4MPQ | Genus

Total Genus 122

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	324
structure length	324
Chain Sequence	HHHMLKAEIFSGVIPALMTPCKPDRSPDFDALVRKGQELIGDGMSAVVYCGSMGDWPLLTDAQRMEGVERLVKAGIPVIVGTGAVNTASAVAHAAHAQKVGAKGLMVIPRVLSRGSAIAAQKAYFKAILSAAPDLPAVIYNSPYYGFATRADLFFDLRAEHPNLVGFKEFGGPADMRYAAENITSRDDGVSLMIGVDTAVFHGFVNCGATGAITGIGNVLPKEVIHLCNLSQAAALGDVDARQRAQELEQALAVLSSFDEGPDLVLYFKHMMVLKGDKEYTLHFNETDALSESQRGYVETQFRLFNTWYAEWSKLPGAVQRCKA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase from Brucella melitensis ATCC 23457 rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthetase
molecule tags	Lyase
source organism	Brucella melitensis
total genus	122
structure length	324
sequence length	324
ec nomenclature	ec 3.5.4.22: 1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase.
pdb deposition date	2013-09-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4mpqA00

5DN1A 3KFTA 1JCNA 2TPSA 4M6VA 1TTPA 3C61A 3O06A 1B4KA 1O94A 4ZQNA 4IJBA 3B03A 1H7OA 1BWKA 2ZZ6A 3DZ1A 5AOUA 4E2BA 1WQ5A 4Z1DA 4ADUA 4M6PA 3W1RA 1QOPA 3NQVA 1XBZA 1LRNA 2Q3RA 5CPMA 2YX0A 4R33A 5C54A 2DU2A 1OYCA 4K8EA 1GTEA 4NXSA 2GPTA 1SZFA 4XTIA 1KM4A 4AF0A 2ZRYA 4MY8A 2GQAA 5K9CA 4YCPA 1ZAJA 4M7TA 2FIQA 3H55A 4AF0B 1UUMA 3C56A 3A21A 5C2XA 1OF8A 1GVOA 1B57A 3DGRA 3VKJA 3W7NA 3N19B 1UCWA 3O6YX 3ABOA 4ZQMA 1LLZA 2Y85A 3S8HA 1WA3A 5I3KA 1TRIA 3TQVA 1KM2A 4M5PA 3EXRA 3QMSA 4UTJA 5GVJA 4GUHA 1SFJA 2ABBA 1JRCA 3PC0A 3GXPA 1KFLA 5LNWA 1T96A 3ELFA 3GAKA 3NQDA 4FF7A 1I2RA 4K37A 1KM6A 1B4EA 1KW1A 2V2CA 4RZ6A 5AHLA 1DHPA 2Y61A 3LCIA 3LRLA 3I7SA 3C2FA 3EB2A 3HGOA 2ZA2A 1TPUA 3P5YA 3M44A 2CLHA 1H7RA 3W1LA 4HHPA 2X1RA 2WSYA 1K02A 1YTKA 4ADTA 4QJ1A 4QNWA 2A7NA 4GJ1A 5D2VA 5K9DA 1KM3A 2H6RA 3LHVA 3ZFHA 5HQEA 1ZAHA 4K7VA 3B0PA 1W5QA 1HL2A 1OFBA 1KTNA 3UZ5A 2Y89A 3P7YA 3HPZA 1KFKA 1F5ZA 1JCMP 3GXTA 2H3BA 4RXFA 1D3HA 4TR9A 2V8ZA 1LM1A 1MEIA 5TIMA 2G96A 1K8ZA 4POCA 4LS2A 2ZRUA 2YPIA 1RZMA 2B4GA 1E51A 1WYIA 3DXIA 3GB6A 4IXHA 5LGZA 4DPPA 1AMKA 1QO5A 1OFQA 1SO5A 4XUGA 5H2ZA 1JCYA 3BG5A 1OX5A 3N34A 3NL5A 1TPWA 1KV8A 3S1XA 1KLYA 4ML9A 4MYAA 5FI8A 1OX6A 4O54A 2WNNA 4A21A 1VCVA 3G1AA 4QISA 3NVTA 4MY1A 4AXKA 3W86A 3W7EA 2DORA 3E49A 1W5NA 3QSTA 4JICA 3LOTA 1EA0A 2IQTA 4YMZA 1FCUA 3OVPA 1T8XA 1DOSA 5C6MA 1KFBA 2DZXA 3GDRA 3LCFA 2J9ZA 1JCXA 4EF9A 1K03A 3T78A 1GQNA 1PS9A 4GUGA 3WK2A 1YXCA 3G3DA 4FEZA 3O1NA 5CG7A 5ABTA 1L6YA 1VH7A 2W6RA 4JTFA 1ZCOA 2YFOA 3TC7A 4MKNA 1DKWA 5HINA 3FJ6A 1V5XA 1YPFA 5KTLA 1XDMA 3B8DA 1CI1A 1SSDA 1FWNA 4IPIA 3ABRA 4DBEA 3W22A 4LVDA 1AG1O 1NVMA 1WOBA 3HMJG 2HMCA 4MY9A 4PODA 3TW6A 3W1AA 4QNEA 4E0CA 4LVFA 4N02A 4RV8A 3DFNA 2VENA 2A85A 2VC6A 2G5WA 1JULA 1QWGA 1LDCA 2BX7A 1S3HA 3O6CA 3CEPA 3C2OA 3WK0A 3BO9A 1GVFA 4OE7A 1YPIA 3S1UA 1ZFJA 1EIXA 2OX1A 3NAVA 3NQ8A 2A0NA 5CPOA 3A5VA 5HWNA 3DU0A 5EPDA 3CQ0A 2Q3OA 3TSMA 3NA8A 2NLIA 3R89A 5D02A 3EXSA 2J27A 4WXZA 4X2RA 3TUUA 3C6CA 3EWUA 4ORMA 1EWEA 2QCEA 4O53A 4UTTC 3R13A 3LTPA 3HO8A 2Y88A 3FEMA 1L6SA 5CZTA 3IVTA 1N8FA 2AAMA 3PAJA 3UXDA 3G0XA 5CPNA 1L9WA 1HG3A 5I3GA 3NPVA 3L21A 2DZSA 4JTKA 3BG3A 3G1VA 1W0MA 2J88A 3B04A 1S5VA 3YPIA 2WSRA 1Q6OA 3W72A 1D3GA 2R14A 3LTSA 3W7JA 4N6EA 4BWLC 2JGQA 3B05A 1K7FA 4IUOA 3GDLA 3NQ6A 2JBMA 5HUPA 1K3UA 1JUKA 4FNSA 2XFWA 1I8JA 1TCDA 4CQ9A 3W87A 5CPLA 5KINA 5D03A 3KX6A 2QJGA 2DP3A 2P1FA 4O4WA 4LW7A 3C4UA 4BK9A 4LRTA 3I68A 3C3NA 3V75A 3PBWA 4Z1BA 1WOAA 2NWRA 2JKEA 1V7YA 4WXYA 1JCJA 1FDZA 2CZFA 4UTMA 1XBXA 3DFQA 1LOQA 1OHLA 4PEKA 2FTPA 3LCHA 3BW3A 3D0CA 3HG4A 5AHMA 4O0ZA 3AJXA 1OK4A 2CLEA 1AL7A 2YDAA 1PHQA 3MI6A 3DI1A 3HJZA 3HQ1A 2WQPA 4LRSA 3W7CA 2ALDA 3S5ZA 1G6CA 1SUXA 3LI0A 4GXMA 1G4TA 2Y7EA 4RXGA 2QUVA 2J24A 5L9FA 3NOEA 3BLEA 4P61A 4NU7A 4A2SA 2Y7GA 4IMEA 2XN1A 3HG5A 4Z0JA 5MHBA 3W3OA 3B06A 3TFXA 4BR1A 3W70A 5D2TA 4H6KA 1BKSA 3EKLA 4JTEA 5G2IA 4FO4A 4BI6A 1OF6A 4NZFA 4KWWA 3KRSA 4PCFA 3SGZA 1DJNA 3ZS4A 2J9XA 1Z41A 3LM7A 3DH7A 3WJXA 2EHHA 2EPHA 2XN2A 3W1XA 2R94A 3W1NA 4TIMA 2ISWA 4UTKA 3LB0A 3TFCA 4O15A 3IIVA 4UFHA 1TRDA 1ICQA 3TKFA 1W8SA 3TMLA 3UNDA 5AHIA 3P74A 2DJXA 3SR7A 2WNQA 3O8AA 3SIZA 3K30A 4Y8FA 4QSHA 1I2NA 2J9YA 1XCFA 3SSJA 2QCNA 4LT9A 3CWOX 4OV4A 2O7QA 1P0NA 2Q8ZA 1EUNA 4OWGA 4AHPA 3N9SA 3M5ZA 3NZ1A 1KV5A 3UY8A 1DQXA 3FKKA 3M5YA 4JX6A 1ICPA 3P84A 2NX9A 1LOSA 3OG3A 4XBSA 3KXQA 1EPXA 3IRDA 2B7PA 3CU2A 1TV8A 5D37A 1G7VA 4NX0A 1G4PA 4JTGA 1TJRA 3LHYA 3H54A 5BOOA 5DXYA 2EF9A 1NF7A 3PWAA 4OU1A 3EX3A 4N9BA 4N4PA 1EP2A 4KFOA 3LHWA 3HPXA 2ZZ1A 5LKYA 3NQFA 3TDFA 4ZQOA 2BSLA 4MFDA 5AYYA 1W5PA 5F2IA 1EP3A 3G1SA 4UFMA 1XI3A 3STGA 4A22A 3LV5A 4DQWA 1WAUA 5G1TA 5AYXA 3CWNA 1IIHA 3TA6A 2FQIA 2C3ZA 3R5EA 4RR4A 1SW3A 3W9ZA 2QDHA 2C1HA 2QCDA 4LUJA 3FFSA 4O16A 2PRMA 1MEHA 1VHCA 1XC4A 3MHFA 4JX5A 3MI2A 4HKPA 2YYTA 5LNRA 3EX4A 5LZLA 3LCLA 1O5KA 3VNDA 3FLUA 4AHQA 2E09A 4ZQRA 1JQXA 3PG9A 3N14A 1KFJA 3V1PA 3HF3A 2W79A 2F84A 1QOQA 3NXFA 3GX9A 1X6UA 2B7QA 4HNVA 3OIXA 4N9CA 2B7OA 3L5AA 3PUDA 4GFSA 2CLLA 1W5OA 3OEXA 3W1PA 3NPUA 2CLKA 4ZVJA 4MOZA 1PL9A 3S5OA 1DV7A 1TSIA 3S42A 5AHEA 2E6AA 3W07A 5D05A 4Y9AA 1TPEA 1SO6A 3QPYA 1VYPX 3KOFA 1GVSA 3U2OA 4NZJA 1FBAA 1OX4B 1J5TA 1VHNA 4S2BA 4LY8A 3A9IA 1A5CA 3EXTA 4XWUA 3Q2DA 3QSRA 4Q32A 4DEFA 2CLMA 2BZNA 5I3JA 1LYXA 5K3VA 2OT0A 5KZDA 2EAWA 4I9AA 3TMQA 2VEPA 5AN7A 4O1DA 1RD5A 3GAYA 3M47A 2QKFA 5D04C 1OFPA 3KVLA 5TQLA 2NUYA 4EOUA 3TV8A 3G8RA 3R8RA 4O50A 3PVFA 3P81A 5LHFA 6TIMA 2VOMA 3TSDA 2CZDA 4NX5A 3T40A 2GVLA 4E2DA 1Q6LA 1EEPA 4MUZA 1F7BA 3TIMA 4O1CA 4JTLA 2WKJA 3W75A 2ZCGA 4JTJA 1AW5A 3BG9A 1YDNA 4E38A 4N9DA 3NQCA 1FCVA 1K7EA 4IWWA 2GQ9A 3SJ3A 3TAOA 3LLDA 2RDWA 3P61A 3PSWA 4FNTA 3LRMA 4TMCA 4NJIA 1W31A 1QDSA 2GVJA 3EWBX 4UMAA 2FPVA 4O57A 2E77A 4UR7A 2QCGA 1QFEA 4NUWA 4UR8A 5G2WA 3W6YA 1H7NA 3G1XA 5D30A 2ZFAA 3W7RA 1MXSA 3S0CA 3IV3A 5G5IA 5AC8A 1H62A 3W84A 2V2HA 3BW4A 3QQ0A 4N2YA 3CPRA 2VEKA 1ZHAA 1GZGA 4R53A 3L67A 5AFDA 4EF8A 4QAIA 3IIOA 1GG1A 2Q8LA 4AH7A 2O7SA 2QUUA 1Q3NA 3MO7A 4GUIA 4OQVA 3LCGA 1F76A 3NG3A 1W3TA 4UTWC 3NR0A 1BTMA 2QUTA 2V0TA 3MP3A 3DHFA 3KVMA 2RH9A 4HSNA 2C19A 2FDSA 3DBPA 4JTTA 2BLEA 1LBFA 1FWSA 5IBXA 2QJIA 2DZWA 3N2XA 4HNNA 4UUIA 1A5SA 3TR2A 1OK6A 4MYXA 3G0UA 3MJYA 4J9JA 1B3OA 1JCLA 5TBOA 3GIYA 4O18A 1KFEA 4K7YA 4MIMA 4WOQA 5AHFA 4AMAA 4RZ4A 2CU0A 4WOZA 2E6YA 1EX5A 2GJLA 4LVAA 3THAA 2TMDA 4Y90A 4A3UA 5EYWA 4LS0A 1LBMA 4JTHA 4BFAA 3GKAA 2VFGA 4AAJA 1K8XA 2QEZA 4JN6A 3QMRA 3UWZA 1G67A 4OGZA 1N55A 4DF2A 1DJQA 3R2GA 1FX6A 1SW0A 3HIJA 1P5BA 3JS3A 1EB3A 4UTLA 4FX8A 2D73A 2I9EA 3PBUA 2ZTKA 3STCA 4RX0A 2WPBA 4I7WA 1GYNA 1HO1A 3W71A 1SQ7A 1YDOA 5K2ZA 3LTYA 3GVGA 3TXZA 4IXXA 2ZYFA 3UWUA 5FEZA 1VLWA 1WBJA 5DCDA 4FHAA 4DO6A 4IGHA 1TMHA 2Z6JA 3C2RA 4I7UA 3VE9A 1VGAA 4L4LA 1O5XA 4S2CA 4N6FA 1CW2A 1W1ZA 1W3NA 3W7IA 3UD6A 3EWZA 4CNPA 1WV2A 3C52A 4QIUA 1UASA 1UB3A 3Q94A 2NV1A 3CEUA 1FCBA 4TX9A 1KBIA 3EKZA 1Y0EA 2YR1A 1KTBA 1TQXA 3QC3A 4X9SA 3BVJA 2ISVA 3UWWA 1CX9A 1TIMA 4O1BA 1SZEA 1QO2A 3KVJA 5J5RA 4JYFA 3L0KA 1BEUA 5AB3A 4NNAA 3P5ZA 2F7FA 4GE8A 4O14A 5CZ0A 5F4WA 2NWSA 1GT8A 3I7RA 1G4EA 2QR6A 1SSGA 4DO5A 1U83A 5C55A 3M1ZA 4WQ6A 2C6QA 4BI5A 1F73A 3P62A 4IX0A 3LXAA 5T26A 3A22A 4IMCA 4DF1A 4FIRA 4JTUA 5LHEA 4R34A 3UPBA 1SPQA 4QITA 2VELA 1GVQA 4YWIA 1VYSX 4MPQA 5U7SA 1M7OA 3LCWA 1KBJA 4ZMGA 3PB2A 1KM5A 1JJKA 2E6FA 2YFNA 3OBKA 2ZZ5A 4HN4A 1Z48A 4JD4A 3VFLA 4JIPA 3OHIA 4JS3A 3USBA 2P10A 3EWWA 3A5FA 1PCWA 3OVQA 2OJPA 2V5BA 3MBDA 3WJWA 1VS1A 4Z08A 5EMUA 5G1YA 2YZRA 3W2UA 3G24A 2B7NA 3LHZA 4AEOA 1GEQA 4HNUA 3NPXA 3O63A 3LERA 3G22A 2V30A 3LV6A 3M43A 3UQNA 1YTEA 3GDTA 1TV7A 3KRUA 1LZOA 1F74A 5CZSA 4ADSA 1IGSA 1H50A 3QW4B 1I45A 4NNCA 2WOQA 3M16A 3G1FA 3FYOA 2GOUA 3C2EA 3KAOA 5F1VA 4G1KA 3QFEA 5DLCA 5CZJA 1YXYA 4WY0A 3VI2A 3IGSA 3NQEA 1I4NA 1SZGA 4A29A 1AW2A 4MJMA 5G2HA 1J2WA 3S1WA 4WY0B 5FEWA 4DBDA 2FLIA 3ATYA 1AL8A 5D32A 1M7PA 1M5WA 3L2IA 1R2RA 2CLOA 2EKCA 3SGUA 5C5YA 3PM6A 3W2NA 2VEIA 3DHDA 2QF7A 3FOKA 4CCEA 3T7VA 2YXGA 2XN0A 3PY2A 3E96A 1ZJIA 2ZA3A 3N3MA 4X22A 4KFNA 2ATMA 1VZWA 1TQJA 4B5NA 3DFOA 2ZZ7A 2VFEA 4M6QA 2GQ8A 5BMWA 3FS2A 4RK8A 3CLMA 2E6DA 5FEXA 3LXBA 3G8EA 4TU1A 3QM3A 4Y6GA 2FB3A 4ONVA 4O1AA 3QW3A 4HIBA 2RDUA 3RU6A 3NDOA 4LVGA 5HULA 3I7QA 3PSVA 4UTUA 5DY2A 4FX6M 3CM4A 4MVAA 2WNZA 3TW7A 2A5HA 1QPNA 5A8GA 1F6KA 3QF0A 4MZYA 4DXVA 3LBMA 2RHGA 3UXAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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