4N4P | Genus

Total Genus 116

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	116
sequence length	296
structure length	290
Chain Sequence	MHNFDKFKGLFPAMVTPFTKDGKLHKAGVKEVVNFLVEKQKVDGIYITGSTGEFLLLSFEDKKEVMKLVAEANAGRVTLIAQIGSLNIEETKELAKLAKELKYDAISAITPYYYNFSFNETHHYYEEISKAADIPMLIYYLPVSTDQFGKLLEIKNVIGSKYGATDLFAFERLMSKYPDKLFMFAWDEALAMGLTMGAKGFIGSTYNVNAKGANAIIKAWEANDKEAVMKLTHTYNDYVLDLISKGLMQSLKAIMRLHGVDAGYTRKPFWRYEDEEIKKHAEFITDKYLK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Mycoplasma synoviae
publication title	GroEL/ES chaperonin modulates the mechanism and accelerates the rate of TIM-barrel domain folding. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Acylneuraminate lyase
total genus	116
structure length	290
sequence length	296
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2013-10-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4n4pA00

5HJLA 4HKPA 1O95A 5ABTA 2ZRZA 3EB2A 2J24A 5DBUA 3S42A 1Z44A 3PBUA 3TSDA 3W1UA 1IXQA 3H53A 4Y6GA 1OABA 2BWGA 1PE1A 1W31A 2YR1A 4Z1AA 1XBZA 4LV4A 3MJYA 1GVOA 1OYBA 2ZZ5A 3GDRA 4NZFA 2X1SA 1TPB1 1H51A 3E12A 2AGKA 3B04A 2IQTA 2A85A 1LZOA 4AMAA 3PAJA 1G67A 4LRTA 4OV9A 1WBJA 2J9YA 1EP3A 1KV5A 3C6CA 4IPJA 4JD4A 3TU9A 3QMTA 3VFLA 5H2ZA 3OVRA 4MJMA 3N9SA 2GPTA 3W88A 1OFEA 4K7YA 2ZFAA 3E0IA 3OG3A 1MEHA 2ISVA 3HPZA 1SQ7A 1KFLA 3TSBA 5LNUA 1H7OA 1LP6A 3OIXA 4JGDA 3P61A 1ALDA 1W56A 1W3IA 3R2GA 4Z0SA 3QSRA 3W7RA 3T55A 4MFDA 4K36A 2A5HA 2RDWA 1PVNA 3A24A 2DZVA 4UFHA 4FX8A 2CW6A 2V9DA 3USBA 2R14A 3VI2A 1WXJA 2DORA 3NPUA 2VFIA 1KBIA 4PEKA 2Y88A 2QAPA 5D05A 4UTWC 1GVQA 1KLYA 1LLWA 1QMLA 2C1HA 2B7NA 3P62A 1LBMA 1SO6A 2B0MA 3Q2DA 1YXDA 4DF2A 4K39A 4WOZA 5DBTA 5MHBA 5CPOA 1G4PA 1Q6RA 3PUOA 2VC6A 3BGGA 1FUYA 4WZHA 2ZRUA 4MJZA 3EEGA 3BG3A 1GYNA 5FI8A 4B5NA 3BLFA 4NNBA 3LHYA 3FYPA 3IVSA 1H7NA 3W7LA 1NEYA 1OFOA 2DU2A 1UJPA 4EF9A 3TFCA 4U28A 2C6QA 4NJHA 3NO5A 4FXSA 2V0TA 2V81A 4GJ1A 2ZA1A 3I7SA 3P8JA 1BWLA 3O1NA 3DFTA 5I3FA 3CQ0A 3KVJA 4JDYA 2G96A 3NZ1A 3DU0A 4O57A 1LBLA 1KW1A 3LXBA 4Q33A 4EF8A 1PCKA 3PG8A 1TB3A 4EVZA 3F1QA 1B3OA 2OT1A 2GJLA 3GR7A 3NL3A 2FPVA 3NXFA 1AW5A 2CZEA 4ZQMA 5F4SA 1V7YA 5DXXA 1LRNA 1MEIA 1LRTA 2JKPA 2OMAA 1TTQA 1K3UA 2VEMA 4A2RA 3I65A 3UWVA 4DPPA 3G1YA 4HSNA 3S5OA 2YX0A 1GT8A 1Y0EA 1W1ZA 3NQGA 3I68A 2WSQA 5K4ZA 3IIPA 2NV1A 3QZEA 4O4VA 4G1KA 1OFRA 2RFGA 3I7RA 1KV8A 4WQ6A 2WO5A 3TKFA 2C18A 3M7WA 5CPLA 4N9EA 2NXGA 3MMTA 1X6UA 3Q94A 3DZ1A 1K8YA 1JCNA 3GAKA 2VEPA 4DEFA 2C0AA 3LTSA 4WY0B 3RU6A 4WJEA 3G1SA 4AVFA 3G1HA 1SZEA 3TJXA 4CQAA 3A22A 1Z48A 2NUXA 2NXHA 3LHZA 1ME7A 3EX6A 3W7IA 4DPQA 5DY2A 1QFEA 1S3HA 5H91A 3LCLA 4YWIA 2V8ZA 5LHEA 3W1AA 4UMAA 4PH6A 1I2OA 4O28A 4ORIA 3GVGA 3G8RA 4AHOA 3WK1A 1S5TA 4OHQA 4LS2A 2Y7DA 3HG3A 5I3IA 2E6YA 3QYQA 4Q32A 1XCFA 3UWZA 5AFDA 5FF2A 2QKFA 2ABAA 5I3HA 4PCFA 4UR7A 3G1XA 1SPQA 3CC1A 3FFSA 5DELA 2J9ZA 4DO6A 1MZHA 1Z42A 2FB2A 3LM7A 4O19A 4QNWA 4UMBA 4IX2A 3PUDA 3G22A 3P5ZA 1W5MA 3W7CA 2YZRA 2WJZA 4MYAA 2WV8A 4NX5A 4UCGA 2NUWA 1G4SA 2J88A 4CCCA 3GNNA 1TTPA 3TW6A 4BK9A 3B8DA 3S5NA 1RV8A 2YPIA 1O5KA 4IWWA 2QCCA 4S2BA 2X1RA 1AK5A 2FDSA 3QPYA 2ZQ0A 3TR2A 1O60A 1P1XA 2ZRYA 4OBTA 2HSAA 1LLZA 3DAQA 5C5YA 4I9AA 2FJKA 3UWQA 2TMDA 3QMSA 3MP4A 1U5JA 4MFEA 2LLEA 2ZZ1A 2A2IA 4ZQOA 5FEPA 1SZGA 1EUAA 5CSRA 4YMZA 4LRSA 3LLDA 3NQMA 4M7SA 2VFEA 1ZALA 3EWXA 3BLEA 7TIMA 4J9JA 2WKJA 4OQVA 3S1XA 3K30A 4H3DA 1A5BA 4HNTA 4UTWA 2ZBTA 4IGHA 4JY8A 1F6KA 2UV8G 4WY0F 1FWRA 1IF2A 4RLIA 3O6CA 3SECA 3PSWA 3M1ZA 3MW7A 3KRUA 1S5WA 1K8XA 1DORA 3NQVA 4NJGA 1DQWA 3GDMA 1WQ5A 4RJEA 3LBMA 1QOPA 2VFDA 1OF8A 1EWEA 5CSSA 1TPC1 3TIMA 1I2PA 3LXCA 1N55A 1ME8A 1KLZA 1CI1A 5G2HA 4LUIA 5G2WA 2JGYA 1TSIA 4NUWA 1ZY9A 4LT9A 5KINA 3QSTA 4N2YA 2B4GA 3THQA 2Y62A 2RDTA 4JTGA 1KM1A 3EWZA 4E2DA 4MLRA 5AYYA 1L6SA 5G2IA 2EF9A 3HG4A 1M7PA 1JUEA 2NWRA 4JS3A 5CZ0A 3QEZA 4TR9A 1KM3A 4BF9A 1FCVA 1L2UA 3SGUA 1LDCA 4OV4A 3V1PA 1TCDA 5FF4A 1RQHA 1FX6A 3LRKA 1FXQA 3BG9A 4JXCA 3LRLA 3UWUA 4CNNA 4JICA 4FO4A 4UFLA 4JYDA 2CLHA 2DJXA 2OT0A 3E96A 3WJYA 4UNLA 5G1TA 4CQ9A 3PF3A 1IGSA 4JTSA 5K9CA 2CWNA 2ZZ4A 1C8VA 4TO8A 3W7PA 3GR8A 4HIBA 4A3UA 3DHFA 1H7WA 2X1UA 2E77A 4IXXA 3P74A 3O16A 4GNJA 3W73A 1DL3A 1U83A 3HGOA 5CZSA 3ABRA 2Q8ZA 4KKXA 5I3KA 3WJSA 3W1QA 4AAJA 2QCFA 3P81A 4TMCA 1W37A 3MHGA 5AC8A 1DQXA 2CFFA 1TPH1 3VKJA 3PR2A 4JX4A 3DKLA 1XBYA 2E6FA 4JTLA 1QR7A 1CW2A 3EX2A 3HMJG 5AHNA 3L21A 3W7NA 1ADOA 3TAKA 2OZ0A 2DZSA 5C54A 3W1TA 3RLUA 4AF0A 2C19A 3QH2A 5LHFA 3NPWA 4UTLA 2W79A 3FS2A 1W0MA 1OF6A 3LCWA 1VYPX 2JGQA 4NZJA 5D03A 1GQNA 5D38A 2C16A 4NJKA 5EL1A 4Z1CA 4CLMA 5D2WA 4A22A 3KVKA 1JRBA 1GWJA 3BO9A 4JTEA 3W70A 1OFBA 3L5MA 4UIOA 3RK8A 1YADA 2VFHA 5LSMA 1X8FA 1X7FA 1BKSA 2QCLA 4MPQA 3N3MA 4UTMA 2R94A 1A5CA 2YFNA 2RKXA 1G6CA 3P84A 1A50A 3BG5A 3M5XA 3SR7A 1OHLA 2V5LA 2YW3A 4X22A 3WK3A 4GUFA 2E5CA 3B4UA 1CX9A 3HGJA 5D30A 3L0GA 3TQKA 3MP5A 3IGXA 1T0OA 1W5NA 1R47A 3NOEA 3M5VA 2RHGA 3N14A 1R46A 5EA9A 3L9CA 3N2MA 3HG2A 2TRSA 1M5WA 1EX5A 1EPXA 2H90A 1IXNA 5LNSA 3LX9A 4FNSA 3LV6A 2GUUA 4NU7A 3P7YA 4UFMA 2FTPA 5IBXA 1SFJA 1KM2A 1KTCA 3O6YX 3ZS4A 2Y85A 4MVAA 3NYZA 4ADUA 3W85A 4JR5A 1F5ZA 3W7KA 3G1FA 3TC6A 1JR1A 3TW7A 3WJXA 3IGUA 3LOTA 3I6RA 1YDNA 4DQWA 3TXZA 3T40A 3S5YA 2H8XA 3U2OA 1LM1A 1SUXA 3NG3A 3DFQA 2X1TA 1SU5A 4O8RA 3HGRA 1VRDA 4MUZA 4MYXA 3CEUA 1KM4A 2C3ZA 1QO2A 2GQ9A 3O63A 1EA0A 2E6AA 2FPYA 2PRLA 2V5BA 1HG3A 3W22A 5A8GA 1OFAA 2BTMA 2WNZA 2B7OA 2NX3A 4AWSA 4UFIA 4O52A 4EWND 3IRDA 4UTTA 4LVFA 3NZRA 4IXHA 1XBVA 4LU0A 3ATYA 1C9DA 1EP1A 3UY7A 3W2KA 4EIVA 4UTIA 3G3MA 1XDLA 1O4UA 5D2VA 3O06A 4O17A 1Q6LA 1K02A 4PODA 2XN2A 5BMWA 2Y70A 1TV7A 4TU1A 5KTLA 1HO1A 3W07A 4HT3A 3BVJA 3G0SA 2Z1BA 3RLVA 1KA9F 4NVTA 2Q3OA 1ICSA 1FCUA 3NQ2A 4JTJA 2WOQA 1PV8A 3P8IA 4ZMGA 3LI0A 1A5SA 3Q58A 1VYRA 3ATZA 1JQXA 3THAA 5D09A 1GTHA 5C2XA 1K7XA 2EAWA 1SO4A 4Y9AA 1OYAA 1JCJA 4JIQA 1I2NA 3E02A 3BW2A 4ZL1A 3VE7A 4QITA 1FCBA 4QM1A 3QRHA 1TRIA 4K8EA 3HF3A 1GVSA 3S6DA 5LNWA 1XUZA 1A5AA 4Z08A 3W7JA 4RKAA 3A5VA 2CLFA 4KFOA 2X2GA 2Z6JA 3QJAA 1WAUA 3M5ZA 2ZZ7A 3T4CA 3LDVA 3NEVA 4ALDA 1JCXA 4N6EA 4AEOA 2P10A 4ML9A 3HQ1A 4MY9A 4UFJA 1TPUA 4R7JA 4XUGA 5FF0A 3ELFA 2QDGA 1FDZA 4RR4A 2QR6A 2A7RA 3W75A 1LTDA 3MHUA 3SGZA 1WYIA 3OBKA 1IIGA 3QPZA 4H4IA 3S8HA 2J6XA 3CWOX 4FIRA 4O54A 1I2QA 1P0KA 1AL8A 2F7FA 4LV9A 1NF7A 2E09A 1H63A 2I9EA 5EMUA 4M5PA 4MZ1A 4LVAA 4O1AA 4DO4A 1WOAA 4JDBA 1YTEA 5F2MA 5GVJA 2CZDA 4ONVA 3RMJA 4BWLC 4O11A 5G1YA 5CPMA 3FJLA 1ICQA 4WX2A 3BW4A 4XQ6A 2YYTA 4JX6A 5HR7A 2V30A 1UUOA 1T99A 1XXXA 5F1UA 3W7GA 5C55A 2E5DA 1D3GA 3MHFA 2G95A 5E93A 4Y90A 1PCWA 2PRHA 3MBDA 3BV4A 2ZZ2A 4CQ8A 1LOLA 3LBCA 5AOUA 1H7XA 3FLUA 4QNEA 3A9IA 3JS3A 1JCYA 3ANYA 1MXSA 6ALDA 1IXOA 1R2TA 1LRQA 1NSJA 3IEBA 3OVQA 4BI5A 2GVJA 4QIUA 2A7NA 2DZPA 1F7BA 1DHPA 4NXKA 3M47A 3UQNA 4O0ZA 3RNDA 3TROA 3KXQA 3HBLA 1H60A 3EKLA 4JEQA 5L6UA 1OFPA 5EY5A 1QPOA 2YGYA 1LYXA 3DI1A 4LNYA 4AF0B 3G0UA 3UZ5A 3MUXA 4FX6M 4P2VA 5AHLA 1FXPA 4JTHA 3L65A 1THFD 4QQ3A 2CLMA 2GQAA 3KAOA 5CG7A 3N9RA 1TPWA 1ZHAA 3LCXA 4WUIA 3GLCA 3NAVA 3C2FA 3GDLA 5HINA 3C0JA 1FDYA 3B06A 5EKYA 4IMFA 1TREA 4GWEA 1GVFA 2JK2A 4O1DA 1SSDA 1TYGA 3EWBX 1R2RA 4LTSA 3DFPA 4AWTA 2ZTKA 4OT7A 2VENA 4O10A 1LBFA 2P1FA 4E2BA 2DZUA 1ZCOA 1UUMA 3F4NA 4HN4A 3KOFA 3R13A 4IOTA 3SIZA 3NL2A 4LOCA 4EOUA 5U4NA 2G97A 2YSWA 1T8XA 1BWKA 3S1WA 1ZAHA 1H7PA 3O07A 4FIQA 4M6PA 1RQEA 3SZ8A 1WBHA 2H8ZA 3F4WA 4NJJA 2QEZA 4NXSA 3C3NA 5TQLA 3W72A 4ADTA 5BNKA 2ISWA 3G8EA 4UXDA 3M0ZA 1VLWA 4LS0A 3UXDA 2VELA 3KX6A 1JJKA 1DV7A 5J5RA 1G7VA 1VQTA 1XUUA 3AO0A 2OJPA 5F1VA 5IBXC 5KSWA 3ABQA 4DBDA 3TC7A 4IMCA 1YXYA 4IMDA 3EXTA 1FWTA 1V5XA 1R2SA 4K8HA 5HNRA 3VCRA 5D02A 5HUPA 1EB3A 1EWDA 1PS9A 2XFWA 4LVGA 3CU2A 2HS6A 1TRDA 2TPSA 2BX7A 1TIMA 3STEA 4O12A 2HTMA 1KM6A 2HS8A 4Y96A 5D32A 3W7OA 3PM6A 3W23A 5HWNA 1G4EA 2G5WA 3CT7A 1J2WA 4C1KA 4A29A 1MEWA 3NQ7A 3ABOA 5K2ZA 2QCGA 4RZ4A 3B0PA 4UTTC 3LLFA 3G0XA 4HNVA 4PTNA 1M7OA 1TTIA 4UTHA 1JUKA 3HOJA 3SW6A 5AC6A 4HSOA 4HPJA 1EUNA 3FA5A 1L9WA 3HG5A 2WSRA 2C13A 3PVFA 3GNDA 5L9FA 3QM3A 3EWUA 1KTBA 4M6VA 3TMQA 4BWLA 2ZA2A 3EX3A 3NQFA 3W1LA 5F4WA 3TAOA 3JR2A 3F03K 4O14A 3GZ3A 4LVBA 4WXZA 1KBJA 2B7PA 3W84A 4NX0A 1XL9A 3TK7A 3IIXA 1I45A 3W1RA 1YPFA 1GG1A 4O53A 2NX9A 4O16A 4GUHA 3DENA 1WX0A 5CZJA 3NL6A 3PSVA 2VEIA 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1SW7A 2ZDRA 3DKJA 5FEZA 4ADSA 3B0VC 5DCBA 3NQDA 1TV5A 3E9AA 1RR2A 4N02A 4HNNA 3W1PA 3MO7A 1GG0A 5LKYA 1NFBA 4I7UA 3GIYA 1NAL1 2Z2UA 1BEUA 5TIMA 3EWWA 5E1QA 3NPXA 1UBSA 4JX5A 5I3JA 4UTKA 3PBWA 3BGJA 3ZR4A 3N19B 1RD5A 4LY8A 4M7TA 3NL5A 4CNOA 4DELA 3M16A 3OVPA 2X16A 4LVDA 3R12A 2A0NA 3IIOA 2HMCA 3WJWA 2TYSA 4K6AA 3UZJA 2XN0A 5LGZA 3G1AA 4JYEA 1F2JA 4TMBA 5EYWA 3T44A 1X1ZA 3BARA 3LHTA 4Z0JA 2YXGA 2C15A 3W1NA 2DJLA 4KWVA 1SW0A 2EKCA 2W6RA 3CB8A 5U7SA 1OVDA 1VR6A 1OYCA 4UMCA 2NX1A 4HPXA 5AYZA 1J4EA 5FF3A 3A23A 4TIMA 1XC4A 1GZGA 5HULA 4C1LA 4S1FA 5T26A 1VPXA 1DJNA 1F73A 2B7QA 5KMYA 4N4PA 5AN7A 1FY6A 1GVRA 3TFXA 1H7RA 2BLEA 4L4MA 4PC8A 3W7EA 1LORA 5EPDA 4DF1A 2ZZ6A 5AHEA 3LTYA 4BR1A 2X30A 3D0CA 3CTLA 3VE9A 1VS1A 2A6LA 2CZ5A 3G24A 3M6YA 4PFMA 1FWWA 3NM1A 1KFJA 4IQLA 4UTJA 1MSSA 5TBOA 1PL9A 3QMRA 4PL2A 2Q8LA 3NQAA 3S1VA 3T7VA 3TSMA 1XKYA 3NVTA 3PS7A 4TX9A 4X2RA 3CHVA 4JY9A 3LCIA 1QPRA 1W54A 4X9SA 2ZZ3A 1W5QA 4Z1DA 3PB0A 3PC0A 5K9DA 2CLEA 3W2JA 3GB6A 1P4CA 3N2XA 4FF7A 2KZHA 3P67A 3UPWA 5G4EA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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