4NJI | Genus

Total Genus 67

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	67
sequence length	209
structure length	209
Chain Sequence	TYAVKEIFYTLQGEGANAGRPAVFCRFAGCNLWSGREEDRAQAVCRFCDTDFVGTDGENGGKFKDADALVATIAGLWPAGEAHRFVVCTGGEPMLQLDQPLVDALHAAGFGIAIETNGSLPVLESIDWICVSPKADAPLVVTKGNELKVVIPQDNQRLADYAKLDFEYFLVQPMDGPSRDLNTKLAIDWCKRHPQWRLSMQTHKYLNIP

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__510840685162514__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__510840685162514__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4NJI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__510840685162514__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"510840685162514","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4NJI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__510840685162514__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0082e33665ad2917efffc0/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0082e33665ad2917efffc0/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0082e33665ad2917efffc0/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0082e33665ad2917efffc0/pdb.gz): 1203 ms

reading 209 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

209 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 20 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:208});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Burkholderia multivorans
publication title	Radical SAM enzyme QueE defines a new minimal core fold and metal-dependent mechanism. pubmed doi rcsb
molecule keywords	7-carboxy-7-deazaguanine synthase
total genus	67
structure length	209
sequence length	209
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.3.99.3: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase.
pdb deposition date	2013-11-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13394	Fer4_14	4Fe-4S single cluster domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4njiA00

1YTEA 4ADUA 2RH9A 5K9CA 4LTSA 3OHIA 3JR2A 3F1QA 2VKZG 1WBHA 2H90A 5CGQA 1RD5A 5FF7A 3LM7A 3UXDA 4A3UA 3PSVA 1TV5A 1W0MA 4O11A 1NVMA 4EOUA 3TKFA 2PRMA 3NG3A 3LDVA 4UIOA 5I3JA 5F2GA 1HG3A 1TQJA 3RNDA 3VI2A 3TXVA 5TIMA 3LHUA 1DKWA 3OBKA 3LCXA 1GZGA 2G96A 2FJKA 2ZZ5A 3P82A 3LCGA 3PR2A 1TV8A 1IXPA 1ADOA 3OA3A 2QCCA 3EX3A 3BG9A 2A7NA 3LLDA 1ICPA 2VC6A 3HMJG 3M5XA 3AO0A 1KTBA 1QO2A 1QMLA 5BMXA 1I2RA 1RV8A 1N55A 5AC6A 4MPQA 5D32A 4ORIA 3HG5A 2H3BA 3NL6A 1FWRA 4KWWA 3NL3A 5K3VA 4H4IA 4JXCA 2A85A 2QCLA 1ZHAA 2RDTA 4EF9A 1SO5A 4HNNA 4I7UA 2FPVA 3ZWSA 3HGSA 4Q33A 2P10A 3CLMA 2CLEA 1TYGA 4FX7A 2X1TA 4BR1A 3W7PA 1FWTA 3M6YA 2C16A 2Y85A 3WK0A 5D2WA 2X16A 3THAA 2A5HA 3DENA 3EWBX 4Z0JA 4I7WA 1KM3A 3EX6A 4POCA 1FCVA 4RK8A 3MUXA 3R2GA 3WK2A 1SZNA 4A22A 3LHVA 4CQ9A 1TTPA 3GZ3A 4N6EA 3T55A 2C14A 3LBMA 1G7VA 1UUMA 4K36A 3W7HA 3DFPA 2GPTA 5E93A 1TPB1 1IIHA 1FWNA 3EWZA 3B0PA 2ZQ0A 3RLVA 1VS1A 1G4TA 2O7SA 2H8XA 3TJXA 4OV9A 3PBYA 2NUWA 4Y8FA 1UJPA 2A21A 3PUOA 4UFMA 1LDCA 3O05A 1MZHA 1YXYA 4MZYA 3LXCA 2ABBA 5FEXA 3R8RA 3TCEA 1ONRA 2NXGA 4O12A 3HJZA 4HPJA 3TQVA 3W7GA 2Q8ZA 4LOCA 4Z1BA 5D02A 3TSMA 1NFBA 4QNEA 3OVQA 3LTPA 1H7XA 1TPH1 2WPBA 4LV9A 4YWIA 1JQVA 2ZZ1A 1VH7A 3O6DA 1RQEA 3LTSA 2H3DA 4ZZ9A 3MI2A 3TDFA 3DFTA 1M5WA 1X1OA 4N02A 4ICNA 1WDWA 3PC0A 1VZWA 4O57A 2CZFA 3KRZA 4MYXA 4WY0B 3DZ1A 5AHLA 5G1YA 2QUVA 3B05A 2QEZA 2YFNA 4LC8A 5HQEA 5CZTA 3HGJA 2YR1A 4IMGA 1XDLA 4HT3A 5HJLA 1TJRA 2YPIA 4FHAA 3W86A 5KINA 2NV1A 1H1YA 4DF1A 3SGZA 3O8AA 3RK8A 4HNVA 1I8JA 1T99A 3P74A 5D05A 3CC1A 3TNOA 2TMDA 4JTHA 3QSRA 3HOJA 2C3ZA 2QDHA 4ALDA 3V1PA 6ALDA 1R2SA 1FXQA 4JYDA 3TA6A 1TTJA 1KFCA 3VNDA 2V5LA 1RPXA 5KZEA 1DQXA 2BZNA 5BMWA 4TMCA 1GPWA 3Q37A 3W87A 1TCDA 3ABSA 2QJGA 1JCJA 5KZMA 3IIXA 3HG2A 2YFOA 1QOPA 4LUJA 4LS0A 5LGZA 3IVUA 2A7RA 1W5QA 3C2EA 1ME8A 2JK2A 5DELA 1IIGA 2QJIA 3W3OA 3LCFA 5I3KA 3CWOX 3P67A 2OX1A 2V30A 4WXYA 4W9TA 4UTIA 4A2SA 2ISVA 3JS3A 2C15A 1OYBA 3TSDA 2VFFA 3C2OA 4HPXA 4UC5A 4JTUA 3N34A 3W1NA 5LGXA 3STEA 2XN1A 5D03A 1K7EA 5LZLA 1TO3A 2YXGA 3DKJA 4RZ5A 4H3DA 1Z42A 4CNNA 1XUUA 3ANYA 3PUEA 4LWWA 1TQXA 1A50A 1D3HA 4K6AA 4OU1A 3W7KA 3MMTA 4JNMA 1K8ZA 2FFCA 3FIGA 2WOQA 1W56A 3EWUA 1RQHA 3G0SA 2V81A 4DPPA 1EP1A 1WBJA 5CPOA 3KVMA 3TFXA 3USBA 4IPIA 5E0KA 5HINA 3QMRA 3DU0A 2GUUA 2AAMA 4UR8A 4MJMA 2QCGA 3E9AA 4GUIA 5AB3A 1ALDA 1OG0A 5LNSA 1CI1A 1GVQA 5TBOA 1SPQA 1OJXA 1W8SA 1YPFA 4LS2A 4PCFA 3W73A 4HIBA 1K3UA 3BGGA 3OEXA 3PG9A 4BF9A 5DN1A 2ZZ6A 4RJEA 3P81A 5C54A 3M41A 3LX9A 3L5AA 2DZUA 3SW6A 4ZVJA 4JX5A 4NX5A 4O16A 3GR7A 4DPQA 1QPRA 4JR5A 1S5TA 3C2VA 4Y96A 4FEZA 3DFNA 1L6WA 2YYTA 4CCDA 3M43A 3Q58A 3MHGA 4IXXA 2BWGA 4XBSA 1EPXA 1PE1A 3QQ0A 5EA9A 3TC7A 3GDMA 4LUIA 4O0ZA 1KLYA 3R5EA 1GT8A 2J9YA 3BV4A 3GXTA 4ZL1A 3DBPA 2WNZA 1NEYA 5CPNA 5LNVA 3G1FA 4IX2A 2E5DA 2GJLA 3BLIA 3G3MA 1YXDA 1LCOA 1LZOA 4UFKA 4MIMA 3CIWA 5HUOA 1X6UA 3N9RA 1GTHA 3UWUA 2B0MA 4UTTC 3FYOA 3BG5A 3G1VA 4BWLC 3B8DA 3DGRA 3PY2A 1AK5A 4RLIA 5ABTA 1R47A 4JIQA 5G4WA 4FNUA 1JJKA 3P8IA 3KXQA 5FF0A 1WQ5A 1JUEA 4O53A 4JTFA 2GQ9A 1OFOA 2O7QA 3I68A 1WOAA 3TMLA 4FNPA 1W3IA 5KSWA 2PCQA 3MP3A 2JGQA 4TO8A 4LRSA 1TPVA 2FQIA 1JR1A 3SECA 3EKZA 1MEHA 1KM1A 3DFOA 4JY8A 6TIMA 1VYPX 4KFNA 3NQVA 2C6QA 2CLHA 5FF4A 2X1UA 3C6CA 2NXIA 4NU7A 5DBUA 3EWYA 5LNUA 2D73A 3MO7A 4WD0A 4DO5A 3A9IA 5AC7A 3DFQA 1OYAA 1TPFA 2QDGA 3FFSA 3UY7A 2RDWA 4K8HA 3IIZA 4MFDA 4XWUA 1QPNA 3L2IA 1XDMA 3FLUA 4NT0A 1EB3A 4UFLA 4K8EA 1QAPA 2QCEA 3P80A 2RDUA 3OVRA 4LVDA 5DXYA 4X9SA 1C9DA 4GXMA 3NQEA 5LHFA 1L9WA 3H54A 1FCUA 2ZRXA 5KITA 5CZSA 3W1TA 1DQWA 1A5BA 3W7EA 4NZJA 1F6KA 4IXHA 1R2RA 1PCWA 3NL2A 4JDYA 3CTLA 4JTSA 2QCDB 3OG3A 1UASA 4O18A 4QIUA 1LBLA 4WY0F 1T96A 3NYZA 4O1CA 3W76A 1LORA 4J9JA 1LYXA 5D2VA 3MYOA 3NQ8A 3A22A 2TSYA 2WQPA 1PS9A 3C2FA 3HF3A 2B7QA 2R94A 4NVTA 4M7SA 1G4PA 1W5MA 4MFEA 2X1RA 1H60A 4IUOA 2NUXA 2WNNA 2FB3A 5TQLA 3UWZA 3HGOA 3A21A 2DZPA 3N2XA 4XBKA 2WSRA 2B7NA 5C55A 1EIXA 3IVTA 4JN6A 3MHUA 5LNRA 1LBFA 3GNNA 3ZWTA 5CSRA 1LLZA 2CZ5A 3SZ8A 1YTDA 4K7VA 3W7JA 2ZRVA 1ME9A 4JYEA 3QYQA 2CLIA 1OFQA 3M5ZA 1KM0A 3MWAA 4IX0A 4WJEA 2VFIA 2FTPA 5HR7A 4FO4A 5AHNA 2HMCA 3FJLA 3C2RA 1R46A 1XL9A 2WNQA 3KVKA 4ADTA 2YCEA 1KBIA 1LRNA 3HPXA 4UTLA 3WJXA 2WV8A 2RFGA 3WK1A 4O28A 3Q2DA 4UFIA 4MYAA 3AJXA 1LOLA 2X30A 1W5PA 1TB3A 1O95A 2Z1BA 4GUHA 1JUKA 5F1UA 1QFEA 1IF2A 1VLIA 1YXCA 3TMQA 4GJ1A 3NNTA 4QQ3A 3UZ5A 4JTIA 3IGUA 2Y7EA 1ZAHA 4O14A 3P5YA 3HPZA 4E2BA 3RF9A 3M16A 2GQ8A 4JS3A 4DO4A 4OWGA 1YADA 4EIVA 3W74A 1LP6A 4IJBA 4N9CA 2CU0A 4JGDA 4GWEA 1OFBA 3IGXA 4U4MA 2NX9A 2YDAA 3IEBA 3GDRA 4ZQOA 1JCLA 1WXJA 4YXGA 4O1DA 2YSWA 2ZTJA 4GC4A 1I2QA 2A6NA 5EL1A 5FF3A 3OIXA 2NZLA 4UFJA 4YL2A 2V0TA 4CQAA 2ZRYA 4OE7A 5D37A 3F03K 4JICA 4AHPA 1H50A 1HL2A 1FQ0A 3FS2A 2P0OA 1W31A 1VCVA 4WXZA 4YLWA 3WJZA 2Q3OA 3P60A 3KFTA 2ZA3A 1C29A 4GNJA 1LRTA 2AQWA 3LCIA 4CCCA 3BGJA 4NQ1A 3LBCA 3R89A 4MY1A 1DV7A 2QF7A 2NLIA 3NQDA 3N9SA 2QUUA 4GUFA 3WJYA 1T0OA 3G1HA 4JTLA 2FIQA 3GIYA 3F4WA 3FKKA 4NZFA 5DCDA 2W79A 3JRKA 3ABRA 3GLCA 1TRDA 1VPXA 3W1AA 3NR0A 3L5MA 3MBDA 4CNOA 4PTNA 5LSMA 2ISWA 1DBTA 3ABQA 5BRBA 3B0VC 2DZXA 3LV5A 3UWYA 2E1DA 1ZENA 3CB8A 3EB2A 2Y6ZA 1F76A 2ZA1A 1AW5A 1M7OA 3HBLA 5IBXA 2H8ZA 3UPBA 1G4SA 2WKJA 3PM6A 3G0UA 4LC6A 3L21A 3SR7A 3G24A 2EF9A 4FIRA 4LT9A 3W71A 4YMZA 3A24A 3C8FA 2OZ0A 4AF0B 4R7JA 3NL5A 1I2PA 2YX0A 2PRLA 2W0UA 3N14A 2Y62A 1AL7A 1J4EA 3O1NA 4Z1AA 4U28A 1G4EA 4AEOA 3PB0A 2RHGA 4N6FA 1V5XA 3L67A 1SZFA 3P5ZA 4IMEA 4XTDA 5MHBA 3TXZA 3L65A 4L4LA 2C19A 2GVGA 3L0KA 4HNUA 4IMFA 4O4WA 1XKYA 1OX4A 5DXXA 2I1OA 3D0CA 2YGYA 4O13A 3P7YA 3W7RA 1OHLA 1ZJIA 3QFEA 1MSSA 2R91A 3UXAA 4ZQNA 1QNVA 3ATZA 3H55A 3BLEA 3M9YA 3W83A 3UD6A 5G1TA 1O5XA 3W1RA 4DF2A 2CWNA 1XM3A 3NPWA 3TR2A 3VFLA 1DOSA 1KM6A 3UWQA 1WV2A 2E6AA 1F74A 1R2TA 2WJZA 2CZEA 3H53A 2PRHA 1KV5A 1EUNA 4HNTA 4NJGA 5T26A 1HO1A 1P5BA 1W37A 2CZDA 5K4XA 4LRTA 4P61A 1H63A 3A5FA 2Y7FA 1H5YA 2X1SA 3S1UA 4JEQA 3V75A 4D2JA 4X3ZA 3NZ1A 2V8ZA 3BW3A 4LVGA 2Z0IA 4PODA 3LCLA 4JD4A 4TMBA 3PUDA 3E96A 1VYRA 2P1FA 5HWMA 4K7YA 3N3MA 2DZTA 1DJQA 2NX3A 2B4GA 1OF6A 4EWND 4ML9A 4FIQA 3TX9A 1LBMA 3W22A 3QC3A 5DY2A 4LY8A 3W2UA 4PL2A 4YCOA 4KFOA 5EPDA 3I7RA 3PS7A 5AYXA 4KFPA 3SI9A 1I2NA 3N19B 1GVOA 3S5YA 5C6MA 1ZFJA 3R12A 1H7NA 1TPUA 3C3NA 4O54A 4DO6A 3PBWA 1WAUA 2PC4A 4RXFA 4UCGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3MAN A;  1TJ1 A;  2LLE A;  4JN8 A;  1XYA A;  5ECV A;  1K1D A;  3GTN A;  3SUS A;  4IFR A;  4NKC A;  1TJ0 A;  4C6D A;  1CEN A;  1WOB A;  2E40 A;  4DJD C;  2F2H A;  4GNK B;  3W2L A;  1MQP A;  1X38 A;  3THD A;  4V1X A;  4M7T A;  2QVH A;  3RRX A;  1EUA A;  4U2Z A;  3SAD A;  4Y8E A;  2VVS A;  4J5N A;  3BGA A;  3EDF A;  3LNP A;  4A8L A;  2G37 A;  1P0K A;  4Q4K A;  4E2O A;  1HQT A;  2POT A;  4XD3 A;  4FI4 A;  5A6L A;  4Y6G A;  4GFI A;  3AS1 A;  2QJN A;  2HS6 A;  4CQ8 A;  5KEZ A;  4OOU A;  4Q4R A;  1MW1 A;  2GJX A;  3GW0 A;  5C9X A;  3LU2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4NJIA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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