4NU7 | Genus

Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	225
structure length	225
Chain Sequence	QLKPIICPSVLASDLSSLASDAKRMVDAGCDWLHLDIMDGHFVPNISFGPGVVKALRGHLKSAFFDVHLMVSEPEKWIQPFADAGANSITFHWESVGGDLQRAAELAKRIQARGIKAGLAIKPATKFEDLGEALAGDNFDMLLVMTVEPGFGGQKFMADMLQKVRTARSLFPKLNIQVDGGLDGETVKPAASAGANVIVAGTSMFKAENPAALMTFMRDVIAASD

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__183117899797562__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__183117899797562__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4NU7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__183117899797562__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"183117899797562","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4NU7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__183117899797562__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Toxoplasma gondii
publication title	2.05 Angstrom Crystal Structure of Ribulose-phosphate 3-epimerase from Toxoplasma gondii. rcsb
molecule keywords	Ribulose-phosphate 3-epimerase
total genus	84
structure length	225
sequence length	225
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.1.3.1: Ribulose-phosphate 3-epimerase.
pdb deposition date	2013-12-03

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4nu7A00

1AK5A 4N4PA 3TCEA 4UTWC 2ZFAA 2BLEA 1G4SA 1QAPA 3B04A 3B4UA 3W74A 4Y8FA 5I3GA 3FLUA 1T96A 4JTUA 2G96A 4K38A 5EKYA 2FFCA 4L4LA 2H6RA 1OX4A 5CKSA 5I3JA 4QITA 2CZDA 2J6XA 4LY8A 1VYSX 2ATMA 2Z1BA 1OK4A 2JK2A 2LLEA 4IGHA 2ISWA 2ZZ1A 4Z0JA 3QMTA 1F5ZA 1P5BA 2QCMA 3TIMA 4JX4A 1EP3A 1OYAA 1VC4A 2ATSA 1XFBA 4N9EA 1TPWA 3QF0A 2VEPA 3C52A 4LWWA 1RPXA 1F76A 1S5VA 4FX6M 2VFEA 1W1ZA 1FCBA 4Q33A 1YDOA 4D2JA 2NXGA 4QQ3A 3A5VA 3DXIA 3L5LA 4GC4A 4Q32A 4RLIA 2BX7A 1QO5A 5D2WA 1ZY9A 4LVFA 5D37A 3EKLA 3LXBA 2WNQA 4JDYA 2RDTA 4E2BA 4IUOA 5LNVA 2QAFA 3A9IA 3PY2A 2GPTA 4DQWA 2Q8ZA 3NQ8A 4UFMA 1KW1A 4ZVJA 2WV8A 4I7WA 3GDMA 5LHEA 3F1QA 3EXRA 3LV5A 2H8XA 2ZTJA 5AHFA 2QAPA 3TQVA 1MEHA 1F73A 3CM4A 3ATZA 1LROA 3TC6A 1SZFA 4MLJA 5AFDA 4MOZA 4PODA 3EEGA 3W7QA 3BLEA 2PURA 3VKJA 1TRIA 2FPYA 4HNNA 4YMZA 1EUNA 2H90A 3I6RA 2J27A 2YGYA 2O7SA 1LLZA 1LRNA 1G4TA 2V2HA 3TJXA 3QPZA 4JDBA 5AHMA 3SFKA 5F2LA 1KTBA 1W5MA 1KTNA 1K7XA 1SPQA 1RVGA 3DBPA 2Y7GA 2B4GA 1WBHA 3OHIA 2R14A 1I2RA 1K7FA 3M44A 4XBKA 1S3HA 2E77A 4U28A 4ADTA 2QCCA 3ABRA 2PRLA 4BI5A 1FCUA 1F74A 3LCWA 3PB2A 5EYWA 3MBDA 5DCBA 1TB3A 3MP5A 1W8SA 5BMWA 3VFLA 1F2JA 1FDZA 3HPZA 3G3MA 4X3ZA 1H7RA 2YPIA 2YXGA 2DZPA 3D0CA 1KFJA 3QM3A 3O63A 1EPXA 1IF2A 2RFGA 1BTMA 4YWIA 2YZRA 3QH2A 5LGZA 1K7EA 3HG4A 3TROA 1BWLA 4CCCA 5ABTA 1TTIA 3FEMA 4HSOA 2V5LA 2QUUA 3N2MA 1OX4B 3M16A 2G5WA 2NLIA 2WSRA 5G1TA 2XN2A 1SSGA 1TYGA 4X9SA 3VCRA 1DL3A 4HSNA 1GYNA 1EWEA 3NQVA 4JX6A 2QKFA 1WQ5A 3E0IA 1EEPA 1MZHA 5FEWA 3QFEA 2BTMA 3DFNA 3DAQA 2E5DA 3NQGA 4M6QA 2CU0A 4K8EA 4DPQA 3FS2A 1GG0A 1XL9A 2J9XA 1T8XA 1VQTA 4M7SA 3M0ZA 1XDMA 3B0VC 4JTTA 4TX9A 4AAJA 3BLFA 1RR2A 1KM2A 1XCFA 2J88A 1QPNA 5U4NA 4HHPA 5EBUA 1VZWA 4JTJA 3BW2A 3QC3A 3S5OA 3HGSA 4O53A 3L0GA 3UQNA 4LRSA 3DFQA 3ANYA 5F4XA 4FNTA 2X30A 4YL2A 2VEKA 4R34A 3GIYA 3NQ7A 4IXHA 1TJPA 4R7JA 2CLLA 2EAWA 3RK8A 3I65A 4OU1A 3NPUA 3EX6A 3DHFA 4O12A 2F84A 4UFLA 5HJLA 1OFOA 3KFTA 4LS0A 3M41A 2A4AA 3O6CA 1DBTA 4LT9A 3MBFA 3NXFA 6TIMA 3C6CA 1PHWA 4PH6A 5LNSA 3O16A 3TXZA 4FX8A 3OVQA 5C2XA 2ZRVA 3G3DA 1QPRA 4O28A 5A8GA 1NVMA 4UTTC 1RD5A 4AXKA 1SO5A 3LRLA 3FFSA 1TPDA 1LOQA 1BEUA 4QNEA 4O0KA 2OT0A 1UJPA 3TU9A 3W1TA 2FB3A 3SY5A 3QMSA 2G95A 1NFBA 1JVNA 4WZHA 4NXSA 4Q4KA 3BW4A 4EIVA 3NM3A 5CPLA 2VFDA 4NJJA 4IMEA 4O11A 4ALDA 2QR6A 3MO7A 4BI7A 2NV1A 3DKJA 3UWZA 2Y88A 3QQ0A 4BWLC 1GVSA 5D2TA 1IIHA 5G2WA 4MJMA 3SECA 3IIVA 4LU0A 4ZL1A 2NUWA 1OFBA 3LI1A 3P60A 3P80A 2V9DA 2GOUA 4XQ6A 1TRDA 3LCHA 1PIIA 1O60A 4M6PA 4Y9AA 1G6CA 4O16A 3SGUA 1IXPA 3C2OA 4W9TA 3LTPA 4HPXA 3TFCA 3IIOA 4FB7A 3GR8A 3N9SA 4KWVA 3R89A 1DVJA 5K9XA 1KFLA 1NF7A 5BNKA 4UCGA 3RMJA 1VCVA 3EKZA 1FWWA 3TUUA 1N55A 3GR7A 2Z6JA 3HF3A 4P2VA 4O19A 2ZZ7A 4JXCA 3F4NA 5D2VA 2V2CA 2H3BA 3ABOA 2I1OA 2P10A 1XBXA 4X2RA 5KMYA 2RKXA 2WSQA 5DBTA 1PCKA 4ORMA 2AGKA 4UTUA 3LRKA 4LVDA 3LHWA 4LTSA 5HR6A 3TJLA 1H63A 4ZQNA 3CIXA 1J2WA 3BARA 3L0NA 4RR4A 3F4WA 3DKLA 4NZJA 3W7GA 2C3ZA 2DU2A 1LZOA 2DJLA 2GQ9A 3LXAA 3M5XA 4WD0A 2Z0IA 3QZEA 1ME9A 3L2IA 4OV4A 2VFIA 1U5JA 1OABA 1K3UA 4UIOA 1H51A 1IXNA 3G0XA 3S1WA 3G1SA 5HR7A 4NNCA 1JCYA 3W7EA 3HPSA 3U2OA 1EP2A 3MUXA 3S0CA 2QUVA 5HQEA 5FF4A 1YLVA 3TSMA 4H3DA 5K2ZA 2HSAA 2A2IA 4FX7A 4JTLA 4NT0A 3W7RA 1K02A 1W0MA 1QOPA 2FDSA 4JY9A 3Q94A 1YXYA 2Y85A 5D2YA 4RZ5A 2Y7FA 3CWOX 3I68A 1L2UA 3EWXA 4LS1A 4TO8A 1M6JA 2CLIA 4H4IA 2NX1A 3IIPA 3PG8A 5K9DA 4K6AA 3WJWA 4MYXA 3THAA 4NVTA 4CQ8A 4HNTA 3TA6A 3ZWTA 3FJLA 1H7OA 4UTIA 4UFIA 1YXCA 1VJIA 1KTCA 4Z1CA 4X22A 2WQPA 3H55A 4OHQA 1R46A 1PE1A 4WXYA 5HWJA 1SW3A 1SU5A 4M5PA 3U6WA 4K7VA 4QJ1A 1EB3A 3JS3A 4N9CA 3UWVA 3W7OA 3EWZA 4PEKA 1O5KA 3P8IA 3NQFA 3WFAA 2TRSA 3NL5A 1IGSA 3E96A 3QW4B 4O15A 4O1DA 2V81A 3IIZA 1KFKA 5HMSA 3MHGA 4BI6A 1XC4A 3SR7A 1ICPA 1SO6A 1PVNA 2YR1A 2ZZ2A 3S42A 1TCDA 3TK7A 3LCLA 3MW7A 5AC6A 5DY2A 3QSTA 3R12A 5LNRA 4S1FA 1H7XA 2QJHA 3QJAA 3UD6A 3IEBA 1FCVA 3INPA 1XXXA 1ONRA 3GK0A 1SW0A 3QMRA 1LCOA 1H7PA 5CPOA 1O5XA 4TMCA 3M43A 3W7HA 1I2PA 3LHZA 2EGZA 3IVSA 5AB3A 2CWNA 2HS8A 4AMAA 3MP3A 1ZENA 3LCXA 4PC8A 1YYAA 1NAL1 1VHCA 5C5YA 3PM6A 2V5BA 1VCGA 4OWGA 3W7KA 4RKAA 4FNPA 1HL2A 1EP1A 2ZA1A 1OYCA 1VGAA 3NR0A 1RQHA 2Y61A 4LS2A 3LI0A 3LTYA 2QJIA 3S1XA 3TDFA 3NQDA 2E6DA 3W71A 1TTPA 1JRBA 3W70A 3TX9A 4O10A 3TMLA 4BF9A 3S5YA 5KINA 1DQWA 3W83A 1YTEA 1S5WA 2C14A 3A22A 2DP3A 4GWEA 1Q6LA 1GWJA 4IQLA 1G7VA 4RK8A 3W1AA 1HO1A 1OJXA 5K4ZA 1YTKA 3H54A 3O1NA 2ZA3A 3OA3A 3G1XA 5KITA 4L4MA 3H53A 4JTGA 1ZAJA 4J9JA 1QOQA 4Z1DA 5CPMA 1F6KA 3DH7A 4RCXA 1SO3A 5GVJA 2EPHA 3O15A 3LHVA 1AW1A 2DZWA 3DFSA 3R5EA 1SO4A 4IXXA 5LNUA 2A0NA 3C8FA 3BO9A 3PSVA 4IPIA 1XUZA 3TAOA 1YDVA 5LGXA 1N8FA 3CTLA 3HPXA 3THQA 3C0JA 3NM1A 3KAOA 4FIQA 1Y0EA 3HMJG 3W2MA 3DFPA 5D09A 3FIGA 1OFPA 4H6KA 1ZNNA 1KFCA 4PFMA 1OK6A 1TPEA 3S5NA 5CSRA 5LKYA 1EA0A 3UXDA 1H60A 1PCWA 4HNVA 4EF8A 1GVQA 3E49A 3C3NA 4JTFA 3GXTA 5AYYA 1FX6A 2BWGA 3W07A 4Y6GA 3R13A 4FIRA 3V75A 3W1QA 1WX0A 4AB4A 2W6RA 4JTSA 2CW6A 1VPXA 3VI2A 3PBUA 4UXDA 1P4CA 4OBTA 1UB3A 3DGRA 2VELA 4POCA 4QSHA 1KM5A 2QF7A 1WYIA 4FNRA 3TNOA 3P61A 1KA9F 2DZSA 2Y63A 1UUOA 3UZJA 5F2IA 2DZVA 3L9CA 1TPH1 3T55A 1YXDA 2X1SA 3KVKA 4GRSA 4XTIA 4MY1A 4UTLA 3ELFA 1L6WA 2VFGA 1TIMA 4U4MA 4HPJA 4IPJA 4NUWA 1QPQA 8TIMA 1WAUA 3N3MA 3BG9A 4O14A 2GJNA 4UMCA 4FF7A 5HINA 2FQIA 3L21A 1OG0A 3NG3A 1I2OA 1JR1A 3QEZA 4DELA 1OX5A 2E68A 2Y7DA 4N6EA 1OX6A 1GT8A 1OYBA 2YSWA 1OHLA 3W7LA 3V1PA 3ABQA 1MO0A 2QCNA 3SZ8A 3RF9A 3KRZA 2NWRA 3W1XA 3SJ3A 3HQ1A 4MZ8A 2ABBA 3TFXA 4PCFA 5CPNA 6ALDA 4AF0A 2TYSA 1FDJA 4OV9A 2RHGA 4FO4A 1K8ZA 1ADOA 3DHDA 4GUFA 3HG3A 3P74A 3ZWSA 1KM3A 4O17A 2V30A 3LLFA 4DF2A 5FEZA 4B5NA 4XBSA 2PRMA 4DBDA 3EX4A 3P7YA 4K39A 1VLIA 1H50A 2Y62A 2V82A 3UYCA 4MFDA 5DLCA 1W5OA 4NX0A 3YPIA 3SSJA 3W88A 4A2SA 3HO8A 1XBYA 4S2BA 5I3KA 3KVMA 3NQCA 4EVZA 1LBFA 3PF3A 3W7NA 1TREA 4C1LA 2CLFA 1W3NA 4JTKA 3T7VA 5LZLA 4ADSA 1RQBA 3C2RA 1LBMA 4WOZA 4A22A 3W3OA 4UTHA 4IJBA 1XI3A 2CZEA 2QCDB 2QCLA 3O8AA 2ISVA 5F1VA 2NUXA 4IMDA 1E51A 1RV8A 1SFJA 1ME8A 3BPWA 3CEPA 4DBEA 3AJXA 1A53A 3G1FA 4QIUA 5C54A 3BG3A 3FYOA 1MEIA 4UTTA 4AVFA 1VCFA 3G24A 4BK9A 2XN1A 3PB0A 5HUPA 3NQMA 3FYPA 1CW2A 1L6SA 3NPVA 5KSWA 4UC5A 2A7NA 3W7DA 4BR1A 1F6PA 1W5NA 4UTMA 4MIMA 2GJLA 4XZ9A 1O94A 4IOTA 3NQAA 3MHUA 2Y6ZA 4ADUA 1D9EA 3GKAA 1CI1A 4BWLA 4O4VA 3NZRA 1DJNA 1QDSA 2AAMA 3LTSA 3W1RA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4NU7A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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