 2ABAA 3CPRA 1XKYA 4YXGA 3EX2A 1WV2A 3ABSA 4QJ1A 4YWIA 3O05A 3M5YA 3NM3A 4CQ9A 4K37A 3C0JA 3HGSA 1KFJA 1FDYA 1UB3A 1OYBA 2GQ8A 3TV8A 3GVGA 5D37A 3W1TA 3GAKA 2DZSA 2HS8A 1W3TA 4IPIA 4L4LA 2AAMA 2WSRA 1SW0A 4WX2A 2J27A 4JYEA 1EB3A 5BW6A 1JCXA 4TR9A 3N14A 3M47A 1TREA 3DI0A 5HMSA 5LNSA 1XI3A 3NDOA 2GQAA 4EF8A 5LZLA 3LCGA 4UMAA 1HUVA 1F76A 5BNKA 5AHFA 5BRBA 3MUXA 4X22A 4A29A 2WKJA 4FX6M 3L67A 3FS2A 2A2IA 1O5XA 2H8XA 3DU0A 1P1XA 1NAL1 1A50A 3U6WA 4LVDA 3LHUA 4WD0A 4FF7A 1O94A 3KVJA 2ISVA 1I4NA 2ZRWA 3G1YA 1S5TA 3W2MA 3MHFA 3BVJA 3PAJA 3A22A 2ZDRA 3B0PA 1EP1A 3EWZA 3W74A 2WNNA 4XZ9A 3HG2A 1ZJIA 1QR7A 3ABRA 1FXQA 1HO4A 3Q58A 4KFOA 5J5RA 2EAWA 3K30A 3L0KA 4PFMA 3HJZA 2X1SA 4LW7A 3ATYA 4ZMGA 3NQVA 3QM3A 2C6QA 4NXSA 4ZQRA 3UNDA 2H3DA 4GRSA 4XWUA 1AW2A 1VCVA 3UWWA 5L6UA 1X1OA 1KA9F 3R5EA 2YGYA 4WY0F 3SW6A 1QO5A 4XBSA 4Q32A 4BI6A 3L0NA 2W0UA 3BGJA 4LS2A 5AC6A 3DKJA 2ZA1A 3W7QA 4RZ6A 3W7HA 4TMCA 4LTSA 3LERA 5C6MA 3IVTA 3W7PA 3OG3A 4WXZA 3TMLA 1C29A 3PC0A 3C3NA 1KFCA 4E2DA 1SFJA 4WUIA 3NG3A 3EEGA 4Y96A 3UXAA 1V5XA 2H3BA 3LTSA 3TCEA 2OJPA 5DXYA 1ME9A 1ADOA 1MZHA 1Q6QA 4Y90A 4X9SA 1RQHA 3BPWA 3F1QA 4EWND 1JR1A 1GTEA 1W5MA 2WNZA 1FWTA 4IGHA 1KFLA 3PUDA 1SZNA 5D33A 4PL1A 1OF8A 2CU0A 2JKAA 2PRMA 3M5ZA 1DJNA 1DHPA 2BZNA 2QUVA 4RK8A 3E9AA 1XBYA 4X3ZA 3G1SA 5CGQA 5U4NA 1L6WA 3CT7A 4DEFA 2CZEA 3ZFHA 4O0KA 4FNTA 3C2FA 4JX5A 2WJZA 2PC4A 4BK9A 3G8RA 3S1VA 4AVFA 1B57A 4GWEA 1QMLA 2FIQA 1RR2A 5LNUA 2NV1A 1NVMA 3A5FA 5HR7A 3W7DA 1ME8A 1LBMA 2BX7A 4IMFA 2WNQA 3LRKA 4O16A 4PTNA 3EX6A 3KRZA 2E77A 2B7PA 2J88A 1OHLA 4O4VA 4ADSA 4E0CA 3SFKA 1LORA 3DFPA 1KBIA 3LTPA 3WJSA 4AH7A 1JRBA 3TUUA 1XUZA 2YPIA 4JNMA 3LHTA 4R7JA 5IBXC 4O13A 5G2IA 3LBMA 3O06A 4FO4A 1QPNA 3RFAA 3C52A 5CZJA 1N7KA 5D2VA 4XQ6A 4CCDA 1G6CA 1MO0A 3KFTA 1GYLA 2DORA 1XCFA 1F74A 3MYOA 1W37A 2OT1A 1OFOA 4MVAA 4UFLA 3I6RA 2G95A 2X16A 3VFLA 2F7FA 3T78A 3W87A 3W22A 3TK7A 3QW3A 3HGRA 3ABQA 5FI8A 4YLWA 4JTIA 2GVLA 3U8GA 4O18A 2ZZ1A 1WYIA 2X2GA 3W75A 1W5PA 1J4EA 2RDTA 1R2RA 3TC6A 3GDMA 3DGRA 3INPA 2ZCGA 2QCNA 1KFEA 4MY8A 3W76A 2DP3A 3KRUA 1D3HA 1KM1A 3NL5A 4OE7A 1Q3NA 1ZHAA 3T40A 3W7KA 5FEXA 2C15A 1IIHA 3PB0A 5TBOA 2V81A 1TPUA 4ZL1A 2VFEA 4OQVA 4UTIA 1XL9A 4MZYA 1S5WA 5IM51 4OU1A 4O11A 3E02A 1DKWA 2PE4A 1K3UA 2ZA3A 4FX8A 1HG3A 3WJYA 1VCFA 2YDAA 4QITA 3JRKA 3SGZA 4K8EA 4YCPA 1VGAA 1DJQA 4QSHA 4WY0A 4O53A 2RDWA 4HPXA 3VCRA 3EX3A 1SZEA 2QDGA 5D09A 5I3KA 3TMQA 3L21A 5AHEA 2VC6A 1YPFA 1Q6LA 2YSWA 5FF7A 1H63A 3B05A 2V2DA 4RV8A 2NWSA 5LGXA 4LRTA 1LCOA 3GNNA 1SU5A 3DXIA 3TC7A 3P80A 4DXVA 4BI7A 8TIMA 1PE1A 1KTNA 4AHQA 1ZAIA 1FWSA 1GZGA 4M5PA 2ZTKA 3Q2DA 3N34A 1UCWA 4UTKA 3RNDA 1UBSA 3LLDA 5EKYA 1G69A 5K9XA 3OBKA 2QCHA 1LOQA 3JR2A 2JKPA 1X7FA 3PG9A 4EIVA 3O63A 3C6CA 1EX5A 3TROA 4AXKA 3T4CA 4UNLA 2C16A 1PCKA 4N02A 1TB3A 1R2SA 5G5IA 4FHAA 3LCXA 2E6DA 1SO6A 4K7YA 3GB6A 3P74A 3TXVA 4Q4KA 1DVJA 2GOUA 1JQVA 2E09A 3MP4A 2QCEA 3OVPA 5LGZA 2JK2A 4I7VA 4Z1BA 4NJIA 3W7EA 4WOZA 3LRLA 3R13A 1VYRA 2FTPA 1LLZA 3FYOA 1WXJA 3RU6A 2NX1A 2CLKA 2TYSA 2OX1A 2I9EA 3UWVA 2E6AA 1TPVA 4U28A 3UY8A 3W85A 2WPBA 5MHBA 3DFNA 3LHWA 3W7JA 4UMBA 4AMAA 3QW4B 4CQAA 4L4MA 1OFQA 4GUIA 3QMTA 4HPJA 1XBZA 4Z0SA 5KZDA 1R30A 3CB8A 3FFSA 4D2JA 1M5WA 1CW2A 2Y61A 3RF9A 2H6RA 3W1MA 3JS3A 4HNNA 2C14A 3TW7A 1AL8A 5LHFA 5AYZA 3D0CA 1Q6OA 1I2QA 1H7RA 2B7NA 2FPVA 1FQ0A 4LOCA 3G1FA 5EY5A 4N9DA 1QPOA 1Z42A 3QZEA 2TSYA 3DENA 4WOQA 2CZFA 1G7VA 3L65A 3KRSA 1G4PA 3RK8A 3MBFA 1WOAA 5AHLA 1TJRA 5CSRA 4AHPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2NXH A;  2ZZ3 A;  1FKX A;  5E0K A;  2J8T A;  2FDS A;  1RH9 A;  3ZT7 A;  1Q7Z A;  4Q8Q A;  1J10 A;  2BSL A;  2BGQ A;  4K2S A;  3SDO A;  1X98 A;  1MWO A;  3UG5 A;  4JFS A;  3B8I A;  4KER A;  3B3D A;  3MVT A;  4H2C A;  4BWL A;  5EA9 A;  2BGS A;  5FJO A;  4EP8 C;  2FJU B;  2E1D A;  1W32 A;  1VFM A;  3GHU A;  1RCX B;  1UH4 A;  4MZ1 A;  1TTP A;  4LUJ A;  2GDV A;  1AD4 A;  3C8F A;  1CBG A;  1YDY A;  2D22 A;  1HO1 A;  2GGG A;  2V3E A;  3CYJ A;  4L56 A;  2EPN A;  3GG1 A;  1CI1 A;  4UTT A;  5C55 A;  1OC6 A;  1NF0 A;  5EPD A;  2VC5 A;  2A79 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4LUIA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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