4LUIA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanocaldococcus jannaschii
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
213
structure length
204
Chain Sequence
GSHMPKLMLALDVLDRDRALKIVEDVKDYVDAIKVGYPLVLSTGTEIIKEIKKLCNKEVIADFKVADIPATNEKIAKITLKYADGIIVHGFVGEDSVKAVQDVAKKLNKKVIMVTEMSHPGAVQFLQPIADKLSEMAKKLKVDAIVAPSTRPERLKEIKEIAELPVITPGDILNILDENDYVIVGRAIYQSQNPKEEAKKYKEM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanocaldococcus jannaschii
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanocaldococcus jannaschii
total genus 74
structure length 204
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4luiA00
1OF8A 3VE7A 2H3BA 3PSWA 1N8FA 3N2MA 1YDVA 4AH7A 5F4XA 3MYOA 4C1KA 4CNNA 5A5WA 2V8ZA 1G4SA 3NG3A 3W7RA 1H7PA 3NZ1A 4GNJA 3TFXA 1M7OA 3G1VA 3NPXA 4O11A 4YXGA 2E5BA 3TQ0A 1ME9A 2H8XA 2Z0IA 3QW3A 1UCWA 4LT9A 3W6YA 3PM6A 2Z2UA 3G1XA 2V2CA 4IPJA 3SFKA 1KLYA 1KM6A 1TPEA 4KWVA 4GJ1A 1YADA 1JCJA 3EX6A 3MMTA 2X16A 3B05A 5L6UA 1FWTA 3AJXA 3ZR4A 2PRHA 3P82A 2QDHA 1SSDA 3TR2A 1ZALA 4UTKA 2J9YA 2EAWA 3W1RA 4PTNA 1THFD 3S9YA 4LVGA 1L6WA 2ZRVA 4M6PA 3I65A 2QJIA 3QH2A 1T99A 5K9XA 2YPIA 3HGRA 3W7KA 3HQ1A 3IGSA 3Q58A 4RZ5A 3W1UA 3LBMA 2GOUA 1I2OA 3TCEA 2RDUA 2JGYA 4QNWA 4MZ1A 2ZRYA 3FIGA 2BX7A 1ALDA 1DJQA 3WK1A 4QQ3A 2ATSA 3LV5A 3B04A 1I8JA 3N19B 3GKFA 3TAKA 4EOUA 1QPQA 3M7WA 1KBJA 2DJXA 2FQIA 1EUNA 4EVZA 2A21A 4RKAA 4O52A 2VKZG 4Z1BA 3MI2A 4UUIA 2F7FA 4GXMA 2NXIA 5C5YA 1TQJA 3W87A 2JBMA 4HPXA 3CWOX 3KVKA 3GZ3A 1LORA 1SSGA 1MO0A 4XBKA 4B5NA 3T55A 1KM5A 2A6NA 2W79A 1T0OA 4NNCA 4PCFA 1TJPA 4NZJA 1UASA 3WJWA 4MY9A 2Y7DA 1NF7A 5AHEA 1JJKA 1MXSA 1X1OA 1LBMA 3NPUA 3USBA 1TPUA 2ZA3A 3NL5A 4FNTA 4QITA 3B0UX 2ZZ6A 1O5KA 3QF0A 3BW2A 4ONVA 1W37A 3NPWA 3W72A 4MJZA 2NX9A 3QQ1A 2WPBA 1VC4A 4ZQPA 1PL9A 1EX5A 4FEZA 4LV9A 5C6MA 4Z0JA 4UMAA 4HT3A 3W73A 3DGRA 1A50A 1UB3A 5HQEA 3V1PA 3G3DA 4FNUA 2BXVA 3S8HA 1KM1A 1OFBA 5FF3A 2WSYA 3MYPA 4IJBA 1VZWA 1O4UA 1GPWA 3DHFA 2PRLA 1LCOA 3O6CA 5EA9A 1M7PA 3CU2A 5LNRA 3TQKA 3THAA 5F2GA 3UZJA 1JRBA 1XFBA 4BFAA 3GDMA 2PE4A 3LHZA 3LV6A 1LZOA 1VR6A 2ISWA 1OFEA 4JTLA 5CSRA 3FYPA 1KFJA 3GDLA 4PL1A 3UWVA 3QPZA 4OQVA 5CPNA 1HFBA 2XFWA 3HG4A 4I7UA 3HPSA 3P62A 2VC6A 4M7TA 4TIMA 5D2YA 4LV4A 3TROA 3PB0A 4D2JA 4O17A 4JTHA 3W2MA 5AC8A 3A22A 4BI6A 3VE9A 4O13A 3ABOA 3LCHA 1YYAA 4MOZA 4Z1DA 5J5RA 4OE7A 5C2XA 1FX6A 2V5BA 2X1RA 1PCWA 5AFDA 4JEQA 4JY9A 1S5WA 2E09A 4X22A 5BRBA 1VGAA 5D30A 2ZRUA 4O4WA 4JTEA 4RK8A 4NJGA 4WXZA 4MUZA 1P0KA 1K8XA 3M6YA 2DZXA 4K39A 4GC4A 4MKNA 3O15A 2J24A 4CCEA 4MJMA 3IIPA 1A5BA 4JTUA 4DXVA 3EWUA 5D32A 4O8RA 1GJPA 1QPNA 1A5CA 2WO5A 1XBVA 1DL3A 1OYBA 3UWZA 3W88A 1T96A 3MHUA 2C16A 1TRDA 3SR7A 3W9ZA 3E02A 1AL7A 1JULA 3W83A 3LRMA 4A2SA 1X8FA 3W1MA 1WXJA 2DU2A 5LHEA 1I2NA 4AWUA 1FCQA 2WKJA 4L4MA 3FKRA 4NT0A 3BO9A 1K7XA 4DBEA 1SW0A 3B06A 4MIMA 3I7SA 4MZYA 1WV2A 3UXDA 3FA5A 1NFBA 3M0ZA 3AO0A 3W2UA 4Z0SA 1TV8A 1W3IA 2QCCA 3YPIA 4FHAA 3LRLA 2OJPA 1FBAA 5DXYA 2W6RA 4IGHA 2QCDA 3M5ZA 5F2IA 1V5XA 6ALDA 1VRDA 1XC4A 1N7KA 5CPOA 2B7NA 1Q6OA 3E12A 4K8EA 1HTIA 1FXQA 1XUUA 4XBSA 2VOMA 2A5HA 1AMKA 5DBUA 2CZDA 2AQWA 2FB3A 2FDSA 1H60A 1MZHA 4O54A 2E6FA 1LBFA 4AB4A 3UPWA 4DELA 1PV8A 2JKEA 3W7LA 3M9YA 3THQA 1XBZA 4ZVJA 4DO6A 4AXKA 3EEGA 4Z08A 4TU1A 4WOZA 5AHNA 1VYPX 3N14A 4YWIA 3C61A 3KOFA 4A21A 3W3OA 1ZHAA 3IIOA 1MEWA 2XN2A 5DELA 4HPJA 5G1TA 4AHPA 1P4CA 1QO5A 1OHLA 1RQBA 1LTDA 1G69A 3P61A 3WK0A 3P7YA 5H2ZA 3P81A 3TE9A 1LDCA 2E68A 4UFLA 2W0UA 4GUIA 3QMSA 1DORA 3W22A 3TMQA 5EPDA 3R5EA 3HBLA 3KFTA 1KFCA 1OABA 3BLEA 2X1UA 1ML1A 2RHGA 3QYQA 4FF7A 1FUYA 3NL2A 4FNRA 1F6PA 2CZ5A 4QM1A 1SFLA 2OCZA 2V0TA 4UTTA 2Q3RA 2TSYA 4XKYB 4E2BA 3ATYA 5F1VA 1LBLA 2O7QA 3PBUA 4RV8A 2OX1A 3SJ3A 4FIQA 1FXPA 2R14A 2ZCGA 2LLEA 1KA9F 1F76A 3TV8A 1K8YA 4XKYA 5G2WA 3OVRA 1EUAA 4ADUA 5AYXA 4CQAA 5TIMA 2BTMA 3EXTA 4PA8A 1W5NA 3NQEA 5AC7A 1QDSA 1S5TA 2AAMA 2HS8A 4JICA 4UC5A 2JK2A 5KMYA 3W1NA 3GR8A 1X7FA 4LVFA 1TJRA 1FQ0A 4O53A 5G4WA 3ZWSA 3OIXA 5DCBA 2H90A 4A29A 3EKLA 1OVDA 2YW4A 3B0VC 2Z6JA 4PL2A 1BEUA 2E77A 4O16A 5BMXA 1V7YA 1YLVA 5C54A 3NM3A 3A21A 5TQLA 3TQVA 2ISVA 3HMJG 1JCMP 1XDLA 1G4TA 1YXYA 3LCWA 4LWWA 3L5MA 2YX0A 2NUYA 1EIXA 2GVJA 4UCGA 3S5OA 2CLIA 1YXCA 1GQNA 5CPMA 3TSBA 1ME8A 2P1FA 3M47A 3HG2A 1BWKA 3RU6A 1TTIA 5D2WA 4MYXA 1LLWA 2QR6A 3W71A 3FJ6A 1A5AA 2WSQA 1ZAHA 4UTIA 3GKAA 1SO5A 2QJGA 4WX2A 4UTTC 2VEPA 3IIZA 4TR9A 3W7OA 4HKPA 3EXRA 1YPFA 5FEXA 3TIMA 3FLUA 3QJAA 5LSMA 3W1AA 3G1HA 1TV5A 2QCLA 2V81A 1KFEA 2ZRWA 3PG8A 3P5YA 1AG1O 2H8ZA 2E5CA 3HGJA 3NGJA 5LGXA 4IUOA 3UWWA 5AHLA 3G24A 4XTIA 3L65A 3SZ8A 4NXSA 3W1TA 4EF8A 3ELFA 5I3KA 3E49A 1MEIA 1T8XA 5AOUA 1RD5A 3LXBA 3GIYA 3GNDA 1RR2A 2RH9A 2A4AA 3QFEA 1Q3NA 1YDNA 2R8WA 3L9CA 1TPB1 5LGZA 3A9IA 1Q45A 1WOBA 4GUJA 2A6LA 4JTSA 1QNVA 3NQCA 3BW4A 2I9EA 4LOCA 4LU0A 5FF2A 4FNPA 1B4KA 3PBYA 4WY0F 4IMCA 3QSRA 3MHFA 4EF9A 1LOQA 1H5YA 1OYCA 1TPWA 2NWRA 1I45A 1C9DA 3C2FA 1N55A 3G1AA 4CQ8A 4R53A 4JIPA 5CZ0A 5EKYA 1VHCA 3O6DA 1C29A 1H50A 2BSLA 3W1XA 3NEVA 5D37A 4MFEA 3O1NA 1EP1A 6TIMA 1KTBA 3WJXA 1JVNA 3TDFA 3TH6A 1OFQA 2NZLA 4N9BA 1F6KA 3DBPA 4YL2A 1OX4B 1SZFA 2J88A 2V2DA 3LGEA 4UNKA 3OVPA 3JS3A 1JQVA 3O06A 4LVBA 3S5ZA 2EGZA 2GQAA 4XUGA 4E2DA 1GTEA 4GE8A 5H91A 5D38A 1XL9A 1VYRA 1PHQA 3RNDA 4N2YA 1EB3A 1KFBA 5F2MA 3TJLA 1WAUA 4FXRA 2FPVA 4KKXA 4LS1A 1H1ZA 3DFQA 5IM51 1RPXA 1PIIA 1OFDA 2YYUA 1TQXA 3NZRA 2VEKA 3NL3A 1NEYA 1L2UA 4ORMA 3LLDA 4OV4A 2QCMA 3TA6A 4N9DA 3TU9A 1B9BA 2Y7GA 4C1LA 1R2RA 1YDOA 1JUBA 2OT1A 4KFOA 4MY8A 2GJLA 2I1OA 3HG3A 4JTTA 4YMZA 1PS9A 3HIJA 1LROA 4LVDA 3KVLA 3W7DA 2QEZA 1RZMA 4HIBA 2Q8ZA 2KZHA 5K3VA 1TB3A 4LC6A 3V75A 3A5FA 5D05A 1KW1A 2Y70A 1JCXA 1PHWA 4FX8A 2FPYA 5BNKA 1YTEA 1FCBA 4UR7A 4M7SA 2TPSA 3QW4B 3IGUA 5KZMA 3ABSA 4BK9A 4H6KA 4E38A 3CB8A 2BZNA 3KAOA 4CNOA 4O19A 3A5VA 3C3NA 3FEMA 3MI3A 5CZSA 4A2RA 3N73A 3UWQA 5DCEA 2B7QA 1SUXA 2BLEA 3N9RA 2H6RA 4DBDA 5G5IA 3PUOA 1GG0A 3G0SA 5U7SA 3BVJA 2A1YA 2Y7EA 1H1YA 1TTQA 2GJNA 3NPVA 1ZAJA 4IX2A 5BOOA 4UTWA 5SWUA 1K02A 2NXHA 2DZSA 1FCVA 3STEA 4ZQCA 1ICSA 1HL2A 2ZRXA 3C52A 3LCXA 1O5XA 4M5PA 3W7QA 4UMCA 3W7HA 4O1BA 3U2OA 4IMDA 3GDTA 4FNSA 2GVLA 3TUUA 4AEOA 1H7RA 3C2RA 3MJYA 2ATMA 1ZJIA 4RCXA 4LW7A 5KITA 1SFJA 3S5YA 2ZFAA 3WK3A 2ZBTA 2QF7A 1KTNA 7TIMA 1ZNNA 2G97A 1EP2A 2PURA 2P10A 3BG3A 1Z41A 1L9WA 4UFJA 3STCA 1LLZA 3E9AA 5K9CA 5HMSA 2X1SA 1OF6A 3KRSA 3LTYA 4Y96A 5J5DA 1Q6RA 4JTIA 1TPFA 2EKCA 3G0UA 3LRKA 3O05A 3M5VA 3H53A 1RQEA 5I3HA 1W0MA 3NA8A 4KFNA 1XDMA 1QOQA 3R8RA 2VFGA 1RQHA 2RDTA 3BW3A 4N9EA 4GBUA 4ZMGA 1U83A 1NVMA 3FYOA 2A85A 4IMGA 3W7MA 2YFNA 2WJZA 4ADTA 5CZTA 3W7EA 2CFFA 5L9FA 4IXHA 1GVSA 4O0KA 3QRHA 4IWWA 2C3ZA 2FPTA 3QM3A 4MVAA 5AB3A 3U6WA 2PC4A 3JRKA 3NXFA 4PC8A 3GX9A 3NQMA 5FI8A 5GVJA 2OZ0A 4WD0A 2EPHA 3S1UA 4LC8A 3DFOA 2Q3OA 3G1SA 4WOQA 2A0NA 5LNVA 1QR7A 1FDYA 4UTWC 2GPTA 3I68A 2J9ZA 5K4XA 1S3HA 3O07A 1XCFA 5D03A 3SGZA 3RK8A 1XKYA 5TBOA 1H61A 1SU5A 4A22A 5I3IA 2V5LA 5DY3A 3HF3A 2Y7FA 4GUGA 4IMFA 4JTFA 1VCGA 4QJ1A 5DCDA 3SGUA 2QCGA 1W5OA 1W5QA 3LERA 4Y9AA 4UR8A 5HR6A 1EWEA 4PFMA 5G2HA 3WJYA 3P8IA 3LCFA 4PODA 1GVOA 2XN0A 4XTDA 1QPRA 1O95A 2HTMA 4QAIA 5LNWA 4HSNA 4JTGA 4K6AA 2V30A 4DO4A 1EEPA 3FOKA 2WSRA 1SZNA 4R33A 2NV1A 1YTKA 1X1ZA 2UV8G 1TPH1 4AF0B 3GXTA 3JR2A 2CLKA 1IXQA 4JDYA 1VS1A 4LRSA 2Y88A 5BW6A 3HPXA 2IQTA 3LOTA 3NQVA 3TMLA 4AF0A 3E0IA 4JXCA 2V9DA 4RZ4A 5KINA 2NUXA 1AW2A 3W1QA 1J2WA 2WNZA 3W7NA 3KRUA 2JKPA 5KZEA 2ZZ4A 2NLIA 3GR7A 4GUHA 1GVRA 2PCQA 3C8FA 4JYEA 3L5AA 5FF0A 1AL8A 4ALDA 3TJXA 3KVMA 1XI3A 1GWJA 3NQGA 2ZZ1A 3C2OA 2VFHA 2Y62A 3NO5A 4OWGA 1WYIA 3Q2DA 4MLJA 1ZENA 1BKSA 2Q8LA 3NVTA 2A7RA 1KFLA 3LB0A 4O14A 4JX6A 2HSAA 4UFIA 4AHOA 5E1QA 1J5TA 1MEHA 1TYGA 1W3TA 1XM3A 3DHDA 3PAJA 1H62A 4MYAA 1CI1A 3FJLA 3C2EA 2XN1A 2VXNA 3TC6A 3W7PA 1JUKA 3P67A 3RMJA 2WOQA 1X6UA 3DI0A 4WQ6A 4HSOA 1VLIA 4BI5A 4PEKA 1VJIA 1YXDA 4NJIA 1XXXA 4O57A 4JYFA 3CIXA 1QPOA 1D3GA 4BR1A 1W31A 1KM3A 1M5WA 3Q94A 3I7QA 3W84A 5F4SA 3CIWA 4BF9A 4E0CA 5IBXC 1BTMA 1VQTA 2WNQA 1P5BA 5AHFA 3CQ0A 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 1EPX A;  4MFD A;  3CPR A;  1R46 A;  4JY8 A;  4FXS A;  3PR2 A;  4M6Q A;  4TMC A;  3HGS A;  4OV9 A;  3EWZ A;  5D04 C;  2B7P A;  2NV2 A;  3STG A;  1GTH A;  1KBI A;  2C19 A;  1TV7 A;  4NJJ A;  3FFS A;  2VEN A;  5AYZ A;  1VPX A;  4WZH A;  4K37 A;  2J9X A;  4NU7 A;  4ORI A;  3GAY A;  2C6Q A;  4Y90 A;  3W23 A;  3PBW A;  2VFD A;  2YDA A;  4EWN D;  1QFE A;  1SW7 A;  5D2T A;  4I7W A;  1LYX A;  4LTS A;  1OK4 A;  3G1F A;  3UZ5 A;  1JRC A;  4NJK A;  3CT7 A;  3KVJ A;  1R30 A;  3GLC A;  4N6F A;  4RX0 A;  4UFK A;  1GYN A;  2C14 A;  1NSJ A;  3W07 A;  2JKA A;  3KHJ A;  3IIV A;  2NWS A;  4NVT A;  4DQW A;  4QIU A;  5DXX A;  3HO8 A;  4DF2 A;  3PS7 A;  4GWE A;  4DPQ A;  3M5Y A;  3N2X A;  3VFL A;  3MP3 A;  4WJE A;  5K9D A;  5CGQ A;  4AMA A;  1WA3 A;  4HNV A;  4NQ1 A;  2V82 A;  2YXG A;  3LBC A;  4P61 A;  4RLI A;  3LHU A;  4HNN A;  1I2P A;  4YLW A;  5HWJ A;  3TAO A;  3RF9 A;  3LCI A;  4UFH A;  2E1D A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2F38 A;  3BSM A;  2Z7K A;  5DML A;  1KD0 A;  4C6D A;  4B5W A;  2H3B A;  4F0H A;  4AZ5 A;  2G3F A;  3WQD A;  4C1K A;  2FGZ A;  1G1Y A;  3BH4 A;  1NFP A;  1XP3 A;  3TTE A;  3NZ1 A;  4FAL A;  1UD4 A;  2V67 A;  3MSY A;  1M7O A;  4O11 A;  3TTQ A;  1ME9 A;  2H8X A;  3QW3 A;  3V3W A;  2V2C A;  3KBN A;  1UQZ A;  1ZBW A;  1V6X A;  4KWV A;  3LSB A;  2C1G A;  1QAS A;  2J7B A;  1W9V A;  3B05 A;  3NCO A;  4G6C A;  3CV2 A;  1WKE A;  1FWT A;  3M0V A;  4HYW A;  4GZE A;  3M0I A;  3P82 A;  2E3Z A;  3QV6 A;  1VFF A;  1SSD A;  4W84 A;  4XZL X;  1XCW A;  4CNU A;  2WC4 A;  3EWC A;  3I4K A;  4U3A A;  5DF0 A;  1THF D;  1ZZM A;  3S9Y A;  2VC9 A;  1DTN A;  2ZXD A;  4M6P A;  4W8L A;  4Y9N A;  3KBM A;  2XU2 A;  2YPI A;  3WF3 A;  3HGR A;  4CD5 A;  3IGS A;  2PGE A;  4UZS A;  2GOU A;  1FFR A;  3FXY A;  2V5D A;  3H7R A;  3VC5 A;  2PDQ A;  1ALD A;  1YX1 A;  4QQ3 A;  5J8L A;  4NZ1 A;  3EMC A;  1I8J A;  3TAK A;  3GKF A;  4DJD A;  1QPQ A;  3M7W A;  3BCF A;  4EVZ A;  3UG3 A;  3VGB A;  4UOZ A;  2VKZ G;  4GBD A;  4GG9 A;  2DSK A; 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 5E09 A;  4BI6 A;  3R6I A;  1OZQ A;  4PR4 A;  3VE9 A;  1WDP A;  2QPX A;  5C9W A;  4MMW A;  4F0L A;  3AZT A;  4L1X A;  3GG8 A;  3LN3 A;  4H7V A;  2IQ0 A;  1UHV A;  1WXZ A;  5AFD A;  1S5W A;  3R11 A;  4U10 A;  1NWU A;  1VGA A;  3TTO A;  2ZRU A;  4O4W A;  4JTE A;  3SCN A;  4CEU C;  4NJG A;  4QTG A;  4WXZ A;  4QJ4 B;  4MUZ A;  1K8X A;  4GVH A;  3CS2 A;  4PBG A;  2DZX A;  4OZO A;  4MJM A;  1PYM A;  4DXV A;  3AUJ A;  1TJ1 A;  1RJQ A;  4O8R A;  2YOC A;  1FTX A;  1E71 M;  1WPC A;  1XBV A;  1A5U A;  1OYB A;  3I3E A;  4H83 A;  3MHU A;  5EMY A;  2C16 A;  4G7E A;  3SR7 A;  2QPS A;  1HXJ A;  3E02 A;  1AL7 A;  2INZ A;  1U1H A;  3LZ3 A;  3UZW A;  3WFZ A;  1E4I A;  3W83 A;  3LRM A;  3AIQ A;  3W1M A;  2DU2 A;  3FKR A;  4DUO A;  3BO9 A;  4H9X A;  5DRC A;  5J04 A;  4DBE A;  4HZ8 A;  4V27 A;  3CQH A;  1SW0 A;  4YVX A;  5CAH A;  4ZR8 A;  4TVC A;  3FA5 A;  3VKC A;  3HJE A;  4HCH A;  4F0R A;  3W2U A;  4S23 A;  3GG0 A;  4IIF A;  3LLX A;  1W3I A;  4BCE A;  4FHA A;  2OJP A;  1TA3 A;  3BCJ A;  4IGH A;  2QCD A;  2BOF X; 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