4M19A

Dihydrodipicolinate synthase from c. jejuni with pyruvate bound to the active site and lysine bound to allosteric site
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
296
structure length
295
Chain Sequence
KNIIIGAMTALITPFKNGKVDEQSYARLIKRQIENGIDAVVPVGTTGESATLTHEEHRTCIEIAVETCKGTKVKVLAGAGSNATHEAVGLAKFAKEHGADGILSVAPYYNKPTQQGLYEHYKAIAQSVDIPVLLYNVPGRTGCEISTDTIIKLFRDCENIYGVEASGNIDKCVDLLAHEPRMMLISGEDAINYPILSNGGKGVISVTSNLLPDMISALTHFALDENYKEAKKINDELYNINKILFCESNPIPIKTAMYLAGLIESLEFRLPLCSPSKENFAKIEEVMKKYKIKGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Tyrosine 110 Plays a Critical Role in Regulating the Allosteric Inhibition of Campylobacter jejuni Dihydrodipicolinate Synthase by Lysine.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Campylobacter jejuni subsp. jejuni
total genus 118
structure length 295
sequence length 296
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2013-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4m19A00
1H7RA 1JCYA 3GK0A 3E0IA 5TBOA 4NJHA 4RZ6A 1AW2A 3C3NA 1G6CA 2ZFAA 1Z42A 3W88A 3Q37A 2WOQA 4GUIA 3NQ8A 3S5ZA 2A85A 3OEXA 3W7KA 3DFTA 4OHQA 4AHQA 4Q4KA 1D3HA 2QEZA 1YTEA 3A22A 1EPXA 3NQCA 1F76A 2J9ZA 4OV4A 3IVUA 3ZS4A 1I2OA 1TPDA 1VRDA 1JUBA 4Z1AA 1LYXA 2RDWA 5DBUA 1X1OA 3W7EA 3HGSA 3QPYA 3SGZA 3ZR4A 2NXGA 3KRUA 2Z6IA 3ZFHA 2NX3A 4O13A 3LTYA 3DZ1A 2FFCA 2WQPA 1U5JA 5DY3A 3MP3A 2YFOA 3O63A 1EWDA 3OIXA 2QCNA 4JICA 3MHUA 3PBVA 3T7VA 3SIZA 1RV8A 5BMWA 1S3HA 3C61A 1LM1A 2YW4A 3LTSA 4JD4A 1W3NA 5FF3A 1N55A 4FB7A 3I7QA 2YZRA 2ATSA 3NQ7A 3BARA 4X9SA 2OT0A 5A8GA 1RR2A 2CFFA 4NVTA 4WXYA 1OYAA 3QQ1A 1NVMA 1KM1A 1XUUA 3STGA 2ZRZA 3A21A 4UTMA 2DJLA 5EL1A 2VELA 4JYDA 4JGDA 1OFOA 4IOTA 3RLUA 3W1UA 4EF9A 2ISSA 1BWKA 3BV4A 4YCOA 2QJIA 3W74A 1O95A 3S0CA 4ML9A 3DENA 1HTIA 4IX0A 1YPIA 2DZVA 2V82A 4GXMA 1GTEA 4HSNA 4O1CA 1FY6A 1LORA 2ZRUA 2ZTKA 2V30A 2WV8A 1T8XA 1G4TA 1ALDA 3G24A 3MJYA 1PCKA 4XQ6A 3PBYA 3USBA 1OFAA 3HGOA 1PVNA 3UY7A 2Y63A 4S2CA 4CCDA 1VCGA 2NXHA 2CU0A 1FWWA 2EGZA 2Z0IA 1GVSA 4BI5A 2CLFA 1OK6A 1W3TA 5KTLA 2VEKA 1KFLA 2ALDA 3L65A 1EB3A 4JY8A 3TQKA 3G1YA 3O6YX 3G8EA 3N3MA 2B7PA 3B8DA 2WNZA 3TXZA 3UWYA 5I3JA 1CI1A 1QCWA 4A29A 2X2GA 5C5YA 2J6XA 4FO4A 1WXJA 3O05A 5EBUA 3PM6A 5D2WA 1LLZA 4K8HA 1VC4A 1KM4A 1WBJA 4X22A 3C2OA 1G67A 4Z08A 3QJAA 1U83A 3RU6A 3NL2A 3WJXA 3EXSA 2VFDA 4HPXA 5F4SA 3W2NA 2WSRA 2QCLA 3KVMA 2I1OA 4MUZA 4NNAA 1ZAHA 4OE7A 1O4UA 3KVKA 2PE4A 3G0UA 3TXVA 4WXZA 2ZQ0A 4WJEA 2EPHA 1KTNA 1PS9A 1O5KA 2QAPA 4O4VA 3W7MA 3M1ZA 3G3MA 3G1VA 1W8SA 3C2FA 1PIIA 5D32A 1HG3A 1SU5A 1NF7A 4BWLC 4CLMA 1TRDA 1OF6A 4FX6M 4Q33A 4CQ9A 1OK4A 3MYPA 4LNYA 3G1XA 1UB3A 4JTIA 5HMSA 5AC7A 4O4WA 1I2RA 4O11A 3LV5A 4BWLA 2I14A 3RLVA 4N02A 4JTGA 1TQJA 4I7WA 3GR7A 4TO8A 1JCNA 1WDWA 1PHQA 1W5QA 4O18A 3UYCA 1XC4A 3W86A 7TIMA 3V75A 3LI1A 3NL6A 5G1TA 1VYRA 2D73A 4LOCA 4HIBA 3PAJA 5G4WA 2G97A 1LOQA 3R5EA 5F2GA 4O57A 3SZ8A 2PRHA 3NPWA 5DCBA 5CPOA 1RVGA 4JIPA 1EP2A 1XBVA 4JY9A 4R53A 5HR6A 1UBSA 2DORA 5AB3A 4FF7A 4YXGA 3W7IA 3KAOA 3TSMA 1DKWA 3NYZA 1DL3A 5AOUA 4DBEA 4DF2A 3VKJA 6TIMA 4JEQA 3WJWA 3KVLA 2DZTA 1H60A 3ANYA 1SW3A 2XN0A 4E0CA 3LLFA 3M6YA 5BOOA 3EWBX 2YFNA 3UPWA 3PSWA 1OABA 1GVOA 3MI2A 1FQ0A 5D38A 1WX0A 2JKAA 2A2IA 4Y9AA 4JTUA 3W1AA 3INPA 1A53A 4JYFA 3THQA 5DXYA 1QWGA 2OCZA 3ABOA 1DQXA 2V2CA 2X1RA 2QCCA 2FPTA 3BG5A 2ZDRA 3M5YA 1RQHA 2OZ0A 1Q6OA 4E2BA 1TJPA 1GVQA 5I3IA 5HUPA 5K9XA 2O7QA 4JXCA 1TTIA 4MIMA 3N2XA 3PR2A 5FF0A 3TAOA 3SR7A 1F74A 3DFNA 1KV5A 3LOTA 1A5CA 3C2RA 3HPXA 5HQEA 4QITA 3P5YA 5FF4A 3W7LA 4WOQA 3CTLA 1LOLA 1OFPA 1MSSA 1VJIA 3DAQA 3CIXA 3G8RA 3I7RA 1BKSA 3PS7A 3Q58A 3N9RA 4FHAA 4MJZA 3NQ6A 1I2PA 3WK1A 3JRKA 1GJPA 1KLYA 3TUUA 4MVAA 4FX7A 2E6AA 4M19A 4LC6A 4JDBA 2ZZ2A 1H7NA 2OMAA 2W0UA 3M44A 1TPC1 1FDZA 4IUOA 1T96A 1PHWA 3QMSA 2GUUA 2CZ5A 3BW2A 3NR0A 5AHLA 3LLDA 1XI3A 4UNKA 4ZMGA 1JCMP 3MO7A 5EA9A 2C3ZA 2RFGA 2CLKA 3HGJA 2PCQA 2E5CA 2V8ZA 1XBXA 3LHYA 1YTDA 3LHVA 2EAWA 5K9DA 3W1XA 2QR6A 4AWTA 1R2TA 1YDVA 3W1MA 3EWWA 1R46A 5FEZA 1SO3A 3L9CA 3FYPA 3GXNA 2GVGA 1B57A 4WX2A 4A2RA 3BG3A 4NJIA 3TFCA 2P0OA 1DJQA 1N7KA 2GVJA 2EKCA 4LU0A 3KRSA 2NXIA 3S1XA 4B5NA 5HWMA 1MZHA 3W3OA 3IV3A 4KKXA 1SO4A 3NQ2A 5I3KA 1DV7A 1FCVA 4A22A 2QAFA 1VYSX 1SZFA 3BG9A 2CZEA 4KFPA 4GNJA 5FESA 4O17A 3G1SA 1VHNA 4MJMA 4RX0A 2WKJA 5KINA 1LRNA 3TFXA 1H7WA 3C0JA 4AHOA 1TREA 2QDHA 2A1YA 2CW6A 2QDGA 4N9EA 3ABRA 3QMTA 3ZWSA 2Y88A 4YCPA 3C52A 3KFTA 2NWRA 4RCXA 2NX9A 3QM3A 2C1HA 4ZQPA 3QSTA 4CCCA 1KFCA 1WBHA 4UMCA 5EY5A 2VOMA 1FXPA 4UMBA 1FWSA 4JTHA 3TKFA 5IM51 4DEFA 1S5TA 4MLRA 3M47A 4RJEA 5D2YA 3LV6A 4LC8A 2B7QA 4NQ1A 4FNTA 5I3GA 5AN7A 4ZVJA 3BLIA 3E02A 1YXCA 4DPQA 2ZRVA 3W7NA 5K3VA 5AC6A 3OVRA 3C56A 4NJGA 1FDJA 3LHZA 5LSMA 3PWAA 3GDRA 4QSHA 5KZEA 3U6WA 5C54A 5HR7A 4ADUA 1TQXA 3P5ZA 4WD0A 4ZQOA 5AHIA 4ZQRA 3UXAA 5LNSA 4MKNA 3MP5A 4AEOA 3W87A 4FXSA 3FA5A 4LVDA 1FCQA 4EIVA 3NL5A 1RZMA 3GZ3A 4H3DA 3DXIA 4IGHA 4KFOA 1JQXA 4QJ1A 1X8FA 1H61A 2IQTA 1LRQA 2PURA 1P0NA 1KLZA 2Y61A 4GWEA 1UUMA 2YCEA 4XZ9A 4E38A 3EX6A 3TE9A 3PULA 2B7NA 2BLEA 3GLCA 3L0KA 4IXXA 5BMXA 3THAA 5AHFA 1PV8A 1K7XA 4FX8A 2VEMA 2FB2A 2E6YA 1BTMA 2ZZ5A 3UXDA 3I65A 1HO1A 1KM6A 2ZRYA 3H55A 5IBXC 2JGYA 5AYXA 3TCEA 4XBKA 5H2ZA 4ORIA 1KFKA 1I4NA 3DKLA 3STCA 3TNOA 4MY8A 4L4LA 3BPWA 1SZGA 1ZHAA 2WNNA 4JTSA 4XBSA 5GVJA 2ZBTA 3S5YA 1KM2A 1KM3A 1JUKA 2VC6A 3A24A 3U2OA 1V5XA 1NSJA 3GYEA 4PH6A 5K9CA 3G22A 3F4WA 4O1BA 2X16A 4BI7A 4ICNA 4G1KA 2NLIA 1R47A 1ME7A 2TRSA 4JTTA 1SSGA 1W56A 1B4KA 5K4XA 1ZALA 3NQEA 3EX3A 3MUXA 1LOSA 2VFHA 2Y6ZA 5D30A 4MYXA 5LKYA 1OFBA 3MHFA 5AYZA 3E12A 4RR4A 4RXFA 1SW7A 1VR6A 1OX4B 3AJXA 1EP1A 3FLUA 3B03A 3FOKA 5BNKA 1SPQA 5BRBA 2C6QA 3ATYA 5LHFA 4IJBA 1UJPA 3GB6A 3PG8A 3NO5A 3NL3A 4UTHA 3G18A 1X1ZA 4O12A 2TSYA 1GEQA 3T4CA 2XN2A 1OX5A 4RK8A 3TC6A 3O6DA 3L5AA 5EKYA 3M7WA 4PA8A 5U4NA 5K2ZA 1C9DA 3S1WA 1QOPA 4A21A 5CG7A 1IIGA 5FEWA 1UASA 2XFWA 3W22A 4DO6A 3P7YA 5T26A 3IVTA 5C55A 3I6RA 4HNTA 5AHNA 3NZ1A 5D2VA 1XBYA 2Y70A 3L0GA 3P8JA 2VFGA 4O0ZA 1XL9A 3M5ZA 3NQDA 3PB0A 2Z6JA 1YDNA 4JS3A 3SJ3A 1EX5A 1SSDA 1X6UA 1QPNA 1PE1A 4LRSA 1ZNNA 3NEVA 3M16A 2VXNA 4X2RA 1P4CA 2YGYA 4UC5A 2A21A 4S2BA 4MY1A 1H1YA 4ADTA 3LTPA 4WY0A 3DH7A 3L67A 1QO5A 3EWZA 4GUGA 4J9JA 4Z0SA 3TR2A 2NX1A 4NX5A 2C16A 1F6PA 4EF8A 4CCEA 1IXQA 4O0KA 3W85A 5DCEA 3W7OA 4EWND 5LZLA 2Y7FA 5E93A 2QJHA 2Z2UA 3E9AA 2ABBA 1VCFA 2QUVA 4JTJA 4O1AA 4YLWA 4O53A 3EX2A 4LVGA 3EXTA 3W1QA 2C14A 1TPFA 3G3DA 3O15A 3BVJA 1QFEA 3HGRA 1PL9A 2QCFA 2V5LA 3MMTA 4UXDA 4JX5A 1YYAA 2YXGA 2VFIA 5CZSA 1SO5A 4O16A 3HG2A 4O14A 2TPSA 2GQ8A 3FKKA 4AAJA 1TPUA 1GG1A 1XXXA 1GTHA 3VFLA 1TIMA 4ZQMA 3W1LA 4MPQA 4ALDA 1SZEA 3EX4A 2VEIA 1Y0EA 5DELA 5EMUA 1EIXA 1HUVA 3EKLA 4HSOA 4NU7A 3IVSA 2A4AA 4N4QA 2WSYA 3LXBA 3LXAA 3UPBA 2ISVA 1VH7A 1JRCA 1VLIA 3UY8A 4N4PA 2GQ9A 2H90A 4UTTA 3UQNA 4NX0A 2ZA3A 4K7YA 1OFEA 2BZNA 4LVAA 5D03A 5LGXA 4IMCA 2QUTA 3HPZA 1FWNA 3GX9A 5A5WA 4NNBA 1KW1A 2BWGA 3H53A 3T44A 3QW3A 2GJLA 1JJKA 4N6FA 1OX4A 3MW7A 1GVFA 2AGKA 2DZXA 3VNDA 3SGUA 1QOQA 1G7VA 1GQNA 3O1NA 3PUOA 2Y85A 3P61A 6ALDA 1VLWA 2YYTA 3PSVA 5F1VA 3HIJA 4IPJA 4CQAA 5K4ZA 1B9BA 2CLLA 3F4NA 1OFQA 5D04C 3TDFA 3O6CA 4PEKA 3LBCA 1MEWA 1Q6RA 3B05A 4Z1DA 1AW1A 1TV7A 2E77A 3Q2DA 1QPQA 2O7SA 3DFPA 4OQVA 3NPUA 1JR1A 4LRTA 3IIXA 3EEGA 3EB2A 5KITA 1K03A 4N2YA 3NQAA 5CKSA 2HS6A 3W7GA 4UR8A 3IIVA 4O52A 2AQWA 4LVBA 3KRZA 3QC3A 3B0PA 1EA0A 4HT3A 3RK8A 3S5OA 5D2XA 2GJNA 3R12A 3V1PA 2RDTA 3VI2A 3GKAA 4YWIA 1AK5A 1DOSA 3NQGA 5AFDA 3C2EA 1MEIA 3B0UX 3BLFA 2Y7EA 4HNVA 3LCFA 5K7JA 4FNQA 1B4EA 1K8YA 2BSLA 4FIRA 3OG3A 4TR9A 4LY8A 2R8WA 3W73A 3W72A 3LCWA 1VPXA 4MZ1A 1TPB1 2ZRXA 5KMYA 3OVQA 3GAYA 2OX1A 4Y96A 2I9EA 1CW2A 3CIWA 5ABTA 3B0VC 5C2XA 2X1UA 1OVDA 4UTWA 4MYAA 3IRDA 2CZFA 3IIPA 1J4EA 3CEPA 3K30A 1LBMA 2NUYA 4AF0B 1ICSA 1KTCA 4OV9A 4MLJA 4R7JA 3BGJA 4M6QA 5FEPA 1TPH1 4ZQNA 3BW4A 3DBPA 3WFAA 3GR8A 2ZZ4A 3L21A 1TPEA 1OFDA 2H8XA 4LW7A 2Q3OA 4BK9A 3NXFA 2LLEA 1L9WA 3BO9A 4NUWA 4D2JA 3W7DA 2GQAA 4MZYA 1XM3A 1S5WA 4OWGA 4PODA 3TC7A 1H7XA 3NG3A 4IMGA 3M0ZA 4LT9A 5J5DA 4HPJA 5KZDA 1WYIA 3C4UA 4UFMA 1R30A 4O28A 4NT0A 4TU1A 4M5PA 1KBJA 2NV2A 4KWWA 1OYBA 3NOEA 2E68A 4UTLA 1GOXA 3L5MA 3P80A 1I2QA 2C19A 5D05A 1R2RA 2FDSA 3BW3A 1HFBA 5TQLA 1XDLA 4O1DA 1I8JA 3CM4A 1WA3A 5LNWA 2QKFA 1E51A 4Q32A 2GPTA 3S6DA 3P60A 3W7PA 1IXOA 5CZ0A 1O60A 3EWYA 2B0MA 1Q6LA 1W5NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4MHB A;  2AAA A;  3E0L A;  4RZ6 A;  1AW2 A;  5FJI A;  4EXQ A;  1XH1 A;  4DWS D;  3KLL A;  4QDP A;  3WD3 A;  4GUI A;  1UR8 A;  3EOU A;  3S5Z A;  3W7K A;  4AHQ A;  1D3H A;  2QEZ A;  4IJC A;  3E74 A;  1F76 A;  2J9Z A;  1E0T A;  4FLQ A;  2WHJ A;  3BZG A;  4LYR A;  2RDW A;  2VZT A;  3ZYZ A;  5DBU A;  1US2 A;  1X1O A;  4KWU A;  3W7E A;  1C91 A;  3HGS A;  3RIK A;  1HKV A;  1HGW A;  3VOF A;  3ZR4 A;  1KRM A;  2NXG A;  5HNU A;  3KRU A;  3T07 A;  1W9B M;  2J77 A;  3AXX A;  3LMY A;  2C7F A;  4L9Z A;  2FFC A;  1HJQ A;  1UOK A;  4Z42 C;  1C8Y A;  2Z1S A;  1WDS A;  3OIX A;  2QCN A;  2Y5S A;  4K1G A;  4P8W A;  1LM1 A;  1W3N A;  5FF3 A;  1O5R A;  4FB7 A;  2WVS A;  2YZR A;  2PBO A;  3BAR A;  4C7F A;  5BWA A;  1RR2 A;  1R7O A;  4WXY A;  3FSU A;  5M3W A;  1NVM A;  2AMG A;  1KM1 A;  3VZY A;  3VTR A;  3RCY A;  4DX3 A;  1PDZ A;  1EJU C;  3AUJ A;  3BV4 A;  1BYC A;  3AS0 A;  1OBA A;  3W74 A;  5EML A;  4CVW A;  3CT2 A;  1A4M A;  4TTU A;  1TVP A;  1YPI A;  1VEO A;  4W8L A;  2I7G A;  3B9N A;  3E0V A;  4GKT A;  3VXG A; 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