4NJI | Genus

Total Genus 67

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	67
sequence length	209
structure length	209
Chain Sequence	TYAVKEIFYTLQGEGANAGRPAVFCRFAGCNLWSGREEDRAQAVCRFCDTDFVGTDGENGGKFKDADALVATIAGLWPAGEAHRFVVCTGGEPMLQLDQPLVDALHAAGFGIAIETNGSLPVLESIDWICVSPKADAPLVVTKGNELKVVIPQDNQRLADYAKLDFEYFLVQPMDGPSRDLNTKLAIDWCKRHPQWRLSMQTHKYLNIP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Radical SAM enzyme QueE defines a new minimal core fold and metal-dependent mechanism. pubmed doi rcsb
molecule keywords	7-carboxy-7-deazaguanine synthase
molecule tags	Lyase
source organism	Burkholderia multivorans
total genus	67
structure length	209
sequence length	209
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.3.99.3: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase.
pdb deposition date	2013-11-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13394	Fer4_14	4Fe-4S single cluster domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4njiA00

3TAKA 3IIPA 5BRBA 3FKRA 5KTLA 1H5YA 2AQWA 2HS8A 2Y6ZA 5DY3A 3W7HA 4HSNA 1Y0EA 4M6QA 4IPJA 2P10A 1LBLA 1UUOA 1V7YA 5FF0A 3N73A 3NQDA 3MI6A 3NG3A 3QC3A 4K38A 3TCEA 3CWOX 3GXPA 3GAYA 2E6DA 4PC8A 4GE8A 3LBMA 4NU7A 3A21A 3NAVA 4UTTC 1VLWA 4O0ZA 1H61A 1I4NA 2J24A 3HG5A 1TV5A 3LCIA 3QH2A 1H7WA 4NJGA 4P61A 1JULA 2RDTA 1YLVA 1JQVA 4H6KA 2B0MA 5HNRA 5HINA 5K2ZA 4QITA 5K7JA 3NZ1A 1VRDA 5CPMA 1XCFA 3JR2A 3PR2A 3RLUA 3W84A 3SW6A 3QPYA 4GFSA 4IMCA 3W73A 5J5RA 5F1VA 3N14A 3PG9A 1GVFA 1ME9A 5D37A 2QF7A 3IIXA 1LOQA 2B4GA 2NXIA 1EP1A 1FWWA 3SJ3A 2FDSA 5C6MA 4NNCA 1K7XA 1XXXA 3LCLA 3STFA 4YXGA 4K8HA 4KWVA 4FX6M 4JN6A 3W71A 3M5YA 3ATZA 1M7PA 3OHIA 1SW7A 2X1UA 4Z08A 1SW3A 1EIXA 4BI5A 2F84A 3EXRA 1YDVA 1TJRA 1C29A 3G1AA 1JRBA 5CZ0A 2X16A 4HHPA 1LOSA 2HSAA 3W07A 1NF0A 4OBTA 2PURA 3O6CA 1DQWA 5CPLA 1TPVA 4TO8A 2NUYA 2JKAA 2NX3A 3CM4A 3CQ0A 3GR8A 1NEYA 4NUWA 1LOLA 3DENA 1A5BA 3QMTA 4UNKA 4JR5A 3C4UA 3LXAA 2NUXA 3IVTA 1R30A 5LNVA 2XN1A 1T8XA 1KM3A 2GQ9A 5KZDA 5HJLA 1JCJA 4QQ3A 4WOZA 2QUTA 3C3NA 3G0XA 3QZEA 1K02A 2Z6IA 3GB6A 2QUUA 2FPYA 2QKFA 4EIVA 3TFCA 3UYCA 1WBJA 4MZ8A 1SZFA 1SFJA 5G4EA 1FCUA 2A1YA 2WJZA 1L9WA 1ICSA 4UFHA 1H7RA 1IIHA 4X3ZA 3W1PA 1A5CA 1AW5A 1LYXA 3ELFA 3GNNA 3QRHA 4L4LA 4FF7A 1FXPA 2WV8A 3D0CA 4N9EA 4WD0A 4MFDA 3BG3A 1HL2A 3P5YA 5IM51 1TTIA 3C52A 3HPSA 4M6PA 2Z0IA 3QMRA 3TE9A 3ZWSA 3NDOA 1QNVA 4O1DA 1M7OA 1F2JA 5G1YA 1UUMA 2C6QA 4BK9A 1W5NA 4XBKA 3LV6A 3E9AA 1TPFA 3JRKA 4BI7A 4UTMA 3HGRA 5DCEA 3HGJA 3SSJA 3USBA 5K4ZA 5CGQA 1LBMA 3DKJA 5A5WA 2X2GA 3NL6A 5AB3A 1H51A 2FB3A 3B06A 3P60A 3NQGA 5HWNA 4POCA 2GJLA 1HO4A 1ALDA 1EA0A 2WPBA 1XBXA 1I2OA 4HNVA 4AWTA 2QCMA 4NVTA 1G6CA 3WK3A 1S5VA 3EWYA 1I2NA 4XBSA 3I7QA 5DLCA 1QOQA 1YYAA 1TJPA 2VXNA 3S1WA 2LLEA 2FTPA 1ADOA 3GXTA 2C19A 2DZWA 5E0KA 3TC6A 3QJAA 4QNWA 4LUIA 5D2YA 1A5AA 1OFPA 3LB0A 1WOBA 4NXSA 3P7YA 3PM6A 4WXZA 4HNTA 3PS7A 4WJEA 2DU2A 3W76A 5K9CA 1FUYA 2I9EA 3UWZA 3G1YA 3W1TA 4LT9A 4CQAA 4DO5A 3NR0A 2H8XA 4UR7A 2Q3OA 3KRUA 3GDLA 4QAIA 4GBUA 4LVAA 3GX9A 2ZRUA 3DFOA 4M6VA 4C1LA 3N9RA 3ZR4A 1F74A 1OVDA 2RH9A 4OE7A 3QEZA 4O14A 5D2VA 2ZYFA 5KMYA 3G1HA 3QFEA 2HMCA 3MO7A 1LM1A 3UWVA 1GVSA 2CZ5A 1GTHA 4UFIA 1Z41A 3PWAA 2G97A 4PEKA 1U5JA 2PCQA 5K9XA 5DN1A 2J6XA 5C54A 3BK0A 5F4WA 4NQ1A 1F73A 1R2TA 2FIQA 2GUUA 4ADTA 3LCXA 4EWND 2CZFA 5FESA 1EX5A 2G96A 3CC1A 3QPZA 5DBTA 3W7KA 2B7NA 3SI9A 3G0UA 4N9CA 5C5YA 4A2SA 4KFPA 3RLVA 2ZRZA 3NNTA 1LZOA 3LHZA 2E6FA 4AHQA 3UWQA 1D3HA 4DELA 2RHGA 1FDZA 3LM7A 4DF1A 1UB3A 3STGA 5EPDA 3LHVA 2G95A 1ZENA 1KLZA 2YFOA 3NZRA 4DO6A 1CW2A 3L5MA 4JTKA 1VCVA 1HG3A 3W7MA 3UWUA 3HPXA 2I1OA 2GOUA 1B57A 1Z44A 4WQ6A 2Y89A 3TR2A 3UQNA 4FNUA 4LY8A 1EUAA 4N6FA 5KZMA 3DBPA 1DQXA 3VE7A 3MBDA 4B5NA 1XFBA 1OABA 2ZZ4A 3LV5A 4M19A 4RXFA 2JGQA 1FXQA 3UD6A 1K8YA 1T0OA 7TIMA 1YPFA 3NVTA 3RFAA 2E68A 4FEZA 1FWSA 3I6RA 1SUXA 4A3UA 3DGRA 2ZRXA 1D9EA 1O95A 3PB2A 4IOTA 4FB7A 3GDTA 1EP2A 3W2LA 5AC8A 1M6JA 1KBIA 4MFEA 5H91A 1R46A 2WKJA 3I7RA 5D03A 3M6YA 5BMXA 5D04C 1KFEA 1X8FA 4CCEA 3QF0A 3W2KA 1TPEA 1ONRA 1WXJA 3EWUA 1YTDA 4DF0A 1SO3A 4X9SA 3HOJA 3W88A 3FYOA 3IEBA 5LKYA 3CIWA 3G1XA 3R5EA 4MIMA 3RMJA 4AHPA 3Q2DA 4HPXA 1O5XA 2H8ZA 4MJZA 3KXQA 1VYRA 3MW7A 3T44A 3TSDA 3CHVA 1G4SA 2CLMA 3NQAA 5EL1A 1DORA 1P0NA 3F4NA 3FIGA 2CLEA 3W7PA 2Q3RA 4XZ9A 3G3MA 4ZMGA 1QOPA 1H63A 1OYCA 2QCDA 5LNWA 4U28A 2B7OA 1JCYA 3EWXA 4DF2A 4Q32A 4LVDA 4BWLA 1N55A 3W1MA 4QJ1A 4FNSA 1W5OA 3VNDA 2ATMA 3PULA 1G4EA 2A6LA 3HGOA 3LXBA 1TTJA 1KTBA 2QCDB 3TSBA 2YGYA 1H7NA 1RVGA 3VI2A 1L6WA 1W5PA 1TMHA 4A29A 2NWSA 1P5BA 2TRSA 1OK4A 3F1QA 4HNUA 1JR1A 2X1RA 4O13A 3ATYA 1Q6OA 4DEFA 1W54A 1FCBA 2ZZ6A 1QO5A 2ZFAA 4DBDA 3L5AA 2Q8LA 3A5FA 1C9DA 4IX2A 1TPWA 3O15A 1WAUA 1S5WA 1SZEA 1X6UA 5CPOA 3HG3A 3W1LA 3MHFA 4YLWA 1JCLA 1XM3A 2ZDRA 3DKLA 4U4MA 3L0KA 3WK0A 4D2JA 1P4CA 1KW1A 5D2XA 4LC6A 4WY0B 3CEUA 4FIRA 1TRDA 5H2ZA 4J9JA 1VS1A 4WY0F 3W2MA 2TMDA 1RR2A 3L2IA 1EEPA 1FWRA 5D09A 3GYEA 5K3VA 2P0OA 3WFAA 1JCXA 3SY5A 4UTIA 1JUEA 1LLWA 3HO8A 5DXYA 3UY7A 4I7UA 4O11A 4CNPA 1MSSA 3PBWA 1R2RA 4PA8A 1KFCA 4WX2A 3IRDA 1H60A 4BFAA 4LS0A 3FS2A 5HUPA 5EKYA 3C2RA 3FA5A 1MZHA 1LTDA 3W7JA 2R8WA 3DFPA 1KLYA 4BR1A 4MYAA 2B7QA 1GG1A 1LORA 3THAA 4NT0A 4ORMA 2Y70A 3TQVA 3LHUA 2FQIA 2BSLA 3HF3A 4K6AA 1ICQA 4YCOA 2FPTA 4O8RA 1ZJIA 3W6YA 4JDYA 3LRLA 1GJPA 1OG0A 3P61A 3I65A 3LTPA 1G7VA 2YZRA 3LRMA 2KZHA 5FEWA 3ZFHA 3B0UX 1S5TA 3NM1A 2YCEA 3BG9A 1N8FA 4S2BA 5I3KA 1YDNA 5IBXA 2NV1A 3L21A 1WOAA 2ZRVA 3TAOA 4UXDA 1BKSA 3TU9A 4O10A 2HTMA 1KV5A 1PCKA 5K4XA 2C13A 2OT0A 3LHTA 4FX8A 2NXGA 5U7SA 2WNQA 1WX0A 5CZTA 1BWKA 5KZEA 1T96A 3R89A 1NVMA 3TMQA 5J5DA 1GWJA 1K8XA 1L6SA 1DVJA 1EPXA 3M44A 1ZHAA 4FNQA 1I2PA 3PG8A 1MXSA 3W1RA 4LOCA 4NJJA 1U83A 4GXMA 5CKSA 1JUKA 3TSMA 1MEIA 2VFEA 1OX5A 4TX9A 2CU0A 4FIQA 4GUFA 4MLRA 4DBEA 3KHJA 5F1UA 5AYXA 4QNEA 3W75A 2E1DA 1VCGA 2GVJA 3P8JA 4CCDA 3T78A 2C15A 3EX1A 3TXVA 1IGSA 3S5ZA 1H62A 4FHAA 3GAKA 3MYPA 2J9XA 3TXZA 1PCWA 1J5TA 2TSYA 1Z42A 1KM0A 5ABTA 2QCHA 1H7OA 1YXDA 1G67A 4XKYB 3VFLA 2E77A 3MHGA 3UXDA 3W86A 1Q6QA 4JTTA 5D2TA 1DOSA 2DORA 1OFRA 1RPXA 3TQKA 2V82A 3DFNA 2Y88A 3N2XA 3S0CA 3NQ7A 4LS2A 5AHLA 3PC0A 5K9DA 2IQTA 3KFTA 4O17A 1P0KA 2A5HA 4KFNA 1QPOA 1FWNA 4PL1A 1H7XA 4JIQA 4W9TA 2V81A 4LVFA 4ZQPA 2FJKA 3Q37A 3CU2A 2WNZA 4IMEA 1OFQA 3W3OA 3P74A 3O6YX 4MZ1A 2V9DA 4XQ6A 1VC4A 5IBXC 4EF8A 4YWIA 4UNLA 1TPB1 1YXCA 6ALDA 2VEIA 3MI2A 1GYNA 1IIGA 1TRIA 3IIOA 2YPIA 1YXYA 2VFGA 4E2BA 3B8DA 1SW0A 3LLDA 3G8RA 4QSHA 1ME7A 1ZFJA 5AHEA 3TQ0A 4HPJA 3O16A 5G5IA 1DKWA 1WDWA 3R12A 4M5PA 5HMSA 1PHWA 4HN4A 2QAFA 1PVNA 1TCDA 4Q4KA 2CLFA 5D2WA 3BGGA 1W5MA 5AHMA 4MKNA 3F03K 4BI6A 4E2DA 1H7PA 3H53A 3G18A 5E93A 4JYFA 1QWGA 3C61A 3RU6A 4Y9AA 4PH6A 3P80A 5F2GA 1G4TA 4FNTA 1H1ZA 1KFJA 3DH7A 4R33A 2YW4A 4QIUA 4ZQCA 2E5DA 1TPUA 2X1TA 5FEXA 4YCPA 1KTCA 4MY8A 4CCCA 1KM1A 4LW7A 2A7PA 1B3OA 4UTKA 2Z6JA 4O0KA 4GRSA 1AG1O 3IVUA 3C2VA 3V75A 4N4PA 1MO0A 2Y7GA 5A8GA 2E5BA 3M9YA 3QMSA 1M5WA 4TU1A 1EUNA 2DZTA 2YW3A 2CFFA 3E49A 5I3JA 1W3NA 4JEQA 4UCGA 1ZY9A 1KBJA 1IF2A 2CZEA 4AH7A 2BWGA 3TA6A 4ZQRA 1GVRA 3N3MA 1W1ZA 1GVQA 3G8EA 2J9ZA 3LCFA 4G1KA 3EX6A 3S5YA 4ZVJA 1E51A 1QMLA 1JCMP 1PS9A 1GT8A 4WOQA 4JTSA 3IGUA 2GQ8A 5C55A 3GLCA 3PSWA 3E12A 4UFJA 5EBUA 1VYPX 4C1KA 3TROA 3CT7A 2YYTA 3UPBA 4M7TA 1PIIA 4Z0JA 3GKFA 4A2RA 4NZJA 1R47A 2NWRA 2E5CA 4JTEA 1NSJA 4UUIA 1WA3A 3TJXA 1TB3A 3L67A 4H3DA 1C8VA 1F6KA 3W74A 4JTLA 4N9DA 3LHYA 2ZZ2A 2EF9A 4Z1CA 3T4CA 3UZJA 3KRSA 3CLMA 3EXSA 1GPWA 3TKFA 4K8EA 3QYQA 4LTSA 3DAQA 2VEKA 3UWWA 1LP6A 5G1TA 3O8AA 3SGUA 1CI1A 1Q3NA 3P82A 3L0NA 4RXGA 2ALDA 4RK8A 2ISVA 2ZBTA 4ALDA 3KRZA 3PSVA 2CLOA 1MEHA 3HGSA 2DJLA 3MP4A 4O15A 3LDVA 3BARA 4GUJA 5AC7A 1LROA 3W1XA 1GQNA 3W22A 3OIXA 3RK8A 5I3GA 3CTLA 1LBFA 1NAL1 3NQ8A 1DBTA 4IPIA 3LHWA 1S3HA 2W0UA 1SU5A 2TYSA 4GJ1A 4JS3A 5G2WA 3G1FA 2FB2A 3QQ1A 4E38A 4O1AA 4O16A 3KVJA 1WBHA 8TIMA 3S6DA 3DI1A 1LRQA 3HJZA 3TMLA 4R34A 3GIYA 3MHUA 3NPWA 4LV4A 3LOTA 3MJYA 2A6NA 4AF0A 6TIMA 1PV8A 4O28A 2ZZ1A 5AHNA 5HUOA 5DXXA 1KM5A 2YR1A 4JXCA 3CWNA 3HB9A 2QCFA 2YDAA 4MY1A 3MBFA 1W31A 2OCZA 3OBKA 3ABQA 1GYLA 4AF0B 3SGZA 3VE9A 3EKZA 4MPQA 2ABBA 1ZAIA 2J27A 2C0AA 5KINA 4CNOA 2ABAA 4EOUA 2FPVA 5EYWA 3THQA 5G4WA 3ANYA 1X1ZA 3BO9A 5HWMA 2DZUA 3P81A 2A4AA 3FFSA 3TC7A 1HTIA 1ICPA 1XL9A 2CLLA 4ZQMA 4H4IA 4AHOA 4JTJA 4P2VA 4FNPA 3TV8A 5T26A 1OX6A 2A85A 1FBAA 4ZZ9A 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4WY0A 4YL2A 3L65A 3GDMA 1RQBA 4QISA 2QCNA 4ML9A 2A7RA 4IMDA 2VFDA 3I68A 1X7FA 1GVOA 4I9AA 4JTHA 1OJXA 1SR9A 2BLEA 3SR7A 1TTPA 4YMZA 3W7QA 3AJXA 2Y7EA 3W1AA 2O7QA 2C18A 3T55A 4Y90A 3EXTA 2EPHA 4N6EA 1HFBA 2PRMA 1QDSA 2ZZ3A 4LUJA 4DPPA 2YYUA 4JIPA 5AFDA 1KFKA 1TPH1 3NQ6A 4UMCA 3W7IA 1KFLA 3W1UA 3G22A 3EX4A 5FF3A 1EWEA 3OEXA 2BX7A 3C2FA 2CWNA 4ADUA 4IMFA 3P62A 1GEQA 1HUVA 4MLJA 2OZ0A 2YSWA 4N9BA 4O1BA 3JS3A 1RZMA 4Y6GA 2Z1BA 2V0TA 3TIMA 3WK2A 2FFCA 1JVNA 4O4VA 4JX6A 2PRHA 1L2UA 3W9ZA 3C2EA 3EEGA 1SO4A 4HT3A 1I45A 4HNNA 4WXYA 2X1SA 3R8RA 5U4NA 2UV8G 5G2IA 4MY9A 1ZAHA 4Z1AA 2J88A 2Y63A 4XWUA 5LGXA 1PE1A 4N2YA 2WSQA 4ONVA 3UPWA 2JKPA 2HS6A 3SZ8A 1LLZA 1I2RA 4PL2A 1TV7A 4NJIA 4UMAA 1VGAA 3W23A 3IGXA 1GTEA 3UZ5A 1AW1A 5BOOA 1TV8A 4JTFA 2VFIA 4JICA 4Q33A 4HSOA 3G1SA 3TK7A 2DJXA 3QSRA 1KM4A 2J9YA 4ORIA 2ZTJA 4LV9A 4S2CA 3H54A 1VLIA 1FQ0A 2H6RA 3W7GA 5L9FA 4OU1A 2C1HA 3QW3A 4CLMA 3R2GA 4MOZA 2Y7FA 5LGZA 2EAWA 3BGJA 1ZALA 1JJKA 4FXSA 3PB0A 5HWJA 4MZYA 4O52A 2QDGA 4HIBA 3GR7A 4RJEA 3NGJA 5F2IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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