4N02 | Genus

Total Genus 126

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	126
sequence length	332
structure length	332
Chain Sequence	TTNRKDEHILYALEQKSSYNSFDEVELIHSSLPLYNLDEIDLSTEFAGRKWDFPFYINAMTGGSNKGREINQKLAQVAESCGILFVTGSYSAALKNPTDDSFSVKSSHPNLLLGTNIGLDKPVELGLQTVEEMNPVLLQVHVNVMQELLMPEGERKFRSWQSHLADYSKQIPVPIVLKEVGFGMDAKTIERAYEFGVRTVDLSGRGGTSFAYIENRRSGQRDYLNQWGQSTMQALLNAQEWKDKVELLVSGGVRNPLDMIKCLVFGAKAVGLSRTVLELVETYTVEEVIGIVQGWKADLRLIMCSLNCATIADLQKVDYLLYGKLKEAKDQM

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__832243486015212__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__832243486015212__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4N02/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__832243486015212__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"832243486015212","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4N02/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__832243486015212__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d007dbbcad3be10e0c377b1/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d007dbbcad3be10e0c377b1/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d007dbbcad3be10e0c377b1/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d007dbbcad3be10e0c377b1/pdb.gz): 781 ms

reading 332 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

332 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 54 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:331});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
publication title	Determination of Kinetics and the Crystal Structure of a Novel Type 2 Isopentenyl Diphosphate: Dimethylallyl Diphosphate Isomerase from Streptococcus pneumoniae. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
total genus	126
structure length	332
sequence length	332
ec nomenclature	ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date	2013-09-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4n02A00

5CPLA 3MUXA 4AF0B 1O94A 1SW7A 2X1RA 2C3ZA 4N9CA 3SI9A 4TR9A 2WNQA 1O5XA 2FFCA 3IGUA 3Q2DA 3BV4A 3LXAA 3R12A 3LBCA 4GFSA 3G1DA 5AC6A 1KM6A 2J9XA 1JUBA 2DU2A 2J24A 2OT1A 2V8ZA 3DBPA 4IMEA 1M6JA 4JX6A 1LLWA 3MBDA 4RCXA 1L6WA 5F2IA 4HNUA 2WPBA 5F1UA 3TSBA 5I3IA 3GDLA 3W85A 2B7QA 4JDBA 3WJXA 2E5DA 1AG1O 3LHYA 3W1RA 4AH7A 6TIMA 3VCRA 1B57A 1DORA 3UYCA 3MI2A 4WY0F 4IMDA 3FIGA 1VLWA 3QC3A 3PB0A 3W7DA 4R34A 3GDMA 4LNYA 2R8WA 4OGZA 3HF3A 4FNQA 1JCJA 4FXSA 4JIQA 4WZHA 3A24A 3M1ZA 1LOSA 1KW1A 3FYOA 2H3BA 3W1XA 3W7IA 2TPSA 1YDNA 4DELA 4AWUA 5K4ZA 3B0UX 3C2FA 3HGJA 3B0VC 3B4UA 1VGAA 3G8RA 2QDGA 3BLIA 1UASA 3V75A 1G7UA 4YXGA 4NT0A 1GWJA 1OG0A 3EKZA 2NZLA 1H7PA 3OG3A 1GVFA 1IIHA 1OK6A 4O50A 3LCGA 1Q3NA 4WY0B 3G3DA 2Z1BA 3FA5A 3W87A 1A50A 1OVDA 4AWSA 3N2XA 1IXPA 3VFLA 5G1YA 4UUIA 3LV5A 3TW7A 3LCHA 1F05A 3DHFA 3G1VA 1X6UA 2Y7FA 4X9SA 1OX4B 3LCIA 1H7XA 5GVJA 1GVQA 3QM3A 3PC0A 1LOQA 1KM3A 4B5NA 1OFEA 5FF4A 3W76A 3CC1A 3R89A 2H6RA 3O6DA 2A2IA 2ALDA 4O52A 1KFLA 4WD0A 3TIMA 4XBSA 4O18A 3IRDA 3GR7A 1XBXA 5I3JA 3DHDA 1K8YA 1ZCOA 1TTPA 5HUPA 2CLLA 3LHZA 4GUFA 1R2TA 4MFEA 5DY2A 5LNRA 3G1AA 1O5KA 4JY9A 3TA6A 3VE7A 1F7BA 1EP1A 1SW3A 4DQWA 3L9CA 3I68A 1PHQA 3EXSA 4N02A 2YFOA 1XUZA 3NQFA 2DJXA 5I3GA 3R13A 5D2WA 1D3HA 3TCEA 3W70A 4X2RA 3O8AA 1YPFA 5HINA 1MEIA 3QSRA 2C15A 1GQNA 4Y8FA 3FKRA 2QUUA 1F2JA 3M44A 2RHGA 3HB9A 1EWEA 1W56A 1JUEA 3WJZA 1ZJIA 2YR1A 3MMTA 1ME7A 2ZBTA 3NO5A 4K6AA 1OF6A 1YTKA 3UWUA 2D73A 1YYAA 3UXDA 1A5AA 4FEZA 3W2KA 3EEGA 1EA0A 3T40A 1VLIA 1XKYA 3M6YA 3NZ1A 2TRSA 5AYZA 3LHUA 3QFEA 5TBOA 4KFPA 1O60A 5EY5A 4M6QA 1G69A 2DZTA 2X1SA 5C2XA 1VC4A 1K02A 4LS1A 1NAL1 2YYTA 1S5VA 3S1UA 2C14A 1FX6A 5I3FA 3NQGA 2QJGA 1YADA 3IVUA 4ZQCA 3CEPA 1W8SA 7TIMA 3M43A 4HIBA 3H54A 4PFMA 4I7VA 3PG8A 1VPXA 3WK2A 4OWGA 3O16A 1W0MA 4UTJA 3TW6A 2YCEA 3UZJA 3W75A 3LDVA 2OX1A 3M41A 1Z44A 5LGXA 3LRLA 1OABA 1V5XA 4NNBA 3A21A 4EF8A 5BOOA 1LP6A 4XKYA 1FBAA 5HR6A 3STEA 2ZYFA 2QCHA 2NXIA 1TRIA 3OHIA 1KLYA 1GTEA 1P1XA 2Y89A 3LHWA 4GWEA 2E5BA 3PBWA 3OIXA 2DZXA 3KAOA 2J6XA 4CCCA 3PS7A 3MI3A 1G67A 5K9DA 2QR6A 1HO4A 1QO2A 4UTTA 1UUMA 3NQ2A 4WQ6A 1F5ZA 2GPTA 4JTIA 3EWZA 1G4PA 4JEQA 4MYXA 5G2HA 4S2CA 4Z0JA 3A5VA 5CSRA 2E6YA 3H53A 1OX6A 4O15A 1WBHA 4HT3A 5AOUA 1EPXA 3NZRA 1LM1A 3BW4A 1PV8A 3YPIA 3PUDA 1BKSA 1H1ZA 1YTEA 3KHJA 3NQAA 2VELA 1XM3A 3Q94A 4AAJA 1TV7A 3S5YA 1K03A 3HG4A 1J2WA 1W3IA 2V2HA 3C0JA 4NXSA 5KSWA 3GIYA 4I9AA 4UFLA 1R47A 5G4WA 3CM4A 2QAPA 4C1LA 3CLMA 2PURA 3CB8A 3M5VA 1OHLA 4AXKA 3QZEA 3LCLA 2ZRZA 4A22A 2WOQA 1KA9F 1G6CA 4BFAA 5TQLA 2OZ0A 1EP2A 2ZA3A 4POCA 4WOQA 5HWMA 1SW0A 5K7JA 1JRCA 5BMXA 2BLEA 4NJHA 5HUOA 1YDOA 3WJWA 4ALDA 3GXTA 5F4WA 3W1PA 2TMDA 4UTWA 3I7RA 3NPWA 1MO0A 3NQCA 3TMQA 2XN0A 3IIZA 4NXKA 1GEQA 2VXNA 1TCDA 1TTJA 1A53A 1BWLA 4MZ8A 1C9DA 2V9DA 3LBMA 4LVDA 1WA3A 4UFJA 2YW3A 4O0KA 1K8XA 3ZWTA 3S5ZA 1PVNA 1QWGA 2CLOA 4N9DA 4AHPA 3L67A 1CI1A 1W37A 4TIMA 4GRSA 1K7XA 3U6WA 3SZ8A 2QCCA 5C55A 1W5PA 3W1NA 5FESA 4JYFA 1QPRA 1W5MA 3TQKA 3LTPA 4LOCA 2QEZA 4LS2A 2J88A 4PCFA 1F6KA 5L6UA 2TYSA 1H5YA 2DZUA 1I2OA 2DZSA 4I7WA 3LERA 2C6QA 5KZEA 4JYDA 2H90A 2Y7GA 3HPSA 3WK1A 3KXQA 1TPB1 2E1DA 1RR2A 4O54A 4D2JA 5G5IA 1WAUA 3W23A 1IXOA 3DI0A 4JICA 4O12A 2PC4A 3RLVA 1HFBA 2NX1A 2FIQA 5LHEA 2ABBA 4GXMA 3IVSA 3BARA 5U7SA 1UBSA 4E2BA 3O05A 2W6RA 3TX9A 2P0OA 2E6DA 1LRQA 2A7PA 1OF8A 3DFPA 2OJPA 2Y88A 1XDMA 2GJLA 3TXZA 2WSYA 4XBKA 4O16A 3I7SA 4K36A 4M7TA 3KVKA 1MEHA 1XCFA 3GKFA 4E2DA 2RFGA 4AWTA 2NV2A 4CQ9A 1B4KA 4NQ1A 3NVTA 3U8GA 3P61A 1G4TA 1YXYA 4R53A 3D0CA 5HQEA 3W7NA 3UWWA 5IBXA 1VRDA 4QNEA 1RVGA 3GYEA 4JTEA 5C5YA 1QCWA 1SSDA 3DH7A 4GE8A 4HPXA 4UR7A 1ICQA 3GR8A 4ZQRA 1YLVA 1KM1A 2CLFA 5I3KA 5DCDA 2ZZ6A 2CZ5A 1SZGA 4YLWA 1TPVA 2QCEA 4LV4A 1ZY9A 3N9RA 3WJYA 1TQJA 1PIIA 2BX7A 1AW2A 4UMAA 3TFXA 3TJLA 4UTTC 5K4XA 3RK8A 4JTGA 5CSSA 2R14A 4JX5A 1XXXA 2VEPA 4EIVA 2EHHA 4Z0SA 3QW3A 3JS3A 1A5BA 4N9BA 5AN7A 1TPC1 1V7YA 3L0GA 4L4LA 1SO4A 1TJPA 2W79A 2ZFAA 2JBMA 1VYPX 1KTNA 5BMWA 4HPJA 4RXGA 1KFBA 1DOSA 4JXCA 5DELA 4IOTA 3W2JA 1H7OA 4JTLA 3BG9A 1E51A 1SZEA 5D02A 3O6YX 3CTLA 1KBJA 3MWAA 5EYWA 2QUTA 3B03A 3V1PA 2Y6ZA 3FOKA 4OV4A 5DXYA 1JR1A 4UMCA 4JD4A 4JX4A 4ZQOA 4YWIA 1IIGA 1LORA 2X16A 3S1XA 2E6FA 2R91A 4NJKA 3T4CA 4GUHA 4ZQNA 3TC6A 1QAPA 1T99A 3NQ7A 2Y63A 2ZTJA 4UTWC 3LXCA 3DAQA 1JCYA 5D05A 5F2MA 3THAA 2BZNA 2B4GA 3W7LA 1H7NA 2J27A 3LTSA 1AK5A 2QF7A 3G0SA 3I7QA 3PY2A 2GJNA 1NVMA 4AF0A 3NA8A 2RH9A 4FNTA 2WSRA 1U5JA 3S6DA 3T55A 5LSMA 2O7QA 3NEVA 1S5TA 3LI1A 1VH7A 1M7OA 2CU0A 3G1HA 4UFIA 4WUIA 4ICNA 2IQTA 5FF3A 5DXXA 1H63A 1KLZA 1EUAA 1T0OA 1GJPA 5HWJA 1GZGA 4NUWA 5AFDA 3LHTA 1FQ0A 2NUWA 3LX9A 4NJJA 4AEOA 4JTJA 2VENA 3PG9A 3CU2A 4QNWA 3DXIA 2GVLA 1N55A 4TMBA 3CIXA 2WO5A 3G1SA 3CHVA 3P5ZA 4S1FA 4DF0A 3W7CA 3NQVA 4UIOA 3MJYA 2WSQA 4JTHA 2PRHA 4CNNA 4UXDA 4N2YA 1RQBA 4ZMGA 1QDSA 1M7PA 4UTLA 4X3ZA 4UTMA 1DQWA 3ATYA 4MPQA 2Q3RA 3THQA 3NPXA 5K9XA 3ABOA 1W1ZA 1I8JA 3C8FA 3G8EA 3U2OA 2V5BA 3F4WA 3TQ0A 3IVTA 4WY0A 2QDHA 3WK0A 3BGJA 3NG3A 5LNSA 1JCMP 3S0CA 5KINA 1KV8A 1QFEA 2A1YA 4QITA 5AHIA 3KX6A 1WX0A 4MZ1A 4LRSA 4Q33A 1THFD 1H50A 2ZRXA 1EWDA 4IWWA 4BWLA 2FB3A 1ME9A 3F1QA 3P60A 3MYPA 1P4CA 1I2PA 4LS0A 2ZRWA 1JCNA 4MYAA 1NF0A 4EF9A 1OX4A 2VOMA 3G1FA 1EP3A 1L9WA 1K7EA 1DV7A 3IV3A 2GQAA 3NL6A 3QYQA 3E02A 4AHOA 1OYAA 4RX0A 1VCGA 2WQPA 5IBXC 3NDOA 4MLJA 4N4QA 3QMTA 3QQ0A 4WXZA 2UV8G 3C2VA 3TDFA 3W9ZA 4LC8A 4O19A 4TO8A 3NM1A 4J9JA 4QAIA 5D2TA 3LI0A 2V82A 2QAFA 3W1MA 1RZMA 3LCXA 2EF9A 1EUNA 2ZTKA 1TYGA 3PBYA 4XTDA 4JDYA 5FI8A 5TIMA 1JCLA 1VJIA 3W83A 4MJMA 4O4WA 4DEFA 1UUOA 3NNTA 4QQ3A 1TPEA 3FKKA 3TR2A 2C13A 4FX8A 4KKXA 1QNVA 1XDLA 3PR2A 5CPNA 3UPBA 4Y90A 3BLEA 3QF0A 2A4AA 4ML9A 2Z2UA 4ZVJA 2GVJA 1NFBA 3GDRA 3PSWA 3W7KA 1LOLA 4WOZA 3W2LA 1WV2A 3W1UA 3STGA 2ZDRA 5BW6A 4RXFA 6ALDA 4JTTA 3FFSA 2YGYA 3E96A 1I2QA 2HSAA 4ONVA 4BF9A 3NGJA 2Y61A 4RK8A 4R33A 3PF3A 4HNNA 1FDYA 4LU0A 2CLHA 1FWNA 5EMUA 1XI3A 2GVGA 5CZTA 3ABRA 4NNCA 1VZWA 3C4UA 2Q8LA 3P7YA 2Q8ZA 5DCEA 2JGYA 4PH6A 4U4MA 3W1LA 4FIRA 2CFFA 1SPQA 4JTUA 1X1OA 5LNVA 3GAKA 4FX7A 2ISVA 1FCQA 4LWWA 4A29A 4DPPA 1SZFA 3BLFA 1LDCA 1YXDA 3L5LA 3KRZA 5K3VA 3UXAA 4CCEA 1OJXA 3TC7A 4MUZA 4RZ4A 1YTDA 1HUVA 3OVQA 4ZQPA 1VQTA 3SIZA 4Z1AA 1K7FA 2NUYA 1LRTA 3QPYA 3UWYA 2EGZA 2YYUA 1JVNA 2Y7EA 3G1XA 4UMBA 1ZHAA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4N02A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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