4LYR | Genus

Total Genus 164

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	164
sequence length	414
structure length	414
Chain Sequence	FAFVKIASDGKGFTRYGEPYLIRGANYWQGMNLGADDCSGGDRKRMELEIKQMAEMGINNLRVMASSEGPDDQPYRMRPSMMPQPGKYNEGVFVGLDYLLDTMDRYNMTAVMTLGNFWQWSGGFGQYVAWITGNQTIPYPVGDVTYDEFTQFAARFYNDSEIAPKANKLFKDHIYTVQNRRNTVNGKIYKEDPVIMSWQIANEPQEAPASWFEEISTFIKKGAPKHLVSAGLESKLDEYDFDRAHDHKNIDYTTCHCWVENWGIYDPADPDGLPHANEYMHDFLESRSKWAAQLNKPIVMEAFGMARDAWRNPEDETYKYLPSTPTSHKDEYYQKAFNQIVSLASNRSFSGSNFWAYGGEGRSTYPPNPYGMVWLGDPPHEPHGWYSVYSNDTTVQIIKDYNANLLKVQKELSK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__748792258432354__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__748792258432354__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4LYR/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__748792258432354__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"748792258432354","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4LYR/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__748792258432354__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d007443598d2200f36e29fa/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d007443598d2200f36e29fa/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d007443598d2200f36e29fa/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d007443598d2200f36e29fa/pdb.gz): 831 ms

reading 414 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

414 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 28 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:413});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Rhizomucor miehei
publication title	Structural insights into the substrate specificity and transglycosylation activity of a fungal glycoside hydrolase family 5 beta-mannosidase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Exo-beta-1,4-mannosidase
total genus	164
structure length	414
sequence length	414
ec nomenclature	ec 3.2.1.25: Beta-mannosidase.
pdb deposition date	2013-07-31

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4lyrA00

3OIHA 4AWEA 1HVQA 3HMCA 4KRTA 1I1XA 1E70M 4NSBA 1PAMA 3AZRA 4K68A 1TA3B 5EBAA 4W93A 1E4LA 3PZ9A 1OGSA 3CZJA 3VNYA 4CN4A 3GXDA 2DEPA 4D6CA 1JZ8A 1BQCA 4DM2A 2OWWA 2WC7A 3U7VA 4QLLA 3IJ7A 2O92A 2WMJA 4ACZA 4P7NA 4D1JA 4QDMA 2XGBA 4CVWA 1V3MA 3PZQA 1W1YA 4UFMA 1W1VA 1E6NA 1UKSA 4R5EA 3SIMA 3AS1A 1FFQA 2YL9A 3AYSA 4HA1A 5D4YA 3PZGA 3WIJA 3T0DA 2XWDA 3MU7A 4XUYA 5IFPA 2WANA 1NOFA 4M80A 2GDUA 1KFWA 4URIA 4CCCA 4JKLA 1ODUA 3RDKA 3AIEA 3ZSSA 2BV9A 1XSKA 2DH3A 2BY1A 3WKZA 2RGMA 4C7GA 1XRVA 2FHFA 3HU7A 5JIWA 5LA0A 2OYKA 1OD0A 4HMDA 2WBKA 1ZJAA 3AFBA 3OZOA 2FGZA 3L4VA 2JE8A 5CGMA 4GI8A 2ESCA 1MFVA 3VIOA 1XSJA 2G3NA 1LQ0A 4CD5A 2VX7A 1GONA 3WQWA 1VRXA 3W24A 4H41A 4AXNA 4HP5A 3VD4A 1H1NA 3M7SA 3AIUA 1GOQA 3GXFA 3G6MA 3VNZA 1NH6A 4WKFA 5I23A 5I24A 1UQYA 4B15A 1JYVA 3UG4A 1QI2A 1E6PA 3O9NA 1K9TA 1V02E 1GCYA 2WLYA 3W37A 1B30A 3UR7A 1D3CA 1NOWA 2D1ZA 3WBEA 2XUCA 3A3HA 2Y8VA 4BQ4A 4AZBA 1E55A 4PSPA 4U2ZA 4IPLA 3QGVA 1B1YA 1QVBA 4UCFA 3VIGA 1KXTA 1Q6FA 3BAJA 2C8NA 4JFSA 1J0JA 2YA0A 3K8KA 1H4PA 3ARTA 2F61A 4A3YA 1G01A 3GBEA 3IANA 1DWHM 4D6IA 4RL3A 3WQ5A 1HJVA 4F9DA 3GH4A 5I79A 3T09A 4PTVA 2VJXA 1QBAA 1H5VA 4BQ5A 1VIWA 2A3BA 1HL8A 2XFRA 1KCKA 5GNZA 3UCQA 3BH4A 3GBDA 1IV8A 2QPUA 3APGA 1J01A 2CEQA 4L4OA 2UY4A 1G94A 1JNDA 4EAMA 1UKTA 3ZT6A 1QNRA 3KE0A 4B3KA 4C7DA 1UD2A 4FLSA 2WHLA 3DC0A 4ATLA 4RE2A 2W91A 4W86A 1CLXA 3WD2A 4M29A 5C70A 1C8YA 2PWFA 5ABHA 2UWFA 4BS0A 2WVTA 5EMYA 2FH8A 2FH6A 2DSKA 2YJQA 2Z1SA 5GNYA 1XYFA 3THDA 3F4VA 3VVGA 1B3YA 1V3JA 3ALFA 1JFXA 4F79A 5I78A 1ZL1A 1AQMA 1J0HA 3FAXA 4W5UA 1OD8A 4PTXA 2E4TA 3NDZA 1CECA 3RJXA 1QI4A 3GNOA 2VNCA 1UUQA 1LG2A 4PMRA 1TFVA 4UQEA 4E2OA 3PZIA 2OYMA 1US3A 3MO4A 4DUVA 2OWXA 2GK1B 4CN6A 4CU7A 1G5AA 1W9VA 1RP9A 3ALGA 5I6SA 4UQAA 4GQRA 2J7DA 1B2YA 1ZBWA 1TR1A 2VZSA 3IAPA 1Y7VA 4Y7EA 3N15A 4A4AA 5JBFA 2WB5A 3ARPA 9CGTA 1SR0A 1UG6A 1OM0A 1R86A 2DSWA 1CTNA 3VGHA 2CNCA 3ECQA 5HNNA 1XH2A 1GQKA 3DHPA 4AY1A 4NI3A 1UR0A 5CGTA 4JIEA 1KBKA 5DT5A 3EMZA 4OOUA 1JD9A 4ML4A 1UD8A 1QI3A 1QNQA 1PPIA 2E8YA 2PWDA 4LGXA 3TTSA 2WVUA 4TXEA 3ZM8A 3WDHA 5BXRA 4H8VA 1CGVA 3BLPX 3CUGA 2XIBA 1W1PA 4UTFA 3NYDA 3EDKA 1BVZA 1XYZA 1K9DA 1W9BM 1QOXA 1W9PA 3CGTA 1JDDA 5FL0A 4TVDA 1LL4A 1JZ5A 3RM8A 2VVNA 3SCPA 4D6FA 1BYDA 1HJXA 1W3LA 3RCNA 3SUWA 4CGTA 3WUBA 4Z2IA 1JNEA 2VX6A 1RD6A 2WVSA 4ATDA 3QHOA 3WUFA 1ESWA 2D3NA 4JFUA 2QF8A 1B0IA 2JIEA 3KL3A 3ZT7A 2EBNA 2VO5A 4BQ2A 5LYRA 1GW1A 4FMVA 3WNKA 3VD9A 3OGSA 5E0FA 1VFFA 2VOTA 1VB9A 4U3CA 2XVKA 3TA9A 3VX0A 2E40A 2DT3A 3GNRA 1TA3A 3A4XA 1PX4A 3ZMRA 1J0YA 4BZYA 1GOMA 1UR1A 4LQ1A 1TVNA 2AAAA 1SYTA 3T2PA 1B90A 2ZX8A 4JHOA 5A6BA 1VAHA 2VVSA 3RPMA 2J4GA 1XH0A 1DWFM 4TUFA 4HZ6A 3SCRA 1WB0A 5FD0A 1M04A 2JEPA 1KGUA 1V3IA 3VINA 4OIFA 4FLQA 1V03A 5CSUA 5F7UA 2D24A 3WF3A 2OLHA 3DHUA 3CHFA 2WCAA 4JCMA 1S46A 4ZXLA 3AS3A 1BF2A 1UD5A 1W9UA 3AHXA 3L2LA 3MMUA 1H0GA 4W8LA 3VIHA 1CLVA 4AD1A 1MXGA 3II1A 3PZUA 1CGTA 5CXPA 3AMKA 4MB1A 4H8UA 4R27A 1BYCA 1JAKA 3BAKA 3CZ8A 1GJWA 2VZUA 3N9KA 1Z32X 1VFUA 3VPLA 2WZHA 3W4RA 4MPKA 1JDAA 4TTGA 4OKDA 3LPOA 2AOSA 2ZXBA 2CKSA 3EDEA 4GINA 2PWHA 1J0ZA 4WKHA 1GOIA 3QOKA 2XG9A 4P8VA 3POHA 5I2UA 1ZS2A 3BSHA 3SCNA 3DYPA 4WK9A 1W32A 5A94A 2W62A 4M24A 3ARUA 3AIBA 4D6HA 1CXIA 4TVCA 2E9MA 1XGZA 3AZTA 3CZGA 4IM4A 3ARWA 4J3UA 1HN1A 2A3CA 1EOKA 3AHVA 3OLDA 2BHYA 4QP0A 1EDQA 3RO8A 4BCEA 2XGIA 3W81A 1YQ2A 2Y8KA 1E6ZA 3KZSA 2J75A 1CXFA 1L0PA 1SFSA 5E6ZA 3DECA 2ZOXA 5M03A 4J27A 5BYWA 1HKJA 5ABFB 4LYQA 1EQPA 2WCGA 4AD0A 1HJWA 1QBBA 2WVVB 1XCWA 1WDSA 1BGAA 3SCOA 2J78A 1EDTA 4EK7A 2WMKA 3UERA 3EBVA 2G3JA 1FH8A 1PIGA 3TTQA 1U2YA 3ZR5A 4ZFMA 1EHAA 4HU0A 1KGXA 4M81A 2X2YA 4HOZA 3T08A 1I75A 3ARVA 3AMDA 3WEZA 5CLWA 3CTTA 5A2BA 1V6WA 1C92A 3OLIA 3U57A 3VM5A 3GTNA 2WLZA 2DT2A 3BXWA 4HPGA 5A6SA 4NZCA 3VX1A 5JUVA 3SEPA 3VGDA 2VC9A 4GO8A 1NWUA 1MQPA 3VIFA 2QHAA 4PMUA 1FP8A 3EDFA 3WDQA 1NP0A 2YKKA 3N17A 1HNYA 2CBVA 2PI6A 4AIOA 3G6LA 1UA7A 1E40A 2EXOA 3PZTA 4AIEA 3AHYA 2E0PA 2DGAA 4D72A 3BMVA 3EYPA 5A6JA 2ZXQA 3WNLA 3K46A 4X9YA 4GZEA 2HISA 1GZJA 4E8DA 1JF6A 4PMQA 4PTMA 5HBFA 1UWUA 1C7SA 3ARSA 1Q6DA 3AYRA 3W25A 4AIUA 1WZLA 3LMYA 1JXKA 1NQ6A 3MV01 2CHOA 3AIRA 3N04A 3WUEA 2BXYA 4UOQA 4MB4A 4OBRA 5BXTA 2C0HA 3N11A 1WP6A 1MFUA 2V3GA 3BMWA 2OSYA 3VDAA 1TUXA 1W3HA 1FP9A 5IDIA 3PZMA 3WSUA 3PBGA 1ZBKA 1NWSA 4EE9A 4J3WA 3TTYA 4BA0A 4JKMA 1AQHA 3W0KA 3SUVA 4DUXA 1JGIA 4KWUA 5TD4A 2J74A 4Q22A 4AD3A 2VX5A 3AXIA 3AHTA 4FLRA 4B16A 1B3ZA 3WDPP 2VZVA 5A69A 1OGBA 2FHBA 2GVYA 3W28A 4DWSC 2ZUUA 3RM4A 1KCLA 1UWIA 5M5DA 1HKMA 4MAVA 2J25A 5EB8A 4AZHA 1JYXA 1J10A 2VRJA 3AMLA 4S3KA 5CSYA 1PX3A 1BFNA 2CBJA 2IXVA 4IPNB 3MANA 2VI0A 2NSXA 3GNPA 3WH9A 4FLOA 1J11A 3NDYA 1TVPA 4U5IA 2PC8A 2XVNA 5DF0A 3BAWA 3A4WA 4MNKA 4AEFA 1FH7A 1XHGA 2DIEA 3N1AA 5D9PA 3WH6A 1W3JA 1R8LA 2RGLA 3L2MA 3OA5A 2WKGA 2WZIA 3I3EA 1E72M 2G3MA 3K1DA 1VENA 1R7AA 1ZB5A 5CG0A 4H7VA 4U2YA 3WD3A 1WZAA 4WIWA 1WDRA 2GJXA 5A8QA 4PN2A 1K6AA 4PUEA 1JYNA 2WSKA 3IAQA 4W87A 5E70A 3WMSA 4W88A 5E0CA 1EIBA 2E8ZA 5JBEA 4WKAA 1DWJM 4YHGA 3VGEA 2VCAA 1N82A 5A3HA 1Q6EA 4W8AA 3WD4A 1Q4NX 3TTOA 4PRWA 5FIPA 3VILA 4HTYA 2WKLA 1E0WA 1WNOA 3ZR6A 2XSBA 4Z2HA 1UYQA 2GJRA 3WDRA 3CMJA 1UR4A 1V08A 3GH5A 4LYRA 4W8BA 7TAAA 4MAZA 1KQYA 4QFUA 3RIKA 1GUVA 4GKLA 3S6TA 8CGTA 1CGWA 1QHZA 3WY1A 2ZICA 3HJEA 1U30A 1UR9A 1V0LA 4FF5A 2AMGA 3AMCA 1BSIA 2EEXA 5A8OA 4CD6A 5AC4A 2D0GA 4D6DA 1JZ3A 3F5KA 1XCXA 1E1FA 1E73M 2PB1A 1B3WA 5AC5A 3AJ7A 4U5KA 2DT0A 3AI0A 7A3HA 1WZMA 2WBGA 3VUPA 4H04A 2BVTA 4TVUA 4PSRA 1JD7A 2B31A 3W6MA 4OZOA 1J12A 3AHZA 1CGUA 3RMEA 5A95A 1QI0A 4MJ4A 1GOOA 1MWOA 2F2HA 1D2KA 1PEZA 4WJXA 1NARA 4KRUA 4GI9A 4J3TA 5LA1A 3I3BA 3VDCA 1LWJA 1MVYA 3W27A 3EDJA 3UETA 1BYAA 1UD4A 1GVYA 5ABGA 2DSVA 3MUIA 4F9JA 4P7QA 1I1WA 2WHMA 2DT1A 2BXZA 4D1IA 1UD6A 1U33A 3FHAA 1GOKA 1J0KA 3RM9A 1M53A 1YHTA 3BLKA 3WD0A 5IHSA 2VR5A 3OZPA 2DPEA 3SCTA 4J28A 1HKKA 1LL7A 3WEMA 4OBSA 4BF7A 1VF8A 1NOUA 1PBGA 4Z2GA 1F4HA 4UFIA 1C8QA 1ISYA 2BFGA 4RE3A 2DQXA 3W29A 1H0IA 4HOWA 3HN3A 1E9LA 2IUZA 1UH2A 4P8XA 4UFKA 6A3HA 5ABFA 1JF5A 5DO8A 2WVVA 1VJSA 3S2CA 2WMHA 4PUDA 1GNXA 1NM9A 1LLOA 4NRRA 1J18A 1H11A 1VEMA 3AS2A 2CETA 3QHNA 2VRQA 1AVAA 2VCBA 4AZ6A 3L4ZA 2E9LA 2QPSA 2D23A 4W7UA 2IXUA 3GDBA 2W63A 2EO7A 3BAXA 4JFVA 4MNLA 4W5ZA 2X09A 5FOOA 1H2JA 1GQJA 5CLTA 4AZIA 3K8MA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4LYRA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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