4MDPA

Crystal structure of a gh1 beta-glucosidase from the fungus humicola insolens in complex with glucose
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
477
structure length
477
Chain Sequence
SMSLPPDFKWGFATAAYQIEGSVNEDGRGPSIWDTFCAIPGKIADGSSGAVACDSYKRTKEDIALLKELGANSYRFSISWSRIIPLGGRNDPINQKGIDHYVKFVDDLIEAGITPFITLFHWDLPDALDKRYGGFLNKEEFAADFENYARIMFKAIPKCKHWITFNEPWCSAILGYNTGYFAPGHTSDRSKSPVGDSAREPWIVGHNILIAHARAVKAYREDFKPTQGGEIGITLNGDATLPWDPEDPADIEACDRKIEFAISWFADPIYFGKYPDSMRKQLGDRLPEFTPEEVALVKGSNDFYGMNHYTANYIKHKTGVPPEDDFLGNLETLFYNKYGDCIGPETQSFWLRPHAQGFRDLLNWLSKRYGYPKIYVTENGTSLKGENDMPLEQVLEDDFRVKYFNDYVRAMAAAVAEDGCNVRGYLAWSLLDNFEWAEGYETRFGVTYVDYANDQKRYPKKSAKSLKPLFDSLIRKE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural basis for glucose tolerance in GH1 beta-glucosidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Humicola grisea var. thermoidea
total genus 200
structure length 477
sequence length 477
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4mdpA00
1BGGA 3GXIA 4UFKA 3AIVA 3T2PA 1CGYA 1GHSA 3VINA 2YL6A 5FOOA 3A4WA 4OJYA 4WK9A 4CD4A 3CHFA 1CXFA 5A6BD 1C3FA 4AZHA 1PJ9A 3CUIA 4FMVA 4F79A 1TA3B 2GK1B 3QHOA 4X9YA 2JIWA 1DWAM 1WP6A 3WFZA 2BHUA 1QVBA 4UQBA 4Q22A 2YL9A 3NJ3A 2J7BA 1BYBA 5I5RA 4ZFMA 3VIOA 3OGSA 1CGWA 4BS0A 5JBDA 2J75A 1VF8A 3RMEA 4AISA 2HISA 3MSDA 2DH3A 1GQIA 4AEFA 1B0IA 2CNCA 3MUZ1 4PMVA 1MW3A 3VM7A 5DMYA 1HVQA 3CPUA 5DFAA 4UR9A 1D3CA 4M8UA 3KEHA 5E0FA 2NT1A 5D4YA 1LQ0A 4BF7A 4D6HA 4MDPA 1CGTA 3WEMA 3AIBA 1SYTA 3VU2A 2XVNA 4J7RA 2BNJA 1K9FA 3K8MA 5JBEA 2O9TA 2EEXA 2D20A 4D6EA 3NYDA 2PB1A 2BFGA 3SCTA 2DSUA 1QHPA 2OWCA 7A3HA 4UZSA 2WMHA 1GONA 2ZX8A 4MNLA 1FA2A 1XC6A 3SUVA 4AD0A 4C7FA 3ARUA 1OINA 2C7FA 3WFLA 3K8KA 1B3VA 3WF4A 2A3BA 3CHEA 1UA3A 2PWHA 5HPOA 4JL1A 4MNJA 1EH9A 1Z32X 2RGMA 3AFBA 1CLVA 1UR1A 2PWDA 4NRRA 1UWTA 1TA3A 2GK1A 5A8PA 3WUBA 3MMWA 1G5AA 2X0HA 4TVDA 3EYPA 5DT7A 2WWDA 2XSAA 1RD6A 3WQ6A 4PTMA 2WC7A 3ARTA 1TVPA 1B2YA 1C7SA 4A4AA 3FHQA 4AC1X 1EQCA 4EK7A 5E09A 3AHZA 5DT5A 4B15A 3L4UA 1CYGA 3I3BA 1C8XA 1J0KA 3ARQA 1G0CA 1QI4A 1UZ1A 2VX7A 3SUTA 5HOSA 2WMJA 6CGTA 1W9DM 4GQQA 1KBBA 4AYSA 3WF1A 2D0HA 3ZJ8A 5A6MA 2D23A 3BMVA 2J74A 1JZ3A 1XSJA 2G3JA 2E8YA 2DGAA 2WM0A 4FLQA 5BRPA 1GNXA 3N04A 1JZ5A 1E3XA 1Y7VA 5LA2A 2G3MA 1B1YA 3CUFA 2XGIA 7TAAA 4A3HA 1JFXA 3WD1A 3ARRA 1NWSA 3MKKA 2X05A 4M56A 5I77A 4E2OA 1W9PA 1KWGA 3WL0A 3VD9A 3I3DA 3K4AA 3WD3A 2VX5A 5I2UA 3RPMA 1UD4A 1UD5A 3SCRA 4J3XA 4UCFA 2HVMA 1VBRA 2DSKA 3S2CA 3E1F1 5A94A 2OWXA 3EDJA 3IJ9A 1BFNA 4FLSA 1VFUA 1ZS2A 4CU6A 1JZ8A 1W1PA 3WDJA 1H11A 3WH8A 4LYQA 2EJ1A 1X6NA 1K6AA 2WHLA 1E6NA 4OZOA 3SCWA 4EE9A 3A4XA 1BPLB 1E1EA 4XZBA 2D3LA 2WMIB 2Y5EA 1ZBCA 4UOZA 3OGRA 4HZ7A 3APGA 2A3CA 3OLGA 3SCUA 1DWJM 1MXDA 3AICA 2UY4A 3AXHA 2GJRA 5A6LA 2YL8A 3AXIA 3AHYA 5IFTA 2E3ZA 1V3JA 1J9YA 3M46A 4CVUA 4QCFA 2YDRA 3TTQA 2CXGA 3PZOA 1E40A 2W92A 1J10A 3BLKA 1UQZA 2DSZA 1DWFM 4PTWA 1UKPA 1K9TA 4PCSA 3W81A 1OGGA 5M03A 1KR0A 3ARXA 1CTNA 4DWSD 1VFOA 2WW5A 4JKKA 1BYDA 2EXOA 3WD4A 3BAJA 5A6BA 1C93A 3B9EA 1FOBA 1QI5A 1FH7A 3BAIA 4PMZA 1E6SM 4HZ8A 1W3HA 2ZUMA 3CLWA 4OIFA 3SCVA 3CMJA 4AZIA 4QDMA 2WZIA 2EPOA 2Z1SA 5C71A 2DT3A 2A3HA 1JGIA 4UQCA 4V2XA 5ABEA 1YHTA 1ZBKA 4JIEA 1CDGA 3WH7A 3ZM8A 3KL0A 2VT0A 3OIHA 4AMCA 2DT1A 3EMQA 3KWXA 1W1TA 3FHAA 3F5LA 3PZQA 1AQ0A 1KXHA 3L4XA 4LX4A 1ZJAA 3VPLA 3VIIA 4P8WA 1JNDA 4P8UA 2MANA 2D0FA 5EMYA 4D72A 3BC9A 1AQHA 1RPKA 3K4DA 2WMIA 2AAAA 2F2HA 4HMEA 4BQ3A 2YA2A 4H7VA 4S3JA 4MPKA 4TUFA 3N15A 3SCOA 1H1NA 1VJSA 4NF7A 1WZLA 3VKKA 3A47A 1W3KA 4L4OA 4CD7A 3IJ7A 1QBAA 1V02E 3ZR6A 1PPIA 1AMYA 5GNZA 1K9EA 3SUUA 3CZ8A 1HF6A 4ML4A 1W2PA 4HOZA 3MUAA 3VIJA 5A95A 1Q6EA 3DC0A 3VDBA 5JIPA 3CUHA 2XFFA 2XVKA 2BHZA 1JDAA 2GSJA 3AIUA 3N13A 2QMJA 4MJ4A 2CPUA 1E4MM 2W66A 1PIGA 1UKSA 4XX6A 2E0PA 2FHFA 1CEOA 2FGZA 2GFTA 4RE2A 3THCA 2CHOA 1PX4A 1AVAA 5I23A 3UR8A 1E56A 4H8VA 3N9KA 4J3SA 2PWGA 4W7VA 2J4GA 3HJEA 3W28A 2CETA 3MO4A 3WDPP 2VTFA 5LYRA 1BLIA 1B9ZA 3WF0A 3AJ7A 2G4FA 3CTTA 1NOFA 1JFHA 2PWFA 4A3YA 3W6LA 8CGTA 1XH2A 3GTNA 1C8YA 1E4NA 1WDSA 1GQKA 1JL8A 1UA7A 4EANA 2VZTA 1TVNA 3AIWA 3JUGA 1QNSA 3TTYA 3VX0A 2WCAA 3UR7A 1QOXA 5HBFA 1DP0A 1QI2A 3RIKA 4UOJA 1ZU8A 1EDQA 4L4PA 3WEZA 4B16A 1H41A 4QLJA 1V03A 2A3AA 4GIAA 1CXEA 3L2MA 3ZT5A 2JEQA 4DWSC 3L2LA 1HP5A 8A3HA 3ZO9A 1CBGA 4W8LA 2FH8A 4NRSA 2XFYA 5I0DA 4D71A 2JF7A 1W1YA 2CBJA 1J11A 3RM4A 5AYBA 4MJ2A 4AZ7A 1N82A 1PEZA 1DHKA 3F5JA 1HJWA 2PF0A 3AZRA 1W32A 2QV4A 1PX8A 3B9DA 3CO4A 1CECA 4CGTA 2EPLX 3CZLA 1OGSA 2G41A 3AYSA 4UOQA 4FK9A 1E4LA 3RO8A 1JDDA 3VMPA 5E0CA 1XD0A 3KZSA 2JIEA 4JFVA 4X0NA 4LQ1A 1C90A 1XYFA 4H2CA 5KZ6A 3VUPA 3BXWA 1EXPA 3M6DA 1R85A 1E15A 1GOIA 4N0RA 4BA0A 1CPUA 1UYQA 2J77A 3ARZA 1GCYA 1NWUA 2FGLA 4PTXA 4Z2KA 4PMOA 2YL5A 2DEPA 4KGLA 4FLOA 3NDZA 5E9AA 3N11A 3DHPA 3U5UA 3WMBA 4QLLA 1HP4A 3N18A 4K68A 3CZJA 3D5HA 2PI6A 4AZ6A 1Q4NX 1V3MA 4BQ2A 1EDGA 3W53A 4ATDA 4J3WA 1E6XM 3ZOAA 1NH6A 5BXSA 2OYLA 3ARWA 3O9NA 4GI8A 1C7TA 1UWSA 1W9BM 2J7FA 2B31A 1XYZA 2WC4A 4UQDA 2W5FA 1J0ZA 3ALFA 3VGGA 3CZKA 4V28A 3U7VA 4XV0A 3WQ8A 1VFFA 1JAEA 1UD8A 2X1IA 3RJXA 2CYGA 2VVNA 3WH9A 2XWDA 2ZOXA 4M29A 1JYXA 2EBNA 3AZSA 5A2BA 1R86A 1B3YA 3CZEA 1KXTA 1E70M 2AMGA 1GUVA 1CENA 1WZMA 4AD1A 1SMAA 2WC3A 4W5UA 1WB0A 1Q6FA 1UZ4A 2DT2A 4OUEA 2IXVA 1BG4A 1VRXA 4RE4A 1XV8A 2WPGA 3WQVA 3EDFA 4U33A 4Y7EA 3T2OA 5E70A 4P8XA 3W29A 4MTVA 5EBAA 2IUZA 2VURA 4W85A 4ATLA 5BCAA 1Q6GA 1ISWA 5IHSA 2ZX6A 1W2VA 4QAWA 2WK2A 1HL8A 1UR0A 1X1NA 1IT0A 2OWWA 2BY0A 3ARPA 1PX3A 2X0YA 1CZ1A 2J79A 2WZHA 4IISA 4E8CA 4D6CA 1V0NA 1VAHA 3OLDA 3W25A 4WKAA 4EKJA 2WVVA 1LL4A 1UKQA 2VX4A 4WSKA 4E8DA 4CKQA 3WD0A 3VVGA 1BVNP 5A8QA 4CN1A 2DIJA 1V6XA 3ZSTA 1UH3A 3ARSA 4WSJA 1M7XA 4TVCA 3OG2A 3QHNA 1I1XA 2BXZA 4X0VA 1XGZA 3MV01 4AIUA 1VEMA 3WIJA 1PIFA 1CXLA 3U57A 2E9MA 4HU0A 3TOPA 1QI3A 3BCFA 3FXYA 1WO2A 2GVYA 1EDTA 3MMDA 3BSGA 1XH0A 3L4TA 2YLAA 1WPCA 1R8LA 2J7DA 1W91A 4PSPA 1ODZA 1ZJBA 2C0HA 2J78A 2VNCA 1US2A 3SCSA 3WMCA 2O9PA 3FW6A 4B9YA 5IHRA 3CBWA 1W9XA 3BMWA 3CIVA 1MXGA 2VCCA 1B3WA 1KQZA 1KBKA 1EOKA 1UWQA 2WKGA 3IJ8A 3T08A 1WKYA 4ACYA 4B3LA 1C92A 3FN9A 5HDRA 2WLZA 4IUGA 2YJQA 2ZWZA 2WMKA 1GPFA 3WMSA 5D9MA 1NOWA 2WHMA 4AY1A 3PTMA 3T09A 1BYAA 2BV9A 2A3EA 1BTCA 3AMKA 4CUCA 4HOXA 1FH9A 4RE3A 2ZE0A 1E71M 4Z2JA 2VCBA 4W8AA 3QGVA 3QR3A 1GZJA 2DH2A 1MQPA 5D9PA 4UTFA 2VRJA 3WNKA 3W24A 3AS1A 4HMCA 3WBEA 4UFHA 1HXJA 3W37A 2DQXA 1QPKA 2UY5A 1K9DA 5LA1A 2GDUA 3ZT7A 3W4RA 3ARYA 3VILA 1V0MA 4W86A 5EB8A 4OKDA 2VZOA 2WBGA 3VNZA 4PMYA 2Y24A 5CXPA 2V3GA 1KB3A 2XGBA 2Z1KA 5BWFA 3MV11 3AMCA 3UG4A 2GJPA 3N1AA 4WKFA 1VEPA 1GOOA 2EQDA 3NDYA 4DUXA 4GQRA 5ABFB 4KRUA 2JF6A 5ABGA 2WCSA 1EO5A 1J0HA 2VR5A 5EFFA 1XCXA 2W67A 3A3HA 2W63A 3PTQA 4GXPA 4W5ZA 4CU8A 3EBVA 4Q7NA 2BY3A 5A69A 1WDPA 2VJXA 1ZL1A 4MAVA 4D1IA 1ISXA 1JZ4A 1UR8A 3WDQA 4JKMA 2YKKA 4ATWA 2D1ZA 4GZJA 1P6WA 4CU7A 2OSYA 1MQQA 3HMCA 2V5DA 2J7CA 4WJXA 3BH4A 1H49A 2GDVA 4HA3A 2WAGA 1FH8A 3BLPX 3VDAA 3W38A 4KMQA 3AXXA 2XM1A 2OYMA 3PBGA 1JD7A 1UR4A 4TTGA 1GHRA 3BAWA 1ISVA 4J3TA 3AS0A 2D22A 2WCGA 4QFUA 4U5KA 1JZ2A 1GOQA 4V27A 5C8BB 3MSGA 1NARA 1E6ZA 3F5KA 3WH6A 1UD6A 2OSXA 3PZTA 1OM0A 2BY1A 4MNKA 3GZAA 1HKIA 3LMYA 5CZKA 1GJWA 1J0JA 5CGTA 2ZXDA 5M3WA 5AYIA 2WNWA 3UESA 3VTRA 2ZXBA 1JIBA 2E4TA 2Y4SA 2ZUWA 3A6OA 4M81A 2RGLA 3VO0A 1CXKA 2XHYA 1KWKA 1JI1A 4NI3A 3THDA 3ZSSA 3U7BA 4CN6A 1UKOA 5ABFA 1H0IA 4D6JA 1XSKA 2J47A 4AIEA 1LWHA 3KE0A 1JZ6A 2FDMA 3WBAA 3CZGA 1DTUA 3QOMA 4WIWA 4GI9A 4U2YA 1JNEA 2Y8VA 5IXEA 3O2LA 1PBGA 1TUXA 2XG9A 2E9BA 6TAAA 5A6SA 4GZEA 5A8OA 4M24A 1R7OA 4R5EA 2JFEX 3W26A 1A47A 3G6MA 2BHYA 4LXFA 1HKJA 1XCWA 5I3DA 4GKLA 1B30A 2ZIDA 4WF7A 3AIEA 1WE5A 4PMUA 1QHZA 4W7WA 1BVZA 1W9UA 2XJ7A 3PHAA 3WENA 2W91A 2VRKA 2VZUA 5D9NA 1LWJA 1XSIA 1US3A 2WHKA 3AHTA 1OWQA 1UH4A 4AD5A 5JUVA 3IK2A 1DWHM 6A3HA 1JDCA 1KCLA 1GOKA 2X8RA 2J8GA 5DF0A 1PZ3A 2WANA 4KWUA 3PZGA 1CXIA 2DSWA 1QHOA 3BAXA 3GH5A 4KGJA 1QW8A 3A4AA 1R87A 3UETA 4UQ9A 5A2AA 1F4HA 1E72M 3DECA 2J7EA 5BRQA 1W3LA 2VOTA 1XRVA 1HJXA 4W89A 3WQ5A 3D3AA 4IPLA 5BXRA 5A8MA 3T0DA 4TOQA 1BSIA 2ZUTA 3VM5A 3GBEA 1B90A 2XIIA 5TD4A 5JIWA 2G3NA 1DWIM 1ITCA 4AWEA 3AMLA 1V0LA 1V0KA 2VCAA 2FH6A 3ECQA 2J62A 1OBAA 1HX0A 2WKLA 2YA1A 4HA4A 5AC4A 3CMGA 2JEPA 2J25A 1E3ZA 3W27A 4ZE5A 1E4IA 3GDBA 1V6VA 3WNOA 3AIRA 3IANA 2VO5A 3PZUA 1J01A 4GI6A 2XUCA 3WUEA 2XYLA 4MB3A 5C70A 4PCTA 4DWSB 1JYWA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BGG A;  3GXI A;  4UFK A;  3AIV A;  3T2P A;  1CGY A;  1GHS A;  3VIN A;  2YL6 A;  5FOO A;  3A4W A;  4OJY A;  4WK9 A;  4CD4 A;  3CHF A;  1CXF A;  5A6B D;  1C3F A;  4AZH A;  1PJ9 A;  3CUI A;  4FMV A;  4F79 A;  1TA3 B;  2GK1 B;  3QHO A;  4X9Y A;  2JIW A;  1DWA M;  1WP6 A;  3WFZ A;  2BHU A;  1QVB A;  4UQB A;  4Q22 A;  2YL9 A;  3NJ3 A;  2J7B A;  1BYB A;  5I5R A;  4ZFM A;  3VIO A;  3OGS A;  1CGW A;  4BS0 A;  5JBD A;  2J75 A;  1VF8 A;  3RME A;  4AIS A;  2HIS A;  3MSD A;  2DH3 A;  1GQI A;  4AEF A;  1B0I A;  2CNC A;  3MUZ 1;  4PMV A;  1MW3 A;  3VM7 A;  5DMY A;  1HVQ A;  3CPU A;  5DFA A;  4UR9 A;  1D3C A;  4M8U A;  3KEH A;  5E0F A;  2NT1 A;  5D4Y A;  1LQ0 A;  4BF7 A;  4D6H A;  4MDP A;  1CGT A;  3WEM A;  3AIB A;  1SYT A;  3VU2 A;  2XVN A;  4J7R A;  2BNJ A;  1K9F A;  3K8M A;  5JBE A;  2O9T A;  2EEX A;  2D20 A;  4D6E A;  3NYD A;  2PB1 A;  2BFG A;  3SCT A;  2DSU A;  1QHP A;  2OWC A;  7A3H A;  4UZS A;  2WMH A;  1GON A;  2ZX8 A;  4MNL A;  1FA2 A;  1XC6 A;  3SUV A;  4AD0 A;  4C7F A;  3ARU A;  1OIN A;  2C7F A;  3WFL A;  3K8K A;  1B3V A;  3WF4 A;  2A3B A;  3CHE A;  1UA3 A;  2PWH A;  5HPO A;  4JL1 A;  4MNJ A;  1EH9 A;  1Z32 X;  2RGM A;  3AFB A;  1CLV A;  1UR1 A;  2PWD A;  4NRR A;  1UWT A;  1TA3 A;  2GK1 A;  5A8P A;  3WUB A;  3MMW A;  1G5A A;  2X0H A;  4TVD A;  3EYP A;  5DT7 A;  2WWD A;  2XSA A;  1RD6 A;  3WQ6 A;  4PTM A;  2WC7 A;  3ART A;  1TVP A;  1B2Y A;  1C7S A;  4A4A A;  3FHQ A;  4AC1 X;  1EQC A;  4EK7 A;  5E09 A;  3AHZ A;  5DT5 A;  4B15 A;  3L4U A;  1CYG A;  3I3B A;  1C8X A;  1J0K A;  3ARQ A;  1G0C A;  1QI4 A;  1UZ1 A;  2VX7 A;  3SUT A;  5HOS A;  2WMJ A;  6CGT A;  1W9D M;  4GQQ A;  1KBB A;  4AYS A;  3WF1 A;  2D0H A;  3ZJ8 A;  5A6M A;  2D23 A;  3BMV A;  2J74 A;  1JZ3 A;  1XSJ A;  2G3J A;  2E8Y A;  2DGA A;  2WM0 A;  4FLQ A;  5BRP A;  1GNX A;  3N04 A;  1JZ5 A;  1E3X A;  1Y7V A;  5LA2 A;  2G3M A;  1B1Y A;  3CUF A;  2XGI A;  7TAA A;  4A3H A;  1JFX A;  3WD1 A;  3ARR A;  1NWS A;  3MKK A;  2X05 A;  4M56 A;  5I77 A;  4E2O A;  1W9P A;  1KWG A;  3WL0 A;  3VD9 A;  3I3D A;  3K4A A;  3WD3 A;  2VX5 A;  5I2U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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