4NRR | Genus

Total Genus 166

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	166
sequence length	416
structure length	416
Chain Sequence	SEFAFVKIASDGKGFTRYGEPYLIRGANYWQGMNLGADDCSGGDRKRMELEIKQMAEMGINNLRVMASSEGPDDQPYRMRPSMMPQPGKYNEGVFVGLDYLLDTMDRYNMTAVMTLGNFWQWSGGFGQYVAWITGNQTIPYPVGDVTYDEFTQFAARFYNDSEIAPKANKLFKDHIYTVQNRRNTVNGKIYKEDPVIMSWQIANAPQEAPASWFEEISTFIKKGAPKHLVSAGLESKLDEYDFDRAHDHKNIDYTTCHCWVENWGIYDPADPDGLPHANEYMHDFLESRSKWAAQLNKPIVMEEFGMARDAWRNPEDETYKYLPSTPTSHKDEYYQKAFNQIVSLASNRSFSGSNFWAYGGEGRSTYPPNPYGMVWLGDPPHEPHGWYSVYSNDTTVQIIKDYNANLLKVQKELSK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7506029202326046__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7506029202326046__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4NRR/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7506029202326046__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7506029202326046","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4NRR/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7506029202326046__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Rhizomucor miehei
publication title	Structural insights into the substrate specificity and transglycosylation activity of a fungal glycoside hydrolase family 5 beta-mannosidase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Exo-beta-1,4-mannosidase
total genus	166
structure length	416
sequence length	416
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.25: Beta-mannosidase.
pdb deposition date	2013-11-27

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4nrrA00

1AMYA 4E8DA 3CMJA 1V0LA 2WSPA 4UQ9A 3AJ7A 2W63A 1PIFA 1CIUA 2WBGA 2FHBA 3WD3A 1I1XA 2AAAA 4UR9A 3OGVA 3WF0A 3AIWA 5JBEA 4ZXLA 1KFWA 4D6IA 1VF8A 1WCGA 3OBAA 4M24A 3NCOA 1H0GA 2E9MA 5LYRA 4PYSA 1DHKA 1UH4A 2Y2WA 1R7OA 4OOUA 4X9YA 3ARSA 3D3AA 4JFTA 1J0JA 2PC8A 4GI6A 2X05A 3WEOA 2YKKA 1HP5A 2DSKA 4JAWA 3W28A 1ZBWA 3AZSA 3ECQA 1UR4A 3A4WA 2WMJA 3SCQA 4DWSA 2XTKA 5A8QA 7CGTA 1E55A 5GQBA 1TE1A 2XIBA 3GH5A 3VNZA 2UY4A 2ZX7A 4W7UA 3ZT7A 5A8PA 3VD9A 1JAEA 3MSDA 1JDDA 4V2XA 2A3AA 3EDDA 4OKDA 1V3JA 1CGWA 1R86A 4TTGA 2XFYA 2Y4SA 3MV11 1GPFA 2OYKA 3L4VA 5DFAA 4GO9A 3AROA 3SUUA 1UKOA 4JL2A 4JFSA 5A1AA 1UWUA 4HP5A 3AXIA 3GXDA 1E6RA 3UESA 4PTXA 3TA9A 3WDQA 1E5NA 4V27A 2WB5A 1ITXA 4E2OA 1GOOA 3EYPA 4J27A 1KR1A 4E4PA 3AYRA 1KWKA 1PJ9A 3U5UA 2UY5A 3EDFA 3RMEA 4CGTA 4XZWA 3W29A 3VTRA 3LPOA 3OLIA 1NQ6A 1SFSA 4TX6A 2WHKA 3GM8A 5A6BA 5A6SA 5CGMA 1FHDA 3AIRA 1QI5A 4W5UA 3EBVA 3AYSA 1WB0A 5I79A 1G0CA 5IXEA 3W0KA 2XIIA 4P7QA 3L4UA 3POHA 3MANA 5I24A 2W91A 3VU2A 3AHZA 5ABGA 5M5DA 1OCQA 3KL0A 3SCUA 5BCAA 1UZ1A 2VL4A 3GDBA 1OIMA 1MFUA 1TZ7A 1HKJA 5CPQA 2D0GA 3WD2A 1SYTA 2WZEA 2VZTA 3VGEA 2VUYA 2WMIA 3M46A 3RDKA 2X09A 1F4HA 1W3JA 1BYDA 2ESCA 1MQPA 3GYCA 3ZJ7A 2XM2A 1CXLA 5E70A 2QV4A 3PTKA 3VIKA 3MKKA 1H3GA 3EMQA 4HU8A 3TP4A 3W25A 4E8CA 3FAXA 4MDPA 4GXPA 3VIIA 4ATDA 4PMOA 5HPOA 5DF0A 3AZTA 4RE3A 3G6MA 3ALGA 3RJYA 3L4YA 1V0NA 1B0IA 1E3ZA 2V5CA 2BY2A 1WZMA 4H41A 5AC4A 1E5JA 5E6ZA 5CJ5A 5CQ1A 1HVXA 4AY1A 3DHPA 3POCA 3M6DA 3NDYA 2GJRA 2O9OA 1EQCA 3VILA 4KH2A 4D6JA 2QHAA 3CGTA 1GW1A 4TOQA 5AY7A 1OD8A 3UR7A 1EH9A 5A6LA 2ZUSA 2JIEA 4XX6A 3ZJ6A 1RP9A 3WFLA 1QI4A 3K46A 2BVDA 4H8VA 1B30A 5GPRA 3HN3A 1VIWA 3BAKA 3NSXA 5BXSA 5A69A 4MB1A 3ZOAA 1QNSA 2J7CA 1QBBA 1B3WA 2WMGA 4MJ2A 2WK2A 3RO8A 5KZ6A 2VR4A 3ZT5A 3DYMA 1E4NA 3VIMA 4PMYA 1FH8A 1BG4A 1MW0A 4CD5A 5ABHA 1VFMA 2WHJA 1EDGA 1W3KA 2VZVA 4QLLA 1WDPA 1VEPA 3APGA 3W26A 4W89A 3W6MA 2XWDA 3BAJA 5D9MA 4W86A 3NJ3A 1D7FA 3WSUA 1CLXA 1R87A 4CU7A 4ZEPA 1GOQA 4Z2KA 1GQJA 2J4GA 1V3HA 4Z2JA 2NT0A 4NZCA 4PEEA 4W88A 3WBEA 4GI9A 2CHOA 3AS3A 1B1YA 1RPKA 2CXGA 1XYZA 3WUGA 1E1EA 1HKKA 2ZX9A 3UERA 1KB3A 3VD4A 1E72M 1BPLB 1UG6A 3SUSA 2D20A 3LPFA 1UKQA 4V28A 2PB1A 4AZ7A 2OSXA 4P7LA 1MXGA 4GINA 5GNXA 3EDKA 5CLTA 3OA5A 3T0BA 1VFFA 4WLCA 1JZ3A 4HMEA 4P8UA 2G41A 3CUHA 3CLWA 3VGDA 4AD3A 3CZEA 1EDTA 1GHRA 2XYLA 4FLSA 4WJXA 3ARUA 4LPCA 2GJXA 1V3LA 2V3GA 3UCQA 4IM4A 1UKPA 2J62A 1W3LA 4GKLA 1NWSA 3I3EA 1RH9A 2WVTA 4DWSD 2D3NA 1UA7A 3OLGA 2F2HA 8CGTA 5AYBA 3W27A 2ZUVA 3AS0A 1W1PA 4Z2HA 4Q22A 2BNJA 3IJ9A 1YQ2A 4GZEA 1GVIA 4ZFMA 3WH5A 1QOXA 5EFDA 1CXFA 2EO7A 2BHYA 2BHUA 3T09A 3VD5A 1VBUA 3GTNA 3KL3A 1FP8A 1RP8A 2ZXBA 3WL0A 5IDIA 5LA2A 3A3HA 1JXJA 4JKLA 1P6WA 1UH2A 3F5KA 3WD1A 1JL8A 4ATLA 2E4TA 3MS8A 3DYPA 1GVYA 4UFJA 1JD7A 1UR9A 5CPSA 2BY3A 3CMGA 1OBAA 2CBVA 1V3IA 2O92A 1MW2A 3AMCA 1BLIA 1CYGA 4KWUA 3WNMA 1XH2A 1JNDA 3S2CA 4CD8A 4CU8A 3BAYA 2D1ZA 3N9KA 2BV9A 3PTMA 3ARRA 3OIHA 3VIOA 2ZUMA 1I1WA 2XHYA 1CGTA 2A3EA 4B3KA 1Q6DA 3MMUA 3N12A 1K9EA 5HDRA 1EQPA 1TCMA 3VVGA 1TMQA 4YHEA 4GQQA 2VO5A 2CESA 1UWQA 4M82A 3CPUA 1G5AA 1E9LA 4C7FA 3ZJ8A 1XD0A 5DMYA 1Z32X 1KXVA 4AD4A 2CEQA 4HZ6A 1UQYA 4CN4A 3L4XA 4AIOA 2X0HA 4DWSC 1CEOA 1TVPA 2YBUA 1UWSA 3ZT6A 3FHAA 1UR2A 2YLLA 3SEPA 2E0PA 2Q8XA 3WDIA 2J74A 2BHZA 3T0AA 5E09A 3VIJA 1E4MM 1ZL1A 3AHXA 3ARXA 2J7GA 5E0FA 4Z2LA 2V5DA 1CDGA 2DIEA 3FNDA 4PMVA 2XSAA 2F61A 1K9TA 1QNPA 1OGBA 1EIBA 1HJQA 1JF5A 4PMDA 3FXYA 3QHMA 3QGVA 3WH9A 3WDPP 1EXPA 3TTSA 5FL0A 3OZPA 4QDMA 5A6KA 2QMJA 2VVSA 2GDVA 4J3WA 1GJUA 2CBIA 4PMQA 4UFIA 4ACZB 1KCLA 3RPMA 3RJXA 4M56A 1GQKA 1J10A 2ZXAA 2WBKA 1ISWA 3VGGA 1MW3A 3J7HA 2E8ZA 2ZXDA 1UD5A 4AIUA 3PN8A 4JFUA 1XSJA 3CUJA 1ZS2A 6A3HA 5DT7A 1XV8A 3UR8A 1AQ0A 2WVSA 1SMDA 2WVVB 2J25A 3L4ZA 3ZMRA 1UKTA 4Z2IA 1C3FA 2D3LA 1JYNA 1AQHA 4AIEA 3ZM8A 3BAIA 1D2KA 1E0VA 1US3A 2UWFA 1B90A 3KZSA 4FMVA 3ZQ9A 4GO8A 3CZKA 1PZ3A 2ZWYA 1KXQA 2OWXA 3UG5A 1V0KA 4HOZA 3FW6A 1ISYA 4PMNA 3SCPA 1C8YA 4JCMA 4D6CA 1E15A 1W3HA 4S3KA 5BYWA 1JF6A 1TA3A 5CGTA 1GQLA 1DEDA 1WO2A 2HVMA 4BA0A 1C93A 5BXRA 1ISZA 1BQCA 1DWFM 5JBFA 4YHGA 3AS1A 2QPSA 3SUTA 4HMDA 1WKYA 2WPGA 1US2A 3MUAA 2PWEA 1BFNA 1HVQA 1XGZA 2ZXQA 4DM2A 4EKJA 1PZ2A 1EGZA 3A47A 1DP0A 1IV8A 4AD1A 4JKKA 2FHFA 5D9NA 5D8WA 2XUCA 1J12A 4GIAA 1A47A 5HXMA 2EPNA 3SCNA 1AQMA 4M29A 1EHNA 2YDSA 3UEQA 3WQ6A 2XPKA 1V02A 2VJXA 5D8ZA 3PZUA 3OLDA 2F8QA 1KQYA 1HXJA 3OB8A 3VIHA 1WZKA 4FF5A 1GOKA 1VEMA 3WUEA 3WNOA 4CD4A 1PEZA 4C7DA 3ZJKA 2G8ZA 1UR1A 3W24A 6CGTA 1E73M 1MWOA 1KXHA 3BMVA 2WMFA 3CH9A 1UH3A 4PUDA 1XH1A 3PBGA 1G01A 1J0HA 1QHZA 1Q6EA 3K4AA 1PX8A 2VX5A 1LQ0A 3W82A 1E70M 1KQZA 2CETA 1S46A 2D0FA 5M03A 4H8HA 1E40A 4J3XA 5M3WA 2ZX8A 3WDJA 2BS9A 3KL5A 1V6WA 1KXTA 5D9PA 2WM0A 2CCRA 2Z1KA 1CENA 5TD4A 4IUGA 2GUYA 4ZENA 3WNLA 1JIBA 3WKZA 1LJYA 1V0MA 1WDRA 4EANA 4JFWA 4P8XA 1DWAM 4AZ5A 4D72A 2WCSA 2JEQA 5BROA 1FHLA 1TG7A 2W92A 1GOWA 2EPMX 1W32A 1OB0A 1UZ4A 4QAWA 4FLRA 1XD1A 1J0KA 2VZSA 2XGIA 2VR5A 4PTWA 4UOQA 4QCFA 3U57A 1C90A 3T0DA 1E0XA 1J18A 5EMYA 2W67A 1W1VA 1YHTA 4DM1A 4AZBA 2CITA 4UQCA 4N0RA 5BXTA 3VX0A 4OIFA 4URIA 3B9EA 4PSPA 1J01A 3AMLA 5ABFA 1AVAA 5EBAA 1EO5A 1H0IA 2YLAA 3AICA 3RILA 3II1A 4MNKA 2J7EA 2QF8A 4GQRA 1LWHA 1MXDA 3CZ8A 1WPCA 1UD2A 4UQDA 4D6EA 4DWSB 1XH0A 3WL1A 5I77A 4W7VA 3PZMA 2YDQA 1ZB5A 3SCWA 1O7AA 1B3ZA 1Q4NX 1C92A 1JZ7A 4F66A 2VTFA 2GSJA 1JGIA 1FFRA 1GZJA 4MB4A 1HJUA 3ZSSA 2O9TA 2J77A 2GK1B 4B16A 4UFHA 4B9ZA 4F9DA 4EAMA 4UQEA 4X0NA 5E6YA 2FDMA 3WF4A 1JZ8A 1V6UA 3PTQA 3PZ9A 5A8OA 3A4XA 3CIVA 3OGRA 1JI1A 4Z2GA 3MSGA 1JZ2A 3UG3A 3B9DA 1NWUA 1VENA 4DUWA 4CN6A 2Y24A 1ZBKA 1K9DA 3HJEA 2VCAA 1M04A 1DTUA 1R8LA 2RGLA 5FD0A 5JBDA 1LL4A 2VRJA 4CU6A 2ZOXA 4D6HA 3IAPA 1ITCA 1H41A 2EPKX 4PRWA 4QLJA 2V3FA 1F4AA 1M01A 2YIHA 4BQ2A 3AIUA 1HX0A 4LGXA 1JZ5A 2FHCA 1H5VA 2WCAA 4HMCA 1K6AA 3K1DA 3UETA 4MNLA 1OIFA 3ALFA 5I5RA 1JZ6A 3T08A 4AZCB 4AEEA 1HJXA 3L2LA 2GVYA 1W9VA 3LPGA 1W2PA 3AQUA 2CBUA 4CN1A 1QI0A 1DWJM 3ZR5A 1BAGA 3KWXA 2WMIB 1W2VA 1R85A 1O6IA 3PZGA 1L0PA 4Y7EA 1NOFA 4WSJA 4BQ4A 1CTNA 1JDAA 1MQRA 4W8BA 2WCGA 3VX1A 2EBNA 3UG4A 1NOUA 2ZUTA 3QHOA 1G9HA 2DT3A 4J3VA 4YPJA 4AISA 1UA3A 2WC3A 5AC5A 4HA4A 3CZLA 5C70A 3I3DA 4PCSA 2XFRA 1E6QM 1E56A 3WQVA 1HP4A 4P8VA 1M7XA 1VB9A 2TAAA 3CHCA 4MTVA 2CIPA 5A6MA 4M81A 5CPTA 3GZAA 1BVNP 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4NRRA

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