4NQ1 | Genus

Total Genus 104

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	104
sequence length	290
structure length	289
Chain Sequence	MFSGSIVALVTPMRNDSVDVHHLRELVEFHIAKGTHALVAAGTTGEAGTLSHSEKLLVIKTVIEQAKERVPVIAGTAMNATKDCIELTQQAMEYGAHAALIMTPAYIKPTQEGLYLHYSHIAQSVAIPIILYNVPGRTACDMLPETVARLAKISNIIGIEATGQMTRLQQILRLCEGSIDVYSGDDLTAAQWLLSGAKGVISVTANVAAKLMAKMCDLAMDDDQAGCLRIQEQLMPLHELLFVESNPIPVKWAMKKMGLIGGELRLPMTELSEKHHQALEKVLKNLELI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__528908767322544__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__528908767322544__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4NQ1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__528908767322544__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"528908767322544","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4NQ1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__528908767322544__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00854d6775487c7fa25ef4/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00854d6775487c7fa25ef4/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00854d6775487c7fa25ef4/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00854d6775487c7fa25ef4/pdb.gz): 628 ms

reading 289 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

289 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:288});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Legionella pneumophila
publication title	Legionella pneumophila DHDPS: The First Case of Non-Lysine Inhibition in a Gram-Negative Pathogen rcsb
molecule keywords	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
total genus	104
structure length	289
sequence length	290
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2013-11-23

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4nq1A00

4AMAA 2R91A 1EB3A 3MI6A 3HG5A 3IIZA 3NGJA 4HNNA 1OYAA 3NYZA 5MHBA 4EVZA 3M6YA 1GOXA 1TRIA 1JCMP 1W3NA 2Y88A 1Z48A 3LXAA 2QKFA 1Q6RA 1TPWA 3A22A 3HG3A 5BOOA 3FEMA 4WZHA 2NXIA 1TPEA 4DF0A 1RQEA 2VC6A 2NUWA 3NQAA 4FB7A 3TKFA 1FY6A 2A0NA 3BPWA 3LHUA 3KRUA 1FCQA 1SO3A 2QUTA 3LLFA 1ONRA 2CLMA 4RJEA 4UMBA 3B0VC 1W56A 2PRHA 2C19A 2JKAA 3UWYA 2A2IA 4ZL1A 3W7NA 3S42A 3W23A 3MYOA 3GKFA 3NQGA 5AHMA 1DJQA 3M41A 4O53A 1EWEA 2YYTA 1A53A 1H62A 3LCGA 3PBYA 2VFEA 2C0AA 1NAL1 3QSTA 1YADA 1VGAA 2ZCGA 1XM3A 1DBTA 3PM6A 4QNWA 5CSRA 4I7UA 1W3TA 3B06A 3GIYA 3PSVA 3QQ0A 1Z44A 4AWUA 4Y6GA 4RZ5A 3QW4B 3M1ZA 4MJZA 3RFAA 1WYIA 4QJ1A 4M6VA 3S5ZA 1MZHA 4JX5A 1Z42A 4NJJA 3I7RA 3GAYA 3HIJA 3C2FA 5D2VA 2PE4A 4O0ZA 4UMCA 1IIHA 1UCWA 5EA9A 3KAOA 3W1UA 2EPHA 2ABBA 4I9AA 4UFHA 4Z1AA 1BWLA 3I68A 5CPLA 3CT7A 1QR7A 1UB3A 4ZZ9A 1KM2A 1JUKA 3W1AA 5TBOA 1ZALA 1OYBA 2V2HA 5I3KA 3T78A 1SZFA 3PG9A 8TIMA 1Q6QA 4O50A 2EHHA 3CWNA 4EWND 1TCDA 1LRNA 2NZLA 1ALDA 3OBKA 3O05A 3TAOA 4IPIA 1K7FA 4GNJA 1H1ZA 2CLKA 4JTEA 1GVFA 2F7FA 4AH7A 1G7VA 2Z2UA 3ABQA 1BTMA 1F73A 4BWLC 1N55A 3I7QA 3L65A 3IGXA 1KFBA 1PHQA 3L5AA 4Y9AA 1THFD 3TJLA 3G0XA 2ZZ6A 3EX6A 4JIPA 2RH9A 3SW6A 4TR9A 4UFJA 1Q45A 5D2WA 4YCOA 3EXRA 4MJMA 4DELA 1YPFA 4NNAA 1YXYA 2QJGA 1J4EA 4MFEA 4NJGA 1P0KA 2CZ5A 1FCBA 3LDVA 3NQ6A 4JIQA 3CB8A 1V7YA 1VLWA 3GAKA 3NG3A 3LV6A 2TSYA 2WSQA 1EP3A 4R34A 2KZHA 3HG2A 2NWRA 4K6AA 5FF0A 2WPBA 3TAKA 1XDLA 2V2CA 2PRMA 4GE8A 1BWKA 5LNUA 4EIVA 2RDUA 2GVJA 3QJAA 1DOSA 5IBXA 2QJIA 1QPNA 3NAVA 5HULA 1DQWA 1QPRA 4CCEA 3DKLA 5FF7A 4E0CA 4DO4A 3DZ1A 1IXPA 3NQ8A 4MYXA 4O52A 1RPXA 3DH7A 5K9DA 1IXQA 4NNBA 2WNZA 2WSRA 5F4XA 5HQEA 1H5YA 4X2RA 1L2UA 2A7RA 3TSMA 3JRKA 4XBKA 5KZMA 1R47A 1L6WA 1FWWA 4G1KA 1KFCA 2DORA 2ISWA 4ZQPA 3PG8A 2VEKA 1SFJA 5A8GA 1OX4A 2WOQA 4YWIA 1YDOA 1YLVA 3TMLA 3GK0A 5U4NA 3QF0A 3YPIA 1S5TA 2RHGA 2ZYFA 3WK2A 5BW6A 3MBDA 4XBSA 1C8VA 2GPTA 4FX8A 5DCEA 3NEVA 4FIRA 3DGRA 4UXDA 3BGJA 1OFAA 2X30A 4IOTA 5LHFA 4PL1A 5D05A 1KV8A 3MHFA 5LKYA 2QAPA 4LC6A 4U28A 2C16A 2FPTA 4KKXA 4WJEA 3EEGA 4POCA 3R5EA 1VLIA 1KM3A 3NDOA 5HJLA 3W22A 3L0NA 4WY0B 2NWSA 2ZA3A 3SI9A 4JDBA 4U4MA 3EWYA 5CPOA 3G1SA 2YCEA 3Q94A 4CQAA 3KVKA 4NJIA 2J6XA 4AEOA 3R89A 3B4UA 2WV8A 4BR1A 3BARA 5AHFA 3LI1A 1PV8A 5AC7A 3HF3A 1KFLA 2AGKA 1K03A 5G1YA 4Q33A 3C52A 5DCDA 4JXCA 3S8HA 1W5QA 5KTLA 1K3UA 2OT0A 3F1QA 4CCCA 2WJZA 3NL5A 2TPSA 1RQHA 3LGEA 4N9CA 3MBFA 1R2SA 1X1OA 1Q6OA 5AHEA 1D3HA 2ZRVA 1LTDA 3W7JA 4QISA 6TIMA 3W7LA 3B05A 1JUBA 4OWGA 2VFFA 1EWDA 4K8EA 1K8YA 3NZ1A 2QEZA 2YDAA 3HPXA 3SJ3A 3PAJA 2JKEA 4O1CA 2J9ZA 2Q3OA 3ANYA 5D32A 5LNWA 3KVLA 1A5CA 1VCVA 4WUIA 1WXJA 2DP3A 1W3IA 4DQWA 4O1BA 2X16A 3RU6A 4RCXA 4R7JA 5HINA 1RZMA 5L9FA 1S5VA 4DBEA 3DHDA 3HGOA 1W37A 3W7HA 1EPXA 5CGQA 2WNNA 5A5WA 4GWEA 1XUUA 4LC8A 5D02A 2DZVA 2G97A 3HQ1A 3QM3A 3MP5A 2AQWA 4MIMA 3T55A 3QYQA 2YGYA 2V30A 1KM4A 3W7GA 5F4WA 1TPDA 2EKCA 5HNRA 1DORA 4JYFA 1X6UA 4JTHA 1HO4A 1VZWA 4KWVA 3RLVA 1I2OA 3W83A 1AW5A 3NPVA 5IM51 4MFDA 1QWGA 4IQLA 4IMDA 3RLUA 1O5KA 2J9XA 1JCXA 5C55A 3DU0A 3L5LA 4JX4A 2GUUA 4NUWA 3N9SA 1WQ5A 4JR5A 4S2CA 3OHIA 2ISSA 1NF0A 3ZWSA 3S9YA 4TO8A 2H8XA 1LOSA 1QFEA 3BK0A 4BI6A 3TK7A 2X1RA 2CFFA 5DXYA 2B7PA 4AHOA 1GTEA 2E6DA 4PCFA 3TA6A 4NQ1A 2A5HA 3EWBX 1P0NA 3MWAA 1H60A 2A85A 3TQ0A 4ADSA 4XQ6A 3VFLA 3B0PA 3NM1A 3TQVA 2B4GA 5J5DA 3IIOA 4UR7A 4H6KA 4IMFA 3L66A 3QW3A 3LRLA 4N2YA 3EX2A 1AK5A 1W5NA 2O7QA 5CPMA 3THQA 1B9BA 3N2XA 3N34A 1LOQA 1JULA 2QAFA 2FJKA 2YZRA 6ALDA 1SU5A 3LHWA 5F2LA 1VJIA 3NR0A 4TX9A 1GT8A 1LCOA 2C14A 4LTSA 3W71A 3TX9A 1N8FA 1G6CA 3NVTA 3RF9A 2Y85A 3FA5A 2RDWA 4LS2A 4JY8A 1JUEA 1Y0EA 4CQ8A 1G4SA 1F05A 4BWLA 3EXTA 2ABAA 4LVDA 1KM0A 2WSYA 2Q8LA 3PB2A 2NUXA 1TIMA 3DAQA 4RX0A 1YYAA 4M7SA 4UTKA 1WX0A 2YSWA 4O54A 1R46A 2CZEA 2GOUA 3AO0A 3BW4A 3G8EA 4JTKA 2ATMA 2W0UA 1YTKA 2VFDA 5AB3A 4JYEA 1QCWA 3STFA 3UQNA 2DZUA 3DFPA 3O06A 1VC4A 3FYOA 2CZFA 3UXDA 2FFCA 1SSGA 1K02A 1B4KA 3G3MA 3DFSA 2GVLA 4PA8A 1GYLA 5AYZA 3W7CA 5K9XA 1E51A 1GYNA 2F84A 2CWNA 1KLYA 2QR6A 3NPXA 3C61A 4HN4A 4UFKA 1OFRA 3UPBA 3C2VA 1OG0A 1A5AA 1R30A 3OVRA 2EF9A 4LUJA 3S1WA 3P62A 2B7NA 1TJPA 4H3DA 3E02A 3IVUA 1XKYA 3W7QA 4MZ1A 1ZNNA 2ZA2A 5K4XA 3BLFA 3N2MA 1FDYA 5KZDA 2E09A 4UTJA 3NQMA 5AHLA 3EWWA 3OA3A 4O8RA 2I14A 5AYXA 5ABTA 2IQTA 2CLIA 4O28A 1F6KA 2QCGA 4LV9A 4D2JA 3TXVA 2X2GA 2DU2A 4IXXA 1J2WA 3U8GA 2JGQA 3CQ0A 5C54A 2B7QA 4R33A 1I2NA 3DFOA 4HIBA 2OJPA 4R53A 5EL1A 3TH6A 2R14A 5C5YA 2ZZ7A 4AB4A 1PIIA 2WNQA 3T4CA 3BLIA 4RR4A 3BV4A 4RZ4A 4A3UA 1TMHA 3L67A 5TIMA 4DO5A 1I45A 1TO3A 3QC3A 1B4EA 4UTTC 4AWTA 3STGA 3WJXA 4NZJA 3P8JA 3W88A 3GLCA 5AHNA 3L0KA 2UV8G 2YW4A 1LM1A 2I1OA 2R8WA 5HUPA 5D33A 5FESA 2H3DA 3W2UA 1QPOA 4GC4A 2OX1A 3TMQA 5AC8A 1W5OA 4GUFA 1OX6A 4HHPA 1MSSA 3G1YA 3SECA 3V1PA 2VEMA 5LZLA 4FNTA 4Y90A 5FEXA 4UTUA 2TMDA 1JRCA 2DZSA 2ZRXA 4ICNA 3W7KA 1FDZA 4GJ1A 2RFGA 3W3OA 4IXHA 4E2DA 4XZ9A 5L6UA 4FNSA 4LOCA 5E1QA 5KMYA 4LVGA 1W54A 1LYXA 3OG3A 2NX3A 3HPZA 1JCYA 3G1FA 3GR7A 4NVTA 1GTHA 5F2GA 3W7MA 2VKZG 3TC6A 4RLIA 1EP1A 4GRSA 4PEKA 3MJYA 1F2JA 1QPQA 1T8XA 2DJLA 3M5VA 5G2WA 2DZXA 3B04A 2P1FA 4LVFA 4ZQNA 2CZDA 1F76A 1TPFA 2XN0A 4GUGA 2Y89A 2OCZA 5HR6A 3TIMA 4OQVA 4AAJA 3QFEA 4JS3A 3G0SA 4O1DA 4L4MA 3W7RA 2OMAA 1PCKA 1XXXA 3TROA 3G8RA 1KTCA 1H50A 4QQ3A 3M16A 4Y8FA 4BF9A 4NNCA 2FB2A 3MHUA 2Y70A 5FEPA 4M6PA 1OFEA 2V8ZA 4MLRA 3SSJA 2VFGA 2H3BA 1OK4A 5CZ0A 2CU0A 2YX0A 2GJLA 2P0OA 3HBLA 3GR8A 3O6CA 5DLCA 1K7EA 1TJRA 1V5XA 1VCFA 2NUYA 1TV7A 4OE7A 5AC6A 1SW7A 5DCBA 1TQJA 2CLEA 1GQNA 3LOTA 3GZ3A 1SW0A 4PL2A 3WJSA 1NEYA 1SR9A 1WOAA 4FIQA 3W2JA 4OU1A 3BW3A 4P61A 4LS0A 1R2TA 3G24A 1QOQA 3KVJA 3MO7A 3KOFA 4AHPA 1QNVA 3O8AA 1TYGA 4Z1BA 1T96A 3W1PA 1B3OA 3SGUA 2Y7GA 1M6JA 3TR2A 1ADOA 1TTQA 2TRSA 4L4LA 2QF7A 3WJZA 4X3ZA 3T7VA 3G22A 3GXTA 3G1DA 3G18A 2E5DA 1TB3A 1UUMA 1H7WA 3RMJA 3SFKA 2YYUA 4HPJA 5AYYA 3HGRA 5KZEA 3C56A 3M7WA 3QEZA 4P2VA 4N6EA 4ZQMA 4CNOA 3BGGA 3L2IA 1LDCA 1TV8A 1RR2A 3P61A 2R94A 5F2IA 1UUOA 1UJPA 3TCEA 5G2IA 1F5ZA 3UZ5A 2ZBTA 3F03K 3O6DA 2HSAA 3R13A 1ICSA 3GNNA 1M7PA 1D9EA 4UNKA 1DJNA 5CZTA 2ZZ2A 5CZJA 3QPYA 3LLDA 4FO4A 3QPZA 1W5MA 1QMLA 4UC5A 4Z0JA 1FCUA 4I7WA 3LRMA 3PVFA 5LNSA 1KM5A 1IXNA 4UR8A 2LLEA 5CKSA 3UY7A 1JQVA 2E1DA 2XN1A 2WKJA 1OF6A 3FLUA 3GDMA 4GUIA 3LCFA 2BZNA 4WQ6A 3W2MA 4O13A 4Q32A 1EIXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3S1X A;  1R85 A;  1XYL A;  1SGJ A;  3AZT A;  2X41 A;  2A4A A;  2HQA A;  2VT0 A;  3V35 A;  4LAN A;  3TYE A;  1CI1 A;  3IV8 A;  4P7L A;  1XC4 A;  2YCI X;  2YA0 A;  4J3U A;  3ABZ A;  3P74 A;  2EEX A;  2PZN A;  4J3T A;  1QW7 A;  2NQL A;  4FA3 A;  2DSU A;  2G3I A;  2ALR A;  1NF7 A;  2OWX A;  4GI8 A;  2FKP A;  2ISV A;  1XSI A;  2I57 A;  1KTN A;  1I2R A;  1W6T A;  4GAC A;  2NX1 A;  4CU6 A;  4UTM A;  1LLW A;  3VIL A;  1PZ2 A;  1SPQ A;  2XWE A;  1Q6C A;  1UQY A;  4JN7 A;  4RPP A;  1VYS X;  2NV9 A;  3W07 A;  1Z32 X;  4N42 A;  3G1A A;  4C5Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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 5D2V A;  2PE4 A;  4O0Z A;  4UMC A;  1IIH A;  1UCW A;  5EA9 A;  3KAO A;  3W1U A;  2EPH A;  2ABB A;  4I9A A;  4UFH A;  4Z1A A;  1BWL A;  3I68 A;  5CPL A;  3CT7 A;  1QR7 A;  1UB3 A;  4ZZ9 A;  1KM2 A;  1JUK A;  3W1A A;  5TBO A;  1ZAL A;  1OYB A;  2V2H A;  5I3K A;  3T78 A;  1SZF A;  3PG9 A;  8TIM A;  1Q6Q A;  4O50 A;  2EHH A;  3CWN A;  4EWN D;  1TCD A;  1LRN A;  2NZL A;  1ALD A;  3OBK A;  3O05 A;  3TAO A;  4IPI A;  1K7F A;  4GNJ A;  1H1Z A;  2CLK A;  4JTE A;  1GVF A;  2F7F A;  4AH7 A;  1G7V A;  2Z2U A;  3ABQ A;  1BTM A;  1F73 A;  4BWL C;  1N55 A;  3I7Q A;  3L65 A;  3IGX A;  1KFB A;  1PHQ A;  3L5A A;  4Y9A A;  1THF D;  3TJL A;  3G0X A;  2ZZ6 A;  3EX6 A;  4JIP A;  2RH9 A;  3SW6 A;  4TR9 A;  4UFJ A;  1Q45 A;  5D2W A;  4YCO A;  3EXR A;  4MJM A;  4DEL A;  1YPF A;  4NNA A;  1YXY A;  2QJG A;  1J4E A;  4MFE A;  4NJG A;  1P0K A;  2CZ5 A;  1FCB A;  3LDV A;  3NQ6 A;  4JIQ A;  3CB8 A;  1V7Y A;  1VLW A;  3GAK A;  3NG3 A;  3LV6 A;  2TSY A;  2WSQ A;  1EP3 A;  4R34 A;  2KZH A;  3HG2 A;  2NWR A;  4K6A A;  5FF0 A; 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4NQ1A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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