4N4P | Genus

Total Genus 116

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	116
sequence length	296
structure length	290
Chain Sequence	MHNFDKFKGLFPAMVTPFTKDGKLHKAGVKEVVNFLVEKQKVDGIYITGSTGEFLLLSFEDKKEVMKLVAEANAGRVTLIAQIGSLNIEETKELAKLAKELKYDAISAITPYYYNFSFNETHHYYEEISKAADIPMLIYYLPVSTDQFGKLLEIKNVIGSKYGATDLFAFERLMSKYPDKLFMFAWDEALAMGLTMGAKGFIGSTYNVNAKGANAIIKAWEANDKEAVMKLTHTYNDYVLDLISKGLMQSLKAIMRLHGVDAGYTRKPFWRYEDEEIKKHAEFITDKYLK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Mycoplasma synoviae
publication title	GroEL/ES chaperonin modulates the mechanism and accelerates the rate of TIM-barrel domain folding. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Acylneuraminate lyase
total genus	116
structure length	290
sequence length	296
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2013-10-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4n4pA00

3KRSA 4WZHA 3FYOA 5HR7A 3KVMA 3ZWTA 2CFFA 2W79A 3DENA 5F2GA 1TRIA 4AHOA 3W7JA 1G7UA 2ZZ1A 4LNYA 4HNUA 2OX1A 3M9YA 3A21A 3RLVA 2OT1A 5C55A 3EKZA 3GVGA 1OFEA 3LBCA 4K7YA 4OU1A 3CWNA 3O07A 3MI2A 1L6YA 3P81A 4AH7A 5LNSA 3L2IA 3HPXA 1AW5A 2AQWA 4EF8A 2C3ZA 3WJZA 3BLEA 3TAKA 3UWWA 1JCJA 3QPYA 4UFHA 2CLMA 4O19A 3QW3A 3G8EA 4QSHA 2QCLA 3NNTA 1UJPA 3LCWA 4PH6A 5HNRA 4JX5A 1WYIA 4UUIA 2ATMA 2E5DA 3BK0A 3PBWA 1KFCA 4QISA 4JTGA 2FLIA 3FYPA 4P2VA 1IXNA 3FOKA 1NAL1 3W1TA 4UXDA 4MZYA 1F6PA 1TPC1 3W71A 2A85A 4JTLA 4CQAA 1FQ0A 3S0CA 4TU1A 3W86A 2QCNA 5DCDA 4GXMA 2VFHA 2HTMA 3PF3A 3DFQA 4Q33A 5FF3A 4Z1AA 1GT8A 3LCIA 2VOMA 1Z42A 3GNNA 4AWUA 4AWSA 2H6RA 1W5NA 1M6JA 1U83A 2P1FA 1QR7A 3EWBX 3DHDA 3INPA 1LLZA 3IV3A 4OQVA 4LV9A 3KAOA 4NZFA 4BFAA 5F4WA 3WK1A 4DPQA 3K30A 3MYOA 1SSDA 3EKLA 4P61A 2ZZ4A 2B4GA 3MP4A 4I7WA 4UMBA 3FIGA 4JNMA 3WK2A 3NQMA 3MWAA 1JUBA 4WQ6A 3EWWA 4PC8A 4IQLA 4DO6A 4XWUA 4LV4A 1TTJA 2E1DA 3PUDA 1FDJA 1QPOA 1H51A 1PIIA 2ZZ6A 1DKWA 1W31A 4BWLA 3PG9A 1G7VA 4JN6A 3MHGA 2YFNA 3N19B 3P74A 1GTEA 4FNRA 1W5PA 3U2OA 1QAPA 4RXFA 3B03A 3CPRA 2R94A 4POCA 4RLIA 2JKPA 5CZJA 1PHQA 3EWYA 4ONVA 1I45A 2I1OA 4LWWA 4Y6GA 5TQLA 3W23A 4Z0JA 3UNDA 3TC7A 1JJKA 3W1PA 2X16A 4QAIA 1M7OA 4AXKA 4ZQMA 1EPXA 3PB2A 3TKFA 3STGA 1D9EA 2VKZG 3I65A 3KHJA 1X7FA 1IIGA 3LB0A 2ZA1A 2ZZ2A 3STFA 4A29A 3TJLA 1OX4A 1DV7A 4RJEA 5D09A 3RMJA 2FIQA 1KFEA 3NPXA 1FWSA 4ML9A 1TO3A 2Z6IA 1LOSA 4DF1A 2ZCGA 1Q6QA 4NU7A 5I3FA 1YDVA 5F4XA 3W84A 3TMLA 1MO0A 3KXQA 2DZPA 1RD5A 2ALDA 3VNDA 4A2SA 4UFJA 1D3GA 2HSAA 5AHEA 4UMCA 3W73A 3ANYA 4JEQA 3UXDA 3L5AA 2WO5A 3UYCA 2QUTA 4MJMA 1CW2A 4MPQA 3MUXA 2VFEA 3AO0A 1FBAA 5BRBA 1H7RA 3S5ZA 2Y6ZA 1IGSA 1SO4A 4O12A 1DOSA 3W7OA 1VLIA 1W5QA 1WA3A 4FX8A 3NPWA 2C18A 2V9DA 1OFRA 3DU0A 3C0JA 4FXRA 2WKJA 1VHCA 1I2OA 5E0KA 2F7FA 5E93A 4OT7A 1XBXA 2H3DA 4AF0B 4WOZA 4IX2A 4LY8A 5AC7A 3N9RA 2QJGA 3G1SA 1KBIA 1K7FA 1P0KA 3M47A 4PTNA 3C2EA 4QM1A 2V30A 3Q94A 1KTNA 1OK6A 4O1CA 3W85A 1XKYA 2FQIA 5CGQA 3MI3A 4AF0A 5IBXA 1OVDA 3OHIA 1KFJA 2Z0IA 4ADTA 5CSSA 3M5ZA 3LTYA 1G4TA 2JKEA 1F73A 5KINA 3LRMA 2C14A 5FEZA 3RNDA 5BNKA 3LOTA 4RKAA 3S6DA 1MEWA 1XL9A 3DFSA 4LU0A 1K7EA 3CU2A 5FF0A 4Z1DA 3FA5A 2NWRA 1W0MA 3H53A 4ZZ9A 1LRNA 2VEMA 4OV4A 3LXAA 1JULA 2BTMA 2GOUA 4MY8A 3ZR4A 3L67A 2QUUA 1KM0A 2ZFAA 1KM6A 3IIOA 1TB3A 1VH7A 5HINA 5DXYA 4MLJA 1DJQA 4YWIA 2G5WA 3UY8A 2B7OA 3KVJA 1EP1A 3I7QA 4HIBA 3DHFA 5K9DA 1UB3A 1ZJIA 2X1TA 4RZ6A 4NQ1A 4XTDA 1MXSA 2P10A 1BWKA 4CNOA 4YCOA 4CCCA 3H54A 2Y88A 3TROA 2V5BA 2QJIA 4UCGA 5LNUA 3TCEA 1IIHA 2DJLA 2CLKA 1FXPA 3BPWA 3N2XA 3WJSA 4PFMA 2X1SA 3QC3A 1WXJA 1R2SA 4ORIA 1CI1A 3BGGA 2TRSA 1K03A 2C6QA 4LOCA 3UWQA 3P7YA 4C1KA 1W54A 4RX0A 3PWAA 1SO3A 3BLFA 1SO5A 3G18A 3G3DA 5HMSA 1IXQA 2EGZA 3M41A 1I4NA 3TJXA 5G5IA 4Q4KA 3BLIA 1SZGA 5LGZA 2VFGA 2W0UA 5DN1A 1ZFJA 3W7QA 1KTBA 1O5XA 4J9JA 3UWUA 5AC8A 3LTPA 3W2JA 4LS2A 5K4ZA 2E68A 4N02A 2NX1A 1KFKA 2C1HA 5K2ZA 5IM51 1ME9A 3MHUA 1TPEA 4HSOA 1FDZA 4N4QA 2H3BA 4O0KA 1I2PA 2VC6A 1OHLA 4UFIA 3FJLA 3QEZA 1YXYA 4XZ9A 5AHNA 4DO5A 3G0SA 4TO8A 3TXVA 4LRSA 2ZRXA 3QQ0A 2WSYA 4KKXA 2QDHA 5HUPA 1VCGA 5TBOA 3NPVA 5D2VA 1FXQA 2YFOA 3PR2A 1PS9A 2NUYA 3EXSA 3MBFA 4JTTA 1FCBA 3MMTA 2J27A 3LTSA 2JK2A 2Q8LA 2ABBA 2XFWA 4UTIA 3TXZA 2ISWA 3O6YX 3LXBA 3NPUA 4NJIA 3ABRA 3W1QA 4GWEA 5DBTA 4O13A 3QJAA 3W7DA 3O15A 4EF9A 1AL8A 3EX6A 4GUFA 2VEPA 1NEYA 4ZQPA 4A21A 2RHGA 3H55A 2WSQA 2H8XA 1YXDA 4UR8A 2HS8A 2J9XA 5H91A 1S5TA 1YPFA 4M6VA 3W88A 1SQ7A 4FHAA 3GXPA 4O18A 2RH9A 1JCNA 3ABSA 1R30A 2VEIA 3IGSA 1GQNA 1TSIA 4PL2A 3NYZA 2WNQA 1SU5A 3G1YA 4R53A 5K7JA 3HG5A 2EAWA 2PRHA 3P84A 1K8YA 4N2YA 5K3VA 2PC4A 5G2IA 4N9BA 2FB3A 4YCPA 2QCMA 5KSWA 1X6UA 5A8GA 3TFXA 4AAJA 3G8RA 1TPFA 2B0MA 3OIXA 1H1YA 3G0UA 5FEPA 2QJHA 3NZ1A 5I3IA 4E2BA 4DXVA 3CEPA 1Q6RA 1H1ZA 1ZAHA 3R12A 1IXPA 3W22A 5HWMA 2VELA 1W37A 2CZ5A 4NJKA 1H61A 2B7PA 1HO1A 1KM5A 1JCXA 1B4EA 4MFEA 4O14A 1WOAA 2LLEA 3W70A 3VI2A 1T8XA 5F1UA 3NZRA 4JXCA 1F2JA 2Z2UA 3I7RA 2WOQA 4EIVA 7TIMA 3DFTA 3CQ0A 1UBSA 4JD4A 1U5JA 3PG8A 4IMGA 3PB0A 3MI6A 5G4WA 1I2NA 5DLCA 1OFDA 1W3TA 2NXIA 4UC5A 4XTIA 4O28A 1MEIA 3IIXA 3NL3A 4MYAA 4FNUA 3L21A 5BOOA 3A5VA 5EKYA 4JTJA 4UIOA 4LVBA 2E6YA 3G1FA 2GQ9A 2HS6A 1GVSA 4MKNA 1WV2A 3QF0A 4Z0SA 5D37A 1EWDA 3P61A 4LC6A 3LX9A 1DQWA 1VC4A 8TIMA 4YL2A 5G4EA 3W1RA 4S1FA 3GKFA 4LW7A 2VFIA 2R91A 1A53A 3OBKA 4PEKA 1JVNA 2QCGA 4MZ1A 4UTJA 2NLIA 3G24A 2WV8A 3L65A 3EXRA 2XN0A 5C54A 4L4MA 4KWWA 2A6NA 4TR9A 1AW1A 2HMCA 3R89A 1W3NA 1FUYA 3HGOA 3NQAA 1PCKA 2NXHA 4FF7A 1ZNNA 3W1UA 4FIRA 4UMAA 3UWVA 2ZTJA 4TMCA 2W6RA 3GNDA 4IMEA 3SR7A 4NX5A 4RXGA 4CNNA 1JR1A 4BF9A 1KTCA 1BEUA 1B3OA 3O1NA 3PAJA 2ZRUA 4FX7A 3QMTA 4ICNA 3T78A 2A1YA 3TU9A 4QITA 4O16A 5ABTA 2RFGA 3O6CA 1KM3A 4ZQOA 1EUAA 5EL1A 4M7SA 4LUIA 1ZCOA 4FEZA 3E12A 2QCDA 4U4MA 3DKLA 3EX2A 3NQEA 3B0UX 1VLWA 3B04A 4O57A 1W5MA 4IX0A 1J5TA 1QDSA 4FB7A 3P60A 3B05A 4WD0A 4MFDA 4JTHA 1N8FA 3PUEA 4EVZA 2CZFA 3CB8A 4BI6A 3MHFA 3HPZA 4O54A 1TPWA 1ONRA 3SGZA 4G1KA 1Q6OA 3OVRA 4PA8A 2RDUA 1LBLA 3L0NA 1OFQA 5U7SA 2AGKA 4HN4A 4E0CA 2V5LA 2CWNA 4UR7A 2XN2A 3GDMA 4UNKA 1VHNA 1EIXA 2G95A 5CZSA 2DJXA 3KFTA 2FPVA 2ZBTA 4O8RA 1Z41A 2PRLA 4FNTA 2Y62A 4I7VA 4K38A 1LDCA 1SR9A 1KV5A 1Z48A 1VCVA 3N2MA 4X2RA 1LBMA 2DZUA 3DH7A 2QCEA 2QEZA 2V2DA 3KRUA 4C1LA 2BWGA 5AYZA 4HHPA 2OJPA 3SGUA 1OABA 4BR1A 3OA3A 4OV9A 4WOQA 2QCCA 1YYAA 2DZXA 3W2UA 5HR6A 3SW6A 5EMUA 3EB2A 1OX4B 2Q3OA 3NDOA 4Z1BA 5CPNA 1UCWA 4XBSA 4JYFA 1NFBA 3NVTA 3QZEA 4Y9AA 5DY3A 4ADUA 5F2LA 3VKJA 1FWNA 1G4PA 4LUJA 3TE9A 3HGRA 1DJNA 1GYLA 3LHWA 3GZ3A 3W7PA 4E2DA 3L5LA 1H7PA 3VCRA 3FS2A 1JCYA 3PM6A 2A0NA 4IMFA 4JIPA 1HO4A 4JTFA 4MIMA 3A23A 1PVNA 2KZHA 3HQ1A 3IRDA 3GK0A 5CPOA 1QPQA 4M19A 1E51A 1GEQA 3S1WA 1Q6LA 1LCOA 2DZSA 3QFEA 3GKAA 5F4SA 3EWZA 5FEXA 1FX6A 1VYPX 1LROA 5D2YA 3UQNA 3L0GA 2RDTA 1F7BA 2YGYA 4HPJA 4GE8A 4JY9A 3V75A 4NVTA 4FNSA 1G4EA 5AHIA 1ZHAA 4O52A 3RK8A 1RPXA 4PCFA 1T99A 4CCDA 1TV8A 1ME7A 2QKFA 5HWJA 4GNJA 5LNVA 1T0OA 3CTLA 1YADA 1JQVA 1SW3A 4WUIA 3LXCA 4ZQRA 1AL7A 1XCFA 4L4LA 2BX7A 2FPTA 3DAQA 3O16A 5AHMA 4GBUA 3E02A 1NF0A 3LRKA 3BO9A 1LBFA 3BW4A 4MY1A 3S8HA 3FKKA 1QPNA 2OCZA 5HUOA 2OMAA 1MZHA 1JCLA 3WK3A 4MY9A 3A9IA 4JDBA 3FFSA 3WJWA 4BK9A 4RZ4A 3PUOA 4K7VA 3LDVA 3DFOA 3I6RA 2V2CA 4TIMA 3SFKA 4O53A 1VQTA 3S5YA 4O4VA 2A5HA 1R2RA 2GQ8A 3DZ1A 1GOXA 1WDWA 1SO6A 4NZJA 3M0ZA 4N6EA 5AHLA 1N7KA 5HQEA 3TH6A 2ZA3A 3UZJA 4CQ9A 2FTPA 3TAOA 2Y7EA 1OX5A 4BI7A 5LSMA 5DCBA 6ALDA 3NXFA 3TNOA 4PODA 1KV8A 4LRTA 5MHBA 2B7QA 4O11A 4OHQA 3M6YA 2DORA 3IGXA 2V2HA 1VS1A 2C0AA 3LRLA 3NQ8A 4EOUA 3W1AA 2X2GA 4CNPA 4DF2A 5D33A 2ISVA 4BI5A 4E38A 1SFLA 3MBDA 4MZ8A 1X1ZA 5KZMA 2EHHA 3N34A 5SWUA 1EEPA 2NV1A 3THQA 4OBTA 3DGRA 4NJHA 4LVDA 2TYSA 1ALDA 1KLYA 4ZQCA 5FEWA 5FF4A 1L6WA 1ZENA 2PCQA 3GR7A 4NNAA 1I8JA 5CKSA 2A4AA 1LTDA 1RV8A 4GUGA 3QW4B 1XFBA 2Y7FA 3GXNA 1S5VA 3GLCA 3HJZA 1O94A 4IXXA 5CZ0A 3QH2A 4MOZA 5KTLA 1SSGA 3UPWA 1O4UA 1X8FA 5HULA 4JYDA 1P1XA 3LI1A 1C8VA 2BSLA 3CEUA 3SI9A 1TCDA 5AOUA 4UTMA 3I68A 2YR1A 1YPIA 2FDSA 3UWZA 3L5MA 1AK5A 1OF6A 3GAKA 1WX0A 3NQ7A 4Z08A 2ZRZA 2E6DA 3HO8A 5EY5A 1TQXA 3NEVA 1JUEA 1JCMP 4KFPA 3R5EA 3P67A 1RR2A 4TX9A 3PBUA 1TTPA 4DPPA 4UTTC 3N9SA 4YLWA 3RU6A 2GVLA 2QDGA 3NG3A 3L9CA 3FJ6A 3S9YA 1OJXA 4Y96A 3DFNA 2VEKA 2QR6A 1YTDA 1HUVA 2FJKA 1F76A 2O7QA 2YCEA 3F03K 2G96A 5LNRA 4JDYA 2DZWA 3ZWSA 4JIQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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