4NNC | Genus

Total Genus 168

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	168
sequence length	522
structure length	483
Chain Sequence	TSLYITAAPIGAVPKFLDPFEATFIPSFLLEGFFDADRCASIAADLKTDGWEVVPAGGRLLQVGHAQPIAAHFPKPWLAALSNKLARRIVLQLTTYGWIVSEQGDLLWEHERQHHYLPPALIEAIEKESPALLKNMEEAGWIACAAGYWQAGKARSPYLPITPEAITEETIRSMRAGAAVVHLHTRDLSDRRRIEIPGLGVVTVGSQRNQIVLDDYDAIVPMVKKREPAAILNLSTSVRGDRHGARSKLRRAHLKFYDDVGSAPEVASLSPAAVVFQGGGGYDNAPDFLDAQFDHFERVGTRPEVEVFNHAIVDNATSLYRDRLLRTGKPVLFMLVAGVDQYRRDPITGEVEDDSLIARVVREEISSLLADESADSHRRAVELAIGQLRPVVERLRASFPVSKISILLPGPMQNLLVDVALGLGLDGIRVGLEDGLTVNDARVPGGVRKARGTWEQVSLVREELLGRGATILTAAQVRDMFGL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0301457508689902__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0301457508689902__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4NNC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0301457508689902__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0301457508689902","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4NNC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0301457508689902__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00850e6775487c7fa25eae/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00850e6775487c7fa25eae/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00850e6775487c7fa25eae/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00850e6775487c7fa25eae/pdb.gz): 729 ms

reading 483 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

483 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 30 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:482});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Burkholderia glumae
publication title	Structural Basis for Bacterial Quorum Sensing-mediated Oxalogenesis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	OBCA, Oxalate Biosynthetic Component A
total genus	168
structure length	483
sequence length	522
ec nomenclature	ec 4.1.3.-:
pdb deposition date	2013-11-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF05853	BKACE	beta-keto acid cleavage enzyme

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4nncA01

2A85A 4KFPA 5I3IA 5C55A 4S2BA 3TMQA 1L6SA 3NPUA 1VYSX 4ZVJA 4MPQA 3O15A 3TXVA 4DQWA 2A21A 2FLIA 4UR8A 4NXSA 4JR5A 3LBMA 1TSIA 4UXDA 3SFKA 5AC7A 4JX6A 2QCGA 4MFDA 2WKJA 4MY1A 2X1UA 4IXHA 3TC6A 3SY5A 4OQVA 1H7NA 4M5PA 3BW2A 4FXSA 4XZ9A 3A23A 1W1ZA 1KM3A 3D0CA 2LLEA 1IF2A 4Z1CA 2NLIA 5H91A 3B0UX 1DJQA 3TNOA 4TO8A 3NZ1A 2Z1BA 5D05A 1TTJA 3R12A 3QF0A 4N4QA 4NVTA 4ORMA 1G6CA 1KM5A 3CEPA 1ML1A 1O5XA 2ZBTA 1M7PA 5LHEA 1WQ5A 2ZYFA 2A7RA 5FF7A 3I6RA 4DO5A 3PG9A 2JBMA 2TSYA 1QCWA 4WY0F 1WBHA 3HPSA 4K36A 4N6EA 3NQCA 2XN0A 5E93A 2V82A 2QJHA 5DLCA 3N34A 4Y6GA 1R2TA 3HBLA 3O8AA 1R2RA 3NPWA 4UTWA 3UZJA 1GYLA 2YZRA 1PHQA 3W1TA 1KFEA 1W3IA 5DY2A 2V8ZA 2D73A 4E38A 1ALDA 1O95A 3CWNA 2ZA1A 3DGRA 3INPA 3Q2DA 3NQ6A 3I7QA 5CGQA 5DXXA 4QQ3A 1PVNA 1PE1A 3M5VA 5F2GA 1EUNA 1Q6QA 2ABBA 3L5AA 2GJLA 1H7RA 1QDSA 4K38A 5HNRA 2NXGA 3A22A 3NQAA 1KW1A 1QR7A 3BO9A 2QJIA 3GKFA 1YTDA 4NJKA 1TPB1 1TV7A 1ZHAA 2J27A 3TFCA 4ML9A 2P10A 3DFOA 3T40A 2HS6A 5MHBA 4UTMA 5F2MA 2X1TA 3FA5A 2BWGA 3HPXA 3W76A 5L6UA 3NR0A 1JRBA 1TQXA 5EBUA 1H62A 4LS0A 1SFLA 4N9EA 4P61A 5FF2A 2FQIA 1EP2A 2NWRA 1QPQA 3WK3A 2JKAA 2NXIA 4LVBA 3UPBA 3O63A 5AHIA 2RHGA 4IMGA 3MO7A 3P8JA 5KINA 4JTUA 4O57A 4NZJA 4OU1A 5G4EA 4IMFA 4FX6M 1OG0A 2DZVA 3C4UA 4O12A 2Q8LA 4UCGA 2CLHA 4OBTA 1F73A 1K7EA 3HGRA 5CPLA 1LBFA 1IXPA 3C8FA 4ADUA 3CHVA 1D9EA 3BG9A 3SGZA 4A21A 2QCDA 3B8DA 4HT3A 3GXPA 5LNSA 3PUOA 3QQ1A 4MLRA 5HWJA 1O5KA 3I7SA 3CIXA 4JN6A 2E68A 3HJZA 1VPXA 1H51A 2V2HA 1TRIA 1H63A 4WOQA 1FBAA 1BKSA 5G2HA 3H53A 3W2UA 4WOZA 3QMTA 3DFNA 4ALDA 2VEKA 3DZ1A 3G1YA 3VKJA 1SZGA 5BRBA 4RK8A 3KOFA 2QAPA 1TTQA 1I2RA 3PC0A 1Q3NA 2DORA 2YFNA 3BLFA 1RQBA 4K8HA 1AL8A 3DFQA 2CLKA 1GVSA 3N9SA 5F2IA 4YWIA 1C8VA 3STCA 1VZWA 5FEZA 3W2KA 2DJLA 2WJZA 2WNZA 3GDKA 4I7UA 1XM3A 1SFJA 4AEOA 2E5CA 1HO1A 4Y90A 4JTKA 5EA9A 4JGDA 3HGOA 1C9DA 2G97A 5DBTA 1I2PA 3S5NA 2NUYA 4KFNA 4LRTA 4XBSA 3U6WA 3P82A 5D37A 3O16A 4CLMA 3EXTA 1GZGA 5D02A 2FB2A 1JR1A 3W71A 4AWUA 1EP3A 2OT1A 1DJNA 4BR1A 1OABA 1KV8A 4K8EA 3PSWA 3E9AA 3SW6A 1ZALA 1QPOA 3R89A 1WOBA 2DZWA 3P7YA 5U7SA 2QCEA 2Y70A 3C2OA 3LTYA 3UD6A 4UTLA 1Z41A 3P62A 3G1AA 3DU0A 5FF0A 3VCRA 1AMKA 3L0KA 1EA0A 1ICQA 1V5XA 4FIRA 2WNNA 3I7RA 3N2XA 3W7OA 3IVSA 1GTEA 4O28A 5BNKA 2B7QA 5C5YA 4AF0B 3C2EA 1VS1A 1OF8A 1XCFA 4BI5A 3JS3A 5AHMA 4DO4A 2C16A 2X1SA 2BSLA 1UBSA 1YXYA 4GUGA 5E1QA 3FYOA 2WV8A 5EL1A 1I8JA 3QW4B 1KA9F 3TV8A 2AQWA 1WX0A 5F1VA 2FJKA 5BMXA 4AB4A 4IUOA 2V2DA 5DY3A 4O8RA 1LRTA 3WJYA 3W7CA 5LNUA 3LB0A 4LV9A 2VXNA 3Q94A 5KITA 3UNDA 2CLLA 1W5PA 3GAKA 1DQXA 5BMWA 4EIVA 2H8ZA 1CI1A 3M47A 4AMAA 1QOQA 1SR9A 3B0PA 1Q6OA 2ZRZA 1MZHA 4JTJA 1FDYA 3N73A 5G5IA 3W7NA 3TC7A 5LGXA 1M7OA 3QM3A 3BLEA 2NX1A 2F84A 3W1NA 4NU7A 1NFBA 1DKWA 3BGGA 1KTNA 3UWWA 3G1XA 1TJRA 1WDWA 4CNOA 4O13A 3QZEA 4PC8A 1RQHA 4H4IA 4IMCA 4TR9A 3TW7A 5EYWA 1ME9A 5AYYA 3B04A 4BK9A 1H50A 3HGSA 3W9ZA 2H90A 4LS1A 1P5BA 2PRMA 3M41A 1SO5A 1QWGA 3GDLA 1QOPA 2E5BA 2QF7A 3TJXA 1DORA 3L0NA 3HMJG 3UWYA 1W3NA 2V81A 1KFKA 2QR6A 4DEFA 4HNVA 1T99A 3EWXA 1RD5A 5AB3A 2R8WA 3HPZA 4K37A 3BARA 1YXDA 2ISVA 3W7LA 4POCA 5AC6A 3UPWA 4ADSA 1PCWA 1H1YA 4HSNA 4NJIA 4IMEA 2Y89A 1BWKA 2A6LA 3W2LA 4MYAA 3MWAA 1SQ7A 2PURA 1VCFA 3E0IA 1F6KA 3TE9A 3FEMA 4FNTA 3VE9A 5D03A 1P4CA 3KXQA 4HPXA 4MIMA 3NAVA 3NDOA 3T44A 3NQVA 5CZTA 1QFEA 4E0CA 3CPRA 5IBXA 2FDSA 1YTKA 3AO0A 3TDFA 4H3DA 3LHVA 1GPWA 3QSTA 3W1PA 4C1KA 3G18A 4NQ1A 2V5BA 5G1YA 4JDBA 4RJEA 3MI6A 1IXNA 3UYCA 2ISWA 2ZZ4A 1TYGA 2J9XA 3O07A 4UTJA 4NNCA 4OV9A 3S8HA 4ADTA 2CW6A 1E51A 3IGSA 2PE4A 3C2VA 2HTMA 2E09A 2YW3A 3S6DA 4P2VA 5F1UA 1JVNA 4UTKA 4LOCA 4FB7A 2RH9A 2G96A 1EWDA 4O14A 1VHNA 1X7FA 4O17A 5CZ0A 3F03K 4JYFA 1ZENA 3GZ3A 3ATYA 5LHFA 5CPOA 5LGZA 4ZQRA 2ATSA 3IIXA 3JR2A 3W84A 3N2MA 5HR6A 3MUXA 3MP4A 3YPIA 3MJYA 3TSDA 4UIOA 4YL2A 3ABRA 2XN1A 1JCLA 3LCGA 3LLDA 3BGJA 4ZQPA 1XUUA 2Q3RA 3QMRA 4O16A 4PEKA 2C6QA 4LT9A 5KSWA 2PC4A 3IVTA 5LNWA 3DAQA 5K7JA 4O1BA 1ME8A 3MI3A 4IPJA 2GQ9A 3EWWA 5D2YA 3ZR4A 4KWWA 4IMDA 3S1UA 2OT0A 3LCIA 5AC8A 1FCUA 4PH6A 2GOUA 4Z08A 3W7QA 3DXIA 3DHFA 4FNSA 1GT8A 5HR7A 4DPPA 1MSSA 3L0GA 2CLOA 4Q4KA 4UFIA 3PAJA 2VEMA 4RR4A 1FWNA 4QISA 5HUOA 3S1XA 4LC6A 3N3MA 4LW7A 1TPFA 1EWEA 3TSMA 3A9IA 3UY8A 4IWWA 1SSGA 3KHJA 2YXGA 4BFAA 3PF3A 4NJGA 1F76A 2J24A 3W72A 1NF0A 1EUAA 3KX6A 3E02A 4DBDA 4C1LA 1SW3A 3OVRA 3L65A 4KKXA 1B4KA 6TIMA 3EX4A 4JTLA 6ALDA 2VELA 4MVAA 3NQDA 3NQEA 1JCMP 4WQ6A 1KTBA 4YMZA 1TPH1 4UMAA 3ABOA 3NO5A 4S1FA 3TQKA 1FY6A 5DCDA 1GVOA 2R94A 3QEZA 5K9CA 1KTCA 3C3NA 1KBJA 1GQNA 1F6PA 1K8ZA 3BG3A 3M5YA 5HULA 1K3UA 4NXKA 1CX9A 1VYPX 1FX6A 1OFRA 3M5XA 4D2JA 4FXRA 3SGUA 4R53A 3L66A 4FNRA 1KFJA 5FI8A 1I2NA 3G1VA 3BW3A 2HMCA 4WXZA 4JX4A 4NX5A 1FWRA 3RK8A 1JCYA 1OF6A 3R5EA 5DCEA 3O6CA 4IJBA 3GR8A 2UV8G 4O4VA 2ZDRA 3P8IA 1TIMA 3STFA 1ZAHA 2ZRYA 2H3BA 2WSYA 3G0XA 4O4WA 1TPC1 4HKPA 3THQA 2JGYA 2ZA3A 4O1DA 5A5WA 1TB3A 5ABTA 5EMUA 1XUZA 3F1QA 1VGAA 1AW1A 4ICNA 4TIMA 5TIMA 2QUUA 1G4TA 2TMDA 3FJLA 1OYCA 1LOLA 4ZQMA 4XTDA 3G0UA 4AWSA 2Y63A 2CZFA 3W7KA 1B3OA 2OX1A 3QFEA 2ZTKA 4M19A 3LM7A 3L21A 5TBOA 3S0CA 1OJXA 4EF9A 3JRKA 3GNNA 3NEVA 2WO5A 3NQGA 2YCEA 3NQ8A 4HPJA 2EGZA 4CNPA 3C0JA 3PB0A 4OWGA 5CSRA 3PBVA 1ZCOA 4WX2A 1FCQA 4AH7A 1R30A 4FX7A 1V7YA 4Y9AA 3GVGA 4ZZ9A 2KZHA 3KVKA 1XBZA 4FNQA 2CU0A 3PUEA 3UWVA 1FWWA 2C1HA 5FEXA 4DF1A 4ONVA 1G4PA 2G5WA 1VCVA 1N55A 1GTHA 5I3JA 2EF9A 1BEUA 4FX8A 3LXCA 1GOXA 1FUYA 4Y8FA 3RF9A 2CZEA 2Y62A 4FEZA 4UTTC 5AHNA 4BWLA 3PBUA 8TIMA 3C56A 3G8RA 5K4XA 3KRZA 3BK0A 1TQJA 3EWYA 3NQ7A 3OA3A 3HIJA 1GVQA 1X6UA 4FF7A 4A22A 1DQWA 2WSQA 2NV1A 3LOTA 1H7OA 2FPTA 3BG5A 4OHQA 3PULA 2ABAA 4A2RA 2ZZ7A 5EKYA 2OMAA 4HN4A 3RNDA 1K7FA 4JDYA 1TTIA 4JNMA 3LGEA 4QITA 4WXYA 2X30A 1PV8A 3E49A 3OG3A 3IIPA 3A24A 3M16A 3GXNA 3P81A 4JEQA 2QKFA 2B4GA 3TR2A 3O1NA 4JIPA 3QC3A 1FWSA 1O60A 4KFOA 5CG7A 1ZAJA 5AOUA 1EEPA 1OFDA 3LHTA 4UFKA 3S5OA 4LTSA 4HNUA 3DH7A 3UXAA 4XQ6A 1QPNA 3WJWA 1AW2A 2WNQA 1ICPA 1YYAA 3MYOA 3LHZA 1HL2A 3FOKA 3LRKA 3GDMA 4ZL1A 5D33A 3CEUA 4Y96A 3W1XA 1P1XA 4LVDA 1JCJA 3NQFA 4O18A 1YDVA 1MO0A 2BTMA 3PY2A 2JKPA 3G1SA 2Y88A 3W23A 3MHFA 4W9TA 1TMHA 2F7FA 3HG3A 3E96A 4X9SA 5F4SA 3TAOA 4GWEA 3CTLA 4M6PA 4UFLA 1FXPA 1FCVA 3RFAA 3W1UA 3LRLA 2VENA 2GJNA 2NX9A 3PS7A 3MMTA 4N4PA 2VC6A 4JTTA 2RDUA 1Z42A 4TMCA 1CW2A 4JTHA 4UMBA 4M6VA 4PTNA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1PII A;  2PRL A;  1KB3 A;  3CQJ A;  4QE5 A;  3IIZ A;  1LZO A;  3POH A;  3PZV A;  4GYP A;  1C29 A;  3VII A;  3TU9 A;  1O4U A;  2A3A A;  4CQD A;  1O94 A;  2HIS A;  4GA8 A;  5DN1 A;  4IQJ A;  2Z00 A;  1RJR A;  2YX0 A;  3IRS A;  3MZN A;  1GVI A;  1UA3 A;  4C6F A;  4ZOE A;  1R3R A;  1EC8 A;  3N6H A;  3O6D A;  5I02 A;  1ZJH A;  3PAO A;  4AMC A;  9RUB A;  3LD5 A;  1HUV A;  5HNT A;  1NFP A;  6CGT A;  4FNP A;  4PUL A;  2WC4 A;  1BWL A;  3XIS A;  1T8X A;  1W3T A;  3BZG A;  3QPZ A;  1DJH A;  2QMK A;  4C7D A;  4Z2L A;  3A47 A;  5I3G A;  3LBC A;  5C2C A;  3B06 A;  3GC2 A;  5C9X A;  2PDW A;  5KZ6 A;  5T26 A;  4AZH A;  5HPC A;  1XYZ A;  1F4A A;  3QGV A;  2G3I A;  3VUP A;  2QPS A;  3F2D A;  4O1E A;  4M29 A;  3VYL A;  4IP7 A;  1HQT A;  2PDP A;  4IFK B;  5CZJ A;  3M0L A;  3EDD A;  1XFB A;  4H9Y A;  4BF9 A;  2PDG A;  1X6N A;  3RPM A;  3EEG A;  2VGI A;  2A4A A;  4DEL A;  4F4R A;  5AN7 A;  1DPM A;  3ARX A;  1HW6 A;  3KDN A;  3DBN A;  2HK0 A;  2VX7 A;  3PBY A;  1J6P A;  1NFG A;  3Q45 A;  4GZE A;  5D04 C;  1PL9 A;  3V0T A;  1B9Z A;  3CQ0 A;  4JIC A;  4HHM A;  3EPN A;  3PPC A;  1L6Y A;  4F66 A;  3EB2 A;  2VO5 A;  3TA6 A;  4JCM A;  4DBE A;  1JPH A;  3KBN A;  2PLK A;  3A4X A;  1CLX A;  1WB0 A;  2A2I A;  3SCU A;  3W1Q A;  1B30 A;  4PR4 A;  2A6N A;  1BKH A;  2NUX A;  4QNW A;  2E6F A;  4UTW C;  3FIG A;  3MPG A;  4YVV A;  1SW7 A;  1U83 A;  3T8Q A;  4GNK B;  3W3O A;  3TKF A;  3CHC A;  4D6E A;  3I4K A;  4PMX A;  2Z6J A;  1QAP A;  2JK2 A;  3SAZ A;  5IHS A;  3A3X A;  5CZS A;  3EDK A;  3Q37 A;  4MWA B;  4FAM A;  1MEH A;  2R91 A;  1Q45 A;  1KM4 A;  1YTE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4NNCA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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