4MPQ | Genus

Total Genus 122

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	324
structure length	324
Chain Sequence	HHHMLKAEIFSGVIPALMTPCKPDRSPDFDALVRKGQELIGDGMSAVVYCGSMGDWPLLTDAQRMEGVERLVKAGIPVIVGTGAVNTASAVAHAAHAQKVGAKGLMVIPRVLSRGSAIAAQKAYFKAILSAAPDLPAVIYNSPYYGFATRADLFFDLRAEHPNLVGFKEFGGPADMRYAAENITSRDDGVSLMIGVDTAVFHGFVNCGATGAITGIGNVLPKEVIHLCNLSQAAALGDVDARQRAQELEQALAVLSSFDEGPDLVLYFKHMMVLKGDKEYTLHFNETDALSESQRGYVETQFRLFNTWYAEWSKLPGAVQRCKA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase from Brucella melitensis ATCC 23457 rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Brucella melitensis
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthetase
total genus	122
structure length	324
sequence length	324
ec nomenclature	ec 3.5.4.22: 1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase.
pdb deposition date	2013-09-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4mpqA00

4BR1A 3DFPA 5ABTA 3IVTA 1JRCA 2V0TA 4S1FA 2WSYA 3EWZA 3LHYA 4Q32A 4JTUA 5DBTA 3VI2A 2FFCA 5FF4A 1A50A 3K30A 4UIOA 5LNRA 3HBLA 2Y70A 4RXGA 5U7SA 5TQLA 2DZXA 2YPIA 1HL2A 3GXNA 3C2FA 3IGSA 4Y9AA 2J27A 1I2NA 4AF0B 1G69A 3MO7A 3MHUA 3VE7A 5AHFA 5KZEA 5EMUA 1TB3A 2O7QA 1TO3A 1G7UA 2PRMA 1UASA 4P2VA 5FESA 2QCDB 3STFA 3W2LA 3LI0A 2YZRA 2QJGA 3LCFA 2WNQA 1KM5A 3EXRA 3P61A 1JRBA 5L9FA 1QR7A 3LM7A 4UTJA 4MZYA 2ABAA 5BW6A 4NT0A 3SZ8A 5FF2A 3TIMA 3C3NA 1MSSA 3ABRA 1L2UA 4IUOA 2ZZ7A 5BOOA 3V75A 2C1HA 1FWTA 3P8IA 4N2YA 3W7KA 1FXQA 3T4CA 4HNVA 3HPZA 4FX8A 4HIBA 4ML9A 1SSGA 2EGZA 3L0NA 4XBSA 2E5DA 3ANYA 3M47A 3GIYA 5HNRA 4GUHA 2ZFAA 4JR5A 5FF3A 1RVGA 4UFMA 1TV8A 3O63A 1EP2A 1I2PA 2PC4A 2R91A 1AW5A 5LNVA 4O8RA 1MEWA 3NM3A 4N9BA 6ALDA 1I2QA 4EVZA 2PRHA 2ZZ1A 1DJQA 4M7SA 3LGEA 1DV7A 1VH7A 1VLIA 3LCWA 4O0ZA 4OT7A 1U5JA 3N3MA 3KRSA 2ZRVA 3MI6A 4ADUA 2YYUA 4FNPA 5K4XA 2NX9A 1YADA 1YDNA 1V7YA 4JX6A 3PF3A 4PC8A 4PFMA 4O13A 4RCXA 1PVNA 3BLFA 4RZ4A 3KVKA 1ML1A 5HWJA 3C2EA 3L5MA 3OHIA 4HNTA 1Q3NA 1NAL1 3S1UA 5KITA 3S5ZA 1TV5A 2A85A 2A4AA 2WKJA 3L67A 2ZCGA 1M5WA 5FEWA 4UXDA 3GVGA 3GXTA 1H7PA 3S9YA 2X1UA 4NXSA 4FIRA 1IF2A 4K7YA 3KVJA 5CPMA 3W1QA 4HPXA 5F4WA 1VHCA 2NWRA 1LOLA 1D3GA 1ME7A 3LBCA 1SW0A 4N9CA 2G5WA 2A7RA 2EF9A 3IVSA 4Z1DA 3HIJA 1TQXA 3LOTA 1OHLA 3HPSA 5CKSA 1WOBA 3NQEA 3IEBA 1H7NA 3QW4B 2YW3A 3W2KA 1H7WA 4EF8A 3EEGA 4FNQA 3GK0A 1LORA 4E2DA 4O4VA 1U83A 1YDOA 3UYCA 4I7WA 4CCEA 4OQVA 1K8ZA 2XFWA 1KFKA 4JYDA 1FXPA 2QCHA 2ZZ4A 4FX6M 3YPIA 2V81A 3UY7A 1Z44A 3O05A 1ICSA 2OMAA 4ICNA 4JTLA 4X3ZA 2CZFA 2FLIA 4YWIA 4POCA 4N9EA 4IJBA 4JDBA 4QIUA 1GVSA 1RQBA 5LNUA 3GR8A 2WO5A 2FTPA 1O5XA 1K03A 1JCYA 1K8XA 4LC6A 2WPBA 5CSSA 1CI1A 3W1TA 4MY8A 4IMDA 4AXKA 1BKSA 1TRDA 1XBYA 3NQ2A 5D02A 2FQIA 5EA9A 4NZFA 2TRSA 3P67A 4NNBA 2RH9A 1H61A 5KMYA 4O18A 1LRTA 2DZVA 2NWSA 2QAPA 2AGKA 1FCVA 2Y89A 3NPWA 2G95A 4UTUA 4E0CA 1W56A 3RFAA 3G3DA 4ZQMA 5J5RA 4JTFA 4PL1A 5MHBA 2BLEA 4XZ9A 3NQAA 3NZ1A 2VXNA 3LHTA 1JCMP 4IXXA 5FEZA 5I3GA 3W7QA 1W5PA 2VFFA 4UFLA 5CGQA 4QNEA 5FF7A 4O14A 1IXNA 2RHGA 5CG7A 3BW4A 3DU0A 1JCJA 2PURA 1B4KA 5K2ZA 3INPA 3UQNA 5CZTA 4XWUA 5LNWA 3GDMA 3O06A 1LZOA 5D03A 2QCMA 4NX0A 1MEHA 3P5ZA 2JKAA 3GYEA 2CZDA 4WOZA 5I3IA 1DOSA 1GVRA 1FDJA 2VELA 4ZQPA 1W5NA 5DCDA 4FF7A 2YSWA 4MUZA 4AVFA 1K3UA 3ATYA 3STEA 3CT7A 4GRSA 3STGA 2F84A 3HGSA 4K36A 1FCUA 1LLWA 5AFDA 4UNLA 2ALDA 1DHPA 4LVAA 4IX0A 3QEZA 3S42A 3VKJA 3G3MA 3C6CA 3G1SA 4JTKA 4O50A 3UPWA 1QPRA 1Q6QA 3B0PA 3W1AA 3ZFHA 4HNNA 3DFTA 3DFOA 1Q6RA 4IOTA 4K38A 1GJPA 3OEXA 5DXYA 1IIGA 1OABA 4GWEA 5EPDA 3G8RA 3C0JA 2CU0A 3DFSA 1H5YA 4H4IA 3EKLA 1OFAA 1RZMA 1X6UA 1KBIA 1KLZA 3NQDA 3T7VA 3LCIA 5D2TA 4XTDA 1KM3A 2A7PA 1IXQA 5D2VA 1AL8A 4WY0A 5FEPA 2H8XA 1P4CA 2OX1A 2V30A 4XQ6A 2A7NA 1P0NA 3L5AA 5KINA 3R13A 2DZTA 1E51A 3GAKA 4OWGA 1X1ZA 4JNMA 5LNSA 3LXAA 1KFBA 3T40A 3LX9A 4OGZA 3E96A 3W76A 1ZENA 1PCWA 2Q3RA 3THQA 3S8HA 1THFD 1WXJA 4LVGA 1AK5A 5G1YA 3HGRA 3V1PA 1JCXA 1FWWA 3P60A 1VYSX 2NUWA 3LLFA 1LROA 3W84A 1AW1A 2DJLA 3RMJA 2NXGA 3B0UX 3TKFA 4GJ1A 1KM0A 1H1ZA 4Z0SA 4AB4A 5IBXA 3M5VA 3T78A 2EAWA 1OX4B 4JIQA 5D38A 2VFIA 4GBUA 1C29A 5DBUA 5DLCA 3PY2A 3G0UA 1I4NA 3QM3A 3SW6A 2E6YA 3GKAA 3M43A 1OVDA 4MJZA 1A53A 1CX9A 1KA9F 4NJKA 1MZHA 1H7OA 1YTEA 3SECA 3HO8A 2VC6A 4UTTC 3I7QA 4MFDA 2P0OA 4HSOA 1YPFA 3GB6A 4DELA 4EF9A 5LHEA 3H54A 1H62A 1X1OA 3MYPA 3UWYA 4UTIA 1XBZA 2VFGA 4AHQA 3DHFA 2WSRA 4LRTA 1QOQA 6TIMA 4WY0F 4IGHA 1RQHA 1SO5A 3N2MA 4X9SA 2E1DA 3GZ3A 4MKNA 3PB0A 3LI1A 1BEUA 1ZCOA 1T99A 1H51A 3ZR4A 1NFBA 5G4EA 2W6RA 3E12A 1PHQA 3M9YA 2ZA2A 1VJIA 2V5LA 3O15A 1GQNA 3LXBA 3I7RA 3LHZA 4HT3A 3MUXA 3NYZA 1ZAHA 3MYOA 3WK3A 4DPPA 5F2LA 3W7GA 4UCGA 2ZBTA 2CLEA 3BG5A 4BWLA 1VPXA 3MHGA 1W5QA 2DZWA 2Y61A 1LP6A 3N19B 2D73A 3F03K 3B06A 2DZSA 2DU2A 5FI8A 3EWYA 4NUWA 2WOQA 4PA8A 3DI0A 1LCOA 3KVMA 5F1UA 5G2IA 4UMBA 3SY5A 4Q33A 3MWAA 4DBDA 1XC4A 4DF0A 3PS7A 3M6YA 2VEKA 2VEIA 4CQ8A 1JVNA 1I2OA 4UUIA 4JX5A 3NM1A 1EA0A 5HUOA 2B0MA 2HS8A 4UR8A 4JTSA 1I8JA 3L65A 2X30A 3RF9A 3NNTA 3VNDA 3F4WA 4A21A 3AO0A 2QDHA 4IQLA 3ZWSA 4BK9A 1SFLA 2Z2UA 3M44A 5LGZA 1UB3A 3KX6A 2CLHA 5E0KA 5AC7A 3TJXA 3B04A 4EWND 2I9EA 3W7HA 3EX3A 3C2RA 3HGOA 1F6PA 3QSTA 5K4ZA 2KZHA 1L9WA 3S1XA 1Z42A 4K6AA 3RNDA 2BWGA 4OV9A 4GC4A 2RDWA 2WNZA 4O11A 2Y7DA 3B8DA 3MI2A 4JEQA 1WX0A 1SSDA 1LLZA 1F7BA 2B4GA 2C6QA 2QJIA 3LRKA 3OG3A 3G1YA 3THAA 1TYGA 3W7MA 2C19A 4XBKA 5D04C 3QQ1A 3MP3A 2H6RA 3TX9A 3W73A 7TIMA 2QEZA 1FY6A 4UTLA 3ATZA 3SGZA 4AWSA 4UTWC 4JYFA 3GR7A 2A6NA 5HR6A 5TBOA 1YYAA 4N6FA 1YXCA 5A5WA 1VCGA 4U28A 3W87A 1HTIA 4OE7A 1NVMA 3JS3A 3NPUA 3NQMA 1OYAA 4R33A 1GTEA 4RK8A 3FKKA 5D05A 3W2NA 3QJAA 3PAJA 2XN2A 3USBA 4O53A 2AAMA 3PSWA 3GDRA 2V82A 4HPJA 3W7EA 4TIMA 4IPIA 1Q45A 4O17A 2DZUA 4MYXA 4R7JA 4GE8A 3MP5A 3O07A 5AYXA 4LS2A 4LVFA 1WOAA 1GYLA 4N9DA 5I3FA 4O54A 4LTSA 5A8GA 3M0ZA 1G67A 1WYIA 5D2YA 3NGJA 3P80A 4YL2A 3PUOA 5F4XA 3CIXA 1F73A 3CEUA 2E5CA 4JYEA 3W1MA 4YMZA 4A29A 2UV8G 3A23A 3PVFA 1SU5A 2JGYA 1KM6A 3FLUA 3DGRA 5G2HA 1H7XA 5D2WA 3I6RA 1ZJIA 3WJZA 1H60A 2GPTA 3DAQA 3IIOA 4M5PA 2Y7EA 3Q58A 5AHLA 5DCBA 2E6DA 3KRZA 4IMGA 3W85A 4PTNA 4DPQA 4QSHA 1KFEA 3LV5A 2ZA1A 3QFEA 3RLUA 2WNNA 2TSYA 1B9BA 3G24A 2C18A 1A5BA 4LRSA 1YTDA 2RDTA 5F4SA 1TTQA 1M7OA 3CTLA 3W6YA 3TW7A 3W7NA 5LKYA 3CU2A 2GVJA 3TAOA 3HJZA 3OVQA 1PCKA 4JX4A 3BG3A 4ORIA 1N55A 2V2CA 1VCVA 2GVLA 4BI7A 3S0CA 5BMXA 2P1FA 3FKRA 3O6DA 2X2GA 4B5NA 3LXCA 3M5ZA 3UWQA 1SO3A 3A21A 3L0GA 3GDKA 3W3OA 3UY8A 3PWAA 4JIPA 4O52A 2XN1A 3MBFA 3UNDA 3M1ZA 4GUGA 3C52A 5AYYA 2VENA 3S6DA 3W83A 1R47A 1RPXA 4TMBA 2EPHA 5AYZA 3BARA 3T44A 1NEYA 1VLWA 2ZZ2A 3KRUA 3LHVA 1FBAA 4LU0A 1HFBA 4MIMA 2VEPA 3W7RA 4UMCA 1XBXA 4R34A 3CWOX 1WBJA 1O95A 5K9XA 2CFFA 1VQTA 4R53A 5FEXA 3O6CA 4RLIA 1G7VA 1KFCA 4AEOA 3TUUA 1PE1A 4JICA 2J9ZA 3CQ0A 1KFLA 4FEZA 4LNYA 1JUKA 4WZHA 1SZGA 3LB0A 4GUIA 3UWZA 5I3HA 2QCLA 3QMTA 3GAYA 3W1RA 5DXXA 5K7JA 3LHUA 1TRIA 1DQXA 1LBLA 2G96A 1ZFJA 3Q2DA 3TROA 4EOUA 4X22A 4A2RA 3F4NA 1EX5A 3O16A 5SWUA 2QF7A 4CNPA 1P0KA 3N34A 4NJGA 2CZEA 4O1DA 3TSMA 1SZFA 1HO4A 1GTHA 3TXZA 1VCFA 4XKYA 4PH6A 3SI9A 4WD0A 4DEFA 3W9ZA 5DCEA 4JDYA 1CW2A 3BO9A 3OBKA 3QPYA 4J9JA 3Q37A 4UFKA 4H3DA 2OCZA 4DO5A 4JTHA 3DFNA 1TPH1 2B7PA 5DY2A 2YW4A 2ISWA 3WJWA 4RZ5A 2JBMA 4MY9A 2A0NA 4W9TA 1F5ZA 3P62A 3JRKA 2FPTA 3LTPA 2C0AA 2BTMA 1TIMA 3IVUA 4JTJA 3VFLA 2ZRYA 4PCFA 4AH7A 2QCNA 3QH2A 3L68A 3KOFA 3WFAA 4AHPA 2B7QA 2J88A 4DQWA 1TQJA 3QZEA 1NF0A 1PHWA 1EWDA 5D32A 5KTLA 1D9EA 3SFKA 1LDCA 3EXSA 3HG5A 4DO4A 3M7WA 1VYRA 1FX6A 3W86A 1S5VA 1ZAIA 2NXIA 3TC7A 1W5OA 3IIVA 2G97A 1VRDA 3N2XA 4FO4A 3A9IA 4H6KA 4UMAA 3TAKA 1TPFA 1VR6A 3DKJA 3ABOA 1G4EA 1YXDA 3SJ3A 3TK7A 2QKFA 1SO6A 3W1XA 1ZAJA 3BGGA 4Q4KA 1BWLA 1IXPA 1KFJA 1YDVA 2NV2A 1R2RA 4O16A 3UZ5A 4ONVA 1WV2A 1SQ7A 1TPWA 4TR9A 3G1HA 3P8JA 3QPZA 4DO6A 3TC6A 3DKLA 3C2OA 4KFPA 3H55A 4LUIA 4MVAA 4FXRA 4MOZA 4JTEA 1FWNA 1DORA 3NQ6A 3W07A 3G1FA 2W79A 1N8FA 3O6YX 3EX1A 4JTIA 1OG0A 3OA3A 5C2XA 3G0SA 5H91A 5AC8A 3TMLA 4BI6A 3W70A 3FOKA 1QO5A 2NUXA 3UWUA 1AMKA 2OZ0A 1QO2A 2RDUA 2GQAA 4JY8A 5G5IA 3FYOA 4WQ6A 3EWBX 1T8XA 1YTKA 4JXCA 4O1BA 4FNTA 3HB9A 3S5NA 3NXFA 1QCWA 2E77A 1HO1A 2C15A 2CZ5A 1MXSA 3G1DA 1JR1A 1I2RA 1VS1A 2GJLA 2Y88A 1KTBA 1RD5A 4KKXA 1TPB1 1JJKA 3TQKA 2XN0A 2OT0A 2QJHA 2Y62A 4LY8A 1QPQA 1J2WA 1W54A 3E9AA 5C5YA 3SSJA 3BK0A 3G18A 3IGUA 1SO4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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