4LY8 | Genus

Total Genus 118

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	118
sequence length	298
structure length	297
Chain Sequence	MDKNIIIGAMTALITPFKNGKVDEQSYARLIKRQIENGIDAVVPVGTTGESATLTHEEHRTCIEIAVETCKGTKVKVLAGAGSNATHEAVGLAKFAKEHGADGILSVAPYYNKPTQQGLYEHYKAIAQSVDIPVLLYNVPGRTGCEISTDTIIKLFRDCENIYGVEASGNIDKCVDLLAHEPRMMLISGEDAINYPILSNGGKGVISVTSNLLPDMISALTHFALDENYKEAKKINDELYNINKILFCESNPIPIKTAMYLAGLIESLEFRLPLCSPSKENFAKIEEVMKKYKIKGF

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__938186248918333__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__938186248918333__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4LY8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__938186248918333__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"938186248918333","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4LY8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__938186248918333__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Campylobacter jejuni subsp. jejuni
publication title	Tyrosine 110 Plays a Critical Role in Regulating the Allosteric Inhibition of Campylobacter jejuni Dihydrodipicolinate Synthase by Lysine. pubmed doi rcsb
molecule keywords	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
total genus	118
structure length	297
sequence length	298
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2013-07-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4ly8A00

3SY5A 3G1VA 4FEZA 4FX8A 3KFTA 2A1YA 5G2HA 4E2DA 3N9RA 2Q3RA 3C0JA 3W83A 5BMXA 1FDZA 4LVBA 3EX3A 4IX2A 1A5SA 1S3HA 1VHNA 1GVQA 3PR2A 1SFLA 1W5MA 4DO5A 3SZ8A 5I3FA 1PCWA 5KMYA 1H1ZA 4Q32A 1JR1A 4UTWC 3MI2A 2ABBA 4O1DA 1JUBA 3P8IA 4QM1A 1YTDA 4N4PA 2G5WA 2GQ9A 3O07A 4TMBA 5FF2A 2A7NA 2NXGA 5T26A 1GPWA 3WJWA 1ME7A 3C2VA 3EXTA 1T96A 2QUTA 4Z0SA 2J9YA 5AFDA 5AHLA 4N9DA 1LDCA 3EX2A 1UASA 4JTKA 4AVFA 3UZJA 3IIOA 3NXFA 4NXKA 5DN1A 3NOEA 3OHIA 1Y0EA 1HG3A 1QAPA 1SSDA 2Y62A 5LNWA 3LCFA 2ZZ3A 4JX6A 3MYOA 3W1TA 2D73A 3B06A 3W7MA 3MP3A 1QCWA 4O4WA 1FBAA 1OX4A 3HB9A 1W3TA 4LVGA 1N55A 1IXQA 2Y6ZA 3OVPA 1QWGA 2CWNA 2E68A 3NQ7A 5H2ZA 2EAWA 4EWND 4DELA 3AO0A 1S5WA 3G1HA 4UNKA 1OFPA 5K9DA 2AGKA 3GVGA 4UMCA 1LBLA 4DQWA 2WOQA 1CI1A 3S0CA 1GEQA 1VPXA 1W5QA 4LU0A 2WPBA 3GXPA 2ZZ1A 4EIVA 3A5FA 4HSNA 2ZRYA 1KA9F 3PY2A 3NR0A 2W0UA 1SUXA 2V9DA 5LKYA 5DELA 5AC7A 4NJGA 3G1DA 3TAOA 2F7FA 2JK2A 5FF3A 1PL9A 1JRBA 2A6NA 5SWUA 1FUYA 3SFKA 3TX9A 1PE1A 1H7NA 1LTDA 4H4IA 3TJXA 2YYUA 4DF2A 1OFOA 1TPUA 3NQAA 1Z41A 1KLZA 1PCKA 1TTJA 4Y8FA 3V1PA 3C3NA 1UCWA 4AHOA 3W7CA 1XDMA 1PV8A 1A50A 2V2DA 3W7IA 1LYXA 4KWVA 3B0VC 2QF7A 4NNAA 3EEGA 3UWVA 3HMJG 4JTIA 2ZFAA 4JD4A 3W7NA 4UTKA 4GXMA 5F2GA 1IIHA 2QUVA 2P1FA 4D2JA 4UUIA 4DXVA 4LWWA 3AJXA 1EX5A 3ABOA 1KTBA 3MYPA 1G6CA 3LM7A 5I3GA 1R2RA 1RVGA 5KINA 1PVNA 2CFFA 3G8RA 1OFEA 4JTLA 2ZRZA 3KAOA 2VFFA 1P5BA 1RZMA 1XBYA 3PS7A 4JTFA 4OBTA 1KM3A 4O10A 3G8EA 4S1FA 4MUZA 1XKYA 5DLCA 3EB2A 4CQAA 3BVJA 2ZYFA 1UJPA 2VKZG 3U6WA 3LTSA 3HG4A 3MP5A 1KFEA 6ALDA 1IXOA 2ZZ5A 3B0PA 2FDSA 4DF0A 1X1OA 1F05A 4K39A 2YR1A 1FQ0A 1XL9A 5CGQA 5EA9A 5HR7A 4H3DA 1LP6A 1W0MA 3GX9A 4WY0B 2ZCGA 1IGSA 4OE7A 4LS2A 4N6EA 3TC6A 5F4XA 3QSTA 1T0OA 3I65A 3DFTA 5H91A 3RLUA 3W76A 1MEHA 2W6RA 3PBYA 1OF6A 1WV2A 3NQFA 1RQEA 3Q2DA 1FCBA 2ATMA 1XBXA 3WJSA 1YYAA 1EA0A 4GUJA 1NEYA 1IXPA 1G4EA 1QR7A 3K30A 2WJZA 3NQ2A 1SO4A 2QCLA 1FWTA 2WSYA 3TNOA 5F2LA 4JICA 3CWNA 3ZFHA 2XN2A 1VR6A 3IGXA 1Z48A 2HSAA 3DI0A 2EKCA 4LUJA 4A2SA 3CIWA 4E2BA 1ONRA 5DY3A 1EEPA 5KSWA 3UZ5A 2W79A 2EF9A 3CIXA 2V5LA 1TPVA 2ZRVA 3H53A 3IGUA 4O18A 1OFDA 4QNEA 1K8YA 4MFEA 3BW2A 1WOBA 4DF1A 1OJXA 3FYPA 1W3IA 3L0KA 3ABSA 3PG9A 3N19B 4RK8A 1TYGA 2X1TA 4UTTC 5TIMA 3S5NA 1G4PA 4O14A 5TQLA 4JTUA 3NQDA 4DPQA 4GFSA 1NFBA 3EWYA 1W56A 4RLIA 2XN1A 1ME9A 3S5OA 5KTLA 5E0KA 5D05A 3O15A 2H90A 4UFHA 1HL2A 2QCGA 1VGAA 1SPQA 3P81A 3VI2A 3TR2A 1K02A 2X16A 3BG9A 2ZZ6A 3PAJA 1LOLA 3PG8A 3FS2A 3BK0A 1DOSA 1LOQA 4TX9A 3R8RA 4FB7A 5D09A 4WJEA 2G95A 1JJKA 4O8RA 4Z08A 4JR5A 4CNPA 4FNUA 1A5CA 2XFWA 4GJ1A 1ZHAA 5FESA 2NZLA 1D9EA 4QJ1A 3MJYA 3O6CA 2Z2UA 4FNPA 3C56A 1C8VA 2ZZ7A 1F5ZA 4Z1DA 3QM3A 3ZWTA 2QAPA 5D37A 2B7OA 3PUDA 4IMCA 4UIOA 1WQ5A 3C6CA 3DFQA 3NQCA 3IVUA 3DAQA 4RXGA 4I9AA 4N2YA 1V7YA 3GAYA 4IPJA 4O53A 2A2IA 1LORA 4Z1AA 3T40A 4YWIA 1TQJA 4OU1A 1RR2A 1TCDA 1FWWA 1SW0A 1W5PA 2NUYA 1VLWA 5HMSA 1JCJA 4AH7A 3W7DA 3TSBA 1ZENA 5EYWA 4QISA 4AHPA 4K6AA 1TIMA 4TR9A 1LM1A 5EKYA 1YDOA 4IGHA 3ATZA 3HPSA 5C54A 7TIMA 5D38A 4Z0JA 3M7WA 1WDWA 1EP2A 3MP4A 4WZHA 2NWRA 5K3VA 3M5ZA 3KVLA 1LRQA 1I2QA 3C4UA 1K03A 2CW6A 3GZ3A 2EHHA 4RJEA 4W9TA 4ZQNA 1O94A 1TQXA 2Y85A 3M44A 2Z1BA 2WV8A 3ABQA 4KFNA 3LBCA 3UWUA 1B4EA 3S42A 3KRZA 4WXYA 4ICNA 4HNUA 1OYAA 1R47A 5D2YA 1TV5A 3GKAA 1DQWA 3DH7A 4CNOA 3ELFA 4UTMA 3FKRA 2YW4A 3P8JA 5DBUA 5KZDA 2WO5A 1S5TA 1WOAA 1YXDA 4WD0A 4LNYA 3A9IA 4M6VA 1RD5A 2NUWA 1JRCA 3HG2A 3IGSA 5CPOA 2Y89A 3STFA 4RV8A 4ZQPA 1CX9A 4UTWA 1BWKA 3EWZA 3C8FA 4Y9AA 3TQKA 3Q94A 2QCDB 4I7WA 5CSRA 1TTIA 3WJYA 2OCZA 4HKPA 2QDHA 3NPVA 2C18A 3HF3A 3ATYA 4O1BA 3WJZA 2BXVA 3HO8A 4UTLA 2UV8G 1AMKA 2NX9A 2RH9A 5I3KA 3W1UA 4N02A 3PSVA 2ZTJA 3TIMA 3UD6A 2GJNA 3T44A 1TPB1 3RU6A 1L6YA 1OX6A 3MUXA 4UTIA 1VCFA 1B57A 5FEZA 1EWDA 2R8WA 3W7GA 1KFCA 5AYXA 2FJKA 5LNRA 1OK4A 2CZ5A 3QQ1A 1OFQA 3DENA 3P60A 1H60A 5HWMA 4X9SA 3W9ZA 1O60A 1QO2A 3I68A 4MY8A 2C14A 3QF0A 3W1RA 3EXSA 3VKJA 3TJLA 3PULA 2QJGA 4NJJA 4A3UA 4UFIA 4R33A 1TRIA 1TV7A 1MO0A 3GDLA 3VE7A 4IMFA 1JCMP 1YDNA 1FDYA 3QW4B 2B7NA 4ADTA 2YW3A 4JXCA 2WNQA 3NQMA 2TPSA 3QMTA 3I7RA 4XBKA 3G1SA 1OFAA 2Y61A 4BFAA 5FEXA 3LBMA 2ZTKA 1IXNA 5HINA 4UR8A 1BEUA 1LRTA 1X8FA 5F4SA 2CZFA 2QJIA 2I1OA 2OMAA 4WQ6A 4O0ZA 3G18A 2J88A 2C16A 4DBEA 4M7TA 4UNLA 3N14A 1VH7A 4M5PA 4O1CA 5TBOA 5U7SA 4QAIA 3C2OA 3HPXA 3P84A 4XKYB 4RCXA 4JYDA 1OFRA 3R2GA 4JDYA 1O5KA 1TB3A 3HBLA 4YCPA 4IJBA 5EBUA 1JCYA 1Q6QA 2PRMA 4R7JA 1EUNA 1XI3A 4YXGA 5KZMA 1U83A 3A22A 3P5YA 3DFNA 5AC6A 5DCDA 3TROA 4IOTA 1U5JA 3W1LA 4HSOA 2JKEA 2PE4A 3USBA 3MHFA 1KM1A 3NG3A 3UQNA 1PHQA 3TKFA 3W22A 3M16A 4HNTA 2FLIA 2YSWA 1VYSX 4TO8A 5K2ZA 2VFEA 3HGRA 5C2XA 3EX1A 3KRSA 1F73A 4O12A 3GDRA 1Z42A 2QAFA 4O54A 2IQTA 3TCEA 3VNDA 1HTIA 2A21A 3NM3A 1YPFA 4X22A 3CQ0A 3W88A 3A5VA 2V8ZA 5LNSA 2O7QA 3WK1A 3NDOA 3S9YA 1XUUA 4EF9A 1GJPA 4A29A 1QOQA 4GUFA 3GIYA 3LRKA 1VHCA 1ZALA 5CPMA 3HOJA 3N34A 4AEOA 3F1QA 4GBUA 1TTPA 4JN6A 4FNQA 1D3HA 5CZTA 4M19A 2WQPA 4MLJA 1K7FA 2FPVA 4RX0A 1WAUA 2WNNA 3I7QA 3M0ZA 2VXNA 4M6PA 4NJKA 3PVFA 3W2KA 1OX5A 4K38A 3UNDA 2BTMA 1O4UA 4JY8A 1Q6RA 3BLFA 3RNDA 3G1YA 1TMHA 4JGDA 2ZZ2A 1KM6A 2JBMA 3CWOX 3P7YA 3DFSA 4BR1A 1QPRA 3F4NA 2HS8A 1VRDA 1EP1A 3QMSA 3LHZA 2GQ8A 4FNTA 4UFMA 4ML9A 4R53A 3LRLA 2BX7A 4GNJA 4BK9A 3O6YX 3CHVA 3L0NA 1TREA 1T99A 1YTEA 1FXPA 2DZSA 3DHDA 2NXHA 3G0XA 3G1FA 3PBVA 3BLIA 3W7KA 4L4LA 1W8SA 3BGGA 4MFDA 1ZAHA 1AK5A 3I7SA 2V5BA 2NXIA 3S1UA 1L9WA 2ZRUA 5AYYA 4BWLC 3E0IA 1VYRA 4MIMA 2R91A 4K7VA 1VZWA 1B3OA 4FO4A 2BWGA 5GVJA 2GVGA 3CM4A 2GJLA 3QFEA 4LV9A 5F1UA 3GK0A 5AHFA 1KW1A 4RKAA 2YFNA 3PWAA 1F7BA 2B0MA 5K7JA 4UFKA 1DJQA 3TW6A 5CPNA 5FF4A 3P82A 2V30A 1F76A 1JUKA 2ZQ0A 5G2IA 3MI3A 1V5XA 1O5XA 3VCRA 1KFBA 1DORA 1JCNA 3GDKA 3TU9A 1W3NA 3E12A 3L66A 3QSRA 1I4NA 3OVQA 4LC6A 4GWEA 1UUMA 2DZUA 3GR7A 3SGZA 3M9YA 2E5DA 3PC0A 4BI6A 2DORA 5I3HA 4B5NA 3LOTA 5MHBA 1OABA 3B4UA 2NV2A 1JQXA 3PB0A 1Q6LA 1GVSA 3W70A 5LSMA 3E02A 1NF0A 5AHIA 4OV4A 2R14A 3NQ8A 4P2VA 5I3IA 4JTSA 1SZFA 3QEZA 1KV5A 3W74A 2R94A 4O28A 3BGJA 5K9CA 1HFBA 4MJZA 1LLZA 4JDBA 3NVTA 3MWAA 1AL8A 4XTIA 3DKLA 1KTCA 3Q58A 3N2XA 2X1SA 4IMGA 3QH2A 2NX3A 4AF0A 4Z1BA 2VFGA 3ABRA 2A5HA 3P5ZA 3UYCA 3R13A 3L9CA 2LLEA 5BW6A 1M5WA 4FIQA 3P74A 4YLWA 3EX6A 4TIMA 2H8XA 4YL2A 2CLLA 2C15A 4JTJA 5C6MA 1DJNA 3PBUA 4MVAA 1ZNNA 4UTHA 5CZJA 3M6YA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1GVY A;  1GVF A;  4L61 A;  3WLR A;  5CG0 A;  1K70 A;  5IRP A;  4S3D A;  3A21 A;  2ZC8 A;  3TLQ A;  3S83 A;  3RDK A;  3QC3 A;  3BCJ A;  4WXZ A;  4B5X A;  4M1R A;  4TU1 A;  4K8G A;  3DBP A;  3S5Z A;  2DH3 A;  4OFC A;  3W6M A;  4LVF A;  2JKP A;  4XZH A;  1Q5M A;  4TV5 A;  1NIU A;  4JTG A;  1PPI A;  4H9M A;  4XZI A;  5GJM A;  4PCN A;  3TH6 A;  4PMZ A;  4EF8 A;  4C60 A;  3URA A;  3NL6 A;  1QNO A;  1RSC A;  2VP8 A;  1XIJ A;  2ZXD A;  3WQ4 A;  2KX9 A;  4IIC A;  4HTY A;  4GGB A;  4PRR A;  2E5C A;  4H6E A;  3STC A;  1QOX A;  2NVC A;  1DIO A;  1W2P A;  1XS2 A;  4POD A;  1A80 A;  1NP2 A;  3U2O A;  1FCQ A;  1RPX A;  5E93 A;  3W7P A;  4AIS A;  4P8V A;  4B91 A;  4ILS A;  4UQA A;  4LTS A;  4P8X A;  4MB3 A;  3N6H A;  3B0U X;  2CER A;  5DQP A;  3SSZ A;  4Q6J A;  1V6V A;  2OFJ A;  5D33 A;  1R3R A;  4PA8 A;  3QR0 A;  2XUC A;  2B4G A;  5LA2 A;  1SW7 A;  3CZJ A;  1J2B A;  3IVS A;  5D4Y A;  3FY1 A;  2PBO A;  4TVD A;  4NG3 A;  3ZYZ A;  3NQE A;  4JIQ A;  3E1F 1;  3L0G A;  2IQD A;  4QTG A;  1XRF A;  5EY5 A;  3NNT A;  3QLL A;  4ZFM A;  1IGW A;  1RQH A;  4U2Z A;  1NVM A;  3R25 A;  2J8T A;  3AXM A;  4IM4 A;  1DHP A;  1O5R A;  2GVJ A;  1M53 A;  4HBK A;  3GNN A;  4J3S A;  1FCV A;  3C3U A;  3LHV A;  4AXK A;  1LT8 A;  5AC8 A;  4LGX A;  2A3E A;  3BTN A;  2YXG A;  1LWH A;  5HJX A;  2UY4 A;  5DT5 A;  3PZN A;  3O16 A;  1H7W A;  2BOF X;  4QSF A;  1FDJ A;  4C90 A;  3K1D A;  5AB3 A;  1LLO A;  1M6J A;  4Q4S A;  2BOE X;  3AS0 A;  1WYI A;  1Q3N A;  1E0U A;  2J9X A;  4FX6 M;  4LY8 A;  3WDR A;  1WXZ A;  4LUI A;  3U2Z A;  3WNN A;  1UUO A;  2AKZ A;  2XH4 A;  3E38 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4LY8A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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